Mercurial > repos > galaxyp > peptideshaker
changeset 0:0578e296cab4 draft
Initial commit.
| author | galaxyp |
|---|---|
| date | Fri, 10 May 2013 17:58:22 -0400 |
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| files | LICENSE README.md README_GALAXYP.md README_REPO.md build_mods_loc.py peptide_shaker.xml searchGUI_mods.xml searchGUI_usermods.xml searchgui_mods.loc searchgui_mods.loc.sample update.sh |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/LICENSE Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,11 @@ +--2012-09-19 08:46:18-- http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt +Resolving www.apache.org... 140.211.11.131, 192.87.106.229, 2001:610:1:80bc:192:87:106:229 +Connecting to www.apache.org|140.211.11.131|:80... connected. +HTTP request sent, awaiting response... 200 OK +Length: 11358 (11K) [text/plain] +Saving to: “LICENSE-2.0.txt” + + 0K .......... . 100% 200K=0.06s + +2012-09-19 08:46:18 (200 KB/s) - “LICENSE-2.0.txt” saved [11358/11358] +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,40 @@ +Tool wrapper for SearchGUI + PeptideShaker. This tool takes any number +of mgf files and performs X! Tandem and OMSSA searches on these via +SearchGUI and merges the results using PeptideShaker. + +For Galaxy-P we are installing this tool via CloudBioLinux +(https://github.com/jmchilton/cloudbiolinux/blob/proteomics/cloudbio/custom/bio_proteomics.py). While +this fabric script may not be exactly appropriate for your environment +it may serve as a template for how to install this software. In +particular these tools require CLI wrappers to be placed for +PeptideShaker and SearchGUI that can be installed as demostrated in +these fabric functions. + +Note: Also SearchGUI requires a version greater than 1.12.2 which +contained several bugs preventing this from working on the +command-line and via Linux. + +Also, PeptideShaker may require xvfb to simulate an X environment if +this is installed on a headless server. +# Obtaining Tools + +Repositories for all Galaxy-P tools can be found at +https:/bitbucket.org/galaxyp/. + +# Contact + +Please send suggestions for improvements and bug reports to +jmchilton@gmail.com. + +# License + +All Galaxy-P tools are licensed under the Apache License Version 2.0 +unless otherwise documented. + +# Tool Versioning + +Galaxy-P tools will have versions of the form X.Y.Z. Versions +differing only after the second decimal should be completely +compatible with each other. Breaking changes should result in an +increment of the number before and/or after the first decimal. All +tools of version less than 1.0.0 should be considered beta.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README_GALAXYP.md Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,22 @@ +# Obtaining Tools + +Repositories for all Galaxy-P tools can be found at +https:/bitbucket.org/galaxyp/. + +# Contact + +Please send suggestions for improvements and bug reports to +jmchilton@gmail.com. + +# License + +All Galaxy-P tools are licensed under the Apache License Version 2.0 +unless otherwise documented. + +# Tool Versioning + +Galaxy-P tools will have versions of the form X.Y.Z. Versions +differing only after the second decimal should be completely +compatible with each other. Breaking changes should result in an +increment of the number before and/or after the first decimal. All +tools of version less than 1.0.0 should be considered beta.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README_REPO.md Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,18 @@ +Tool wrapper for SearchGUI + PeptideShaker. This tool takes any number +of mgf files and performs X! Tandem and OMSSA searches on these via +SearchGUI and merges the results using PeptideShaker. + +For Galaxy-P we are installing this tool via CloudBioLinux +(https://github.com/jmchilton/cloudbiolinux/blob/proteomics/cloudbio/custom/bio_proteomics.py). While +this fabric script may not be exactly appropriate for your environment +it may serve as a template for how to install this software. In +particular these tools require CLI wrappers to be placed for +PeptideShaker and SearchGUI that can be installed as demostrated in +these fabric functions. + +Note: Also SearchGUI requires a version greater than 1.12.2 which +contained several bugs preventing this from working on the +command-line and via Linux. + +Also, PeptideShaker may require xvfb to simulate an X environment if +this is installed on a headless server.
