# HG changeset patch
# User ieguinoa
# Date 1643822175 0
# Node ID 5d59238cd3f45009db2cf3d2a2057eff4d1e7dc3
Uploaded
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 .shed.yml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/.shed.yml Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,12 @@
+categories:
+ - Data Export
+description: |
+ Submits experimental data and respective metadata to the European Nucleotide Archive (ENA).
+long_description: |
+ The program submits experimental data and respective metadata to the European Nucleotide Archive (ENA).
+ The metadata should be provided in separate tables corresponding to ENA objects STUDY, SAMPLE, EXPERIMENT and RUN
+name: ena_upload
+owner: iuc
+remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/ena_upload
+homepage_url: https://github.com/usegalaxy-eu/ena-upload-cli
+type: unrestricted
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 README.md
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,31 @@
+# ena-upload-wrapper
+Galaxy wrapper for ena-cli-upload
+
+This tool is shipped in a ready to use Galaxy container found [here](https://github.com/ELIXIR-Belgium/ena-upload-container).
+
+## Setting up credentials on Galaxy
+
+The admin of the server can set up global credentials through a file with the format:
+```
+username: webin_id
+password: webin_password
+```
+
+The path to this file must be exported as an environment variable called $GALAXY_ENA_SECRETS
+
+Alternatively, the admin can enable users to set their own credentials for this tool.
+To enable it, make sure the file `config/user_preferences_extra_conf.yml` has the following section:
+
+```
+ ena_webin_account:
+ description: Your ENA Webin account details
+ inputs:
+ - name: webin_id
+ label: ENA Webin ID
+ type: text
+ required: False
+ - name: password
+ label: Password
+ type: password
+ required: False
+```
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 ena_upload.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ena_upload.xml Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,860 @@
+
+
+ 0.5.3
+ samples_macros.xml
+
+
+ ena-upload-cli
+
+
+
+
+
+ Preferences -> Manage Information";
+ exit 1;
+ fi;
+ #else:
+ echo "No ENA credentials defined. Set your credentials via: User -> Preferences -> Manage Information";
+ exit 1;
+ #end if
+ else
+ credentials_path='$credentials';
+ fi;
+#end if
+
+#if $action_options.test_submit == "True" or $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+ credentials_path='test_fake_path';
+ #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true" and $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
+ echo "username: test_user" > \$credentials_path;
+ echo "password: test_password" >> \$credentials_path;
+ #end if
+#end if
+
+## create the list of files to upload and make the symlinks
+#import re
+#set $files_to_upload = list()
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+ #for $study in $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.rep_study:
+ #for $sample in $study.rep_sample:
+ #for $experiment in $sample.rep_experiment:
+ #for $run in $experiment.rep_runs:
+ #for $file in $run.upload_files:
+ #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier)
+ #if $action_options.input_format_conditional.add_extension == "true":
+ #set $extension = '.fastq'
+ #else
+ #set $extension = ''
+ #end if
+ #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+ ## compression output is defined as safename_reads_file so no need to symlink
+ #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension + '.gz'
+ gzip -c '$file' > $safename_reads_file &&
+ #else:
+ #if $action_options.input_format_conditional.add_extension == "true":
+ #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'):
+ #set $compression = '.gz'
+ #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+ #set $compression = '.bz2'
+ #end if
+ #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension + $compression
+ #end if
+ ln -s '$file' $safename_reads_file &&
+ #end if
+ $files_to_upload.append(str($safename_reads_file))
+ #end for
+ #end for
+ #end for
+ #end for
+ #end for
+#else:
+ #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.run_input_format == 'paired_list':
+ #for $pair in $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.paired_end_collection:
+ #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $pair.name)
+ ## Always need to add .fastq + compression suffix because the name is based on the pair name which has no extensions
+ #if $pair.forward.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+ ## compress the file, no need to create the link then
+ ## always add the compression suffix (.gz)
+ #set $safename_fwd_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + 'fastq' + '.gz'
+ gzip -c '$file' > $safename_fwd_reads_file &&
+ #else
+ #if $pair.forward.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'):
