# HG changeset patch
# User genouest
# Date 1693993828 0
# Node ID 3c0865d1172f89eff7efd6bf072ffedad2b7b71b
planemo upload for repository https://github.com/genouest/galaxy-tools/tree/master/tools/braker commit d6e73c0417506d93c905b4aeb77d92350b662fbb
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f README.rst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,41 @@
+Braker3
+=======
+
+This tool is not in IUC because of the license issues with GeneMark and
+ProtHint that makes it impossible to test it using CI.
+
+GeneMark and ProtHint
+---------------------
+
+Braker requires GeneMark to predict gene, but due to licensing issues, we
+are not allowed to distribute GeneMark automatically.
+
+Braker also requires ProtHint to use protein sequences as hints to predict
+genes, but, again, due to licensing issues, we are not allowed to distribute
+ProtHint automatically.
+
+To use Braker3, the Galaxy administrator needs to install
+GeneMark, and set the ``GENEMARK_PATH`` variable on the job destination.
+
+The only working version of GeneMark to install needs to be downloaded from
+http://topaz.gatech.edu/GeneMark/etp.for_braker.tar.gz
+This archive also contains ProtHint and various other tools in specific versions needed by Braker3.
+
+Unzip it, and set the ``GENEMARK_PATH`` variable to point to the extracted ``bin``
+directory.
+
+Also set the ``PROTHINT_PATH`` variable on the job destination, pointing to the extracted
+``bin/gmes/ProtHint/bin/`` directory
+
+Running tests
+-------------
+
+Tests require working GeneMark and ProtHint installations, which means
+both GENEMARK_PATH and PROTHINT_PATH are set in job_conf_braker3.xml.
+
+You should then use the ``--job_config_file job_conf_braker3.xml``
+option for planemo commands.
+
+You should also copy a valid GeneMark license (from
+http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi) in
+test-data/gm_key_64.
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f braker3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/braker3.xml Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,203 @@
+
+ genome annotation
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+ &2 ; exit 1 ; fi &&
+if [ ! -f "\$GENEMARK_PATH/gmes/gmes_petap.pl" ] ; then echo "GeneMark is not installed properly on this Galaxy server." >&2 ; exit 1 ; fi &&
+
+## This specific GeneMark version has some tools bundled with it, forced to use it.
+## I feel dirty. Pardon me.
+
+export PATH="\$GENEMARK_PATH/../tools/:\$PATH" &&
+
+## GeneMark only search for license in ~/.gm_key
+cp '${genemark_license}' ~/.gm_key &&
+
+braker.pl
+--genome '${genome}'
+cd
+$softmasking
+
+#if $evidences.bam:
+ --bam ${evidences.bam}
+#end if
+
+#if $evidences.prot_seq:
+ --prot_seq ${evidences.prot_seq}
+#end if
+
+## No hints, use esmode
+#if not $evidences.bam and not $evidences.prot_seq
+ --esmode
+#end if
+
+#if $output_format == 'gff3'
+ --gff3
+#end if
+
+$genemark.fungus
+
+$augustus.crf
+--rounds $augustus.rounds
+$augustus.AUGUSTUS_ab_initio
+$augustus.keepCrf
+
+$advanced.UTR
+
+$advanced.filterOutShort
+
+#if $advanced.eval:
+ --eval ${advanced.eval}
+#end if
+
+#if $advanced.eval_pseudo:
+ --eval_pseudo ${advanced.eval_pseudo}
+#end if
+
+#if $species:
+ --species '$species'
+#end if
+
+$advanced.alternatives_from_evidence
+
+#if $dev.splice_sites:
+ --splice_sites '$dev.splice_sites'
+#end if
+
+#if $dev.min_contig:
+ --min_contig $dev.min_contig
+#end if
+
+--gc_probability $dev.gc_probability
+--downsampling_lambda $dev.downsampling_lambda
+
+#if $dev.gm_max_intergenic:
+--gm_max_intergenic $dev.gm_max_intergenic
+#end if
+
+--threads \${GALAXY_SLOTS:-2}
+]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ output_format == 'gtf'
+
+
+ output_format == 'gff3'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f job_conf_braker3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/job_conf_braker3.xml Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,20 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ /home/abretaud/softs/etp.for_braker/bin/
+ /home/abretaud/softs/etp.for_braker/bin/gmes/ProtHint/bin/
+
+
+ false
+
+
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,131 @@
+
+
+ 3.0.3
+ 0
+
+
+ braker3
+
+
+
+
+ 10.1093/nargab/lqaa108
+ 10.1007/978-1-4939-9173-0_5
+ 10.1093/bioinformatics/btv661
+ 10.1093/bioinformatics/btn013
+ 10.1186/1471-2105-7-62
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f test-data/SRR7458692.bam
Binary file test-data/SRR7458692.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f test-data/genemark_license.gm_key
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f test-data/genome_masked.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genome_masked.fa Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,14651 @@
+>sample
+GTGGCCGGCTGATTTCACGTCCTAACTTTGGGCTTAACTGGTTCGCCAGT
+TGACTTTCTTCGCCATCATGTGATGCATTAATTAAACAATAATTACTAAT
+TGacagtaattaataattgTGGCAAAAAGCGCGACACGTTTTTTCGGCAA
+ACTCCTCGGAAGACCGATTGTTTAAAGACGTAGGGAAAAGTAGTTCCCAA
+GCATTTTAAAAAGATACCTATGACATGTGACACCTTTAAAGTGCAATACA
+AGTTTTCATCTCTTTATATCCTTTTACTCCCTAATTTGAATATAAAAGGA
+ATCGCATTGAGAGTATAAAGGCTTTAGTTCTTATCGATagatagttagtG
+ATGAAATAAAATTATAACCGTGGTTTTAGTTTGAAATGTTGTAAAGACTT
+TCTTTAAATTTAACCAAATTTATGTGATAAAATGGATATTCCATAGATAA
+GACATTTAAGTTAAATGTTTTTATACATCAAAAAGGAAACATTGTGCACG
+CTATCAAATGGTATTCTTAAAATCGAGTCAgttaggtaagttattaatta
+aATGGTAACTTTTTAACGTGCGTCAAATAATCTAGAAATTCTTCTTCAAC
+TCATCCAAAACATTCTCAACACCACAATATCTATGCTCAGCGATGACAAA
+TTTCTCCTGATTTCTTAATTTTCTATCTATGctatgcGATCAATCAACGA
+ATGTGTGCTAATTTCTTGTGACGATTATTTTGCAAAGTCGTCTCCGCGTT
+AATATCCGATGTAAATAAACCTATGAAAATCGCAAAGATCTATTCCTTTG
+CGCTTAACCTTGTTATTGAACTCCCTCCCGCCCGGATTTTCGCAGCTTCC
+AACTAAGTGATACCTTTTAAACAAACGCCACAACAAAACAGGTGACAATC
+ATATTTTATCAACAAAAGAAAAGAGAGATAATATCTGCTGCTAATTCAAT
+TTATTGGGCTTTGTGTTTATTTGCATTGGGAATCCGTGGAGCTGATATTG
+TTTACTTTGGCAATTTCCCAGTCATTATGGTCGCCGTATAATGTGAATGG
+CCAACAGGAAAATTTCACAGATTCCACTGGTTATTCACTGTTCATGCTGG
+CGGTTGATCCGCTCCAAATCCCGGATGAGGCGGCGGAAGATCCTTATACC
+GCTTACTTACGTATTCACTGCTTAACATCTTATCATAGAATTCGTTAGCT
+TTCACATAGTTTGGATTCCGAATGAATCTCTTCTGTCGACCTCGCGTTTT
+TGGCAATTTTCGGAGCTCTTCGCTACTGCTAGTTGATTTAAGGCCTACAT
+CTTTCTGATCCTTAATCATCCTTTTAGGTGATTCTCCTGCTACCATGGGA
+TCCACCAGTTTCATATATAATGGATCGGGCTCGTTTGCAAGTGGGTTTCC
+AGTTTCAGAAGACTCTGACGTTCTAAGCGCCAATAAAATGAAAATAACCA
+AAAGGAAACTAGACATGTTTCGTTACAGACAGATATAGATTGGATATTAT
+TGAAAGAAAATgaaaataAACAGCGATAATGATCTGTGACTTATTGGAAA
+TTAGATGGCTTATGGATGATGGGGCGATAAATTCGAACAAACACTGAGAG
+CATTTTTGGGAGCATTGTGGGAGCTTTTCTATTATCCAGTACTTTATATA
+CATATATCATTTATATACTAATCATTTCTGGTAGCCGTTCGTAATCAGGA
+TCGGATCCTTTTTTACCCGTTAGTCAGCTAGAAGAAACGAAAAATTAAAA
+TAGTAAAatctaaaagtatacaaaaattcaaatagtaaaaccaaaaagta
+ttaaaaaaAATATCAATCGTTTTTAAACGTTGATTTTTCAGCTTGTGGGG
+TGATTTATCGCTAACTTGGAAAATGATAATAAAGCATTATCCATAATATT
+AGTTGTGGAAATGAAATTCAAATAGATGTTGTGTTATATACGATGAGGAT
+GTTGCATTTGAGTCCCCGGAAATATAGTATTTTTTTTACCGAAGGTATTA
+TCGTACCGGTCAAGTACGGTCACACTGCCAAGCGCAGATTTGAGGATTTC
+TAGATTTGGCCTCTTGATGGACTAGAAGCGCTACCAAAACTGGGGCTTGA
+GTTGAATTACCTGTTGGAAGACACAATGCCACCCACGATCAACAATTCGG
+CGGTAAACAGTGCCGCCGAAAAGCGACCCCAGCGGCAAACGGAGCGCAAG
+TAAGTGAACAGATCCCTAAACAGACGCCAGATACTCAGACTGATGTGTAC
+CTTGCAGATCCGAGATCATTTGCCGCGTGAAGTATGGAAACAACCTGCCG
+GATATACCATTTGATCTGAAGTTTCTGCAGTACCCCTTCGACAGCCACCG
+CTTCGTGCAGTACAACCCAACGTCGCTAGAGCGTAACTTCAAGTATGACG
+TGCTGACGGAACACGATTTGGGTGTCACGGTGGACCTGATTAACCGGGAG
+CTCTATCAGGCCGACTCCATGACGCTGCTGGACCCCGCCGATGAAAAACT
+GCTGGAGGAGGAGACTCTGACGCCCACAGACTCTGTGCGTTCGCGCCAGC
+ATTCGAGGACGGTGTCATGGTTGCGCAAATCCGAGTACATCTCCACCGAG
+CAGACGCGCTTCCAGCCCCAGAACCTGGAGAACATCGAGGCCAAGGTCGG
+TTACAACGTCAAGAAGTCGCTTCGGGAGGAGACTCTCTACCTGGACCGCG
+AAGCCCAGATCAAAGCCATCGAGAAGACCTTCAGCGACACCAAGAGCGAA
+ATTACCAAGCACTATTCCAAGCCCAATGTGGTGCCAGTGGAGGTACTGCC
+TATCTTCCCCGACTTCACCAACTGGAAGTTCCCGTGCGCCCAGGTCATAT
+TTGACAGTGATCCCGCTCCTGCGGGCAAGAACGTGCCCGCCCAGCTGGAG
+GAGATGTCGCAGGCCATGATTCGTGGTGTGATGGACGAGAGCGGCGAACA
+GTTTGTCGCCTACTTCCTGCCCACAGAGCAGACGCTGGAGAAACGCCGTA
+CAGACTTCATCAATGGCGAGCTGTACAAGGAGGaggaggagtacgagtac
+aagATCGCTCGAGAGTACAACTGGAACGTGAAGACCAAAGCTTCCAAGGG
+CTACGAAGAAAACTACTTCTTCGTGATGCGTCAGGACGGCATCTACTACA
+ACGAGCTAGAAACCCGTGTGCGCCTTAACAAGCGTCGCGTTAAGGTTGGC
+CAGCAACCCAACAACACCAAGCTGGTAAGTATATTTATGCGCATACATCT
+ATAGCGAGCTTTACTTTGTATTATTTCTACCAGGTTGTCAAGCATCGTCC
+ATTGGACAGCATGGAGCATCGTATGCAGCGCTATCGCGAGCGCCAGCTAG
+AAGTTCCTGGCGAGGaggaggaGATCGTGGAAGAAGTGAGGGAAGAGGAG
+CAAATGCAAATCATTGGCGAGACGGAGAAGACGAGCGAGGACGCAGCTGT
+TGGCGCACAGGCAGCATCTGGAGCGGACTCACCCGCCCAGGTAGCCCGCG
+ATCGACAGTCTCGTTCTCGGAGTCGAACTCGCAGCGGGTCCAgttcagga
+tctggatctggctccggctcTCGGGCCAgcagccgctcaaagtctggttc
+tcggtctggtagcggctcCAGATCACGCACAAATTCGCCGGCAGGATCCC
+AGAAATCCGGatccagatcgagatcggtatcacgttcccgatcccgttcc
+aagtcCGGCTCTCGGtcgcgttctaggtcgagatccaagtccggttcccg
+atcacgttcgggctccagatctggctctgggtcgcgatcgCCCAGCCGGT
+CTCGCAGTGGCTCGCCTTCTGGTTCAGGATCCAGCTCTGGAAGCGCCTCA
+GATGAATGATTAATTACAAAAAACGGCGTTCATAATAAATAAGTTTATAA
+TCAACCAAGTACATTTGAAAACTGAACTAACTCGATTTAATATCATTTTC
+GCCTCAACTCAGCGCTCGGGTTCGTTGCCCAGAATAGTTTTAAATAAAAT
+CGGCAGTTTAACATAATTTATATTAGATGTtgttgttgtATTGCAAACAA
+GTCGGGTCCTAGTCGATTTACACTTGGCTGAGATAAAACAACTAAGATTC
+AAATAATATCCTCATAAGAAGATGTAATTAAGACGTTTTTCTTAGGGGGT
+GCTTAGGAATTGATTAGATCGCCTTTGGGGAAGTGCAAACAATGTAAaat
+gatataaaagggtataaaTTAAGTGGATATATGCATCTTCGTTCCAACTA
+CGTGGCGTCCATCAAAAAGCGCTGGAAGACTTCGCCATCGGAACTAGGTA
+GCTCTGTTTGTTGCGGTGAGTAGATTCTCAAGTTCTGGAGTTGCTGCAGC
+GGAGAGCCATTCCCGCTGAAGTGTACCACCGCAACCGGCTGTAGGGATAT
+GAGCTGTCCCTCCTCCCGCGGCTCCACACCACAGATGCCCAGCTTTTGGC
+ACTGCTCAACGACAATGTCGTCGATTGACTGCGAAAGCAGTGCCTCCTGC
+TCAGGATCCACAATGGAGCTGCTGTTGATGGCAGCTATTTCGGCGCTCGC
+TGGTGAAGGCTGAGTATGCGAGTCGTTGCCCTCCAGGAACGCCTTTATCA
+GCTGCTCCGGTGTCTGGGCCTCCTCGGTGGGACATCGATGGGTCCTTTGA
+CTGACCTTGTACCTGAACGTCTTTTGGCAGAGCTCGCACTTGTAGGGCAT
+CACTCCCGTGTGGATGCGCGTGTGGACAAGGAAAGAGACTCGCTGCCGGA
+AACACTTGCCTGTGGACGAGTCCGAAATACGAAAAGGTTAGACATGGAGT
+GACCCGGAAAAGAAGGTATACCTCTCCTTCATTTAAAGTAAATAGGGCAA
+ATCGCAATGGAGTATGCTCATTTATAAGCTGGCTAACAAAATAAGGGGCG
+GCTAATTAAGGGGTTTGATCGATACTCACCGCAGACTTCGCACTTGAAGG
+GCTTTTCGCCGCTGTGAATCCTCTGGTGGTTATGCAGCGTAGACAGTTCC
+TTGAAGGCGCGTCCACAAACCCCGCAGACATGGGGCTTTACCTCGCTGTG
+GTAGAGCAAATGCTTGTGGTACGACTGCTGGAAGGTGAAGGTCCTGGCGC
+AGATCTCGCATGTGTACGGCATCTCGCCGGTGTGGAGCCGCTTGTGCTTC
+TTCAGAAAGTACTTGGTGGTGAAGGACTTGCTGCACACATCGCACTCCCA
+CAGCTTCGGGGTGGCCGTGCCCGACTCCGGCGAACTGGGGGACTGCTGGA
+GCATGCTCAGCGCCCCACTCAGCGCGTATGGCTGGGATGCGGTGCACGTG
+GAGTTATTTCCGTTGCCAAGGGCTCCAGGCTCTGTGTGTCGAATGCGATC
+GCAAATGCTCAGCTTGGGCGTGGCAGTAACTGCACTGGTGGTAGAAGCGG
+GTGTAGGACtgggattaggatttggattgggattggAGCAGGGCACGCCC
+ATCATGTGCACTACTTTCAGGTGGATTCGAAGGGAGCCCTTCATTCGGAA
+CGTCTTGGAGCAGAGATGGCACTTGTAGGGCTCCTGGTCCTGTATAAAGC
+AATAATCGGAATTTCACTTATATTTATCAATTCATCAATATGCCCTCATG
+GCCAAATATTCCATTACATTACCGTCTGTCTCTCAGTTTCAAATTTATGC
+ACAAAAATCATTCACTTTCATTCACTATATCACAAAGTTGCCATGGTTTT
+AAATTGATCAAAAACAAATTAATATCTATCATATATaTACATAGTCATAT
+GAACAGTTGAAAAATTAATTGAAAATAATGGGAACGATATACGTACATAC
+ATCAGTTGTTTTTAAAATATAAGGGTATATAGATTTCTTTCttgttgttg
+ttgatTTTAATTACGTCAAACTTTTGTTTCAGATTCAATGTAAATGGTCT
+AGCTTTTTAAGTATGATTTTTTTTTGCTGCCAGTGAGCATAGAAaaaaaa
+aatCaaaATCGATATAAGAATATGCGAAAGTGCATTACGAAACTCTTTAG
+ATAATAGCACTTAATATATGTACATAGCCAATAGTTACCGGTTCCTTCTG
+TTGGggttccttttgcttgggttcTCCCTCCGCATTTTCGTGGACTAAGC
+GGACGTGCATGTCCCTCAGCTCGGTATTCCGGAAACTGAACTCGCAAATG
+TCGCAGTGGGCGGGCGGGGTGGTCCGCACAGGCGGTGGGGTTGGGACGAC
+GGGCTTGGACCTGGTTCGCTTGGCCCTCCGTTTGGGAGGAGCTGCGGCAA
+GGAAGCCCCGGGACGAGGCGGGTTGGCCATTCGCTGGACTCTCGTTTCCC
+TCCTGAGCCATCAGACTTGTGTGCGAGAACAGGTGGATGGTGAGCTTGTC
+CAGCCCCAGGAAGAGCTCCTTGCAGTTGGCAAAGGGACAGGCCAGTGGGC
+CGTTGGCCGCCTTGATCAGCCTCTGCTGCAGTGCGTCAATACTGCCGAAA
+CTGGGCACCGCGCAGAGCGGACACAGCACCGAGGTGGAACACATTTCGCC
+AGTGCACTCAATCGAATCTTATGCAAATGCTTCACCTCCTATTGGGATTA
+TCCTCCTGTTCGGTCTGTGATCATCTATTCAGGAGTCCATTCCCAGACTG
+CCTAGTCTTTCTGCTTTCAAAATTTTCTAAAAATATCAGCAAGTGAAGAT
+TTTTGAAAACTTTGGGCCCAGCAATCTGACTTCTCGGCACCGATGCCAGC
+TAACGAAATAATGAAaaataatgaaaTGCCCGGCGCGGATCGTCGAATCG
+TCAAGAAGACTTTCGGAAACACTCGCAGCACCGAAATCCCATCTCTCGAA
+CAAGGCAGTCTCTTTTCTCCGTGTCTCTGGGTAGCTCATTTCGAAATATA
+GCTCTGAGCACGGCTATATACTATATGTATGTAGAATTATTTCTGGCCGA
+TATATGTTGCACTGGCGGCCATATAGCCTTCGTTCTAGTCTTTGTAACGC
+ACGATGCGCAGGAGCAATTCGCTGAGATGACCACATGCGATTTGCGGGAC
+TTATCTAGAGATCTATCATTATCGCCAGATTGGTTTAATAATTGGCTTTT
+CCGCCAATATCCAATTGGAATATGGTTGGTTACTGCAATTGTCGCTCCAT
+TTTTTAAGCACTCCATAAAAAGTAAACACATTAATATGTACTCTTATTGG
+AGATTTCTTCTTTCGATTTTAGTTTCGGACCAGTGAAAATCATTCGTTTC
+ATTTTCGTAAATAAGAACTGAGAAAATATtattattatATATATTTCTTT
+ATTAGGAAAATACGAAGATTGAGTATTTCAGATTGAATTAGCATATCCGT
+CTAAATCTTAATGCTGTAATGAGCTTACTTGAGATCTGATCAAAACCAAT
+ACaaaacccacacCAAAGGTGGTAGCTAATATACATATTTTGTGTAATAC
+TTTTGTAGAGTATTTACTATTCAGCGATTTAAACAAGCAATCGCCTAGAC
+ACACACATTTGTCCGCCTATGTGTATGTGCACCGAGCTATACCCCCACTG
+AATCGCTGTGTGCTATTTTTATGGCCGCGATGCTCTCTTGTTTTGACCCG
+CTTGGGCAACGCATTTTATTCGCTGTTTCGTTTAGATGGTCAATTTGTAA
+ACACTGCGATGCCAACACGTGAAGATACGAGCATACGGGTTGAGATCATC
+GGATATCGAACGGAATAATAaataaatataTTTTAGACTATTATTTTTTC
+TTCGGCAAGGGCAACTCAAGCGATATGATGCTCAGTCCGGAGTGGGAGGT
+TGTGGAGGATGTGTCATCCTTAAGGGAGCTCATGTCGGAGACGGAGGACC
+GGGCACTAGCCCCGTCGCAGGAGAACTTCTTGCCCTTAACATTGAGGTAG
+GAGGCGGTGTCCTGACCCTGCGAGGACTTGCCCGAGGAGCTGCTGTTCCA
+GGACACGCGGCTGCACGTGCGCTTCAGGTGCATCGGCAACTTGATTCCTT
+TTCGCAAGAGGATTCCAATTATATCCGTGCCGCTCTCGTCGCTGTTCGCC
+AGATCGGTGATCATGTTCAGCGCCTTGGTGTTACGCGCCTCCAGCTCCTG
+TAGAGACAGATCCCGCTCGAACTGCGCCAGGTACTCCTCGCTAAAGGGCC
+GCGCCTTGATCTCCCGCAACTGTGTCCGGATCTCTCGATTGGCCCTGTCC
+AGCTTCATTCGCTGGTCATCTAGTTCGCGCTCGATCTTCTCCAGAACTGC
+AGAGTGCTCCGCCCGACTAGCCTTCGCCTTCTCTATTTTGGAAATCAGGT
+CTTCCTCCTCAGCTCGCTGGGCTGCGTGCTTCTGCTGGTAGTGCTGTGCC
+TTGCACCTGAGAACCTTCAGTTTTTCCAGCTCGCGGCAGTAGGCCGCCTC
+AAGTTCCTTCAGCTCCAGTTCGGCCCGCTCGCGATCTAGAAATTAGAAGT
+ATGGAAAAAATCTACCAATTTAACATTGAATTACACAATTCTAAGCCACC
+CGGCTTGTAGACATGGCTAGAATATGACCGCTTAATGTGCTATTATAGTT
+ACTGAAAGTCGGAACGGacggacggAAATGGCCAGATCGACTCAGGTATG
+GATCTTGATCAAGAATATCTATTCTTTATAGAGCCAGAAAACCTAATTTG
+TTCCTATTCAATATCTGtatctgtgagtgttattaaaattcaaaATTAGA
+GCAATGTTGCTAATACTAGTAACCCTTTCCACTCTGAATGGTCATTTATA
+ACTCACCCTTTGAGTTTTCGTCCACAGATCGGAATGTTTTTCGGTAGTTA
+TCGTTCGATTTGTCGAACTGGCGCAGTGTGTTTTCCAGGGCGACCACTTC
+CTTCTCAGCCTTGAGAACCTTTTTGTTGAGGGCATCGCCCTCGTCGGCCA
+GCATCTGCCGTTCCTGGGCGCTCACCACCTTCAGCTGTGTGCTGGTCATG
+ATGGAGCCGTCCTCGTTTTTGCCTAGCAATTGGGCGGTAAGTTCAAAGCG
+CGCCTTCATCGCCTCAATCTGCTTCTTCCGCTCCCCGAGGTCGGCTCGCA
+GGGTGCTTAGTTCCTCGTTAAGATGCttcttcttgaggaggagCACATCC
+TCTTGGCTGCGAAGCTCAACGGTGCGATCTTTGATGGCGCGCCGGAAGGC
+AAGGCGGTGCTGCTCTAGGTCGTAGGTGCCCTGCTCGCAGCCTCCGATGC
+CAACCTCTAGGTCGCTGCAGCGCATCTTGACCATGTTGAGGTCGACTATG
+AGCTCGGAATTCTCGTATCGAATCTGGCGCAGTCTCTTGACGGTGCCCTC
+GCAGTACACCTGGGCCTCTTTAATCTTGAACCTGACCATTTCGAGCTCCT
+TCTCGTCGGCGTTGTACTGGACGACCAGGTTGTTCATGTTATAGTTTAGC
+TTCTTATTCTGCGCCTCCGTGGTGGCGATGAGGCGTTGCAACTTTTCATA
+CTCCTGCTCCAGAGTGTTAAGCCGGGCCATGTTTGTGGCCTCTACCTCGG
+GGTCATCTGCCAGACCCTTGATCTCGGCGAGACGCCGCTCCGCCTCCAAG
+CACTTAAAGGACAGGCTGTAATGGATCTCCGTCTGCCGCTTGAGTTCGTT
+ATTGACCTGCTGCTGATTGCGATTGATCGCTGCCAGGTTGGAGTTGAGCG
+AGTCGTTCTGCACCTTCAAGACCTTCTCCtcgtcctgcagctcgatgacc
+tgcCTCTGGGTGCGGTACAACATCTCGTTGACCttcTcctgcTCCTTGTC
+CAGGTTTCGCAGAGCCGTCTCCTCCGCCTGCATCATCTCCTCCAGAATTT
+GCAGCCGCTGCTCCGCATTGAGGGCCTTGTTCTGTACAGACTTCAGCCGA
+GCGTTAACCTTCTCCATCACCGAAGCGAAGTTCTCCAGCTCCTTGGCCTT
+CTCATCGCGCTTTTTCATCTGACTACGGTTATCCATGCGCTGCAGGTGAA
+CCCGGTTCGAAAGGTTCTCCAGTTCCCGACGCAGTCCGTCGATCTCGCGC
+TCCTTCAGTAATGTGGCATCAATCAGGAtctggatttggtttTTCATGTC
+GGAGCTTTCCTCGTTGAGGGACTCGATCGCGAGCTCCACCTGGCGGTTGT
+TCTCGATGACCTCGGTTAGCTGGTTGTCGTACTCCTTGTAGGTCTGAGCC
+GTCTGCTGGGCTTTCTGGGCCAGCTCCGCACACTCTATCTCGCTGCGCTG
+AATGTCGTGCTCTCGCTGGGTCATCTGGTTCACGGCGCTCTTCCACGTCT
+CCACCATCTGGCGGCGTTCCGCGTGGGCAGACCTGTACAGACAAGCGGTT
+CGCTCCAGATTCTTCTCCAGCGTCATTTGCTCGTCATAGAGGAGCACCAC
+CTGCTTGCGCCGCTTGTCGATGTCCGCCTGCAAGAGCTGACGCTTAATGT
+TCAGCTCCCGTGCCTTTTGCTGGTCATCGAGGTAGTACTTTTCGATTAGC
+TGGTAGCCCTTGTTTCCGTCTTCCATGGCCTCTGTCCACTCCACCAAGGT
+AGTCTTAGCCGACTTGATGCGGGAAGTCAGCTCATCTATCTCGCGCTTGC
+TCTGGCAAATCTTTCCTGGTCATAGGACAAACAAAAGGGAAATTGCACAT
+GTATCATCAAATGATATATAATAGATGGTTAGTGTGCTTAATAACCAGCA
+AATTGGTTAGTTGCACATTTTGGTTCTTGGGGTACATTTGACTTACGCTC
+AGTGACTTTGACATATTCAGTGTACTCCTCCAGCTCCTTGTTATTCTTCC
+GCAGATCCTCCTTGATCTTGTTGCGCTCCAAGATCACAAGCTGGACGTTG
+TGCGCCTCCTTGATAACATCATCCTTCAGGGAGCTGTACAGTGTCTAGGT
+GGTACTAAGAAATGACCAACAGATCGAGCATATAGCCATATATATAGCAT
+ACCAGGTTCTGCTGAATAGTGCCCTCAATGTTGCGGGTATGTCGTTCCAC
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+tcaACGCCCGCAGAGCAGTCAGTTCCTTTAGGATGGCCAAGTTCTCGGCA
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+sample AUGUSTUS start_codon 79526 79528 . + 0 transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample GeneMark.hmm3 start_codon 21540 21542 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
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+sample AUGUSTUS intron 183955 186056 0.28 - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS CDS 186057 186166 0.43 - 0 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
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+sample AUGUSTUS exon 186057 186166 . - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS start_codon 186164 186166 . - 0 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
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+sample4 GeneMark.hmm3 gene 5997 6450 . - . gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 mRNA 5997 6450 . - . gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 14247 14249 . - 0 gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 95334 95386 . + 2 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
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+sample GeneMark.hmm3 CDS 95387 95762 . + 1 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 95760 95762 . + 0 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 2258 3224 . + 1 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_1_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 intron 3225 3283 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 3284 3755 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 intron 3756 4934 . + 1 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 gene 2258 5707 . + . gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 mRNA 2258 5707 . + . gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 4935 5707 . + 2 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_3_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 stop_codon 5705 5707 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 183489 183491 . - 0 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 183659 183709 . - 1 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 183925 186056 . - 2 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
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+sample GeneMark.hmm3 mRNA 183489 186166 . - . gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 6451 7715 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 7716 8385 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_4_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 8386 8706 . - 1 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 8707 10499 . - 1 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_3_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 10500 10642 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 10643 10794 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 10795 10816 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 5997 11104 . - . gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 5997 11104 . - . gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 10817 11104 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 11102 11104 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 4248 4250 . - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 4248 4738 0.48 - 2 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 4248 4738 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
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+sample AUGUSTUS exon 4930 5539 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
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+sample AUGUSTUS CDS 7716 8362 0.49 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 7716 8362 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 8363 8725 0.31 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 8726 10495 0.23 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 8726 10495 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 10496 10662 0.22 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10663 10794 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 10663 10794 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 10795 10852 0.95 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10853 11104 0.72 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS gene 4248 11104 0.01 - . g3