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/build_mods_loc.py Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,12 @@ +#!/usr/bin/env python + +import xml.etree.ElementTree as ET +from os.path import exists + +with open("searchgui_mods.loc", "w") as output: + for mods_path in ["searchGUI_mods.xml", "searchGUI_usermods.xml"]: + tree = ET.parse(mods_path) + modifications_el = tree.getroot() + for mod in modifications_el.findall("{http://www.ncbi.nlm.nih.gov}MSModSpec"): + name_el = mod.find("{http://www.ncbi.nlm.nih.gov}MSModSpec_name") + output.write("%s\n" % name_el.text.lower())
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/peptide_shaker.xml Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,221 @@ +<tool id="peptide_shaker" name="Peptide Shaker" version="0.1.0"> + <!-- TODO: Set defaults for weights correctly --> + <description> + Peform protein identification combining X! Tandem and OMSSA (using SearchGUI) and PeptideShaker pipeline. + </description> + <command> + mkdir spectra; + mkdir output; + mkdir output_reports; + cwd=`pwd`; + #for $mgf in $peak_lists: + #set $input_name = $mgf.display_name.replace(".mgf", "") + ".mgf" + ln -s '$mgf' 'spectra/$input_name'; + #end for + SearchCLI \ + -spectrum_files \$cwd/spectra \ + -output_folder \$cwd/output \ + -ppm $precursor_ion_tol_units \ + -prec_tol $precursor_ion_tol \ + -frag_tol $fragment_tol \ + -enzyme '$enzyme' \ + #set $fixed_mods_str = $fixed_modifications or '' + #set $variable_mods_str = $variable_modifications or '' + #if $fixed_mods_str + -fixed_mods "$fixed_mods_str" \ + #end if + #if $variable_mods_str + -variable_mods "$variable_mods_str" \ + #end if + -mc $missed_cleavages \ + #if $advanced.specify: + -xtandem $advanced.xtandem \ + #if $advanced.omssa.run_omssa + #set $omssa = 1 + #else + #set $omssa = 0 + #end if + -omssa $omssa \ + #if $omssa == 1 + -hitlist_length ${advanced.omssa.hitlist_length} \ + -remove_prec ${advanced.omssa.remove_precursor} \ + -scale_prec ${advanced.omssa.scale_precursor} \ + -estimate_charge ${advanced.omssa.estimate_charge} \ + #end if + #end if + -db $input_database; + PeptideShakerCLI \ + -experiment 'Galaxy Experiment' \ + -sample 'Sample' \ + -replicate 1 \ + -spectrum_files \$cwd/spectra \ + -identification_files \$cwd/output \ + -search_params \$cwd/output/SearchGUI.parameters \ + -out_txt_1 \$cwd/output_reports \ + #if $processing_options.specify + -protein_FDR ${processing_options.protein_fdr} \ + -peptide_FDR ${processing_options.peptide_fdr} \ + -psm_FDR ${processing_options.psm_fdr} \ + -psm_FLR ${processing_options.psm_flr} \ + #if str($processing_options.a_score.use) == "1" + #set $a_score = 1 + #else + #set $a_score = 0 + #end if + -a_score $a_score \ + #if str($a_score) == "1" + -a_score_neutral_losses ${processing_options.a_score.neutral_losses} \ + #end if + #end if + #if $filtering_options.specify + -min_peptide_length ${filtering_options.min_peptide_length} \ + -max_peptide_length ${filtering_options.max_peptide_length} \ + -max_precursor_error ${filtering_options.max_precursor_error} \ + -max_precursor_error_type ${filtering_options.max_precursor_error_type} \ + -max_xtandem_e ${filtering_options.max_xtandem_e} \ + -max_omssa_e ${filtering_options.max_omssa_e} \ + -exclude_unknown_ptms ${filtering_options.exclude_unknown_ptms} \ + #end if + -out \$cwd/output.cps ; + mv output_reports/*peptides.txt peptides.txt ; + mv output_reports/*psms.txt psms.txt ; + mv output_reports/*proteins.txt proteins.txt + </command> + <stdio> + <exit_code range="1:" level="fatal" description="Job Failed" /> + </stdio> + <inputs> + <param format="fasta" name="input_database" type="data" label="Protein Database"/> + <param format="mgf" name="peak_lists" type="data" multiple="true" label="Input Peak Lists (mgf)" /> + <param name="precursor_ion_tol_units" type="select" label="Precursor Ion Tolerance Units"> + <option value="1">Parts per million (ppm)</option> + <option value="0">Daltons</option> + </param> + <param name="precursor_ion_tol" type="float" value="10" label="Percursor Ion Tolerance" /> + <param name="fragment_tol" type="float" value="0.5" label="Fragment Tolerance (Daltons)" /> + <param name="enzyme" type="select" label="Enzyme"> + <option value="Trypsin">Trypsin</option> + <option value="Arg-C">Arg-C</option> + <option value="CNBr">CNBr</option> + <option value="Chymotrypsin (FYWL)">Chymotrypsin (FYWL)</option> + <option