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diff VCFToolsStats/vcfToolsStats.sh @ 8:2b6bb9d5e4e9 draft
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author | gandres |
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--- a/VCFToolsStats/vcfToolsStats.sh Thu Mar 31 10:41:59 2016 -0400 +++ b/VCFToolsStats/vcfToolsStats.sh Tue Apr 12 05:43:01 2016 -0400 @@ -4,17 +4,15 @@ filein=$1 fileout_label=$(date "+%Y%m%d%H%M%S") -fileout_annot=$2 -fileout_het=$3 -fileout_imiss=$4 -fileout_sum=$5 -filelog=$6 +fileout_het=$2 +fileout_imiss=$3 +fileout_sum=$4 +filelog=$5 perl $tool_path/VCFToolsStats.pl --input $filein --out $fileout_label -cp $fileout_label.annotation $fileout_annot ; rm $fileout_label.annotation cp $fileout_label.het $fileout_het ; rm $fileout_label.het cp $fileout_label.imiss $fileout_imiss ; rm $fileout_label.imiss cp $fileout_label.TsTv.summary $fileout_sum ; rm $fileout_label.TsTv.summary