# HG changeset patch
# User hammock
# Date 1498213996 14400
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Binary file Hammock/dist/Hammock.jar has changed
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum100.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum100.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum100_3.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 100
+# Entropy = 1.4516, Expected = -1.0948
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 8 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -1 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -2 1 -1 -6 -5 -2 -4 -2 -2 -10
+R -3 10 -2 -5 -8 0 -2 -6 -1 -7 -6 3 -4 -6 -5 -3 -3 -7 -5 -6 -4 -1 -3 -10
+N -4 -2 11 1 -5 -1 -2 -2 0 -7 -7 -1 -5 -7 -5 0 -1 -8 -5 -7 5 -2 -3 -10
+D -5 -5 1 10 -8 -2 2 -4 -3 -8 -8 -3 -8 -8 -5 -2 -4 -10 -7 -8 6 0 -4 -10
+C -2 -8 -5 -8 14 -7 -9 -7 -8 -3 -5 -8 -4 -4 -8 -3 -3 -7 -6 -3 -7 -8 -5 -10
+Q -2 0 -1 -2 -7 11 2 -5 1 -6 -5 2 -2 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 -2 5 -2 -10
+E -3 -2 -2 2 -9 2 10 -6 -2 -7 -7 0 -5 -8 -4 -2 -3 -8 -7 -5 0 7 -3 -10
+G -1 -6 -2 -4 -7 -5 -6 9 -6 -9 -8 -5 -7 -8 -6 -2 -5 -7 -8 -8 -3 -5 -4 -10
+H -4 -1 0 -3 -8 1 -2 -6 13 -7 -6 -3 -5 -4 -5 -3 -4 -5 1 -7 -2 -1 -4 -10
+I -4 -7 -7 -8 -3 -6 -7 -9 -7 8 2 -6 1 -2 -7 -5 -3 -6 -4 4 -8 -7 -3 -10
+L -4 -6 -7 -8 -5 -5 -7 -8 -6 2 8 -6 3 0 -7 -6 -4 -5 -4 0 -8 -6 -3 -10
+K -2 3 -1 -3 -8 2 0 -5 -3 -6 -6 10 -4 -6 -3 -2 -3 -8 -5 -5 -2 0 -3 -10
+M -3 -4 -5 -8 -4 -2 -5 -7 -5 1 3 -4 12 -1 -5 -4 -2 -4 -5 0 -7 -4 -3 -10
+F -5 -6 -7 -8 -4 -6 -8 -8 -4 -2 0 -6 -1 11 -7 -5 -5 0 4 -3 -7 -7 -4 -10
+P -2 -5 -5 -5 -8 -4 -4 -6 -5 -7 -7 -3 -5 -7 12 -3 -4 -8 -7 -6 -5 -4 -4 -10
+S 1 -3 0 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -5 -6 -2 -4 -5 -3 9 2 -7 -5 -4 -1 -2 -2 -10
+T -1 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -2 -5 -4 2 9 -7 -5 -1 -2 -3 -2 -10
+W -6 -7 -8 -10 -7 -5 -8 -7 -5 -6 -5 -8 -4 0 -8 -7 -7 17 2 -5 -9 -7 -6 -10
+Y -5 -5 -5 -7 -6 -4 -7 -8 1 -4 -4 -5 -5 4 -7 -5 -5 2 12 -5 -6 -6 -4 -10
+V -2 -6 -7 -8 -3 -5 -5 -8 -7 4 0 -5 0 -3 -6 -4 -1 -5 -5 8 -7 -5 -3 -10
+B -4 -4 5 6 -7 -2 0 -3 -2 -8 -8 -2 -7 -7 -5 -1 -2 -9 -6 -7 6 0 -4 -10
+Z -2 -1 -2 0 -8 5 7 -5 -1 -7 -6 0 -4 -7 -4 -2 -3 -7 -6 -5 0 6 -2 -10
+X -2 -3 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -2 -6 -4 -3 -4 -2 -3 -10
+* -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum30.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum30.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum30.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/5 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 30
+# Entropy = 0.1424, Expected = -0.1074
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 4 -1 0 0 -3 1 0 0 -2 0 -1 0 1 -2 -1 1 1 -5 -4 1 0 0 0 -7
+R -1 8 -2 -1 -2 3 -1 -2 -1 -3 -2 1 0 -1 -1 -1 -3 0 0 -1 -2 0 -1 -7
+N 0 -2 8 1 -1 -1 -1 0 -1 0 -2 0 0 -1 -3 0 1 -7 -4 -2 4 -1 0 -7
+D 0 -1 1 9 -3 -1 1 -1 -2 -4 -1 0 -3 -5 -1 0 -1 -4 -1 -2 5 0 -1 -7
+C -3 -2 -1 -3 17 -2 1 -4 -5 -2 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -6 -2 -2 0 -2 -7
+Q 1 3 -1 -1 -2 8 2 -2 0 -2 -2 0 -1 -3 0 -1 0 -1 -1 -3 -1 4 0 -7
+E 0 -1 -1 1 1 2 6 -2 0 -3 -1 2 -1 -4 1 0 -2 -1 -2 -3 0 5 -1 -7
+G 0 -2 0 -1 -4 -2 -2 8 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -1 0 -2 1 -3 -3 0 -2 -1 -7
+H -2 -1 -1 -2 -5 0 0 -3 14 -2 -1 -2 2 -3 1 -1 -2 -5 0 -3 -2 0 -1 -7
+I 0 -3 0 -4 -2 -2 -3 -1 -2 6 2 -2 1 0 -3 -1 0 -3 -1 4 -2 -3 0 -7
+L -1 -2 -2 -1 0 -2 -1 -2 -1 2 4 -2 2 2 -3 -2 0 -2 3 1 -1 -1 0 -7
+K 0 1 0 0 -3 0 2 -1 -2 -2 -2 4 2 -1 1 0 -1 -2 -1 -2 0 1 0 -7
+M 1 0 0 -3 -2 -1 -1 -2 2 1 2 2 6 -2 -4 -2 0 -3 -1 0 -2 -1 0 -7
+F -2 -1 -1 -5 -3 -3 -4 -3 -3 0 2 -1 -2 10 -4 -1 -2 1 3 1 -3 -4 -1 -7
+P -1 -1 -3 -1 -3 0 1 -1 1 -3 -3 1 -4 -4 11 -1 0 -3 -2 -4 -2 0 -1 -7
+S 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 -1 -2 0 -2 -1 -1 4 2 -3 -2 -1 0 -1 0 -7
+T 1 -3 1 -1 -2 0 -2 -2 -2 0 0 -1 0 -2 0 2 5 -5 -1 1 0 -1 0 -7
+W -5 0 -7 -4 -2 -1 -1 1 -5 -3 -2 -2 -3 1 -3 -3 -5 20 5 -3 -5 -1 -2 -7
+Y -4 0 -4 -1 -6 -1 -2 -3 0 -1 3 -1 -1 3 -2 -2 -1 5 9 1 -3 -2 -1 -7
+V 1 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -3 4 1 -2 0 1 -4 -1 1 -3 1 5 -2 -3 0 -7
+B 0 -2 4 5 -2 -1 0 0 -2 -2 -1 0 -2 -3 -2 0 0 -5 -3 -2 5 0 -1 -7
+Z 0 0 -1 0 0 4 5 -2 0 -3 -1 1 -1 -4 0 -1 -1 -1 -2 -3 0 4 0 -7
+X 0 -1 0 -1 -2 0 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 0 0 -2 -1 0 -1 0 -1 -7
+* -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum35.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum35.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum35.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 35
+# Entropy = 0.2111, Expected = -0.1550
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 5 -1 -1 -1 -2 0 -1 0 -2 -1 -2 0 0 -2 -2 1 0 -2 -1 0 -1 -1 0 -5
+R -1 8 -1 -1 -3 2 -1 -2 -1 -3 -2 2 0 -1 -2 -1 -2 0 0 -1 -1 0 -1 -5
+N -1 -1 7 1 -1 1 -1 1 1 -1 -2 0 -1 -1 -2 0 0 -2 -2 -2 4 0 0 -5
+D -1 -1 1 8 -3 -1 2 -2 0 -3 -2 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -2 5 1 -1 -5
+C -2 -3 -1 -3 15 -3 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -4 -3 -1 -5 -5 -2 -2 -2 -2 -5
+Q 0 2 1 -1 -3 7 2 -2 -1 -2 -2 0 -1 -4 0 0 0 -1 0 -3 0 4 -1 -5
+E -1 -1 -1 2 -1 2 6 -2 -1 -3 -1 1 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 0 5 -1 -5
+G 0 -2 1 -2 -3 -2 -2 7 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 1 -2 -1 -2 -3 0 -2 -1 -5
+H -2 -1 1 0 -4 -1 -1 -2 12 -3 -2 -2 1 -3 -1 -1 -2 -4 0 -4 0 -1 -1 -5
+I -1 -3 -1 -3 -4 -2 -3 -3 -3 5 2 -2 1 1 -1 -2 -1 -1 0 4 -2 -3 0 -5
+L -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -2 2 5 -2 3 2 -3 -2 0 0 0 2 -2 -2 0 -5
+K 0 2 0 -1 -2 0 1 -1 -2 -2 -2 5 0 -1 0 0 0 0 -1 -2 0 1 0 -5
+M 0 0 -1 -3 -4 -1 -2 -1 1 1 3 0 6 0 -3 -1 0 1 0 1 -2 -2 0 -5
+F -2 -1 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 1 2 -1 0 8 -4 -1 -1 1 3 1 -2 -3 -1 -5
+P -2 -2 -2 -1 -4 0 0 -2 -1 -1 -3 0 -3 -4 10 -2 0 -4 -3 -3 -1 0 -1 -5
+S 1 -1 0 -1 -3 0 0 1 -1 -2 -2 0 -1 -1 -2 4 2 -2 -1 -1 0 0 0 -5
+T 0 -2 0 -1 -1 0 -1 -2 -2 -1 0 0 0 -1 0 2 5 -2 -2 1 -1 -1 0 -5
+W -2 0 -2 -3 -5 -1 -1 -1 -4 -1 0 0 1 1 -4 -2 -2 16 3 -2 -3 -1 -1 -5
+Y -1 0 -2 -2 -5 0 -1 -2 0 0 0 -1 0 3 -3 -1 -2 3 8 0 -2 -1 -1 -5
+V 0 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -4 4 2 -2 1 1 -3 -1 1 -2 0 5 -2 -2 0 -5
+B -1 -1 4 5 -2 0 0 0 0 -2 -2 0 -2 -2 -1 0 -1 -3 -2 -2 5 0 -1 -5
+Z -1 0 0 1 -2 4 5 -2 -1 -3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 0 4 0 -5
+X 0 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 0 0 -1 -1 0 -1 0 -1 -5
+* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum40.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum40.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum40.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 40
+# Entropy = 0.2851, Expected = -0.2090
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 5 -2 -1 -1 -2 0 -1 1 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 0 -3 -2 0 -1 -1 0 -6
+R -2 9 0 -1 -3 2 -1 -3 0 -3 -2 3 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1 0 -1 -6
+N -1 0 8 2 -2 1 -1 0 1 -2 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -6
+D -1 -1 2 9 -2 -1 2 -2 0 -4 -3 0 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -3 6 1 -1 -6
+C -2 -3 -2 -2 16 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -5 -1 -1 -6 -4 -2 -2 -3 -2 -6
+Q 0 2 1 -1 -4 8 2 -2 0 -3 -2 1 -1 -4 -2 1 -1 -1 -1 -3 0 4 -1 -6
+E -1 -1 -1 2 -2 2 7 -3 0 -4 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -2 -2 -3 1 5 -1 -6
+G 1 -3 0 -2 -3 -2 -3 8 -2 -4 -4 -2 -2 -3 -1 0 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -1 -6
+H -2 0 1 0 -4 0 0 -2 13 -3 -2 -1 1 -2 -2 -1 -2 -5 2 -4 0 0 -1 -6
+I -1 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -3 6 2 -3 1 1 -2 -2 -1 -3 0 4 -3 -4 -1 -6
+L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -2 2 6 -2 3 2 -4 -3 -1 -1 0 2 -3 -2 -1 -6
+K -1 3 0 0 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 6 -1 -3 -1 0 0 -2 -1 -2 0 1 -1 -6
+M -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -2 1 1 3 -1 7 0 -2 -2 -1 -2 1 1 -3 -2 0 -6
+F -3 -2 -3 -4 -2 -4 -3 -3 -2 1 2 -3 0 9 -4 -2 -1 1 4 0 -3 -4 -1 -6
+P -2 -3 -2 -2 -5 -2 0 -1 -2 -2 -4 -1 -2 -4 11 -1 0 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -6
+S 1 -1 1 0 -1 1 0 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 5 2 -5 -2 -1 0 0 0 -6
+T 0 -2 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 0 -1 -1 0 2 6 -4 -1 1 0 -1 0 -6
+W -3 -2 -4 -5 -6 -1 -2 -2 -5 -3 -1 -2 -2 1 -4 -5 -4 19 3 -3 -4 -2 -2 -6
+Y -2 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 2 0 0 -1 1 4 -3 -2 -1 3 9 -1 -3 -2 -1 -6
+V 0 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -4 4 2 -2 1 0 -3 -1 1 -3 -1 5 -3 -3 -1 -6
+B -1 -1 4 6 -2 0 1 -1 0 -3 -3 0 -3 -3 -2 0 0 -4 -3 -3 5 2 -1 -6
+Z -1 0 0 1 -3 4 5 -2 0 -4 -2 1 -2 -4 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 5 -1 -6
+X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -6
+* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum45.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum45.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum45.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 45
+# Entropy = 0.3795, Expected = -0.2789
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 5 -2 -1 -2 -1 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -2 -2 0 -1 -1 0 -5
+R -2 7 0 -1 -3 1 0 -2 0 -3 -2 3 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 0 -1 -5
+N -1 0 6 2 -2 0 0 0 1 -2 -3 0 -2 -2 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -5
+D -2 -1 2 7 -3 0 2 -1 0 -4 -3 0 -3 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 5 1 -1 -5
+C -1 -3 -2 -3 12 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -1 -2 -3 -2 -5
+Q -1 1 0 0 -3 6 2 -2 1 -2 -2 1 0 -4 -1 0 -1 -2 -1 -3 0 4 -1 -5
+E -1 0 0 2 -3 2 6 -2 0 -3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -3 -2 -3 1 4 -1 -5
+G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 7 -2 -4 -3 -2 -2 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -5
+H -2 0 1 0 -3 1 0 -2 10 -3 -2 -1 0 -2 -2 -1 -2 -3 2 -3 0 0 -1 -5
+I -1 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -3 5 2 -3 2 0 -2 -2 -1 -2 0 3 -3 -3 -1 -5
+L -1 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 2 5 -3 2 1 -3 -3 -1 -2 0 1 -3 -2 -1 -5
+K -1 3 0 0 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -1 -3 -1 -1 -1 -2 -1 -2 0 1 -1 -5
+M -1 -1 -2 -3 -2 0 -2 -2 0 2 2 -1 6 0 -2 -2 -1 -2 0 1 -2 -1 -1 -5
+F -2 -2 -2 -4 -2 -4 -3 -3 -2 0 1 -3 0 8 -3 -2 -1 1 3 0 -3 -3 -1 -5
+P -1 -2 -2 -1 -4 -1 0 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 9 -1 -1 -3 -3 -3 -2 -1 -1 -5
+S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 4 2 -4 -2 -1 0 0 0 -5
+T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 2 5 -3 -1 0 0 -1 0 -5
+W -2 -2 -4 -4 -5 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 1 -3 -4 -3 15 3 -3 -4 -2 -2 -5
+Y -2 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 2 0 0 -1 0 3 -3 -2 -1 3 8 -1 -2 -2 -1 -5
+V 0 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 3 1 -2 1 0 -3 -1 0 -3 -1 5 -3 -3 -1 -5
+B -1 -1 4 5 -2 0 1 -1 0 -3 -3 0 -2 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 4 2 -1 -5
+Z -1 0 0 1 -3 4 4 -2 0 -3 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 4 -1 -5
+X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -5
+* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum50.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum50.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum50.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 50
+# Entropy = 0.4808, Expected = -0.3573
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 5 -2 -1 -2 -1 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
+R -2 7 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -4 -3 3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -3 -1 0 -1 -5
+N -1 -1 7 2 -2 0 0 0 1 -3 -4 0 -2 -4 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -5
+D -2 -2 2 8 -4 0 2 -1 -1 -4 -4 -1 -4 -5 -1 0 -1 -5 -3 -4 5 1 -1 -5
+C -1 -4 -2 -4 13 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -1 -3 -3 -2 -5
+Q -1 1 0 0 -3 7 2 -2 1 -3 -2 2 0 -4 -1 0 -1 -1 -1 -3 0 4 -1 -5
+E -1 0 0 2 -3 2 6 -3 0 -4 -3 1 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -3 1 5 -1 -5
+G 0 -3 0 -1 -3 -2 -3 8 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 0 -2 -3 -3 -4 -1 -2 -2 -5
+H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 10 -4 -3 0 -1 -1 -2 -1 -2 -3 2 -4 0 0 -1 -5
+I -1 -4 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -4 5 2 -3 2 0 -3 -3 -1 -3 -1 4 -4 -3 -1 -5
+L -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 5 -3 3 1 -4 -3 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
+K -1 3 0 -1 -3 2 1 -2 0 -3 -3 6 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 1 -1 -5
+M -1 -2 -2 -4 -2 0 -2 -3 -1 2 3 -2 7 0 -3 -2 -1 -1 0 1 -3 -1 -1 -5
+F -3 -3 -4 -5 -2 -4 -3 -4 -1 0 1 -4 0 8 -4 -3 -2 1 4 -1 -4 -4 -2 -5
+P -1 -3 -2 -1 -4 -1 -1 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 10 -1 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -5
+S 1 -1 1 0 -1 0 -1 0 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 2 -4 -2 -2 0 0 -1 -5
+T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 2 5 -3 -2 0 0 -1 0 -5
+W -3 -3 -4 -5 -5 -1 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -1 1 -4 -4 -3 15 2 -3 -5 -2 -3 -5
+Y -2 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 0 4 -3 -2 -2 2 8 -1 -3 -2 -1 -5
+V 0 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -4 -4 4 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -1 5 -4 -3 -1 -5
+B -2 -1 4 5 -3 0 1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -2 0 0 -5 -3 -4 5 2 -1 -5
+Z -1 0 0 1 -3 4 5 -2 0 -3 -3 1 -1 -4 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 5 -1 -5
+X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 0 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5
+* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
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+++ b/Hammock/matrices/blosum55.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum55.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 55
+# Entropy = 0.5637, Expected = -0.4179
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 5 -2 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 2 0 -4 -2 0 -2 -1 -1 -5
+R -2 8 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -4 -3 3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
+N -2 -1 8 2 -3 0 0 0 1 -4 -4 0 -3 -4 -2 1 0 -5 -2 -4 4 0 -1 -5
+D -2 -2 2 8 -4 0 2 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -2 0 -1 -5 -3 -4 5 1 -2 -5
+C 0 -4 -3 -4 13 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -1 -4 -3 -1 -4 -4 -2 -5
+Q -1 1 0 0 -4 7 2 -2 1 -4 -3 2 0 -4 -1 0 -1 -2 -1 -3 0 4 -1 -5
+E -1 0 0 2 -4 2 7 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 1 5 -1 -5
+G 0 -3 0 -2 -3 -2 -3 8 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -3 0 -2 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -5
+H -2 0 1 -1 -4 1 -1 -2 11 -4 -3 0 -2 -1 -3 -1 -2 -3 2 -4 0 0 -1 -5
+I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 2 -4 2 0 -3 -3 -1 -3 -1 4 -4 -4 -1 -5
+L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 2 6 -3 3 1 -4 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -1 -5
+K -1 3 0 -1 -4 2 1 -2 0 -4 -3 6 -2 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 0 1 -1 -5
+M -1 -2 -3 -4 -2 0 -3 -3 -2 2 3 -2 8 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5
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+P -1 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -5 10 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -1 -2 -5
+S 2 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 2 -4 -2 -2 0 0 -1 -5
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+W -4 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2 2 -5 -4 -3 15 3 -4 -5 -3 -3 -5
+Y -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 2 -1 -1 -2 -1 4 -4 -2 -2 3 9 -2 -3 -2 -1 -5
+V 0 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 4 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -4 -2 5 -4 -3 -1 -5
+B -2 -1 4 5 -4 0 1 -1 0 -4 -4 0 -3 -5 -2 0 -1 -5 -3 -4 5 2 -1 -5
+Z -1 0 0 1 -4 4 5 -3 0 -4 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 2 5 -1 -5
+X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5
+* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
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@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum60.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 60
+# Entropy = 0.6603, Expected = -0.4917
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 4 -1 -1 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4
+R -1 5 0 -1 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -1 0 -1 -4
+N -1 0 6 1 -2 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4
+D -2 -1 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -3 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
+C 0 -3 -2 -3 9 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4
+Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4
+E -1 0 0 2 -3 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
+G 0 -2 0 -1 -2 -2 -2 6 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -4
+H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 7 -3 -3 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -4
+I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -2 -1 3 -3 -3 -1 -4
+L -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -4
+K -1 2 0 -1 -3 1 1 -1 -1 -3 -2 4 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4
+M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -2 -1 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4
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+Z -1 0 0 1 -3 3 4 -2 0 -3 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -2 -2 -2 1 3 -1 -4
+X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4
+* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum62.txt
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@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum62.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 62
+# Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4
+R -1 5 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -4
+N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4
+D -2 -2 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
+C 0 -3 -3 -3 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4
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+L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -4
+K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4
+M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4
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+X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4
+* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum62.txt~
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+++ b/Hammock/matrices/blosum62.txt~ Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum62.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 62
+# Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4
+R -1 5 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -4
+N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4
+D -2 -2 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
+C 0 -3 -3 -3 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4
+Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4
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+I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3 -3 -3 -1 -4
+L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -4
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum65.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum65.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 65
+# Entropy = 0.7576, Expected = -0.5675
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
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+E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 1 4 -1 -5
+G 0 -2 -1 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -5
+H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -5
+I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -2 -1 3 -3 -3 -1 -5
+L -2 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
+K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -5
+M -1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5
+F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -2 -5
+P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -5
+S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5
+T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
+W -3 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 10 2 -3 -4 -3 -2 -5
+Y -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -5
+V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -5
+B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -5
+Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -5
+X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -5
+* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum70.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum70.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum70.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 70
+# Entropy = 0.8391, Expected = -0.6313
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 4 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
+R -2 6 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -3 -3 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
+N -2 -1 6 1 -3 0 0 -1 0 -4 -4 0 -2 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -5
+D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -4 -4 4 1 -2 -5
+C -1 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -5
+Q -1 1 0 -1 -3 6 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -2 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5
+E -1 0 0 1 -4 2 5 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -4 -3 -3 1 4 -1 -5
+G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5
+H -2 0 0 -1 -4 1 0 -2 8 -4 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 -1 0 -1 -5
+I -2 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -4 -4 4 2 -3 1 0 -3 -3 -1 -3 -1 3 -4 -3 -1 -5
+L -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
+K -1 2 0 -1 -4 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 -1 1 -1 -5
+M -1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5
+F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -1 0 0 -3 0 6 -4 -3 -2 1 3 -1 -4 -4 -2 -5
+P -1 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -5
+S 1 -1 0 0 -1 0 0 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5
+T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
+W -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 11 2 -3 -4 -3 -3 -5
+Y -2 -2 -2 -4 -3 -2 -3 -4 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -2 -3 -2 -2 -5
+V 0 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 3 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -2 4 -3 -3 -1 -5
+B -2 -1 3 4 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 0 -1 -5
+Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -3 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 4 -1 -5
+X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -1 -1 -1 -5
+* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum75.txt
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+++ b/Hammock/matrices/blosum75.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum75.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 75
+# Entropy = 0.9077, Expected = -0.6845
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 4 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
+R -2 6 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -3 -3 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
+N -2 -1 6 1 -3 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 3 0 -1 -5
+D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -1 -5 -4 -4 4 1 -2 -5
+C -1 -4 -3 -4 9 -3 -5 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -2 -4 -1 -1 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -5
+Q -1 1 0 -1 -3 6 2 -2 1 -3 -3 1 0 -4 -2 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5
+E -1 0 -1 1 -5 2 5 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -1 0 -1 -4 -3 -3 1 4 -1 -5
+G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -2 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5
+H -2 0 0 -1 -4 1 0 -2 8 -4 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -2 2 -4 -1 0 -1 -5
+I -2 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -5 -4 4 1 -3 1 0 -3 -3 -1 -3 -2 3 -4 -4 -2 -5
+L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 1 4 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
+K -1 2 0 -1 -4 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 -1 1 -1 -5
+M -1 -2 -3 -4 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -2 1 -3 -2 -1 -5
+F -3 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -2 0 0 -4 0 6 -4 -3 -2 1 3 -1 -4 -4 -2 -5
+P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -2 -2 -5
+S 1 -1 0 -1 -1 0 0 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5
+T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
+W -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -2 1 -5 -3 -3 11 2 -3 -5 -3 -3 -5
+Y -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 -2 -1 -2 -2 3 -4 -2 -2 2 7 -2 -3 -3 -2 -5
+V 0 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -4 3 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -2 4 -4 -3 -1 -5
+B -2 -1 3 4 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -4 4 0 -2 -5
+Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -3 -3 -3 0 4 -1 -5
+X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -1 -5
+* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum80.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum80.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum80_3.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 80
+# Entropy = 0.9868, Expected = -0.7442
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 7 -3 -3 -3 -1 -2 -2 0 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -1 2 0 -5 -4 -1 -3 -2 -1 -8
+R -3 9 -1 -3 -6 1 -1 -4 0 -5 -4 3 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 -2 0 -2 -8
+N -3 -1 9 2 -5 0 -1 -1 1 -6 -6 0 -4 -6 -4 1 0 -7 -4 -5 5 -1 -2 -8
+D -3 -3 2 10 -7 -1 2 -3 -2 -7 -7 -2 -6 -6 -3 -1 -2 -8 -6 -6 6 1 -3 -8
+C -1 -6 -5 -7 13 -5 -7 -6 -7 -2 -3 -6 -3 -4 -6 -2 -2 -5 -5 -2 -6 -7 -4 -8
+Q -2 1 0 -1 -5 9 3 -4 1 -5 -4 2 -1 -5 -3 -1 -1 -4 -3 -4 -1 5 -2 -8
+E -2 -1 -1 2 -7 3 8 -4 0 -6 -6 1 -4 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -4 1 6 -2 -8
+G 0 -4 -1 -3 -6 -4 -4 9 -4 -7 -7 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -6 -6 -2 -4 -3 -8
+H -3 0 1 -2 -7 1 0 -4 12 -6 -5 -1 -4 -2 -4 -2 -3 -4 3 -5 -1 0 -2 -8
+I -3 -5 -6 -7 -2 -5 -6 -7 -6 7 2 -5 2 -1 -5 -4 -2 -5 -3 4 -6 -6 -2 -8
+L -3 -4 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -5 2 6 -4 3 0 -5 -4 -3 -4 -2 1 -7 -5 -2 -8
+K -1 3 0 -2 -6 2 1 -3 -1 -5 -4 8 -3 -5 -2 -1 -1 -6 -4 -4 -1 1 -2 -8
+M -2 -3 -4 -6 -3 -1 -4 -5 -4 2 3 -3 9 0 -4 -3 -1 -3 -3 1 -5 -3 -2 -8
+F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -2 -1 0 -5 0 10 -6 -4 -4 0 4 -2 -6 -6 -3 -8
+P -1 -3 -4 -3 -6 -3 -2 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -6 12 -2 -3 -7 -6 -4 -4 -2 -3 -8
+S 2 -2 1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 7 2 -6 -3 -3 0 -1 -1 -8
+T 0 -2 0 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -4 -3 2 8 -5 -3 0 -1 -2 -1 -8
+W -5 -5 -7 -8 -5 -4 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -3 0 -7 -6 -5 16 3 -5 -8 -5 -5 -8
+Y -4 -4 -4 -6 -5 -3 -5 -6 3 -3 -2 -4 -3 4 -6 -3 -3 3 11 -3 -5 -4 -3 -8
+V -1 -4 -5 -6 -2 -4 -4 -6 -5 4 1 -4 1 -2 -4 -3 0 -5 -3 7 -6 -4 -2 -8
+B -3 -2 5 6 -6 -1 1 -2 -1 -6 -7 -1 -5 -6 -4 0 -1 -8 -5 -6 6 0 -3 -8
+Z -2 0 -1 1 -7 5 6 -4 0 -6 -5 1 -3 -6 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 6 -1 -8
+X -1 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -3 -2 -3 -1 -2 -8
+* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum85.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum85.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum85.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 85
+# Entropy = 1.0805, Expected = -0.8153
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 1 0 -3 -3 -1 -2 -1 -1 -6
+R -2 6 -1 -2 -4 1 -1 -3 0 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 -2 0 -2 -6
+N -2 -1 7 1 -4 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -5 -3 -4 4 -1 -2 -6
+D -2 -2 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -6 -4 -4 4 1 -2 -6
+C -1 -4 -4 -5 9 -4 -5 -4 -5 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -3 -1 -4 -5 -3 -6
+Q -1 1 0 -1 -4 6 2 -3 1 -4 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 4 -1 -6
+E -1 -1 -1 1 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -4 -3 0 4 -1 -6
+G 0 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -2 -6
+H -2 0 0 -2 -5 1 -1 -3 8 -4 -3 -1 -3 -2 -3 -1 -2 -3 2 -4 -1 0 -2 -6
+I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 3 -5 -4 -2 -6
+L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 1 4 -3 2 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 -6
+K -1 2 0 -1 -4 1 0 -2 -1 -3 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -3 -1 1 -1 -6
+M -2 -2 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 2 -2 7 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 -4 -2 -1 -6
+F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 7 -4 -3 -3 0 3 -1 -4 -4 -2 -6
+P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -1 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -2 -6
+S 1 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1 5 1 -4 -2 -2 0 -1 -1 -6
+T 0 -2 0 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 5 -4 -2 0 -1 -1 -1 -6
+W -3 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -2 0 -5 -4 -4 11 2 -3 -5 -4 -3 -6
+Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -5 2 -2 -2 -3 -2 3 -4 -2 -2 2 7 -2 -4 -3 -2 -6
+V -1 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 3 0 -3 0 -1 -3 -2 0 -3 -2 5 -4 -3 -1 -6
+B -2 -2 4 4 -4 -1 0 -1 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -5 -4 -4 4 0 -2 -6
+Z -1 0 -1 1 -5 4 4 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 4 -1 -6
+X -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -6
+* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/blosum90.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/blosum90.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,31 @@
+# Matrix made by matblas from blosum90.iij
+# * column uses minimum score
+# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 90
+# Entropy = 1.1806, Expected = -0.8887
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 5 -2 -2 -3 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 1 0 -4 -3 -1 -2 -1 -1 -6
+R -2 6 -1 -3 -5 1 -1 -3 0 -4 -3 2 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 -2 0 -2 -6
+N -2 -1 7 1 -4 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -5 -3 -4 4 -1 -2 -6
+D -3 -3 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 4 0 -2 -6
+C -1 -5 -4 -5 9 -4 -6 -4 -5 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -3 -6
+Q -1 1 0 -1 -4 7 2 -3 1 -4 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 -3 -3 -3 -1 4 -1 -6
+E -1 -1 -1 1 -6 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -3 0 4 -2 -6
+G 0 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -6
+H -2 0 0 -2 -5 1 -1 -3 8 -4 -4 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 1 -4 -1 0 -2 -6
+I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 1 -1 -4 -3 -1 -4 -2 3 -5 -4 -2 -6
+L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 2 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 -6
+K -1 2 0 -1 -4 1 0 -2 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -3 -1 1 -1 -6
+M -2 -2 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 2 -2 7 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 -4 -2 -1 -6
+F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -2 -1 0 -4 -1 7 -4 -3 -3 0 3 -2 -4 -4 -2 -6
+P -1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -2 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -2 -6
+S 1 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 1 -4 -3 -2 0 -1 -1 -6
+T 0 -2 0 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 6 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -6
+W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -5 -2 0 -5 -4 -4 11 2 -3 -6 -4 -3 -6
+Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -5 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -2 2 8 -3 -4 -3 -2 -6
+V -1 -3 -4 -5 -2 -3 -3 -5 -4 3 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 -3 -3 5 -4 -3 -2 -6
+B -2 -2 4 4 -4 -1 0 -2 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -6 -4 -4 4 0 -2 -6
+Z -1 0 -1 0 -5 4 4 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 4 -1 -6
+X -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -2 -6
+* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/gonnet250.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/gonnet250.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,26 @@
+# PAM 250 matrix recommended by Gonnet, Cohen & Benner
+# Science June 5, 1992.
+# Values rounded to nearest integer
+ C S T P A G N D E Q H R K M I L V F Y W X *
+C 12 0 0 -3 0 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -1 -1 -2 0 -1 0 -1 -3 -8
+S 0 2 2 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -3 0 -8
+T 0 2 2 0 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 -1 -1 -1 0 -2 -2 -4 0 -8
+P -3 0 0 8 0 -2 -1 -1 0 0 -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 -5 -1 -8
+A 0 1 1 0 2 0 0 0 0 0 -1 -1 0 -1 -1 -1 0 -2 -2 -4 0 -8
+G -2 0 -1 -2 0 7 0 0 -1 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -5 -4 -4 -1 -8
+N -2 1 0 -1 0 0 4 2 1 1 1 0 1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -4 0 -8
+D -3 0 0 -1 0 0 2 5 3 1 0 0 0 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -5 -1 -8
+E -3 0 0 0 0 -1 1 3 4 2 0 0 1 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -1 -8
+Q -2 0 0 0 0 -1 1 1 2 3 1 2 2 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -8
+H -1 0 0 -1 -1 -1 1 0 0 1 6 1 1 -1 -2 -2 -2 0 2 -1 -1 -8
+R -2 0 0 -1 -1 -1 0 0 0 2 1 5 3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -8
+K -3 0 0 -1 0 -1 1 0 1 2 1 3 3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -8
+M -1 -1 -1 -2 -1 -4 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1 4 2 3 2 2 0 -1 -1 -8
+I -1 -2 -1 -3 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2 2 4 3 3 1 -1 -2 -1 -8
+L -2 -2 -1 -2 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2 3 3 4 2 2 0 -1 -1 -8
+V 0 -1 0 -2 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 2 3 2 3 0 -1 -3 -1 -8
+F -1 -3 -2 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -3 0 -3 -3 2 1 2 0 7 5 4 -2 -8
+Y 0 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -2 2 -2 -2 0 -1 0 -1 5 8 4 -2 -8
+W -1 -3 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -1 -2 -4 -1 -2 -1 -3 4 4 14 -4 -8
+X -3 0 0 -1 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -4 -1 -8
+* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/mcla71.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/mcla71.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,22 @@
+# McLachlan 1971
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
+A 8 2 3 3 1 3 4 3 3 2 2 3 3 1 4 4 3 1 1 3
+R 2 8 3 1 1 5 3 3 5 1 2 5 1 1 3 4 3 3 2 2
+N 3 3 8 5 1 4 4 3 4 1 1 4 2 0 1 5 3 0 2 1
+D 3 1 5 8 1 4 5 3 4 0 1 3 2 1 3 3 3 0 1 1
+C 1 1 1 1 9 0 0 1 3 1 0 0 3 0 0 2 2 2 1 1
+Q 3 5 4 4 0 8 5 2 4 0 3 4 3 0 3 4 3 2 1 2
+E 4 3 4 5 0 5 8 3 2 1 1 4 1 0 4 4 4 1 2 2
+G 3 3 3 3 1 2 3 8 2 1 1 3 1 0 3 3 2 1 0 2
+H 3 5 4 4 3 4 2 2 8 2 2 4 3 4 3 3 4 3 4 2
+I 2 1 1 0 1 0 1 1 2 8 5 1 5 3 1 2 3 3 3 5
+L 2 2 1 1 0 3 1 1 2 5 8 2 6 5 1 2 3 3 3 5
+K 3 5 4 3 0 4 4 3 4 1 2 8 1 0 3 3 3 1 1 2
+M 3 1 2 2 3 3 1 1 3 5 6 1 8 5 1 2 3 1 2 4
+F 1 1 0 1 0 0 0 0 4 3 5 0 5 9 1 2 1 6 6 3
+P 4 3 1 3 0 3 4 3 3 1 1 3 1 1 8 3 3 0 0 2
+S 4 4 5 3 2 4 4 3 3 2 2 3 2 2 3 8 5 3 3 2
+T 3 3 3 3 2 3 4 2 4 3 3 3 3 1 3 5 8 2 1 3
+W 1 3 0 0 2 2 1 1 3 3 3 1 1 6 0 3 2 9 6 2
+Y 1 2 2 1 1 1 2 0 4 3 3 1 2 6 0 3 1 6 9 3
+V 3 2 1 1 1 2 2 2 2 5 5 2 4 3 2 2 3 2 3 8
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/matrices/pam250.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/matrices/pam250.txt Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,34 @@
+#
+# This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
+#
+# PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
+#
+# Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits
+#
+# Lowest score = -8, Highest score = 17
+#
+ A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
+A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -8
+R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -4 0 0 -1 2 -4 -2 -1 0 -1 -8
+N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -3 0 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8
+D 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
+C -2 -4 -4 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 0 -2 -4 -5 -3 -8
+Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -8
+E 0 -1 1 3 -5 2 4 0 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
+G 1 -3 0 1 -3 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 0 1 0 -7 -5 -1 0 0 -1 -8
+H -1 2 2 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -8
+I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -8
+L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -3 -3 -1 -8
+K -1 3 1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 0 -1 -8
+M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 0 -2 -2 -1 -4 -2 2 -2 -2 -1 -8
+F -3 -4 -3 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -4 -5 -2 -8
+P 1 0 0 -1 -3 0 -1 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8
+S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -3 1 2 1 -2 -3 -1 0 0 0 -8
+T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -8
+W -6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 0 -6 -2 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -8
+Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 0 10 -2 -3 -4 -2 -8
+V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 -1 -8
+B 0 -1 2 3 -4 1 3 0 1 -2 -3 1 -2 -4 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -8
+Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 0 -2 -5 0 0 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -8
+X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8
+* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/settings/misc/blosum62.freq_rownorm
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/settings/misc/blosum62.freq_rownorm Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+# BLOSUM Clustered Target Frequencies=qij
+# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
+# Cluster Percentage: >= 62
+# Normalized frequencies (by row) from file: blosum62.qij
+A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
+0.2901 0.0310 0.0256 0.0297 0.0216 0.0256 0.0405 0.0783 0.0148 0.0432 0.0594 0.0445 0.0175 0.0216 0.0297 0.0850 0.0499 0.0054 0.0175 0.0688
+0.0446 0.3450 0.0388 0.0310 0.0078 0.0484 0.0523 0.0329 0.0233 0.0233 0.0465 0.1202 0.0155 0.0174 0.0194 0.0446 0.0349 0.0058 0.0174 0.0310
+0.0427 0.0449 0.3169 0.0831 0.0090 0.0337 0.0494 0.0652 0.0315 0.0225 0.0315 0.0539 0.0112 0.0180 0.0202 0.0697 0.0494 0.0045 0.0157 0.0270
+0.0410 0.0299 0.0690 0.3974 0.0075 0.0299 0.0914 0.0466 0.0187 0.0224 0.0280 0.0448 0.0093 0.0149 0.0224 0.0522 0.0354 0.0037 0.0112 0.0243
+0.0650 0.0163 0.0163 0.0163 0.4837 0.0122 0.0163 0.0325 0.0081 0.0447 0.0650 0.0203 0.0163 0.0203 0.0163 0.0407 0.0366 0.0041 0.0122 0.0569
+0.0559 0.0735 0.0441 0.0471 0.0088 0.2147 0.1029 0.0412 0.0294 0.0265 0.0471 0.0912 0.0206 0.0147 0.0235 0.0559 0.0412 0.0059 0.0206 0.0353
+0.0552 0.0497 0.0405 0.0902 0.0074 0.0645 0.2965 0.0350 0.0258 0.0221 0.0368 0.0755 0.0129 0.0166 0.0258 0.0552 0.0368 0.0055 0.0166 0.0313
+0.0783 0.0229 0.0391 0.0337 0.0108 0.0189 0.0256 0.5101 0.0135 0.0189 0.0283 0.0337 0.0094 0.0162 0.0189 0.0513 0.0297 0.0054 0.0108 0.0243
+0.0420 0.0458 0.0534 0.0382 0.0076 0.0382 0.0534 0.0382 0.3550 0.0229 0.0382 0.0458 0.0153 0.0305 0.0191 0.0420 0.0267 0.0076 0.0573 0.0229
+0.0471 0.0177 0.0147 0.0177 0.0162 0.0133 0.0177 0.0206 0.0088 0.2710 0.1679 0.0236 0.0368 0.0442 0.0147 0.0250 0.0398 0.0059 0.0206 0.1767
+0.0445 0.0243 0.0142 0.0152 0.0162 0.0162 0.0202 0.0213 0.0101 0.1154 0.3755 0.0253 0.0496 0.0547 0.0142 0.0243 0.0334 0.0071 0.0223 0.0962
+0.0570 0.1071 0.0415 0.0415 0.0086 0.0535 0.0708 0.0432 0.0207 0.0276 0.0432 0.2781 0.0155 0.0155 0.0276 0.0535 0.0397 0.0052 0.0173 0.0328
+0.0522 0.0321 0.0201 0.0201 0.0161 0.0281 0.0281 0.0281 0.0161 0.1004 0.1968 0.0361 0.1606 0.0482 0.0161 0.0361 0.0402 0.0080 0.0241 0.0924
+0.0338 0.0190 0.0169 0.0169 0.0106 0.0106 0.0190 0.0254 0.0169 0.0634 0.1142 0.0190 0.0254 0.3869 0.0106 0.0254 0.0254 0.0169 0.0888 0.0550
+0.0568 0.0258 0.0233 0.0310 0.0103 0.0207 0.0362 0.0362 0.0129 0.0258 0.0362 0.0413 0.0103 0.0129 0.4935 0.0439 0.0362 0.0026 0.0129 0.0310
+0.1099 0.0401 0.0541 0.0489 0.0175 0.0332 0.0524 0.0663 0.0192 0.0297 0.0419 0.0541 0.0157 0.0209 0.0297 0.2199 0.0820 0.0052 0.0175 0.0419
+0.0730 0.0355 0.0434 0.0375 0.0178 0.0276 0.0394 0.0434 0.0138 0.0533 0.0651 0.0454 0.0197 0.0237 0.0276 0.0927 0.2465 0.0059 0.0178 0.0710
+0.0303 0.0227 0.0152 0.0152 0.0076 0.0152 0.0227 0.0303 0.0152 0.0303 0.0530 0.0227 0.0152 0.0606 0.0076 0.0227 0.0227 0.4924 0.0682 0.0303
+0.0405 0.0280 0.0218 0.0187 0.0093 0.0218 0.0280 0.0249 0.0467 0.0436 0.0685 0.0312 0.0187 0.1308 0.0156 0.0312 0.0280 0.0280 0.3178 0.0467
+0.0700 0.0219 0.0165 0.0178 0.0192 0.0165 0.0233 0.0247 0.0082 0.1646 0.1303 0.0261 0.0316 0.0357 0.0165 0.0329 0.0494 0.0055 0.0206 0.2689
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/settings/settings.prop
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/settings/settings.prop Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+#Lines starting with hash (#) are ignored
+#Tool commands. Define full paths if needed. By default (not specified) means locations relative to .jar file in Hammock/dist foltder
+#clustalOmegaCommand=
+#hmmbuildCommand=
+#hmmsearchCommand=
+#hhmakeCommand=
+#hhsearchCommand=
+#reformatCommand=
+#Directory for all temporal files. Define full path if needed. Default (not specified): /tmp
+#tempDirectory=
+#Temporal files subdirectories. Define full paths if needed. Default (not specified): directories in tempDirectory/Hammock_temp/[time]/
+#fastaDirectory=
+#msaDirectory=
+#hmmDirectory=
+#hhDirectory=
+#hmmsearchOutDirectory=
+#hhsearchOutDirectory=
+#fastaDatabaseFile=
+#Tool parameters. Generally, it is not recommended to change this section.