value="Formic Acid">Formic Acid</option> + <option value="Lys-C">Lys-C</option> + <option value="Lys-C, no P rule">Lys-C, no P rule</option> + <option value="Pepsin A">Pepsin A</option> + <option value="Trypsin + CNBr">Trypsin + CNBr</option> + <option value="Trypsin + Chymotrypsin (FYWLKR)">Trypsin + Chymotrypsin (FYWLKR)</option> + <option value="Trypsin, no P rule">Trypsin, no P rule</option> + <option value="whole protein">whole protein</option> + <option value="Asp-N">Asp-N</option> + <option value="Glu-C">Glu-C</option> + <option value="Asp-N + Glu-C">Asp-N + Glu-C</option> + <option value="Top-Down">Top-Down</option> + <option value="Semi-Tryptic">Semi-Tryptic</option> + <option value="No enzyme">No enzyme</option> + <option value="Chymotrypsin, no P rule (FYWL)">Chymotrypsin, no P rule (FYWL)</option> + <option value="Asp-N (DE)">Asp-N (DE)</option> + <option value="Glu-C (DE)">Glu-C (DE)</option> + <option value="Lys-N (K)">Lys-N (K)</option> + <option value="Thermolysin, no P rule">Thermolysin, no P rule</option> + <option value="Semi-Chymotrypsin (FYWL)">Semi-Chymotrypsin (FYWL)</option> + <option value="Semi-Glu-C">Semi-Glu-C</option> + </param> + <param name="missed_cleavages" type="integer" value="2" label="Maximum Missed Cleavages" /> + <param name="fixed_modifications" type="select" label="Fixed Modification" multiple="true"> + <options from_file="searchgui_mods.loc"> + <column name="name" index="0" /> + <column name="value" index="0" /> + </options> + </param> + <param name="variable_modifications" type="select" label="Variable Modification" multiple="true"> + <options from_file="searchgui_mods.loc"> + <column name="name" index="0" /> + <column name="value" index="0" /> + </options> + </param> + <param name="min_charge" label="Minimum Charge" value="2" type="integer" /> + <param name="max_charge" label="Maximum Charge" value="4" type="integer" /> + <param name="forward_ion" label="Forward Ion" type="select"> + <option value="a">a</option> + <option value="b" selected="true">b</option> + <option value="c">c</option> + </param> + <param name="reverse_ion" label="Reverse Ion" type="select"> + <option value="x">x</option> + <option value="y" selected="true">y</option> + <option value="z">z</option> + </param> + <conditional name="advanced"> + <param name="specify" label="Specify Advanced Search Options" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" /> + <when value="false" /> + <when value="true"> + <param name="xtandem" label="Run X! Tandem" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" /> + <conditional name="omssa"> + <param name="run_omssa" label="Run OMSSA" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" /> + <when value="0" /> + <when value="1"> + <param name="hitlist_length" label="OMSSA: Hit List Length" type="integer" value="25" /> + <param name="remove_precursor" label="OMSSA: Remove Precurosr" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true"/> + <param name="scale_precursor" label="OMSSA: Scale Precursor Mass" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="false"/> + <param name="estimate_charge" label="OMSSA: Estimate Charge" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" /> + </when> + </conditional> + </when> + </conditional> + <conditional name="processing_options"> + <param name="specify" label="Specify Advanced PeptideShaker Processing Options" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" /> + <when value="false" /> + <when value="true"> + <param name="protein_fdr" label="FDR at the protein level" help="In percent (default 1% FDR: '1')" value="1" type="float" /> + <param name="peptide_fdr" label="FDR at the peptide level" help="In percent (default 1% FDR: '1')" value="1" type="float" /> + <param name="psm_fdr" label="FDR at the PSM level" help="In percent (default 1% FDR: '1')" value="1" type="float" /> + <param name="psm_flr" label="FLR at the PSM level" help="In percent (default 1% FLR: '1'). Percent for peptides with different potential modification sites and one variable modification." value="1" type="float" /> + <conditional name="a_score"> + <param name="use" label="Calculate A Score" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" /> + <when value="0" /> + <when value="1"> + <param name="neutral_losses" label="Include Neutral Losses in A Score" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" /> + </when> + </conditional> + <!