+sample AUGUSTUS transcript 4248 11104 0.01 - . g3.t1
+sample AUGUSTUS exon 10853 11104 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 11102 11104 . - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 194065 194067 . + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS CDS 194065 194461 0.19 + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS exon 194065 194461 . + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS intron 194462 194517 0.12 + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 0.21 + 2 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS gene 194065 194669 0.06 + . g23
+sample AUGUSTUS transcript 194065 194669 0.06 + . g23.t1
+sample AUGUSTUS exon 194518 194669 . + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS start_codon 116548 116550 . + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS CDS 116548 119382 0.85 + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS exon 116548 119382 . + . transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS stop_codon 119380 119382 . + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS gene 116548 119382 0.85 + . g17
+sample AUGUSTUS transcript 116548 119382 0.85 + . g17.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 143824 143826 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 143824 143830 0.99 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 143824 143830 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 143831 144252 0.74 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 144253 144559 0.19 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 144253 144559 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 144560 145804 0.24 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 145805 146055 0.13 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 145805 146055 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 146056 149018 0.23 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149019 149244 0.28 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149019 149244 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149245 149411 0.66 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149412 149586 0.26 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149412 149586 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149587 149672 0.43 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149673 149917 0.27 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149673 149917 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149918 152341 0.26 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 152342 152429 0.26 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 152342 152429 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 152430 152495 0.32 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 152496 152751 0.41 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 152496 152751 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 152752 153206 0.42 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 153207 159043 0.51 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS gene 143824 159043 0.02 + . g19
+sample AUGUSTUS transcript 143824 159043 0.02 + . g19.t1
+sample AUGUSTUS exon 153207 159043 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS stop_codon 159041 159043 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS start_codon 58640 58642 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 58640 58677 0.01 + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS exon 58640 58677 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS intron 58678 59091 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 59092 59204 0.01 + 1 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS exon 59092 59204 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS intron 59205 69536 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 69537 69745 0.01 + 2 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS gene 58640 69745 0 + . g12
+sample AUGUSTUS transcript 58640 69745 . + . g12.t1
+sample AUGUSTUS exon 69537 69745 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS stop_codon 69743 69745 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS stop_codon 22811 22813 . - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS CDS 22811 24038 1 - 1 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS exon 22811 24038 . - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS intron 24039 26107 1 - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS CDS 26108 27111 0.98 - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS gene 22811 27111 0.98 - . g5
+sample AUGUSTUS transcript 22811 27111 0.98 - . g5.t1
+sample AUGUSTUS exon 26108 27111 . - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS start_codon 27109 27111 . - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS stop_codon 214566 214568 . - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS CDS 214566 214811 0.19 - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS exon 214566 214811 . - . transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS start_codon 214809 214811 . - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS gene 214566 214811 0.19 - . g25
+sample AUGUSTUS transcript 214566 214811 0.19 - . g25.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 45527 45529 . - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 45527 46157 0.51 - 1 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS exon 45527 46157 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS intron 46158 46752 0.42 - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 46753 47379 0.43 - 1 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS exon 46753 47379 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS intron 47380 49616 0.44 - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 49617 49792 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS gene 45527 49792 0.15 - . g10
+sample AUGUSTUS transcript 45527 49792 0.15 - . g10.t1
+sample AUGUSTUS exon 49617 49792 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS start_codon 49790 49792 . - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS start_codon 159171 159173 . + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS CDS 159171 164495 0.95 + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS exon 159171 164495 . + . transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS stop_codon 164493 164495 . + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS gene 159171 164495 0.95 + . g20
+sample AUGUSTUS transcript 159171 164495 0.95 + . g20.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 1092 1094 . - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS CDS 1092 1364 0.68 - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS exon 1092 1364 . - . transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS start_codon 1362 1364 . - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS gene 1092 1364 0.68 - . g1
+sample AUGUSTUS transcript 1092 1364 0.68 - . g1.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 40692 40694 . + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 40692 41193 0.54 + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 40692 41193 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 41194 41706 0.54 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 41707 42103 0.64 + 2 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 41707 42103 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 42104 43371 0.21 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 43372 43609 0.14 + 1 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 43372 43609 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 43610 43677 0.46 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 43678 44130 0.46 + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS gene 40692 44130 0.05 + . g9
+sample AUGUSTUS transcript 40692 44130 0.05 + . g9.t1
+sample AUGUSTUS exon 43678 44130 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS stop_codon 44128 44130 . + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 209044 209046 . - 0 gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 209044 210492 . - 0 gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 209044 210492 . - . gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 209044 210492 . - . gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 194065 194067 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194065 194428 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 194429 194517 . + 1 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 194065 194669 . + . gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 194065 194669 . + . gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194518 194669 . + 2 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 194667 194669 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample AUGUSTUS start_codon 115274 115276 . + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS CDS 115274 116488 0.87 + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS exon 115274 116488 . + . transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS stop_codon 116486 116488 . + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS gene 115274 116488 0.87 + . g16
+sample AUGUSTUS transcript 115274 116488 0.87 + . g16.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 100542 100544 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 100542 100756 0.3 - 2 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 100542 100756 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 100757 102520 0.32 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 102521 103133 0.26 - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 102521 103133 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 103134 103264 0.25 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 103265 104819 0.09 - 1 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 103265 104819 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 104820 108228 0.15 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 108229 108299 0.42 - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS gene 100542 108299 0.02 - . g15
+sample AUGUSTUS transcript 100542 108299 0.02 - . g15.t1
+sample AUGUSTUS exon 108229 108299 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS start_codon 108297 108299 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 45489 45491 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 45489 45611 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 45612 45727 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 45489 46114 . - . gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 45489 46114 . - . gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 45728 46114 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 46112 46114 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 27589 27591 . - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS CDS 27589 28143 0.2 - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS exon 27589 28143 . - . transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS start_codon 28141 28143 . - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS gene 27589 28143 0.2 - . g6
+sample AUGUSTUS transcript 27589 28143 0.2 - . g6.t1
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 56484 56486 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 56484 56885 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t"; cds_type "file_2_Single"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 56883 56885 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 56484 56486 . - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS CDS 56484 56821 0.37 - 2 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS exon 56484 56821 . - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS intron 56822 57445 0.37 - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS CDS 57446 57566 0.07 - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS gene 56484 57566 0.06 - . g11
+sample AUGUSTUS transcript 56484 57566 0.06 - . g11.t1
+sample AUGUSTUS exon 57446 57566 . - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS start_codon 57564 57566 . - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 40638 40640 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 40638 41193 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 41194 43606 . + 1 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 40638 44130 . + . gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 40638 44130 . + . gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 43607 44130 . + 2 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 44128 44130 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 74172 74174 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 74172 74318 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 74319 79516 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 74172 80527 . - . gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 74172 80527 . - . gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 79517 80527 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 80525 80527 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 46749 46751 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 46749 47339 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t"; cds_type "file_2_Single"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 46749 47339 . - . gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 46749 47339 . - . gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 47337 47339 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 73851 73853 . - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS CDS 73851 74116 0.56 - 2 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS exon 73851 74116 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS intron 74117 79000 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS CDS 79001 79010 0.01 - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS gene 73851 79010 0 - . g13
+sample AUGUSTUS transcript 73851 79010 . - . g13.t1
+sample AUGUSTUS exon 79001 79010 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS start_codon 79008 79010 . - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 2258 3224 . + 1 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_1_3";
+sample GeneMark.hmm3 intron 3225 3283 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 3284 3755 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
+sample GeneMark.hmm3 intron 3756 4934 . + 1 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 2258 5707 . + . gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 2258 5707 . + . gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 4935 5707 . + 2 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_3_3";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 5705 5707 . + 0 gene_id "file_2_1_g"; transcript_id "file_2_1_t";
+sample AUGUSTUS start_codon 167121 167123 . + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 167121 168360 1 + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS exon 167121 168360 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS intron 168361 168721 1 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 168722 169167 1 + 2 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS exon 168722 169167 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS intron 169168 172584 0.87 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 172585 172957 0.81 + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS exon 172585 172957 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS intron 172958 180019 0.41 + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS CDS 180020 180579 0.57 + 2 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS gene 167121 180579 0.22 + . g21
+sample AUGUSTUS transcript 167121 180579 0.22 + . g21.t1
+sample AUGUSTUS exon 180020 180579 . + . transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS stop_codon 180577 180579 . + 0 transcript_id "file_1_g21.t1"; gene_id "file_1_g21";
+sample AUGUSTUS stop_codon 14247 14249 . - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 14247 14659 0.67 - 2 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 14247 14659 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 14660 14793 0.68 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 14794 14952 1 - 2 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 14794 14952 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 14953 15360 1 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 15361 17164 1 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 15361 17164 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 17165 17295 1 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 17296 18096 0.99 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 17296 18096 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 18097 18220 0.99 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 18221 18259 0.99 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 18221 18259 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 18260 18462 0.95 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 18463 19499 0.99 - 2 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS exon 18463 19499 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS intron 19500 19606 1 - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS CDS 19607 21542 1 - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS gene 14247 21542 0.62 - . g4
+sample AUGUSTUS transcript 14247 21542 0.62 - . g4.t1
+sample AUGUSTUS exon 19607 21542 . - . transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample AUGUSTUS start_codon 21540 21542 . - 0 transcript_id "file_1_g4.t1"; gene_id "file_1_g4";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 153389 153391 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 153389 159010 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 159011 159116 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 153389 164495 . + . gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 153389 164495 . + . gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 159117 164495 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 164493 164495 . + 0 gene_id "file_2_17_g"; transcript_id "file_2_17_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 97476 97478 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 97476 97573 . - 2 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_5_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 97574 102520 . - 1 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 102521 103151 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_4_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 103152 103222 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 103223 103812 . - 2 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_3_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 103813 111230 . - 1 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 111231 111342 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 111343 113595 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 97476 113919 . - . gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 97476 113919 . - . gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 113596 113919 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 113917 113919 . - 0 gene_id "file_2_13_g"; transcript_id "file_2_13_t";
+sample4 AUGUSTUS stop_codon 1092 1094 . - 0 transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS CDS 1092 1364 0.76 - 0 transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS exon 1092 1364 . - . transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS start_codon 1362 1364 . - 0 transcript_id "file_1_g26.t1"; gene_id "file_1_g26";
+sample4 AUGUSTUS gene 1092 1364 0.76 - . g26
+sample4 AUGUSTUS transcript 1092 1364 0.76 - . g26.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 34843 34845 . - 0 transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS CDS 34843 35679 0.35 - 0 transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS exon 34843 35679 . - . transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS start_codon 35677 35679 . - 0 transcript_id "file_1_g7.t1"; gene_id "file_1_g7";