+ #set $compression = '.gz'
+ #elif $pair.forward.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+ #set $compression = '.bz2'
+ #end if
+ #set $safename_fwd_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + '.fastq' + $compression
+ ln -s '$pair.forward' $safename_fwd_reads_file &&
+ #end if
+
+ #if $pair.reverse.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+ ## compress the file, no need to create the link then
+ #set $safename_reverse_reads_file = $safename_reads_file + '_1' + '.fastq' + '.gz'
+ gzip -c '$file' > $safename_rev_reads_file &&
+ #else
+ #if $pair.reverse.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+ #set $compression = '.bz2'
+ #elif $pair.reverse.is_of_type('fastqsanger.gz', 'fastq.gz'):
+ #set $compression = '.gz'
+ #end if
+ #set $safename_rev_reads_file = $safename_reads_file + '_2' + '.fastq' + $compression
+ ln -s '$pair.reverse' $safename_rev_reads_file &&
+ #end if
+ $files_to_upload.append(str($safename_fwd_reads_file))
+ $files_to_upload.append(str($safename_rev_reads_file))
+ #end for
+ #end if
+ #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.run_input_format == 'multiple_selection_list':
+ #for $file in $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.data:
+ #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier)
+ #if $file.is_of_type('fastq', 'fastqsanger'):
+ ## always compress add the gz extension
+ #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true":
+ #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.fastq.gz'
+ #else
+ #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + '.gz'
+ #end if
+ gzip -c '$file' > $safename_reads_file &&
+ #else
+ #if $action_options.input_format_conditional.run_input_format_conditional.add_extension == "true":
+ #if $file.is_of_type('fastq.gz', 'fastqsanger.gz'):
+ #set $extension = '.fastq.gz'
+ #elif $file.is_of_type('fastqsanger.bz2', 'fastq.bz2'):
+ #set $extension = '.fastq.bz2'
+ #end if
+ #set $safename_reads_file = $safename_reads_file + $extension
+ #end if
+ ln -s '$file' $safename_reads_file &&
+ #end if
+ $files_to_upload.append(str($safename_reads_file))
+ #end for
+ #end if
+#end if
+
+
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false" or $action_options.input_format_conditional.input_format == "excel_tables":
+#if $action_options.action == "add":
+ena-upload-cli
+ --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy'
+ --action '$action_options.action'
+ --center '$action_options.center'
+ --secret \${credentials_path}
+ --data
+ #for $dataset in $files_to_upload:
+ '$dataset'
+ #end for
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+ --draft
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables":
+ --experiment '$experiments_table_path'
+ --study '$studies_table_path'
+ --run '$runs_table_path'
+ --sample '$samples_table_path'
+#else
+ --xlsx ./xlsx_input.xlsx
+#end if
+--action add
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
+ --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+#else:
+ #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+ #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
+ --checklist ERC000033
+ #end if
+ #else:
+ --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+ #end if
+#end if
+
+#if $action_options.test_submit_parameters.submit_dev == "true":
+ -d
+#end if
+ >> '$output';
+#end if
+
+#if $action_options.action == "modify":
+ ena-upload-cli
+ --tool 'ena-upload-cli v@VERSION@ @ Galaxy'
+ --action '$action_options.action'
+ --center '$action_options.center'
+ --secret \${credentials_path}
+ --data
+ #for $dataset in $files_to_upload:
+ '$dataset'
+ #end for
+#if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "true":
+ --draft
+#end if
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format != "excel_tables":
+ --experiment '$experiments_table_path'
+ --study '$studies_table_path'
+ --run '$runs_table_path'
+ --sample '$samples_table_path'
+#else
+ --xlsx ./xlsx_input.xlsx
+ --auto_action
+#end if
+--action 'modify'
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "user_generated_tables":
+ --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+#else:
+ #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+ #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
+ --checklist ERC000033
+ #end if
+ #else:
+ --checklist $action_options.input_format_conditional.checklist_id
+ #end if
+#end if
+ >> '$output';
+#end if
+ #if $action_options.test_submit_parameters.dry_run == "false":
+ echo -e 'center_name\t$action_options.center' >> '$output';
+ echo -e 'action_option\t$action_options.action' >> '$output';
+ #if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+ cp $studies_table_path_updated $studies_table_out 2>/dev/null;
+ cp $samples_table_path_updated $samples_table_out 2>/dev/null;
+ cp $experiments_table_path_updated $experiments_table_out 2>/dev/null;
+ cp $runs_table_path_updated $runs_table_out 2>/dev/null;