+clustalOmegaParameters=
+hmmbuildParameters=--enone --fragthresh 1.0 --hand --wnone --amino --seed 42
+hmmsearchParameters=--nobias --F1 0.5 --F2 0.05 --F3 1e-2 --nonull2 --seed 42
+hmmalignParameters=--outformat selex --amino --seed 42
+hhmakeParameters=-M a2m -id 100 -diff inf -pcm 3 -nocontxt -v 0
+hhsearchParameters=-norealign -alt 1 -corr 0 -shift 0 -ssm 0 -tags -nocons -nopred -nodssp -sc 0 -v 0 -z 2 -Z 500000 -local -p 0.0 -vit -b 100.0 -E 100.0 -e 100.0 -z 100
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 Hammock/settings/settings.prop~
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Hammock/settings/settings.prop~ Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,11 @@
+#Change "default" to full path if needed. Default means locations relative to .jar file in PhageClust/dist foltder
+#clustalOmegaCommand=
+#fastaDirectory=
+#msaDirectory=
+clustalOmegaParameters=--iter=5 --full-iter
+hmmbuildParameters=--enone --fragthresh 1.0 --symfrac 0.6
+hmmsearchParameters=--nobias --F1 0.5 --F2 0.05 --F3 1e-2
+hhmakeParameters=-M a2m -id 100 -qsc -100 -pcm 3
+hhalignParameters=-realign -id 100 -diff inf -alt 1 -corr 0 -shift 0 -ssm 0 -nocontxt -pcm 2 -tags -nocons -nopred -nodssp -M a2m -alt 1 -sc 0 -v 0 -z 2 -Z 20 -local -mact 0.0
+hhsearchParameters=-realign -id 100 -diff inf -alt 1 -corr 0 -shift 0 -ssm 0 -nocontxt -pcm 2 -tags -nocons -nopred -nodssp -M a2m -alt 1 -sc 0 -v 0 -z 2 -Z 500 -local -mact 0.0 -p 0
+reformatParameters=-M 30
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 hammock.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/hammock.xml Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,384 @@
+
+
+ Clusters short peptide sequences
+
+
+wrapper.sh \$HAMMOCK_JAR full --galaxy -t \${GALAXY_SLOTS:-4} -i $input --goc $output_clusters --gos $output_sequences --goo $output_sequences_ordered
+
+ #if $label_params.set_labels == "set":
+ #for $s in $label_params.round_labels:
+ #set $l_field = $l_field + str($s.label) + ","
+ #end for
+ -l $l_field
+ #end if
+
+ #if $advanced_initial_params.set_initial_params == "set":
+ -x $advanced_initial_params.max_shift
+ -p $advanced_initial_params.shift_penalty
+ -R $advanced_initial_params.set_order.order
+
+ #if $advanced_initial_params.algorithm == "clinkage":
+ --use_clinkage
+ #end if
+
+ #if $advanced_initial_params.algorithm == "greedy":
+ --use_greedy
+ #end if
+
+ #if $advanced_initial_params.set_order.order == "random":
+ -S $advanced_initial_params.set_order.seed
+ #end if
+
+ -m \${MATRIX_PATH}${advanced_initial_params.scoring_matrix}.txt
+ #if $advanced_initial_params.initial_params.set_initial == "set":
+ -g $advanced_initial_params.initial_params.initial_threshold
+ #end if
+ #end if
+
+ #if $advanced_hmm_params.set_hmm_params == "set":
+ #if $advanced_hmm_params.threshold_params.clustering_threshold == "part":
+ -a $advanced_hmm_params.threshold_params.part_threshold
+ #end if
+
+ #if $advanced_hmm_params.threshold_params.clustering_threshold == "size":
+ -s $advanced_hmm_params.threshold_params.size_threshold
+ #end if
+
+ #if $advanced_hmm_params.threshold_params.clustering_threshold == "count":
+ -c $advanced_hmm_params.threshold_params.count_threshold
+ #end if
+ #if $advanced_hmm_params.unique == "unique":
+ --unique
+ #end if
+
+ #set $n_field=""
+ #set $v_field=""
+ #set $r_field=""
+
+ #if $advanced_hmm_params.score_params.set_scores == "set":
+ #if $advanced_hmm_params.score_params.relative_scores == "relative":
+ -e
+ #end if
+ #if $advanced_hmm_params.score_params.relative_scores == "absolute":
+ -b
+ #end if
+
+ #for $s in $advanced_hmm_params.score_params.round:
+ #set $n_field = $n_field + str($s.assign_score) + ","
+ #set $v_field = $v_field + str($s.overlap_score) + ","
+ #set $r_field = $r_field + str($s.merge_score) + ","
+ #end for
+
+ -n $n_field
+ -v $v_field
+ -r $r_field
+ #end if
+ #set $l_field=""
+
+ #if $advanced_hmm_params.match_state_params.set_max_aln_length == "set":
+ -j $advanced_hmm_params.match_state_params.max_aln_length
+ #end if
+
+ #if $advanced_hmm_params.extension_increase_length == "Yes":
+ -q
+ #end if
+
+ -k $advanced_hmm_params.min_ic
+ -y $advanced_hmm_params.max_gap_proportion
+ -u $advanced_hmm_params.max_inner_gaps
+ -h $advanced_hmm_params.min_match_states
+ -C $advanced_hmm_params.min_correlation
+ #end if
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ HHLIB
+ HAMMOCK_JAR
+ MATRIX_PATH
+ java
+ clustalomega
+ hmmer
+ hhsuite
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+**HAMMOCK version 1.1.0**
+
+**Hammock overview**
+
+Hammock performs peptide sequence clustering. It is able to identify clusters of sequences sharing a sequence motif within big datasets. For news, documentation and other available versions, see http://www.recamo.cz/en/software/hammock-cluster-peptides/
+
+------
+
+.. class:: infomark
+
+**Citation**
+Please cite:
+
+Krejci, Adam, et al. "Hammock: a hidden Markov model-based peptide clustering algorithm to identify protein-interaction consensus motifs in large datasets." Bioinformatics 32.1 (2016): 9-16.
+
+------
+
+**Input format**
+
+Hammock accepts fasta files. For basic work, fasta description lines (those starting with ">") may contain virtually anything. For work with the concept of sequence labels, description line should be in this form:
+
+ | >id|count|label
+
+an example of two records in this format:
+
+ | >1|42|label1
+ | RSPIVRQLPSLP
+ | >2|58|label2
+ | GSWVVDISNVED
+
+For more detailed description of the label concept and input format, see the documentation_.
+
+------
+
+**Outputs**
+
+Hammock returns three files, all of them are tab-separated tables.
+
+The first is the cluster overview file. It contains one line for each resulting cluster plus header. Columns are:
+
+cluster_id main_sequence sum label1 label2 label3 ...
+
+ | cluster_id: Cluster's unique numeric identifier.
+ | main_sequence: The most popular (appearing in the highest number of copies) sequence of this cluster
+ | sum: Total count of all sequences in this cluster (sum over all labels)
+ | label1, label2 etc. Counts of sequences with particular labels
+
+
+The second file provides more detailed information. It contains one line for each clustered (unique) sequence plus header. The sequences are ordered according to their presence in clusters, from the largest cluster and within a cluster, from the most abundant sequence.
+
+Columns are:
+
+cluster_id sequence alignment sum label1 label2 label3 ...
+
+ | cluster_id: Id of the cluster this sequence belongs to
+ | sequence: Amino acid sequence of this peptide
+ | alignment: Aligned amino acid sequence of this peptide (part of cluster's multiple sequence alignment)
+ | sum: Total count of copies of this sequence (sum over all labels)
+ | label1, label2 etc. Counts of copies with particular labels
+
+
+The third file is the same as the second file, with two differences: it also contains sequences not belonging to any cluster (these have "NA" in the cluster_id column) and the order of the sequences in this file is the same as their order in the input fasta file.
+
+------
+
+**Parameters**
+Default and auto-detected parameters have been carefully tuned and tested to work well with several datasets, they are especially suited for short peptides from phage display experiments. Neverheless, there is no such thing as universal rules suitable for every dataset - parameter understanding and tuning may be needed. For more detailed description of parameters, see the documentation_.
+
+.. _documentation: http://www.recamo.cz/userfiles/file/Software/Hammock/Hammock-manual.pdf
+
+
+
+
+
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 test-data/input.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input.fa Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,4914 @@
+>5006
+WVTAPRSLPVLP
+>4863
+GSWVVDISNVED
+>4628
+NYSGNRPLPGIW
+>6642
+RSPIVRQLPSLP
+>5810
+RALPVMPTNGPM
+>4893
+AKSRPLPMVGLV
+>3919
+VRPLPSPEGFGQ
+>5831
+YRGRMLPVIWGT
+>4087
+RALPLPRAYEGI
+>6358
+VPLLPIRNGAVN
+>4358
+PVRVLPNIPLSV
+>6587
+SYVPGVPLRNLA
+>4003
+TRVLPNLPVNSQ
+>4836
+PGLPSRSVSFFN
+>3844
+RGLPQRPWHSLL
+>3889
+LAQRPLPLVTAW
+>5804
+AGQARTLPAIVV
+>5464
+LAQRPLPLIAAW
+>5401
+ARASPQVPLGRI
+>4319
+VSAIIPELPPRG
+>6327
+RYIPSLPLRNLH
+>4261
+LRYRTFPNLPEL
+>4429
+RALPIPNLYMLV
+>4066
+ARALPQVPSGRI
+>6375
+KAKFIRELPTVP
+>6631
+RWVLPELPMNGV
+>5215
+RKLPTTPNVMSV
+>5970
+LGPRNRALPIIQ
+>4094
+RGLPGIPQGIKL
+>6421
+SGTWALPVPLFG
+>4704
+IRIHDRNLPVVP
+>6578
+RTLPVLPTNGPM
+>5433
+YVRYALPDLPVE
+>4209
+PPAVPLRGIDLL
+>4784
+RLRPLPLPMVTL
+>6101
+RPLPVFPSEVTE
+>5554
+WWRTPPPKVPFL
+>4184
+LVAPAIPFRAVE
+>4676
+RGLPDRPGLGVL
+>3862
+WTANLFRPLPFV
+>4827
+GMHLAHRALPLI
+>4405
+RPLPSIPGLYHV
+>5671
+ASNLGRLLPPVV
+>5668
+FRPLPAPAYSFG
+>4304
+RFYPLLPERNIV
+>4180
+RALPEVSALSHV
+>4139
+NYSPMVPALNEL
+>5571
+GLRALPSFPLGS
+>4582
+SSALPTRPLAFV
+>5922
+SGFTRALPSIPP
+>6220
+YSYKTRGLPAVP
+>5105
+IWDRQLLMVPVN
+>5935
+GPPAVPLRDIVV
+>5097
+LMIPALPDWNWN
+>4422
+RIAPHLPLMNTW
+>6257
+RALPEIGNHQTS
+>3750
+RFERPLPVVGEV
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+TVLLANRGLPLV
+>6218
+RPLPVIFNGFSG
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+LRYRTVLNLPEL
+>6008
+SFRGLPSIPWGT
+>3641
+LRYRELPVTTTV
+>4128
+LSDIWRIGPNLM
+>5981
+MRVSASDLPLLP
+>4376
+FGGNGNRPLPWL
+>4243
+RGLPSIPTQIFY
+>4797
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+>5238
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+>6048
+ERWRALPDIPVQ
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+LANRALPTTILW
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+>3648
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+NVLGRLLPNPGM
+>4342
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+>3960
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+>5117
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+>5592
+WFSARMLPYLPA
+>3738
+RGPALPLRVLLR
+>6381
+AHLRALPMPLGA
+>5625
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+YASVPPVRNQLE
+>4933
+TDGGRSLPEVPW
+>3721
+GPGLRGLPSIPV
+>3935
+VMNGRRLPLLPG
+>5650
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+SRSALPLWDVYD
+>5129
+MPLLPIRNGTVN
+>4681
+LHQQRALPMAQG
+>4287
+LMVRALPSIIMH
+>5362
+KGPLPMIPVRLL
+>4481
+VRPLPSPEVFGR
+>4742
+WRSLPAIPTSEF
+>3969
+GTRALPLVLERF
+>4664
+IQSRLLPVSPVE
+>6113
+RARQLPMVPFSQ
+>5548
+LWLGRTLTSVPS
+>6024
+ASRRLPSRPVAV
+>4058
+EGRSLPAVPEFK
+>6085
+GSQWWKRALPAP
+>5488
+RPLPRVPGSNAL
+>4106
+RKLPAVPATEFN
+>6069
+GNWTKDLPQIVI
+>4176
+SWVPYLPSRNQL
+>5632
+RGPLPPIGVDMS
+>4560
+RALPSAPYNAPY
+>4076
+SRALLTRPLAFV
+>3832
+PNWLRPLPGLRE
+>4928
+RALPVPPGGSVY
+>6485
+PVGRQLPMIRHI
+>5150
+LRALPAAPYGAL
+>5077
+PSSRALPGMPSI
+>3779
+VPLPLPNASGYG
+>5724
+SSRRLPLVPTYE
+>3747
+NEQLFHRPLPAV
+>6060
+ARPPLPGYNKAM
+>5369
+LRYRTVPNLPAL
+>3880
+WTGLQYRILPTG
+>6468
+GAIPRFLPPIPH
+>4989
+LRSLPSVPRFGN
+>6192
+VTWRALPDVPAG
+>5417
+LYRALPMVYADA
+>6211
+VPWRALPEVPAG
+>5299
+LPELPSANFDWN
+>4978
+LRRRLPAIVELD
+>3775
+RALPIAPDSIFY
+>5690
+SRALPTRPLAFA
+>3780
+GRSLPSLPMGLF
+>4847
+LHTALPPLPSSM
+>5240
+TRVSARDLPLLP
+>4579
+IQSRDLPMVHPY
+>6074
+FRALPRVPVYVL
+>4783
+VRKLPKRPTVVI
+>5476
+SGNTRPLPALSL
+>4456
+SVARAMMALPGV
+>4132
+VRVRALPAAPSI
+>5152
+AMIHERPLPIVG
+>5564
+LLMQRPLPWEPV
+>5561
+RTVMISRPLPFP
+>4191
+RVLPDVPSMQRS
+>4945
+TRPLPSVIDVSM
+>3817
+RKLPPTHNVMSV
+>5354
+RGLPDRPGLGGL
+>3687
+RWLPSLPHNVPF
+>5450
+FGPALPARWGGV
+>4597
+LRSLPSVPWLGN
+>3839
+QIPSLPLRNQDT
+>6398
+RLPLKRPLPSLP
+>4590
+VGRAFRMLPDVT
+>5193
+FGPRNRALPIIQ
+>3761
+HAWWRPWTGVLV
+>6058
+GSWVVDISNVEE
+>6199
+LSVRGLPNIPSQ
+>3825
+TVFPGRPLPTPH
+>5976
+YAPVPPVRNQLK
+>6532
+VGWSRALPALPS
+>4500
+VPLLPTRNGTVN
+>5410
+LWLGRTFPSVPS
+>5301
+LAMRALPLINLF
+>4956
+RPLPSVPSAVGL
+>6458
+LAVRALPLINLL
+>6609
+SYRALPYAPTVI
+>5973
+RALPLLPRLAGV
+>5502
+PPPLPARFRIWT
+>4969
+RPLPELPERNFL
+>6529
+VRSLPGVPVFHS
+>4722
+GVTLLLPARNLY
+>4729
+RRPLPGLGYMML
+>4329
+RDLPPFPDAYIV
+>6077
+GRGLPNIPDVGV
+>4662
+RARMALPMPYAL
+>6033
+GPILPPFNSIRQ
+>6137
+LRIRESPLIEVS
+>3992
+LMVPAIPDWNWN
+>5856
+ARSWAQLPTLPI
+>4988
+GQSGRSLPSVPF
+>6098
+GGWRYRALPFTP
+>5313
+TMRHLPSLPSGE
+>4360
+YYNRRLPDFRVF
+>3823
+GIPRPLPDPWSV
+>3975
+GRPLPNPIGLAI
+>3937
+YAPMLPTRYVGE
+>3895
+TRPLPSVTDVSM
+>6337
+HALPVPPGDSVY
+>5874
+PPKLPDLNLGLN
+>4620
+TVPELPKRMQIT
+>3664
+PFRAPPLPERNI
+>6540
+NGPLGRALPFLP
+>4285
+YAGMANRALPSV
+>5066
+LMVPALPDLNWN
+>5530
+WYHGLPAVPMYN
+>5308
+RALPIAPWTSVS
+>5275
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+>5904
+SPRLPLRAYHLL
+>3646
+IMIRALPVVPHG
+>4857
+RRPLPTVSVRLI
+>4828
+GLNVLRNLPTVP
+>4476
+SFWGTARLPSIP
+>6316
+RSAPNVPVWNTI
+>4394
+LMVRALPSIIMR
+>3731
+SLGQRTLPIIPV
+>4357
+YQGAPDVPVRVI
+>5796
+RLLPAFPSYGLE
+>4234
+LFRSRLPMIPYA
+>5801
+LGSAYRSLPVTP
+>4669
+VPLLPIRNGTGN
+>5287
+RALPVLPTKGAM
+>5173
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+>5245
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+>5453
+SGRPLPIVGQFV
+>5121
+GYPNLPARNVYM
+>4735
+STLISRSLPKVP
+>4499
+RALPYHPLEESV
+>4299
+RARQLPLVPFSE
+>4145
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+>4767
+GLQPVLPPRNLV
+>5424
+LGLRNRALPIIQ
+>5218
+LAVFRTLPQVID
+>6295
+FSAPALPARSDW
+>6045
+GYPNLPARNLYL
+>3852
+PVRVLPNIPLNA
+>6556
+WNVWARMLPQLP
+>4558
+GSVPMLPLRAMS
+>3746
+GTRRLPSVPYFH
+>5919
+WALPEVPFMQLS
+>4536
+SWKRTGLPDLPV
+>4979
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+>5895
+VSVPLLPNYNTS
+>5716
+MTGHGYLPMLPW
+>5373
+RALPVPPGESVY
+>3950
+LWLGRALPSVPS
+>4320
+RGVPFLPPRLWY
+>4262
+RSLPVAPPGASV
+>3764
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+>4231
+VRRKSLPEVPYV
+>6189
+TRRLPLVPSVEN
+>6108
+RPLPSLGGLYQV
+>4712
+FRALPELPWSAV
+>4997
+RVSLPARNAYML
+>4683
+FGPLPPIPGNAP
+>4777
+TIFNSRSLPIVV
+>4117
+GGYERALPSIQM
+>6498
+FGRVFNRTLPLV
+>5960
+RALPVLVEQFSL
+>4606
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+>6507
+GVARAMMALPGV
+>5581
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+>4991
+WSRALPIIGAGT
+>3875
+RALPGPPGDSVY
+>6416
+GPILPKREWVSV
+>3659
+SRALPFIPDVGK
+>6269
+LRVRPLPSAPTV
+>3962
+GARVLPAPPINT
+>5984
+WVRPLPELHMIG
+>4043
+SRALPTRPLGFV
+>5588
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+>4433
+RPLPTPLNSGWA
+>4292
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+>5964
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+>5019
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+>4245
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+>6493
+VPWHALPDVPAG
+>5539
+RKLPPTPNVTSV
+>3672
+IQSKLLPVSPVE
+>4310
+RALPVLSTNGPM
+>5045
+PGLPLRNVSFFN
+>6225
+TWHRPLPYLPLS
+>4924
+VAWLPNLPVQNV
+>3941
+APLLPIRNGTVN
+>6481
+TFRWPLPMIEKV
+>5846
+FPVRALPSIVDW
+>4839
+QGSRDLPPLPYT
+>4374
+RALPKIKNEVSH
+>6598
+GFSMRPLPRVDL
+>5826
+WPGARRLPGLPW
+>4790
+PRPALPLWDVYD
+>6453
+NYSGNRPLPVIW
+>6067
+VWYGSLPRIPNV
+>6241
+MRVSARDLPLRP
+>4110
+LRSGALPAIPVL
+>6323
+RPLPVLEPPEYN
+>6209
+RALPFIPWYEDN
+>6080
+PRRHLPVLPAES
+>5235
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+>6544
+RALPVVPYSGDI
+>5133
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+>6311
+QAEPALPVRIAM
+>6205
+APTLPARMYVGS
+>4804
+RLSLVMRSLPSV
+>4498
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+>4331
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+>4158
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+>5388
+WEYTVRPLPSIS
+>6602
+VLPKLPGRLLVY
+>6393
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+>5949
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+>3705
+RGLPLLPTMGGM
+>4016
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+>3917
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+>6433
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+>5695
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+>4022
+SSLPWVPHENIE
+>4228
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+>6155
+LARRELPFLPYL
+>6387
+RWVTRPLPNLET
+>5865
+FLFRSLPDAPYG
+>3759
+RALPLPGVWMSE
+>6171
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+>4221
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+>5643
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+MSGISLPNIPMI
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+>5130
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+>5684
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+>6261
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+>6227
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+>4557
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+FRGVARRLPAII
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+>5821
+ARRPLPWPFLLV
+>5596
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+VGLTLPSRDQFI
+>4323
+SYPSINWTSFPL
+>4661
+VRMLPDPAVGYV
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+PLGRRPLPALDL
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+GGVILNWYTYPW
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+>5742
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+>5113
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+>3802
+RPLPLPPYPGSV
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+GPAVPPLNAMSQ
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+>3939
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+>4272
+GLDQRTLPIIPV
+>5621
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+>6196
+PIYGGLPSLPDV
+>6440
+QNRLLPVLPRGQ
+>3771
+FLRFRELPGFSV
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+>6563
+RARQLAMVPFSE
+>6160
+RPLPAVGGVGVL
+>4779
+FLATRALPVPYL
+>5457
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+>4949
+LNMRTRDLPSLL
+>6555
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+>4109
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+>4401
+IARRPLPSLWEF
+>4995
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+>3794
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+>4938
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+>6125
+GALPSVPYNAPY
+>5108
+ARPMPELPVERV
+>4539
+RPLPAMPHRLSI
+>6378
+SIYGVLPSLPDV
+>6465
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+>5365
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+>4916
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+>3928
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+>4940
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+>6591
+RTLPIINAVRLF
+>5254
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+>6536
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+>6254
+RLERALPMLPLN
+>4484
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+>3914
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+>3692
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+>5770
+MWRPFGSLFSFV
+>5406
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+>3726
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+>5059
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+>4944
+IARRPLPSLWAF
+>4750
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+>5569
+FGRALTVLPVVT
+>4617
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+>5867
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+>4714
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+>5494
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+>4033
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+>6321
+GRMLPTVPNYNV
+>3848
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+>5274
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+>6627
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+>4453
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+>4973
+PVLPGRDIVLIP
+>5206
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+>3644
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+>6179
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+>5558
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+>6229
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+>5836
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+>5320
+RGLPNVPMGLSG
+>5894
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+>4006
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+>3766
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+>5676
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+>6580
+RSLPSEPSGVVY
+>4719
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+>4204
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+>3971
+HVRRLPAIPFSE
+>5941
+FGPLLLIPGNAP
+>3932
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+>6259
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+>4163
+RGPALPLRVLLH
+>5659
+RYLPLRPVLQVM
+>3712
+RVLPVPPSVNQW
+>4622
+RALPSLPYYIFY
+>6363
+VFVVRALPGVPD
+>6636
+RPLPALTLEVGG
+>4072
+GFGLAPTLPPSN
+>4122
+TNRDLPLLPDTL
+>5959
+VGPYVVPLGGGF
+>4900
+SNQGRVLPVEPV
+>5125
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+>4389
+VRLLPNIPAPSE
+>4739
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+>5211
+RIYRSLPDIAVS
+>5267
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+>4708
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+>5584
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+>5551
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+>5346
+VRELPRPSMSQV
+>5471
+LPALRSRALPEI
+>5799
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+>3754
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+>5283
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+>5460
+GVPLWGRALPVL
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+NLGPLPAVPYEL
+>5764
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+VGPIVPWRQALI
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+>6354
+PVRVLPNISLNV
+>3953
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+>4372
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+>4867
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+>5252
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+>4391
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+>4026
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+>6312
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+>6522
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+>4284
+VPWRAFPDVPAG
+>4507
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+>3967
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+>6489
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+>6430
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+RSLPPGPSLSLS
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+RALPELPRVVAY
+>3762
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+>4159
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+>5667
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+VPLLPIHNGTVN
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+RLRALPILPVSD
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+NRPLGRALPFLP
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+>4002
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+>3781
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+YGRALSGLPSLP
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+>6486
+SAPALPHTNVIK
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+>5189
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+KGLPAIPVSWLV
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+>5187
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+>6265
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+>4608
+VGRALPTPAVVE
+>5686
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+>5244
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+>4061
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+>5704
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+>3821
+LRPLPSPVLAIL
+>6447
+WGGPALPGRSLV
+>6435
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+>3973
+WQYVVRPLPGID
+>6454
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+>3921
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+>4088
+LAQRPLPLITAW
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+>5429
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+>4183
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+QALPVVPYGGDI
+>5943
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+>4994
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+>5083
+HRWRPLPVTHAL
+>4962
+RALPVVPYDGDI
+>5998
+RPLPTLMLNALY
+>6293
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+>4705
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+>5384
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+>6090
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+>5853
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+>5784
+LPPQLPYRDIVI
+>6112
+SRELPSLPGVML
+>6307
+HRWRPVPVPHAL
+>4403
+LLGYRPLPVLPN
+>5833
+RLLPGIPSAMVM
+>5239
+SIYGGLPPLPDV
+>5794
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+>5782
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+>4468
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+>4540
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+>4217
+ALLSRDLPAVPG
+>5375
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+>3748
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+>6095
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+>5396
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+>4297
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+>4305
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+>5163
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+>4289
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+>4440
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+>6086
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+>4601
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+>4348
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+>4414
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+>5065
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+>4859
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+>4851
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+>4236
+LPELPSANFVRN
+>4615
+RWYSLPAVPGVH
+>3934
+RALPVLPSSQNH
+>4119
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+>5446
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+>5751
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+>6461
+LRYRTAPNLPEL
+>3994
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+>3733
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+>4775
+PMGPPTPARIIE
+>6332
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+>5431
+FYPRPLPPVNVE
+>4252
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+>4571
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+>5470
+NYRVVPLPEIPL
+>4957
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+>5306
+LPALRFRVLPEI
+>5326
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+>5526
+QSRPLPGLPQTL
+>3661
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+>4755
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+>5828
+WRNMWRPLPDLP
+>5175
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+>5844
+PSLPVRNGILLN
+>5278
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+>5803
+STSPDIPVRNLS
+>3698
+VRPLPSAPGYIG
+>5876
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+>4487
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+>4678
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+>5575
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+>5505
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+>3666
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+>6459
+APRLPGRSLAMV
+>4361
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+>5499
+LNWLSRGLPGLP
+>4340
+RALPSIGVYSEF
+>5060
+MRMRSLPLISVI
+>3936
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+>6541
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+>6233
+LRYSHDSWFLLF
+>4537
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+>6003
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+>4977
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+>4501
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+>5174
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+>4293
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+>5067
+PNWLRPLPVLRE
+>3824
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+>5531
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+>5938
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+>5508
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+>5873
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+>5310
+IRPLLPAYNQHI
+>4258
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+>4475
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+>5780
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+>4144
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+>5907
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+>5503
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+>5536
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+>4046
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+SIPDLPERNMGY
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+LWLGRTLPSVPS
+>5855
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+>4445
+RGGLPEVPTAWG
+>3851
+GKRRLPSLSYFV
+>4447
+LPPLPPLNGGSK
+>5767
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+>4552
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+>4930
+YAELANRALPSV
+>6010
+GRRLPLLPGVLL
+>6172
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+>5263
+VLPSTTRALPVV
+>3787
+RPLPESPSLAQQ
+>6145
+RRELPAIIFDIT
+>6274
+LLLPPRNMVHIG
+>5342
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+>6044
+WLSLPIRNAISI
+>4416
+NESPAIPVRALL
+>4235
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+>5713
+HRWRPLPVPHTL
+>5217
+NNLYKFGELPIV
+>4764
+LPALRFRALPEM
+>4613
+GSWVMDISNVED
+>5165
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+>6181
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+>3694
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+>5392
+RRLPLIPGDMLI
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+FRPLLPPRLEGL
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+FRRGLLIISSVV
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+>5760
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+>6490
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+>4490
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+>4009
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+RRLLFIPRSVFV
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+RYTRALPLVEHN
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+>4759
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+LSSPLPGLPQTL
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+YAQVPPVRNQLE
+>4569
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+SPPPVPRWVLVD
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+ASNLGRSLPPVV
+>6201
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+>5553
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+VPPVPARSHGVF
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+LRQQRALPMVQG
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+>5870
+NFKMLPDLPYAM
+>4721
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+ILPKLPVSPWNL
+>5807
+RPLPVLPSVIDA
+>5266
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+>3663
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+>5276
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+>5425
+LHQQRALPMVQW
+>5838
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+>4256
+VSAVPDLPVWTM
+>4829
+MTWHGDLPMLPW
+>5379
+LLLPPRNVVHIG
+>4477
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+>6099
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+>5300
+LRFRILPEIRQD
+>6078
+IIWRRKLPWPIP
+>4854
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+>3998
+APWGRPLPELMS
+>6317
+LSAPILPGLNEF
+>5857
+GYYFHIPIMGQS
+>5538
+GGRRLPPMPVSI
+>6488
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+>4301
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+>5050
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+>4326
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+>5184
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+>5802
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+>5501
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+>6063
+VSPLPAVPEYSV
+>4848
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+>4149
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+>5414
+VYRPLPAPYSAN
+>4227
+LWLGRTPPSVPS
+>5036
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+>6518
+WDQFTRALPLVP
+>6194
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+>5290
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+>6610
+RPLPVVFNGFSG
+>5160
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+>3976
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+>5681
+SKRGLPPLPREA
+>5629
+GRMLPLWPEHML
+>5447
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+>6208
+GRVLPKLPTGWG
+>5524
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+>4044
+SPKLPARSSVEL
+>5440
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+>4186
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+>5642
+GFLAGPDLPLRP
+>6184
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+>5131
+RGLPPIPTQIFY
+>5605
+RPTLPEFNLVYS
+>4996
+DFRLLPSVPGEV
+>4908
+SLRALPIVPGMS
+>5355
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+>5057
+SARGLPLVPSLV
+>6547
+RAPPFIPWYEDN
+>5234
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+>5884
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+>6622
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+>4281
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+>6396
+SRAPPTRPLAFV
+>4885
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+>4748
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+>4833
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+>4091
+GSWAVDISNVED
+>3885
+SRAYTVRALPAV
+>4502
+RRLPNPQVSYVS
+>4462
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+>5779
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+>3745
+LPPQLPHRDIVI
+>5731
+SWTALPPLPRDV
+>4535
+GQRVLPSIPVDL
+>5967
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+>5016
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+>6504
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+>4690
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+>5368
+RYPELPLRNYRV
+>6088
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+>4432
+SRGLPDLPLFEL
+>5722
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+>6360
+FPGPNTPERWIR
+>6264
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+>4666
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+>6432
+SKAVRALPVVNL
+>6022
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+>6492
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+>4037
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+>3981
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+>5042
+LGMISRGFVDRD
+>6478
+RYRALPSAPGDI
+>5087
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+>4027
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+>5582
+SRALHTRPLAFV
+>6367
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+>5169
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+>6244
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+>6001
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+>3805
+LQYRELPVTTTI
+>4142
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+>5142
+RPLPDLFIAEYE
+>6324
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+>5138
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+>3874
+PVSPGRNIVLIP
+>5669
+RTLPLIPSMSVG
+>3816
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+>4872
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+>6638
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+>5707
+YMPALPSRNWGP
+>4129
+SARGLPGLPSGI
+>4937
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+>5797
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+>4035
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+>6119
+RRLPDIPSSRLN
+>5955
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+>4120
+LQNRGLPLVGGM
+>5228
+QSPRVPVRNVSL
+>3785
+RPLPMLPNGSKV
+>6639
+FGGPILPSWNVF
+>5677
+MRPLPGLGYMML
+>5214
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+>5112
+RVLPVLPDTYGV
+>4513
+FLPWSLPARNSY
+>4588
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+>3649
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+>4641
+PPRPLPSVPDGI
+>6439
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+>4684
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+SFFDRTLPVIGG
+>4692
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+>4430
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+>4901
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+>3911
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+>3871
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+LDIPTLPWRNGA
+>6473
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+>5600
+RPLPLVGYGWLI
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+>6166
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+>4760
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+>5710
+KAKLFRELPTVP
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+RTLPVPPGDSVY
+>6382
+SWRPLPSVNQIM
+>5555
+ERWRALPDIPAH
+>4868
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+>4167
+QGKRNLPPVPSY
+>6372
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+>5024
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+GQISRLLPVLPD
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+>3870
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+NGIWGELPNIPF
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+>4085
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+MRMRMLPDVSHL
+>6280
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+>4670
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+>5931
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+>4920
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+>4911
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+>6424
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+LGMTTRGLPALP
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+GRAPNAPTRLFF
+>5155
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+>4467
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+>6168
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+>4526
+YAPVPAVRNQLE
+>5051
+IAIQLRPLPSIL
+>4034
+NANLWTRVLPTP
+>4454
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+>5563
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+>5282
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+>4787
+LRSRALPSISFG
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+>4079
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+>5058
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+>6285
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+>5568
+RLLDARSLPAVP
+>4531
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+>4771
