diff test-data/export/cdna.fa @ 10:dca2fb399ee6 draft

"planemo upload for repository https://github.com/galaxy-genome-annotation/galaxy-tools/tree/master/tools/apollo commit 08015be1ee8a784e0619f961aaa724857debfd6f"

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/export/cdna.fa	Mon Dec 02 05:45:36 2019 -0500
@@ -0,0 +1,103 @@
+>ff2fe902-7bab-431c-be82-30ed072915d1 (mRNA) 690 residues [Merlin:2-691 + strand] [cdna] name=Unknown
+CGTTTAGACAAAGGTACATTATTGTATCGTGGCCAAAAATTAGACCTTCCTACATTCGAG
+CATAACGCAGAGAATAAGTTGTTCTATTTCAGAAACTACGTTTCAACTTCATTAAAGCCT
+CTGATCTTTGGTGAATTTGGTCGTATGTTTATGGCACTAGATGACGATACTACAATTTAT
+ACTGCTGAGACGCCTGATGATTATAATCGTTTCGCAAACCCAGAAGATATAATTGATATT
+GGCGCTACTCAAAAAGACTCATTTGACGATAACAATAATGATGGAACATCTATTAATATC
+GGCAAACAAGTTAATTTAGGATTCGTTATTTCCGGTGCTGAAAATGTTCGAGTTATTGTT
+CCAGGTTCTTTAACTGAATATCCAGAAGAAGCGGAAGTTATTCTGCCTCGTGGTACTCTT
+TTGAAGATCAATAAAATCACTACTCAAGTAGATAAACGCTCGAATAAGTTCATGGTTGAA
+GGTTCAATCGTTCCGCCTTCTGAGCAAATTGATGAATCTGTTGAGATTTATGACGGTGAT
+CTGTTCATGGAAACAGGTGAAGTAGTAAAACTGTCCGGATTCATGCAGTTCGTCAACGAA
+TCTGCATACGATGAAGAGCAAAACCAGATGGCTGCTGAGATTCTGTCTGGATTCTTGGAC
+ATTGATGACATGCCACGTAAGTTCCGCTAG
+>f2e1909a-1d40-4a49-a67b-5fe2afdc4957 (mRNA) 288 residues [Merlin:752-1039 + strand] [cdna] name=Unknown
+ATGAAATCAATTTTTCGTATCAACGGTGTAGAAATTGTAGTTGAAGATGTAGTTCCTATG
+TCTTATGAATTCAATGAAGTTGTTTTCAAAGAGCTTAAGAAAATTTTAGGCGATAAGAAG
+CTTCAAAGTACTCCAATTGGACGTTTTGGAATGAAAGAAAACGTTGATACTTATATTGAA
+AGTGTAGTGACAGGGCAGTTAGAAGGTGAATTTTCTGTAGCAGTTCAAACTGTAGAAAAT
+GATGAAGTTATTTTAACTTTACCAGCTTTCGTAATTTTCCGCAAATAA
+>12fe0db6-c8e1-4bc9-b594-87c92c6c9669 (mRNA) 945 residues [Merlin:1067-2011 - strand] [cdna] name=Unknown
+ATGCTAACTTTAGATGAATTTAAAAACCAAGCGGGTAATATAGACTTTCAGCGTACTAAT
+ATGTTTAGTTGTGTATTTGCAACTACTCCGTCAGCAAAGTCTCAACAATTACTCGATCAA
+TTTGGCGGTATGCTCTTTAATAACCTTCCGTTGAATAATGACTGGCTTGGATTAACACAA
+GGTGAGTTCACATCAGGACTCACCTCAATTATCACTGCCGGTACTCAACAGCTGGTAAGA
+AAGTCTGGTGTATCGAAATATCTTATTGGAGCAATGAGCAATCGTGTTGTTCAGTCTTTA
+TTAGGTGAATTTGAAGTCGGAACTTATTTGTTAGACTTCTTTAACATGGCTTATCCGCAA
+TCTGGATTGATGATTTATTCGGTCAAAATTCCAGAGAACAGATTGTCTCATGAAATGGAT
+TTCAACCATAACTCACCGAATATTAGAATAACTGGACGTGAACTCGATCCGTTAACTATA
+TCATTCAGAATGGATCCCGAAGCAAGTAACTATCGTGCAATGCAAGATTGGGTGAACTCC
+GTTCAAGACCCGGTTACTGGATTGCGAGCATTACCAACTGACGTCGAAGCTGACATTCAG
