diff vsnp_statistics.py @ 3:321a8259e3f9 draft

Uploaded

--- a/vsnp_statistics.py	Thu Apr 30 10:26:20 2020 -0400
+++ b/vsnp_statistics.py	Thu Apr 30 11:01:40 2020 -0400
@@ -10,7 +10,19 @@
 INPUT_IDXSTATS_DIR = 'input_idxstats'
 INPUT_METRICS_DIR = 'input_metrics'
 INPUT_READS_DIR = 'input_reads'
-QUALITYKEY = {'!':'0', '"':'1', '#':'2', '$':'3', '%':'4', '&':'5', "'":'6', '(':'7', ')':'8', '*':'9', '+':'10', ',':'11', '-':'12', '.':'13', '/':'14', '0':'15', '1':'16', '2':'17', '3':'18', '4':'19', '5':'20', '6':'21', '7':'22', '8':'23', '9':'24', ':':'25', ';':'26', '<':'27', '=':'28', '>':'29', '?':'30', '@':'31', 'A':'32', 'B':'33', 'C':'34', 'D':'35', 'E':'36', 'F':'37', 'G':'38', 'H':'39', 'I':'40', 'J':'41', 'K':'42', 'L':'43', 'M':'44', 'N':'45', 'O':'46', 'P':'47', 'Q':'48', 'R':'49', 'S':'50', 'T':'51', 'U':'52', 'V':'53', 'W':'54', 'X':'55', 'Y':'56', 'Z':'57', '_':'1', ']':'1', '[':'1', '\\':'1', '\n':'1', '`':'1', 'a':'1', 'b':'1', 'c':'1', 'd':'1', 'e':'1', 'f':'1', 'g':'1', 'h':'1', 'i':'1', 'j':'1', 'k':'1', 'l':'1', 'm':'1', 'n':'1', 'o':'1', 'p':'1', 'q':'1', 'r':'1', 's':'1', 't':'1', 'u':'1', 'v':'1', 'w':'1', 'x':'1', 'y':'1', 'z':'1', ' ':'1'}
+QUALITYKEY = {'!': '0', '"': '1', '#': '2', '$': '3', '%': '4', '&': '5', "'": '6', '(': '7',
+              ')': '8', '*': '9', '+': '10', ',': '11', '-': '12', '.': '13', '/': '14', '0': '15',
+              '1': '16', '2': '17', '3': '18', '4': '19', '5': '20', '6': '21', '7': '22',
+              '8': '23', '9': '24', ':': '25', ';': '26', '<': '27', '=': '28', '>': '29',
+              '?': '30', '@': '31', 'A': '32', 'B': '33', 'C': '34', 'D': '35', 'E': '36',
+              'F': '37', 'G': '38', 'H': '39', 'I': '40', 'J': '41', 'K': '42', 'L': '43',
+              'M': '44', 'N': '45', 'O': '46', 'P': '47', 'Q': '48', 'R': '49', 'S': '50',
+              'T': '51', 'U': '52', 'V': '53', 'W': '54', 'X': '55', 'Y': '56', 'Z': '57',
+              '_': '1', ']': '1', '[': '1', '\\': '1', '\n': '1', '`': '1', 'a': '1', 'b': '1',
+              'c': '1', 'd': '1', 'e': '1', 'f': '1', 'g': '1', 'h': '1', 'i': '1', 'j': '1',
+              'k': '1', 'l': '1', 'm': '1', 'n': '1', 'o': '1', 'p': '1', 'q': '1', 'r': '1',
+              's': '1', 't': '1', 'u': '1', 'v': '1', 'w': '1', 'x': '1', 'y': '1', 'z': '1',
+              ' ': '1'}
 
 
 def fastq_to_df(fastq_file, gzipped):