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+>5604
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+>4935
+QNRLLPVLPRGL
+>3772
+WSQRSLPDIVAY
+>6441
+LVWVKRPLPVLW
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+>5458
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+>4494
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+>5622
+RRLPFLPVNSAI
+>6629
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+>5727
+TNRDLPLLPDTS
+>5620
+RAPQLPLREASW
+>4505
+LSGRALPLVYWE
+>5482
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+>5413
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+>6178
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+>5109
+YWPDLPAVPYDQ
+>4101
+WRSLPAIPPYEF
+>3850
+IRDLPSVPNSGL
+>5195
+FGPLPLIPGSAP
+>4483
+GLGQRTLLIIPV
+>4758
+VPLLPVRNGTVN
+>6581
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+>3920
+WVGWKELPMVPH
+>5842
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+>3765
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+>5924
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+>6341
+GLQPGLPPRNLV
+>5648
+GRELPELPRSLV
+>4402
+LRYRTVTNLPEL
+>4983
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+>5107
+DLYAPRGLPLLP
+>5298
+NLTLRYRPLPFV
+>6366
+PRYRLLPITHVM
+>4744
+LWLGRTLPSVLS
+>5339
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+>6508
+WWRTPLPKAPFL
+>5814
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+>4164
+PPTVPLRGIDLL
+>5800
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+>6195
+GTANLFRPPPFV
+>5328
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+>4368
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+>5868
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+>3842
+RALPVVPYGGDI
+>5221
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+>6139
+RPMPVIPSLSEV
+>5205
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+AYRELPRLPLAW
+>4354
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+>3867
+AAMRDLPARPGS
+>5763
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+>5953
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+>4381
+WRSLPSIPTYEF
+>5550
+RGRPLPVVTAGE
+>6621
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+>4574
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+>3814
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+>4731
+GSADPPSRNVSV
+>6338
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+>6222
+RAFISSALPLLP
+>5791
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+>4373
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+>5705
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+>4702
+HRWRPLPVPRAL
+>6560
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+>6516
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+>6304
+RPLPVFPSEGTE
+>4896
+VRALPMLPLGVS
+>6355
+LGPRNRALPITQ
+>3677
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+>5776
+RPLPMTMPNEHQ
+>6515
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+>6237
+IQRALPPIGEHV
+>5572
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+>4647
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+>4215
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+>4308
+VNRPRVPDRNMV
+>4707
+WWSNRALPMLMV
+>3847
+PVLPGRNIVSIP
+>6552
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+>4713
+QVSRDLPLLPYT
+>5262
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+>4970
+AFGYVRPLPLVV
+>5958
+LGGRALPIPMPV
+>4121
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+>5583
+WTSRTLPSVPFF
+>4518
+GGEWRPLPEFPL
+>4141
+QSFRPLPLVELV
+>5212
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+>6313
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+>6565
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+>5343
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+>5030
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+>5936
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+>4774
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+>3752
+ISRTRPLPTIIL
+>4926
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+>6121
+IRPLLPAYNEHI
+>5135
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+>3972
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+>6041
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+>5032
+GLNVLRNLPIVP
+>5689
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+>5510
+VPWRALPDVPAS
+>6177
+RRLPIPVPGGLL
+>3887
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+>5875
+RVGWTVRPLPEV
+>5146
+RMLHGPPWDLSW
+>5418
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+>5685
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+>3667
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+>3782
+VSGAPLLPMANY
+>5039
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+>3792
+WRYLPSPPESAL
+>4337
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+>4211
+RLLPGIPTGMVM
+>4599
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+>3810
+RAPALPVRALTV
+>4099
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+>6191
+MRALPRLPSGSE
+>6198
+RPLPVFPSEATE
+>4623
+VWSMGFWGNPVV
+>4388
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+>3819
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+>5806
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+>5340
+MRVSAHDLPLLP
+>5609
+GLEFRSLPYVVS
+>5359
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+>6148
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+>4457
+GRPLPNPYAATH
+>5753
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+>3709
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+>5701
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+>3822
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+>5347
+VPLLPRPNVVSI
+>6032
+RRALPLPSLENV
+>5646
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+>5082
+RPLPGIPTAMVM
+>4080
+GVRRSLPAIMGI
+>5942
+WVMAPRSLPVLP
+>6283
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+>5559
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+>4688
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+>5364
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+>6026
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+>4961
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+>6072
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+>6575
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+>4023
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+>4392
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+>5989
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+GNSQRPLPIQPG
+>6446
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+>6436
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+>4255
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+>6590
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+>5519
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+>4614
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+43;WDQFTRALPLVP;-WDQFTRALPLVP------;1;1
+43;WASRGLPEIPTG;---WASRGLPEIPTG----;1;1
+43;WARRGLPEIPLT;---WARRGLPEIPLT----;1;1
+43;WAQSIWRLPELP;-WAQSIWRLPELP------;1;1
+43;WALPEVPFMQLS;------WALPEVPFMQLS-;1;1
+43;WAARKPLPMIPN;--WAARKPLPMIPN-----;1;1
+43;VYWRALPMAPYQ;---VYWRALPMAPYQ----;1;1
+43;VYRRLPVPGLWS;----VYRRLPVPGLWS---;1;1
+43;VYRPLPAPYSAN;----VYRPLPAPYSAN---;1;1
+43;VYGRDLPMAPYQ;---VYGRDLPMAPYQ----;1;1
+43;VYGRALPTAPYQ;---VYGRALPTAPYQ----;1;1
+43;VYGRALPMAPYR;---VYGRALPMAPYR----;1;1
+43;VYGRALPMAPYQ;---VYGRALPMAPYQ----;1;1
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+43;VPWRVLPDVPAG;---VPWRVLPDVPAG----;1;1
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+43;TDGGRSLPEVPW;--TDGGRSLPEVPW-----;1;1
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+43;SYRALPYTPTMI;----SYRALPYTPTMI---;1;1
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+43;SYNRALPEIPKT;---SYNRALPEIPKT----;1;1
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+43;SRTTRLLPAIVY;--SRTTRLLPAIVY-----;1;1
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+43;SRALPTRPLAFV;-----SRALPTRPLAFV--;1;1
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+43;SIYGGLPSLPDV;---SIYGGLPSLPDV----;1;1
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+43;SGTRALPVPLYG;---SGTRALPVPLYG----;1;1
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+43;SFWGTARLPSIP;-SFWGTARLPSIP------;1;1
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+43;SFFGRTLPVIGS;--SFFGRTLPVIGS-----;1;1
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+43;SESRALPEIPYL;---SESRALPEIPYL----;1;1
+43;SELLFHRPLPAV;SELLFHRPLPAV-------;1;1
+43;SDRSLPDVPTVI;----SDRSLPDVPTVI---;1;1
+43;SASSRPLPRLVF;--SASSRPLPRLVF-----;1;1
+43;SASSRPLPRLFF;--SASSRPLPRLFF-----;1;1
+43;SARQLPMVPFSE;----SARQLPMVPFSE---;1;1
+43;SARHLPAPPVAY;----SARHLPAPPVAY---;1;1
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+43;SARGLPGLPSGI;----SARGLPGLPSGI---;1;1
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+43;RYTRALPLVEHN;---RYTRALPLVEHN----;1;1
+43;RYRALPSAPGYI;----RYRALPSAPGYI---;1;1
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+43;RYLPSPPQYKIE;------RYLPSPPQYKIE-;1;1
+43;RYLPLRPVLQVM;------RYLPLRPVLQVM-;1;1
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+43;RWVLPELPMNGV;-----RWVLPELPMNGV--;1;1
+43;RWLPSLPHNVPF;------RWLPSLPHNVPF-;1;1
+43;RWLPEIPVNMSN;------RWLPEIPVNMSN-;1;1
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+43;RVRGLPGFPGML;----RVRGLPGFPGML---;1;1
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+43;RVLPLAPSTWMG;------RVLPLAPSTWMG-;1;1
+43;RVLPEVPRPVEY;------RVLPEVPRPVEY-;1;1
+43;RVLPEVPRLVEY;------RVLPEVPRLVEY-;1;1
+43;RVLPDVPSMQRS;------RVLPDVPSMQRS-;1;1
+43;RVLPDVLSMQRS;------RVLPDVLSMQRS-;1;1
+43;RVLPALPSVNQW;------RVLPALPSVNQW-;1;1
+43;RVLAVLPSVNQW;------RVLAVLPSVNQW-;1;1
+43;RVGWTVRPLPEV;RVGWTVRPLPEV-------;1;1
+43;RVGRLLPVLLGV;---RVGRLLPVLLGV----;1;1
+43;RVGRALPDILLS;---RVGRALPDILLS----;1;1
+43;RVASRLLPLIPA;--RVASRLLPLIPA-----;1;1
+43;RVAGLLPLLPVP;---RVAGLLPLLPVP----;1;1
+43;RTWDLPVLPHHQ;----RTWDLPVLPHHQ---;1;1
+43;RTVMISRPLPFP;RTVMISRPLPFP-------;1;1
+43;RTRVLPFIPEMS;----RTRVLPFIPEMS---;1;1
+43;RTRDLPVLPHHQ;----RTRDLPVLPHHQ---;1;1
+43;RTLPVPPGDSVY;------RTLPVPPGDSVY-;1;1
+43;RTLPVLPTNGPM;------RTLPVLPTNGPM-;1;1
+43;RTLPMVPWATFQ;------RTLPMVPWATFQ-;1;1
+43;RTLPLIPSMSVG;------RTLPLIPSMSVG-;1;1
+43;RTLPIINAVRLF;------RTLPIINAVRLF-;1;1
+43;RTAVGRSLPIIP;-RTAVGRSLPIIP------;1;1
+43;RTANLFRPLPFV;RTANLFRPLPFV-------;1;1
+43;RSWALPILPVSD;----RSWALPILPVSD---;1;1
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+43;RSRALPILPVSG;----RSRALPILPVSG---;1;1
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+43;RSRALPILPASD;----RSRALPILPASD---;1;1
+43;RSPIVRQLPSLP;-RSPIVRQLPSLP------;1;1
+43;RSLVARSLPAVP;-RSLVARSLPAVP------;1;1
+43;RSLSGLPDAFPW;------RSLSGLPDAFPW-;1;1
+43;RSLPWVPHENIE;------RSLPWVPHENIE-;1;1
+43;RSLPWIPMEVFD;------RSLPWIPMEVFD-;1;1
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+43;RSLPWAPHENIE;------RSLPWAPHENIE-;1;1
+43;RSLPVLPSGAGI;------RSLPVLPSGAGI-;1;1
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+43;RARQLPKVPFSE;----RARQLPKVPFSE---;1;1
+43;RARKLPMVPFSE;----RARKLPMVPFSE---;1;1
+43;RARGRLPLVPWA;---RARGRLPLVPWA----;1;1
+43;RAQFGRELPRVV;-RAQFGRELPRVV------;1;1
+43;RAPPVMPGAVGS;------RAPPVMPGAVGS-;1;1
+43;RAPPVLPTNGPM;------RAPPVLPTNGPM-;1;1
+43;RAPLPPVPVLAS;-----RAPLPPVPVLAS--;1;1
+43;RALWRVLPVEPL;--RALWRVLPVEPL-----;1;1
+43;RALSVPPGDSVY;------RALSVPPGDSVY-;1;1
+43;RALPYHPLEESV;------RALPYHPLEESV-;1;1
+43;RALPVVPYSGDI;------RALPVVPYSGDI-;1;1
+43;RALPVVPYGGDI;------RALPVVPYGGDI-;1;1
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+43;RALPVSPGDSVY;------RALPVSPGDSVY-;1;1
+43;RALPVPPSDSVY;------RALPVPPSDSVY-;1;1
+43;RALPVPPGNSVY;------RALPVPPGNSVY-;1;1
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+43;RALPVPPGESVY;------RALPVPPGESVY-;1;1
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+43;RALPVLPTSGPM;------RALPVLPTSGPM-;1;1
+43;RALPVLPTNGPV;------RALPVLPTNGPV-;1;1
+43;RALPVLPTNGPM;------RALPVLPTNGPM-;1;1
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+43;RALPVLPSSQNH;------RALPVLPSSQNH-;1;1
+43;RALPVLPSIQNH;------RALPVLPSIQNH-;1;1
+43;RALPVLPRNGPM;------RALPVLPRNGPM-;1;1
+43;RALPVLPMNGPM;------RALPVLPMNGPM-;1;1
+43;RALPVLPKFDIV;------RALPVLPKFDIV-;1;1
+43;RALPVLLTNGPM;------RALPVLLTNGPM-;1;1
+43;RALPVISILSGE;------RALPVISILSGE-;1;1
+43;RALPTSPRPGVD;------RALPTSPRPGVD-;1;1
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+43;RALPSVPYNAPY;------RALPSVPYNAPY-;1;1
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+43;NLGPFPTVPYEL;----NLGPFPTVPYEL---;1;1
+43;NIRDRMLPVIVE;--NIRDRMLPVIVE-----;1;1
+43;NHSGNRPLPVIW;-NHSGNRPLPVIW------;1;1
+43;NHLLPTLPSSVV;-----NHLLPTLPSSVV--;1;1
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+43;NGPLGRALPFLP;-NGPLGRALPFLP------;1;1
+43;NGIWGELPNIPF;--NGIWGELPNIPF-----;1;1
+43;NFKMLPDLPYAM;----NFKMLPDLPYAM---;1;1
+43;NEQLFHRPLPAV;NEQLFHRPLPAV-------;1;1
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+43;NELLFHRPLPAG;NELLFHRPLPAG-------;1;1
+43;NANLWTRVLPTP;NANLWTRVLPTP-------;1;1
+43;MYLPRLLPAMPN;--MYLPRLLPAMPN-----;1;1
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+43;MWVSARDLPLLP;-MWVSARDLPLLP------;1;1
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+43;MVRGLPALPGVN;----MVRGLPALPGVN---;1;1
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+43;MVAFRELPNLPY;--MVAFRELPNLPY-----;1;1
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+43;MSLWYRSLPDIV;-MSLWYRSLPDIV------;1;1
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+43;MDPRLRPLPAPL;-MDPRLRPLPAPL------;1;1
+43;LYVGRVLPFIKD;--LYVGRVLPFIKD-----;1;1
+43;LYVGRALPFIKD;--LYVGRALPFIKD-----;1;1
+43;LYRALPMVYADA;----LYRALPMVYADA---;1;1
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+43;LWSRTLPVPDER;---LWSRTLPVPDER----;1;1
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+43;LWLGRTLPSVLS;--LWLGRTLPSVLS-----;1;1
+43;LWLGRTLPSAPS;--LWLGRTLPSAPS-----;1;1
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+43;LWLGRTFPSVPS;--LWLGRTFPSVPS-----;1;1
+43;LWLGRALPSVPS;--LWLGRALPSVPS-----;1;1
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+43;LRYRTVPNLPES;---LRYRTVPNLPES----;1;1
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+43;LRYRTVPNLPEF;---LRYRTVPNLPEF----;1;1
+43;LRYRTVPNLPAL;---LRYRTVPNLPAL----;1;1
+43;LRYRTVPKLPEL;---LRYRTVPKLPEL----;1;1
+43;LRYRTVPILPEL;---LRYRTVPILPEL----;1;1
+43;LRYRTVPDLPEL;---LRYRTVPDLPEL----;1;1
+43;LRYRTIPNLPEL;---LRYRTIPNLPEL----;1;1
+43;LRYRTFPNLPEL;---LRYRTFPNLPEL----;1;1
+43;LRYRSVPNLPEL;---LRYRSVPNLPEL----;1;1
+43;LRYRPLPYIGVQ;---LRYRPLPYIGVQ----;1;1
+43;LRYRPLPNFVSL;---LRYRPLPNFVSL----;1;1
+43;LRYRLLPGFGDF;---LRYRLLPGFGDF----;1;1
+43;LRYRKLPVTTTI;---LRYRKLPVTTTI----;1;1
+43;LRYRILPSVNGV;---LRYRILPSVNGV----;1;1
+43;LRYRGLPVTTTI;---LRYRGLPVTTTI----;1;1
+43;LRYRELPVTTTV;---LRYRELPVTTTV----;1;1
+43;LRYRELPVTTTT;---LRYRELPVTTTT----;1;1
+43;LRYRELPVTTTN;---LRYRELPVTTTN----;1;1
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+43;LRYRELPVTTSI;---LRYRELPVTTSI----;1;1
+43;LRYRELPVTTNI;---LRYRELPVTTNI----;1;1
+43;LRYRELPVTTII;---LRYRELPVTTII----;1;1
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+43;LRIRESPLIEVS;---LRIRESPLIEVS----;1;1
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+43;LRALPAVPYGAL;-----LRALPAVPYGAL--;1;1
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+43;LQMTHRSLPLLP;-LQMTHRSLPLLP------;1;1
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+43;LQGRYISLPEIP;-LQGRYISLPEIP------;1;1
+43;LPALRSRALPEI;LPALRSRALPEI-------;1;1
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+43;LPALRFRALPEI;LPALRFRALPEI-------;1;1
+43;LNWLSRGLPGLP;-LNWLSRGLPGLP------;1;1
+43;LNRPLPAVVTSF;----LNRPLPAVVTSF---;1;1
+43;LNMRTRDLPSLL;-LNMRTRDLPSLL------;1;1
+43;LMVRALPSIIVQ;---LMVRALPSIIVQ----;1;1
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+43;LLYRELPVTTTI;---LLYRELPVTTTI----;1;1
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+43;LLPGRPLPMLPV;-------LLPGRPLPMLPV;1;1
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+43;LKHRELPFIALD;---LKHRELPFIALD----;1;1
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+43;LGQLPDVPIHWG;-----LGQLPDVPIHWG--;1;1
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+43;LGPLPLIPGNAP;-----LGPLPLIPGNAP--;1;1
+43;LGMTTRGLPALS;-LGMTTRGLPALS------;1;1
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+43;LAVRALPLINLF;---LAVRALPLINLF----;1;1
+43;LAVFRTLPQVID;--LAVFRTLPQVID-----;1;1
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+43;LASRSLPLVGFS;---LASRSLPLVGFS----;1;1
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+43;LARTLPALNMVR;----LARTLPALNMVR---;1;1
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+43;LARIDRPLPSIV;-LARIDRPLPSIV------;1;1
+43;LAQRPLPLVTAW;---LAQRPLPLVTAW----;1;1
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+43;LANRALPTTILW;---LANRALPTTILW----;1;1
+43;LANRALPAFVSR;---LANRALPAFVSR----;1;1
+43;LAMRALPLINLF;---LAMRALPLINLF----;1;1
+43;LAGRALPLRTYL;---LAGRALPLRTYL----;1;1
+43;KVLPVLPSVNQW;------KVLPVLPSVNQW-;1;1
+43;KVLPMIPSVELL;------KVLPMIPSVELL-;1;1
+43;KRRMLPSVSTLM;----KRRMLPSVSTLM---;1;1
+43;KRPLPMWPNHLL;-----KRPLPMWPNHLL--;1;1
+43;KNTVQSRMLPLL;KNTVQSRMLPLL-------;1;1
+43;KNLYKFRELPIV;KNLYKFRELPIV-------;1;1
+43;KLVVLRALPYPP;-KLVVLRALPYPP------;1;1
+43;KLVTRELPNLPV;--KLVTRELPNLPV-----;1;1
+43;KKRPLPAIEHFH;----KKRPLPAIEHFH---;1;1
+43;KIGRALPVLPMN;---KIGRALPVLPMN----;1;1
+43;KHRMLPSVSTLM;----KHRMLPSVSTLM---;1;1
+43;KGRLPEIPYWAS;-----KGRLPEIPYWAS--;1;1
+43;KGPLPMIPVRLL;-----KGPLPMIPVRLL--;1;1
+43;KGLPAIPVSWLV;------KGLPAIPVSWLV-;1;1
+43;KGARALPQLPYL;---KGARALPQLPYL----;1;1
+43;KFGVSWRALPLL;KFGVSWRALPLL-------;1;1
+43;KAKLTRELPTVP;-KAKLTRELPTVP------;1;1
+43;KAKLIRELPTVS;-KAKLIRELPTVS------;1;1
+43;KAKLIRELPTVP;-KAKLIRELPTVP------;1;1
+43;KAKLIRELPMVP;-KAKLIRELPMVP------;1;1
+43;KAKLFRELPTVP;-KAKLFRELPTVP------;1;1
+43;KAKIIRELPTVP;-KAKIIRELPTVP------;1;1
+43;KAKFIRELPTVP;-KAKFIRELPTVP------;1;1
+43;KAGLRELPAVVS;--KAGLRELPAVVS-----;1;1
+43;IYFKFYRTLPLV;IYFKFYRTLPLV-------;1;1
+43;IWTRALPTWPTT;---IWTRALPTWPTT----;1;1
+43;IWDRQLPVVPVN;---IWDRQLPVVPVN----;1;1
+43;IWDRQLPTVPVN;---IWDRQLPTVPVN----;1;1
+43;IWDRQLPMVPVN;---IWDRQLPMVPVN----;1;1
+43;IWDRQLLMVPVN;---IWDRQLLMVPVN----;1;1
+43;IWDLQLPMVPVN;---IWDLQLPMVPVN----;1;1
+43;ISRTRTLPTIIL;--ISRTRTLPTIIL-----;1;1
+43;ISRTRPLPTIIL;--ISRTRPLPTIIL-----;1;1
+43;IRVSARDLPLLP;-IRVSARDLPLLP------;1;1
+43;IRTLPAVPSVVG;-----IRTLPAVPSVVG--;1;1
+43;IRPLPPAYNEHI;-------IRPLPPAYNEHI;1;1
+43;IRIHDRNLPVVP;-IRIHDRNLPVVP------;1;1
+43;IRDLPSVPNSGL;-----IRDLPSVPNSGL--;1;1
+43;IRALPRMPLLSL;-----IRALPRMPLLSL--;1;1
+43;IQWGKLPLVPSE;---IQWGKLPLVPSE----;1;1
+43;IQSRLLPVSPVE;---IQSRLLPVSPVE----;1;1
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+43;IQRALPPIGEHV;----IQRALPPIGEHV---;1;1
+43;IPWRALPDVPAG;---IPWRALPDVPAG----;1;1
+43;IMVRALPSIIMQ;---IMVRALPSIIMQ----;1;1
+43;IMRVLPSIPQYT;----IMRVLPSIPQYT---;1;1
+43;IMIRALPVVPHG;---IMIRALPVVPHG----;1;1
+43;ILPKLPVSPWNL;-------ILPKLPVSPWNL;1;1
+43;IHARSLPWVPLS;---IHARSLPWVPLS----;1;1
+43;IGPRPLPTIGTI;---IGPRPLPTIGTI----;1;1
+43;IGPRPLPTIGSI;---IGPRPLPTIGSI----;1;1
+43;IGPRPLPTIGPV;---IGPRPLPTIGPV----;1;1
+43;IFLRSLPAIGNE;---IFLRSLPAIGNE----;1;1
+43;IERALPLVPGER;----IERALPLVPGER---;1;1
+43;IASRPLPSLWEF;---IASRPLPSLWEF----;1;1
+43;IARRPLPSLWGF;---IARRPLPSLWGF----;1;1
+43;IARRPLPSLWEF;---IARRPLPSLWEF----;1;1
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+43;IARPLPTPHAVP;----IARPLPTPHAVP---;1;1
+43;IARGLPDLPGYV;----IARGLPDLPGYV---;1;1
+43;IAIQLRPLPSIL;-IAIQLRPLPSIL------;1;1
+43;HWQRLLPAIERG;---HWQRLLPAIERG----;1;1
+43;HWKGRSLPLPLP;--HWKGRSLPLPLP-----;1;1
+43;HVVRRALPMVPY;--HVVRRALPMVPY-----;1;1
+43;HVVGRALPMVPY;--HVVGRALPMVPY-----;1;1
+43;HVRRLPAIPFSE;----HVRRLPAIPFSE---;1;1
+43;HVRPLPTPNIMS;-----HVRPLPTPNIMS--;1;1
+43;HVATYRELPGVP;-HVATYRELPGVP------;1;1
+43;HVAAYRELPGVP;-HVAAYRELPGVP------;1;1
+43;HVAAYRELPGAP;-HVAAYRELPGAP------;1;1
+43;HSYKTRGLPAVP;-HSYKTRGLPAVP------;1;1
+43;HRWRPVPVPHAL;---HRWRPVPVPHAL----;1;1
+43;HRWRPPPVPHAL;---HRWRPPPVPHAL----;1;1
+43;HRWRPLTVPHAL;---HRWRPLTVPHAL----;1;1
+43;HRWRPLPVTHAL;---HRWRPLPVTHAL----;1;1
+43;HRWRPLPVPRAL;---HRWRPLPVPRAL----;1;1
+43;HRWRPLPVPHTL;---HRWRPLPVPHTL----;1;1
+43;HRWRPLPVPHDL;---HRWRPLPVPHDL----;1;1
+43;HRWRPLPVPHAS;---HRWRPLPVPHAS----;1;1
+43;HRWRPLPVPHAL;---HRWRPLPVPHAL----;1;1
+43;HRWRPLPVPHAF;---HRWRPLPVPHAF----;1;1
+43;HRWRPLPVLHAL;---HRWRPLPVLHAL----;1;1
+43;HRWRPLPAPHAL;---HRWRPLPAPHAL----;1;1
+43;HRWRPLAVPHAL;---HRWRPLAVPHAL----;1;1
+43;HRWGPLPVPHAL;---HRWGPLPVPHAL----;1;1
+43;HMFWGGLPNVPW;--HMFWGGLPNVPW-----;1;1
+43;HKEYRRLPSIPH;--HKEYRRLPSIPH-----;1;1
+43;HGWRPLPVPHAL;---HGWRPLPVPHAL----;1;1
+43;HGRSLPARPLLY;----HGRSLPARPLLY---;1;1
+43;HGRSLPARPLLN;----HGRSLPARPLLN---;1;1
+43;HGPLPEIPVMEE;-----HGPLPEIPVMEE--;1;1
+43;HFVGRPLPVLPS;--HFVGRPLPVLPS-----;1;1
+43;HFERVLPGVPMN;---HFERVLPGVPMN----;1;1
+43;HFERVLPGVPMD;---HFERVLPGVPMD----;1;1
+43;HARQLPMVPFSE;----HARQLPMVPFSE---;1;1
+43;HALPVPPGDSVY;------HALPVPPGDSVY-;1;1
+43;GYYWSQRALPVV;GYYWSQRALPVV-------;1;1
+43;GYYVRNLPVISV;--GYYVRNLPVISV-----;1;1
+43;GYSYGRLPATPW;--GYSYGRLPATPW-----;1;1
+43;GYRPLPGIPDTE;----GYRPLPGIPDTE---;1;1
+43;GYMPGRALPLLP;-GYMPGRALPLLP------;1;1
+43;GYLRNRELPVIG;-GYLRNRELPVIG------;1;1
+43;GYLRNRELPVID;-GYLRNRELPVID------;1;1
+43;GVSIRGLPQIPI;--GVSIRGLPQIPI-----;1;1
+43;GVRRSLPAIMGI;---GVRRSLPAIMGI----;1;1
+43;GVPLWGRALPVL;GVPLWGRALPVL-------;1;1
+43;GVPAKRLLPKIP;-GVPAKRLLPKIP------;1;1
+43;GVMMRALPFIHT;--GVMMRALPFIHT-----;1;1
+43;GVLGARGLPPLP;-GVLGARGLPPLP------;1;1
+43;GVGLFRFLPPAP;-GVGLFRFLPPAP------;1;1
+43;GVALRTRALPVI;GVALRTRALPVI-------;1;1
+43;GTTGFRALPLVP;-GTTGFRALPLVP------;1;1
+43;GTSNLFRPLPSV;GTSNLFRPLPSV-------;1;1
+43;GTSNLFRPLPFV;GTSNLFRPLPFV-------;1;1
+43;GTRRLPSVPYFH;----GTRRLPSVPYFH---;1;1
+43;GTRALPLVLERF;----GTRALPLVLERF---;1;1
+43;GTPGKRALPSLP;-GTPGKRALPSLP------;1;1
+43;GTANLSRPLPFV;GTANLSRPLPFV-------;1;1
+43;GTANLFRPLPFV;GTANLFRPLPFV-------;1;1
+43;GTANLFRPLPFA;GTANLFRPLPFA-------;1;1
+43;GTALVRMLPSLP;-GTALVRMLPSLP------;1;1
+43;GSYRGLPDVPNV;---GSYRGLPDVPNV----;1;1
+43;GSYRGLPDVPHV;---GSYRGLPDVPHV----;1;1
+43;GSYRGLPDIPHV;---GSYRGLPDIPHV----;1;1
+43;GSWLLYRALPAL;GSWLLYRALPAL-------;1;1
+43;GSVPMLPLRAMS;------GSVPMLPLRAMS-;1;1
+43;GSTYLGRSLPIP;GSTYLGRSLPIP-------;1;1
+43;GSRVYRALPVVV;-GSRVYRALPVVV------;1;1
+43;GSRVLPRFPLSL;----GSRVLPRFPLSL---;1;1
+43;GSQWWKRALPAP;GSQWWKRALPAP-------;1;1
+43;GSLRRLPAVIEM;---GSLRRLPAVIEM----;1;1
+43;GSHRGLPDVPHV;---GSHRGLPDVPHV----;1;1
+43;GRYLRGELPSVP;-GRYLRGELPSVP------;1;1
+43;GRVLPSVPLHFE;-----GRVLPSVPLHFE--;1;1
+43;GRVLPKLPTGWG;-----GRVLPKLPTGWG--;1;1
+43;GRVGTLPLVPVD;---GRVGTLPLVPVD----;1;1
+43;GRSLPVPTSEFT;-----GRSLPVPTSEFT--;1;1
+43;GRSLPSLPMGLF;-----GRSLPSLPMGLF--;1;1
+43;GRSLPNTPTPVF;-----GRSLPNTPTPVF--;1;1
+43;GRSLPNTPTPGF;-----GRSLPNTPTPGF--;1;1
+43;GRSLPMLPADTR;-----GRSLPMLPADTR--;1;1
+43;GRRLPNLPYLIG;-----GRRLPNLPYLIG--;1;1
+43;GRRLPLVPTRAI;-----GRRLPLVPTRAI--;1;1
+43;GRRLPLLPGVLL;-----GRRLPLLPGVLL--;1;1
+43;GRRELPAIHTNF;----GRRELPAIHTNF---;1;1
+43;GRQLPSAPLFHL;-----GRQLPSAPLFHL--;1;1
+43;GRPLPNPYAATH;-----GRPLPNPYAATH--;1;1
+43;GRPLPNPVGLAI;-----GRPLPNPVGLAI--;1;1
+43;GRPLPNPIGLAI;-----GRPLPNPIGLAI--;1;1
+43;GRPLPLVPMLVG;-----GRPLPLVPMLVG--;1;1
+43;GRNLPAIPTLLV;-----GRNLPAIPTLLV--;1;1
+43;GRNLPAIPSLLV;-----GRNLPAIPSLLV--;1;1
+43;GRNLPAIPSLLA;-----GRNLPAIPSLLA--;1;1
+43;GRNLPAIPPLLV;-----GRNLPAIPPLLV--;1;1
+43;GRMLPTVPNYNV;-----GRMLPTVPNYNV--;1;1
+43;GRMLPLWPEHML;-----GRMLPLWPEHML--;1;1
+43;GRLLPTTPGQFQ;-----GRLLPTTPGQFQ--;1;1
+43;GRLLPSTPGFVG;-----GRLLPSTPGFVG--;1;1
+43;GRLLPLIPSLEK;-----GRLLPLIPSLEK--;1;1
+43;GRLLPILPGGMD;-----GRLLPILPGGMD--;1;1
+43;GRLLPDIPISDS;-----GRLLPDIPISDS--;1;1
+43;GRKLPKLPFMPG;-----GRKLPKLPFMPG--;1;1
+43;GRGLPPVPGLGS;-----GRGLPPVPGLGS--;1;1
+43;GRGLPNIPDVGV;-----GRGLPNIPDVGV--;1;1
+43;GRGLPNIPDVGE;-----GRGLPNIPDVGE--;1;1
+43;GRELPELPRSLV;-----GRELPELPRSLV--;1;1
+43;GRAWRSLPTILS;--GRAWRSLPTILS-----;1;1
+43;GRANLFRPLPFV;GRANLFRPLPFV-------;1;1
+43;GRALPTRPLAFV;-----GRALPTRPLAFV--;1;1
+43;GRALPTIPDWVG;-----GRALPTIPDWVG--;1;1
+43;GRALPITPVPNQ;-----GRALPITPVPNQ--;1;1
+43;GRALPDLSWLYS;-----GRALPDLSWLYS--;1;1
+43;GQTDRWLPAVPY;--GQTDRWLPAVPY-----;1;1
+43;GQSGRSLPSVPF;--GQSGRSLPSVPF-----;1;1
+43;GQRVLPSITVDL;----GQRVLPSITVDL---;1;1
+43;GQRVLPSIPVDL;----GQRVLPSIPVDL---;1;1
+43;GQRVLPSIPADL;----GQRVLPSIPADL---;1;1
+43;GQRVLPPIPVDL;----GQRVLPPIPVDL---;1;1
+43;GQQVLPSIPVDL;----GQQVLPSIPVDL---;1;1
+43;GQLVLPSIPVDL;----GQLVLPSIPVDL---;1;1
+43;GQLQLRPLPVIS;-GQLQLRPLPVIS------;1;1
+43;GQISRLLPVLPD;--GQISRLLPVLPD-----;1;1
+43;GPRVLPSIPVDL;----GPRVLPSIPVDL---;1;1
+43;GPRPLPSILMAW;----GPRPLPSILMAW---;1;1
+43;GPRMLPALPTLV;----GPRMLPALPTLV---;1;1
+43;GPRALPAPLKQF;----GPRALPAPLKQF---;1;1
+43;GPLWSRMLPMVD;-GPLWSRMLPMVD------;1;1
+43;GPLPVLEPSEYN;------GPLPVLEPSEYN-;1;1
+43;GPGWRPLPTVVS;--GPGWRPLPTVVS-----;1;1
+43;GPGQRTLPIIPV;--GPGQRTLPIIPV-----;1;1
+43;GPGLRGLPSIPV;--GPGLRGLPSIPV-----;1;1
+43;GNWTRDLPQIVI;--GNWTRDLPQIVI-----;1;1
+43;GNSQRPLPIQPV;--GNSQRPLPIQPV-----;1;1
+43;GNSQRPLPIQPG;--GNSQRPLPIQPG-----;1;1
+43;GNRSLPSPPYGI;----GNRSLPSPPYGI---;1;1
+43;GMLRPLPLIHNF;---GMLRPLPLIHNF----;1;1
+43;GMKNRSLPLVPL;--GMKNRSLPLVPL-----;1;1
+43;GMKNRSLPLAPL;--GMKNRSLPLAPL-----;1;1
+43;GMHPAHRALPLT;GMHPAHRALPLT-------;1;1
+43;GMHPAHRALPLI;GMHPAHRALPLI-------;1;1
+43;GMHLAHRALPLI;GMHLAHRALPLI-------;1;1
+43;GLYNRVLPDLPA;--GLYNRVLPDLPA-----;1;1
+43;GLYAPRGLPLLP;-GLYAPRGLPLLP------;1;1
+43;GLSVLRNLPIVP;-GLSVLRNLPIVP------;1;1
+43;GLSPRPLPTVPL;--GLSPRPLPTVPL-----;1;1
+43;GLRSLPFPPSAL;----GLRSLPFPPSAL---;1;1
+43;GLRELPRVPMTD;----GLRELPRVPMTD---;1;1
+43;GLRALPSFPLGS;----GLRALPSFPLGS---;1;1
+43;GLNVLRNLPTVP;-GLNVLRNLPTVP------;1;1
+43;GLNVLRNLPIVP;-GLNVLRNLPIVP------;1;1
+43;GLNVLRNLPFVP;-GLNVLRNLPFVP------;1;1
+43;GLNVLGNLPIVP;-GLNVLGNLPIVP------;1;1
+43;GLNRTLPHIPHL;---GLNRTLPHIPHL----;1;1
+43;GLNALRNLPIVP;-GLNALRNLPIVP------;1;1
+43;GLLTRGLPSLPG;--GLLTRGLPSLPG-----;1;1
+43;GLLPDTPWFYLS;------GLLPDTPWFYLS-;1;1
+43;GLLGSRGLPGLP;-GLLGSRGLPGLP------;1;1
+43;GLLGSRGLPGLL;-GLLGSRGLPGLL------;1;1
+43;GLHRPLPMPAGL;---GLHRPLPMPAGL----;1;1
+43;GLGSRVLPQLSF;--GLGSRVLPQLSF-----;1;1
+43;GLGRRTLPIIPV;--GLGRRTLPIIPV-----;1;1
+43;GLGQRTLPIIPV;--GLGQRTLPIIPV-----;1;1
+43;GLGQRTLPIILV;--GLGQRTLPIILV-----;1;1
+43;GLGKRTLPIIPV;--GLGKRTLPIIPV-----;1;1
+43;GLGFGRHLPPIL;-GLGFGRHLPPIL------;1;1
+43;GLFRRSLPPTPW;--GLFRRSLPPTPW-----;1;1
+43;GLFNRPLPRLLV;--GLFNRPLPRLLV-----;1;1
+43;GLFNRPLPRLLA;--GLFNRPLPRLLA-----;1;1
+43;GLEFRSLPYVVS;--GLEFRSLPYVVS-----;1;1
+43;GLDVLRNLPIVP;-GLDVLRNLPIVP------;1;1
+43;GLDVAYRPLPPI;GLDVAYRPLPPI-------;1;1
+43;GLDQRTLPIIPV;--GLDQRTLPIIPV-----;1;1
+43;GLAVLRVLPDLP;-GLAVLRVLPDLP------;1;1
+43;GKRRLPSLSYFV;----GKRRLPSLSYFV---;1;1
+43;GKRRLPQVPFHM;----GKRRLPQVPFHM---;1;1
+43;GKRRLPMVLTLF;----GKRRLPMVLTLF---;1;1
+43;GKLPPTPNVMSV;------GKLPPTPNVMSV-;1;1
+43;GIRSLPALPGLN;----GIRSLPALPGLN---;1;1
+43;GIRSLPALLGLN;----GIRSLPALLGLN---;1;1
+43;GIPRPLPDPWSV;---GIPRPLPDPWSV----;1;1
+43;GHRLPLVPTRAI;-----GHRLPLVPTRAI--;1;1
+43;GHILPKREWVSV;-----GHILPKREWVSV--;1;1
+43;GGYERALPSISM;--GGYERALPSISM-----;1;1
+43;GGYERALPSIRM;--GGYERALPSIRM-----;1;1
+43;GGYERALPSIQM;--GGYERALPSIQM-----;1;1
+43;GGYERALPSIPM;--GGYERALPSIPM-----;1;1
+43;GGWRYRALPFTP;-GGWRYRALPFTP------;1;1
+43;GGWRDRALPFTP;-GGWRDRALPFTP------;1;1
+43;GGSGRFLPSIPS;--GGSGRFLPSIPS-----;1;1
+43;GGRRLPPMPVSI;----GGRRLPPMPVSI---;1;1
+43;GGRLAFRNLPAL;GGRLAFRNLPAL-------;1;1
+43;GGQHRRLPLVVI;--GGQHRRLPLVVI-----;1;1
+43;GGMMRALPFIHT;--GGMMRALPFIHT-----;1;1
+43;GGKRELPGVPLL;---GGKRELPGVPLL----;1;1
+43;GGEWRPLPEFPL;--GGEWRPLPEFPL-----;1;1
+43;GFTRALPMVQVY;---GFTRALPMVQVY----;1;1
+43;GFSMRPLPRVDL;--GFSMRPLPRVDL-----;1;1
+43;GFRVLPQVPMSL;----GFRVLPQVPMSL---;1;1
+43;GFRLVYRELPIV;GFRLVYRELPIV-------;1;1
+43;GAWTRALPGIPS;--GAWTRALPGIPS-----;1;1
+43;GAWTRALHGIPS;--GAWTRALHGIPS-----;1;1
+43;GARVLPAPPIST;----GARVLPAPPIST---;1;1
+43;GARVLPAPPINT;----GARVLPAPPINT---;1;1
+43;GALPSVPYNAPY;------GALPSVPYNAPY-;1;1
+43;GALPGVPSHEIV;------GALPGVPSHEIV-;1;1
+43;GAIPRFLPPIPH;--GAIPRFLPPIPH-----;1;1
+43;GAGRSLPGVPYV;---GAGRSLPGVPYV----;1;1
+43;FYPRPLPPVNVE;---FYPRPLPPVNVE----;1;1
+43;FYNRPLPVHVVY;---FYNRPLPVHVVY----;1;1
+43;FYIGRKLPLVNF;--FYIGRKLPLVNF-----;1;1
+43;FWRVSERSLPVI;FWRVSERSLPVI-------;1;1
+43;FWLGRTLPSVPS;--FWLGRTLPSVPS-----;1;1
+43;FTVKRSLPEIPL;--FTVKRSLPEIPL-----;1;1
+43;FTVKRSLPEIPF;--FTVKRSLPEIPF-----;1;1
+43;FSWRPLPGTQAV;---FSWRPLPGTQAV----;1;1
+43;FSWRPLPGIQAV;---FSWRPLPGIQAV----;1;1
+43;FSVRGLPNIPTQ;---FSVRGLPNIPTQ----;1;1
+43;FSTSRGLPHVPM;--FSTSRGLPHVPM-----;1;1
+43;FSRNMLPSVPGF;---FSRNMLPSVPGF----;1;1
+43;FSNRKLPRLPGT;---FSNRKLPRLPGT----;1;1
+43;FSLSTRSLPWVE;-FSLSTRSLPWVE------;1;1
+43;FSGLPRALPEDP;-FSGLPRALPEDP------;1;1
+43;FRWRSLPALDYI;---FRWRSLPALDYI----;1;1
+43;FRRGLPIISSVV;----FRRGLPIISSVV---;1;1
+43;FRPLPQLTTEIR;-----FRPLPQLTTEIR--;1;1
+43;FRPLPQAPWVVI;-----FRPLPQAPWVVI--;1;1
+43;FRPLPAPAYSFG;-----FRPLPAPAYSFG--;1;1
+43;FRLRPLPAVYHA;---FRLRPLPAVYHA----;1;1
+43;FRILPVIPFSPM;-----FRILPVIPFSPM--;1;1
+43;FRGVARRLPAII;-FRGVARRLPAII------;1;1
+43;FRGALPAPPMWI;----FRGALPAPPMWI---;1;1
+43;FRALPRVPVYVL;-----FRALPRVPVYVL--;1;1
+43;FRALPRVPIYVL;-----FRALPRVPIYVL--;1;1
+43;FRALPELPWSVV;-----FRALPELPWSVV--;1;1
+43;FRALPELPWSAV;-----FRALPELPWSAV--;1;1
+43;FPVRALPSIVDW;---FPVRALPSIVDW----;1;1
+43;FPVRALPSIVDL;---FPVRALPSIVDL----;1;1
+43;FLYHRQLPMLPR;--FLYHRQLPMLPR-----;1;1
+43;FLRFRELPGFSV;--FLRFRELPGFSV-----;1;1
+43;FLKNRPLPVAWF;--FLKNRPLPVAWF-----;1;1
+43;FLKNRPLPVARF;--FLKNRPLPVARF-----;1;1
+43;FLFRSLPDAPYG;---FLFRSLPDAPYG----;1;1
+43;FLATRTLPVPYL;--FLATRTLPVPYL-----;1;1
+43;FLATRALPVPYL;--FLATRALPVPYL-----;1;1
+43;FHSAMRRLPALL;-FHSAMRRLPALL------;1;1
+43;FHRPLPNTDWSA;----FHRPLPNTDWSA---;1;1
+43;FHRPLPNIDWST;----FHRPLPNIDWST---;1;1
+43;FHRPLPNIDWSA;----FHRPLPNIDWSA---;1;1
+43;FGVRPLPTVEFG;---FGVRPLPTVEFG----;1;1
+43;FGRWRSLIPVPL;--FGRWRSLIPVPL-----;1;1
+43;FGRWRSLIPGPL;--FGRWRSLIPGPL-----;1;1
+43;FGRVFNRTLPLV;FGRVFNRTLPLV-------;1;1
+43;FGRSNVLLPAVP;-FGRSNVLLPAVP------;1;1
+43;FGRSNVLLPAIP;-FGRSNVLLPAIP------;1;1
+43;FGRPLPPIVYGQ;----FGRPLPPIVYGQ---;1;1
+43;FGRALPVLPVVT;----FGRALPVLPVVT---;1;1
+43;FGPRNRALPIIQ;-FGPRNRALPIIQ------;1;1
+43;FGPLPPIPGNAP;-----FGPLPPIPGNAP--;1;1
+43;FGPLPLIPGSAP;-----FGPLPLIPGSAP--;1;1
+43;FGPLPLIPGNVP;-----FGPLPLIPGNVP--;1;1
+43;FGPLPLIPGNAP;-----FGPLPLIPGNAP--;1;1
+43;FGNTRPLPALSL;--FGNTRPLPALSL-----;1;1
+43;FGLRPLPAVYHA;---FGLRPLPAVYHA----;1;1
+43;FGGNGNRPLPWL;FGGNGNRPLPWL-------;1;1
+43;FEVMRLLPSVPG;--FEVMRLLPSVPG-----;1;1
+43;FAVKRSLPEIPL;--FAVKRSLPEIPL-----;1;1
+43;FAQRYRQLPPIV;-FAQRYRQLPPIV------;1;1
+43;EWLKYRTLPVIL;-EWLKYRTLPVIL------;1;1
+43;EVRALPQLPVVQ;----EVRALPQLPVVQ---;1;1
+43;ESYRGLPDVPHV;---ESYRGLPDVPHV----;1;1
+43;ERWRALPDIPVQ;---ERWRALPDIPVQ----;1;1
+43;ERWRALPDIPVH;---ERWRALPDIPVH----;1;1
+43;ERWRALPDIPAH;---ERWRALPDIPAH----;1;1
+43;ERWRALADIPVH;---ERWRALADIPVH----;1;1
+43;ERWGALPDIPVH;---ERWGALPDIPVH----;1;1
+43;ERSLPVRPSVHV;-----ERSLPVRPSVHV--;1;1
+43;ERPLPMWPNHLL;-----ERPLPMWPNHLL--;1;1
+43;ERGLPSIPHELW;-----ERGLPSIPHELW--;1;1
+43;ERAFRELPVRPW;--ERAFRELPVRPW-----;1;1
+43;ENKWNALPALPV;--ENKWNALPALPV-----;1;1
+43;EMRVLPRVPTEF;----EMRVLPRVPTEF---;1;1
+43;ELSVLRNLPIVP;-ELSVLRNLPIVP------;1;1
+43;ELAVRKLPELAF;--ELAVRKLPELAF-----;1;1
+43;EGRSLPAVPEFK;----EGRSLPAVPEFK---;1;1
+43;EGANRYLPMVPL;--EGANRYLPMVPL-----;1;1
+43;DSVRILPEPPLI;---DSVRILPEPPLI----;1;1
+43;DRALPAFPASGV;-----DRALPAFPASGV--;1;1
+43;DLYATRGLPLLP;-DLYATRGLPLLP------;1;1
+43;DLYAPRGLPLPP;-DLYAPRGLPLPP------;1;1
+43;DLYAPRGLPLLP;-DLYAPRGLPLLP------;1;1
+43;DLYAPRGLPFLP;-DLYAPRGLPFLP------;1;1
+43;DLVRGLPPTPAV;---DLVRGLPPTPAV----;1;1
+43;DFRLLPSVPGEV;----DFRLLPSVPGEV---;1;1
+43;DELVRNLPSVPW;--DELVRNLPSVPW-----;1;1
+43;DDGVRPLPVLPS;--DDGVRPLPVLPS-----;1;1
+43;AYRFLPAVPGDQ;----AYRFLPAVPGDQ---;1;1
+43;AYRELPRLPLAW;----AYRELPRLPLAW---;1;1
+43;AWMKTRALPDLI;-AWMKTRALPDLI------;1;1
+43;AVNISRFLPALP;-AVNISRFLPALP------;1;1
+43;AVFRMLPALPSW;---AVFRMLPALPSW----;1;1
+43;ATALAGRVLPIV;ATALAGRVLPIV-------;1;1
+43;ASRRLPSRPVAV;----ASRRLPSRPVAV---;1;1
+43;ASNLGRSLPPVV;-ASNLGRSLPPVV------;1;1
+43;ASNLGRLLPPVV;-ASNLGRLLPPVV------;1;1
+43;ASMFQRELPVVP;-ASMFQRELPVVP------;1;1
+43;ARVLPSIPSIHY;-----ARVLPSIPSIHY--;1;1
+43;ARSWAQLPTLPI;--ARSWAQLPTLPI-----;1;1
+43;ARSLPLLPVDSM;-----ARSLPLLPVDSM--;1;1
+43;ARSAYRILPSIV;-ARSAYRILPSIV------;1;1
+43;ARRSLPLIPYRV;----ARRSLPLIPYRV---;1;1
+43;ARRPLPWPFLLV;----ARRPLPWPFLLV---;1;1
+43;ARRLPSLPAFEW;-----ARRLPSLPAFEW--;1;1
+43;ARPLPHLLSDSL;-----ARPLPHLLSDSL--;1;1
+43;ARMLPMVPSIAL;-----ARMLPMVPSIAL--;1;1
+43;ARLLPNIPAPSE;-----ARLLPNIPAPSE--;1;1
+43;ARKLPRLPFTQD;-----ARKLPRLPFTQD--;1;1
+43;ARILPSIPMHIE;-----ARILPSIPMHIE--;1;1
+43;ARGLPLTPFEYS;-----ARGLPLTPFEYS--;1;1
+43;ARGLPDLPWELP;-----ARGLPDLPWELP--;1;1
+43;ARASPQVPLGRI;-----ARASPQVPLGRI--;1;1
+43;ARALPQVPSGRI;-----ARALPQVPSGRI--;1;1
+43;ARALPQVPLSRI;-----ARALPQVPLSRI--;1;1
+43;ARALPQVPLGRI;-----ARALPQVPLGRI--;1;1
+43;ARALPPVPLGRI;-----ARALPPVPLGRI--;1;1
+43;ARALPIVPSMGE;-----ARALPIVPSMGE--;1;1
+43;AQRVLPSIPVDL;----AQRVLPSIPVDL---;1;1
+43;AQLPDIPLHGVL;------AQLPDIPLHGVL-;1;1
+43;APWRALPDVPAG;---APWRALPDVPAG----;1;1
+43;APWGRPLPELMS;--APWGRPLPELMS-----;1;1
+43;APRPLPYLNQYS;----APRPLPYLNQYS---;1;1
+43;AMTHERPLPIVG;-AMTHERPLPIVG------;1;1
+43;AMIHERPLPIVG;-AMIHERPLPIVG------;1;1
+43;AMIHERPLPIAG;-AMIHERPLPIAG------;1;1
+43;ALVYSRALPVIP;-ALVYSRALPVIP------;1;1
+43;ALLSRDLPAVPG;--ALLSRDLPAVPG-----;1;1
+43;ALLSRDLPAGPG;--ALLSRDLPAGPG-----;1;1
+43;ALLSGRPLPEFP;-ALLSGRPLPEFP------;1;1
+43;AKSRPLPMVGLV;---AKSRPLPMVGLV----;1;1
+43;AKRRLPLVVSLL;----AKRRLPLVVSLL---;1;1
+43;AHSLASRVLPTI;AHSLASRVLPTI-------;1;1
+43;AHLRALPMPLGA;---AHLRALPMPLGA----;1;1
+43;AGRALPDLLWVS;----AGRALPDLLWVS---;1;1
+43;AGQARTLPAIVV;--AGQARTLPAIVV-----;1;1
+43;AGLGPLPDVPNM;---AGLGPLPDVPNM----;1;1
+43;AFMYRGLPVVPG;--AFMYRGLPVVPG-----;1;1
+43;AFMYRGLPVAPG;--AFMYRGLPVAPG-----;1;1
+43;AFGYVRPLPLVV;-AFGYVRPLPLVV------;1;1
+43;ADLRWRKLPVFW;-ADLRWRKLPVFW------;1;1
+43;AAMRDLPAWPVS;---AAMRDLPAWPVS----;1;1
+43;AAMRDLPARPVS;---AAMRDLPARPVS----;1;1
+43;AAMRDLPARPGS;---AAMRDLPARPGS----;1;1
+43;AAMFLRPLPAVQ;-AAMFLRPLPAVQ------;1;1
+51;YQGAPDVPVRVI;--YQGAPDVPVRVI----;1;1
+51;YPALPPRLGLAL;-----YPALPPRLGLAL-;1;1
+51;YMPALPSRNWGP;----YMPALPSRNWGP--;1;1
+51;YAPVPPVRNQLK;----YAPVPPVRNQLK--;1;1
+51;YAPVPPVRNQLG;----YAPVPPVRNQLG--;1;1
+51;YAPVPPVRNQLE;----YAPVPPVRNQLE--;1;1
+51;YAPMLPTRYVGE;----YAPMLPTRYVGE--;1;1
+51;WYAGPSLPLRML;--WYAGPSLPLRML----;1;1
+51;WRPLLPPGNAMS;----WRPLLPPGNAMS--;1;1
+51;WLSLPIRNAISI;-----WLSLPIRNAISI-;1;1
+51;WGGPALPGRSLV;---WGGPALPGRSLV---;1;1
+51;WDPPAVPSRLMI;---WDPPAVPSRLMI---;1;1
+51;WAPLLPYRGTDE;----WAPLLPYRGTDE--;1;1
+51;WALPVIPNQTVE;---WALPVIPNQTVE---;1;1
+51;VVTGPILPSRLV;--VVTGPILPSRLV----;1;1
+51;VVPVLPNRNEVW;----VVPVLPNRNEVW--;1;1
+51;VSWAPKLPFRAL;--VSWAPKLPFRAL----;1;1
+51;VSVPLLPNYNTS;---VSVPLLPNYNTS---;1;1
+51;VSGAPLLPMANY;--VSGAPLLPMANY----;1;1
+51;VSAVPDLPVWTM;--VSAVPDLPVWTM----;1;1
+51;VSATIPELPPRG;-VSATIPELPPRG-----;1;1
+51;VSAIIPELPPRG;-VSAIIPELPPRG-----;1;1
+51;VRPLLPVRNEVV;----VRPLLPVRNEVV--;1;1
+51;VQLLPIRNGTVN;-----VQLLPIRNGTVN-;1;1
+51;VPSLPIRNGTVN;-----VPSLPIRNGTVN-;1;1
+51;VPPVPARSHGVF;-----VPPVPARSHGVF-;1;1
+51;VPLLTIRNGTVN;-----VPLLTIRNGTVN-;1;1
+51;VPLLQIRNGTVN;-----VPLLQIRNGTVN-;1;1
+51;VPLLPVRNGTVN;-----VPLLPVRNGTVN-;1;1
+51;VPLLPTRNGTVN;-----VPLLPTRNGTVN-;1;1
+51;VPLLPRPNVVSI;-----VPLLPRPNVVSI-;1;1
+51;VPLLPIRSGTVN;-----VPLLPIRSGTVN-;1;1
+51;VPLLPIRNWTVN;-----VPLLPIRNWTVN-;1;1
+51;VPLLPIRNVTVN;-----VPLLPIRNVTVN-;1;1
+51;VPLLPIRNRTVN;-----VPLLPIRNRTVN-;1;1
+51;VPLLPIRNGTVS;-----VPLLPIRNGTVS-;1;1
+51;VPLLPIRNGTVN;-----VPLLPIRNGTVN-;1;1
+51;VPLLPIRNGTGN;-----VPLLPIRNGTGN-;1;1
+51;VPLLPIRNGTAN;-----VPLLPIRNGTAN-;1;1
+51;VPLLPIRNGIVN;-----VPLLPIRNGIVN-;1;1
+51;VPLLPIRNGAVN;-----VPLLPIRNGAVN-;1;1
+51;VPLLPILNGTVN;-----VPLLPILNGTVN-;1;1
+51;VPLLPIHNGTVN;-----VPLLPIHNGTVN-;1;1
+51;VPLLLIRNGTVN;-----VPLLLIRNGTVN-;1;1
+51;VPKVPPRFANYL;-----VPKVPPRFANYL-;1;1
+51;VPELPDRYKVIA;-----VPELPDRYKVIA-;1;1
+51;VNRPRVPDRNMV;---VNRPRVPDRNMV---;1;1
+51;VNLVDLPTRNVV;---VNLVDLPTRNVV---;1;1
+51;VNGPALPFRLLV;---VNGPALPFRLLV---;1;1
+51;VMVPSLPTYNNY;---VMVPSLPTYNNY---;1;1
+51;VMFPSLPTYNNY;---VMFPSLPTYNNY---;1;1
+51;VLVDVAPPLPVR;VLVDVAPPLPVR------;1;1
+51;VLRPELPSRNMV;---VLRPELPSRNMV---;1;1
+51;VLPKLPGRLLVY;----VLPKLPGRLLVY--;1;1
+51;VLLPVRNNIAYY;------VLLPVRNNIAYY;1;1
+51;VLLLPIRNGTVN;-----VLLLPIRNGTVN-;1;1
+51;VKMRLPARNVYA;----VKMRLPARNVYA--;1;1
+51;VGVPLPARSLAL;----VGVPLPARSLAL--;1;1
+51;VGVPLPARNLAL;----VGVPLPARNLAL--;1;1
+51;VGPKLPGRAFVT;----VGPKLPGRAFVT--;1;1
+51;VGPIVPWRQALI;----VGPIVPWRQALI--;1;1
+51;VGPALPPRAGLI;----VGPALPPRAGLI--;1;1
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+51;LMVPALPDWNWN;---LMVPALPDWNWN---;1;1
+51;LMVPALPDWNWK;---LMVPALPDWNWK---;1;1
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+51;LITPKLPARIGY;---LITPKLPARIGY---;1;1
+51;LGHPLLPVRNAV;---LGHPLLPVRNAV---;1;1
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+51;LAVPTRPSLPWT;LAVPTRPSLPWT------;1;1
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+51;GYPNLPARSVYL;----GYPNLPARSVYL--;1;1
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+51;GVTLLLPARNLY;---GVTLLLPARNLY---;1;1
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+51;GSPDLPSRNVSV;----GSPDLPSRNVSV--;1;1
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+51;GRPLLPVRNLGM;----GRPLLPVRNLGM--;1;1
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+51;GDKPMVPARAFL;---GDKPMVPARAFL---;1;1
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+51;DLRPRLPARWMI;---DLRPRLPARWMI---;1;1
+51;DLRPRLPARWGI;---DLRPRLPARWGI---;1;1
+51;DLGPLLPSRNVS;---DLGPLLPSRNVS---;1;1
+51;DLAPLLPSRNVS;---DLAPLLPSRNVS---;1;1
+51;DGPKLPPWNVSL;----DGPKLPPWNVSL--;1;1
+51;DGAPSLPVWNVV;---DGAPSLPVWNVV---;1;1
+51;DGAPPLPVWNVV;---DGAPPLPVWNVV---;1;1
+51;AYPPYLPSRFLL;---AYPPYLPSRFLL---;1;1
+51;AVPTIPQRNYVL;----AVPTIPQRNYVL--;1;1
+51;ARPPLPGYNKAM;----ARPPLPGYNKAM--;1;1
+51;ARLPARNAAYLV;------ARLPARNAAYLV;1;1
+51;APVLPFREQLLL;-----APVLPFREQLLL-;1;1
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+51;APRLPGRSLAMV;-----APRLPGRSLAMV-;1;1
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+51;ALVDVAPPLPVR;ALVDVAPPLPVR------;1;1
+51;ALLVPSLPPWLW;--ALLVPSLPPWLW----;1;1
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+51;AFAGPPILPARI;-AFAGPPILPARI-----;1;1
+51;AALPKLPFRNMT;---AALPKLPFRNMT---;1;1
+51;AALAPATPRRAL;--AALAPATPRRAL----;1;1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Fri Jun 23 06:33:16 2017 -0400
@@ -0,0 +1,116 @@
+
+
+
+
+
+
+ http://www.clustal.org/omega/clustalo-1.2.0-Ubuntu-x86_64
+ chmod 755 clustalo-1.2.0-Ubuntu-x86_64
+
+ clustalo-1.2.0-Ubuntu-x86_64
+ $INSTALL_DIR
+
+ sed -i "s%#clustalOmegaCommand=%clustalOmegaCommand=$INSTALL_DIR/clustalo-1.2.0-Ubuntu-x86_64%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+