+sample AUGUSTUS gene 34843 35679 0.35 - . g7
+sample AUGUSTUS transcript 34843 35679 0.35 - . g7.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 40166 40168 . - 0 transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS CDS 40166 40531 0.99 - 0 transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS exon 40166 40531 . - . transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS start_codon 40529 40531 . - 0 transcript_id "file_1_g8.t1"; gene_id "file_1_g8";
+sample AUGUSTUS gene 40166 40531 0.99 - . g8
+sample AUGUSTUS transcript 40166 40531 0.99 - . g8.t1
+sample4 AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 2126 2199 1 + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS exon 2126 2199 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 2258 3224 0.45 + 1 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS exon 2258 3224 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS intron 3225 3283 0.33 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3284 3512 0.14 + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS exon 3284 3512 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS intron 3513 3807 0.22 + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3808 3863 0.59 + 2 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS gene 2126 3863 0.07 + . g27
+sample4 AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.07 + . g27.t1
+sample4 AUGUSTUS exon 3808 3863 . + . transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
+sample4 AUGUSTUS stop_codon 3861 3863 . + 0 transcript_id "file_1_g27.t1"; gene_id "file_1_g27";
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f test-data/out_genome/braker.gff3
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out_genome/braker.gff3 Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,280 @@
+sample AUGUSTUS start_codon 40692 40694 . + 0 ID=file_1_g9.t1.start1;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 40692 41193 0.54 + 0 ID=file_1_g9.t1.CDS1;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS exon 40692 41193 . + . ID=file_1_g9.t1.exon1;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS intron 41194 41706 0.54 + . ID=file_1_g9.t1.intron1;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 41707 42103 0.64 + 2 ID=file_1_g9.t1.CDS2;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS exon 41707 42103 . + . ID=file_1_g9.t1.exon2;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS intron 42104 43371 0.21 + . ID=file_1_g9.t1.intron2;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 43372 43609 0.14 + 1 ID=file_1_g9.t1.CDS3;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS exon 43372 43609 . + . ID=file_1_g9.t1.exon3;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS intron 43610 43677 0.46 + . ID=file_1_g9.t1.intron3;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 43678 44130 0.46 + 0 ID=file_1_g9.t1.CDS4;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS exon 43678 44130 . + . ID=file_1_g9.t1.exon4;Parent=file_1_g9.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 44128 44130 . + 0 ID=file_1_g9.t1.stop1;Parent=file_1_g9.t1;
+sample4 AUGUSTUS stop_codon 1092 1094 . - 0 ID=file_1_g26.t1.stop1;Parent=file_1_g26.t1;
+sample4 AUGUSTUS CDS 1092 1364 0.76 - 0 ID=file_1_g26.t1.CDS1;Parent=file_1_g26.t1;
+sample4 AUGUSTUS exon 1092 1364 . - . ID=file_1_g26.t1.exon1;Parent=file_1_g26.t1;
+sample4 AUGUSTUS start_codon 1362 1364 . - 0 ID=file_1_g26.t1.start1;Parent=file_1_g26.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 167121 167123 . + 0 ID=file_1_g21.t1.start1;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 167121 168360 1 + 0 ID=file_1_g21.t1.CDS1;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS exon 167121 168360 . + . ID=file_1_g21.t1.exon1;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS intron 168361 168721 1 + . ID=file_1_g21.t1.intron1;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 168722 169167 1 + 2 ID=file_1_g21.t1.CDS2;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS exon 168722 169167 . + . ID=file_1_g21.t1.exon2;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS intron 169168 172584 0.87 + . ID=file_1_g21.t1.intron2;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 172585 172957 0.81 + 0 ID=file_1_g21.t1.CDS3;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS exon 172585 172957 . + . ID=file_1_g21.t1.exon3;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS intron 172958 180019 0.41 + . ID=file_1_g21.t1.intron3;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 180020 180579 0.57 + 2 ID=file_1_g21.t1.CDS4;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS exon 180020 180579 . + . ID=file_1_g21.t1.exon4;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 180577 180579 . + 0 ID=file_1_g21.t1.stop1;Parent=file_1_g21.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 119778 119780 . + 0 ID=file_1_g18.t1.start1;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 119778 120378 1 + 0 ID=file_1_g18.t1.CDS1;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS exon 119778 120378 . + . ID=file_1_g18.t1.exon1;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS intron 120379 123327 0.98 + . ID=file_1_g18.t1.intron1;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 123328 123512 0.99 + 2 ID=file_1_g18.t1.CDS2;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS exon 123328 123512 . + . ID=file_1_g18.t1.exon2;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS intron 123513 133208 0.5 + . ID=file_1_g18.t1.intron2;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 133209 134539 1 + 0 ID=file_1_g18.t1.CDS3;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS exon 133209 134539 . + . ID=file_1_g18.t1.exon3;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS intron 134540 134667 1 + . ID=file_1_g18.t1.intron3;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 134668 135510 1 + 1 ID=file_1_g18.t1.CDS4;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS exon 134668 135510 . + . ID=file_1_g18.t1.exon4;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS intron 135511 135568 1 + . ID=file_1_g18.t1.intron4;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 135569 136346 0.99 + 1 ID=file_1_g18.t1.CDS5;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS exon 135569 136346 . + . ID=file_1_g18.t1.exon5;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 136344 136346 . + 0 ID=file_1_g18.t1.stop1;Parent=file_1_g18.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 79526 79528 . + 0 ID=file_1_g14.t1.start1;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 79526 80474 0.4 + 0 ID=file_1_g14.t1.CDS1;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS exon 79526 80474 . + . ID=file_1_g14.t1.exon1;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS intron 80475 87860 0.49 + . ID=file_1_g14.t1.intron1;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 87861 88125 0.39 + 2 ID=file_1_g14.t1.CDS2;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS exon 87861 88125 . + . ID=file_1_g14.t1.exon2;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS intron 88126 92148 0.19 + . ID=file_1_g14.t1.intron2;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 92149 92252 0.17 + 1 ID=file_1_g14.t1.CDS3;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS exon 92149 92252 . + . ID=file_1_g14.t1.exon3;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS intron 92253 94562 0.19 + . ID=file_1_g14.t1.intron3;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 94563 94732 0.96 + 2 ID=file_1_g14.t1.CDS4;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS exon 94563 94732 . + . ID=file_1_g14.t1.exon4;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS intron 94733 94872 0.91 + . ID=file_1_g14.t1.intron4;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 94873 95333 0.79 + 0 ID=file_1_g14.t1.CDS5;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS exon 94873 95333 . + . ID=file_1_g14.t1.exon5;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS intron 95334 95584 0.51 + . ID=file_1_g14.t1.intron5;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 95585 95762 0.35 + 1 ID=file_1_g14.t1.CDS6;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS exon 95585 95762 . + . ID=file_1_g14.t1.exon6;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 95760 95762 . + 0 ID=file_1_g14.t1.stop1;Parent=file_1_g14.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 4248 4250 . - 0 ID=file_1_g3.t1.stop1;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 4248 4738 0.48 - 2 ID=file_1_g3.t1.CDS1;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS exon 4248 4738 . - . ID=file_1_g3.t1.exon1;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS intron 4739 4929 0.48 - . ID=file_1_g3.t1.intron1;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 4930 5539 0.45 - 0 ID=file_1_g3.t1.CDS2;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS exon 4930 5539 . - . ID=file_1_g3.t1.exon2;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS intron 5540 6038 0.26 - . ID=file_1_g3.t1.intron2;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 6039 6450 0.42 - 1 ID=file_1_g3.t1.CDS3;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS exon 6039 6450 . - . ID=file_1_g3.t1.exon3;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS intron 6451 7715 0.85 - . ID=file_1_g3.t1.intron3;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 7716 8362 0.49 - 0 ID=file_1_g3.t1.CDS4;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS exon 7716 8362 . - . ID=file_1_g3.t1.exon4;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS intron 8363 8725 0.31 - . ID=file_1_g3.t1.intron4;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 8726 10495 0.23 - 0 ID=file_1_g3.t1.CDS5;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS exon 8726 10495 . - . ID=file_1_g3.t1.exon5;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS intron 10496 10662 0.22 - . ID=file_1_g3.t1.intron5;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 10663 10794 0.45 - 0 ID=file_1_g3.t1.CDS6;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS exon 10663 10794 . - . ID=file_1_g3.t1.exon6;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS intron 10795 10852 0.95 - . ID=file_1_g3.t1.intron6;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 10853 11104 0.72 - 0 ID=file_1_g3.t1.CDS7;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS exon 10853 11104 . - . ID=file_1_g3.t1.exon7;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 11102 11104 . - 0 ID=file_1_g3.t1.start1;Parent=file_1_g3.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 34843 34845 . - 0 ID=file_1_g7.t1.stop1;Parent=file_1_g7.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 34843 35679 0.35 - 0 ID=file_1_g7.t1.CDS1;Parent=file_1_g7.t1;
+sample AUGUSTUS exon 34843 35679 . - . ID=file_1_g7.t1.exon1;Parent=file_1_g7.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 35677 35679 . - 0 ID=file_1_g7.t1.start1;Parent=file_1_g7.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 194065 194067 . + 0 ID=file_1_g23.t1.start1;Parent=file_1_g23.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 194065 194461 0.19 + 0 ID=file_1_g23.t1.CDS1;Parent=file_1_g23.t1;
+sample AUGUSTUS exon 194065 194461 . + . ID=file_1_g23.t1.exon1;Parent=file_1_g23.t1;
+sample AUGUSTUS intron 194462 194517 0.12 + . ID=file_1_g23.t1.intron1;Parent=file_1_g23.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 0.21 + 2 ID=file_1_g23.t1.CDS2;Parent=file_1_g23.t1;
+sample AUGUSTUS exon 194518 194669 . + . ID=file_1_g23.t1.exon2;Parent=file_1_g23.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 194667 194669 . + 0 ID=file_1_g23.t1.stop1;Parent=file_1_g23.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 14247 14249 . - 0 ID=file_1_g4.t1.stop1;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 14247 14659 0.67 - 2 ID=file_1_g4.t1.CDS1;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS exon 14247 14659 . - . ID=file_1_g4.t1.exon1;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS intron 14660 14793 0.68 - . ID=file_1_g4.t1.intron1;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 14794 14952 1 - 2 ID=file_1_g4.t1.CDS2;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS exon 14794 14952 . - . ID=file_1_g4.t1.exon2;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS intron 14953 15360 1 - . ID=file_1_g4.t1.intron2;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 15361 17164 1 - 0 ID=file_1_g4.t1.CDS3;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS exon 15361 17164 . - . ID=file_1_g4.t1.exon3;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS intron 17165 17295 1 - . ID=file_1_g4.t1.intron3;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 17296 18096 0.99 - 0 ID=file_1_g4.t1.CDS4;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS exon 17296 18096 . - . ID=file_1_g4.t1.exon4;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS intron 18097 18220 0.99 - . ID=file_1_g4.t1.intron4;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 18221 18259 0.99 - 0 ID=file_1_g4.t1.CDS5;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS exon 18221 18259 . - . ID=file_1_g4.t1.exon5;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS intron 18260 18462 0.95 - . ID=file_1_g4.t1.intron5;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 18463 19499 0.99 - 2 ID=file_1_g4.t1.CDS6;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS exon 18463 19499 . - . ID=file_1_g4.t1.exon6;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS intron 19500 19606 1 - . ID=file_1_g4.t1.intron6;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 19607 21542 1 - 0 ID=file_1_g4.t1.CDS7;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS exon 19607 21542 . - . ID=file_1_g4.t1.exon7;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 21540 21542 . - 0 ID=file_1_g4.t1.start1;Parent=file_1_g4.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 27589 27591 . - 0 ID=file_1_g6.t1.stop1;Parent=file_1_g6.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 27589 28143 0.2 - 0 ID=file_1_g6.t1.CDS1;Parent=file_1_g6.t1;
+sample AUGUSTUS exon 27589 28143 . - . ID=file_1_g6.t1.exon1;Parent=file_1_g6.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 28141 28143 . - 0 ID=file_1_g6.t1.start1;Parent=file_1_g6.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 183489 183491 . - 0 ID=file_1_g22.t1.stop1;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 183489 183643 0.43 - 2 ID=file_1_g22.t1.CDS1;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS exon 183489 183643 . - . ID=file_1_g22.t1.exon1;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS intron 183644 183709 0.4 - . ID=file_1_g22.t1.intron1;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 183710 183954 0.24 - 1 ID=file_1_g22.t1.CDS2;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS exon 183710 183954 . - . ID=file_1_g22.t1.exon2;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS intron 183955 186056 0.28 - . ID=file_1_g22.t1.intron2;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 186057 186166 0.43 - 0 ID=file_1_g22.t1.CDS3;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS exon 186057 186166 . - . ID=file_1_g22.t1.exon3;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 186164 186166 . - 0 ID=file_1_g22.t1.start1;Parent=file_1_g22.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 ID=file_1_g2.t1.start1;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 2126 2199 1 + 0 ID=file_1_g2.t1.CDS1;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS exon 2126 2199 . + . ID=file_1_g2.t1.exon1;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . ID=file_1_g2.t1.intron1;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 2258 3224 0.49 + 1 ID=file_1_g2.t1.CDS2;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS exon 2258 3224 . + . ID=file_1_g2.t1.exon2;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS intron 3225 3283 0.29 + . ID=file_1_g2.t1.intron2;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 3284 3512 0.16 + 0 ID=file_1_g2.t1.CDS3;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS exon 3284 3512 . + . ID=file_1_g2.t1.exon3;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS intron 3513 3807 0.22 + . ID=file_1_g2.t1.intron3;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 3808 3863 0.54 + 2 ID=file_1_g2.t1.CDS4;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS exon 3808 3863 . + . ID=file_1_g2.t1.exon4;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 3861 3863 . + 0 ID=file_1_g2.t1.stop1;Parent=file_1_g2.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 116548 116550 . + 0 ID=file_1_g17.t1.start1;Parent=file_1_g17.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 116548 119382 0.85 + 0 ID=file_1_g17.t1.CDS1;Parent=file_1_g17.t1;
+sample AUGUSTUS exon 116548 119382 . + . ID=file_1_g17.t1.exon1;Parent=file_1_g17.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 119380 119382 . + 0 ID=file_1_g17.t1.stop1;Parent=file_1_g17.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 159171 159173 . + 0 ID=file_1_g20.t1.start1;Parent=file_1_g20.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 159171 164495 0.95 + 0 ID=file_1_g20.t1.CDS1;Parent=file_1_g20.t1;
+sample AUGUSTUS exon 159171 164495 . + . ID=file_1_g20.t1.exon1;Parent=file_1_g20.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 164493 164495 . + 0 ID=file_1_g20.t1.stop1;Parent=file_1_g20.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 73851 73853 . - 0 ID=file_1_g13.t1.stop1;Parent=file_1_g13.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 73851 74116 0.56 - 2 ID=file_1_g13.t1.CDS1;Parent=file_1_g13.t1;
+sample AUGUSTUS exon 73851 74116 . - . ID=file_1_g13.t1.exon1;Parent=file_1_g13.t1;
+sample AUGUSTUS intron 74117 79000 . - . ID=file_1_g13.t1.intron1;Parent=file_1_g13.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 79001 79010 0.01 - 0 ID=file_1_g13.t1.CDS2;Parent=file_1_g13.t1;
+sample AUGUSTUS exon 79001 79010 . - . ID=file_1_g13.t1.exon2;Parent=file_1_g13.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 79008 79010 . - 0 ID=file_1_g13.t1.start1;Parent=file_1_g13.t1;
+sample4 AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 ID=file_1_g27.t1.start1;Parent=file_1_g27.t1;
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+sample4 AUGUSTUS exon 2126 2199 . + . ID=file_1_g27.t1.exon1;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . ID=file_1_g27.t1.intron1;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS CDS 2258 3224 0.45 + 1 ID=file_1_g27.t1.CDS2;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS exon 2258 3224 . + . ID=file_1_g27.t1.exon2;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS intron 3225 3283 0.33 + . ID=file_1_g27.t1.intron2;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS CDS 3284 3512 0.14 + 0 ID=file_1_g27.t1.CDS3;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS exon 3284 3512 . + . ID=file_1_g27.t1.exon3;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS intron 3513 3807 0.22 + . ID=file_1_g27.t1.intron3;Parent=file_1_g27.t1;
+sample4 AUGUSTUS CDS 3808 3863 0.59 + 2 ID=file_1_g27.t1.CDS4;Parent=file_1_g27.t1;
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+sample4 AUGUSTUS exon 4248 4738 . - . ID=file_1_g28.t1.exon1;Parent=file_1_g28.t1;
+sample4 AUGUSTUS intron 4739 4929 0.42 - . ID=file_1_g28.t1.intron1;Parent=file_1_g28.t1;
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+sample4 AUGUSTUS exon 4930 5539 . - . ID=file_1_g28.t1.exon2;Parent=file_1_g28.t1;
+sample4 AUGUSTUS intron 5540 6038 0.29 - . ID=file_1_g28.t1.intron2;Parent=file_1_g28.t1;
+sample4 AUGUSTUS CDS 6039 6494 0.47 - 0 ID=file_1_g28.t1.CDS3;Parent=file_1_g28.t1;
+sample4 AUGUSTUS exon 6039 6494 . - . ID=file_1_g28.t1.exon3;Parent=file_1_g28.t1;
+sample4 AUGUSTUS start_codon 6492 6494 . - 0 ID=file_1_g28.t1.start1;Parent=file_1_g28.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 22811 22813 . - 0 ID=file_1_g5.t1.stop1;Parent=file_1_g5.t1;
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+sample AUGUSTUS exon 22811 24038 . - . ID=file_1_g5.t1.exon1;Parent=file_1_g5.t1;
+sample AUGUSTUS intron 24039 26107 1 - . ID=file_1_g5.t1.intron1;Parent=file_1_g5.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 26108 27111 0.98 - 0 ID=file_1_g5.t1.CDS2;Parent=file_1_g5.t1;