-- SKIPPING -protein_fraction_mw_confidence ${processing_options.protein_fraction_mw_confidence} --> + </when> + </conditional> + <conditional name="filtering_options"> + <param name="specify" label="Specify Advanced PeptideShaker Filtering Options" type="boolean" truevalue="true" falsevalue="false" /> + <when value="false" /> + <when value="true"> + <param name="min_peptide_length" label="Minimum Peptide Length" value="6" type="integer" /> + <param name="max_peptide_length" label="Maximum Peptide Length" value="30" type="integer" /> + <param name="max_precursor_error" label="Maximum Precursor Error" value="10" type="float" help="Next option specifies units (Da or ppm)." /> + <param name="max_precursor_error_type" label="Maximum Precursor Error Type" type="select"> + <option value="0">ppm</option> + <option value="1">Daltons</option> + </param> + <param name="max_xtandem_e" label="Maximum X! Tandem E Value" value="100" type="float" help="" /> + <param name="max_omssa_e" label="Maximum OMSSA E Value" value="100" type="float" help="" /> + <param name="exclude_unknown_ptms" label="Exclude Unknown PTMs" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" /> + </when> + </conditional> + </inputs> + <outputs> + <data format="cps" name="output" label="PeptideShaker CPS results for ${on_string}" from_work_dir="output.cps" /> + <data format="tabular" name="output_peptides" label="PeptideShaker Peptide Report for ${on_string}" from_work_dir="peptides.txt" /> + <data format="tabular" name="output_proteins" label="PeptideShaker Protein Report for ${on_string}" from_work_dir="proteins.txt" /> + <data format="tabular" name="output_psms" label="PeptideShaker PSM Report for ${on_string}" from_work_dir="psms.txt" /> + </outputs> + <requirements> + <requirement type="package">peptide_shaker</requirement> + <requirement type="package">searchgui</requirement> + </requirements> + <help> +**What it does** + +------ + +**Citation** + +For the underlying tool, please cite `TODO` + +If you use this tool in Galaxy, please cite TODO + </help> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/searchGUI_mods.xml Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,3021 @@ +<?xml version="1.0"?> +<MSModSpecSet + xmlns="http://www.ncbi.nlm.nih.gov" + xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" + xs:schemaLocation="http://www.ncbi.nlm.nih.gov OMSSA.xsd" + > + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="methylk">0</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>methylation of K</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>14.015650</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>14.0266</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>K</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>34</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Methyl</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="oxym">1</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>oxidation of M</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>15.994915</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>15.9994</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>35</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Oxidation</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="carboxymethylc">2</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>carboxymethyl C</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>58.005479</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>58.0361</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>6</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Carboxymethyl</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="carbamidomethylc">3</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>carbamidomethyl C</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>57.021464</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>57.0513</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>4</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Carbamidomethyl</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="deamidationkq">4</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>deamidation of N and Q</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>0.984016</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>0.9848</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>N</MSModSpec_residues_E> + <MSModSpec_residues_E>Q</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>7</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Deamidated</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="propionamidec">5</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>propionamide