+
+ http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.2.0-macosx
+ chmod 755 clustalo-1.2.0-Ubuntu-x86_64
+
+ clustalo-1.2.0-Ubuntu-x86_64
+ $INSTALL_DIR
+
+ sed -i "s%#clustalOmegaCommand=%clustalOmegaCommand=$INSTALL_DIR/clustalo-1.2.0-Ubuntu-x86_64%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64.tar.gz
+
+ binaries/hmmbuild
+ $INSTALL_DIR
+
+
+ binaries/hmmsearch
+ $INSTALL_DIR
+
+ sed -i "s%#hmmbuildCommand=%hmmbuildCommand=$INSTALL_DIR/hmmbuild%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+ sed -i "s%#hmmsearchCommand=%hmmsearchCommand=$INSTALL_DIR/hmmsearch%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+
+
+ http://selab.janelia.org/software/hmmer3/3.1b1/hmmer-3.1b1-macosx-intel.tar.gz
+
+ binaries/hmmbuild
+ $INSTALL_DIR
+
+
+ binaries/hmmsearch
+ $INSTALL_DIR
+
+ sed -i "s%#hmmbuildCommand=%hmmbuildCommand=$INSTALL_DIR/hmmbuild%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+ sed -i "s%#hmmsearchCommand=%hmmsearchCommand=$INSTALL_DIR/hmmsearch%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ http://wwwuser.gwdg.de/~compbiol/data/hhsuite/releases/all/hhsuite-2.0.16-linux-x86_64.tar.gz
+
+ bin/hhmake
+ $INSTALL_DIR
+
+
+ bin/hhsearch
+ $INSTALL_DIR
+
+
+ lib
+ $INSTALL_DIR
+
+ sed -i "s%#hhmakeCommand=%hhmakeCommand=$INSTALL_DIR/hhmake%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+ sed -i "s%#hhsearchCommand=%hhsearchCommand=$INSTALL_DIR/hhsearch%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+ sed -i "s%#reformatCommand=%reformatCommand=$INSTALL_DIR/lib/hh/scripts/reformat.pl%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+
+ $INSTALL_DIR/lib/hh
+
+
+
+ ftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/releases/hhsuite-2.0.16-macosx.tar.gz
+
+ bin/hhmake
+ $INSTALL_DIR
+
+
+ bin/hhsearch
+ $INSTALL_DIR
+
+
+ lib
+ $INSTALL_DIR
+
+ sed -i "s%#hhmakeCommand=%hhmakeCommand=$INSTALL_DIR/hhmake%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+ sed -i "s%#hhsearchCommand=%hhsearchCommand=$INSTALL_DIR/hhsearch%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+ sed -i "s%#reformatCommand=%reformatCommand=$INSTALL_DIR/lib/hh/scripts/reformat.pl%g" $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/settings/settings.prop
+
+ $INSTALL_DIR/lib/hh
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/dist/Hammock.jar
+ $REPOSITORY_INSTALL_DIR/Hammock/matrices/
+
+
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/dist/Hammock.jar
Binary file v.1.1.0/Hammock/dist/Hammock.jar has changed
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum100.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum100.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum100_3.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 100
-# Entropy = 1.4516, Expected = -1.0948
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 8 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -1 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -2 1 -1 -6 -5 -2 -4 -2 -2 -10
-R -3 10 -2 -5 -8 0 -2 -6 -1 -7 -6 3 -4 -6 -5 -3 -3 -7 -5 -6 -4 -1 -3 -10
-N -4 -2 11 1 -5 -1 -2 -2 0 -7 -7 -1 -5 -7 -5 0 -1 -8 -5 -7 5 -2 -3 -10
-D -5 -5 1 10 -8 -2 2 -4 -3 -8 -8 -3 -8 -8 -5 -2 -4 -10 -7 -8 6 0 -4 -10
-C -2 -8 -5 -8 14 -7 -9 -7 -8 -3 -5 -8 -4 -4 -8 -3 -3 -7 -6 -3 -7 -8 -5 -10
-Q -2 0 -1 -2 -7 11 2 -5 1 -6 -5 2 -2 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 -2 5 -2 -10
-E -3 -2 -2 2 -9 2 10 -6 -2 -7 -7 0 -5 -8 -4 -2 -3 -8 -7 -5 0 7 -3 -10
-G -1 -6 -2 -4 -7 -5 -6 9 -6 -9 -8 -5 -7 -8 -6 -2 -5 -7 -8 -8 -3 -5 -4 -10
-H -4 -1 0 -3 -8 1 -2 -6 13 -7 -6 -3 -5 -4 -5 -3 -4 -5 1 -7 -2 -1 -4 -10
-I -4 -7 -7 -8 -3 -6 -7 -9 -7 8 2 -6 1 -2 -7 -5 -3 -6 -4 4 -8 -7 -3 -10
-L -4 -6 -7 -8 -5 -5 -7 -8 -6 2 8 -6 3 0 -7 -6 -4 -5 -4 0 -8 -6 -3 -10
-K -2 3 -1 -3 -8 2 0 -5 -3 -6 -6 10 -4 -6 -3 -2 -3 -8 -5 -5 -2 0 -3 -10
-M -3 -4 -5 -8 -4 -2 -5 -7 -5 1 3 -4 12 -1 -5 -4 -2 -4 -5 0 -7 -4 -3 -10
-F -5 -6 -7 -8 -4 -6 -8 -8 -4 -2 0 -6 -1 11 -7 -5 -5 0 4 -3 -7 -7 -4 -10
-P -2 -5 -5 -5 -8 -4 -4 -6 -5 -7 -7 -3 -5 -7 12 -3 -4 -8 -7 -6 -5 -4 -4 -10
-S 1 -3 0 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -5 -6 -2 -4 -5 -3 9 2 -7 -5 -4 -1 -2 -2 -10
-T -1 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -2 -5 -4 2 9 -7 -5 -1 -2 -3 -2 -10
-W -6 -7 -8 -10 -7 -5 -8 -7 -5 -6 -5 -8 -4 0 -8 -7 -7 17 2 -5 -9 -7 -6 -10
-Y -5 -5 -5 -7 -6 -4 -7 -8 1 -4 -4 -5 -5 4 -7 -5 -5 2 12 -5 -6 -6 -4 -10
-V -2 -6 -7 -8 -3 -5 -5 -8 -7 4 0 -5 0 -3 -6 -4 -1 -5 -5 8 -7 -5 -3 -10
-B -4 -4 5 6 -7 -2 0 -3 -2 -8 -8 -2 -7 -7 -5 -1 -2 -9 -6 -7 6 0 -4 -10
-Z -2 -1 -2 0 -8 5 7 -5 -1 -7 -6 0 -4 -7 -4 -2 -3 -7 -6 -5 0 6 -2 -10
-X -2 -3 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -2 -6 -4 -3 -4 -2 -3 -10
-* -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum30.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum30.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum30.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/5 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 30
-# Entropy = 0.1424, Expected = -0.1074
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 4 -1 0 0 -3 1 0 0 -2 0 -1 0 1 -2 -1 1 1 -5 -4 1 0 0 0 -7
-R -1 8 -2 -1 -2 3 -1 -2 -1 -3 -2 1 0 -1 -1 -1 -3 0 0 -1 -2 0 -1 -7
-N 0 -2 8 1 -1 -1 -1 0 -1 0 -2 0 0 -1 -3 0 1 -7 -4 -2 4 -1 0 -7
-D 0 -1 1 9 -3 -1 1 -1 -2 -4 -1 0 -3 -5 -1 0 -1 -4 -1 -2 5 0 -1 -7
-C -3 -2 -1 -3 17 -2 1 -4 -5 -2 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -6 -2 -2 0 -2 -7
-Q 1 3 -1 -1 -2 8 2 -2 0 -2 -2 0 -1 -3 0 -1 0 -1 -1 -3 -1 4 0 -7
-E 0 -1 -1 1 1 2 6 -2 0 -3 -1 2 -1 -4 1 0 -2 -1 -2 -3 0 5 -1 -7
-G 0 -2 0 -1 -4 -2 -2 8 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -1 0 -2 1 -3 -3 0 -2 -1 -7
-H -2 -1 -1 -2 -5 0 0 -3 14 -2 -1 -2 2 -3 1 -1 -2 -5 0 -3 -2 0 -1 -7
-I 0 -3 0 -4 -2 -2 -3 -1 -2 6 2 -2 1 0 -3 -1 0 -3 -1 4 -2 -3 0 -7
-L -1 -2 -2 -1 0 -2 -1 -2 -1 2 4 -2 2 2 -3 -2 0 -2 3 1 -1 -1 0 -7
-K 0 1 0 0 -3 0 2 -1 -2 -2 -2 4 2 -1 1 0 -1 -2 -1 -2 0 1 0 -7
-M 1 0 0 -3 -2 -1 -1 -2 2 1 2 2 6 -2 -4 -2 0 -3 -1 0 -2 -1 0 -7
-F -2 -1 -1 -5 -3 -3 -4 -3 -3 0 2 -1 -2 10 -4 -1 -2 1 3 1 -3 -4 -1 -7
-P -1 -1 -3 -1 -3 0 1 -1 1 -3 -3 1 -4 -4 11 -1 0 -3 -2 -4 -2 0 -1 -7
-S 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 -1 -2 0 -2 -1 -1 4 2 -3 -2 -1 0 -1 0 -7
-T 1 -3 1 -1 -2 0 -2 -2 -2 0 0 -1 0 -2 0 2 5 -5 -1 1 0 -1 0 -7
-W -5 0 -7 -4 -2 -1 -1 1 -5 -3 -2 -2 -3 1 -3 -3 -5 20 5 -3 -5 -1 -2 -7
-Y -4 0 -4 -1 -6 -1 -2 -3 0 -1 3 -1 -1 3 -2 -2 -1 5 9 1 -3 -2 -1 -7
-V 1 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -3 4 1 -2 0 1 -4 -1 1 -3 1 5 -2 -3 0 -7
-B 0 -2 4 5 -2 -1 0 0 -2 -2 -1 0 -2 -3 -2 0 0 -5 -3 -2 5 0 -1 -7
-Z 0 0 -1 0 0 4 5 -2 0 -3 -1 1 -1 -4 0 -1 -1 -1 -2 -3 0 4 0 -7
-X 0 -1 0 -1 -2 0 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 0 0 -2 -1 0 -1 0 -1 -7
-* -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum35.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum35.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum35.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 35
-# Entropy = 0.2111, Expected = -0.1550
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 5 -1 -1 -1 -2 0 -1 0 -2 -1 -2 0 0 -2 -2 1 0 -2 -1 0 -1 -1 0 -5
-R -1 8 -1 -1 -3 2 -1 -2 -1 -3 -2 2 0 -1 -2 -1 -2 0 0 -1 -1 0 -1 -5
-N -1 -1 7 1 -1 1 -1 1 1 -1 -2 0 -1 -1 -2 0 0 -2 -2 -2 4 0 0 -5
-D -1 -1 1 8 -3 -1 2 -2 0 -3 -2 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -2 5 1 -1 -5
-C -2 -3 -1 -3 15 -3 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -4 -3 -1 -5 -5 -2 -2 -2 -2 -5
-Q 0 2 1 -1 -3 7 2 -2 -1 -2 -2 0 -1 -4 0 0 0 -1 0 -3 0 4 -1 -5
-E -1 -1 -1 2 -1 2 6 -2 -1 -3 -1 1 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 0 5 -1 -5
-G 0 -2 1 -2 -3 -2 -2 7 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 1 -2 -1 -2 -3 0 -2 -1 -5
-H -2 -1 1 0 -4 -1 -1 -2 12 -3 -2 -2 1 -3 -1 -1 -2 -4 0 -4 0 -1 -1 -5
-I -1 -3 -1 -3 -4 -2 -3 -3 -3 5 2 -2 1 1 -1 -2 -1 -1 0 4 -2 -3 0 -5
-L -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -2 2 5 -2 3 2 -3 -2 0 0 0 2 -2 -2 0 -5
-K 0 2 0 -1 -2 0 1 -1 -2 -2 -2 5 0 -1 0 0 0 0 -1 -2 0 1 0 -5
-M 0 0 -1 -3 -4 -1 -2 -1 1 1 3 0 6 0 -3 -1 0 1 0 1 -2 -2 0 -5
-F -2 -1 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 1 2 -1 0 8 -4 -1 -1 1 3 1 -2 -3 -1 -5
-P -2 -2 -2 -1 -4 0 0 -2 -1 -1 -3 0 -3 -4 10 -2 0 -4 -3 -3 -1 0 -1 -5
-S 1 -1 0 -1 -3 0 0 1 -1 -2 -2 0 -1 -1 -2 4 2 -2 -1 -1 0 0 0 -5
-T 0 -2 0 -1 -1 0 -1 -2 -2 -1 0 0 0 -1 0 2 5 -2 -2 1 -1 -1 0 -5
-W -2 0 -2 -3 -5 -1 -1 -1 -4 -1 0 0 1 1 -4 -2 -2 16 3 -2 -3 -1 -1 -5
-Y -1 0 -2 -2 -5 0 -1 -2 0 0 0 -1 0 3 -3 -1 -2 3 8 0 -2 -1 -1 -5
-V 0 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -4 4 2 -2 1 1 -3 -1 1 -2 0 5 -2 -2 0 -5
-B -1 -1 4 5 -2 0 0 0 0 -2 -2 0 -2 -2 -1 0 -1 -3 -2 -2 5 0 -1 -5
-Z -1 0 0 1 -2 4 5 -2 -1 -3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 0 4 0 -5
-X 0 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 0 0 -1 -1 0 -1 0 -1 -5
-* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum40.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum40.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum40.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 40
-# Entropy = 0.2851, Expected = -0.2090
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 5 -2 -1 -1 -2 0 -1 1 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 0 -3 -2 0 -1 -1 0 -6
-R -2 9 0 -1 -3 2 -1 -3 0 -3 -2 3 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1 0 -1 -6
-N -1 0 8 2 -2 1 -1 0 1 -2 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -6
-D -1 -1 2 9 -2 -1 2 -2 0 -4 -3 0 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -3 6 1 -1 -6
-C -2 -3 -2 -2 16 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -5 -1 -1 -6 -4 -2 -2 -3 -2 -6
-Q 0 2 1 -1 -4 8 2 -2 0 -3 -2 1 -1 -4 -2 1 -1 -1 -1 -3 0 4 -1 -6
-E -1 -1 -1 2 -2 2 7 -3 0 -4 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -2 -2 -3 1 5 -1 -6
-G 1 -3 0 -2 -3 -2 -3 8 -2 -4 -4 -2 -2 -3 -1 0 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -1 -6
-H -2 0 1 0 -4 0 0 -2 13 -3 -2 -1 1 -2 -2 -1 -2 -5 2 -4 0 0 -1 -6
-I -1 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -3 6 2 -3 1 1 -2 -2 -1 -3 0 4 -3 -4 -1 -6
-L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -2 2 6 -2 3 2 -4 -3 -1 -1 0 2 -3 -2 -1 -6
-K -1 3 0 0 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 6 -1 -3 -1 0 0 -2 -1 -2 0 1 -1 -6
-M -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -2 1 1 3 -1 7 0 -2 -2 -1 -2 1 1 -3 -2 0 -6
-F -3 -2 -3 -4 -2 -4 -3 -3 -2 1 2 -3 0 9 -4 -2 -1 1 4 0 -3 -4 -1 -6
-P -2 -3 -2 -2 -5 -2 0 -1 -2 -2 -4 -1 -2 -4 11 -1 0 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -6
-S 1 -1 1 0 -1 1 0 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 5 2 -5 -2 -1 0 0 0 -6
-T 0 -2 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 0 -1 -1 0 2 6 -4 -1 1 0 -1 0 -6
-W -3 -2 -4 -5 -6 -1 -2 -2 -5 -3 -1 -2 -2 1 -4 -5 -4 19 3 -3 -4 -2 -2 -6
-Y -2 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 2 0 0 -1 1 4 -3 -2 -1 3 9 -1 -3 -2 -1 -6
-V 0 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -4 4 2 -2 1 0 -3 -1 1 -3 -1 5 -3 -3 -1 -6
-B -1 -1 4 6 -2 0 1 -1 0 -3 -3 0 -3 -3 -2 0 0 -4 -3 -3 5 2 -1 -6
-Z -1 0 0 1 -3 4 5 -2 0 -4 -2 1 -2 -4 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 5 -1 -6
-X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -6
-* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1
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+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum45.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 45
-# Entropy = 0.3795, Expected = -0.2789
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 5 -2 -1 -2 -1 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -2 -2 0 -1 -1 0 -5
-R -2 7 0 -1 -3 1 0 -2 0 -3 -2 3 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 0 -1 -5
-N -1 0 6 2 -2 0 0 0 1 -2 -3 0 -2 -2 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -5
-D -2 -1 2 7 -3 0 2 -1 0 -4 -3 0 -3 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 5 1 -1 -5
-C -1 -3 -2 -3 12 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -1 -2 -3 -2 -5
-Q -1 1 0 0 -3 6 2 -2 1 -2 -2 1 0 -4 -1 0 -1 -2 -1 -3 0 4 -1 -5
-E -1 0 0 2 -3 2 6 -2 0 -3 -2 1 -2 -3 0 0 -1 -3 -2 -3 1 4 -1 -5
-G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 7 -2 -4 -3 -2 -2 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -5
-H -2 0 1 0 -3 1 0 -2 10 -3 -2 -1 0 -2 -2 -1 -2 -3 2 -3 0 0 -1 -5
-I -1 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -3 5 2 -3 2 0 -2 -2 -1 -2 0 3 -3 -3 -1 -5
-L -1 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 2 5 -3 2 1 -3 -3 -1 -2 0 1 -3 -2 -1 -5
-K -1 3 0 0 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -1 -3 -1 -1 -1 -2 -1 -2 0 1 -1 -5
-M -1 -1 -2 -3 -2 0 -2 -2 0 2 2 -1 6 0 -2 -2 -1 -2 0 1 -2 -1 -1 -5
-F -2 -2 -2 -4 -2 -4 -3 -3 -2 0 1 -3 0 8 -3 -2 -1 1 3 0 -3 -3 -1 -5
-P -1 -2 -2 -1 -4 -1 0 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 9 -1 -1 -3 -3 -3 -2 -1 -1 -5
-S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 4 2 -4 -2 -1 0 0 0 -5
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 2 5 -3 -1 0 0 -1 0 -5
-W -2 -2 -4 -4 -5 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 1 -3 -4 -3 15 3 -3 -4 -2 -2 -5
-Y -2 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 2 0 0 -1 0 3 -3 -2 -1 3 8 -1 -2 -2 -1 -5
-V 0 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 3 1 -2 1 0 -3 -1 0 -3 -1 5 -3 -3 -1 -5
-B -1 -1 4 5 -2 0 1 -1 0 -3 -3 0 -2 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 4 2 -1 -5
-Z -1 0 0 1 -3 4 4 -2 0 -3 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 4 -1 -5
-X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -5
-* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
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--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum50.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum50.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 50
-# Entropy = 0.4808, Expected = -0.3573
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 5 -2 -1 -2 -1 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
-R -2 7 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -4 -3 3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -3 -1 0 -1 -5
-N -1 -1 7 2 -2 0 0 0 1 -3 -4 0 -2 -4 -2 1 0 -4 -2 -3 4 0 -1 -5
-D -2 -2 2 8 -4 0 2 -1 -1 -4 -4 -1 -4 -5 -1 0 -1 -5 -3 -4 5 1 -1 -5
-C -1 -4 -2 -4 13 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -1 -3 -3 -2 -5
-Q -1 1 0 0 -3 7 2 -2 1 -3 -2 2 0 -4 -1 0 -1 -1 -1 -3 0 4 -1 -5
-E -1 0 0 2 -3 2 6 -3 0 -4 -3 1 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -3 1 5 -1 -5
-G 0 -3 0 -1 -3 -2 -3 8 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 0 -2 -3 -3 -4 -1 -2 -2 -5
-H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 10 -4 -3 0 -1 -1 -2 -1 -2 -3 2 -4 0 0 -1 -5
-I -1 -4 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -4 5 2 -3 2 0 -3 -3 -1 -3 -1 4 -4 -3 -1 -5
-L -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 5 -3 3 1 -4 -3 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
-K -1 3 0 -1 -3 2 1 -2 0 -3 -3 6 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 1 -1 -5
-M -1 -2 -2 -4 -2 0 -2 -3 -1 2 3 -2 7 0 -3 -2 -1 -1 0 1 -3 -1 -1 -5
-F -3 -3 -4 -5 -2 -4 -3 -4 -1 0 1 -4 0 8 -4 -3 -2 1 4 -1 -4 -4 -2 -5
-P -1 -3 -2 -1 -4 -1 -1 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 10 -1 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -5
-S 1 -1 1 0 -1 0 -1 0 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 2 -4 -2 -2 0 0 -1 -5
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 2 5 -3 -2 0 0 -1 0 -5
-W -3 -3 -4 -5 -5 -1 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -1 1 -4 -4 -3 15 2 -3 -5 -2 -3 -5
-Y -2 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 0 4 -3 -2 -2 2 8 -1 -3 -2 -1 -5
-V 0 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -4 -4 4 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -1 5 -4 -3 -1 -5
-B -2 -1 4 5 -3 0 1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -2 0 0 -5 -3 -4 5 2 -1 -5
-Z -1 0 0 1 -3 4 5 -2 0 -3 -3 1 -1 -4 -1 0 -1 -2 -2 -3 2 5 -1 -5
-X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 0 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5
-* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum55.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum55.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum55.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 55
-# Entropy = 0.5637, Expected = -0.4179
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 5 -2 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 2 0 -4 -2 0 -2 -1 -1 -5
-R -2 8 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -4 -3 3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
-N -2 -1 8 2 -3 0 0 0 1 -4 -4 0 -3 -4 -2 1 0 -5 -2 -4 4 0 -1 -5
-D -2 -2 2 8 -4 0 2 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -2 0 -1 -5 -3 -4 5 1 -2 -5
-C 0 -4 -3 -4 13 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -1 -4 -3 -1 -4 -4 -2 -5
-Q -1 1 0 0 -4 7 2 -2 1 -4 -3 2 0 -4 -1 0 -1 -2 -1 -3 0 4 -1 -5
-E -1 0 0 2 -4 2 7 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 1 5 -1 -5
-G 0 -3 0 -2 -3 -2 -3 8 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -3 0 -2 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -5
-H -2 0 1 -1 -4 1 -1 -2 11 -4 -3 0 -2 -1 -3 -1 -2 -3 2 -4 0 0 -1 -5
-I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 2 -4 2 0 -3 -3 -1 -3 -1 4 -4 -4 -1 -5
-L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 2 6 -3 3 1 -4 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -1 -5
-K -1 3 0 -1 -4 2 1 -2 0 -4 -3 6 -2 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 0 1 -1 -5
-M -1 -2 -3 -4 -2 0 -3 -3 -2 2 3 -2 8 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5
-F -3 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -1 0 1 -4 0 9 -5 -3 -3 2 4 -1 -5 -4 -2 -5
-P -1 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -5 10 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -1 -2 -5
-S 2 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 2 -4 -2 -2 0 0 -1 -5
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1 2 6 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
-W -4 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2 2 -5 -4 -3 15 3 -4 -5 -3 -3 -5
-Y -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 2 -1 -1 -2 -1 4 -4 -2 -2 3 9 -2 -3 -2 -1 -5
-V 0 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 4 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -4 -2 5 -4 -3 -1 -5
-B -2 -1 4 5 -4 0 1 -1 0 -4 -4 0 -3 -5 -2 0 -1 -5 -3 -4 5 2 -1 -5
-Z -1 0 0 1 -4 4 5 -3 0 -4 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 2 5 -1 -5
-X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5
-* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum60.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum60.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum60.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 60
-# Entropy = 0.6603, Expected = -0.4917
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 4 -1 -1 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4
-R -1 5 0 -1 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -1 0 -1 -4
-N -1 0 6 1 -2 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4
-D -2 -1 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -3 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
-C 0 -3 -2 -3 9 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4
-Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4
-E -1 0 0 2 -3 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
-G 0 -2 0 -1 -2 -2 -2 6 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -4
-H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 7 -3 -3 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -4
-I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -2 -1 3 -3 -3 -1 -4
-L -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -4
-K -1 2 0 -1 -3 1 1 -1 -1 -3 -2 4 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4
-M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -2 -1 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4
-F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -1 -4
-P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -4
-S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 0 -4
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 4 -2 -2 0 0 -1 0 -4
-W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 10 2 -3 -4 -2 -2 -4
-Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 6 -1 -2 -2 -1 -4
-V 0 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -4
-B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -3 0 -3 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 4 1 -1 -4
-Z -1 0 0 1 -3 3 4 -2 0 -3 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -2 -2 -2 1 3 -1 -4
-X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4
-* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum62.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum62.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum62.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 62
-# Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4
-R -1 5 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -4
-N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4
-D -2 -2 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
-C 0 -3 -3 -3 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4
-Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4
-E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
-G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -4
-H -2 0 1 -1 -3 0 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -4
-I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3 -3 -3 -1 -4
-L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -4
-K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4
-M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4
-F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -1 -4
-P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -4
-S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 0 -4
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0 -1 -1 0 -4
-W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 11 2 -3 -4 -3 -2 -4
-Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -4
-V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -4
-B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
-Z -1 0 0 1 -3 3 4 -2 0 -3 -3 1 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
-X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4
-* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum62.txt~
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum62.txt~ Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum62.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 62
-# Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4
-R -1 5 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -4
-N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4
-D -2 -2 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
-C 0 -3 -3 -3 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4
-Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4
-E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
-G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -4
-H -2 0 1 -1 -3 0 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -4
-I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3 -3 -3 -1 -4
-L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -4
-K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4
-M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4
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-P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -4
-S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 0 -4
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0 -1 -1 0 -4
-W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 11 2 -3 -4 -3 -2 -4
-Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -4
-V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -4
-B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
-Z -1 0 0 1 -3 3 4 -2 0 -3 -3 1 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
-X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4
-* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum65.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum65.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum65.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 65
-# Entropy = 0.7576, Expected = -0.5675
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
-R -1 6 0 -2 -4 1 0 -2 0 -3 -2 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
-N -2 0 6 1 -3 0 0 -1 1 -3 -4 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -5
-D -2 -2 1 6 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -3 4 1 -1 -5
-C 0 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -4 -2 -5
-Q -1 1 0 0 -3 6 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5
-E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 1 4 -1 -5
-G 0 -2 -1 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -5
-H -2 0 1 -1 -3 1 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -5
-I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -2 -1 3 -3 -3 -1 -5
-L -2 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
-K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -5
-M -1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5
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-P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -5
-S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -3 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
-W -3 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 10 2 -3 -4 -3 -2 -5
-Y -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -5
-V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -5
-B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -5
-Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -5
-X -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -5
-* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum70.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum70.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum70.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 70
-# Entropy = 0.8391, Expected = -0.6313
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 4 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
-R -2 6 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -3 -3 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
-N -2 -1 6 1 -3 0 0 -1 0 -4 -4 0 -2 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -5
-D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -4 -4 4 1 -2 -5
-C -1 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -5
-Q -1 1 0 -1 -3 6 2 -2 1 -3 -2 1 0 -3 -2 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5
-E -1 0 0 1 -4 2 5 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -4 -3 -3 1 4 -1 -5
-G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5
-H -2 0 0 -1 -4 1 0 -2 8 -4 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 -1 0 -1 -5
-I -2 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -4 -4 4 2 -3 1 0 -3 -3 -1 -3 -1 3 -4 -3 -1 -5
-L -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
-K -1 2 0 -1 -4 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 -1 1 -1 -5
-M -1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 -1 -5
-F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -1 0 0 -3 0 6 -4 -3 -2 1 3 -1 -4 -4 -2 -5
-P -1 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -4 -3 -3 -2 -1 -2 -5
-S 1 -1 0 0 -1 0 0 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
-W -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 11 2 -3 -4 -3 -3 -5
-Y -2 -2 -2 -4 -3 -2 -3 -4 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -2 -3 -2 -2 -5
-V 0 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 3 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -2 4 -3 -3 -1 -5
-B -2 -1 3 4 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 0 -1 -5
-Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -3 -3 1 -2 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 4 -1 -5
-X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -1 -1 -1 -5
-* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum75.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum75.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum75.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 75
-# Entropy = 0.9077, Expected = -0.6845
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 4 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 -1 -5
-R -2 6 -1 -2 -4 1 0 -3 0 -3 -3 2 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -5
-N -2 -1 6 1 -3 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 3 0 -1 -5
-D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -1 -5 -4 -4 4 1 -2 -5
-C -1 -4 -3 -4 9 -3 -5 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -2 -4 -1 -1 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -5
-Q -1 1 0 -1 -3 6 2 -2 1 -3 -3 1 0 -4 -2 0 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -5
-E -1 0 -1 1 -5 2 5 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -1 0 -1 -4 -3 -3 1 4 -1 -5
-G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -2 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5
-H -2 0 0 -1 -4 1 0 -2 8 -4 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -2 2 -4 -1 0 -1 -5
-I -2 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -5 -4 4 1 -3 1 0 -3 -3 -1 -3 -2 3 -4 -4 -2 -5
-L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 1 4 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -1 1 -4 -3 -1 -5
-K -1 2 0 -1 -4 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -4 -1 0 -1 -4 -2 -3 -1 1 -1 -5
-M -1 -2 -3 -4 -2 0 -2 -3 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -2 1 -3 -2 -1 -5
-F -3 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -2 0 0 -4 0 6 -4 -3 -2 1 3 -1 -4 -4 -2 -5
-P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 8 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -2 -2 -5
-S 1 -1 0 -1 -1 0 0 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 5 1 -3 -2 -2 0 0 -1 -5
-T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 5 -3 -2 0 -1 -1 -1 -5
-W -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -2 1 -5 -3 -3 11 2 -3 -5 -3 -3 -5
-Y -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 -2 -1 -2 -2 3 -4 -2 -2 2 7 -2 -3 -3 -2 -5
-V 0 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -4 3 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -2 4 -4 -3 -1 -5
-B -2 -1 3 4 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -4 4 0 -2 -5
-Z -1 0 0 1 -4 3 4 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -3 -3 -3 0 4 -1 -5
-X -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -1 -5
-* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum80.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum80.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum80_3.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 80
-# Entropy = 0.9868, Expected = -0.7442
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 7 -3 -3 -3 -1 -2 -2 0 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -1 2 0 -5 -4 -1 -3 -2 -1 -8
-R -3 9 -1 -3 -6 1 -1 -4 0 -5 -4 3 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 -2 0 -2 -8
-N -3 -1 9 2 -5 0 -1 -1 1 -6 -6 0 -4 -6 -4 1 0 -7 -4 -5 5 -1 -2 -8
-D -3 -3 2 10 -7 -1 2 -3 -2 -7 -7 -2 -6 -6 -3 -1 -2 -8 -6 -6 6 1 -3 -8
-C -1 -6 -5 -7 13 -5 -7 -6 -7 -2 -3 -6 -3 -4 -6 -2 -2 -5 -5 -2 -6 -7 -4 -8
-Q -2 1 0 -1 -5 9 3 -4 1 -5 -4 2 -1 -5 -3 -1 -1 -4 -3 -4 -1 5 -2 -8
-E -2 -1 -1 2 -7 3 8 -4 0 -6 -6 1 -4 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -4 1 6 -2 -8
-G 0 -4 -1 -3 -6 -4 -4 9 -4 -7 -7 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -6 -6 -2 -4 -3 -8
-H -3 0 1 -2 -7 1 0 -4 12 -6 -5 -1 -4 -2 -4 -2 -3 -4 3 -5 -1 0 -2 -8
-I -3 -5 -6 -7 -2 -5 -6 -7 -6 7 2 -5 2 -1 -5 -4 -2 -5 -3 4 -6 -6 -2 -8
-L -3 -4 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -5 2 6 -4 3 0 -5 -4 -3 -4 -2 1 -7 -5 -2 -8
-K -1 3 0 -2 -6 2 1 -3 -1 -5 -4 8 -3 -5 -2 -1 -1 -6 -4 -4 -1 1 -2 -8
-M -2 -3 -4 -6 -3 -1 -4 -5 -4 2 3 -3 9 0 -4 -3 -1 -3 -3 1 -5 -3 -2 -8
-F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -2 -1 0 -5 0 10 -6 -4 -4 0 4 -2 -6 -6 -3 -8
-P -1 -3 -4 -3 -6 -3 -2 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -6 12 -2 -3 -7 -6 -4 -4 -2 -3 -8
-S 2 -2 1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 7 2 -6 -3 -3 0 -1 -1 -8
-T 0 -2 0 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -4 -3 2 8 -5 -3 0 -1 -2 -1 -8
-W -5 -5 -7 -8 -5 -4 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -3 0 -7 -6 -5 16 3 -5 -8 -5 -5 -8
-Y -4 -4 -4 -6 -5 -3 -5 -6 3 -3 -2 -4 -3 4 -6 -3 -3 3 11 -3 -5 -4 -3 -8
-V -1 -4 -5 -6 -2 -4 -4 -6 -5 4 1 -4 1 -2 -4 -3 0 -5 -3 7 -6 -4 -2 -8
-B -3 -2 5 6 -6 -1 1 -2 -1 -6 -7 -1 -5 -6 -4 0 -1 -8 -5 -6 6 0 -3 -8
-Z -2 0 -1 1 -7 5 6 -4 0 -6 -5 1 -3 -6 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 6 -1 -8
-X -1 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -3 -2 -3 -1 -2 -8
-* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum85.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum85.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum85.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 85
-# Entropy = 1.0805, Expected = -0.8153
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 1 0 -3 -3 -1 -2 -1 -1 -6
-R -2 6 -1 -2 -4 1 -1 -3 0 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 -2 0 -2 -6
-N -2 -1 7 1 -4 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -5 -3 -4 4 -1 -2 -6
-D -2 -2 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -6 -4 -4 4 1 -2 -6
-C -1 -4 -4 -5 9 -4 -5 -4 -5 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -3 -1 -4 -5 -3 -6
-Q -1 1 0 -1 -4 6 2 -3 1 -4 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 4 -1 -6
-E -1 -1 -1 1 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -4 -3 0 4 -1 -6
-G 0 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -2 -6
-H -2 0 0 -2 -5 1 -1 -3 8 -4 -3 -1 -3 -2 -3 -1 -2 -3 2 -4 -1 0 -2 -6
-I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 3 -5 -4 -2 -6
-L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 1 4 -3 2 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 -6
-K -1 2 0 -1 -4 1 0 -2 -1 -3 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -3 -1 1 -1 -6
-M -2 -2 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 2 -2 7 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 -4 -2 -1 -6
-F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 7 -4 -3 -3 0 3 -1 -4 -4 -2 -6
-P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -1 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -2 -6
-S 1 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1 5 1 -4 -2 -2 0 -1 -1 -6
-T 0 -2 0 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 5 -4 -2 0 -1 -1 -1 -6
-W -3 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -2 0 -5 -4 -4 11 2 -3 -5 -4 -3 -6
-Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -5 2 -2 -2 -3 -2 3 -4 -2 -2 2 7 -2 -4 -3 -2 -6
-V -1 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 3 0 -3 0 -1 -3 -2 0 -3 -2 5 -4 -3 -1 -6
-B -2 -2 4 4 -4 -1 0 -1 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -5 -4 -4 4 0 -2 -6
-Z -1 0 -1 1 -5 4 4 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 4 -1 -6
-X -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -6
-* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum90.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/blosum90.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-# Matrix made by matblas from blosum90.iij
-# * column uses minimum score
-# BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 90
-# Entropy = 1.1806, Expected = -0.8887
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 5 -2 -2 -3 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 1 0 -4 -3 -1 -2 -1 -1 -6
-R -2 6 -1 -3 -5 1 -1 -3 0 -4 -3 2 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 -2 0 -2 -6
-N -2 -1 7 1 -4 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -5 -3 -4 4 -1 -2 -6
-D -3 -3 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 4 0 -2 -6
-C -1 -5 -4 -5 9 -4 -6 -4 -5 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -3 -6
-Q -1 1 0 -1 -4 7 2 -3 1 -4 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 -3 -3 -3 -1 4 -1 -6
-E -1 -1 -1 1 -6 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -3 0 4 -2 -6
-G 0 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -6
-H -2 0 0 -2 -5 1 -1 -3 8 -4 -4 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 1 -4 -1 0 -2 -6
-I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 1 -1 -4 -3 -1 -4 -2 3 -5 -4 -2 -6
-L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 2 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 -6
-K -1 2 0 -1 -4 1 0 -2 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -3 -1 1 -1 -6
-M -2 -2 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 2 -2 7 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 -4 -2 -1 -6
-F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -2 -1 0 -4 -1 7 -4 -3 -3 0 3 -2 -4 -4 -2 -6
-P -1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -2 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -2 -6
-S 1 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 1 -4 -3 -2 0 -1 -1 -6
-T 0 -2 0 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 6 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -6
-W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -5 -2 0 -5 -4 -4 11 2 -3 -6 -4 -3 -6
-Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -5 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -2 2 8 -3 -4 -3 -2 -6
-V -1 -3 -4 -5 -2 -3 -3 -5 -4 3 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 -3 -3 5 -4 -3 -2 -6
-B -2 -2 4 4 -4 -1 0 -2 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -6 -4 -4 4 0 -2 -6
-Z -1 0 -1 0 -5 4 4 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 4 -1 -6
-X -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -2 -6
-* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/gonnet250.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/gonnet250.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,26 +0,0 @@
-# PAM 250 matrix recommended by Gonnet, Cohen & Benner
-# Science June 5, 1992.