+sample AUGUSTUS exon 26108 27111 . - . ID=file_1_g5.t1.exon2;Parent=file_1_g5.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 27109 27111 . - 0 ID=file_1_g5.t1.start1;Parent=file_1_g5.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 56484 56486 . - 0 ID=file_1_g11.t1.stop1;Parent=file_1_g11.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 56484 56821 0.37 - 2 ID=file_1_g11.t1.CDS1;Parent=file_1_g11.t1;
+sample AUGUSTUS exon 56484 56821 . - . ID=file_1_g11.t1.exon1;Parent=file_1_g11.t1;
+sample AUGUSTUS intron 56822 57445 0.37 - . ID=file_1_g11.t1.intron1;Parent=file_1_g11.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 57446 57566 0.07 - 0 ID=file_1_g11.t1.CDS2;Parent=file_1_g11.t1;
+sample AUGUSTUS exon 57446 57566 . - . ID=file_1_g11.t1.exon2;Parent=file_1_g11.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 57564 57566 . - 0 ID=file_1_g11.t1.start1;Parent=file_1_g11.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 1092 1094 . - 0 ID=file_1_g1.t1.stop1;Parent=file_1_g1.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 1092 1364 0.68 - 0 ID=file_1_g1.t1.CDS1;Parent=file_1_g1.t1;
+sample AUGUSTUS exon 1092 1364 . - . ID=file_1_g1.t1.exon1;Parent=file_1_g1.t1;
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+sample AUGUSTUS exon 143824 143830 . + . ID=file_1_g19.t1.exon1;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 143831 144252 0.74 + . ID=file_1_g19.t1.intron1;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 144253 144559 0.19 + 2 ID=file_1_g19.t1.CDS2;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 144253 144559 . + . ID=file_1_g19.t1.exon2;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 144560 145804 0.24 + . ID=file_1_g19.t1.intron2;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 145805 146055 0.13 + 1 ID=file_1_g19.t1.CDS3;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 145805 146055 . + . ID=file_1_g19.t1.exon3;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 146056 149018 0.23 + . ID=file_1_g19.t1.intron3;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 149019 149244 0.28 + 2 ID=file_1_g19.t1.CDS4;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 149019 149244 . + . ID=file_1_g19.t1.exon4;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 149245 149411 0.66 + . ID=file_1_g19.t1.intron4;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 149412 149586 0.26 + 1 ID=file_1_g19.t1.CDS5;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 149412 149586 . + . ID=file_1_g19.t1.exon5;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 149587 149672 0.43 + . ID=file_1_g19.t1.intron5;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 149673 149917 0.27 + 0 ID=file_1_g19.t1.CDS6;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 149673 149917 . + . ID=file_1_g19.t1.exon6;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 149918 152341 0.26 + . ID=file_1_g19.t1.intron6;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 152342 152429 0.26 + 1 ID=file_1_g19.t1.CDS7;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 152342 152429 . + . ID=file_1_g19.t1.exon7;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 152430 152495 0.32 + . ID=file_1_g19.t1.intron7;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 152496 152751 0.41 + 0 ID=file_1_g19.t1.CDS8;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 152496 152751 . + . ID=file_1_g19.t1.exon8;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS intron 152752 153206 0.42 + . ID=file_1_g19.t1.intron8;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 153207 159043 0.51 + 2 ID=file_1_g19.t1.CDS9;Parent=file_1_g19.t1;
+sample AUGUSTUS exon 153207 159043 . + . ID=file_1_g19.t1.exon9;Parent=file_1_g19.t1;
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+sample AUGUSTUS start_codon 115274 115276 . + 0 ID=file_1_g16.t1.start1;Parent=file_1_g16.t1;
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+sample AUGUSTUS stop_codon 209044 209046 . - 0 ID=file_1_g24.t1.stop1;Parent=file_1_g24.t1;
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+sample AUGUSTUS stop_codon 100542 100544 . - 0 ID=file_1_g15.t1.stop1;Parent=file_1_g15.t1;
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+sample AUGUSTUS exon 100542 100756 . - . ID=file_1_g15.t1.exon1;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS intron 100757 102520 0.32 - . ID=file_1_g15.t1.intron1;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 102521 103133 0.26 - 0 ID=file_1_g15.t1.CDS2;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS exon 102521 103133 . - . ID=file_1_g15.t1.exon2;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS intron 103134 103264 0.25 - . ID=file_1_g15.t1.intron2;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 103265 104819 0.09 - 1 ID=file_1_g15.t1.CDS3;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS exon 103265 104819 . - . ID=file_1_g15.t1.exon3;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS intron 104820 108228 0.15 - . ID=file_1_g15.t1.intron3;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 108229 108299 0.42 - 0 ID=file_1_g15.t1.CDS4;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS exon 108229 108299 . - . ID=file_1_g15.t1.exon4;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 108297 108299 . - 0 ID=file_1_g15.t1.start1;Parent=file_1_g15.t1;
+sample AUGUSTUS stop_codon 214566 214568 . - 0 ID=file_1_g25.t1.stop1;Parent=file_1_g25.t1;
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+sample AUGUSTUS start_codon 58640 58642 . + 0 ID=file_1_g12.t1.start1;Parent=file_1_g12.t1;
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+sample AUGUSTUS exon 58640 58677 . + . ID=file_1_g12.t1.exon1;Parent=file_1_g12.t1;
+sample AUGUSTUS intron 58678 59091 0.01 + . ID=file_1_g12.t1.intron1;Parent=file_1_g12.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 59092 59204 0.01 + 1 ID=file_1_g12.t1.CDS2;Parent=file_1_g12.t1;
+sample AUGUSTUS exon 59092 59204 . + . ID=file_1_g12.t1.exon2;Parent=file_1_g12.t1;
+sample AUGUSTUS intron 59205 69536 0.01 + . ID=file_1_g12.t1.intron2;Parent=file_1_g12.t1;
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+sample AUGUSTUS exon 45527 46157 . - . ID=file_1_g10.t1.exon1;Parent=file_1_g10.t1;
+sample AUGUSTUS intron 46158 46752 0.42 - . ID=file_1_g10.t1.intron1;Parent=file_1_g10.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 46753 47379 0.43 - 1 ID=file_1_g10.t1.CDS2;Parent=file_1_g10.t1;
+sample AUGUSTUS exon 46753 47379 . - . ID=file_1_g10.t1.exon2;Parent=file_1_g10.t1;
+sample AUGUSTUS intron 47380 49616 0.44 - . ID=file_1_g10.t1.intron2;Parent=file_1_g10.t1;
+sample AUGUSTUS CDS 49617 49792 0.45 - 0 ID=file_1_g10.t1.CDS3;Parent=file_1_g10.t1;
+sample AUGUSTUS exon 49617 49792 . - . ID=file_1_g10.t1.exon3;Parent=file_1_g10.t1;
+sample AUGUSTUS start_codon 49790 49792 . - 0 ID=file_1_g10.t1.start1;Parent=file_1_g10.t1;
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f test-data/out_genome/braker.gtf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out_genome/braker.gtf Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,1484 @@
+sample AUGUSTUS gene 2126 3863 . + . g1
+sample AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.33 + . g1.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS CDS 2126 2199 1 + 0 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS exon 2126 2199 . + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS CDS 2258 3224 1 + 1 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS exon 2258 3224 . + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS intron 3225 3283 1 + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS CDS 3284 3490 0.62 + 0 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS exon 3284 3490 . + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS intron 3491 3548 0.53 + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS CDS 3549 3603 0.44 + 0 transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS exon 3549 3603 . + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
+sample AUGUSTUS intron 3604 3768 0.43 + . transcript_id "g1.t1"; gene_id "g1";
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+sample AUGUSTUS transcript 4248 6494 1 - . g2.t1
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+sample AUGUSTUS CDS 7691 8385 0.99 - 2 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 7691 8385 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS intron 8386 8706 0.98 - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS CDS 8707 10515 0.95 - 2 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 8707 10515 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS intron 10516 10646 0.96 - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10647 10794 1 - 0 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 10647 10794 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS intron 10795 10852 1 - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10853 11104 0.97 - 0 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS exon 10853 11104 . - . transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 11102 11104 . - 0 transcript_id "g3.t1"; gene_id "g3";
+sample AUGUSTUS gene 14247 28143 . - . g4
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+sample AUGUSTUS CDS 14247 14707 1 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS exon 14247 14707 . - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample AUGUSTUS intron 14708 14793 1 - . transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
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+sample AUGUSTUS CDS 15101 15289 1 - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
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+sample AUGUSTUS CDS 17296 18284 0.99 - 2 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
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+sample AUGUSTUS start_codon 28141 28143 . - 0 transcript_id "g4.t1"; gene_id "g4";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 14247 21542 . - . g4.t2
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+sample GeneMark.hmm3 CDS 15101 15289 . - 0 transcript_id "g4.t2"; gene_id "g4";
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+sample AUGUSTUS start_codon 35677 35679 . - 0 transcript_id "g5.t1"; gene_id "g5";
+sample AUGUSTUS gene 39864 42107 . + . g6
+sample AUGUSTUS transcript 39864 42107 0.19 + . g6.t1
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+sample AUGUSTUS intron 39897 40008 0.51 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
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+sample AUGUSTUS intron 40117 40178 0.37 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
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+sample AUGUSTUS intron 40397 40658 1 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
+sample AUGUSTUS CDS 40659 41193 1 + 0 transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
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+sample AUGUSTUS intron 41194 41706 1 + . transcript_id "g6.t1"; gene_id "g6";
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+sample GeneMark.hmm3 transcript 40223 42107 . + . g6.t2
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+sample AUGUSTUS gene 42754 44130 . + . g7
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+sample AUGUSTUS CDS 43116 43311 1 + 2 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
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+sample AUGUSTUS intron 43312 43371 1 + . transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
+sample AUGUSTUS CDS 43372 43609 1 + 1 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
+sample AUGUSTUS exon 43372 43609 . + . transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
+sample AUGUSTUS intron 43610 43662 1 + . transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
+sample AUGUSTUS CDS 43663 44130 1 + 0 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
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+sample AUGUSTUS stop_codon 44128 44130 . + 0 transcript_id "g7.t1"; gene_id "g7";
+sample AUGUSTUS gene 45527 47339 . - . g8
+sample AUGUSTUS transcript 45527 47339 1 - . g8.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 45527 45529 . - 0 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
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+sample AUGUSTUS exon 45527 46157 . - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS intron 46158 46213 1 - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS CDS 46214 46330 1 - 1 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS exon 46214 46330 . - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS intron 46331 46752 1 - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS CDS 46753 47339 1 - 0 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS exon 46753 47339 . - . transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS start_codon 47337 47339 . - 0 transcript_id "g8.t1"; gene_id "g8";
+sample AUGUSTUS gene 56484 56885 . - . g9
+sample AUGUSTUS transcript 56484 56885 1 - . g9.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 56484 56486 . - 0 transcript_id "g9.t1"; gene_id "g9";
+sample AUGUSTUS CDS 56484 56885 1 - 0 transcript_id "g9.t1"; gene_id "g9";
+sample AUGUSTUS exon 56484 56885 . - . transcript_id "g9.t1"; gene_id "g9";
+sample AUGUSTUS start_codon 56883 56885 . - 0 transcript_id "g9.t1"; gene_id "g9";
+sample AUGUSTUS gene 57390 69736 . - . g10
+sample AUGUSTUS transcript 57390 69736 0.52 - . g10.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 57390 57392 . - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 57390 57581 0.97 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 57390 57581 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS intron 57582 59048 0.93 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 59049 59246 0.96 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 59049 59246 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS intron 59247 60229 0.97 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 60230 60381 0.86 - 2 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 60230 60381 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS intron 60382 69426 0.86 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 69427 69478 1 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 69427 69478 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS intron 69479 69538 1 - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS CDS 69539 69736 0.65 - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS exon 69539 69736 . - . transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS start_codon 69734 69736 . - 0 transcript_id "g10.t1"; gene_id "g10";
+sample AUGUSTUS gene 79532 95583 . + . g11
+sample AUGUSTUS transcript 79532 95583 0.3 + . g11.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 79532 79534 . + 0 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS CDS 79532 80474 0.54 + 0 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS exon 79532 80474 . + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS intron 80475 94562 0.7 + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS CDS 94563 94732 1 + 2 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS exon 94563 94732 . + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS intron 94733 94872 1 + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS CDS 94873 95583 0.75 + 0 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS exon 94873 95583 . + . transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS stop_codon 95581 95583 . + 0 transcript_id "g11.t1"; gene_id "g11";
+sample AUGUSTUS gene 95635 102130 . + . g12
+sample AUGUSTUS transcript 95635 102130 0.28 + . g12.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 95635 95637 . + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS CDS 95635 95748 0.75 + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS exon 95635 95748 . + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS intron 95749 100931 0.54 + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS CDS 100932 101093 0.55 + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS exon 100932 101093 . + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS intron 101094 102052 0.7 + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS CDS 102053 102130 0.7 + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS exon 102053 102130 . + . transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS stop_codon 102128 102130 . + 0 transcript_id "g12.t1"; gene_id "g12";
+sample AUGUSTUS gene 102510 111303 . - . g13
+sample AUGUSTUS transcript 102510 111303 0.51 - . g13.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 102510 102512 . - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 102510 103151 1 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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+sample AUGUSTUS CDS 104038 104075 0.65 - 0 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 104038 104075 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 104076 104143 0.65 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 104144 104813 0.8 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS exon 104144 104813 . - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS intron 104814 106068 0.99 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 106069 106194 0.99 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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+sample AUGUSTUS intron 106195 106861 0.97 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 106862 106972 0.98 - 1 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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+sample AUGUSTUS intron 106973 107029 0.98 - . transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
+sample AUGUSTUS CDS 107030 107069 1 - 2 transcript_id "g13.t1"; gene_id "g13";
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+sample AUGUSTUS transcript 115274 125239 0.37 + . g14.t1
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+sample AUGUSTUS transcript 133134 136346 0.94 + . g15.t1
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+sample AUGUSTUS transcript 144294 164495 0.7 + . g16.t1
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+sample AUGUSTUS intron 149245 149366 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 149367 149588 1 + 1 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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+sample AUGUSTUS intron 149589 149653 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 149654 149897 1 + 1 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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+sample AUGUSTUS intron 149898 149951 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 149952 150099 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS exon 149952 150099 . + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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+sample AUGUSTUS intron 152430 152495 1 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
+sample AUGUSTUS CDS 152496 152751 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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+sample AUGUSTUS intron 152752 153260 0.96 + . transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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+sample AUGUSTUS CDS 159150 164495 1 + 0 transcript_id "g16.t1"; gene_id "g16";
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+sample AUGUSTUS gene 167121 171473 . + . g17
+sample AUGUSTUS transcript 167121 171473 0.97 + . g17.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 167121 167123 . + 0 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
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+sample AUGUSTUS CDS 168722 169208 1 + 2 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
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+sample AUGUSTUS CDS 171395 171473 0.97 + 1 transcript_id "g17.t1"; gene_id "g17";
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+sample AUGUSTUS gene 176699 178889 . - . g18