C</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>71.037114</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>71.0779</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>C</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>24</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Propionamide</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="phosphorylations">6</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>phosphorylation of S</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>S</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="phosphorylationt">7</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>phosphorylation of T</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>T</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod> + 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D</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>D</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_neutralloss> + <MSMassSet> + <MSMassSet_monomass>97.976896</MSMassSet_monomass> + <MSMassSet_averagemass>97.9952</MSMassSet_averagemass> + <MSMassSet_n15mass>0</MSMassSet_n15mass> + </MSMassSet> + </MSModSpec_neutralloss> + <MSModSpec_unimod>21</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Phospho</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="phosphoneutrallossh">101</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>phosphorylation with neutral loss on H</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>79.966331</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>79.9799</MSModSpec_averagemass> + 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<MSModSpec_mod> + <MSMod value="suphonem">115</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>sulphone of M</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>31.989829</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>31.9988</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + <MSModSpec_residues_E>M</MSModSpec_residues_E> + </MSModSpec_residues> + <MSModSpec_unimod>425</MSModSpec_unimod> + <MSModSpec_psi-ms>Dioxidation</MSModSpec_psi-ms> + </MSModSpec> + <MSModSpec> + <MSModSpec_mod> + <MSMod value="triiodinationy">116</MSMod> + </MSModSpec_mod> + <MSModSpec_type> + <MSModType value="modaa">0</MSModType> + </MSModSpec_type> + <MSModSpec_name>tri-iodination of Y</MSModSpec_name> + <MSModSpec_monomass>377.689944</MSModSpec_monomass> + <MSModSpec_averagemass>377.6896</MSModSpec_averagemass> + <MSModSpec_n15mass>0</MSModSpec_n15mass> + <MSModSpec_residues> + 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2h4 +heavy lysine - 13c6 15n2 +asparagine hexnac +asparagine dhexhexnac +serine hexnac +threonine hexnac +palmitoleyl of s +palmitoleyl of c +palmitoleyl of t +chd2-di-methylation of k +chd2-di-methylation of peptide n-term +maleimide-peo2-biotin of c +phosphorylation of h +oxidation of c +oxidation of y (duplicate of 64) +uniblue a on k +deamidation of n +trideuteration of l (silac) +tmt duplex on k +tmt duplex on n-term peptide +tmt 6-plex on k +tmt 6-plex on n-term peptide +itraq8plex:13c(7)15n(1) on nterm +itraq8plex:13c(7)15n(1) on k +itraq8plex:13c(7)15n(1) on y +itraq8plex:13c(6)15n(2) on nterm +itraq8plex:13c(6)15n(2) on k +itraq8plex:13c(6)15n(2) on y +selenocysteine +carboxymethylated selenocysteine +dimethyl 2d n-terminus +dimethyl 2d k +gtp desthiobiotinc12 +gtp desthiobiotinc13 +user modification 5 +user modification 6 +user modification 7 +user modification 8 +user modification 9 +user modification 10 +user modification 11 +user modification 12 +user modification 13 +user modification 14 +user modification 15 +user modification 16 +user modification 17 +user modification 18 +user modification 19 +user modification 20 +user modification 21 +user modification 22 +user modification 23 +user modification 24 +user modification 25 +user modification 26 +user modification 27 +user modification 28 +user modification 29 +user modification 30