+GTTAACCTTCATGCTCGAAATGGATTACCTCATACTGTGATAATGTTCACAGGTTGTGTT
+CCTGTTGCGTGTGGAGCTCCTGAGCTTACATATGAAGGAGATAACCAAATTGCGGTTTTC
+GATGTTACATTTGCTTACAGAGTAATGCAAACGGGTGCTGTTGGACGTCAAGCTGCTCTT
+GATTGGATTGAAGATAGAGCTGTTAATTCTATAACTGGAATTAATAGTGAAATGTCTCTT
+AATGGAAGTTTAAGTAGATTATCTAGACTTGGAGGAGCTGCTGGAGGGTTGTCTCACGTC
+ATTAATTCGACCCGAAACTCTACTTCGAAAATACTTGGATTGTAA
+>58fc8255-95ed-4417-a373-238f826810ac (mRNA) 1056 residues [Merlin:2011-3066 - strand] [cdna] name=Unknown
+ATGAGCATTAAAGTCAGAGAATTAGATGATAAGACTGATGCTTTAATTAGCGGAGTTAAA
+ACCTCCGCTGGTCAAAGTTCACAATCAGCAAAAATAAAATCCACTATAACTGCGCAATAT
+CCGTCTGAACGTTCAGCTGGTAATGACACATCTGGTTCTTTACGAGTTCATGATCTTTAT
+AAGAACGGGTTGTTGTTCACTGCGTATGATATGAATTCTCGTACAACCGGTGATATGCGT
+AGCATGCGTTTAGGTGAAATGAAACGTACTGCAAATAGTGTAGTGAAATCAATCACTGGA
+ACAAATACTAATAAAGTTGATAAAATTCCAGTAGTGAATATTTTACTTCCACGCTCGAAA
+TCAGATGTTGAATCAGTTTCTCATAAATTTAATGACGTTGGAGATTCACTTATTTCTCGT
+GGCGGCGGTACTGCTACAGGGGTATTAAGTAACGTTGCATCTACTGCTGTCTTTGGCGGA
+TTAGAGTCATTGACTCAAGGATTAATGGCTGACCATAACGAGCAGATCTATAACACTGCT
+CGATCAATGTATGGCGGCGCAGATAACCGTACGAAGGTATTCACGTGGGATTTAACTCCT
+CGATCAGTACAAGATCTTATTGCTATTATCGAGATCTATGAATACTTTAACTACTATAGT
+TATGGCGAAACGGGAACGTCTACTTATGCAAAAGAAGTTAAGTCTCAATTAGATGAATGG
+TATAAATCAACTTTCCTTGATACATTAACTCCAGATGAAGCTAATAAAAATGACACTGTT
+TTTGAGAAAATAACTTCATTCTTAAGTAATGTTATTGTTGTAAGTAACCCTACTGTGTGG
+TTCGTCAGAAACTTTGGAACCACAAGTAAATTCGATGGACGTGCTGAAGTATTCGGTCCA
+TGTCAAATTCAGAGTATCCGTTTTGATAAAACTCCAAATGGAAACTTTAACGGTTTAGCT
+ATAGCTCCAAACCTGCCAAGTACATTCACATTAGAAATTACTATGCGTGAAATCTTGACA
+TTGAACCGAGCTTCAGTATATGCGGAAGGATTCTGA
+>c009dd7a-3284-4e7f-9ee1-3b56e2598e07 (mRNA) 1662 residues [Merlin:3066-4796 - strand] [cdna] name=multiexongene
+ATGAAAAGCGAAAACATGTCCACAATGAGACGTCGTAAAGTTATCGCTGATTCAAAGGGT
+GAAAGAGATGCAGCCTCGACTGCATCTGATCAAGTAGACTCTTTAGAATTAATCGGCCTT
+AAACTTGATGATGTACAAAGCGCTAATGAACTAGTTGCTGAAGTAATTGAAGAAAAGGGC
+AATAACTTAATTGATTCAGTTGATAACGTCGCTGAAGGTACTGAATTAGCTGCTGAAGCA
+TCTGAACGAACTACTGAGTCTATCAAGACTCTTACTGGCGTAGCGTCAACAATCAGCGAC
+AAATTAAGTAAACTCGCTTCGATGCTCGAGTCGAAGGTTCAGGCTGTGGAGCAAAAAGTA
+CAAGAATCTGGTGCCTCAGCTTCAACTGGGCTGTCAGTGATAGAAGATAAGCTTCCAGAT
+CCTGATGAGCCTTTCTTTCCACCTGTCCCTCAGGAACCCGAGAACAACAAGAAAGATCAA
+AAGAAAGATGATAAGAAACCTACCGATATGTTAGGTGACTTGCTGAAGACTACGAAGGGC
+GGATTTAAAGCTACGATATCAATCACTGATAAAATATCGTCTATGCTTTTCAAATACACC