+sample AUGUSTUS transcript 176699 178889 0.68 - . g18.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 176699 176701 . - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS CDS 176699 176824 1 - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS exon 176699 176824 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS intron 176825 176886 1 - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS CDS 176887 177172 0.99 - 1 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS exon 176887 177172 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS intron 177173 178872 1 - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS CDS 178873 178889 0.69 - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS exon 178873 178889 . - . transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS start_codon 178887 178889 . - 0 transcript_id "g18.t1"; gene_id "g18";
+sample AUGUSTUS gene 180028 180825 . - . g19
+sample AUGUSTUS transcript 180028 180825 0.91 - . g19.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 180028 180030 . - 0 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS CDS 180028 180698 1 - 2 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS exon 180028 180698 . - . transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS intron 180699 180755 1 - . transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS CDS 180756 180825 0.91 - 0 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS exon 180756 180825 . - . transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS start_codon 180823 180825 . - 0 transcript_id "g19.t1"; gene_id "g19";
+sample AUGUSTUS gene 183489 187380 . - . g20
+sample AUGUSTUS transcript 183489 187380 0.99 - . g20.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 183489 183491 . - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 183489 183643 1 - 2 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 183489 183643 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 183644 183709 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 183710 183862 1 - 2 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 183710 183862 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 183863 183920 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 183921 184054 1 - 1 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 183921 184054 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 184055 186056 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 186057 186178 1 - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 186057 186178 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 186179 186323 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 186324 186442 1 - 2 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 186324 186442 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS intron 186443 187313 1 - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS CDS 187314 187380 0.99 - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS exon 187314 187380 . - . transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS start_codon 187378 187380 . - 0 transcript_id "g20.t1"; gene_id "g20";
+sample AUGUSTUS gene 192004 194669 . + . g21
+sample AUGUSTUS transcript 192004 194669 0.75 + . g21.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 192004 192006 . + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 192004 192067 0.75 + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 192004 192067 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS intron 192068 193548 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 193549 193658 1 + 2 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 193549 193658 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS intron 193659 194040 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 194041 194455 1 + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 194041 194455 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS intron 194456 194517 1 + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 1 + 2 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS exon 194518 194669 . + . transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "g21.t1"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 193500 194669 . + . g21.t2
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 193500 193502 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 193500 193658 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 exon 193500 193658 0 + . transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 intron 193659 194040 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194041 194455 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 exon 194041 194455 0 + . transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 intron 194456 194517 . + 2 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194518 194669 . + 2 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 exon 194518 194669 0 + . transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "g21.t2"; gene_id "g21";
+sample AUGUSTUS gene 208597 210483 . - . g22
+sample AUGUSTUS transcript 208597 210483 0.96 - . g22.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 208597 208599 . - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS CDS 208597 208813 1 - 1 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS exon 208597 208813 . - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS intron 208814 209047 1 - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS CDS 209048 210483 0.96 - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS exon 209048 210483 . - . transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS start_codon 210481 210483 . - 0 transcript_id "g22.t1"; gene_id "g22";
+sample AUGUSTUS gene 213085 214811 . - . g23
+sample AUGUSTUS transcript 213085 214811 0.22 - . g23.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 213085 213087 . - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS CDS 213085 213306 0.92 - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS exon 213085 213306 . - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS intron 213307 214670 0.92 - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS CDS 214671 214811 0.22 - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS exon 214671 214811 . - . transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS start_codon 214809 214811 . - 0 transcript_id "g23.t1"; gene_id "g23";
+sample AUGUSTUS gene 247941 253489 . + . g24
+sample AUGUSTUS transcript 247941 253489 0.82 + . g24.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 247941 247943 . + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS CDS 247941 248171 0.99 + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS exon 247941 248171 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS intron 248172 248225 1 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS CDS 248226 248260 0.88 + 0 transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS exon 248226 248260 . + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
+sample AUGUSTUS intron 248261 248312 0.87 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
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+sample AUGUSTUS intron 248430 253419 0.96 + . transcript_id "g24.t1"; gene_id "g24";
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+sample AUGUSTUS transcript 317645 328409 0.48 + . g30.t1
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+sample AUGUSTUS gene 366730 381098 . + . g34
+sample AUGUSTUS transcript 366730 381098 0.7 + . g34.t1
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+sample AUGUSTUS intron 380518 381027 0.96 + . transcript_id "g34.t1"; gene_id "g34";
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+sample AUGUSTUS gene 390095 390686 . - . g36
+sample AUGUSTUS transcript 390095 390686 0.91 - . g36.t1
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+sample AUGUSTUS intron 390350 390386 0.98 - . transcript_id "g36.t1"; gene_id "g36";
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+sample AUGUSTUS intron 390498 390557 1 - . transcript_id "g36.t1"; gene_id "g36";
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+sample AUGUSTUS gene 391781 393693 . + . g37
+sample AUGUSTUS transcript 391781 393693 0.53 + . g37.t1
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+sample AUGUSTUS intron 392255 392421 0.94 + . transcript_id "g37.t1"; gene_id "g37";
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+sample AUGUSTUS CDS 393580 393693 0.86 + 0 transcript_id "g37.t1"; gene_id "g37";
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+sample AUGUSTUS gene 394465 395171 . + . g38
+sample AUGUSTUS transcript 394465 395171 0.47 + . g38.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 394465 394467 . + 0 transcript_id "g38.t1"; gene_id "g38";
+sample AUGUSTUS CDS 394465 394741 0.58 + 0 transcript_id "g38.t1"; gene_id "g38";
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+sample AUGUSTUS intron 394742 394968 0.94 + . transcript_id "g38.t1"; gene_id "g38";
+sample AUGUSTUS CDS 394969 395171 0.73 + 2 transcript_id "g38.t1"; gene_id "g38";
+sample AUGUSTUS exon 394969 395171 . + . transcript_id "g38.t1"; gene_id "g38";
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+sample AUGUSTUS gene 400223 404294 . - . g39
+sample AUGUSTUS transcript 400223 404294 0.84 - . g39.t1
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+sample AUGUSTUS CDS 400223 400415 1 - 1 transcript_id "g39.t1"; gene_id "g39";
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+sample AUGUSTUS intron 400416 400475 1 - . transcript_id "g39.t1"; gene_id "g39";
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+sample AUGUSTUS intron 400598 400684 1 - . transcript_id "g39.t1"; gene_id "g39";
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+sample AUGUSTUS gene 405144 410393 . - . g40
+sample AUGUSTUS transcript 405144 410393 0.31 - . g40.t1
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+sample AUGUSTUS intron 407252 407476 0.39 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS CDS 407477 407595 0.68 - 1 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS exon 407477 407595 . - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS intron 407596 407655 1 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS CDS 407656 407903 0.99 - 0 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS exon 407656 407903 . - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS intron 407904 407988 0.99 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS CDS 407989 408492 0.92 - 0 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS intron 408493 408839 0.92 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
+sample AUGUSTUS CDS 408840 409305 0.94 - 1 transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS intron 409306 410196 0.93 - . transcript_id "g40.t1"; gene_id "g40";
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+sample AUGUSTUS gene 411785 414072 . - . g42
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+sample AUGUSTUS intron 411911 413727 1 - . transcript_id "g42.t1"; gene_id "g42";
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+sample AUGUSTUS intron 429274 429469 1 - . transcript_id "g43.t1"; gene_id "g43";
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+sample AUGUSTUS gene 444429 445393 . - . g44
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+sample AUGUSTUS gene 446127 447711 . + . g45
+sample AUGUSTUS transcript 446127 447711 0.69 + . g45.t1
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+sample AUGUSTUS intron 446554 446618 0.97 + . transcript_id "g45.t1"; gene_id "g45";
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+sample AUGUSTUS transcript 448259 449551 1 - . g46.t1
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+sample AUGUSTUS start_codon 449549 449551 . - 0 transcript_id "g46.t1"; gene_id "g46";
+sample AUGUSTUS gene 450575 450829 . + . g47
+sample AUGUSTUS transcript 450575 450829 0.55 + . g47.t1
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+sample AUGUSTUS gene 452690 453334 . + . g48
+sample AUGUSTUS transcript 452690 453334 0.85 + . g48.t1
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+sample AUGUSTUS gene 454412 457661 . - . g49
+sample AUGUSTUS transcript 454412 457661 0.55 - . g49.t1
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+sample AUGUSTUS CDS 454412 454610 0.93 - 1 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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+sample AUGUSTUS intron 454611 454696 0.93 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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+sample AUGUSTUS CDS 456127 456248 0.73 - 2 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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+sample AUGUSTUS intron 456249 456441 0.71 - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS CDS 456442 457045 0.89 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
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+sample AUGUSTUS CDS 457413 457661 0.88 - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS exon 457413 457661 . - . transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS start_codon 457659 457661 . - 0 transcript_id "g49.t1"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 454412 457592 . - . g49.t2
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 454412 454414 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
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+sample GeneMark.hmm3 exon 454412 454610 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
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+sample GeneMark.hmm3 CDS 454697 455256 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 454697 455256 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 intron 455257 456126 . - 2 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 456127 456248 . - 2 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 456127 456248 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 intron 456249 456441 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 456442 457045 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 456442 457045 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 intron 457046 457412 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 457413 457592 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 exon 457413 457592 0 - . transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 457590 457592 . - 0 transcript_id "g49.t2"; gene_id "g49";
+sample AUGUSTUS gene 459062 462454 . + . g50
+sample AUGUSTUS transcript 459062 462454 1 + . g50.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 459062 459064 . + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 459062 459150 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
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+sample AUGUSTUS intron 459151 459190 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 459191 459594 1 + 1 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 459191 459594 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 459595 459804 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 459805 460154 1 + 2 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 459805 460154 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 460155 460212 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 460213 461658 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 460213 461658 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 461659 461725 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 461726 462148 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 461726 462148 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS intron 462149 462262 1 + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS CDS 462263 462454 1 + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS exon 462263 462454 . + . transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS stop_codon 462452 462454 . + 0 transcript_id "g50.t1"; gene_id "g50";
+sample AUGUSTUS gene 462819 463679 . - . g51
+sample AUGUSTUS transcript 462819 463679 0.48 - . g51.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 462819 462821 . - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS CDS 462819 463032 0.98 - 1 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS exon 462819 463032 . - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS intron 463033 463292 0.74 - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS CDS 463293 463593 0.55 - 2 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS exon 463293 463593 . - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS intron 463594 463651 0.73 - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS CDS 463652 463679 0.66 - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS exon 463652 463679 . - . transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS start_codon 463677 463679 . - 0 transcript_id "g51.t1"; gene_id "g51";
+sample AUGUSTUS gene 464311 466939 . - . g52
+sample AUGUSTUS transcript 464311 466939 0.65 - . g52.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 464311 464313 . - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 464311 464576 0.98 - 2 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 464311 464576 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 464577 464632 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 464633 464814 1 - 1 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 464633 464814 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 464815 464873 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 464874 465617 1 - 1 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 464874 465617 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 465618 465911 1 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 465912 466039 0.93 - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 465912 466039 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS intron 466040 466747 0.81 - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS CDS 466748 466939 0.71 - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS exon 466748 466939 . - . transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS start_codon 466937 466939 . - 0 transcript_id "g52.t1"; gene_id "g52";
+sample AUGUSTUS gene 469730 472415 . - . g53
+sample AUGUSTUS transcript 469730 472415 0.21 - . g53.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 469730 469732 . - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS CDS 469730 470658 0.75 - 2 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS exon 469730 470658 . - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS intron 470659 472336 0.21 - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS CDS 472337 472415 0.21 - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS exon 472337 472415 . - . transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample AUGUSTUS start_codon 472413 472415 . - 0 transcript_id "g53.t1"; gene_id "g53";
+sample GeneMark.hmm3 gene 469730 477951 . - . g54
+sample GeneMark.hmm3 transcript 469730 477951 . - . g54.t1
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 469730 469732 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 469730 470674 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 exon 469730 470674 0 - . transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 intron 470675 477843 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 477844 477951 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 exon 477844 477951 0 - . transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 477949 477951 . - 0 transcript_id "g54.t1"; gene_id "g54";
+sample AUGUSTUS gene 479876 481823 . + . g55
+sample AUGUSTUS transcript 479876 481823 0.53 + . g55.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 479876 479878 . + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS CDS 479876 480089 1 + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS exon 479876 480089 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS intron 480090 480294 1 + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS CDS 480295 481339 0.9 + 2 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS exon 480295 481339 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS intron 481340 481393 1 + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS CDS 481394 481823 0.58 + 1 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS exon 481394 481823 . + . transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS stop_codon 481821 481823 . + 0 transcript_id "g55.t1"; gene_id "g55";
+sample AUGUSTUS gene 481882 483023 . - . g56