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/searchgui_mods.loc.sample Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,210 @@ +methylation of k +oxidation of m +carboxymethyl c +carbamidomethyl c +deamidation of n and q +propionamide c +phosphorylation of s +phosphorylation of t +phosphorylation of y +m cleavage from protein n-term +acetylation of protein n-term +methylation of protein n-term +tri-methylation of protein n-term +beta methythiolation of d +methylation of q +tri-methylation of k +methylation of d +methylation of e +methylation of peptide c-term +tri-deuteromethylation of d +tri-deuteromethylation of e +tri-deuteromethylation of peptide c-term +n-formyl met addition +2-amino-3-oxo-butanoic acid t +acetylation of k +amidation of peptide c-term +beta-methylthiolation of d (duplicate of 13) +carboxyamidomethylation of k +carboxyamidomethylation of h +carboxyamidomethylation of d +carboxyamidomethylation of e +carbamylation of k +carbamylation of n-term peptide +citrullination of r +oxidation of c to cysteic acid +di-iodination of y +di-methylation of k +di-methylation of r +di-methylation of peptide n-term +oxidation of f to dihydroxyphenylalanine +gammathiopropionylation of k +gammathiopropionylation of peptide n-term +farnesylation of c +formylation of k +formylation of peptide n-term +oxidation of w to formylkynurenin +fluorophenylalanine +beta-carboxylation of d +gamma-carboxylation of e +geranyl-geranyl +glucuronylation of protein n-term +glutathione disulfide +ubiquitinylation residue +guanidination of k +oxidation of h to n +oxidation of h to d +homoserine +homoserine lactone +oxidation of w to hydroxykynurenin +hydroxylation of d +hydroxylation of k +hydroxylation of n +hydroxylation of p +hydroxylation of f +hydroxylation of y +iodination of y +oxidation of w to kynurenin +lipoyl k +methyl ester of peptide c-term (duplicate of 18) +methyl ester of d +methyl ester of e (duplicate of 17) +methyl ester of s +methyl ester of y +methyl c +methyl h +methyl n +methylation of peptide n-term +methyl r +myristoleylation of g +myristoyl-4h of g +myristoylation of peptide n-term g +myristoylation of k +formylation of protein n-term +nem c +nipcam +oxidation of w to nitro +oxidation of y to nitro +o18 on peptide n-term +di-o18 on peptide n-term +oxidation of h +oxidation of w +phosphopantetheine s +palmitoylation of c +palmitoylation of k +palmitoylation of s +palmitoylation of t +phosphorylation of s with prompt loss +phosphorylation of t with prompt loss +phosphorylation with prompt loss on y +phosphorylation with neutral loss on c +phosphorylation with neutral loss on d +phosphorylation with neutral loss on h +propionyl light k +propionyl light on peptide n-term +propionyl heavy k +propionyl heavy peptide n-term +pyridyl k +pyridyl peptide n-term +pyro-cmc +pyro-glu from n-term e +pyro-glu from n-term q +oxidation of p to pyroglutamic acid +s-pyridylethylation of c +semet +sulfation of y +sulphone of m +tri-iodination of y +tri-methylation of r +n-acyl diglyceride cysteine +icat light +icat heavy +camthiopropanoyl k +phosphorylation with neutral loss on s +phosphorylation with neutral loss on t +phosphorylation of s with etd loss +phosphorylation of t with etd loss +heavy arginine-13c6 +heavy arginine-13c6-15n4 +heavy lysine-13c6 +pngasf in o18 water +beta elimination of s +beta elimination of t +oxidation of c to sulfinic acid +arginine to ornithine +dehydro of s and t +carboxykynurenin of w +sumoylation of k +itraq114 on nterm +itraq114 on k +itraq114 on y +itraq115 on nterm +itraq115 on k +itraq115 on y +itraq116 on nterm +itraq116 on k +itraq116 on y +itraq117 on nterm +itraq117 on k +itraq117 on y +mmts on c +heavy lysine - 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/update.sh Fri May 10 17:58:22 2013 -0400 @@ -0,0 +1,35 @@ +#!/bin/bash + +LICENSE_FILE=LICENSE +# Ensure repository contains license file. +if [ ! -e "$LICENSE_FILE" ]; +then + wget http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt -O "$LICENSE_FILE" +fi + +# Run repository specific update actions. +if [ -f update_repo.sh ]; +then + ./update_repo.sh +fi + +wget https://raw.github.com/gist/3749747/README_GALAXYP.md -O README_GALAXYP.md + +# Create repository README +if [ ! -e README_REPO.md ]; +then + echo "TODO: Document this tool repository." > README_REPO.md +fi +cat README_REPO.md README_GALAXYP.md > README.md + + +# If version file exists, update all tools to this version +VERSION_FILE=version +if [ -e "$VERSION_FILE" ]; +then + VERSION=`cat $VERSION_FILE` + + # Replace tool version in each tool XML file ` + find -iname "*xml" -exec sed -i'' -e '0,/version="\(.\+\)"/s/version="\(.\+\)"/version="'$VERSION'"/1g' {} \; + +fi