-# Values rounded to nearest integer
- C S T P A G N D E Q H R K M I L V F Y W X *
-C 12 0 0 -3 0 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -1 -1 -2 0 -1 0 -1 -3 -8
-S 0 2 2 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -3 0 -8
-T 0 2 2 0 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 -1 -1 -1 0 -2 -2 -4 0 -8
-P -3 0 0 8 0 -2 -1 -1 0 0 -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 -5 -1 -8
-A 0 1 1 0 2 0 0 0 0 0 -1 -1 0 -1 -1 -1 0 -2 -2 -4 0 -8
-G -2 0 -1 -2 0 7 0 0 -1 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -5 -4 -4 -1 -8
-N -2 1 0 -1 0 0 4 2 1 1 1 0 1 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -4 0 -8
-D -3 0 0 -1 0 0 2 5 3 1 0 0 0 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -5 -1 -8
-E -3 0 0 0 0 -1 1 3 4 2 0 0 1 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -1 -8
-Q -2 0 0 0 0 -1 1 1 2 3 1 2 2 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -8
-H -1 0 0 -1 -1 -1 1 0 0 1 6 1 1 -1 -2 -2 -2 0 2 -1 -1 -8
-R -2 0 0 -1 -1 -1 0 0 0 2 1 5 3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -8
-K -3 0 0 -1 0 -1 1 0 1 2 1 3 3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -8
-M -1 -1 -1 -2 -1 -4 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1 4 2 3 2 2 0 -1 -1 -8
-I -1 -2 -1 -3 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2 2 4 3 3 1 -1 -2 -1 -8
-L -2 -2 -1 -2 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -2 3 3 4 2 2 0 -1 -1 -8
-V 0 -1 0 -2 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 2 3 2 3 0 -1 -3 -1 -8
-F -1 -3 -2 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -3 0 -3 -3 2 1 2 0 7 5 4 -2 -8
-Y 0 -2 -2 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -2 2 -2 -2 0 -1 0 -1 5 8 4 -2 -8
-W -1 -3 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -1 -2 -4 -1 -2 -1 -3 4 4 14 -4 -8
-X -3 0 0 -1 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -4 -1 -8
-* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/mcla71.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/mcla71.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,22 +0,0 @@
-# McLachlan 1971
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
-A 8 2 3 3 1 3 4 3 3 2 2 3 3 1 4 4 3 1 1 3
-R 2 8 3 1 1 5 3 3 5 1 2 5 1 1 3 4 3 3 2 2
-N 3 3 8 5 1 4 4 3 4 1 1 4 2 0 1 5 3 0 2 1
-D 3 1 5 8 1 4 5 3 4 0 1 3 2 1 3 3 3 0 1 1
-C 1 1 1 1 9 0 0 1 3 1 0 0 3 0 0 2 2 2 1 1
-Q 3 5 4 4 0 8 5 2 4 0 3 4 3 0 3 4 3 2 1 2
-E 4 3 4 5 0 5 8 3 2 1 1 4 1 0 4 4 4 1 2 2
-G 3 3 3 3 1 2 3 8 2 1 1 3 1 0 3 3 2 1 0 2
-H 3 5 4 4 3 4 2 2 8 2 2 4 3 4 3 3 4 3 4 2
-I 2 1 1 0 1 0 1 1 2 8 5 1 5 3 1 2 3 3 3 5
-L 2 2 1 1 0 3 1 1 2 5 8 2 6 5 1 2 3 3 3 5
-K 3 5 4 3 0 4 4 3 4 1 2 8 1 0 3 3 3 1 1 2
-M 3 1 2 2 3 3 1 1 3 5 6 1 8 5 1 2 3 1 2 4
-F 1 1 0 1 0 0 0 0 4 3 5 0 5 9 1 2 1 6 6 3
-P 4 3 1 3 0 3 4 3 3 1 1 3 1 1 8 3 3 0 0 2
-S 4 4 5 3 2 4 4 3 3 2 2 3 2 2 3 8 5 3 3 2
-T 3 3 3 3 2 3 4 2 4 3 3 3 3 1 3 5 8 2 1 3
-W 1 3 0 0 2 2 1 1 3 3 3 1 1 6 0 3 2 9 6 2
-Y 1 2 2 1 1 1 2 0 4 3 3 1 2 6 0 3 1 6 9 3
-V 3 2 1 1 1 2 2 2 2 5 5 2 4 3 2 2 3 2 3 8
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/matrices/pam250.txt
--- a/v.1.1.0/Hammock/matrices/pam250.txt Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,34 +0,0 @@
-#
-# This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
-#
-# PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
-#
-# Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits
-#
-# Lowest score = -8, Highest score = 17
-#
- A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
-A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -8
-R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -4 0 0 -1 2 -4 -2 -1 0 -1 -8
-N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -3 0 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8
-D 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
-C -2 -4 -4 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 0 -2 -4 -5 -3 -8
-Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -8
-E 0 -1 1 3 -5 2 4 0 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
-G 1 -3 0 1 -3 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 0 1 0 -7 -5 -1 0 0 -1 -8
-H -1 2 2 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -8
-I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -8
-L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -3 -3 -1 -8
-K -1 3 1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 0 -1 -8
-M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 0 -2 -2 -1 -4 -2 2 -2 -2 -1 -8
-F -3 -4 -3 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -4 -5 -2 -8
-P 1 0 0 -1 -3 0 -1 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8
-S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -3 1 2 1 -2 -3 -1 0 0 0 -8
-T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -8
-W -6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 0 -6 -2 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -8
-Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 0 10 -2 -3 -4 -2 -8
-V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 -1 -8
-B 0 -1 2 3 -4 1 3 0 1 -2 -3 1 -2 -4 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -8
-Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 0 -2 -5 0 0 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -8
-X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8
-* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/settings/misc/blosum62.freq_rownorm
--- a/v.1.1.0/Hammock/settings/misc/blosum62.freq_rownorm Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,25 +0,0 @@
-# BLOSUM Clustered Target Frequencies=qij
-# Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
-# Cluster Percentage: >= 62
-# Normalized frequencies (by row) from file: blosum62.qij
-A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
-0.2901 0.0310 0.0256 0.0297 0.0216 0.0256 0.0405 0.0783 0.0148 0.0432 0.0594 0.0445 0.0175 0.0216 0.0297 0.0850 0.0499 0.0054 0.0175 0.0688
-0.0446 0.3450 0.0388 0.0310 0.0078 0.0484 0.0523 0.0329 0.0233 0.0233 0.0465 0.1202 0.0155 0.0174 0.0194 0.0446 0.0349 0.0058 0.0174 0.0310
-0.0427 0.0449 0.3169 0.0831 0.0090 0.0337 0.0494 0.0652 0.0315 0.0225 0.0315 0.0539 0.0112 0.0180 0.0202 0.0697 0.0494 0.0045 0.0157 0.0270
-0.0410 0.0299 0.0690 0.3974 0.0075 0.0299 0.0914 0.0466 0.0187 0.0224 0.0280 0.0448 0.0093 0.0149 0.0224 0.0522 0.0354 0.0037 0.0112 0.0243
-0.0650 0.0163 0.0163 0.0163 0.4837 0.0122 0.0163 0.0325 0.0081 0.0447 0.0650 0.0203 0.0163 0.0203 0.0163 0.0407 0.0366 0.0041 0.0122 0.0569
-0.0559 0.0735 0.0441 0.0471 0.0088 0.2147 0.1029 0.0412 0.0294 0.0265 0.0471 0.0912 0.0206 0.0147 0.0235 0.0559 0.0412 0.0059 0.0206 0.0353
-0.0552 0.0497 0.0405 0.0902 0.0074 0.0645 0.2965 0.0350 0.0258 0.0221 0.0368 0.0755 0.0129 0.0166 0.0258 0.0552 0.0368 0.0055 0.0166 0.0313
-0.0783 0.0229 0.0391 0.0337 0.0108 0.0189 0.0256 0.5101 0.0135 0.0189 0.0283 0.0337 0.0094 0.0162 0.0189 0.0513 0.0297 0.0054 0.0108 0.0243
-0.0420 0.0458 0.0534 0.0382 0.0076 0.0382 0.0534 0.0382 0.3550 0.0229 0.0382 0.0458 0.0153 0.0305 0.0191 0.0420 0.0267 0.0076 0.0573 0.0229
-0.0471 0.0177 0.0147 0.0177 0.0162 0.0133 0.0177 0.0206 0.0088 0.2710 0.1679 0.0236 0.0368 0.0442 0.0147 0.0250 0.0398 0.0059 0.0206 0.1767
-0.0445 0.0243 0.0142 0.0152 0.0162 0.0162 0.0202 0.0213 0.0101 0.1154 0.3755 0.0253 0.0496 0.0547 0.0142 0.0243 0.0334 0.0071 0.0223 0.0962
-0.0570 0.1071 0.0415 0.0415 0.0086 0.0535 0.0708 0.0432 0.0207 0.0276 0.0432 0.2781 0.0155 0.0155 0.0276 0.0535 0.0397 0.0052 0.0173 0.0328
-0.0522 0.0321 0.0201 0.0201 0.0161 0.0281 0.0281 0.0281 0.0161 0.1004 0.1968 0.0361 0.1606 0.0482 0.0161 0.0361 0.0402 0.0080 0.0241 0.0924
-0.0338 0.0190 0.0169 0.0169 0.0106 0.0106 0.0190 0.0254 0.0169 0.0634 0.1142 0.0190 0.0254 0.3869 0.0106 0.0254 0.0254 0.0169 0.0888 0.0550
-0.0568 0.0258 0.0233 0.0310 0.0103 0.0207 0.0362 0.0362 0.0129 0.0258 0.0362 0.0413 0.0103 0.0129 0.4935 0.0439 0.0362 0.0026 0.0129 0.0310
-0.1099 0.0401 0.0541 0.0489 0.0175 0.0332 0.0524 0.0663 0.0192 0.0297 0.0419 0.0541 0.0157 0.0209 0.0297 0.2199 0.0820 0.0052 0.0175 0.0419
-0.0730 0.0355 0.0434 0.0375 0.0178 0.0276 0.0394 0.0434 0.0138 0.0533 0.0651 0.0454 0.0197 0.0237 0.0276 0.0927 0.2465 0.0059 0.0178 0.0710
-0.0303 0.0227 0.0152 0.0152 0.0076 0.0152 0.0227 0.0303 0.0152 0.0303 0.0530 0.0227 0.0152 0.0606 0.0076 0.0227 0.0227 0.4924 0.0682 0.0303
-0.0405 0.0280 0.0218 0.0187 0.0093 0.0218 0.0280 0.0249 0.0467 0.0436 0.0685 0.0312 0.0187 0.1308 0.0156 0.0312 0.0280 0.0280 0.3178 0.0467
-0.0700 0.0219 0.0165 0.0178 0.0192 0.0165 0.0233 0.0247 0.0082 0.1646 0.1303 0.0261 0.0316 0.0357 0.0165 0.0329 0.0494 0.0055 0.0206 0.2689
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/settings/settings.prop
--- a/v.1.1.0/Hammock/settings/settings.prop Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,25 +0,0 @@
-#Lines starting with hash (#) are ignored
-#Tool commands. Define full paths if needed. By default (not specified) means locations relative to .jar file in Hammock/dist foltder
-#clustalOmegaCommand=
-#hmmbuildCommand=
-#hmmsearchCommand=
-#hhmakeCommand=
-#hhsearchCommand=
-#reformatCommand=
-#Directory for all temporal files. Define full path if needed. Default (not specified): /tmp
-#tempDirectory=
-#Temporal files subdirectories. Define full paths if needed. Default (not specified): directories in tempDirectory/Hammock_temp/[time]/
-#fastaDirectory=
-#msaDirectory=
-#hmmDirectory=
-#hhDirectory=
-#hmmsearchOutDirectory=
-#hhsearchOutDirectory=
-#fastaDatabaseFile=
-#Tool parameters. Generally, it is not recommended to change this section.
-clustalOmegaParameters=
-hmmbuildParameters=--enone --fragthresh 1.0 --hand --wnone --amino --seed 42
-hmmsearchParameters=--nobias --F1 0.5 --F2 0.05 --F3 1e-2 --nonull2 --seed 42
-hmmalignParameters=--outformat selex --amino --seed 42
-hhmakeParameters=-M a2m -id 100 -diff inf -pcm 3 -nocontxt -v 0
-hhsearchParameters=-norealign -alt 1 -corr 0 -shift 0 -ssm 0 -tags -nocons -nopred -nodssp -sc 0 -v 0 -z 2 -Z 500000 -local -p 0.0 -vit -b 100.0 -E 100.0 -e 100.0 -z 100
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/Hammock/settings/settings.prop~
--- a/v.1.1.0/Hammock/settings/settings.prop~ Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,11 +0,0 @@
-#Change "default" to full path if needed. Default means locations relative to .jar file in PhageClust/dist foltder
-#clustalOmegaCommand=
-#fastaDirectory=
-#msaDirectory=
-clustalOmegaParameters=--iter=5 --full-iter
-hmmbuildParameters=--enone --fragthresh 1.0 --symfrac 0.6
-hmmsearchParameters=--nobias --F1 0.5 --F2 0.05 --F3 1e-2
-hhmakeParameters=-M a2m -id 100 -qsc -100 -pcm 3
-hhalignParameters=-realign -id 100 -diff inf -alt 1 -corr 0 -shift 0 -ssm 0 -nocontxt -pcm 2 -tags -nocons -nopred -nodssp -M a2m -alt 1 -sc 0 -v 0 -z 2 -Z 20 -local -mact 0.0
-hhsearchParameters=-realign -id 100 -diff inf -alt 1 -corr 0 -shift 0 -ssm 0 -nocontxt -pcm 2 -tags -nocons -nopred -nodssp -M a2m -alt 1 -sc 0 -v 0 -z 2 -Z 500 -local -mact 0.0 -p 0
-reformatParameters=-M 30
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/hammock.xml
--- a/v.1.1.0/hammock.xml Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,384 +0,0 @@
-
-
- Clusters short peptide sequences
-
-
-wrapper.sh \$HAMMOCK_JAR full --galaxy -t \${GALAXY_SLOTS:-4} -i $input --goc $output_clusters --gos $output_sequences --goo $output_sequences_ordered
-
- #if $label_params.set_labels == "set":
- #for $s in $label_params.round_labels:
- #set $l_field = $l_field + str($s.label) + ","
- #end for
- -l $l_field
- #end if
-
- #if $advanced_initial_params.set_initial_params == "set":
- -x $advanced_initial_params.max_shift
- -p $advanced_initial_params.shift_penalty
- -R $advanced_initial_params.set_order.order
-
- #if $advanced_initial_params.algorithm == "clinkage":
- --use_clinkage
- #end if
-
- #if $advanced_initial_params.algorithm == "greedy":
- --use_greedy
- #end if
-
- #if $advanced_initial_params.set_order.order == "random":
- -S $advanced_initial_params.set_order.seed
- #end if
-
- -m \${MATRIX_PATH}${advanced_initial_params.scoring_matrix}.txt
- #if $advanced_initial_params.initial_params.set_initial == "set":
- -g $advanced_initial_params.initial_params.initial_threshold
- #end if
- #end if
-
- #if $advanced_hmm_params.set_hmm_params == "set":
- #if $advanced_hmm_params.threshold_params.clustering_threshold == "part":
- -a $advanced_hmm_params.threshold_params.part_threshold
- #end if
-
- #if $advanced_hmm_params.threshold_params.clustering_threshold == "size":
- -s $advanced_hmm_params.threshold_params.size_threshold
- #end if
-
- #if $advanced_hmm_params.threshold_params.clustering_threshold == "count":
- -c $advanced_hmm_params.threshold_params.count_threshold
- #end if
- #if $advanced_hmm_params.unique == "unique":
- --unique
- #end if
-
- #set $n_field=""
- #set $v_field=""
- #set $r_field=""
-
- #if $advanced_hmm_params.score_params.set_scores == "set":
- #if $advanced_hmm_params.score_params.relative_scores == "relative":
- -e
- #end if
- #if $advanced_hmm_params.score_params.relative_scores == "absolute":
- -b
- #end if
-
- #for $s in $advanced_hmm_params.score_params.round:
- #set $n_field = $n_field + str($s.assign_score) + ","
- #set $v_field = $v_field + str($s.overlap_score) + ","
- #set $r_field = $r_field + str($s.merge_score) + ","
- #end for
-
- -n $n_field
- -v $v_field
- -r $r_field
- #end if
- #set $l_field=""
-
- #if $advanced_hmm_params.match_state_params.set_max_aln_length == "set":
- -j $advanced_hmm_params.match_state_params.max_aln_length
- #end if
-
- #if $advanced_hmm_params.extension_increase_length == "Yes":
- -q
- #end if
-
- -k $advanced_hmm_params.min_ic
- -y $advanced_hmm_params.max_gap_proportion
- -u $advanced_hmm_params.max_inner_gaps
- -h $advanced_hmm_params.min_match_states
- -C $advanced_hmm_params.min_correlation
- #end if
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
- HHLIB
- HAMMOCK_JAR
- MATRIX_PATH
- java
- clustalomega
- hmmer
- hhsuite
-
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-**HAMMOCK version 1.1.0**
-
-**Hammock overview**
-
-Hammock performs peptide sequence clustering. It is able to identify clusters of sequences sharing a sequence motif within big datasets. For news, documentation and other available versions, see http://www.recamo.cz/en/software/hammock-cluster-peptides/
-
-------
-
-.. class:: infomark
-
-**Citation**
-Please cite:
-
-Krejci, Adam, et al. "Hammock: a hidden Markov model-based peptide clustering algorithm to identify protein-interaction consensus motifs in large datasets." Bioinformatics 32.1 (2016): 9-16.
-
-------
-
-**Input format**
-
-Hammock accepts fasta files. For basic work, fasta description lines (those starting with ">") may contain virtually anything. For work with the concept of sequence labels, description line should be in this form:
-
- | >id|count|label
-
-an example of two records in this format:
-
- | >1|42|label1
- | RSPIVRQLPSLP
- | >2|58|label2
- | GSWVVDISNVED
-
-For more detailed description of the label concept and input format, see the documentation_.
-
-------
-
-**Outputs**
-
-Hammock returns three files, all of them are tab-separated tables.
-
-The first is the cluster overview file. It contains one line for each resulting cluster plus header. Columns are:
-
-cluster_id main_sequence sum label1 label2 label3 ...
-
- | cluster_id: Cluster's unique numeric identifier.
- | main_sequence: The most popular (appearing in the highest number of copies) sequence of this cluster
- | sum: Total count of all sequences in this cluster (sum over all labels)
- | label1, label2 etc. Counts of sequences with particular labels
-
-
-The second file provides more detailed information. It contains one line for each clustered (unique) sequence plus header. The sequences are ordered according to their presence in clusters, from the largest cluster and within a cluster, from the most abundant sequence.
-
-Columns are:
-
-cluster_id sequence alignment sum label1 label2 label3 ...
-
- | cluster_id: Id of the cluster this sequence belongs to
- | sequence: Amino acid sequence of this peptide
- | alignment: Aligned amino acid sequence of this peptide (part of cluster's multiple sequence alignment)
- | sum: Total count of copies of this sequence (sum over all labels)
- | label1, label2 etc. Counts of copies with particular labels
-
-
-The third file is the same as the second file, with two differences: it also contains sequences not belonging to any cluster (these have "NA" in the cluster_id column) and the order of the sequences in this file is the same as their order in the input fasta file.
-
-------
-
-**Parameters**
-Default and auto-detected parameters have been carefully tuned and tested to work well with several datasets, they are especially suited for short peptides from phage display experiments. Neverheless, there is no such thing as universal rules suitable for every dataset - parameter understanding and tuning may be needed. For more detailed description of parameters, see the documentation_.
-
-.. _documentation: http://www.recamo.cz/userfiles/file/Software/Hammock/Hammock-manual.pdf
-
-
-
-
-
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 v.1.1.0/test-data/input.fa
--- a/v.1.1.0/test-data/input.fa Fri Jun 23 05:40:22 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,4914 +0,0 @@
->5006
-WVTAPRSLPVLP
->4863
-GSWVVDISNVED
->4628
-NYSGNRPLPGIW
->6642
-RSPIVRQLPSLP
->5810
-RALPVMPTNGPM
->4893
-AKSRPLPMVGLV
->3919
-VRPLPSPEGFGQ
->5831
-YRGRMLPVIWGT
->4087
-RALPLPRAYEGI
->6358
-VPLLPIRNGAVN
->4358
-PVRVLPNIPLSV
->6587
-SYVPGVPLRNLA
->4003
-TRVLPNLPVNSQ
->4836
-PGLPSRSVSFFN
->3844
-RGLPQRPWHSLL
->3889
-LAQRPLPLVTAW
->5804
-AGQARTLPAIVV
->5464
-LAQRPLPLIAAW
->5401
-ARASPQVPLGRI
->4319
-VSAIIPELPPRG
->6327
-RYIPSLPLRNLH
->4261
-LRYRTFPNLPEL
->4429
-RALPIPNLYMLV
->4066
-ARALPQVPSGRI
->6375
-KAKFIRELPTVP
->6631
-RWVLPELPMNGV
->5215
-RKLPTTPNVMSV
->5970
-LGPRNRALPIIQ
->4094
-RGLPGIPQGIKL
->6421
-SGTWALPVPLFG
->4704
-IRIHDRNLPVVP
->6578
-RTLPVLPTNGPM
->5433
-YVRYALPDLPVE
->4209
-PPAVPLRGIDLL
->4784
-RLRPLPLPMVTL
->6101
-RPLPVFPSEVTE
->5554
-WWRTPPPKVPFL
->4184
-LVAPAIPFRAVE
->4676
-RGLPDRPGLGVL
->3862
-WTANLFRPLPFV
->4827
-GMHLAHRALPLI
->4405
-RPLPSIPGLYHV
->5671
-ASNLGRLLPPVV
->5668
-FRPLPAPAYSFG
->4304
-RFYPLLPERNIV
->4180
-RALPEVSALSHV
->4139
-NYSPMVPALNEL
->5571
-GLRALPSFPLGS
->4582
-SSALPTRPLAFV
->5922
-SGFTRALPSIPP
->6220
-YSYKTRGLPAVP
->5105
-IWDRQLLMVPVN
->5935
-GPPAVPLRDIVV
->5097
-LMIPALPDWNWN
->4422
-RIAPHLPLMNTW
->6257
-RALPEIGNHQTS
->3750
-RFERPLPVVGEV
->5337
-RSLPAIYLSGDM
->4649
-LSVRGLPSIPTQ
->4873
-FLATRTLPVPYL
->5745
-GIPVVPPRNAVV
->6513
-TVLLANRGLPLV
->6218
-RPLPVIFNGFSG
->6207
-LRYRTVLNLPEL
->6008
-SFRGLPSIPWGT
->3641
-LRYRELPVTTTV
->4128
-LSDIWRIGPNLM
->5981
-MRVSASDLPLLP
->4376
-FGGNGNRPLPWL
->4243
-RGLPSIPTQIFY
->4797
-SLAPPLPGMNFV
->5238
-LKHRELPFIALD
->6630
-QSRALPILPVSD
->6335
-VSWVTRKPPFLP
->4115
-SVPDVPQRNVIW
->6048
-ERWRALPDIPVQ
->6502
-LANRALPTTILW
->4640
-RQLPRVPLFSDV
->5225
-RWWRPLPELASS
->6510
-RPLPVISASGFI
->3648
-WDRFTRASPLVP
->5748
-SHSAMRWLPALL
->5578
-GQTDRWLPAVPY
->5327
-NVLGRLLPNPGM
->4342
-RSLPGPPDAFPW
->3960
-YRALPVFPTMSE
->5117
-TLAPVVPARNGL
->3903
-QVSQDLPPLPYT
->6290
-SVWARGLPVSDL
->4849
-GYSYGQLPATPW
->5592
-WFSARMLPYLPA
->3738
-RGPALPLRVLLR
->6381
-AHLRALPMPLGA
->5625
-KAKLIREMPTVP
->6239
-YASVPPVRNQLE
->4933
-TDGGRSLPEVPW
->3721
-GPGLRGLPSIPV
->3935
-VMNGRRLPLLPG
->5650
-ARKLPRLPFTQD
->5224
-SRSALPLWDVYD
->5129
-MPLLPIRNGTVN
->4681
-LHQQRALPMAQG
->4287
-LMVRALPSIIMH
->5362
-KGPLPMIPVRLL
->4481
-VRPLPSPEVFGR
->4742
-WRSLPAIPTSEF
->3969
-GTRALPLVLERF
->4664
-IQSRLLPVSPVE
->6113
-RARQLPMVPFSQ
->5548
-LWLGRTLTSVPS
->6024
-ASRRLPSRPVAV
->4058
-EGRSLPAVPEFK
->6085
-GSQWWKRALPAP
->5488
-RPLPRVPGSNAL
->4106
-RKLPAVPATEFN
->6069
-GNWTKDLPQIVI
->4176
-SWVPYLPSRNQL
->5632
-RGPLPPIGVDMS
->4560
-RALPSAPYNAPY
->4076
-SRALLTRPLAFV
->3832
-PNWLRPLPGLRE
->4928
-RALPVPPGGSVY
->6485
-PVGRQLPMIRHI
->5150
-LRALPAAPYGAL
->5077
-PSSRALPGMPSI
->3779
-VPLPLPNASGYG
->5724
-SSRRLPLVPTYE
->3747
-NEQLFHRPLPAV
->6060
-ARPPLPGYNKAM
->5369
-LRYRTVPNLPAL
->3880
-WTGLQYRILPTG
->6468
-GAIPRFLPPIPH
->4989
-LRSLPSVPRFGN
->6192
-VTWRALPDVPAG
->5417
-LYRALPMVYADA
->6211
-VPWRALPEVPAG
->5299
-LPELPSANFDWN
->4978
-LRRRLPAIVELD
->3775
-RALPIAPDSIFY
->5690
-SRALPTRPLAFA
->3780
-GRSLPSLPMGLF
->4847
-LHTALPPLPSSM
->5240
-TRVSARDLPLLP
->4579
-IQSRDLPMVHPY
->6074
-FRALPRVPVYVL
->4783
-VRKLPKRPTVVI
->5476
-SGNTRPLPALSL
->4456
-SVARAMMALPGV
->4132
-VRVRALPAAPSI
->5152
-AMIHERPLPIVG
->5564
-LLMQRPLPWEPV
->5561
-RTVMISRPLPFP
->4191
-RVLPDVPSMQRS
->4945
-TRPLPSVIDVSM
->3817
-RKLPPTHNVMSV
->5354
-RGLPDRPGLGGL
->3687
-RWLPSLPHNVPF
->5450
-FGPALPARWGGV
->4597
-LRSLPSVPWLGN
->3839
-QIPSLPLRNQDT
->6398
-RLPLKRPLPSLP
->4590
-VGRAFRMLPDVT
->5193
-FGPRNRALPIIQ
->3761
-HAWWRPWTGVLV
->6058
-GSWVVDISNVEE
->6199
-LSVRGLPNIPSQ
->3825
-TVFPGRPLPTPH
->5976
-YAPVPPVRNQLK
->6532
-VGWSRALPALPS
->4500
-VPLLPTRNGTVN
->5410
-LWLGRTFPSVPS
->5301
-LAMRALPLINLF
->4956
-RPLPSVPSAVGL
->6458
-LAVRALPLINLL
->6609
-SYRALPYAPTVI
->5973
-RALPLLPRLAGV
->5502
-PPPLPARFRIWT
->4969
-RPLPELPERNFL
->6529
-VRSLPGVPVFHS
->4722
-GVTLLLPARNLY
->4729
-RRPLPGLGYMML
->4329
-RDLPPFPDAYIV
->6077
-GRGLPNIPDVGV
->4662
-RARMALPMPYAL
->6033
-GPILPPFNSIRQ
->6137
-LRIRESPLIEVS
->3992
-LMVPAIPDWNWN
->5856
-ARSWAQLPTLPI
->4988
-GQSGRSLPSVPF
->6098
-GGWRYRALPFTP
->5313
-TMRHLPSLPSGE
->4360
-YYNRRLPDFRVF
->3823
-GIPRPLPDPWSV
->3975
-GRPLPNPIGLAI
->3937
-YAPMLPTRYVGE
->3895
-TRPLPSVTDVSM
->6337
-HALPVPPGDSVY
->5874
-PPKLPDLNLGLN
->4620
-TVPELPKRMQIT
->3664
-PFRAPPLPERNI
->6540
-NGPLGRALPFLP
->4285
-YAGMANRALPSV
->5066
-LMVPALPDLNWN
->5530
-WYHGLPAVPMYN
->5308
-RALPIAPWTSVS
->5275
-LRWRKLPLFPDA
->5904
-SPRLPLRAYHLL
->3646
-IMIRALPVVPHG
->4857
-RRPLPTVSVRLI
->4828
-GLNVLRNLPTVP
->4476
-SFWGTARLPSIP
->6316
-RSAPNVPVWNTI
->4394
-LMVRALPSIIMR
->3731
-SLGQRTLPIIPV
->4357
-YQGAPDVPVRVI
->5796
-RLLPAFPSYGLE
->4234
-LFRSRLPMIPYA
->5801
-LGSAYRSLPVTP
->4669
-VPLLPIRNGTGN
->5287
-RALPVLPTKGAM
->5173
-VPAWPMRLAPLY
->5245
-LRILPSLPAYSS
->5453
-SGRPLPIVGQFV
->5121
-GYPNLPARNVYM
->4735
-STLISRSLPKVP
->4499
-RALPYHPLEESV
->4299
-RARQLPLVPFSE
->4145
-YSARTLPGIFHV
->4767
-GLQPVLPPRNLV
->5424
-LGLRNRALPIIQ
->5218
-LAVFRTLPQVID
->6295
-FSAPALPARSDW
->6045
-GYPNLPARNLYL
->3852
-PVRVLPNIPLNA
->6556
-WNVWARMLPQLP
->4558
-GSVPMLPLRAMS
->3746
-GTRRLPSVPYFH
->5919
-WALPEVPFMQLS
->4536
-SWKRTGLPDLPV
->4979
-LRYRTVPDLPEL
->5895
-VSVPLLPNYNTS
->5716
-MTGHGYLPMLPW
->5373
-RALPVPPGESVY
->3950
-LWLGRALPSVPS
->4320
-RGVPFLPPRLWY
->4262
-RSLPVAPPGASV
->3764
-GMKNRSLPLVPL
->4231
-VRRKSLPEVPYV
->6189
-TRRLPLVPSVEN
->6108
-RPLPSLGGLYQV
->4712
-FRALPELPWSAV
->4997
-RVSLPARNAYML
->4683
-FGPLPPIPGNAP
->4777
-TIFNSRSLPIVV
->4117
-GGYERALPSIQM
->6498
-FGRVFNRTLPLV
->5960
-RALPVLVEQFSL
->4606
-SWLGRTLPSVPS
->6507
-GVARAMMALPGV
->5581
-RTRDLPVLPHHQ
->4991
-WSRALPIIGAGT
->3875
-RALPGPPGDSVY
->6416
-GPILPKREWVSV
->3659
-SRALPFIPDVGK
->6269
-LRVRPLPSAPTV
->3962
-GARVLPAPPINT
->5984
-WVRPLPELHMIG
->4043
-SRALPTRPLGFV
->5588
-RLLPDTPWFYLS
->4433
-RPLPTPLNSGWA
->4292
-HLASRSLPDYWI
->5964
-FPQLPARYSAIV
->5019
-GRALPTIPDWVG
->4245
-LRVRSLPVIQRL
->6493
-VPWHALPDVPAG
->5539
-RKLPPTPNVTSV
->3672
-IQSKLLPVSPVE
->4310
-RALPVLSTNGPM
->5045
-PGLPLRNVSFFN
->6225
-TWHRPLPYLPLS
->4924
-VAWLPNLPVQNV
->3941
-APLLPIRNGTVN
->6481
-TFRWPLPMIEKV
->5846
-FPVRALPSIVDW
->4839
-QGSRDLPPLPYT
->4374
-RALPKIKNEVSH
->6598
-GFSMRPLPRVDL
->5826
-WPGARRLPGLPW
->4790
-PRPALPLWDVYD
->6453
-NYSGNRPLPVIW
->6067
-VWYGSLPRIPNV
->6241
-MRVSARDLPLRP
->4110
-LRSGALPAIPVL
->6323
-RPLPVLEPPEYN
->6209
-RALPFIPWYEDN
->6080
-PRRHLPVLPAES
->5235
-RARQLPTVPFSE
->6544
-RALPVVPYSGDI
->5133
-SMRSLPDLPRGV
->6311
-QAEPALPVRIAM
->6205
-APTLPARMYVGS
->4804
-RLSLVMRSLPSV
->4498
-RALSVPPGDSVY
->4331
-LRYRELPITTTI
->4158
-AYLATQPLPLVP
->5388
-WEYTVRPLPSIS
->6602
-VLPKLPGRLLVY
->6393
-SRALPTRPLAYV
->5949
-RDQAPELPYWNH
->3705
-RGLPLLPTMGGM
->4016
-RWLPEIPVNMGN
->3917
-LAWRRLPDIVSQ
->6433
-LRPPVPAANWRY
->5695
-SRALPFIPDVGE
->4022
-SSLPWVPHENIE
->4228
-GLNALRNLPIVP
->6155
-LARRELPFLPYL
->6387
-RWVTRPLPNLET
->5865
-FLFRSLPDAPYG
->3759
-RALPLPGVWMSE
->6171
-QVSRNLPPLPYT
->4221
-DLYAPRGLPFLP
->5643
-RFATDLLPEIPK
->5608
-MSGISLPNIPMI
->3924
-SGLIRWLPAIPG
->5130
-SLVPDLPSRLLH
->5684
-LVPEVPMRYLMS
->6261
-LRYRELPVTTSI
->6243
-ADLRWRKLPVFW
->3670
-RRLPNPLLYVSE
->6227
-RAALPARTVGIL
->4557
-WDPPAVPSRLMI
->4788
-LRYRTVPSLPEL
->4909
-RSLPHVPAELVV
->4384
-GAGRSLPGVPYV
->5335
-NPPALPDRIGDV
->4431
-SSRAPLPVRNAL
->6351
-LRALPAVTYGAL
->5902
-RGLPKLPVEVMW
->4761
-FVPPLPARNNFI
->5630
-RALPLRPSMGHQ
->3786
-LETWRALPVIPG
->4580
-ARALPQVPLSRI
->5213
-SRYLSSVPERNY
->6158
-FPILPSRTMAAV
->6551
-FHRPLPNTDWSA
->6012
-GPTLPLRQYDII
->3955
-LARIDRPLPSIV
->5367
-MRVSARDLPLLQ
->4875
-RVGRLLPVLLGV
->5227
-VLVDVAPPLPVR
->5954
-RSLPGLPDAFPW
->4730
-RYLPSPPQYKIE
->4438
-RPLPVINAVRLF
->4196
-PEWAYELPAWLS
->3987
-SARHLPAPPVAY
->5441
-RKLPPTPNVMSV
->5208
-WGRFTRALPLVP
->5209
-LAPLLPLRDSFT
->4463