+sample AUGUSTUS transcript 481882 483023 1 - . g56.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 481882 481884 . - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS CDS 481882 482039 1 - 2 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS exon 481882 482039 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS intron 482040 482101 1 - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS CDS 482102 482358 1 - 1 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS exon 482102 482358 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS intron 482359 482667 1 - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS CDS 482668 483023 1 - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS exon 482668 483023 . - . transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS start_codon 483021 483023 . - 0 transcript_id "g56.t1"; gene_id "g56";
+sample AUGUSTUS gene 483985 484545 . + . g57
+sample AUGUSTUS transcript 483985 484545 1 + . g57.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 483985 483987 . + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS CDS 483985 484545 1 + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS exon 483985 484545 . + . transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS stop_codon 484543 484545 . + 0 transcript_id "g57.t1"; gene_id "g57";
+sample AUGUSTUS gene 484891 485565 . - . g58
+sample AUGUSTUS transcript 484891 485565 1 - . g58.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 484891 484893 . - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS CDS 484891 485565 1 - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS exon 484891 485565 . - . transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS start_codon 485563 485565 . - 0 transcript_id "g58.t1"; gene_id "g58";
+sample AUGUSTUS gene 491960 494260 . + . g59
+sample AUGUSTUS transcript 491960 494260 0.64 + . g59.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 491960 491962 . + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 491960 492057 0.64 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 491960 492057 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 492058 493172 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493173 493452 1 + 1 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493173 493452 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 493453 493540 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493541 493621 1 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493541 493621 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 493622 493682 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493683 493822 1 + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493683 493822 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS intron 493823 493881 1 + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS CDS 493882 494260 1 + 1 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS exon 493882 494260 . + . transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS stop_codon 494258 494260 . + 0 transcript_id "g59.t1"; gene_id "g59";
+sample AUGUSTUS gene 500367 501498 . - . g60
+sample AUGUSTUS transcript 500367 501498 1 - . g60.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 500367 500369 . - 0 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS CDS 500367 500502 1 - 1 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS exon 500367 500502 . - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS intron 500503 500568 1 - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS CDS 500569 500738 1 - 0 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS exon 500569 500738 . - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS intron 500739 501154 1 - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS CDS 501155 501314 1 - 1 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS exon 501155 501314 . - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS intron 501315 501385 1 - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS CDS 501386 501498 1 - 0 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS exon 501386 501498 . - . transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS start_codon 501496 501498 . - 0 transcript_id "g60.t1"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 500565 501498 . - . g60.t2
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 500565 500567 . - 0 transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 500565 500738 . - 0 transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 exon 500565 500738 0 - . transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 intron 500739 501154 . - 1 transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 501155 501314 . - 1 transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 exon 501155 501314 0 - . transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 intron 501315 501385 . - 0 transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 501386 501498 . - 0 transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 exon 501386 501498 0 - . transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 501496 501498 . - 0 transcript_id "g60.t2"; gene_id "g60";
+sample AUGUSTUS gene 502325 504016 . - . g61
+sample AUGUSTUS transcript 502325 504016 0.82 - . g61.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 502325 502327 . - 0 transcript_id "g61.t1"; gene_id "g61";
+sample AUGUSTUS CDS 502325 504016 0.82 - 0 transcript_id "g61.t1"; gene_id "g61";
+sample AUGUSTUS exon 502325 504016 . - . transcript_id "g61.t1"; gene_id "g61";
+sample AUGUSTUS start_codon 504014 504016 . - 0 transcript_id "g61.t1"; gene_id "g61";
+sample AUGUSTUS gene 505369 509300 . - . g62
+sample AUGUSTUS transcript 505369 509300 0.82 - . g62.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 505369 505371 . - 0 transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS CDS 505369 505426 0.84 - 1 transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS exon 505369 505426 . - . transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS intron 505427 506195 0.84 - . transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS CDS 506196 506353 0.98 - 0 transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS exon 506196 506353 . - . transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS intron 506354 509084 0.98 - . transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS CDS 509085 509300 1 - 0 transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS exon 509085 509300 . - . transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS start_codon 509298 509300 . - 0 transcript_id "g62.t1"; gene_id "g62";
+sample AUGUSTUS gene 515698 526115 . - . g63
+sample AUGUSTUS transcript 515698 526115 0.1 - . g63.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 515698 515700 . - 0 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 515698 515778 0.52 - 0 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 515698 515778 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 515779 519059 0.51 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 519060 519261 0.88 - 1 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 519060 519261 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 519262 519417 0.98 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 519418 519580 0.97 - 2 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 519418 519580 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 519581 519647 0.92 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 519648 519790 0.92 - 1 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 519648 519790 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 519791 520065 0.87 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 520066 520158 0.87 - 1 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 520066 520158 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 520159 520481 0.88 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 520482 520654 1 - 0 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 520482 520654 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 520655 520725 0.98 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 520726 521275 0.97 - 1 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 520726 521275 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 521276 522060 0.67 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 522061 522215 0.68 - 0 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 522061 522215 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 522216 522276 1 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 522277 522383 1 - 2 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 522277 522383 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 522384 522566 1 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 522567 523099 0.54 - 1 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 522567 523099 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 523100 524560 0.54 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 524561 525161 0.41 - 2 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 524561 525161 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 525162 525889 0.7 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 525890 525993 0.71 - 1 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 525890 525993 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS intron 525994 526089 0.71 - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS CDS 526090 526115 0.71 - 0 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS exon 526090 526115 . - . transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS start_codon 526113 526115 . - 0 transcript_id "g63.t1"; gene_id "g63";
+sample AUGUSTUS gene 526612 527408 . + . g64
+sample AUGUSTUS transcript 526612 527408 0.88 + . g64.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 526612 526614 . + 0 transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS CDS 526612 526933 0.99 + 0 transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS exon 526612 526933 . + . transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS intron 526934 527124 1 + . transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS CDS 527125 527321 1 + 2 transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS exon 527125 527321 . + . transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS intron 527322 527387 0.89 + . transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS CDS 527388 527408 0.89 + 0 transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS exon 527388 527408 . + . transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS stop_codon 527406 527408 . + 0 transcript_id "g64.t1"; gene_id "g64";
+sample AUGUSTUS gene 539336 540618 . - . g65
+sample AUGUSTUS transcript 539336 540618 1 - . g65.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 539336 539338 . - 0 transcript_id "g65.t1"; gene_id "g65";
+sample AUGUSTUS CDS 539336 539917 1 - 0 transcript_id "g65.t1"; gene_id "g65";
+sample AUGUSTUS exon 539336 539917 . - . transcript_id "g65.t1"; gene_id "g65";
+sample AUGUSTUS intron 539918 540357 1 - . transcript_id "g65.t1"; gene_id "g65";
+sample AUGUSTUS CDS 540358 540618 1 - 0 transcript_id "g65.t1"; gene_id "g65";
+sample AUGUSTUS exon 540358 540618 . - . transcript_id "g65.t1"; gene_id "g65";
+sample AUGUSTUS start_codon 540616 540618 . - 0 transcript_id "g65.t1"; gene_id "g65";
+sample AUGUSTUS gene 560821 561174 . - . g66
+sample AUGUSTUS transcript 560821 561174 1 - . g66.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 560821 560823 . - 0 transcript_id "g66.t1"; gene_id "g66";
+sample AUGUSTUS CDS 560821 561174 1 - 0 transcript_id "g66.t1"; gene_id "g66";
+sample AUGUSTUS exon 560821 561174 . - . transcript_id "g66.t1"; gene_id "g66";
+sample AUGUSTUS start_codon 561172 561174 . - 0 transcript_id "g66.t1"; gene_id "g66";
+sample AUGUSTUS gene 565215 569658 . - . g67
+sample AUGUSTUS transcript 565215 569658 0.12 - . g67.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 565215 565217 . - 0 transcript_id "g67.t1"; gene_id "g67";
+sample AUGUSTUS CDS 565215 568156 0.25 - 2 transcript_id "g67.t1"; gene_id "g67";
+sample AUGUSTUS exon 565215 568156 . - . transcript_id "g67.t1"; gene_id "g67";
+sample AUGUSTUS intron 568157 568322 0.13 - . transcript_id "g67.t1"; gene_id "g67";
+sample AUGUSTUS CDS 568323 569658 0.25 - 0 transcript_id "g67.t1"; gene_id "g67";
+sample AUGUSTUS exon 568323 569658 . - . transcript_id "g67.t1"; gene_id "g67";
+sample AUGUSTUS start_codon 569656 569658 . - 0 transcript_id "g67.t1"; gene_id "g67";
+sample AUGUSTUS gene 580264 581041 . - . g68
+sample AUGUSTUS transcript 580264 581041 0.97 - . g68.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 580264 580266 . - 0 transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS CDS 580264 580853 0.97 - 2 transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS exon 580264 580853 . - . transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS intron 580854 580980 0.97 - . transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS CDS 580981 581041 0.97 - 0 transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS exon 580981 581041 . - . transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS start_codon 581039 581041 . - 0 transcript_id "g68.t1"; gene_id "g68";
+sample AUGUSTUS gene 581605 583000 . + . g69
+sample AUGUSTUS transcript 581605 583000 1 + . g69.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 581605 581607 . + 0 transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS CDS 581605 581673 1 + 0 transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS exon 581605 581673 . + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS intron 581674 581746 1 + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS CDS 581747 581970 1 + 0 transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS exon 581747 581970 . + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS intron 581971 582253 1 + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS CDS 582254 582362 1 + 1 transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS exon 582254 582362 . + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS intron 582363 582422 1 + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS CDS 582423 582548 1 + 0 transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS exon 582423 582548 . + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS intron 582549 582844 1 + . transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
+sample AUGUSTUS CDS 582845 583000 1 + 0 transcript_id "g69.t1"; gene_id "g69";
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+sample AUGUSTUS gene 583551 584495 . - . g70
+sample AUGUSTUS transcript 583551 584495 0.89 - . g70.t1
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+sample AUGUSTUS CDS 583551 583703 1 - 0 transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
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+sample AUGUSTUS intron 583704 583774 1 - . transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS CDS 583775 584276 1 - 1 transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
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+sample AUGUSTUS CDS 584344 584495 0.89 - 0 transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
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+sample AUGUSTUS start_codon 584493 584495 . - 0 transcript_id "g70.t1"; gene_id "g70";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 583754 584495 . - . g70.t2
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+sample GeneMark.hmm3 CDS 583754 584276 . - 1 transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
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+sample GeneMark.hmm3 start_codon 584493 584495 . - 0 transcript_id "g70.t2"; gene_id "g70";
+sample AUGUSTUS gene 585578 590240 . - . g71
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+sample AUGUSTUS intron 585971 586398 1 - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS CDS 586399 588180 1 - 0 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
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+sample AUGUSTUS intron 588181 590016 1 - . transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
+sample AUGUSTUS CDS 590017 590118 1 - 0 transcript_id "g71.t1"; gene_id "g71";
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+sample AUGUSTUS transcript 596012 597834 0.41 + . g72.t1
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+sample AUGUSTUS exon 596889 597834 . + . transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS stop_codon 597832 597834 . + 0 transcript_id "g72.t1"; gene_id "g72";
+sample AUGUSTUS gene 598307 598764 . + . g73
+sample AUGUSTUS transcript 598307 598764 0.98 + . g73.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 598307 598309 . + 0 transcript_id "g73.t1"; gene_id "g73";
+sample AUGUSTUS CDS 598307 598335 0.98 + 0 transcript_id "g73.t1"; gene_id "g73";
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+sample AUGUSTUS intron 598336 598397 1 + . transcript_id "g73.t1"; gene_id "g73";
+sample AUGUSTUS CDS 598398 598764 1 + 1 transcript_id "g73.t1"; gene_id "g73";
+sample AUGUSTUS exon 598398 598764 . + . transcript_id "g73.t1"; gene_id "g73";
+sample AUGUSTUS stop_codon 598762 598764 . + 0 transcript_id "g73.t1"; gene_id "g73";
+sample AUGUSTUS gene 599095 600874 . - . g74
+sample AUGUSTUS transcript 599095 600874 0.94 - . g74.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 599095 599097 . - 0 transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS CDS 599095 600595 1 - 1 transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS exon 599095 600595 . - . transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS intron 600596 600652 1 - . transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS CDS 600653 600810 1 - 0 transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS exon 600653 600810 . - . transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS intron 600811 600865 0.94 - . transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS CDS 600866 600874 0.94 - 0 transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
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+sample AUGUSTUS start_codon 600872 600874 . - 0 transcript_id "g74.t1"; gene_id "g74";
+sample AUGUSTUS gene 601553 602703 . + . g75
+sample AUGUSTUS transcript 601553 602703 0.5 + . g75.t1
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+sample AUGUSTUS intron 601637 601697 1 + . transcript_id "g75.t1"; gene_id "g75";
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+sample AUGUSTUS CDS 602407 602520 1 + 1 transcript_id "g75.t1"; gene_id "g75";
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+sample AUGUSTUS CDS 602577 602703 0.86 + 1 transcript_id "g75.t1"; gene_id "g75";
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+sample AUGUSTUS gene 603352 604230 . + . g76
+sample AUGUSTUS transcript 603352 604230 0.78 + . g76.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 603352 603354 . + 0 transcript_id "g76.t1"; gene_id "g76";
+sample AUGUSTUS CDS 603352 603370 0.78 + 0 transcript_id "g76.t1"; gene_id "g76";
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+sample AUGUSTUS intron 603371 603433 0.96 + . transcript_id "g76.t1"; gene_id "g76";
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+sample AUGUSTUS gene 605058 615830 . - . g77
+sample AUGUSTUS transcript 605058 615830 0.72 - . g77.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 605058 605060 . - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
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+sample AUGUSTUS intron 605241 605315 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 605316 605417 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 605316 605417 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 605418 605486 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 605487 605852 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 605487 605852 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 605853 605907 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 605908 606108 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 605908 606108 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 606109 606773 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 606774 606950 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 606774 606950 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 606951 607064 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 607065 607241 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