+GTAACAGCATTAGCTGAAGCTGCTAAAATGGCTGCTATGCTATTTGCATTAGTATTAGGC
+ATAGATTTACTTCGTATTCATTTTAAGTATTGGACTGATAAATTCATGAGTAACTTCGAT
+GAATTCAGTGCTGAAGCTGGTGAATGGGGTGGACTGCTTCAATCAATTTTTGGAATGTTA
+GGAGATATTAAAAAGTTCTGGGAAGCTGGAGACTGGAGTGGATTAGCAGTAGCTATTGTC
+AAAGGATTAGCTGATGTGATTTACAACCTGAGCGAAATAATGTCTTTGGGAATTTCAAAG
+ATATCTGCTTCTATACTCGATGCACTTGGCTTTGAAAATGCAGCAACTACTATTCGTGGT
+TCAGCACTAGAAGGATTCCAGGAACGCACTGGTAATTCATTGTCTGAAGATGATCAAAAA
+GCTTTGGCTAAATATCAGAGTAAGCGTATTGAAGAAGGTCCTGGAATTATTGATAAAGCT
+GGCGAATTTAAAACTCGTGCATTTGATTGGGTACTAGGAAGAGAGAATAAAATCGATTCT
+ACACAAGCATCTGACCGTGATCAAGAGACTCAGAATCTTAAAGCAATGGCTCCTGAAAAA
+CGCGAAGAAACACTGATCAAACAAAACGAAGCTCGTGCAGCTGTTCAGCGTTTAGAAAAA
+TATATTGGTGATGTTGATCCAGAGAATCCAACTAATATGCAATCTTTAGAGAAGGCATAT
+AACAGTGCCAAAAAGTCTATTAGTGATTCTGCTATAAGTGATCAACCAGCTACTAAAAAG
+GAACTCGATAAAAGATTCCAACGAGTAGAATCCAAGTATCAGAAGCTCAAAGAAGATAAC
+ACTCCGAAGCCTGCGGCTCCAGCTACTTCGGAAGATAATCAACGAGTTCAAAATATTCAA
+AAAGCTGAAAATGCTAAAGAGCAATCTAAAAAATCAACCGGTGATATGAATGTTGCTAAC
+ACTCAGGTTAATAACGTAAATAATAGTAAGACTATTCACCAGGTTCAAACAGTCACGGCT
+ACTCCAGCTCCTGGAGTATTCGGGGCAACAGGAGTTAATTAA
+>2706ea76-172a-48c1-b940-eb603996f082 (mRNA) 1056 residues [Merlin:5011-6066 - strand] [cdna] name=cds-not-under-exon
+CTTTAATGACGCTGGTGAATCAATAAAAGAGATGATCGGTGCAATTTATGAATCAAAACC
+TCTTATAGCACCTGCGATGAACACAATCAACACATATGTTCCTCGAGTTCCATGGACGAG
+TAACATAACTGAATACAAGAAATATGTTCGAGATGTTGCATTAGCAGTAGATAATGACCA
+ATTCGTTTTTGTATGGGAAGATATCTATGGCTTGAACATGATGGATTATGACGCAATGAT
+TAACCAAGAATCAATCAAGGTTATTGTCGGTGAACCACGCACAATAGGTCAATTTGTCGG
+TGAGCTGGAATATAATCTCGCTTATGACTTCCAGTGGTTAACGAAGGCTAATGCCCATAC
+ACGCGATCCTATTTTTAACGCTACAATCTATTCACACTCATTCTTGGATAATAACCTTCC
+TAGAATAGTAACAGGTGATGGACAGAATAGCATCTTCGTTTCTCGCTCGGGTGCATATTC
+TGAAATGACTTATCGAAATGGATATGAAGAAGCTATCAGGCTTCAGACTATGGCACAATA
+CGACGGTTATGCAACTTGTAAAATGGTTGGAGACTTTGAAATGACTCCTGGAGATAAGAT
+TAATTTCTTTGATCCAAAGAAACAATTCAAAGCTGATTTTTACATTGATGAAGTAATTCA
+TGAAGTAAGTAATAACCAAAGCATAACTACACTTTATATGTTTACTAACTCTCGTAAGTT
+GGAAACAGTAGAACCAATAAAGGTTAAAAATGAACTTAAATCTGATACTACCACTTAAGA
+AAATACAAGTCAATGGCAAAACCATTTCTATTCCTAAGCTTGGCTTGAAGCATCACACGT
+TGATTAAAGATGTTCGTGCAATGGATGAGAACATGGGAATTCTTTTGGACTCAATTCATC
+CTGGGCTAAACGCTGCTGAATCAGATTTAGTGTCTATTCATTTGCTAGAGTTCAATGGCA
+AGTTAAAATCAAGTGTCGTTAAAGATGGATACACTTACAATATCAATGACATTTATATTT
+GCCAACGCCTTGAATTCCAGTTCCAAGGAAAGACAT