-RSERRLPAIPGL
->4830
-GLGRRTLPIIPV
->3912
-PGLPSRNVSFFN
->6637
-LRGLPSVPLEWI
->6300
-SVRSLPRIPSFS
->5765
-NLMLRYRPLPFV
->4619
-LLLPPRNVVHIV
->5281
-PWSRYQRPLPVV
->6118
-VRHRPLPNFVSL
->5708
-GFRVLPQVPMSL
->6349
-RRLPEIPAQKDQ
->5606
-GRQLPSAPLFHL
->4674
-YGGRLLPDRPNF
->4387
-LMVPALPDWNWN
->3757
-LAQHPLPLITAW
->6619
-GRSLPVPTSEFT
->5070
-PLGRRPLTALGL
->6383
-RALPGTPIAMGG
->4092
-SSFGPSLPVRWL
->5466
-VLLLPIRNGTVN
->5119
-TVPELSKRMQIT
->4861
-RSFPTLPARNAM
->6309
-RLWRALPQLPNV
->6644
-YARYALPDLPVE
->5322
-HFERVLPGVPMN
->4005
-RAPAPGPRALVL
->6407
-LRKLPIVPELLV
->4626
-RPLPSLGGLYQA
->6151
-VPWRALPNVPAG
->5885
-LVRRELPSLPYL
->4166
-LRTRSLPAVVSM
->5654
-GPLWSRMLPMVD
->6235
-GLGKRTLPIIPV
->5619
-FPPVPYRSELTL
->4577
-PPGLPQRSFVAV
->4960
-RLERDLPMLPLN
->4899
-LWLGRTRPSVPS
->5612
-YRTVPLPVPTTL
->6111
-MLNGGRARMLIP
->5436
-LPELPSANFVWN
->5678
-RELPPTPNVMSV
->6299
-RPLPSIMLSSIW
->4207
-RPSLPMRYHSVE
->4089
-AVPTIPQRNYVL
->4808
-LRYRTVPILPEL
->6127
-DRALPAFPASGV
->3930
-RLVTYRALTLIM
->3864
-WMAVGRSLPIIP
->3773
-RYPELPLRDYRV
->5025
-AFMYRGLPVVPG
->3678
-RALPVLPSIQNH
->6051
-WKRLPVLPPQMV
->5063
-GSFGPSLPVRWV
->6571
-GSWVVDISNVEN
->4078
-RGYERALPSIPM
->6467
-RKLPSIVLASWG
->4990
-NYRSLPSAPEVN
->5157
-NLMLRYRPLPSV
->4589
-GPLLPVRSADLL
->4942
-VPWRALPDVPPG
->4070
-VRYRPLPSFVSL
->4492
-SILDLPERNMSY
->4984
-GARVLPAPPIST
->3728
-LGPRIRALQIIQ
->5562
-VNLVDLPTRNVV
->3777
-MVLKWRALPIVE
->5663
-RPLPLHPVYYLT
->3756
-GRPLLPVRNLGI
->5280
-SIYGGLSSLPDV
->3680
-LVRRWLPMLPSV
->3768
-WRALPLSSLENV
->5095
-LTVSRPLPSMFV
->4781
-PWARSLPERPES
->4716
-RRLPLIPGGMLI
->5637
-KRPLPMWPNHLL
->5726
-NLMLRYRPLPFD
->3797
-AHVRGSRFVRRV
->6056
-IQMFALPAVVGV
->4179
-AFAGPPILPARI
->3815
-LPYLPERAVSYL
->6062
-RPLPIINAVRLF
->5736
-GPGQRTLPIIPV
->5110
-RVRMLPEIVKDI
->4510
-GYYVRNLPVISV
->3710
-RSRALPILPVSD
->5573
-APRVSMRGYEAN
->3877
-SRALPTRALAFV
->4976
-FRALPRVPIYVL
->5478
-LMYHGNALPPWL
->6144
-RLNVLRNLPIVP
->4014
-AGRALPDLLWVS
->4803
-FLRFRELHGFSV
->6249
-NLHRALPGGEYL
->4947
-LVWVKRPLPVLL
->4108
-APAFPSRNIVLK
->4364
-LVDIQSFPLPRV
->5008
-RGPDLPARYASL
->4631
-RYGHRPLPEVRN
->4659
-PFFGRTLPVIGG
->5697
-ELSPPVPTRYYM
->6495
-GPALPARTVGIL
->6558
-GRGLPNIPDVGE
->5390
-LAVPTRPSLPWT
->5260
-MRVSGRDLPLLP
->3643
-LGPRNRALPIIR
->5325
-LSHHFGVEYRGL
->6329
-VVRKLPVITEYS
->3718
-LQNRGLPLVGRM
->3834
-GPALPARWSSNM
->5491
-WVVRPLPVVGAF
->4959
-RNERFLPLIPGI
->4931
-PRGGVIVSSPNW
->6340
-VPWRVLPDVPAG
->5627
-GSYRGPPDVPHV
->5451
-LVRRELPFPPYL
->3701
-PVRVLPNFPLNV
->4650
-RPLQSLGGLYQV
->5860
-GRGLPPVPGLGS
->4278
-FPVVPPRNLMGL
->4817
-RALPIPNLYKPV
->4745
-PVRVLPNITLNV
->4143
-GGSPELPKRNVW
->5837
-WWRTPLPKVPFM
->5862
-GPRLPTWNFVEL
->4396
-GSWVVDISNFED
->6002
-RPLPNLPQQPKL
->4068
-GSWVVDISNVKD
->6429
-VMFPSLPTYNNY
->6325
-KPLLPARSSSML
->5094
-YWAWGHGFMNLS
->6595
-RPELPQANFGWS
->4212
-VPWRALPDVPAG
->6451
-IMIRALHVVPHG
->5990
-RVLPYLPYGIDE
->4821
-WVHQLRPLPLPV
->4296
-LQNHGLPLVGGM
->4982
-FRPAIPARDIMW
->4794
-GPMLPVWNSVGS
->6505
-APIVPARVMALA
->6030
-RLSFRVLPEVHW
->5969
-PVRVLPNIPLDV
->6082
-RARVLPFIPEMS
->5808
-MRTRSLPLISVI
->6302
-LGAGRRLPEVVF
->4232
-LAVWVRPLPVIV
->4568
-VRRELPGVPESY
->4534
-RRLPPAPHNTVV
->5166
-RKLPAVPATELN
->6297
-MVRGLPALPGVN
->4168
-WTGLRYRILPTV
->3744
-SGNGPTRHMLSG
->6411
-LSVRGLPNIPTQ
->3854
-EMRVLPRVPTEF
->4187
-YSRPLPFPHSWV
->4701
-RARVPPFIPEMS
->4317
-VMRVWIPWVLVF
->5863
-RPVPQIPVIYSD
->6011
-WTAVWRSLPIIP
->6042
-WDRFTRALPLVP
->4154
-HVATYRELPGVP
->4407
-LRSLPSVLWFGN
->4756
-NHLLPTLPSSVV
->4419
-QVSRDLHPLPYT
->3654
-VGPSLSMYNDYV
->6330
-PQRHRTLPMVEI
->3946
-RMRTLPGVPGID
->6246
-LLPGRPLPMLPV
->4855
-PTVPVRNHVRGL
->6117
-VRVLPGIPADVG
->5788
-RDFGPLPVIGPL
->5371
-LRPLPDVLRENW
->4444
-GPDVPKRSYIES
->3999
-HGRSLPARPLLN
->6079
-APVLPFREQLLL
->6572
-RQRGLPSPPFVQ
->5303
-SRALPTRPLAFI
->6182
-RGHGSLPLLPVL
->4041
-SRALPARPLAFV
->4257
-LSAPILPGRNEF
->3806
-PRHRLPAVPWGL
->3689
-LYVGHFRGDVVA
->5858
-MYLPRLLPAMPN
->5391
-GRRLPNLPYLIG
->4551
-RALPVLPTSGPM
->4300
-REWRPLPTVPSA
->5532
-QPLPLRPMEYGY
->5925
-HPPSLLFRGQIE
->5812
-LITPKLPARIGY
->5639
-VSARRGGLPLLP
->6314
-SRALPTMPLAFV
->5819
-NGPSVNMEFYPW
->4660
-GRVGTLPLVPVD
->4545
-LQNRGLPSVGGM
->4344
-SRPSLPARSYYY
->5273
-VPLLPIRNRTVN
->6542
-RALPVLPTNDPM
->4193
-RELPQLPDIGRN
->5068
-RALPLLPRLAVV
->4954
-TVFPGRPLPIPH
->4400
-RPPPSLGGLYQV
->5493
-GLGQRTLPIILV
->5015
-WWRTPLPKVPFL
->3662
-WRALPDVPITVT
->4130
-SGNGPTRHMPSG
->4410
-PPELPSANFVWN
->5824
-LAGRALPLRTYL
->5509
-RAPGLPDRIYVV
->5692
-RALPDPFMNYHV
->5872
-RALPDFPGKYTA
->4424
-WHYLPAIPTYEF
->3990
-AWMKTRALPDLI
->5467
-MRASARDLPLLP
->5883
-SRGLPDLPLFGL
->5056
-GPGWRPLPTVVS
->5356
-IPWRALPDVPAG
->5088
-SPLLPLRVVTYE
->4090
-GLYNRVLPDLPA
->5233
-AMTHERPLPIVG
->5613
-YTTLSLPSLPNA
->6405
-SKRMLPLSPSYN
->4594
-LVVWVRPLPVIV
->4724
-GRGPPNIPDVGV
->5389
-RALPMVPYGGDI
->6200
-LGPRNRALPIVQ
->5718
-GTSNLFRPLPSV
->5768
-TLPSLPSRNKFV
->5089
-PGLWARPLPGVE
->4749
-MRVSARDLPLLL
->4333
-RKLPPTPNAMSV
->4461
-RARGRLPLVPWA
->6517
-RVLPVLPSVNRW
->5037
-VPELPDRYKVIA
->4226
-SRYLPSVPEQNY
->5139
-VYGRDLPMAPYQ
->5341
-GVLGARGLPPLP
->4528
-YRVLPTLPYNMT
->4891
-NLGPLPTVPYYL
->5411
-AYRFPPAVPGDQ
->5178
-WSKPMRPLPVML
->5500
-GVPGVPLRSLLL
->3926
-ERPLLPVRNLGI
->6343
-VRVATARLPMIP
->5728
-VSWMKRSLPSIV
->5514
-FGSPRLPPRNLA
->5962
-RALLSLPYYIFY
->4156
-IYVPTLPDRHFS
->4020
-RGLGPALPIVPG
->6157
-WRILPSTPYDTQ
->4028
-RLLPGIPTAMVL
->3989
-GYPNLPARNVYQ
->5906
-LWLGRTLPRVPS
->3910
-FWRVSERSLPVI
->6230
-VRYRPLPNFASL
->5840
-LRYRTVPNLPEV
->5900
-REGRPLPEIGYN
->3980
-GTSNLFRPLPFV
->5682
-SWAPYLPSRNQL
->5656
-RALPLIPWYEDN
->6356
-ENKWNALPALPV
->5721
-WRWRALPFVDIA
->5732
-RALPFIPWYEDS
->6288
-RAPALSVRALTV
->5448
-RHLPALPYAMGV
->4691
-LHQQRALPMGQG
->6618
-PHMALQLRALPI
->4832
-APALPLRNDGRY
->5017
-RVVPVPFIESLA
->6623
-VSRALPAMPYGL
->4282
-KGRLPEIPYWAS
->5966
-VWTRALPTWPTT
->5552
-RRLPRVPFDMIP
->4038
-IRVSARDLPLLP
->6472
-RALPDVPPYSSV
->5043
-LRQRALPLIRVM
->5758
-GYPNLPARNAYL
->6438
-GPTFPLRQYDII
->5755
-SRALPTRPPAFV
->6535
-LRFRSLPRWPVL
->4564
-RAPELPYRIYVV
->5887
-PLVLTDKSYYYG
->6023
-MRVSARDLPLHP
->4171
-LRIRELPLFEVS
->4980
-RGLPSVPMGLSG
->4086
-LRYRTVPKLPEL
->6028
-SRGLPIPPSQEL
->3906
-RALPFIPWYEEN
->4671
-GPRPLPSILMAW
->6527
-VPRRALPDVPAG
->5073
-ALLSGRPLPEFP
->5880
-DLYATRGLPLLP
->4519
-PRHRLPAVPRGL
->4912
-YGRPAFPVPEWV
->4397
-PPSVPYRIMAQF
->5171
-LRGMFPYPVDIA
->4657
-RGALPTRPLAFV
->6425
-RALRVPPGDSVY
->4198
-FRGVARRLPAII
->3836
-GYPNLPARSVYL
->5930
-RALPDVSPYSGV
->5821
-ARRPLPWPFLLV
->5596
-LRAIPDLPFVTT
->4102
-VGLTLPSRDQFI
->4323
-SYPSINWTSFPL
->4661
-VRMLPDPAVGYV
->6221
-PLGRRPLPALDL
->4137
-LRYRTVPNLPGL
->6140
-GGVILNWYTYPW
->4806
-SIPDLPERNMSY
->6385
-RSLPAVPRAFKD
->5541
-VVPVLPNRNEVW
->5544
-NYRSPPSAPEVN
->5742
-LRGLPDPMFGLV
->5113
-LRYRSVPNLPEL
->3802
-RPLPLPPYPGSV
->4811
-GPAVPPLNAMSQ
->3676
-LGPRNRALPIIH
->3939
-YTAHVLPGIYEF
->4272
-GLDQRTLPIIPV
->5621
-GPALPFRNSIYA
->6196
-PIYGGLPSLPDV
->6440
-QNRLLPVLPRGQ
->3771
-FLRFRELPGFSV
->4515
-GYPNLPARNVHL
->6563
-RARQLAMVPFSE
->6160
-RPLPAVGGVGVL
->4779
-FLATRALPVPYL
->5457
-HVAAYRELPGVP
->4949
-LNMRTRDLPSLL
->6555
-GSWVVHISNVED
->4109
-RGLPEIPSWPSN
->4401
-IARRPLPSLWEF
->4995
-LRKLPMAPELLV
->3794
-LRSSPRLPPWNL
->4938
-LGTRGLPTIPFH
->6125
-GALPSVPYNAPY
->5108
-ARPMPELPVERV
->4539
-RPLPAMPHRLSI
->6378
-SIYGVLPSLPDV
->6465
-RSLPWAPHENIE
->5365
-RGLPNVPMGPSG
->4916
-WGKRPLPVTPLL
->3928
-GGMMRALPFIHT
->4940
-IARRPLPSLWGF
->6591
-RTLPIINAVRLF
->5254
-ARPLPHLLSDSL
->6536
-SIYGDLPSLPDV
->6254
-RLERALPMLPLN
->4484
-DSVRILPEPPLI
->3914
-TKRPLPHPTEIR
->3692
-GSAPPVPARSVF
->5770
-MWRPFGSLFSFV
->5406
-HRWRPPPVPHAL
->3726
-AIMPEVPQRNWV
->5059
-NHSGNRPLPVIW
->4944
-IARRPLPSLWAF
->4750
-YGPLPRIPIGYD
->5569
-FGRALTVLPVVT
->4617
-PSRPLPGLPQTL
->5867
-APAVPPHYPYHI
->4714
-ERWRALADIPVH
->5494
-LQNRGLSLVGGM
->4033
-LAVRALPLINLY
->6321
-GRMLPTVPNYNV
->3848
-RPLPLHPVYYLK
->5274
-RALPLLPRLAVG
->6627
-MRVSARDLSLLP
->4453
-GLAVLRVLPDLP
->4973
-PVLPGRDIVLIP
->5206
-LLNLGRTLPTFP
->3644
-AKRRLPLVVSLL
->6179
-GTANLFRPLPFA
->5558
-ERGLPSIPHELW
->6229
-LMVPTLPDWNWN
->5836
-SLYFRSLPVLQM
->5320
-RGLPNVPMGLSG
->5894
-LQMTHRSLPLLP
->4006
-LRYSELPVTTTI
->3766
-SHALPTRPLAFV
->5676
-RMLPSLPAWGNL
->6580
-RSLPSEPSGVVY
->4719
-WVRVRSMLPVAP
->4204
-AYRALQVVMTAD
->3971
-HVRRLPAIPFSE
->5941
-FGPLLLIPGNAP
->3932
-WRALPLPSLEDV
->6259
-GRNLPAIPTLLV
->4163
-RGPALPLRVLLH
->5659
-RYLPLRPVLQVM
->3712
-RVLPVPPSVNQW
->4622
-RALPSLPYYIFY
->6363
-VFVVRALPGVPD
->6636
-RPLPALTLEVGG
->4072
-GFGLAPTLPPSN
->4122
-TNRDLPLLPDTL
->5959
-VGPYVVPLGGGF
->4900
-SNQGRVLPVEPV
->5125
-FMPPLVPARVAL
->4389
-VRLLPNIPAPSE
->4739
-RPLPSVPYSPSG
->5211
-RIYRSLPDIAVS
->5267
-YSGLANRALPSV
->4708
-GYPNLPARNVYL
->5584
-ARMLPMVPSIAL
->5551
-HSYKTRGLPAVP
->5346
-VRELPRPSMSQV
->5471
-LPALRSRALPEI
->5799
-QGERNLPPVPSY
->3754
-MRVSARDLPLFP
->5283
-GPRALPAPLKQF
->5460
-GVPLWGRALPVL
->4586
-SARQLPMVPFSE
->5229
-RARQLPKVPFSE
->6620
-FLYHRQLPMLPR
->5706
-VPLLPILNGTVN
->6339
-NLGPLPAVPYEL
->5764
-WTGLQYRILPTV
->4529
-QDAYSYRALPWL
->6040
-QFHPELPVYNNG
->6070
-IYFKFYRTLPLV
->5670
-LRYARPLPYYVL
->6305
-GLDVLRNLPIVP
->4512
-VGPIVPWRQALI
->6238
-LRFRVLPYLWGM
->4644
-ARGLPDLPWELP
->6354
-PVRVLPNISLNV
->3953
-MPFLPQRPVLPL
->4372
-RVSRDLPPLPYT
->4867
-PRHRLPAAPWGL
->5252
-FSLSTRSLPWVE
->4391
-PTFLSSRMLPVL
->6445
-PWTRALPLLREI
->5950
-WRSLPVIPTYEF
->4624
-VRWRVLPATLGV
->4026
-LPARAPWPRYLL
->6312
-RWATRPLPNLET
->6522
-PRYRRLPLVGWL
->4284
-VPWRAFPDVPAG
->4507
-WRFLPAIPTYEF
->3967
-MKLPPTPNVMSV
->6489
-RALPVLPTNGPM
->4605
-SRGLPALPVEVR
->6430
-RPLPSLGGLYKV
->6174
-YGQRPLPLVDGW
->5766
-RSLPEFPELHHK
->6328
-LRMRNLPGLMDM
->5988
-LRYQTVPNLPEL
->6232
-GRNLPAIPSLLA
->5850
-SRALPTRPLALV
->4824
-LSVRSLPNIPTQ
->6369
-WKAVGRSLPIIP
->4747
-FGNTRPLPALSL
->4214
-RYGQTRGLPGIP
->3945
-GVPAKRLLPKIP
->6615
-LRYRTDPNLPEL
->6496
-GLLPDTPWFYLS
->5427
-RLLVARSLPAVP
->4412
-IGPRPLPTIGTI
->6474
-LPLLPTRNGTVN
->4334
-RPSLPMRSFLSF
->5086
-PGRGLLPPTPIN
->5945
-MRVSARGLPLLP
->5145
-GYPDLPVRMQEL
->5232
-LGPLPLIPGNAP
->4464
-PYGGRSLPIIMN
->6437
-IARGLPDLPGYV
->5869
-YTARVLPGIYEF
->5177
-LGPRNRALLIIQ
->4800
-RPLPIVGLDRAF
->3682
-SVPLPVRNVGGW
->4593
-LRKLPMVPELLV
->5049
-PVRVLPSIPLNV
->3982
-WRILPSTPYDIQ
->5841
-GPALPFRVWSDL
->5647
-WVRWKELPMVPH
->5733
-RKLPSLPNAVRL
->5790
-PVRALPNIPLNV
->4835
-TIMQQLRNLPVV
->5773
-RILPYIPLQRAM
->3813
-LSVRGLHNIPTQ
->4596
-MPGPRSLPVIPH
->3656
-RALPTLPRPGVD
->4525
-IARPLPTPHAVP
->5137
-GTPALPQRYFGW
->5513
-TIMEQLRNLPVV
->5886
-RTLPMVPWATFQ
->5035
-GGYERALPSIPM
->4114
-SRKGRALPAINL
->5134
-RALPFIPVNNVV
->3828
-RSRALPRLPVGM
->6159
-MWVSARDLPLLP
->4773
-QAPVLPGRTWIL
->6146
-NELLFHRPLPAG
->6202
-RMLPGPPWDLSW
->6122
-LLPGPAISPWHL
->6549
-DGPKLPPWNVSL
->5523
-GDKPMVPARAFL
->4886
-RALPLLTGDLVV
->5910
-LQLRYLPAQPSL
->3878
-AVGPSLPRMNQF
->4225
-TSPLLPFRNMGM
->4165
-RVLPSIGLAAIA
->4768
-RALPEGPETIYK
->6574
-LASRSLPLVGFS
->4549
-VPLLPIRNWTVN
->4013
-LSWYLSRALPLV
->4251
-RLLVARSLPTVP
->3668
-LLKMRPLPLLTV
->3804
-IARGLLDLPGYV
->5483
-LRYRTVPNLLEL
->6263
-RALPLPVKANVE
->5437
-GGYERALPSISM
->5304
-AALPKLPFRNMT
->5185
-RALPGVPSHEIV
->4543
-MVRGLPALPGGN
->5242
-SRAYTVRALPPV
->6248
-RPLPSIVVRDDG
->5921
-GLFRRSLPPTPW
->5534
-RLLPYLPAGVLT
->5317
-RVLPQTPHIGST
->6463
-RALPTSPRPGVD
->5878
-DDGVRPLPVLPS
->5879
-ILQKLPVSPWNL
->5013
-GQRVLPSITVDL
->5762
-GLTVPLPPFNRM
->5983
-RALPMVPWATFQ
->4823
-VFVVHALPGVPD
->6400
-RALPVLLTNGPM
->5400
-MSLRHRSLPDIV
->6000
-RSLPLAPLGYSS
->6132
-YGGRLLPLVPGF
->5430
-LRPPVPAANWPY
->5052
-GSHRGLPDVPHV
->4435
-RARVLPFIPGMS
->6384
-LRSPPSVPWFGN
->6152
-QLLGRSLPVLPM
->4763
-SRALPTRPPEFV
->4471
-RPVLPVENVLFP
->5851
-RSRPLPGLPQTL
->5382
-ESYRGLPDVPHV
->6089
-LRYRTVPNLQEL
->4425
-APALPMRSYVDW
->5249
-GMLRPLPLIHNF
->6093
-GLGQRTSPIIPV
->5909
-GALPGVPSHEIV
->5528
-AYKHRMLPTPGL
->4726
-NRLLPTPPSSVV
->5075
-RGLPQVPELKVG
->3783
-RSAFRLLPMIPA
->5029
-GSWVVDISNVEG
->5420
-SQNRGLPLVGGM
->4792
-LLAPATPLRQII
->3760
-LMVRALPSIIMQ
->4152
-RPLLPPWNSGVL
->4639
-LGPRNRALSIIQ
->6413
-LRFRTVPNLPEL
->4246
-IMRVLPSIPQYT
->5518
-SRPLPVLGGSAV
->6608
-YGNPRARMLPII
->6214
-SYRALPYTPTMI
->6185
-RALPEIISVPLY
->4233
-WRSPPAIPTYEF
->4532
-RLLPTVPYITRL
->4238
-IWDRQLPTVPVN
->4346
-VNLHRPLPMWSY
->4694
-RALPLIRTYEAW
->4556
-RSLPFIPWYEDN
->3856
-SPVLPVRNIVGL
->5996
-RPLPLIPHIVHW
->4266
-WRTWTSLPVLPG
->5822
-RAPPVLPTNGPM
->3897
-RALPSPFSSLEH
->5979
-YSLKGLPLLPRL
->5560
-VRALPSVLGQVT
->4379
-SRALPTRPLAFV
->4054
-GLSVLRNLPIVP
->6162
-LRWRSLPEITWL
->5623
-SRNLPAIPSLLV
->4845
-GPLLPPRMAMLK
->5455
-RPLPVFPSEVSE
->3741
-MRVSARDLALLP
->5577
-IPVALPYRDSVF
->4813
-RALPPVPKWALD
->5198
-YSQRVRALPMFP
->6188
-APWRALPDVPAG
->5404
-FLKNRPLPVARF
->4946
-VRYRGLPSIWSN
->5918
-DLRPRLPARWVI
->5261
-WRVPSALPSIPI
->4321
-YMFKDVQLPVVP
->3735
-GSTYLGRSLPIP
->3732
-ARRPLLWPFLLV
->4921
-SRPLPTSPPIAV
->6286
-VPLLPIRNGTAN
->4637
-LMVRASPSIIMQ
->6216
-MRPLPGFPTLAQ
->4918
-ELAVRKLPELAF
->6169
-IMVRALPSIIMQ
->3796
-MRLRALPEAVME
->5772
-LRYMPLPDILFN
->4547
-WTAVGRSLPVIP
->5246
-VRYRPLPNFMSL
->5912
-SGSGPTRHMLSG
->3724
-RALPGIPEYYWL
->4330
-RRPLPALPNYSF
->5091
-RALLVPPGDSVY
->5271
-RKLPKIPLMDTN
->6021
-RARKLPMVPFSE
->5004
-GRPQPNPIGLAI
->6585
-LRYRTVPNPPEL
->6352
-IFLRSLPAIGNE
->6084
-WDRFTHALPLVP
->6427
-MRVSARDLPLLS
->5485
-APKLPVRGVTSF
->4562
-RALPVLRTNGPM
->4914
-RGLPFLPPTVEA
->3908
-RPLPLITMMSAQ
->4871
-WMARSLPVINGM
->3838
-GKRRLPQVPFHM
->6614
-RKIPPTPNVMSV
->5370
-AGLGPLPDVPNM
->4104
-GRLLPSTPGFVG
->5652
-SELLFHRPLPAV
->3958
-VGRGLPRIPFVS
->3831
-SVYRALPVVGTS
->4655
-KFGVSWRALPLL
->5972
-LLVQSRSLPPLW
->6525
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->4451
-SWYPDVPARNLY
->3901
-SGVSERMLPSIP
->5027
-FMRYQGLPLPIE
->4274
-GRRELPAIHTNF
->5154
-PMRVLPNIPLNV
->3809
-MRFRPLPLTRVE
->6380
-QVSRDLPPLPYT
->6371
-SRPSLPARLYYY
->6442
-LVRPLPNAPRML
->5743
-RTRVLPFIPEMS
->5933
-RGLPSLPFVWKL
->4971
-YLLGFRPLPMVS
->6482
-WSSLPAIPTYEF
->5892
-VAHGRALPLLPL
->5297
-TFRTLPTIPVEM
->4737
-WMVARNLPVLPM
->5586
-WGRRLPDLPTFA
->4056
-RALPFTPWYEDN
->3965
-RRSLPIIHINGD
->5127
-YSLKGLPLLLRL
->6019
-WRSLPATPTYEF
->5591
-FGPLQLIPGNAP
->5329
-WPGYRHLLPDVP
->4966
-GSYRGLPDVPNV
->5905
-QVGRDLPPLPYT
->4517
-LGRALPHAPVLV
->4135
-GGRLAFRNLPAL
->5633
-RSLPWVPHENIE
->6514
-PVLPGRNIVLIH
->6006
-MPPALPDMNTAY
->3868
-APIAPLRNGMGF
->4124
-VRDLPDIPEYDS
->4936
-GRPLLPARNLGI
->4985
-LLVLELPPWNVW
->4865
-SGYRYRELPGVP
->4307
-LSKRSLPSYPVL
->6046
-RVLPEVPRPVEY
->5603
-VAVFRPLPQVID
->5047
-LMVPALPDWSWN
->4220
-TVPDLPWRAVSS
->6511
-RKLPPTTNVMSV
->5222
-ALLSRDLPAGPG
->4095
-YLFRALPDVPRN
->6170
-GMKNRSLPLAPL
->4950
-SASSRPLPRLVF
->5393
-GLLGSRGLPGLL
->6223
-MTGHGDLPTLPW
->4355
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->6365
-NNLYKFRELPIV
->6226
-RVGGWGRLSRGI
->4380
-NRLPWDALPVLP
->5331
-LLRYRILPVVQN
->5462
-MRMRMLPDVSHF
->4878
-NPGRRSLPSVPV
->5889
-KRRMLPSVSTLM
->4642
-VRPLPSPEVFGQ
->3800
-GKPGLPLRPVVL
->6538
-LRFRVLPSPWGN
->4584
-QWLKYRTLPVIL
->4150
-WRALPLPSLENV
->4696
-RPLPVLPSVIDV
->4370
-LRSLPSVPWFGN
->4634
-RRPLPNPIGLAI
->4264
-SRPLPVIGGSAV
->4573
-GHILPKREWVSV
->4140
-WTAVGRSLPIIP
->4876
-RVHMLPEIVKDI
->5102
-RGRPLPVVIASE
->4031
-VMSKVPGTWVNA
->3841
-LRVRSLPVIQML
->5496
-GYMPGRALPLLP
->6138
-AQRVLPSIPVDL
->3861
-LAVFRPLPQVVD
->5649
-TRPLPSVLVMEE
->4383
-WRVPSALPPIPI
->6566
-RKLPPTPNVMLV
->6625
-RALPVLPMNGPM
->6582
-WPGYQVLPDIPD
->4008
-RNLPPTPNVMSV
->4895
-MRIRSLPLISVI
->6115
-LNKPQLPEYNVV
->3751
-SRYLPSVPERNY
->5674
-LWKPSWPLPVPE
->4420
-NLGPFPTVPYEL
->3674
-GTANLFRPLLFV
->4728
-LQNRGSPLVGGM
->4161
-APRPLPYLNQYS
->6103
-LAQRPLPLITAR
->5939
-GLNRTLPHIPHL
->5927
-ERWGALPDIPVH
->5657
-MRVLPGIPADVG
->6633
-FRWRSLPALDYI
->5866
-VRPLPVPRLQYD
->3791
-PGLIRWLPAIPG
->5516
-NLGPLPIVPYEL
->6596
-GLGSRVLPQSSF
->4336
-RSLPPGPSLSLS
->5293
-FRALPELPWSVV
->4473
-LRALPAVPYGAV
->3811
-RALPELPRVVAY
->3762
-HRWRPLAVPHAL
->5415
-RVNWARPLPSFE
->3984
-FRLRPLPAVYHA
->4159
-LWSRTLPVPDER
->5667
-FGVRPLPTVEFG
->5947
-RPLPVLLSVGSY
->6564
-RLLPTTPAVGTY
->4466
-VYGRALPMAPHQ
->6190
-VEVWRPLPNLPW
->4496
-VPLLPIHNGTVN
->4458
-RWLPEIPVNIGN
->5792
-IALWTDFHWGRA
->3881
-RLRALPILPVSD
->5318
-GSLRRLPAVIEM
->4223
-GYYWSQRALPVV
->5147
-SASSRPLPRLFF
->5132
-RALPVLPTNGHM
->6260
-VLGLRALPRLPE
->6176
-NPKLPWRSVHLM
->5937
-LGHPLLPVRNAV
->5033
-GSRVLPRFPLSL
->6187
-LRFRSLPRWPGL
->4837
-YMNWGRALPHPS
->6391
-NRPLGRALPFLP
->4925
-GLNVLGNLPIVP
->4897
-TPVLPWRNGDLV
->5040
-GRLLPDIPISDS
->5230
-NRLLPTLPSSVV
->5775
-NLGPLPTVPYEL
->6476
-FGRSNVLLPAIP
->5363
-YGHPTLPAIPVL
->4002
-LGRALPHAPVFV
->3866
-AGLPLVPLRNLI
->4741
-GRSLPNTPTPVF
->3781
-FGLRPLPAVYHA
->4603
-YGRALSGLPSLP
->6284
-IGPRPLPTIGSI
->6486
-SAPALPHTNVIK
->4689
-GAPALPDRVSAF
->5189
-SSFGPSLPVRWV
->6073
-KGLPAIPVSWLV
->4024
-KIGRALPVLPMN
->5187
-GGSGRFLPSIPS
->6265
-SKLPPTPNVMSV
->3978
-MSLWYRSLPDIV
->4608
-VGRALPTPAVVE
->5686
-IWDRQLPVVPVN
->3943
-LRYRTIPNLPEL
->5244
-GPDLPPWVLNLV
->4061
-SQRVLPSIPVDL
->5704
-SYSVSLPARNAS
->3821
-LRPLPSPVLAIL
->6447
-WGGPALPGRSLV
->6435
-MWFSLFQDYGVL
->3973
-WQYVVRPLPGID
->6454
-LHQQRAFPMVQG
->3921
-RRLPPAPHNTVG
->4088
-LAQRPLPLITAW
->4290
-LMYRTVPNLPEL
->5754
-ARLPARNAAYLV
->5348
-VTARPLPGIEGV
->4048
-GLLTRGLPSLPG
->5429
-PLGVRELPELPF
->4183
-TVFPGRPLPIPR
->3714
-GPRVLPSIPVDL
->6509
-QALPVVPYGGDI
->5943
-RKLPPTPIVMSV
->5498
-WSRALPRVPMTD
->4994
-SRHSLPARLYYY
->5083
-HRWRPLPVTHAL
->4962
-RALPVVPYDGDI
->5998
-RPLPTLMLNALY
->6293
-LPPIPNLNGNPL
->4705
-YRPLPTVPRYIE
->5384
-PVSVLPNIPLNV
->5054
-LRYRLLPGFGDF
->6090
-RVRGLPGFPGML
->5853
-TRMKIYRALPVV
->5784
-LPPQLPYRDIVI
->6112
-SRELPSLPGVML
->6307
-HRWRPVPVPHAL
->4403
-LLGYRPLPVLPN
->5833
-RLLPGIPSAMVM
->5239
-SIYGGLPPLPDV
->5794
-RSRALPILPVSG
->5782
-PGQWAPNLPERN
->4468
-MRVPARDLPLLP
->4540
-GRRLPLVPTRAI
->4217
-ALLSRDLPAVPG
->5375
-YAGPANRALPSV
->3748
-RALPGTPIAMGV
->6095
-WTGLQYRILPTI
->5396
-RARQLPMVPFSG
->4297
-DLGPLLPSRNVS
->4305
-RARQLPMVPFSE
->5163
-LSPNVSRLLPVV
->4289
-KNLYKFRELPIV
->4440
-FRGALPAPPMWI
->6086
-VGPKLPGRAFVT
->4601
-RARQLSMVPFSE
->4348
-PRWGTLPALPDL
->4414
-KVLPVLPSVNQW
->5065
-RAKLIRELPTVP
->4859
-IASRPLPSLWEF
->4851
-YAGLANRALTSV
->4236
-LPELPSANFVRN
->4615
-RWYSLPAVPGVH
->3934
-RALPVLPSSQNH
->4119
-ARALPIVPSMGE
->5446
-LRALPAVPYSAL
->5751
-RFLPLIPEAPGM
->6461
-LRYRTAPNLPEL
->3994
-GLVLPQRNVAHN
->3733
-FKGPQLPMANAW
->4775
-PMGPPTPARIIE
->6332
-RLLVARSSPAVP
->5431
-FYPRPLPPVNVE
->4252
-MRDRVLPLRPLD
->4571
-RGWLPALPSRLL
->5470
-NYRVVPLPEIPL
->4957
-SSRRPLPIISWA
->5306
-LPALRFRVLPEI
->5326
-LMVRALPSIIVQ
->5526
-QSRPLPGLPQTL
->3661
-QVSRDLPPMPYT
->4755
-WRGLPSVPVWTE
->5828
-WRNMWRPLPDLP
->5175
-RPLPYIDFVISN
->5844
-PSLPVRNGILLN
->5278
-KAKLIREPPTVP
->5803
-STSPDIPVRNLS
->3698
-VRPLPSAPGYIG
->5876
-VGVPLPARNLAL
->4487
-VRWRVLPATLGG
->4678
-RRPIVPERNTYV
->5575
-TNRDLPLLSDTF
->5505
-LRSRSLPRWPVL
->3666
-IWDRQLPMVPVN
->6459
-APRLPGRSLAMV
->4361
-MGRALPVRGYLL
->5499
-LNWLSRGLPGLP
->4340
-RALPSIGVYSEF
->5060
-MRMRSLPLISVI
->3936
-SQPRGLPPVPAF
->6541
-NRSRMLPSIILE
->6233
-LRYSHDSWFLLF
->4537
-YRRELPVIFYEV
->6003
-LRALPAVPYGAF
->4977
-RPSLPARFFAGV
->4501
-GLRELPRVPMTD
->5174
-VRAFRALPLVVE
->4293
-RYVRPLPPIYDL
->5067
-PNWLRPLPVLRE
->3824
-VPLLPIRNGIVN
->5531
-SVLPGRNIVLIP
->5938
-RPFRTLPDIYEI
->4591
-GSHMGFKAKEKY
->5508
-SHSAMRRLPALL
->5873
-VPLLPIRSGTVN
->4213
-LWERSLPLTPVA
->5309
-VRYRPLPNFVSL
->5310
-IRPLLPAYNQHI
->4258
-LKSWALPVFISQ
->4474
-LRYRELPVTTII
->5825
-KLVTRELPNLPV
->4475
-RFLPKLPFQESL
->6076
-HWKGRSLPLPLP
->5780
-RFLGRQLPQITY
->4144
-GLDVAYRPLPPI
->5907
-STLPLIPSMSVG
->5503
-LHQQRALPVVQG
->5536
-RSRALPLLMDIV
->4046
-KNTVQSRMLPLL
->4567
-SIPDLPERNMGY
->4328
-AHSLASRVLPTI
->5475
-LWLGRTLPSVPS
->5855
-GRLLPILPGGMD
->4445
-RGGLPEVPTAWG
->3851
-GKRRLPSLSYFV
->4447
-LPPLPPLNGGSK
->5767
-ATALAGRVLPIV
->4552
-APLLPYRIGEHW
->4930
-YAELANRALPSV
->6010
-GRRLPLLPGVLL
->6172
-VLWGPWWAFDLP
->5263
-VLPSTTRALPVV
->3787
-RPLPESPSLAQQ
->6145
-RRELPAIIFDIT
->6274
-LLLPPRNMVHIG
->5342
-RRLPLVGYGWLI
->6044
-WLSLPIRNAISI
->4416
-NESPAIPVRALL
->4235
-RLLPGTPYDFSA
->5713
-HRWRPLPVPHTL
->5217
-NNLYKFGELPIV
->4764
-LPALRFRALPEM
->4613
-GSWVMDISNVED
->5165
-LWKRTGLPDLPV
->6181
-RVLAVLPSVNQW
->4923
-FRSLPVPYIDYQ
->3694
-RGRPLPVVIAGV
->5392
-RRLPLIPGDMLI
->4491
-LRFRSLPHWPVL
->5795
-WYAGPSLPLRML
->5288
-FRPLLPPRLEGL
->3730
-FRRGLLIISSVV
->6017
-SRALPAVPYGAL
->6592
-RVLPMVPDRWSH
->5809
-VGSRALPRVVHT
->5760
-SWFGPSLPVRWL
->3647
-FAVKRSLPEIPL
->6490
-GRPLLPVMNLGI
->5589
-MRELPLIPEQAV
->5044
-GSWVVYISNVED
->3963
-PALPGRNIVLIP
->6134
-RKLPPTPNVMSD
->6434
-FTVKRSLPEIPL
->5848
-GPFLPERNVVAV
->4434
-RLFRPLPGVQLM
->5965
-RSLPEFPASMKV
->6480
-YGDLAHRALPAV
->6242
-LRHRELPVTTTI
->5018
-HFERVLPGVPMD
->4609
-DLAPLLPSRNVS
->4242
-RALPVSPGDSVY
->3940
-VPWRALPDVPAV
->5756
-GSWVVDISNAED
->4856
-YQSRALPAVWSW
->4668
-RGPDLPARYESL
->5737
-RVLPVVPDRWSH
->4029
-MSLWHRSLPDIV
->4116
-LRRPLPAIGWGV
->5081
-AHVRGSRFVRGV
->5934
-LRFRSLPRWSVL
->5961
-GRVLPSVPLHFE
->3807
-LRARVRSLPLLP
->6322
-KAKLIRELPTVP
->3995
-VWRKSLPEVPYV
->6415
-DLVRGLPPTPAV
->3658
-RALPVLPRNGPM
->4081
-MSIRGLPWVPLE
->4992
-NRHLPVIPVIDG
->6126
-SDRSLPDVPTVI
->5696
-GAWTRALHGIPS
->4831
-RALPMIVLDGEF
->4621
-LGRALPVLPVVT
->4757
-LMVRALPSIITQ
->3947
-WRSLPAIPTYEF
->3883
-LRFRSLPRWLVL
->3704
-NELLFHRPLPAV
->6374
-SRALPTRPLAFG
->4253
-GLYAPRGLPLLP
->3974
-GLHRPLPMPAGL
->3918
-RRPLPGLGYMIL
->5442
-MSLWHRSLPDIA
->5419
-RRALPTRPLAFV
->5011
-YAGLANRALPSV
->4490
-LVHLGPVIPERN
->5270
-IGPSLPYRTLMY
->4229
-LGMTTRGLLALP
->6319
-MRVLPGVPVIDN
->5864
-LPLPPRNVVHIG
->6394
-RVPPVLPSVNQW
->4682
-PPLPPRIEKGYW
->6577
-WRPLPDIIVKHY
->6624
-SRYLPSAPERNY
->5916
-LQNRSLPLVGGM
->4460
-VRWRGLPATLGV
->5080
-FHRPLPNIDWSA
->5683
-RALPVPPGDSAY
->4998
-EVRALPQLPVVQ
->6449
-IERALPLVPGER
->3651
-LAQRPPPLITAW
->4791
-ERWRALPDIPVH
->6404
-LELRPLPGLPLV
->5777
-TPGPVLPEWNAL
->6066
-YRWRMLPVIWGT
->4798
-LRPPVPAANWHR
->4883
-VPWRALPDEPAG
->4063
-YPALPPRLGLAL
->4805
-VRNLPLLPSRLM
->6545
-HLRPSLPALNDM
->5387
-LRYRILPSVNGV
->4332
-WRALPTLPKAST
->6206
-RWLTEIPVNMGN
->5038
-RVLPVLPATYGV
->4776
-EYPNLPARNVYL
->5517
-VAYRRLPLVNLL
->5679
-YGTRTLPRVILD
->5655
-LRYRELPVTTTT
->6236
-RALPSVPYNAPY
->6632
-TPPLPDRTKVLS
->5818
-RAGPMLPDRSLY
->5103
-AGLPLVPLRNLL
->4618
-FSWRPLPGTQAV
->4717
-TLPSLPSRNKLV
->4093
-TDRDLPLLPDTF
->4439
-RWMSPPALPARE
->4629
-LRMRSLPVIQML
->5104
-WASRGLPEIPTG
->4208
-RGLQYRALPLLI
->3863
-RLLPGIPTAIVM
->4377
-FGRWRSLIPGPL
->4000
-SRLLPNAPFQMD
->4789
-ISGPPLPQRSYL
->5702
-SDVPLTPIRNML
->5672
-PALPMRNAAIAL
->5607
-RWGILPSIPLPS
->4862
-VMVPSLPTYNNY
->6344
-RRWRPLPVPHAL
->4015
-LARPLPALNMVR
->5487
-RALPTILVEEFR
->6388
-RARSLPLPPSLI
->4365
-SRALPTRTLAFV
->6110
-PLLPGRNSAMVG
->3843
-GMHPAHRALPLT
->5463
-NYRSLLSAPEVN
->6641
-VKMRLPARNVYA
->5140
-LSVRGLRNIPTQ
->5182
-RAGWLPALPLPA
->4065
-RGPGLPFPNVVM
->4009
-RPLPVLSFDSTE
->5660
-GPRVPDRILVGY
->3640
-TLVPVVPARNGL
->3909
-LWLGRTLPSVPN
->5255
-GHRLPLVPTRAI
->5216
-VRYRPLLNFVSL
->3736
-PMLWLPDLPDRP
->5901
-AMIHERPLPIAG
->6512
-SRPIVPERNTYV
->4703
-TWRDLPPTPSFV
->4578
-VTRPLPQLIVVD
->4489
-GVMMRALPFIHT
->6306
-SGSTRALPSIPQ
->6009
-TVRIPPLPEYNL
->5549
-SRGLPSVPSIVG
->6027
-SRVLPTRPLAFV
->4796
-GANGILRSTIVF
->4133
-PAVRLLPEVPWH
->5890
-RLLPSPNVQYIE
->5587
-LLYRELPVTTTI
->6301
-RALPLIPSMSVG
->6004
-RRPLPVILYDHK
->6503
-SWRKLPAIPPGS
->4635
-TFRRPLPMVEKV
->5237
-SNKGRSLPQIFH
->6050
-IWDLQLPMVPVN
->5226
-FRPLPQLTTEIR
->6539
-RLLPMPPGTVHK
->5980
-GPELPSRTVYTD
->4127
-RALPVISILSGE
->4311
-RAPPVMPGAVGS
->6156
-MQVSARDLPLLP
->4892
-MTRPLPTPWYGN
->6100
-HRWRPLPVPHAS
->5474
-TNRDLPLLPDMF
->4643
-LRYRELPVATTI
->6359
-PRTRALPLILYT
->4385
-MTGHGDLPMLPW
->5932
-RGHPLPVVIAGE
->5709
-NQVRLLPWVPGS
->3673
-RTANLFRPLPFV
->5665
-RPLPLIGLQSMQ
->4219
-QVSWDLPPLPYT
->5614
-MRALPGTPPGLG
->3818
-TSLLAWRMLPTP
->6350
-VAPALPWKNGLG
->3737
-YGAGRLLPPLPW
->4421
-RKPPPTPNVMSV
->4406
-ALVYSRALPVIP
->4303
-WVRPLPELYMIG
->4561
-FSGLPRALPEDP
->4648
-LRIRELPLIEVS
->6210
-VRHGVLPSVPGS
->5361
-RGLPDVPMGLSG
->4057
-HARQLPMVPFSE
->6217
-MRYRALPAISIE
->4199
-VRGALHRPLPFV
->4480
-NRKLPGVPWMSL
->4105
-RSLPWIPMEGFD
->5120
-YRWRPLPVPHAL
->4841
-QVTKVRSLPELP
->4288
-SFLQSRPMPEVL
->6557
-RALPGLPSMGQL
->4814
-RLLPGIPTAMVM
->5128
-FGRWRSLIPVPL
->5789
-RALPDVPPYSGV
->6334
-RLVPPTPMLNDL
->4177
-YAIYKLGLPDVP
->5631
-LRYRELPVTTNI
->6611
-GGQHRRLPLVVI
->4277
-GSWLLYRALPAL
->4075
-VPWRALPGVPAG
->4743
-SYLARPLPSPYA
->4665
-LRFRELPYYGSL
->5078
-HRWRPLPVPHDL
->5658
-TFRRPLPMIEKV
->4870
-VFSNRVLPKLPW
->3902
-RWVLPELPMSGV
->4675
-LGMISRGFADRD
->5698
-SPLLPPRAWAGL
->3716
-LFLSRRLPPIPT
->5579
-FLKNRPLPVAWF
->5454
-SIYGGLPSLPDV
->4734
-THRPLPRIYNAE
->6640
-RAQFGRELPRVV
->6075
-RLHPGIPTAMVM
->4934
-SWAPYLPSRSQL
->5096
-GPLLPVRSVDLL
->6129
-QRMWFLPAVPGL
->5747
-MHRPAIPIRNSW
->3968
-DLRPRLPARWMI
->5203
-GRPSLPPRVLAG
->6420
-FGGPMLPSWNVF
->4598
-HGPLPEIPVMEE
->3798
-GTTGFRALPLVP
->3686
-FEVMRLLPSVPG
->4511
-LANRALPAFVSR
->6252
-PLDRALPIPGAV
->5490
-TAPVVRALPKIW
->5248
-SWKRLPEVSYEY
->5567
-WGNWGMRALPLI
->4948
-GYLRNRELPVIG
->6061
-RARMALPMLYAL
->5192
-LRFLPTVPTSGS
->4927
-GPPVPDRLGVWL
->4910
-LAVRALPLINLF
->4408
-VPLLPIRNGTVS
->4846
-LSVGRGLPALPT
->6059
-KAKLIRELPMVP
->5286
-QALPDVPPYSGV
->5928
-RVASRLLPLIPA
->5009
-KVLPMIPSVELL
->3776
-RPLPNAPSYSAS
->5914
-RPLPVPDSVVLI
->6589
-WAPLLPYRGTDE
->6466
-GRAPNVPTRLFF
->5199
-VSRALPVPSLAG
->5158
-PALPIRGVYQVV
->5723
-RRVRPLPPIYDL
->6272
-HVVGRALPMVPY
->4050
-YNRNLGRELPIL
->6164
-DELVRNLPSVPW
->4520
-SRPLPLPRVLSY
->6364
-APALPTRFLRDL
->3722
-FHRPLPNIDWST
->4450
-LVWNRELPRIVM
->3888
-YRRPLPSFVQSI
->6469
-RVLPVLPSVNQW
->4782
-SGTRALPVPLYG
->3723
-SRYRTVPNLPEL
->4544