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+sample AUGUSTUS intron 607242 607741 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 607742 609672 1 - 2 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 607742 609672 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 609673 609727 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 609728 609998 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 609728 609998 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 609999 610048 1 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 610049 611278 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
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+sample AUGUSTUS CDS 611358 611601 1 - 1 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
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+sample AUGUSTUS CDS 612089 612246 1 - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 612089 612246 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 612247 613380 0.82 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS CDS 613381 613994 0.75 - 2 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS exon 613381 613994 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS intron 613995 615604 0.92 - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
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+sample AUGUSTUS exon 615605 615830 . - . transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS start_codon 615828 615830 . - 0 transcript_id "g77.t1"; gene_id "g77";
+sample AUGUSTUS gene 620537 623967 . + . g78
+sample AUGUSTUS transcript 620537 623967 0.43 + . g78.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 620537 620539 . + 0 transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS CDS 620537 620581 1 + 0 transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS exon 620537 620581 . + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS intron 620582 620650 1 + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS CDS 620651 620813 1 + 0 transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS exon 620651 620813 . + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS intron 620814 620897 1 + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS CDS 620898 621147 1 + 2 transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS exon 620898 621147 . + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS intron 621148 621942 1 + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS CDS 621943 622183 1 + 1 transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS exon 621943 622183 . + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS intron 622184 622426 1 + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS CDS 622427 622580 1 + 0 transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS exon 622427 622580 . + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
+sample AUGUSTUS intron 622581 622622 1 + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
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+sample AUGUSTUS intron 622727 623955 0.43 + . transcript_id "g78.t1"; gene_id "g78";
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+sample AUGUSTUS gene 624176 625616 . - . g79
+sample AUGUSTUS transcript 624176 625616 0.83 - . g79.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 624176 624178 . - 0 transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS CDS 624176 624734 0.83 - 1 transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS exon 624176 624734 . - . transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS intron 624735 624787 0.98 - . transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS CDS 624788 624987 1 - 0 transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS exon 624788 624987 . - . transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS intron 624988 625055 1 - . transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS CDS 625056 625616 1 - 0 transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
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+sample AUGUSTUS start_codon 625614 625616 . - 0 transcript_id "g79.t1"; gene_id "g79";
+sample AUGUSTUS gene 627242 628231 . - . g80
+sample AUGUSTUS transcript 627242 628231 0.79 - . g80.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 627242 627244 . - 0 transcript_id "g80.t1"; gene_id "g80";
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+sample AUGUSTUS gene 633872 636343 . - . g81
+sample AUGUSTUS transcript 633872 636343 0.29 - . g81.t1
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+sample AUGUSTUS start_codon 637337 637339 . - 0 transcript_id "g82.t1"; gene_id "g82";
+sample AUGUSTUS gene 640940 644158 . + . g83
+sample AUGUSTUS transcript 640940 644158 0.24 + . g83.t1
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+sample AUGUSTUS gene 652164 653597 . - . g84
+sample AUGUSTUS transcript 652164 653597 1 - . g84.t1
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+sample AUGUSTUS gene 673633 681793 . + . g85
+sample AUGUSTUS transcript 673633 681793 0.04 + . g85.t1
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+sample AUGUSTUS intron 673814 674312 0.65 + . transcript_id "g85.t1"; gene_id "g85";
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+sample AUGUSTUS CDS 677230 677499 0.46 + 0 transcript_id "g85.t1"; gene_id "g85";
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+sample AUGUSTUS exon 681044 681176 . + . transcript_id "g85.t1"; gene_id "g85";
+sample AUGUSTUS intron 681177 681247 0.57 + . transcript_id "g85.t1"; gene_id "g85";
+sample AUGUSTUS CDS 681248 681342 0.56 + 2 transcript_id "g85.t1"; gene_id "g85";
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+sample AUGUSTUS intron 681343 681721 0.57 + . transcript_id "g85.t1"; gene_id "g85";
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+sample AUGUSTUS gene 685812 691016 . - . g86
+sample AUGUSTUS transcript 685812 691016 0.98 - . g86.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 685812 685814 . - 0 transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
+sample AUGUSTUS CDS 685812 687185 1 - 0 transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
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+sample AUGUSTUS intron 687186 687269 1 - . transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
+sample AUGUSTUS CDS 687270 688430 1 - 0 transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
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+sample AUGUSTUS intron 688431 688493 1 - . transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
+sample AUGUSTUS CDS 688494 689229 1 - 1 transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
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+sample AUGUSTUS intron 689230 690634 1 - . transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
+sample AUGUSTUS CDS 690635 690846 0.98 - 0 transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
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+sample AUGUSTUS exon 690957 691016 . - . transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
+sample AUGUSTUS start_codon 691014 691016 . - 0 transcript_id "g86.t1"; gene_id "g86";
+sample AUGUSTUS gene 692128 694377 . - . g87
+sample AUGUSTUS transcript 692128 694377 0.71 - . g87.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 692128 692130 . - 0 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS CDS 692128 692151 1 - 0 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS exon 692128 692151 . - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS intron 692152 692219 1 - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS CDS 692220 692447 1 - 0 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS exon 692220 692447 . - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS intron 692448 692572 1 - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS CDS 692573 692728 0.9 - 0 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS exon 692573 692728 . - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS intron 692729 692774 0.9 - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS CDS 692775 692801 1 - 0 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS exon 692775 692801 . - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS intron 692802 693399 1 - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS CDS 693400 693428 1 - 2 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS exon 693400 693428 . - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS intron 693429 693488 1 - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS CDS 693489 693531 0.83 - 0 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS exon 693489 693531 . - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS intron 693532 694311 0.79 - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
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+sample AUGUSTUS exon 694312 694377 . - . transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS start_codon 694375 694377 . - 0 transcript_id "g87.t1"; gene_id "g87";
+sample AUGUSTUS gene 694450 695859 . + . g88
+sample AUGUSTUS transcript 694460 695859 0.98 + . g88.t1
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+sample AUGUSTUS exon 694460 694569 . + . transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS intron 694570 694622 1 + . transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS CDS 694623 695049 1 + 1 transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS exon 694623 695049 . + . transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS intron 695050 695108 1 + . transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS CDS 695109 695450 1 + 0 transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS exon 695109 695450 . + . transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS intron 695451 695505 1 + . transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS CDS 695506 695859 1 + 0 transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS exon 695506 695859 . + . transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS stop_codon 695857 695859 . + 0 transcript_id "g88.t1"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 transcript 694450 695859 . + . g88.t2
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 694450 694452 . + 0 transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 694450 695049 . + 0 transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 exon 694450 695049 0 + . transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 intron 695050 695108 . + 0 transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 695109 695450 . + 0 transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 exon 695109 695450 0 + . transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 intron 695451 695505 . + 0 transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 695506 695859 . + 0 transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 exon 695506 695859 0 + . transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 695857 695859 . + 0 transcript_id "g88.t2"; gene_id "g88";
+sample AUGUSTUS gene 695981 696998 . - . g89
+sample AUGUSTUS transcript 695981 696998 1 - . g89.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 695981 695983 . - 0 transcript_id "g89.t1"; gene_id "g89";
+sample AUGUSTUS CDS 695981 696879 1 - 2 transcript_id "g89.t1"; gene_id "g89";
+sample AUGUSTUS exon 695981 696879 . - . transcript_id "g89.t1"; gene_id "g89";
+sample AUGUSTUS intron 696880 696931 1 - . transcript_id "g89.t1"; gene_id "g89";
+sample AUGUSTUS CDS 696932 696998 1 - 0 transcript_id "g89.t1"; gene_id "g89";
+sample AUGUSTUS exon 696932 696998 . - . transcript_id "g89.t1"; gene_id "g89";
+sample AUGUSTUS start_codon 696996 696998 . - 0 transcript_id "g89.t1"; gene_id "g89";
+sample AUGUSTUS gene 697479 699085 . + . g90
+sample AUGUSTUS transcript 697479 699085 1 + . g90.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 697479 697481 . + 0 transcript_id "g90.t1"; gene_id "g90";
+sample AUGUSTUS CDS 697479 697750 1 + 0 transcript_id "g90.t1"; gene_id "g90";
+sample AUGUSTUS exon 697479 697750 . + . transcript_id "g90.t1"; gene_id "g90";
+sample AUGUSTUS intron 697751 698244 1 + . transcript_id "g90.t1"; gene_id "g90";
+sample AUGUSTUS CDS 698245 699085 1 + 1 transcript_id "g90.t1"; gene_id "g90";
+sample AUGUSTUS exon 698245 699085 . + . transcript_id "g90.t1"; gene_id "g90";
+sample AUGUSTUS stop_codon 699083 699085 . + 0 transcript_id "g90.t1"; gene_id "g90";
+sample AUGUSTUS gene 699296 700743 . - . g91
+sample AUGUSTUS transcript 699296 700743 1 - . g91.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 699296 699298 . - 0 transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS CDS 699296 700365 1 - 2 transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS exon 699296 700365 . - . transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS intron 700366 700434 1 - . transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
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+sample AUGUSTUS exon 700435 700523 . - . transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS intron 700524 700585 1 - . transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS CDS 700586 700743 1 - 0 transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS exon 700586 700743 . - . transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
+sample AUGUSTUS start_codon 700741 700743 . - 0 transcript_id "g91.t1"; gene_id "g91";
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+sample AUGUSTUS transcript 701680 706445 1 + . g92.t1
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+sample AUGUSTUS intron 701822 701882 1 + . transcript_id "g92.t1"; gene_id "g92";
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+sample AUGUSTUS CDS 717964 719015 1 - 2 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
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+sample AUGUSTUS intron 719016 719073 1 - . transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
+sample AUGUSTUS CDS 719074 719307 1 - 2 transcript_id "g95.t1"; gene_id "g95";
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+sample4 AUGUSTUS gene 2126 3863 . + . g96
+sample4 AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.37 + . g96.t1
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+sample4 AUGUSTUS intron 2200 2257 1 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
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+sample4 AUGUSTUS intron 3225 3283 1 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3284 3490 0.63 + 0 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
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+sample4 AUGUSTUS intron 3491 3548 0.59 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
+sample4 AUGUSTUS CDS 3549 3603 0.54 + 0 transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
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+sample4 AUGUSTUS intron 3604 3768 0.52 + . transcript_id "g96.t1"; gene_id "g96";
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+sample4 AUGUSTUS intron 4760 4929 1 - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
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+sample4 AUGUSTUS exon 4930 5539 . - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS intron 5540 6038 1 - . transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
+sample4 AUGUSTUS CDS 6039 6494 1 - 0 transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
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+sample4 AUGUSTUS start_codon 6492 6494 . - 0 transcript_id "g97.t1"; gene_id "g97";
diff -r 000000000000 -r 3c0865d1172f test-data/out_prot/braker.gtf
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+++ b/test-data/out_prot/braker.gtf Wed Sep 06 09:50:28 2023 +0000
@@ -0,0 +1,465 @@
+sample AUGUSTUS start_codon 79526 79528 . + 0 transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
+sample AUGUSTUS CDS 79526 80474 0.4 + 0 transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS intron 80475 87860 0.49 + . transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS intron 88126 92148 0.19 + . transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS intron 92253 94562 0.19 + . transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
+sample AUGUSTUS CDS 94563 94732 0.96 + 2 transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS CDS 94873 95333 0.79 + 0 transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS intron 95334 95584 0.51 + . transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
+sample AUGUSTUS CDS 95585 95762 0.35 + 1 transcript_id "file_1_g14.t1"; gene_id "file_1_g14";
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+sample AUGUSTUS transcript 79526 95762 0.01 + . g14.t1
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+sample4 AUGUSTUS intron 5540 6038 0.29 - . transcript_id "file_1_g28.t1"; gene_id "file_1_g28";
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+sample4 AUGUSTUS start_codon 6492 6494 . - 0 transcript_id "file_1_g28.t1"; gene_id "file_1_g28";
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+sample AUGUSTUS start_codon 210481 210483 . - 0 transcript_id "file_1_g24.t1"; gene_id "file_1_g24";
+sample AUGUSTUS gene 209044 210483 0.38 - . g24
+sample AUGUSTUS transcript 209044 210483 0.38 - . g24.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 2126 2128 . + 0 transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
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+sample AUGUSTUS intron 3513 3807 0.22 + . transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS CDS 3808 3863 0.54 + 2 transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS gene 2126 3863 0.1 + . g2
+sample AUGUSTUS transcript 2126 3863 0.1 + . g2.t1
+sample AUGUSTUS exon 3808 3863 . + . transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample AUGUSTUS stop_codon 3861 3863 . + 0 transcript_id "file_1_g2.t1"; gene_id "file_1_g2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 15344 15346 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 15344 17164 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_5_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 17165 17295 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 17296 18096 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_4_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 18097 18220 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 18221 18259 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_3_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 18260 18462 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 18463 19499 . - 2 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 19500 19606 . - 1 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 15344 21542 . - . gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
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+sample GeneMark.hmm3 CDS 19607 21542 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 21540 21542 . - 0 gene_id "file_2_4_g"; transcript_id "file_2_4_t";
+sample AUGUSTUS start_codon 119778 119780 . + 0 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
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+sample AUGUSTUS intron 120379 123327 0.98 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS CDS 123328 123512 0.99 + 2 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS exon 123328 123512 . + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
+sample AUGUSTUS intron 123513 133208 0.5 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
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+sample AUGUSTUS CDS 134668 135510 1 + 1 transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
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+sample AUGUSTUS intron 135511 135568 1 + . transcript_id "file_1_g18.t1"; gene_id "file_1_g18";
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+sample AUGUSTUS transcript 119778 136346 0.49 + . g18.t1
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+sample AUGUSTUS intron 183955 186056 0.28 - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS CDS 186057 186166 0.43 - 0 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS gene 183489 186166 0.22 - . g22