-RLSRGRMPIPLF
->6147
-YSVRMLPQGPNS
->3892
-REGLPPIPVGEV
->4932
-QSRPLPPIYGYK
->4316
-TGLGALPSIPIK
->5911
-LRYSDLPDVGWS
->6116
-RKLPPTPSVMSV
->4224
-ARGLPLTPFEYS
->6553
-WALPVIPNQTVE
->5372
-RALPVPPGDNVY
->6331
-YSLGRALPSPIL
->5428
-RRLLFIPRSVFV
->6091
-GRSLPNTPTPGF
->6071
-FRPLPQAPWVVI
->5715
-ARALPQVPLGRI
->4550
-SRSLPVPYIDYQ
->4766
-WAARKPLPMIPN
->6276
-RGPLPVTPGHGW
->6410
-RYTRALPLVEHN
->4443
-SPKLSARSSVEL
->4759
-GSPDLPSRNVSV
->3763
-RPLPVAPGLLDS
->3925
-LSSPLPGLPQTL
->6303
-SYRALPYAPAMI
->5399
-YAQVPPVRNQLE
->4569
-PVLPGRNIVLIP
->5861
-SPPPVPRWVLVD
->4395
-SRRPLPRVMYLY
->5515
-VSWMKRSLLSIV
->5991
-LVSRDLPPLPYT
->6031
-ASNLGRSLPPVV
->6201
-MVWRPLPALGEG
->5553
-LYVGRALPFIKD
->4820
-RALPIPNLYKLV
->5172
-LRYRGLPVTTTI
->3696
-LRPPVPAANWDY
->6601
-VPPVPARSHGVF
->4795
-FRPLLPPRLEEL
->3719
-LRQQRALPMVQG
->6543
-GLPAVPLRDIVV
->4493
-RPLPVLKPSEYN
->5750
-SWKRLPEVPYEY
->5963
-SGRGLPLVPYAL
->6336
-FHSAMRRLPALL
->5533
-ERSLPVRPSVHV
->5492
-QAKPALPVRIAM
->5870
-NFKMLPDLPYAM
->4721
-RALPVPPGDSVS
->3700
-FSNRKLPRLPGT
->5823
-LIARGLPIIKQL
->5380
-ILPKLPVSPWNL
->5807
-RPLPVLPSVIDA
->5266
-ALLVPSLPPWLW
->3663
-RIPVDLPQRNWQ
->5276
-WTVMGRALPVLG
->4263
-TVFPGRPPPIPH
->5425
-LHQQRALPMVQW
->5838
-RRELPPISQYNS
->6462
-PSRGGLPAVPIT
->4256
-VSAVPDLPVWTM
->4829
-MTWHGDLPMLPW
->5379
-LLLPPRNVVHIG
->4477
-RPLSVFPSEVTE
->6099
-RGPVLPLRVLLH
->5300
-LRFRILPEIRQD
->6078
-IIWRRKLPWPIP
->4854
-ARVLPSIPSIHY
->3998
-APWGRPLPELMS
->6317
-LSAPILPGLNEF
->5857
-GYYFHIPIMGQS
->5538
-GGRRLPPMPVSI
->6488
-SRPLHVLGGSAV
->4301
-GYLRNRELPVID
->5050
-ARSLPLLPVDSM
->4326
-NQKLPWRSVHLM
->5184
-IYYPWGEYSAAL
->5802
-GQLQLRPLPVIS
->5501
-RALPVPPGNSVY
->6063
-VSPLPAVPEYSV
->4848
-WHRALPSVPNGG
->4149
-WRGLPSVPVWTD
->5414
-VYRPLPAPYSAN
->4227
-LWLGRTPPSVPS
->5036
-RSLPSVPVTNWG
->6518
-WDQFTRALPLVP
->6194
-PPLTAPRFWAEI
->5290
-FGPLPLIPGNVP
->6610
-RPLPVVFNGFSG
->5160
-PKLPPRYVLWGA
->3976
-WRALPLLSLENV
->5681
-SKRGLPPLPREA
->5629
-GRMLPLWPEHML
->5447
-VRQLPPIGTGML
->6208
-GRVLPKLPTGWG
->5524
-ALVDVAPPLPVR
->4044
-SPKLPARSSVEL
->5440
-LNRPLPAVVTSF
->4186
-LRYRTVPNLPEL
->5642
-GFLAGPDLPLRP
->6184
-LGQLPDVPIHWG
->5131
-RGLPPIPTQIFY
->5605
-RPTLPEFNLVYS
->4996
-DFRLLPSVPGEV
->4908
-SLRALPIVPGMS
->5355
-GRNLPAIPPLLV
->5057
-SARGLPLVPSLV
->6547
-RAPPFIPWYEDN
->5234
-HGWRPLPVPHAL
->5884
-RSWALPILPVSD
->6622
-LRYRELPVTTTI
->4281
-GRKLPKLPFMPG
->6396
-SRAPPTRPLAFV
->4885
-GKLPPTPNVMSV
->4748
-RALPQVNTQTYH
->4833
-GLLGSRGLPGLP
->4091
-GSWAVDISNVED
->3885
-SRAYTVRALPAV
->4502
-RRLPNPQVSYVS
->4462
-LAVFRPLPQVID
->5779
-ASMFQRELPVVP
->3745
-LPPQLPHRDIVI
->5731
-SWTALPPLPRDV
->4535
-GQRVLPSIPVDL
->5967
-KGARALPQLPYL
->5016
-TPWSPKLPVFNL
->6504
-RSLVARSLPAVP
->4690
-EWLKYRTLPVIL
->5368
-RYPELPLRNYRV
->6088
-HRWRPLPVPHAL
->4432
-SRGLPDLPLFEL
->5722
-RAFPSIGVYSEF
->6360
-FPGPNTPERWIR
->6264
-RKHPPTPNVMSV
->4666
-GPALPARWSFNM
->6432
-SKAVRALPVVNL
->6022
-LLLPPRDVVHIG
->6492
-FAPVLPERNPTM
->4037
-QPELPARNQMAV
->3981
-RAPDVPFRELGN
->5042
-LGMISRGFVDRD
->6478
-RYRALPSAPGDI
->5087
-IHARSLPWVPLS
->4027
-RALPVLPTNGPI
->5582
-SRALHTRPLAFV
->6367
-HKEYRRLPSIPH
->5169
-SRPALPLWDVYD
->6244
-SRLLPSTPGFVG
->6001
-GTPGKRALPSLP
->3805
-LQYRELPVTTTI
->4142
-LRYRDLPDVGWS
->5142
-RPLPDLFIAEYE
->6324
-RLPDVPARDYMY
->5138
-RALPHVPRVNSY
->3874
-PVSPGRNIVLIP
->5669
-RTLPLIPSMSVG
->3816
-LGMTTRGLPALS
->4872
-SAATVYSVWIGV
->6638
-LRHRGLPLISGL
->5707
-YMPALPSRNWGP
->4129
-SARGLPGLPSGI
->4937
-FPALPSLNSVFD
->5797
-SLLPPRNVVHIG
->4035
-RSRMQLPELSIV
->6119
-RRLPDIPSSRLN
->5955
-VRVLPPVPQYTG
->4120
-LQNRGLPLVGGM
->5228
-QSPRVPVRNVSL
->3785
-RPLPMLPNGSKV
->6639
-FGGPILPSWNVF
->5677
-MRPLPGLGYMML
->5214
-PGTRALPVPLFG
->5112
-RVLPVLPDTYGV
->4513
-FLPWSLPARNSY
->4588
-PKRSLPATPGLS
->3649
-RLLPDLPRVATL
->4641
-PPRPLPSVPDGI
->6439
-RVLPALPSVNQW
->4684
-TSGWRSLPGVPL
->4860
-LRYRKLPVTTTI
->6262
-RSLSGLPDAFPW
->3931
-SFFDRTLPVIGG
->4692
-LGMISRWFVDRD
->4375
-GPALPFRNSIYV
->4430
-NMLFRRLPVLNL
->4627
-VRTILDSGLYQS
->4107
-GRYLRGELPSVP
->5149
-PAVRLLPVVPWH
->6348
-MVAFRELPNLPY
->4901
-RRALPVWPSAQG
->3956
-RGPLPVTPGYGW
->3890
-FSTSRGLPHVPM
->3911
-RARQSPMVPFSE
->3871
-LVRRELPFLPYL
->3671
-LDIPTLPWRNGA
->6473
-IRPLLPAYNGHI
->5200
-SRKLPKLPFMPG
->5600
-RPLPLVGYGWLI
->3642
-RPELPARDQMAV
->6308
-PVRVLPNTPLNV
->5289
-RSLPWIPMEVFD
->6166
-ARALAQVPLGRI
->4760
-RRVLPTRPLAFV
->5710
-KAKLFRELPTVP
->4898
-VFRPMLPYRIEL
->4268
-GPTLPARWSFNM
->5435
-RTLPVPPGDSVY
->6382
-SWRPLPSVNQIM
->5555
-ERWRALPDIPAH
->4868
-PLDRALPIPGAG
->4167
-QGKRNLPPVPSY
->6372
-WSLRRALPVEPF
->5024
-LPPQIPYRDIVI
->5062
-GQISRLLPVLPD
->5832
-NGPLLPPLNGWF
->4363
-GTALVRMLPSLP
->6342
-VRDLPIIPGHVE
->3865
-MRVLPGVPIIDN
->3679
-LRQRAPPLIRVM
->5071
-LRSLPSVPWFGS
->3758
-AGYAPAVPIWYM
->4386
-GGYERALPSIRM
->6326
-LPALRFRALPGI
->4941
-GYSYGRLPATPW
->4155
-RPLLSLGGLYQV
->5903
-SWKRSPEVPYEY
->3938
-WRPLLPPGNAMS
->5570
-VQLLPIRNGTVN
->4318
-SHSAMRRLPALV
->5207
-ARALPPVPLGRI
->6406
-VPLLPIRNGTVN
->5106
-LRFRMLPLAPIG
->5465
-GAWTRALPGIPS
->3840
-YRWRFLPSLDAL
->4437
-SWALPDLPGVQV
->5002
-GRPSLPWRAIIH
->6057
-VYWRALPMAPYQ
->5257
-HVAAYRELPGAP
->5735
-MATGVPSLPVRW
->3876
-SPLPLVGYGWLI
->4576
-GLFNRPLPRLLA
->3688
-RKYLPHIPDVLT
->3767
-GIRSLPALLGLN
->4049
-IGPRPLPTIGPV
->5353
-QVSRDLPPLSYT
->3711
-YSDRPLLIPAVI
->5480
-SIARALPSVPVS
->5315
-FAQRYRQLPPIV
->5691
-GPQSPLRNGVHL
->5000
-LPQVPLRNLGDN
->4929
-SGVRALPAVPWD
->3991
-PVRVLPNIPLNV
->5409
-WRPVPLPQGVIL
->5156
-GLFNRPLPRLLV
->6389
-RRPLPSVPVFVS
->6464
-RALPVLPKFDIV
->5374
-KPQLPSRNVLSM
->5725
-HVRPLPTPNIMS
->6212
-RALPSLPYYILY
->4042
-LRHRTVPNLPEL
->3774
-GSYRGVPDVPHV
->3729
-GRANLFRPLPFV
->4523
-MRALPAFPFDIA
->6422
-SRSLPHLPTWAV
->4802
-RSLPVLPSGAGI
->4780
-WAQSIWRLPELP
->3720
-VPLLQIRNGTVN
->4052
-TGGYGRGRAVSD
->5956
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->5250
-GLGQRTLPIIPV
->5664
-SRAFPTRPLAFV
->4715
-GPLPVLEPSEYN
->4279
-TRSLPSLHDLIL
->4077
-TLAPIVPARNGL
->4083
-RVLPSRPGNLVE
->3739
-GSRVYRALPVVV
->5700
-FSWRPLPGIQAV
->5977
-LLLPSRNVVHIG
->4816
-RPWSLPVRNTLL
->5459
-RPLPPILHDQVL
->4975
-RSLPSEPLGVVY
->3966
-VPLLPIRNVTVN
->3702
-RPLPMIMPNEHQ
->6104
-GRALPDLSWLYS
->5489
-VGTILDSGLYQS
->4630
-RSRALPILPASD
->6533
-VDQNAGRLLPYI
->4673
-RPRALPILPVSD
->4843
-KAKLTRELPTVP
->5402
-LSVRGLPNIPTH
->3904
-VRPLLPVRNEVV
->5452
-RRALPAVPLKWI
->3899
-SGPVVPERPLYL
->3961
-RLLPRVPLTIFG
->5749
-NLHRALPGVEYL
->4616
-RTAVGRSLPIIP
->4732
-RLERAMPMLPLN
->3717
-SGTRALPVPLFG
->4658
-FGPLPLIPGNAP
->5638
-VYGRAIPMAPYQ
->3853
-PRTRKLPAVIVV
->5595
-SMRSLPDLPRVV
->5201
-LRYWTVPNLPEL
->4455
-RPELPARNQIAV
->4131
-LWLGRTLSSVPS
->4663
-RPTVPARAGAIH
->5547
-SRTTRLLPAIVY
->6043
-SYNRALPEIPKT
->6497
-VRVSARDLPLLP
->5759
-PVRMLPNIPLNV
->4963
-RGRPLPVVIAGE
->5345
-KAKIIRELPTVP
->4362
-WRVPSALPPILI
->6403
-LMVPALPDWNWS
->3655
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->5752
-RALPEIGNHQIS
->4012
-ELSVLRNLPIVP
->3879
-WRGLPSVPMWTD
->6616
-SRPLPVVEHLAY
->4269
-SGNGPTGHMLSG
->5188
-VRYGVLPSVPGS
->4335
-EYSPSLPVWNLT
->5048
-PPEVPSWPINFD
->6444
-LRYRELPVTPTI
->4353
-GPFLPVRNSSIW
->5610
-LAAPNLPLRMMW
->4001
-SRGRLLPILDIV
->5186
-RVLPEVPRLVEY
->5378
-HVVRRALPMVPY
->4025
-RLLPDTLWFYLS
->3707
-LGTRFLPWPNGW
->6431
-GRPLPNPVGLAI
->4036
-KLVVLRALPYPP
->4390
-DVAPALPVRLAV
->4604
-SIPEIPARNWAV
->5968
-DGAPSLPVWNVV
->5843
-PYYTTLALPDVL
->5992
-RPLPQLVDRALF
->5295
-ERAFRELPVRPW
->4686
-KGPLLPMRHVYQ
->6081
-RALPVPLGDSVY
->5512
-AFMYRGLPVAPG
->4506
-RALPFIPWHEDN
->5136
-RPLPAMPHRLSM
->4889
-LRALPNYPMEFT
->4113
-RARQLPMVPFRE
->6123
-NRLLTTLPSSVV
->3743
-WRSIPAIPTYEF
->3683
-WGNWGTRALPLI
->5940
-LRLGRTLPSVPS
->6628
-QVSRDLPPLPYM
->4772
-GRALPITPVPNQ
->5162
-PVLLGRNIVLIP
->3970
-ISRTRTLPTIIL
->5675
-GMHPAHRALPLI
->5522
-RALPSIPVNNVV
->4887
-LPALRFRALPEL
->3829
-PVRVSPNIPLNV
->5041
-VLLPVRNNIAYY
->4625
-FSRNMLPSVPGF
->6419
-VYGRALPMAPYQ
->6390
-YAPVPPVRNQLG
->4019
-MYGRALPMAPYQ
->6245
-SALRYMFRELPV
->5416
-VYGRALPMALYQ
->5687
-QVSLDLPPLPYT
->6475
-GLGQRTFPIIPV
->4880
-RGDLSAVPVQYT
->5734
-PVLPGRNVVLIP
->5798
-LQNRGLPLVGGT
->4595
-GGKRELPGVPLL
->4587
-GYWWFLDGIHSV
->5774
-RPLLPFRLSLGV
->3944
-LPPQFPYRDIVI
->4189
-LPMLPVRTIGDI
->6175
-NVARALPKIERV
->3812
-MRQLPSEPIVPV
->5023
-MRVLPRVPVIDN
->5012
-YSDRPLPIPAVI
->4533
-YRWRALPSVSTD
->3820
-SWAPYLPNRNQL
->3660
-LGRPLPDVPRYS
->6605
-RRLPFLPVNSVI
->6133
-LWSGRTLPSVPS
->6240
-LRYRELPVTTTN
->3713
-LLQSRRSLPWVP
->3983
-PVLPGRSIVLIP
->4313
-VWHKRSLPLAPM
->4801
-RSRALPTLPVSD
->5761
-VPWRALPDVPDG
->6292
-WRTNRALPVVTD
->6153
-RLSPDTPWFYLS
->5908
-LSPHFGVEYRGL
->4548
-RELPTTPHGHSV
->4324
-LSVRGLPNIPTR
->4478
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->3699
-FRELPTPLSSLG
->5144
-PALPMRGARMFL
->4842
-HRWRPLPAPHAL
->5829
-YSQRALPGVSDV
->5877
-WRRPLPLVESMS
->3784
-ARRLPSLPAFEW
->4479
-PWGRALPGVPGN
->4542
-RALPVPPGDSMY
->5535
-LWLGRTLPSAPS
->4555
-SGTRAPPVPLFG
->5816
-MRALPAFPSDIA
->3896
-NEMLFHRPLPAV
->6141
-LRYRELPATTTI
->4441
-FWLGRTLPSVPS
->5241
-QYRALPAIPGML
->4222
-VGLALPSRDQFI
->3988
-LAPAMRSLPLHP
->6167
-QVSRDLPPLPYA
->4347
-GNWTRDLPQIVI
->4151
-WSWRALPELWFD
->3870
-GPILPPFNSIGQ
->5397
-FRAPMPPPRWIE
->3927
-GLGFGRHLPPIL
->4411
-YAPVPPVRNQLE
->3891
-LGARSLPMIPYG
->5997
-RVLPLAPSTWMG
->4952
-GTANLFRPLPFV
->5913
-LRTLPHLPGWEQ
->4522
-VGVPLLARNLAL
->4188
-GGWRDRALPFTP
->4250
-RALPVMPGAVGS
->5438
-NNPVLRFLPPFP
->5617
-IWTRALPTWPTT
->6186
-LPPQLPYQDIVI
->6105
-IRALPRMPLLSL
->6412
-GKRRLPMVLTLF
->4247
-SVRHRPLPIVWL
->5064
-LWYRELPVTTTI
->6597
-AVNISRFLPALP
->6013
-KHRMLPSVSTLM
->4565
-LSYMELPSRNVI
->4967
-RALPAPPGDSVY
->6203
-ERPLPMWPNHLL
->5220
-RALPVLPSVNQW
->5381
-RPLPLLTVSNVI
->5074
-LYVGRVLPFIKD
->5305
-RKLTPTPNVMSV
->4465
-RALPPLAKVELN
->3799
-GPSLPVRITHEG
->4399
-RVLPDVLSMQRS
->5717
-LPPPVPGGLEHY
->3742
-NLGTLPTVPYEL
->4822
-WRWYNWRHVIIM
->4495
-RLQSRALPIVVE
->5852
-LASLRTLPLVPD
->4672
-VPWRAPPDVPAG
->4098
-WRPLPAIPTYEF
->4693
-RALPALPTNGPM
->4541
-RRLPFIPRSVFV
->5785
-SWAPYSPSRNQL
->5744
-RVAGLLPLLPVP
->6213
-SMALPSIPVFAG
->5662
-GRLLPLIPSLEK
->4051
-SRAPALPLRNSD
->4195
-LRYRTVPNLPES
->4738
-YVALGHRDLPQL
->5719
-AYPPYLPSRFLL
->4638
-YLPLPGLPFGLV
->4810
-YDGRFRTLPIPV
->3693
-WSLHRALPVEPF
->5636
-RAGPMLPDKNLY
->3913
-NGIWGELPNIPF
->3803
-LQVRTLPVIQML
->4514
-RLLPTVPLNDWY
->4651
-EYGPTLPYRVLL
->4866
-SRALPTRPLASV
->5439
-RKLPPTPNVVSV
->4273
-GPRLPSRGYNLL
->5741
-FTVKRSLPEIPF
->5599
-YVRVLPNIPMTK
->6037
-VRYRPLPNSVSL
->6584
-GRPLPLVPMLVG
->4071
-HWQRLLPAIERG
->3855
-WGSRLLPRLPGL
->4943
-MRPLPSPNGVVW
->5830
-VGLRWRELPKLA
->3793
-SRTLPTRPLAFV
->4085
-QGRSLPRVELIQ
->5124
-VSWVTRKLPFLP
->4426
-YTARVLLGIYEF
->4172
-LRNRGLNLVGGM
->6346
-LRYRTVPNLPEF
->6526
-VYRRLPVPGLWS
->4656
-MRVSARDLPLLP
->6534
-MRMRMLPDVSHL
->6280
-GNSQRPLPIQPV
->4670
-STTPDLPMRMFP
->5931
-GTRRFPSVPYFH
->4920
-SGLIRWLPAIHG
->4911
-HMFWGGLPNVPW
->6424
-RRLPLISVISDH
->5597
-NIRDRMLPVIVE
->4818
-HFVGRPLPVLPS
->3905
-LGMTTRGLPALP
->6256
-GRAPNAPTRLFF
->5155
-VHRDLPRVLMGV
->4467
-RARQLPMVPSSE
->6168
-RELPTIPSSMRG
->4526
-YAPVPAVRNQLE
->5051
-IAIQLRPLPSIL
->4034
-NANLWTRVLPTP
->4454
-VRALPSVPGQVT
->5563
-WRSLPAIPSYEF
->5282
-RYGHRPLPEARN
->4787
-LRSRALPSISFG
->6253
-HRWGPLPVPHAL
->4079
-TIQSDRSLPLVP
->4907
-RARQLQMVPFSE
->5058
-LSALILPGRNEF
->6285
-SRRPLPLPVLLG
->5568
-RLLDARSLPAVP
->4531
-SKRGLPPLPREV
->4771
-LRPLLPTRVASF
->5604
-SVPDVPQRNVIY
->4935
-QNRLLPVLPRGL
->3772
-WSQRSLPDIVAY
->6441
-LVWVKRPLPVLW
->6570
-RTWDLPVLPHHQ
->5458
-ARRSLPLIPYRV
->4494
-LGYRTVPNLPEL
->5622
-RRLPFLPVNSAI
->6629
-GFTRALPMVQVY
->5727
-TNRDLPLLPDTS
->5620
-RAPQLPLREASW
->4505
-LSGRALPLVYWE
->5482
-WTAVGRSLHIIP
->5413
-HRWRPLPVPHAF
->6178
-LLLPPGNVVHIG
->5109
-YWPDLPAVPYDQ
->4101
-WRSLPAIPPYEF
->3850
-IRDLPSVPNSGL
->5195
-FGPLPLIPGSAP
->4483
-GLGQRTLLIIPV
->4758
-VPLLPVRNGTVN
->6581
-AAMFLRPLPAVQ
->3920
-WVGWKELPMVPH
->5842
-RALPPVPKWALG
->3765
-GIPEIPARNWAV
->5924
-PWRPQLPHYNLL
->6341
-GLQPGLPPRNLV
->5648
-GRELPELPRSLV
->4402
-LRYRTVTNLPEL
->4983
-FRILPVIPFSPM
->5107
-DLYAPRGLPLLP
->5298
-NLTLRYRPLPFV
->6366
-PRYRLLPITHVM
->4744
-LWLGRTLPSVLS
->5339
-GGPMVPPRFWIL
->6508
-WWRTPLPKAPFL
->5814
-LARTLPALNMVR
->4164
-PPTVPLRGIDLL
->5800
-FYIGRKLPLVNF
->6195
-GTANLFRPPPFV
->5328
-WRSLLAIPTYEF
->4368
-APVLPARIWYDV
->5868
-GSWVVDISNVGD
->3842
-RALPVVPYGGDI
->5221
-RRGLPDIPGFKA
->6139
-RPMPVIPSLSEV
->5205
-SHSATRRLPALL
->4428
-AYRELPRLPLAW
->4354
-SRALRTRPLAFV
->3867
-AAMRDLPARPGS
->5763
-MVPRKLPYLPSV
->5953
-GRNLPAIPSLLV
->4381
-WRSLPSIPTYEF
->5550
-RGRPLPVVTAGE
->6621
-GLSPRPLPTVPL
->4574
-RGLPVLPSVNQW
->3814
-LPALRFRALPEI
->4731
-GSADPPSRNVSV
->6338
-GPIVPFRNVYVL
->6222
-RAFISSALPLLP
->5791
-YSVRMLPQVPNS
->4373
-RGDLPAVPVQYT
->5705
-RFYPLPPERNIV
->4702
-HRWRPLPVPRAL
->6560
-MRVYARDLPLLP
->6516
-VNGPALPFRLLV
->6304
-RPLPVFPSEGTE
->4896
-VRALPMLPLGVS
->6355
-LGPRNRALPITQ
->3677
-LSRPSPGLPQTL
->5776
-RPLPMTMPNEHQ
->6515
-QMSPALPQRNVL
->6237
-IQRALPPIGEHV
->5572
-LPPQLPYRDIVV
->4647
-GYLRNHELPVID
->4215
-VPLLTIRNGTVN
->4308
-VNRPRVPDRNMV
->4707
-WWSNRALPMLMV
->3847
-PVLPGRNIVSIP
->6552
-WLVTYRALPLIM
->4713
-QVSRDLPLLPYT
->5262
-MPPTLPLRSTQY
->4970
-AFGYVRPLPLVV
->5958
-LGGRALPIPMPV
->4121
-VSWLATRELPVL
->5583
-WTSRTLPSVPFF
->4518
-GGEWRPLPEFPL
->4141
-QSFRPLPLVELV
->5212
-GQRVLPPIPVDL
->6313
-GRAWRSLPTILS
->6565
-IAGPQLPPRNWE
->5343
-ARLLPNIPAPSE
->5030
-WMYKALPSVPGM
->5936
-PKAVRALPVVNL
->4774
-VSWAPKLPFRAL
->3752
-ISRTRPLPTIIL
->4926
-MPLPVIFNGFSG
->6121
-IRPLLPAYNEHI
->5135
-LRYRTVPNLPKL
->3972
-LRWRSLPSPWGD
->6041
-RASRDLPMPNIL
->5032
-GLNVLRNLPIVP
->5689
-GFRLVYRELPIV
->5510
-VPWRALPDVPAS
->6177
-RRLPIPVPGGLL
->3887
-QNRSLPVLPRGL
->5875
-RVGWTVRPLPEV
->5146
-RMLHGPPWDLSW
->5418
-SFYPLLPERNIV
->5685
-RAGPMLPDRNLY
->3667
-MDPRLRPLPAPL
->3782
-VSGAPLLPMANY
->5039
-WPMSRALPASPL
->3792
-WRYLPSPPESAL
->4337
-LRGLPLVPADQW
->4211
-RLLPGIPTGMVM
->4599
-GQRVLPSIPADL
->3810
-RAPALPVRALTV
->4099
-VRALPNTPARAW
->6191
-MRALPRLPSGSE
->6198
-RPLPVFPSEATE
->4623
-VWSMGFWGNPVV
->4388
-LRPPVPAANWHY
->3819
-QRPDVPNRLWQM
->5806
-LGRSLPILPMDG
->5340
-MRVSAHDLPLLP
->5609
-GLEFRSLPYVVS
->5359
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-43;WLVTYRALPLIM;-WLVTYRALPLIM------;1;1
-43;WLNVLRNLPIVP;-WLNVLRNLPIVP------;1;1
-43;WKRLPVLPPQMV;-----WKRLPVLPPQMV--;1;1
-43;WKAVGRSLPIIP;-WKAVGRSLPIIP------;1;1
-43;WHYLPAIPTYEF;-----WHYLPAIPTYEF--;1;1
-43;WHRALPSVPNGG;----WHRALPSVPNGG---;1;1
-43;WGSRLLPRLPGL;---WGSRLLPRLPGL----;1;1
-43;WGRRLPDLPTFA;----WGRRLPDLPTFA---;1;1
-43;WGRFTRALPLVP;-WGRFTRALPLVP------;1;1
-43;WGNWGTRALPLI;WGNWGTRALPLI-------;1;1
-43;WGNWGMRALPLI;WGNWGMRALPLI-------;1;1
-43;WGNGPLPVIPRL;---WGNGPLPVIPRL----;1;1
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-43;WEYTVRPLPSIS;-WEYTVRPLPSIS------;1;1
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-43;WAQSIWRLPELP;-WAQSIWRLPELP------;1;1
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-43;WAARKPLPMIPN;--WAARKPLPMIPN-----;1;1
-43;VYWRALPMAPYQ;---VYWRALPMAPYQ----;1;1
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-43;VRAFRALPLVVE;--VRAFRALPLVVE-----;1;1
-43;VPWRVLPDVPAG;---VPWRVLPDVPAG----;1;1
-43;VPWRAPPDVPAG;---VPWRAPPDVPAG----;1;1
-43;VPWRALPNVPAG;---VPWRALPNVPAG----;1;1
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-43;TKRPLPHPTEIR;----TKRPLPHPTEIR---;1;1
-43;TIQSDRSLPLVP;-TIQSDRSLPLVP------;1;1
-43;TIMQQLRNLPVV;TIMQQLRNLPVV-------;1;1
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-43;TIFNSRSLPIVV;-TIFNSRSLPIVV------;1;1
-43;THRPLPRIYNAE;----THRPLPRIYNAE---;1;1
-43;TGRALPAINVPR;----TGRALPAINVPR---;1;1
-43;TGLGALPSIPIK;---TGLGALPSIPIK----;1;1
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-43;TDGGRSLPEVPW;--TDGGRSLPEVPW-----;1;1
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-43;SYNRALPEIPKT;---SYNRALPEIPKT----;1;1
-43;SYLARPLPSPYA;--SYLARPLPSPYA-----;1;1
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-43;SWRRLPEVPYEY;----SWRRLPEVPYEY---;1;1
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-43;SWLGRTLPSVPS;--SWLGRTLPSVPS-----;1;1
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-43;STLPLIPSMSVG;------STLPLIPSMSVG-;1;1
-43;STLISRSLPKVP;-STLISRSLPKVP------;1;1
-43;SSRRPLPIISWA;---SSRRPLPIISWA----;1;1
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-43;SSALPTRPLAFV;-----SSALPTRPLAFV--;1;1
-43;SRYRTVPNLPEL;---SRYRTVPNLPEL----;1;1
-43;SRVLPTRPLAFV;-----SRVLPTRPLAFV--;1;1
-43;SRTTRLLPAIVY;--SRTTRLLPAIVY-----;1;1
-43;SRTLPTRPLAFV;-----SRTLPTRPLAFV--;1;1
-43;SRSLPHLPTWAV;-----SRSLPHLPTWAV--;1;1
-43;SRRPLPRVMYLY;----SRRPLPRVMYLY---;1;1
-43;SRRPLPLPVLLG;--SRRPLPLPVLLG-----;1;1
-43;SRPLPVVEHLAY;-----SRPLPVVEHLAY--;1;1
-43;SRPLPVLGGSAV;-----SRPLPVLGGSAV--;1;1
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-43;SRPLPTSPPIAV;-----SRPLPTSPPIAV--;1;1
-43;SRPLPLPRVLSY;---SRPLPLPRVLSY----;1;1
-43;SRPLHVLGGSAV;-----SRPLHVLGGSAV--;1;1
-43;SRNLPAIPSLLV;-----SRNLPAIPSLLV--;1;1
-43;SRLLPSTPGFVG;-----SRLLPSTPGFVG--;1;1
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-43;SRGLPSVPSIVG;-----SRGLPSVPSIVG--;1;1
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-43;SRGLPALPVEVR;-----SRGLPALPVEVR--;1;1
-43;SRELPSLPGVML;-----SRELPSLPGVML--;1;1
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-43;SHALPTRPLAFV;-----SHALPTRPLAFV--;1;1
-43;SGYRYRELPGVP;-SGYRYRELPGVP------;1;1
-43;SGVSERMLPSIP;-SGVSERMLPSIP------;1;1
-43;SGVRALPAVPWD;---SGVRALPAVPWD----;1;1
-43;SGTRALPVPLYG;---SGTRALPVPLYG----;1;1
-43;SGTRALPVPLFG;---SGTRALPVPLFG----;1;1
-43;SGSTRALPSIPQ;--SGSTRALPSIPQ-----;1;1
-43;SGRPLPIVGQFV;----SGRPLPIVGQFV---;1;1
-43;SGRGLPLVPYAL;----SGRGLPLVPYAL---;1;1
-43;SGNTRPLPALSL;--SGNTRPLPALSL-----;1;1
-43;SGLIRWLPTIPG;--SGLIRWLPTIPG-----;1;1
-43;SGLIRWLPAIPG;--SGLIRWLPAIPG-----;1;1
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-43;SGFTRALPSIPQ;--SGFTRALPSIPQ-----;1;1
-43;SGFTRALPSIPP;--SGFTRALPSIPP-----;1;1
-43;SFWGTARLPSIP;-SFWGTARLPSIP------;1;1
-43;SFRGLPSIPWGT;----SFRGLPSIPWGT---;1;1
-43;SFFGRTLPVIGS;--SFFGRTLPVIGS-----;1;1
-43;SFFGRTLPVIGG;--SFFGRTLPVIGG-----;1;1
-43;SFFDRTLPVIGG;--SFFDRTLPVIGG-----;1;1
-43;SESRALPEIPYL;---SESRALPEIPYL----;1;1
-43;SELLFHRPLPAV;SELLFHRPLPAV-------;1;1
-43;SDRSLPDVPTVI;----SDRSLPDVPTVI---;1;1
-43;SASSRPLPRLVF;--SASSRPLPRLVF-----;1;1
-43;SASSRPLPRLFF;--SASSRPLPRLFF-----;1;1
-43;SARQLPMVPFSE;----SARQLPMVPFSE---;1;1
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-43;RVTSRALPILDV;--RVTSRALPILDV-----;1;1
-43;RVSRDLPPLPYT;---RVSRDLPPLPYT----;1;1
-43;RVRMLPEIVKDI;----RVRMLPEIVKDI---;1;1
-43;RVRGLPGFPGML;----RVRGLPGFPGML---;1;1
-43;RVNWARPLPSFE;-RVNWARPLPSFE------;1;1
-43;RVLPYLPYGIDE;------RVLPYLPYGIDE-;1;1
-43;RVLPVVPDRWSH;------RVLPVVPDRWSH-;1;1
-43;RVLPVPPSVNQW;------RVLPVPPSVNQW-;1;1
-43;RVLPVLPSVNRW;------RVLPVLPSVNRW-;1;1
-43;RVLPVLPSVNQW;------RVLPVLPSVNQW-;1;1
-43;RVLPVLPSANQW;------RVLPVLPSANQW-;1;1
-43;RVLPVLPDTYGV;------RVLPVLPDTYGV-;1;1
-43;RVLPVLPATYGV;------RVLPVLPATYGV-;1;1
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-43;RVLPSIGLAAIA;------RVLPSIGLAAIA-;1;1
-43;RVLPQTPHIGST;------RVLPQTPHIGST-;1;1
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-43;RVGWTVRPLPEV;RVGWTVRPLPEV-------;1;1
-43;RVGRLLPVLLGV;---RVGRLLPVLLGV----;1;1
-43;RVGRALPDILLS;---RVGRALPDILLS----;1;1
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-43;RSPIVRQLPSLP;-RSPIVRQLPSLP------;1;1
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-43;RKLPPTPNVMSI;------RKLPPTPNVMSI-;1;1
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-43;RARKLPMVPFSE;----RARKLPMVPFSE---;1;1
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-43;RALWRVLPVEPL;--RALWRVLPVEPL-----;1;1
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-43;RALPVPPSDSVY;------RALPVPPSDSVY-;1;1
-43;RALPVPPGNSVY;------RALPVPPGNSVY-;1;1
-43;RALPVPPGGSVY;------RALPVPPGGSVY-;1;1
-43;RALPVPPGESVY;------RALPVPPGESVY-;1;1
-43;RALPVPPGDSVY;------RALPVPPGDSVY-;1;1
-43;RALPVPPGDSVS;------RALPVPPGDSVS-;1;1
-43;RALPVPPGDSVH;------RALPVPPGDSVH-;1;1
-43;RALPVPPGDSMY;------RALPVPPGDSMY-;1;1
-43;RALPVPPGDSAY;------RALPVPPGDSAY-;1;1
-43;RALPVPPGDNVY;------RALPVPPGDNVY-;1;1
-43;RALPVPLGDSVY;------RALPVPLGDSVY-;1;1
-43;RALPVMPTNGPM;------RALPVMPTNGPM-;1;1
-43;RALPVMPGAVGS;------RALPVMPGAVGS-;1;1
-43;RALPVLVEQFSL;------RALPVLVEQFSL-;1;1
-43;RALPVLSTNGPM;------RALPVLSTNGPM-;1;1
-43;RALPVLRTNGPM;------RALPVLRTNGPM-;1;1
-43;RALPVLPTYGPM;------RALPVLPTYGPM-;1;1
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-43;QRSLPSVPNHTL;-----QRSLPSVPNHTL--;1;1
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-43;NRPLGRALPFLP;-NRPLGRALPFLP------;1;1
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-43;NRLLPTPPSSVV;-----NRLLPTPPSSVV--;1;1
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-43;NNLYKFRELPVV;NNLYKFRELPVV-------;1;1
-43;NNLYKFRELPIV;NNLYKFRELPIV-------;1;1
-43;NMLFRRLPVLNL;--NMLFRRLPVLNL-----;1;1
-43;NLTLRYRPLPFV;NLTLRYRPLPFV-------;1;1
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-43;NLMLRYRPLPFV;NLMLRYRPLPFV-------;1;1
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-43;NLHRALPGVEYL;---NLHRALPGVEYL----;1;1
-43;NLGTLPTVPYEL;----NLGTLPTVPYEL---;1;1
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-43;NIRDRMLPVIVE;--NIRDRMLPVIVE-----;1;1
-43;NHSGNRPLPVIW;-NHSGNRPLPVIW------;1;1
-43;NHLLPTLPSSVV;-----NHLLPTLPSSVV--;1;1
-43;NHGPLPTVPYEL;----NHGPLPTVPYEL---;1;1
-43;NGPLGRALPFLP;-NGPLGRALPFLP------;1;1
-43;NGIWGELPNIPF;--NGIWGELPNIPF-----;1;1
-43;NFKMLPDLPYAM;----NFKMLPDLPYAM---;1;1
-43;NEQLFHRPLPAV;NEQLFHRPLPAV-------;1;1
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-43;NELLFHRPLPAG;NELLFHRPLPAG-------;1;1
-43;NANLWTRVLPTP;NANLWTRVLPTP-------;1;1
-43;MYLPRLLPAMPN;--MYLPRLLPAMPN-----;1;1
-43;MYGRALPMAPYQ;---MYGRALPMAPYQ----;1;1
-43;MWVSARDLPLLP;-MWVSARDLPLLP------;1;1
-43;MVWRPLPALGEG;---MVWRPLPALGEG----;1;1
-43;MVRGLPALPGVN;----MVRGLPALPGVN---;1;1
-43;MVRGLPALPGGN;----MVRGLPALPGGN---;1;1
-43;MVPRKLPYLPSV;---MVPRKLPYLPSV----;1;1
-43;MVLKWRALPIVE;-MVLKWRALPIVE------;1;1
-43;MVAFRELPNLPY;--MVAFRELPNLPY-----;1;1
-43;MTWHGDLPMLPW;--MTWHGDLPMLPW-----;1;1
-43;MTRPLPTPWYGN;----MTRPLPTPWYGN---;1;1
-43;MTGHGYLPMLPW;--MTGHGYLPMLPW-----;1;1
-43;MTGHGDLPTLPW;--MTGHGDLPTLPW-----;1;1
-43;MTGHGDLPMLPW;--MTGHGDLPMLPW-----;1;1
-43;MSLWYRSLPDIV;-MSLWYRSLPDIV------;1;1
-43;MSLWHRSLPDIV;-MSLWHRSLPDIV------;1;1
-43;MSLWHRSLPDIA;-MSLWHRSLPDIA------;1;1
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-43;MSIRGLPWVPLE;---MSIRGLPWVPLE----;1;1
-43;MSGISLPNIPMI;---MSGISLPNIPMI----;1;1
-43;MRYRALPAISIE;---MRYRALPAISIE----;1;1
-43;MRVYARDLPLLP;-MRVYARDLPLLP------;1;1
-43;MRVSGRDLPLLP;-MRVSGRDLPLLP------;1;1
-43;MRVSASDLPLLP;-MRVSASDLPLLP------;1;1
-43;MRVSARGLPLLP;-MRVSARGLPLLP------;1;1
-43;MRVSARDLPLRP;-MRVSARDLPLRP------;1;1
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-43;MRVSAHDLPLLP;-MRVSAHDLPLLP------;1;1
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-43;MRVLPRVPVIDN;-----MRVLPRVPVIDN--;1;1
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-43;MRALPAFPSDIA;-----MRALPAFPSDIA--;1;1
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-43;MQVSARDLPLLP;-MQVSARDLPLLP------;1;1
-43;MPGPRSLPVIPH;--MPGPRSLPVIPH-----;1;1
-43;MKLPPTPNVMSV;------MKLPPTPNVMSV-;1;1
-43;MHTRPLPAILFG;---MHTRPLPAILFG----;1;1
-43;MGVGRFLPMLPG;--MGVGRFLPMLPG-----;1;1
-43;MGRALPVRGYLL;----MGRALPVRGYLL---;1;1
-43;MERALPAVPVDL;----MERALPAVPVDL---;1;1
-43;MDPRLRPLPAPL;-MDPRLRPLPAPL------;1;1
-43;LYVGRVLPFIKD;--LYVGRVLPFIKD-----;1;1
-43;LYVGRALPFIKD;--LYVGRALPFIKD-----;1;1
-43;LYRALPMVYADA;----LYRALPMVYADA---;1;1
-43;LWYRELPVTTTI;---LWYRELPVTTTI----;1;1
-43;LWSRTLPVPDER;---LWSRTLPVPDER----;1;1
-43;LWSGRTLPSVPS;--LWSGRTLPSVPS-----;1;1
-43;LWRRTSLPSLPV;--LWRRTSLPSLPV-----;1;1
-43;LWLGRTRPSVPS;--LWLGRTRPSVPS-----;1;1
-43;LWLGRTPPSVPS;--LWLGRTPPSVPS-----;1;1
-43;LWLGRTLTSVPS;--LWLGRTLTSVPS-----;1;1
-43;LWLGRTLSSVPS;--LWLGRTLSSVPS-----;1;1
-43;LWLGRTLPSVPS;--LWLGRTLPSVPS-----;1;1
-43;LWLGRTLPSVPR;--LWLGRTLPSVPR-----;1;1
-43;LWLGRTLPSVPN;--LWLGRTLPSVPN-----;1;1
-43;LWLGRTLPSVLS;--LWLGRTLPSVLS-----;1;1
-43;LWLGRTLPSAPS;--LWLGRTLPSAPS-----;1;1
-43;LWLGRTLPRVPS;--LWLGRTLPRVPS-----;1;1
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-43;LVWVKRPLPVLW;-LVWVKRPLPVLW------;1;1
-43;LVWVKRPLPVLL;-LVWVKRPLPVLL------;1;1
-43;LVWNRELPRIVM;--LVWNRELPRIVM-----;1;1
-43;LVVWVRPLPVIV;-LVVWVRPLPVIV------;1;1
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-43;LSVRSLPNIPTQ;---LSVRSLPNIPTQ----;1;1
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-43;LSVRGLPNIPTQ;---LSVRGLPNIPTQ----;1;1
-43;LSVRGLPNIPTH;---LSVRGLPNIPTH----;1;1
-43;LSVRGLPNIPSQ;---LSVRGLPNIPSQ----;1;1
-43;LSVRGLPNIPNQ;---LSVRGLPNIPNQ----;1;1
-43;LSVLGLPNIPTQ;---LSVLGLPNIPTQ----;1;1
-43;LSVGRGLPALPT;--LSVGRGLPALPT-----;1;1
-43;LSRRLPSILTVQ;----LSRRLPSILTVQ---;1;1
-43;LSRPSPGLPQTL;----LSRPSPGLPQTL---;1;1
-43;LSRPLPGLPQTL;----LSRPLPGLPQTL---;1;1
-43;LSPNVSRLLPVV;LSPNVSRLLPVV-------;1;1
-43;LSKRSLPSYPVL;---LSKRSLPSYPVL----;1;1
-43;LSGRALPLVYWE;---LSGRALPLVYWE----;1;1
-43;LRYRTVPSLPEL;---LRYRTVPSLPEL----;1;1
-43;LRYRTVPNPPEL;---LRYRTVPNPPEL----;1;1
-43;LRYRTVPNLPKL;---LRYRTVPNLPKL----;1;1
-43;LRYRTVPNLPGL;---LRYRTVPNLPGL----;1;1
-43;LRYRTVPNLPEV;---LRYRTVPNLPEV----;1;1
-43;LRYRTVPNLPES;---LRYRTVPNLPES----;1;1
-43;LRYRTVPNLPEL;---LRYRTVPNLPEL----;1;1
-43;LRYRTVPNLPEF;---LRYRTVPNLPEF----;1;1
-43;LRYRTVPNLPAL;---LRYRTVPNLPAL----;1;1
-43;LRYRTVPKLPEL;---LRYRTVPKLPEL----;1;1
-43;LRYRTVPILPEL;---LRYRTVPILPEL----;1;1
-43;LRYRTVPDLPEL;---LRYRTVPDLPEL----;1;1
-43;LRYRTIPNLPEL;---LRYRTIPNLPEL----;1;1
-43;LRYRTFPNLPEL;---LRYRTFPNLPEL----;1;1
-43;LRYRSVPNLPEL;---LRYRSVPNLPEL----;1;1
-43;LRYRPLPYIGVQ;---LRYRPLPYIGVQ----;1;1
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-43;LRYRELPVTTTN;---LRYRELPVTTTN----;1;1
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-43;LRYRELPVTTSI;---LRYRELPVTTSI----;1;1
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-43;LRYREFPVTTTI;---LRYREFPVTTTI----;1;1
-43;LRYRDLPDVGWS;---LRYRDLPDVGWS----;1;1
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-43;LRYARPLPYYVL;--LRYARPLPYYVL-----;1;1
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-43;LRTRELPLIEVS;---LRTRELPLIEVS----;1;1
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-43;LRSRSLPRWPVL;---LRSRSLPRWPVL----;1;1
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-43;LRSPPSVPWFGN;-----LRSPPSVPWFGN--;1;1
-43;LRSLPSVPWLGN;-----LRSLPSVPWLGN--;1;1
-43;LRSLPSVPWFGS;-----LRSLPSVPWFGS--;1;1
-43;LRSLPSVPWFGN;-----LRSLPSVPWFGN--;1;1
-43;LRSLPSVPRFGN;-----LRSLPSVPRFGN--;1;1
-43;LRSLPSVLWFGN;-----LRSLPSVLWFGN--;1;1
-43;LRSLPSAPWFGN;-----LRSLPSAPWFGN--;1;1
-43;LRSGALPAIPVL;---LRSGALPAIPVL----;1;1
-43;LRRRLPAIVELD;----LRRRLPAIVELD---;1;1
-43;LRRPLPAIGWGV;----LRRPLPAIGWGV---;1;1
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-43;LRPLPSPVLAIL;-----LRPLPSPVLAIL--;1;1
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-43;LRMRNLPGLMDM;---LRMRNLPGLMDM----;1;1
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-43;LRLGRTLPSVPS;--LRLGRTLPSVPS-----;1;1
-43;LRKLPMVPELLV;-----LRKLPMVPELLV--;1;1
-43;LRKLPMAPELLV;-----LRKLPMAPELLV--;1;1
-43;LRKLPIVPELLV;-----LRKLPIVPELLV--;1;1
-43;LRIRESPLIEVS;---LRIRESPLIEVS----;1;1
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-43;LRILPSLPAYSS;-----LRILPSLPAYSS--;1;1
-43;LRHRGLPLISGL;---LRHRGLPLISGL----;1;1
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-43;LRALPNYPMEFT;-----LRALPNYPMEFT--;1;1
-43;LRALPAVTYGAL;-----LRALPAVTYGAL--;1;1
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-43;LRALPAVPYGAV;-----LRALPAVPYGAV--;1;1
-43;LRALPAVPYGAL;-----LRALPAVPYGAL--;1;1
-43;LRALPAVPYGAF;-----LRALPAVPYGAF--;1;1
-43;LRALPAAPYGAL;-----LRALPAAPYGAL--;1;1
-43;LRAIPDLPFVTT;-----LRAIPDLPFVTT--;1;1
-43;LQYRELPVTTTM;---LQYRELPVTTTM----;1;1
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-43;LQMTHRSLPLLP;-LQMTHRSLPLLP------;1;1
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-43;LQGRYISLPEIP;-LQGRYISLPEIP------;1;1
-43;LPALRSRALPEI;LPALRSRALPEI-------;1;1
-43;LPALRFRVLPEI;LPALRFRVLPEI-------;1;1
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-43;LPALRFRALPEL;LPALRFRALPEL-------;1;1
-43;LPALRFRALPEI;LPALRFRALPEI-------;1;1
-43;LNWLSRGLPGLP;-LNWLSRGLPGLP------;1;1
-43;LNRPLPAVVTSF;----LNRPLPAVVTSF---;1;1
-43;LNMRTRDLPSLL;-LNMRTRDLPSLL------;1;1
-43;LMVRALPSIIVQ;---LMVRALPSIIVQ----;1;1
-43;LMVRALPSIITQ;---LMVRALPSIITQ----;1;1
-43;LMVRALPSIIMR;---LMVRALPSIIMR----;1;1
-43;LMVRALPSIIMQ;---LMVRALPSIIMQ----;1;1
-43;LMVRALPSIIMH;---LMVRALPSIIMH----;1;1
-43;LLYRELPVTTTI;---LLYRELPVTTTI----;1;1
-43;LLVRTLPYLPGH;---LLVRTLPYLPGH----;1;1
-43;LLVQSRSLPPLW;-LLVQSRSLPPLW------;1;1
-43;LLRYRILPVVQN;--LLRYRILPVVQN-----;1;1
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-43;LLPGRPLPMLPV;-------LLPGRPLPMLPV;1;1
-43;LLNLGRTLPTFP;-LLNLGRTLPTFP------;1;1
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-43;LLKMRPLPLLTV;--LLKMRPLPLLTV-----;1;1
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-43;LKSRALPVFISQ;---LKSRALPVFISQ----;1;1
-43;LKHRELPFIALD;---LKHRELPFIALD----;1;1
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-43;LHTALPPLPSSM;----LHTALPPLPSSM---;1;1
-43;LHQQRALPVVQG;--LHQQRALPVVQG-----;1;1
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-43;LGTRGLPTIPFH;---LGTRGLPTIPFH----;1;1
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-43;LGRALPVLPVVT;----LGRALPVLPVVT---;1;1
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-43;LGQLPDVPIHWG;-----LGQLPDVPIHWG--;1;1
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-43;LGPRNRALPIIQ;-LGPRNRALPIIQ------;1;1
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-43;LGPLPLIPGNAP;-----LGPLPLIPGNAP--;1;1
-43;LGMTTRGLPALS;-LGMTTRGLPALS------;1;1
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-43;LGGRVLPIPMPV;---LGGRVLPIPMPV----;1;1
-43;LGGRALPIPMPV;---LGGRALPIPMPV----;1;1
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-43;LGATRALPALLE;--LGATRALPALLE-----;1;1
-43;LGARSLPMIPYG;---LGARSLPMIPYG----;1;1
-43;LGARGLPTIPFH;---LGARGLPTIPFH----;1;1
-43;LGALPDIPGLKS;-----LGALPDIPGLKS--;1;1
-43;LGAGRRLPEVVF;--LGAGRRLPEVVF-----;1;1
-43;LFRSRLPMVPYA;---LFRSRLPMVPYA----;1;1
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-43;LFLSRRLPPIPT;--LFLSRRLPPIPT-----;1;1
-43;LETWRALPVIPG;--LETWRALPVIPG-----;1;1
-43;LELRPLPGLPLV;---LELRPLPGLPLV----;1;1
-43;LAWRRLPDIVSQ;---LAWRRLPDIVSQ----;1;1
-43;LAVWVRPLPVIV;-LAVWVRPLPVIV------;1;1
-43;LAVRSLPLINLF;---LAVRSLPLINLF----;1;1
-43;LAVRALPLINLY;---LAVRALPLINLY----;1;1
-43;LAVRALPLINLL;---LAVRALPLINLL----;1;1
-43;LAVRALPLINLF;---LAVRALPLINLF----;1;1
-43;LAVFRTLPQVID;--LAVFRTLPQVID-----;1;1
-43;LAVFRPLPQVVD;--LAVFRPLPQVVD-----;1;1
-43;LAVFRPLPQVID;--LAVFRPLPQVID-----;1;1
-43;LASRSLPLVGFS;---LASRSLPLVGFS----;1;1
-43;LASLRTLPLVPD;--LASLRTLPLVPD-----;1;1
-43;LARTLPALNMVR;----LARTLPALNMVR---;1;1
-43;LARRELPFLPYL;---LARRELPFLPYL----;1;1
-43;LARPLPALNMVR;----LARPLPALNMVR---;1;1
-43;LARIDRPLPSIV;-LARIDRPLPSIV------;1;1
-43;LAQRPLPLVTAW;---LAQRPLPLVTAW----;1;1
-43;LAQRPLPLITAW;---LAQRPLPLITAW----;1;1
-43;LAQRPLPLITAR;---LAQRPLPLITAR----;1;1
-43;LAQRPLPLIAAW;---LAQRPLPLIAAW----;1;1
-43;LAPAMRSLPLHP;-LAPAMRSLPLHP------;1;1
-43;LANRALPTTILW;---LANRALPTTILW----;1;1
-43;LANRALPAFVSR;---LANRALPAFVSR----;1;1
-43;LAMRALPLINLF;---LAMRALPLINLF----;1;1
-43;LAGRALPLRTYL;---LAGRALPLRTYL----;1;1
-43;KVLPVLPSVNQW;------KVLPVLPSVNQW-;1;1
-43;KVLPMIPSVELL;------KVLPMIPSVELL-;1;1
-43;KRRMLPSVSTLM;----KRRMLPSVSTLM---;1;1
-43;KRPLPMWPNHLL;-----KRPLPMWPNHLL--;1;1
-43;KNTVQSRMLPLL;KNTVQSRMLPLL-------;1;1
-43;KNLYKFRELPIV;KNLYKFRELPIV-------;1;1
-43;KLVVLRALPYPP;-KLVVLRALPYPP------;1;1
-43;KLVTRELPNLPV;--KLVTRELPNLPV-----;1;1
-43;KKRPLPAIEHFH;----KKRPLPAIEHFH---;1;1
-43;KIGRALPVLPMN;---KIGRALPVLPMN----;1;1
-43;KHRMLPSVSTLM;----KHRMLPSVSTLM---;1;1
-43;KGRLPEIPYWAS;-----KGRLPEIPYWAS--;1;1
-43;KGPLPMIPVRLL;-----KGPLPMIPVRLL--;1;1
-43;KGLPAIPVSWLV;------KGLPAIPVSWLV-;1;1
-43;KGARALPQLPYL;---KGARALPQLPYL----;1;1
-43;KFGVSWRALPLL;KFGVSWRALPLL-------;1;1
-43;KAKLTRELPTVP;-KAKLTRELPTVP------;1;1
-43;KAKLIRELPTVS;-KAKLIRELPTVS------;1;1
-43;KAKLIRELPTVP;-KAKLIRELPTVP------;1;1
-43;KAKLIRELPMVP;-KAKLIRELPMVP------;1;1
-43;KAKLFRELPTVP;-KAKLFRELPTVP------;1;1
-43;KAKIIRELPTVP;-KAKIIRELPTVP------;1;1
-43;KAKFIRELPTVP;-KAKFIRELPTVP------;1;1
-43;KAGLRELPAVVS;--KAGLRELPAVVS-----;1;1
-43;IYFKFYRTLPLV;IYFKFYRTLPLV-------;1;1
-43;IWTRALPTWPTT;---IWTRALPTWPTT----;1;1
-43;IWDRQLPVVPVN;---IWDRQLPVVPVN----;1;1
-43;IWDRQLPTVPVN;---IWDRQLPTVPVN----;1;1
-43;IWDRQLPMVPVN;---IWDRQLPMVPVN----;1;1
-43;IWDRQLLMVPVN;---IWDRQLLMVPVN----;1;1
-43;IWDLQLPMVPVN;---IWDLQLPMVPVN----;1;1
-43;ISRTRTLPTIIL;--ISRTRTLPTIIL-----;1;1
-43;ISRTRPLPTIIL;--ISRTRPLPTIIL-----;1;1
-43;IRVSARDLPLLP;-IRVSARDLPLLP------;1;1
-43;IRTLPAVPSVVG;-----IRTLPAVPSVVG--;1;1
-43;IRPLPPAYNEHI;-------IRPLPPAYNEHI;1;1
-43;IRIHDRNLPVVP;-IRIHDRNLPVVP------;1;1
-43;IRDLPSVPNSGL;-----IRDLPSVPNSGL--;1;1
-43;IRALPRMPLLSL;-----IRALPRMPLLSL--;1;1
-43;IQWGKLPLVPSE;---IQWGKLPLVPSE----;1;1
-43;IQSRLLPVSPVE;---IQSRLLPVSPVE----;1;1
-43;IQSRDLPMVHPY;---IQSRDLPMVHPY----;1;1
-43;IQRALPPIGEHV;----IQRALPPIGEHV---;1;1
-43;IPWRALPDVPAG;---IPWRALPDVPAG----;1;1
-43;IMVRALPSIIMQ;---IMVRALPSIIMQ----;1;1
-43;IMRVLPSIPQYT;----IMRVLPSIPQYT---;1;1
-43;IMIRALPVVPHG;---IMIRALPVVPHG----;1;1
-43;ILPKLPVSPWNL;-------ILPKLPVSPWNL;1;1
-43;IHARSLPWVPLS;---IHARSLPWVPLS----;1;1
-43;IGPRPLPTIGTI;---IGPRPLPTIGTI----;1;1
-43;IGPRPLPTIGSI;---IGPRPLPTIGSI----;1;1
-43;IGPRPLPTIGPV;---IGPRPLPTIGPV----;1;1
-43;IFLRSLPAIGNE;---IFLRSLPAIGNE----;1;1
-43;IERALPLVPGER;----IERALPLVPGER---;1;1
-43;IASRPLPSLWEF;---IASRPLPSLWEF----;1;1
-43;IARRPLPSLWGF;---IARRPLPSLWGF----;1;1
-43;IARRPLPSLWEF;---IARRPLPSLWEF----;1;1
-43;IARRPLPSLWAF;---IARRPLPSLWAF----;1;1
-43;IARPLPTPHAVP;----IARPLPTPHAVP---;1;1
-43;IARGLPDLPGYV;----IARGLPDLPGYV---;1;1
-43;IAIQLRPLPSIL;-IAIQLRPLPSIL------;1;1
-43;HWQRLLPAIERG;---HWQRLLPAIERG----;1;1
-43;HWKGRSLPLPLP;--HWKGRSLPLPLP-----;1;1
-43;HVVRRALPMVPY;--HVVRRALPMVPY-----;1;1
-43;HVVGRALPMVPY;--HVVGRALPMVPY-----;1;1
-43;HVRRLPAIPFSE;----HVRRLPAIPFSE---;1;1
-43;HVRPLPTPNIMS;-----HVRPLPTPNIMS--;1;1
-43;HVATYRELPGVP;-HVATYRELPGVP------;1;1
-43;HVAAYRELPGVP;-HVAAYRELPGVP------;1;1
-43;HVAAYRELPGAP;-HVAAYRELPGAP------;1;1
-43;HSYKTRGLPAVP;-HSYKTRGLPAVP------;1;1
-43;HRWRPVPVPHAL;---HRWRPVPVPHAL----;1;1
-43;HRWRPPPVPHAL;---HRWRPPPVPHAL----;1;1
-43;HRWRPLTVPHAL;---HRWRPLTVPHAL----;1;1
-43;HRWRPLPVTHAL;---HRWRPLPVTHAL----;1;1
-43;HRWRPLPVPRAL;---HRWRPLPVPRAL----;1;1
-43;HRWRPLPVPHTL;---HRWRPLPVPHTL----;1;1
-43;HRWRPLPVPHDL;---HRWRPLPVPHDL----;1;1
-43;HRWRPLPVPHAS;---HRWRPLPVPHAS----;1;1
-43;HRWRPLPVPHAL;---HRWRPLPVPHAL----;1;1
-43;HRWRPLPVPHAF;---HRWRPLPVPHAF----;1;1
-43;HRWRPLPVLHAL;---HRWRPLPVLHAL----;1;1
-43;HRWRPLPAPHAL;---HRWRPLPAPHAL----;1;1
-43;HRWRPLAVPHAL;---HRWRPLAVPHAL----;1;1
-43;HRWGPLPVPHAL;---HRWGPLPVPHAL----;1;1
-43;HMFWGGLPNVPW;--HMFWGGLPNVPW-----;1;1
-43;HKEYRRLPSIPH;--HKEYRRLPSIPH-----;1;1
-43;HGWRPLPVPHAL;---HGWRPLPVPHAL----;1;1
-43;HGRSLPARPLLY;----HGRSLPARPLLY---;1;1
-43;HGRSLPARPLLN;----HGRSLPARPLLN---;1;1
-43;HGPLPEIPVMEE;-----HGPLPEIPVMEE--;1;1
-43;HFVGRPLPVLPS;--HFVGRPLPVLPS-----;1;1
-43;HFERVLPGVPMN;---HFERVLPGVPMN----;1;1
-43;HFERVLPGVPMD;---HFERVLPGVPMD----;1;1
-43;HARQLPMVPFSE;----HARQLPMVPFSE---;1;1
-43;HALPVPPGDSVY;------HALPVPPGDSVY-;1;1
-43;GYYWSQRALPVV;GYYWSQRALPVV-------;1;1
-43;GYYVRNLPVISV;--GYYVRNLPVISV-----;1;1
-43;GYSYGRLPATPW;--GYSYGRLPATPW-----;1;1
-43;GYRPLPGIPDTE;----GYRPLPGIPDTE---;1;1
-43;GYMPGRALPLLP;-GYMPGRALPLLP------;1;1
-43;GYLRNRELPVIG;-GYLRNRELPVIG------;1;1
-43;GYLRNRELPVID;-GYLRNRELPVID------;1;1
-43;GVSIRGLPQIPI;--GVSIRGLPQIPI-----;1;1
-43;GVRRSLPAIMGI;---GVRRSLPAIMGI----;1;1
-43;GVPLWGRALPVL;GVPLWGRALPVL-------;1;1
-43;GVPAKRLLPKIP;-GVPAKRLLPKIP------;1;1
-43;GVMMRALPFIHT;--GVMMRALPFIHT-----;1;1
-43;GVLGARGLPPLP;-GVLGARGLPPLP------;1;1
-43;GVGLFRFLPPAP;-GVGLFRFLPPAP------;1;1
-43;GVALRTRALPVI;GVALRTRALPVI-------;1;1
-43;GTTGFRALPLVP;-GTTGFRALPLVP------;1;1
-43;GTSNLFRPLPSV;GTSNLFRPLPSV-------;1;1
-43;GTSNLFRPLPFV;GTSNLFRPLPFV-------;1;1
-43;GTRRLPSVPYFH;----GTRRLPSVPYFH---;1;1
-43;GTRALPLVLERF;----GTRALPLVLERF---;1;1
-43;GTPGKRALPSLP;-GTPGKRALPSLP------;1;1
-43;GTANLSRPLPFV;GTANLSRPLPFV-------;1;1
-43;GTANLFRPLPFV;GTANLFRPLPFV-------;1;1
-43;GTANLFRPLPFA;GTANLFRPLPFA-------;1;1
-43;GTALVRMLPSLP;-GTALVRMLPSLP------;1;1
-43;GSYRGLPDVPNV;---GSYRGLPDVPNV----;1;1
-43;GSYRGLPDVPHV;---GSYRGLPDVPHV----;1;1
-43;GSYRGLPDIPHV;---GSYRGLPDIPHV----;1;1
-43;GSWLLYRALPAL;GSWLLYRALPAL-------;1;1
-43;GSVPMLPLRAMS;------GSVPMLPLRAMS-;1;1
-43;GSTYLGRSLPIP;GSTYLGRSLPIP-------;1;1
-43;GSRVYRALPVVV;-GSRVYRALPVVV------;1;1
-43;GSRVLPRFPLSL;----GSRVLPRFPLSL---;1;1
-43;GSQWWKRALPAP;GSQWWKRALPAP-------;1;1
-43;GSLRRLPAVIEM;---GSLRRLPAVIEM----;1;1
-43;GSHRGLPDVPHV;---GSHRGLPDVPHV----;1;1
-43;GRYLRGELPSVP;-GRYLRGELPSVP------;1;1
-43;GRVLPSVPLHFE;-----GRVLPSVPLHFE--;1;1
-43;GRVLPKLPTGWG;-----GRVLPKLPTGWG--;1;1
-43;GRVGTLPLVPVD;---GRVGTLPLVPVD----;1;1
-43;GRSLPVPTSEFT;-----GRSLPVPTSEFT--;1;1
-43;GRSLPSLPMGLF;-----GRSLPSLPMGLF--;1;1
-43;GRSLPNTPTPVF;-----GRSLPNTPTPVF--;1;1
-43;GRSLPNTPTPGF;-----GRSLPNTPTPGF--;1;1
-43;GRSLPMLPADTR;-----GRSLPMLPADTR--;1;1
-43;GRRLPNLPYLIG;-----GRRLPNLPYLIG--;1;1
-43;GRRLPLVPTRAI;-----GRRLPLVPTRAI--;1;1
-43;GRRLPLLPGVLL;-----GRRLPLLPGVLL--;1;1
-43;GRRELPAIHTNF;----GRRELPAIHTNF---;1;1
-43;GRQLPSAPLFHL;-----GRQLPSAPLFHL--;1;1
-43;GRPLPNPYAATH;-----GRPLPNPYAATH--;1;1
-43;GRPLPNPVGLAI;-----GRPLPNPVGLAI--;1;1
-43;GRPLPNPIGLAI;-----GRPLPNPIGLAI--;1;1
-43;GRPLPLVPMLVG;-----GRPLPLVPMLVG--;1;1
-43;GRNLPAIPTLLV;-----GRNLPAIPTLLV--;1;1
-43;GRNLPAIPSLLV;-----GRNLPAIPSLLV--;1;1
-43;GRNLPAIPSLLA;-----GRNLPAIPSLLA--;1;1
-43;GRNLPAIPPLLV;-----GRNLPAIPPLLV--;1;1
-43;GRMLPTVPNYNV;-----GRMLPTVPNYNV--;1;1
-43;GRMLPLWPEHML;-----GRMLPLWPEHML--;1;1
-43;GRLLPTTPGQFQ;-----GRLLPTTPGQFQ--;1;1
-43;GRLLPSTPGFVG;-----GRLLPSTPGFVG--;1;1
-43;GRLLPLIPSLEK;-----GRLLPLIPSLEK--;1;1
-43;GRLLPILPGGMD;-----GRLLPILPGGMD--;1;1
-43;GRLLPDIPISDS;-----GRLLPDIPISDS--;1;1
-43;GRKLPKLPFMPG;-----GRKLPKLPFMPG--;1;1
-43;GRGLPPVPGLGS;-----GRGLPPVPGLGS--;1;1
-43;GRGLPNIPDVGV;-----GRGLPNIPDVGV--;1;1
-43;GRGLPNIPDVGE;-----GRGLPNIPDVGE--;1;1
-43;GRELPELPRSLV;-----GRELPELPRSLV--;1;1
-43;GRAWRSLPTILS;--GRAWRSLPTILS-----;1;1
-43;GRANLFRPLPFV;GRANLFRPLPFV-------;1;1
-43;GRALPTRPLAFV;-----GRALPTRPLAFV--;1;1
-43;GRALPTIPDWVG;-----GRALPTIPDWVG--;1;1
-43;GRALPITPVPNQ;-----GRALPITPVPNQ--;1;1
-43;GRALPDLSWLYS;-----GRALPDLSWLYS--;1;1
-43;GQTDRWLPAVPY;--GQTDRWLPAVPY-----;1;1
-43;GQSGRSLPSVPF;--GQSGRSLPSVPF-----;1;1
-43;GQRVLPSITVDL;----GQRVLPSITVDL---;1;1
-43;GQRVLPSIPVDL;----GQRVLPSIPVDL---;1;1
-43;GQRVLPSIPADL;----GQRVLPSIPADL---;1;1
-43;GQRVLPPIPVDL;----GQRVLPPIPVDL---;1;1
-43;GQQVLPSIPVDL;----GQQVLPSIPVDL---;1;1
-43;GQLVLPSIPVDL;----GQLVLPSIPVDL---;1;1
-43;GQLQLRPLPVIS;-GQLQLRPLPVIS------;1;1
-43;GQISRLLPVLPD;--GQISRLLPVLPD-----;1;1
-43;GPRVLPSIPVDL;----GPRVLPSIPVDL---;1;1
-43;GPRPLPSILMAW;----GPRPLPSILMAW---;1;1
-43;GPRMLPALPTLV;----GPRMLPALPTLV---;1;1
-43;GPRALPAPLKQF;----GPRALPAPLKQF---;1;1
-43;GPLWSRMLPMVD;-GPLWSRMLPMVD------;1;1
-43;GPLPVLEPSEYN;------GPLPVLEPSEYN-;1;1
-43;GPGWRPLPTVVS;--GPGWRPLPTVVS-----;1;1
-43;GPGQRTLPIIPV;--GPGQRTLPIIPV-----;1;1
-43;GPGLRGLPSIPV;--GPGLRGLPSIPV-----;1;1
-43;GNWTRDLPQIVI;--GNWTRDLPQIVI-----;1;1
-43;GNSQRPLPIQPV;--GNSQRPLPIQPV-----;1;1
-43;GNSQRPLPIQPG;--GNSQRPLPIQPG-----;1;1
-43;GNRSLPSPPYGI;----GNRSLPSPPYGI---;1;1
-43;GMLRPLPLIHNF;---GMLRPLPLIHNF----;1;1
-43;GMKNRSLPLVPL;--GMKNRSLPLVPL-----;1;1
-43;GMKNRSLPLAPL;--GMKNRSLPLAPL-----;1;1
-43;GMHPAHRALPLT;GMHPAHRALPLT-------;1;1
-43;GMHPAHRALPLI;GMHPAHRALPLI-------;1;1
-43;GMHLAHRALPLI;GMHLAHRALPLI-------;1;1
-43;GLYNRVLPDLPA;--GLYNRVLPDLPA-----;1;1
-43;GLYAPRGLPLLP;-GLYAPRGLPLLP------;1;1
-43;GLSVLRNLPIVP;-GLSVLRNLPIVP------;1;1
-43;GLSPRPLPTVPL;--GLSPRPLPTVPL-----;1;1
-43;GLRSLPFPPSAL;----GLRSLPFPPSAL---;1;1
-43;GLRELPRVPMTD;----GLRELPRVPMTD---;1;1
-43;GLRALPSFPLGS;----GLRALPSFPLGS---;1;1
-43;GLNVLRNLPTVP;-GLNVLRNLPTVP------;1;1
-43;GLNVLRNLPIVP;-GLNVLRNLPIVP------;1;1
-43;GLNVLRNLPFVP;-GLNVLRNLPFVP------;1;1
-43;GLNVLGNLPIVP;-GLNVLGNLPIVP------;1;1
-43;GLNRTLPHIPHL;---GLNRTLPHIPHL----;1;1
-43;GLNALRNLPIVP;-GLNALRNLPIVP------;1;1
-43;GLLTRGLPSLPG;--GLLTRGLPSLPG-----;1;1
-43;GLLPDTPWFYLS;------GLLPDTPWFYLS-;1;1
-43;GLLGSRGLPGLP;-GLLGSRGLPGLP------;1;1
-43;GLLGSRGLPGLL;-GLLGSRGLPGLL------;1;1
-43;GLHRPLPMPAGL;---GLHRPLPMPAGL----;1;1
-43;GLGSRVLPQLSF;--GLGSRVLPQLSF-----;1;1
-43;GLGRRTLPIIPV;--GLGRRTLPIIPV-----;1;1
-43;GLGQRTLPIIPV;--GLGQRTLPIIPV-----;1;1
-43;GLGQRTLPIILV;--GLGQRTLPIILV-----;1;1
-43;GLGKRTLPIIPV;--GLGKRTLPIIPV-----;1;1
-43;GLGFGRHLPPIL;-GLGFGRHLPPIL------;1;1
-43;GLFRRSLPPTPW;--GLFRRSLPPTPW-----;1;1
-43;GLFNRPLPRLLV;--GLFNRPLPRLLV-----;1;1
-43;GLFNRPLPRLLA;--GLFNRPLPRLLA-----;1;1
-43;GLEFRSLPYVVS;--GLEFRSLPYVVS-----;1;1
-43;GLDVLRNLPIVP;-GLDVLRNLPIVP------;1;1
-43;GLDVAYRPLPPI;GLDVAYRPLPPI-------;1;1
-43;GLDQRTLPIIPV;--GLDQRTLPIIPV-----;1;1
-43;GLAVLRVLPDLP;-GLAVLRVLPDLP------;1;1
-43;GKRRLPSLSYFV;----GKRRLPSLSYFV---;1;1
-43;GKRRLPQVPFHM;----GKRRLPQVPFHM---;1;1
-43;GKRRLPMVLTLF;----GKRRLPMVLTLF---;1;1
-43;GKLPPTPNVMSV;------GKLPPTPNVMSV-;1;1
-43;GIRSLPALPGLN;----GIRSLPALPGLN---;1;1
-43;GIRSLPALLGLN;----GIRSLPALLGLN---;1;1
-43;GIPRPLPDPWSV;---GIPRPLPDPWSV----;1;1
-43;GHRLPLVPTRAI;-----GHRLPLVPTRAI--;1;1
-43;GHILPKREWVSV;-----GHILPKREWVSV--;1;1
-43;GGYERALPSISM;--GGYERALPSISM-----;1;1
-43;GGYERALPSIRM;--GGYERALPSIRM-----;1;1
-43;GGYERALPSIQM;--GGYERALPSIQM-----;1;1
-43;GGYERALPSIPM;--GGYERALPSIPM-----;1;1
-43;GGWRYRALPFTP;-GGWRYRALPFTP------;1;1
-43;GGWRDRALPFTP;-GGWRDRALPFTP------;1;1
-43;GGSGRFLPSIPS;--GGSGRFLPSIPS-----;1;1
-43;GGRRLPPMPVSI;----GGRRLPPMPVSI---;1;1
-43;GGRLAFRNLPAL;GGRLAFRNLPAL-------;1;1
-43;GGQHRRLPLVVI;--GGQHRRLPLVVI-----;1;1
-43;GGMMRALPFIHT;--GGMMRALPFIHT-----;1;1
-43;GGKRELPGVPLL;---GGKRELPGVPLL----;1;1
-43;GGEWRPLPEFPL;--GGEWRPLPEFPL-----;1;1
-43;GFTRALPMVQVY;---GFTRALPMVQVY----;1;1
-43;GFSMRPLPRVDL;--GFSMRPLPRVDL-----;1;1
-43;GFRVLPQVPMSL;----GFRVLPQVPMSL---;1;1
-43;GFRLVYRELPIV;GFRLVYRELPIV-------;1;1
-43;GAWTRALPGIPS;--GAWTRALPGIPS-----;1;1
-43;GAWTRALHGIPS;--GAWTRALHGIPS-----;1;1
-43;GARVLPAPPIST;----GARVLPAPPIST---;1;1
-43;GARVLPAPPINT;----GARVLPAPPINT---;1;1
-43;GALPSVPYNAPY;------GALPSVPYNAPY-;1;1
-43;GALPGVPSHEIV;------GALPGVPSHEIV-;1;1
-43;GAIPRFLPPIPH;--GAIPRFLPPIPH-----;1;1
-43;GAGRSLPGVPYV;---GAGRSLPGVPYV----;1;1
-43;FYPRPLPPVNVE;---FYPRPLPPVNVE----;1;1
-43;FYNRPLPVHVVY;---FYNRPLPVHVVY----;1;1
-43;FYIGRKLPLVNF;--FYIGRKLPLVNF-----;1;1
-43;FWRVSERSLPVI;FWRVSERSLPVI-------;1;1
-43;FWLGRTLPSVPS;--FWLGRTLPSVPS-----;1;1
-43;FTVKRSLPEIPL;--FTVKRSLPEIPL-----;1;1
-43;FTVKRSLPEIPF;--FTVKRSLPEIPF-----;1;1
-43;FSWRPLPGTQAV;---FSWRPLPGTQAV----;1;1
-43;FSWRPLPGIQAV;---FSWRPLPGIQAV----;1;1
-43;FSVRGLPNIPTQ;---FSVRGLPNIPTQ----;1;1
-43;FSTSRGLPHVPM;--FSTSRGLPHVPM-----;1;1
-43;FSRNMLPSVPGF;---FSRNMLPSVPGF----;1;1
-43;FSNRKLPRLPGT;---FSNRKLPRLPGT----;1;1
-43;FSLSTRSLPWVE;-FSLSTRSLPWVE------;1;1
-43;FSGLPRALPEDP;-FSGLPRALPEDP------;1;1
-43;FRWRSLPALDYI;---FRWRSLPALDYI----;1;1
-43;FRRGLPIISSVV;----FRRGLPIISSVV---;1;1
-43;FRPLPQLTTEIR;-----FRPLPQLTTEIR--;1;1
-43;FRPLPQAPWVVI;-----FRPLPQAPWVVI--;1;1
-43;FRPLPAPAYSFG;-----FRPLPAPAYSFG--;1;1
-43;FRLRPLPAVYHA;---FRLRPLPAVYHA----;1;1
-43;FRILPVIPFSPM;-----FRILPVIPFSPM--;1;1
-43;FRGVARRLPAII;-FRGVARRLPAII------;1;1
-43;FRGALPAPPMWI;----FRGALPAPPMWI---;1;1
-43;FRALPRVPVYVL;-----FRALPRVPVYVL--;1;1
-43;FRALPRVPIYVL;-----FRALPRVPIYVL--;1;1
-43;FRALPELPWSVV;-----FRALPELPWSVV--;1;1
-43;FRALPELPWSAV;-----FRALPELPWSAV--;1;1
-43;FPVRALPSIVDW;---FPVRALPSIVDW----;1;1
-43;FPVRALPSIVDL;---FPVRALPSIVDL----;1;1
-43;FLYHRQLPMLPR;--FLYHRQLPMLPR-----;1;1
-43;FLRFRELPGFSV;--FLRFRELPGFSV-----;1;1
-43;FLKNRPLPVAWF;--FLKNRPLPVAWF-----;1;1
-43;FLKNRPLPVARF;--FLKNRPLPVARF-----;1;1
-43;FLFRSLPDAPYG;---FLFRSLPDAPYG----;1;1
-43;FLATRTLPVPYL;--FLATRTLPVPYL-----;1;1
-43;FLATRALPVPYL;--FLATRALPVPYL-----;1;1
-43;FHSAMRRLPALL;-FHSAMRRLPALL------;1;1
-43;FHRPLPNTDWSA;----FHRPLPNTDWSA---;1;1
-43;FHRPLPNIDWST;----FHRPLPNIDWST---;1;1
-43;FHRPLPNIDWSA;----FHRPLPNIDWSA---;1;1
-43;FGVRPLPTVEFG;---FGVRPLPTVEFG----;1;1
-43;FGRWRSLIPVPL;--FGRWRSLIPVPL-----;1;1
-43;FGRWRSLIPGPL;--FGRWRSLIPGPL-----;1;1
-43;FGRVFNRTLPLV;FGRVFNRTLPLV-------;1;1
-43;FGRSNVLLPAVP;-FGRSNVLLPAVP------;1;1
-43;FGRSNVLLPAIP;-FGRSNVLLPAIP------;1;1
-43;FGRPLPPIVYGQ;----FGRPLPPIVYGQ---;1;1
-43;FGRALPVLPVVT;----FGRALPVLPVVT---;1;1
-43;FGPRNRALPIIQ;-FGPRNRALPIIQ------;1;1
-43;FGPLPPIPGNAP;-----FGPLPPIPGNAP--;1;1
-43;FGPLPLIPGSAP;-----FGPLPLIPGSAP--;1;1
-43;FGPLPLIPGNVP;-----FGPLPLIPGNVP--;1;1
-43;FGPLPLIPGNAP;-----FGPLPLIPGNAP--;1;1
-43;FGNTRPLPALSL;--FGNTRPLPALSL-----;1;1
-43;FGLRPLPAVYHA;---FGLRPLPAVYHA----;1;1
-43;FGGNGNRPLPWL;FGGNGNRPLPWL-------;1;1
-43;FEVMRLLPSVPG;--FEVMRLLPSVPG-----;1;1
-43;FAVKRSLPEIPL;--FAVKRSLPEIPL-----;1;1
-43;FAQRYRQLPPIV;-FAQRYRQLPPIV------;1;1
-43;EWLKYRTLPVIL;-EWLKYRTLPVIL------;1;1
-43;EVRALPQLPVVQ;----EVRALPQLPVVQ---;1;1
-43;ESYRGLPDVPHV;---ESYRGLPDVPHV----;1;1
-43;ERWRALPDIPVQ;---ERWRALPDIPVQ----;1;1
-43;ERWRALPDIPVH;---ERWRALPDIPVH----;1;1
-43;ERWRALPDIPAH;---ERWRALPDIPAH----;1;1
-43;ERWRALADIPVH;---ERWRALADIPVH----;1;1
-43;ERWGALPDIPVH;---ERWGALPDIPVH----;1;1
-43;ERSLPVRPSVHV;-----ERSLPVRPSVHV--;1;1
-43;ERPLPMWPNHLL;-----ERPLPMWPNHLL--;1;1
-43;ERGLPSIPHELW;-----ERGLPSIPHELW--;1;1
-43;ERAFRELPVRPW;--ERAFRELPVRPW-----;1;1
-43;ENKWNALPALPV;--ENKWNALPALPV-----;1;1
-43;EMRVLPRVPTEF;----EMRVLPRVPTEF---;1;1
-43;ELSVLRNLPIVP;-ELSVLRNLPIVP------;1;1
-43;ELAVRKLPELAF;--ELAVRKLPELAF-----;1;1
-43;EGRSLPAVPEFK;----EGRSLPAVPEFK---;1;1
-43;EGANRYLPMVPL;--EGANRYLPMVPL-----;1;1
-43;DSVRILPEPPLI;---DSVRILPEPPLI----;1;1
-43;DRALPAFPASGV;-----DRALPAFPASGV--;1;1
-43;DLYATRGLPLLP;-DLYATRGLPLLP------;1;1
-43;DLYAPRGLPLPP;-DLYAPRGLPLPP------;1;1
-43;DLYAPRGLPLLP;-DLYAPRGLPLLP------;1;1
-43;DLYAPRGLPFLP;-DLYAPRGLPFLP------;1;1
-43;DLVRGLPPTPAV;---DLVRGLPPTPAV----;1;1
-43;DFRLLPSVPGEV;----DFRLLPSVPGEV---;1;1
-43;DELVRNLPSVPW;--DELVRNLPSVPW-----;1;1
-43;DDGVRPLPVLPS;--DDGVRPLPVLPS-----;1;1
-43;AYRFLPAVPGDQ;----AYRFLPAVPGDQ---;1;1
-43;AYRELPRLPLAW;----AYRELPRLPLAW---;1;1
-43;AWMKTRALPDLI;-AWMKTRALPDLI------;1;1
-43;AVNISRFLPALP;-AVNISRFLPALP------;1;1
-43;AVFRMLPALPSW;---AVFRMLPALPSW----;1;1
-43;ATALAGRVLPIV;ATALAGRVLPIV-------;1;1
-43;ASRRLPSRPVAV;----ASRRLPSRPVAV---;1;1
-43;ASNLGRSLPPVV;-ASNLGRSLPPVV------;1;1
-43;ASNLGRLLPPVV;-ASNLGRLLPPVV------;1;1
-43;ASMFQRELPVVP;-ASMFQRELPVVP------;1;1
-43;ARVLPSIPSIHY;-----ARVLPSIPSIHY--;1;1
-43;ARSWAQLPTLPI;--ARSWAQLPTLPI-----;1;1
-43;ARSLPLLPVDSM;-----ARSLPLLPVDSM--;1;1
-43;ARSAYRILPSIV;-ARSAYRILPSIV------;1;1
-43;ARRSLPLIPYRV;----ARRSLPLIPYRV---;1;1
-43;ARRPLPWPFLLV;----ARRPLPWPFLLV---;1;1
-43;ARRLPSLPAFEW;-----ARRLPSLPAFEW--;1;1
-43;ARPLPHLLSDSL;-----ARPLPHLLSDSL--;1;1
-43;ARMLPMVPSIAL;-----ARMLPMVPSIAL--;1;1
-43;ARLLPNIPAPSE;-----ARLLPNIPAPSE--;1;1
-43;ARKLPRLPFTQD;-----ARKLPRLPFTQD--;1;1
-43;ARILPSIPMHIE;-----ARILPSIPMHIE--;1;1
-43;ARGLPLTPFEYS;-----ARGLPLTPFEYS--;1;1
-43;ARGLPDLPWELP;-----ARGLPDLPWELP--;1;1
-43;ARASPQVPLGRI;-----ARASPQVPLGRI--;1;1
-43;ARALPQVPSGRI;-----ARALPQVPSGRI--;1;1
-43;ARALPQVPLSRI;-----ARALPQVPLSRI--;1;1
-43;ARALPQVPLGRI;-----ARALPQVPLGRI--;1;1
-43;ARALPPVPLGRI;-----ARALPPVPLGRI--;1;1
-43;ARALPIVPSMGE;-----ARALPIVPSMGE--;1;1
-43;AQRVLPSIPVDL;----AQRVLPSIPVDL---;1;1
-43;AQLPDIPLHGVL;------AQLPDIPLHGVL-;1;1
-43;APWRALPDVPAG;---APWRALPDVPAG----;1;1
-43;APWGRPLPELMS;--APWGRPLPELMS-----;1;1
-43;APRPLPYLNQYS;----APRPLPYLNQYS---;1;1
-43;AMTHERPLPIVG;-AMTHERPLPIVG------;1;1
-43;AMIHERPLPIVG;-AMIHERPLPIVG------;1;1
-43;AMIHERPLPIAG;-AMIHERPLPIAG------;1;1
-43;ALVYSRALPVIP;-ALVYSRALPVIP------;1;1
-43;ALLSRDLPAVPG;--ALLSRDLPAVPG-----;1;1
-43;ALLSRDLPAGPG;--ALLSRDLPAGPG-----;1;1
-43;ALLSGRPLPEFP;-ALLSGRPLPEFP------;1;1
-43;AKSRPLPMVGLV;---AKSRPLPMVGLV----;1;1
-43;AKRRLPLVVSLL;----AKRRLPLVVSLL---;1;1
-43;AHSLASRVLPTI;AHSLASRVLPTI-------;1;1
-43;AHLRALPMPLGA;---AHLRALPMPLGA----;1;1
-43;AGRALPDLLWVS;----AGRALPDLLWVS---;1;1
-43;AGQARTLPAIVV;--AGQARTLPAIVV-----;1;1
-43;AGLGPLPDVPNM;---AGLGPLPDVPNM----;1;1
-43;AFMYRGLPVVPG;--AFMYRGLPVVPG-----;1;1
-43;AFMYRGLPVAPG;--AFMYRGLPVAPG-----;1;1
-43;AFGYVRPLPLVV;-AFGYVRPLPLVV------;1;1
-43;ADLRWRKLPVFW;-ADLRWRKLPVFW------;1;1
-43;AAMRDLPAWPVS;---AAMRDLPAWPVS----;1;1
-43;AAMRDLPARPVS;---AAMRDLPARPVS----;1;1
-43;AAMRDLPARPGS;---AAMRDLPARPGS----;1;1
-43;AAMFLRPLPAVQ;-AAMFLRPLPAVQ------;1;1
-51;YQGAPDVPVRVI;--YQGAPDVPVRVI----;1;1
-51;YPALPPRLGLAL;-----YPALPPRLGLAL-;1;1
-51;YMPALPSRNWGP;----YMPALPSRNWGP--;1;1
-51;YAPVPPVRNQLK;----YAPVPPVRNQLK--;1;1
-51;YAPVPPVRNQLG;----YAPVPPVRNQLG--;1;1
-51;YAPVPPVRNQLE;----YAPVPPVRNQLE--;1;1
-51;YAPMLPTRYVGE;----YAPMLPTRYVGE--;1;1
-51;WYAGPSLPLRML;--WYAGPSLPLRML----;1;1
-51;WRPLLPPGNAMS;----WRPLLPPGNAMS--;1;1
-51;WLSLPIRNAISI;-----WLSLPIRNAISI-;1;1
-51;WGGPALPGRSLV;---WGGPALPGRSLV---;1;1
-51;WDPPAVPSRLMI;---WDPPAVPSRLMI---;1;1
-51;WAPLLPYRGTDE;----WAPLLPYRGTDE--;1;1
-51;WALPVIPNQTVE;---WALPVIPNQTVE---;1;1
-51;VVTGPILPSRLV;--VVTGPILPSRLV----;1;1
-51;VVPVLPNRNEVW;----VVPVLPNRNEVW--;1;1
-51;VSWAPKLPFRAL;--VSWAPKLPFRAL----;1;1
-51;VSVPLLPNYNTS;---VSVPLLPNYNTS---;1;1
-51;VSGAPLLPMANY;--VSGAPLLPMANY----;1;1
-51;VSAVPDLPVWTM;--VSAVPDLPVWTM----;1;1
-51;VSATIPELPPRG;-VSATIPELPPRG-----;1;1
-51;VSAIIPELPPRG;-VSAIIPELPPRG-----;1;1
-51;VRPLLPVRNEVV;----VRPLLPVRNEVV--;1;1
-51;VQLLPIRNGTVN;-----VQLLPIRNGTVN-;1;1
-51;VPSLPIRNGTVN;-----VPSLPIRNGTVN-;1;1
-51;VPPVPARSHGVF;-----VPPVPARSHGVF-;1;1
-51;VPLLTIRNGTVN;-----VPLLTIRNGTVN-;1;1
-51;VPLLQIRNGTVN;-----VPLLQIRNGTVN-;1;1
-51;VPLLPVRNGTVN;-----VPLLPVRNGTVN-;1;1
-51;VPLLPTRNGTVN;-----VPLLPTRNGTVN-;1;1
-51;VPLLPRPNVVSI;-----VPLLPRPNVVSI-;1;1
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-51;VPLLPIRNGTVS;-----VPLLPIRNGTVS-;1;1
-51;VPLLPIRNGTVN;-----VPLLPIRNGTVN-;1;1
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-51;LGHPLLPVRNAV;---LGHPLLPVRNAV---;1;1
-51;LDIPTLPWRNGA;---LDIPTLPWRNGA---;1;1
-51;LAVPTRPSLPWT;LAVPTRPSLPWT------;1;1
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-51;KPLLPARSSSML;-----KPLLPARSSSML-;1;1
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-51;GPTLPLRQYDII;-----GPTLPLRQYDII-;1;1
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-51;GLQPVLPPRNLV;---GLQPVLPPRNLV---;1;1
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- binaries/hmmsearch
- $INSTALL_DIR
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-java -jar "$@"
diff -r 7950e4c52972 -r 22b245c1bb94 wrapper.sh
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@@ -0,0 +1,2 @@
+#!/bin/sh
+java -jar "$@"