+sample AUGUSTUS transcript 183489 186166 0.22 - . g22.t1
+sample AUGUSTUS exon 186057 186166 . - . transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample AUGUSTUS start_codon 186164 186166 . - 0 transcript_id "file_1_g22.t1"; gene_id "file_1_g22";
+sample4 GeneMark.hmm3 stop_codon 5997 5999 . - 0 gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 5997 6450 . - 1 gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_1_1";
+sample4 GeneMark.hmm3 gene 5997 6450 . - . gene_id "file_2_23_g"; transcript_id "file_2_23_t";
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+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 14247 14249 . - 0 gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t";
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+sample GeneMark.hmm3 start_codon 14670 14672 . - 0 gene_id "file_2_3_g"; transcript_id "file_2_3_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 94831 94833 . + 0 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 95334 95386 . + 2 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 94831 95762 . + . gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 94831 95762 . + . gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 95387 95762 . + 1 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 95760 95762 . + 0 gene_id "file_2_12_g"; transcript_id "file_2_12_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 2258 3224 . + 1 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_1_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 intron 3225 3283 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 3284 3755 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 intron 3756 4934 . + 1 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 gene 2258 5707 . + . gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 mRNA 2258 5707 . + . gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample4 GeneMark.hmm3 CDS 4935 5707 . + 2 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_3_3";
+sample4 GeneMark.hmm3 stop_codon 5705 5707 . + 0 gene_id "file_2_22_g"; transcript_id "file_2_22_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 183489 183491 . - 0 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 183659 183709 . - 1 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 183710 183924 . - 1 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_3";
+sample GeneMark.hmm3 intron 183925 186056 . - 2 gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 183489 186166 . - . gene_id "file_2_19_g"; transcript_id "file_2_19_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 6451 7715 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
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+sample GeneMark.hmm3 intron 8386 8706 . - 1 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 8707 10499 . - 1 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_3_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 10500 10642 . - 2 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 10643 10794 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Internal"; count "file_2_2_5";
+sample GeneMark.hmm3 intron 10795 10816 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 5997 11104 . - . gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 5997 11104 . - . gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 10817 11104 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_5";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 11102 11104 . - 0 gene_id "file_2_2_g"; transcript_id "file_2_2_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 4248 4250 . - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 4248 4738 0.48 - 2 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 4248 4738 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 4739 4929 0.48 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 4930 5539 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 4930 5539 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 5540 6038 0.26 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 6039 6450 0.42 - 1 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 6039 6450 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 6451 7715 0.85 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 7716 8362 0.49 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 7716 8362 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 8363 8725 0.31 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 8726 10495 0.23 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 8726 10495 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 10496 10662 0.22 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10663 10794 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS exon 10663 10794 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS intron 10795 10852 0.95 - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS CDS 10853 11104 0.72 - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS gene 4248 11104 0.01 - . g3
+sample AUGUSTUS transcript 4248 11104 0.01 - . g3.t1
+sample AUGUSTUS exon 10853 11104 . - . transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 11102 11104 . - 0 transcript_id "file_1_g3.t1"; gene_id "file_1_g3";
+sample AUGUSTUS start_codon 194065 194067 . + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS CDS 194065 194461 0.19 + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS exon 194065 194461 . + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS intron 194462 194517 0.12 + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS CDS 194518 194669 0.21 + 2 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS gene 194065 194669 0.06 + . g23
+sample AUGUSTUS transcript 194065 194669 0.06 + . g23.t1
+sample AUGUSTUS exon 194518 194669 . + . transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS stop_codon 194667 194669 . + 0 transcript_id "file_1_g23.t1"; gene_id "file_1_g23";
+sample AUGUSTUS start_codon 116548 116550 . + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS CDS 116548 119382 0.85 + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS exon 116548 119382 . + . transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS stop_codon 119380 119382 . + 0 transcript_id "file_1_g17.t1"; gene_id "file_1_g17";
+sample AUGUSTUS gene 116548 119382 0.85 + . g17
+sample AUGUSTUS transcript 116548 119382 0.85 + . g17.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 143824 143826 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 143824 143830 0.99 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 143824 143830 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 143831 144252 0.74 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 144253 144559 0.19 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 144253 144559 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 144560 145804 0.24 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 145805 146055 0.13 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 145805 146055 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 146056 149018 0.23 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149019 149244 0.28 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149019 149244 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149245 149411 0.66 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149412 149586 0.26 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149412 149586 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149587 149672 0.43 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 149673 149917 0.27 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 149673 149917 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 149918 152341 0.26 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 152342 152429 0.26 + 1 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 152342 152429 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 152430 152495 0.32 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 152496 152751 0.41 + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS exon 152496 152751 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS intron 152752 153206 0.42 + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS CDS 153207 159043 0.51 + 2 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS gene 143824 159043 0.02 + . g19
+sample AUGUSTUS transcript 143824 159043 0.02 + . g19.t1
+sample AUGUSTUS exon 153207 159043 . + . transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS stop_codon 159041 159043 . + 0 transcript_id "file_1_g19.t1"; gene_id "file_1_g19";
+sample AUGUSTUS start_codon 58640 58642 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 58640 58677 0.01 + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS exon 58640 58677 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS intron 58678 59091 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 59092 59204 0.01 + 1 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS exon 59092 59204 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS intron 59205 69536 0.01 + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS CDS 69537 69745 0.01 + 2 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS gene 58640 69745 0 + . g12
+sample AUGUSTUS transcript 58640 69745 . + . g12.t1
+sample AUGUSTUS exon 69537 69745 . + . transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS stop_codon 69743 69745 . + 0 transcript_id "file_1_g12.t1"; gene_id "file_1_g12";
+sample AUGUSTUS stop_codon 22811 22813 . - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS CDS 22811 24038 1 - 1 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS exon 22811 24038 . - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS intron 24039 26107 1 - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS CDS 26108 27111 0.98 - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS gene 22811 27111 0.98 - . g5
+sample AUGUSTUS transcript 22811 27111 0.98 - . g5.t1
+sample AUGUSTUS exon 26108 27111 . - . transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS start_codon 27109 27111 . - 0 transcript_id "file_1_g5.t1"; gene_id "file_1_g5";
+sample AUGUSTUS stop_codon 214566 214568 . - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS CDS 214566 214811 0.19 - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS exon 214566 214811 . - . transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS start_codon 214809 214811 . - 0 transcript_id "file_1_g25.t1"; gene_id "file_1_g25";
+sample AUGUSTUS gene 214566 214811 0.19 - . g25
+sample AUGUSTUS transcript 214566 214811 0.19 - . g25.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 45527 45529 . - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 45527 46157 0.51 - 1 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS exon 45527 46157 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS intron 46158 46752 0.42 - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 46753 47379 0.43 - 1 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS exon 46753 47379 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS intron 47380 49616 0.44 - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS CDS 49617 49792 0.45 - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS gene 45527 49792 0.15 - . g10
+sample AUGUSTUS transcript 45527 49792 0.15 - . g10.t1
+sample AUGUSTUS exon 49617 49792 . - . transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS start_codon 49790 49792 . - 0 transcript_id "file_1_g10.t1"; gene_id "file_1_g10";
+sample AUGUSTUS start_codon 159171 159173 . + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS CDS 159171 164495 0.95 + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS exon 159171 164495 . + . transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS stop_codon 164493 164495 . + 0 transcript_id "file_1_g20.t1"; gene_id "file_1_g20";
+sample AUGUSTUS gene 159171 164495 0.95 + . g20
+sample AUGUSTUS transcript 159171 164495 0.95 + . g20.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 1092 1094 . - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS CDS 1092 1364 0.68 - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS exon 1092 1364 . - . transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS start_codon 1362 1364 . - 0 transcript_id "file_1_g1.t1"; gene_id "file_1_g1";
+sample AUGUSTUS gene 1092 1364 0.68 - . g1
+sample AUGUSTUS transcript 1092 1364 0.68 - . g1.t1
+sample AUGUSTUS start_codon 40692 40694 . + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 40692 41193 0.54 + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 40692 41193 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 41194 41706 0.54 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 41707 42103 0.64 + 2 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 41707 42103 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 42104 43371 0.21 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 43372 43609 0.14 + 1 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS exon 43372 43609 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS intron 43610 43677 0.46 + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS CDS 43678 44130 0.46 + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS gene 40692 44130 0.05 + . g9
+sample AUGUSTUS transcript 40692 44130 0.05 + . g9.t1
+sample AUGUSTUS exon 43678 44130 . + . transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample AUGUSTUS stop_codon 44128 44130 . + 0 transcript_id "file_1_g9.t1"; gene_id "file_1_g9";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 209044 209046 . - 0 gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 209044 210492 . - 0 gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 209044 210492 . - . gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 209044 210492 . - . gene_id "file_2_21_g"; transcript_id "file_2_21_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 194065 194067 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194065 194428 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 194429 194517 . + 1 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 194065 194669 . + . gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 194065 194669 . + . gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 194518 194669 . + 2 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 194667 194669 . + 0 gene_id "file_2_20_g"; transcript_id "file_2_20_t";
+sample AUGUSTUS start_codon 115274 115276 . + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS CDS 115274 116488 0.87 + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS exon 115274 116488 . + . transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS stop_codon 116486 116488 . + 0 transcript_id "file_1_g16.t1"; gene_id "file_1_g16";
+sample AUGUSTUS gene 115274 116488 0.87 + . g16
+sample AUGUSTUS transcript 115274 116488 0.87 + . g16.t1
+sample AUGUSTUS stop_codon 100542 100544 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 100542 100756 0.3 - 2 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 100542 100756 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 100757 102520 0.32 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 102521 103133 0.26 - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 102521 103133 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 103134 103264 0.25 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 103265 104819 0.09 - 1 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS exon 103265 104819 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS intron 104820 108228 0.15 - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS CDS 108229 108299 0.42 - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS gene 100542 108299 0.02 - . g15
+sample AUGUSTUS transcript 100542 108299 0.02 - . g15.t1
+sample AUGUSTUS exon 108229 108299 . - . transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample AUGUSTUS start_codon 108297 108299 . - 0 transcript_id "file_1_g15.t1"; gene_id "file_1_g15";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 45489 45491 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 45489 45611 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 45612 45727 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 45489 46114 . - . gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 45489 46114 . - . gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 45728 46114 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 46112 46114 . - 0 gene_id "file_2_8_g"; transcript_id "file_2_8_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 27589 27591 . - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS CDS 27589 28143 0.2 - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS exon 27589 28143 . - . transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS start_codon 28141 28143 . - 0 transcript_id "file_1_g6.t1"; gene_id "file_1_g6";
+sample AUGUSTUS gene 27589 28143 0.2 - . g6
+sample AUGUSTUS transcript 27589 28143 0.2 - . g6.t1
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 56484 56486 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 56484 56885 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t"; cds_type "file_2_Single"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 56484 56885 . - . gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 56883 56885 . - 0 gene_id "file_2_10_g"; transcript_id "file_2_10_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 56484 56486 . - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS CDS 56484 56821 0.37 - 2 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS exon 56484 56821 . - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS intron 56822 57445 0.37 - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS CDS 57446 57566 0.07 - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS gene 56484 57566 0.06 - . g11
+sample AUGUSTUS transcript 56484 57566 0.06 - . g11.t1
+sample AUGUSTUS exon 57446 57566 . - . transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample AUGUSTUS start_codon 57564 57566 . - 0 transcript_id "file_1_g11.t1"; gene_id "file_1_g11";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 40638 40640 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 40638 41193 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 41194 43606 . + 1 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 40638 44130 . + . gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 40638 44130 . + . gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 43607 44130 . + 2 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 44128 44130 . + 0 gene_id "file_2_7_g"; transcript_id "file_2_7_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 74172 74174 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 74172 74318 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t"; cds_type "file_2_Terminal"; count "file_2_2_2";
+sample GeneMark.hmm3 intron 74319 79516 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 gene 74172 80527 . - . gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 74172 80527 . - . gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 79517 80527 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t"; cds_type "file_2_Initial"; count "file_2_1_2";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 80525 80527 . - 0 gene_id "file_2_11_g"; transcript_id "file_2_11_t";
+sample GeneMark.hmm3 stop_codon 46749 46751 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 CDS 46749 47339 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t"; cds_type "file_2_Single"; count "file_2_1_1";
+sample GeneMark.hmm3 gene 46749 47339 . - . gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 mRNA 46749 47339 . - . gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample GeneMark.hmm3 start_codon 47337 47339 . - 0 gene_id "file_2_9_g"; transcript_id "file_2_9_t";
+sample AUGUSTUS stop_codon 73851 73853 . - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS CDS 73851 74116 0.56 - 2 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS exon 73851 74116 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS intron 74117 79000 . - . transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS CDS 79001 79010 0.01 - 0 transcript_id "file_1_g13.t1"; gene_id "file_1_g13";
+sample AUGUSTUS gene 73851 79010 0 - . g13
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