+ #end if
+ #else
+ ## for the excel input case, copy the upload-cli generated tables to the output files
+ ## this applies for both draft and real submissions
+ cp './ENA_template_experiment_updated.tsv' $experiments_table_out;
+ cp './ENA_template_sample_updated.tsv' $samples_table_out;
+ cp './ENA_template_study_updated.tsv' $studies_table_out;
+ cp './ENA_template_run_updated.tsv' $runs_table_out;
+ #end if
+#else:
+ exit 0;
+#end if
+
+]]>
+
+
+
+#import json
+#import re
+#if $action_options.input_format_conditional.input_format == "build_tables":
+ #set $files_to_upload = list()
+ #set $studies = list()
+ #for $study in $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.rep_study:
+ #set samples = list()
+ #for $sample in $study.rep_sample:
+ #set experiments = list()
+ #for $experiment in $sample.rep_experiment:
+ #set runs = list()
+ #for $run in $experiment.rep_runs:
+ #set run_files = list()
+ #for $file in $run.upload_files:
+ #set $safename_reads_file = re.sub('[^\w\-_\.]', '_', $file.element_identifier)
+ $run_files.append(str($safename_reads_file))
+ #end for
+ $runs.append((str($run.run_base_name),$run_files))
+ #end for
+
+$experiments.append({'title':str($experiment.experiment_title),'experiment_design':str($experiment.experiment_design),'library_strategy':str($experiment.library_strategy),'library_source':str($experiment.library_source),'library_selection':str($experiment.library_selection),'library_layout':str($experiment.library_layout),'insert_size':str($experiment.insert_size),'library_construction_protocol':str($experiment.library_construction_protocol),'platform':str($experiment.platform),'instrument_model':str($experiment.instrument_model),'runs':$runs})
+ #end for
+ #if $action_options.input_format_conditional.conditional_viral_metadata.viral_sample == "true":
+
+$samples.append({'title':str($sample.sample_title),'description':str($sample.sample_description),'tax_name':str($sample.scientific_name),'tax_id':str($sample.tax_id),'collection_date':str($sample.collection_date),'geo_location':str($sample.geo_location_country),'host_common_name':str($sample.host_common_name),'host_subject_id':str($sample.host_subject_id),'host_health_state':str($sample.host_health_state),'host_sex':str($sample.host_sex),'host_scientific_name':str($sample.host_scientific_name),'collector_name':str($sample.collector_name),'collecting_institution':str($sample.collecting_institution),'isolate':str($sample.isolate),'experiments':$experiments})
+ #else:
+
+$samples.append({'title':str($sample.sample_title),'description':str($sample.sample_description),'tax_name':str($sample.scientific_name),'tax_id':str($sample.tax_id),'experiments':$experiments})
+ #end if
+ #end for
+ $studies.append({'title':str($study.study_title),'type':str($study.study_type),'abstract':str($study.study_abstract),'pubmed_id':str($study.study_pubmed_id),'samples':$samples})
+ #end for
+ #echo $json.dumps($studies)
+#end if
+
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+
+ action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"
+
+
+ action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"
+
+
+ action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"
+
+
+ action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "build_tables" or action_options['input_format_conditional']['input_format'] == "excel_tables"
+
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+
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 extract_tables.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/extract_tables.py Wed Feb 02 17:16:15 2022 +0000
@@ -0,0 +1,102 @@
+import argparse
+import json
+import pathlib
+from datetime import datetime
+
+"""
+Parse the configfile generated by the Galaxy tool.
+This file is JSON-formatted and should be converted to a set of tabular files.
+"""
+
+FILE_FORMAT = 'fastq'
+
+parser = argparse.ArgumentParser()
+parser.add_argument('--studies', dest='studies_json_path', required=True)
+parser.add_argument('--out_dir', dest='out_path', required=True)
+parser.add_argument('--action', dest='action', required=True)
+args = parser.parse_args()
+
+with open(args.studies_json_path, 'r') as studies_json_file:
+ studies_dict = json.load(studies_json_file)
+studies_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'studies.tsv', 'w')
+studies_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_type',
+ 'study_abstract', 'pubmed_id', 'submission_date']) + '\n')
+samples_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'samples.tsv', 'w')
+experiments_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'experiments.tsv', 'w')
+experiments_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'study_alias',
+ 'sample_alias', 'design_description', 'library_name',
+ 'library_strategy', 'library_source', 'library_selection',
+ 'library_layout', 'insert_size',
+ 'library_construction_protocol', 'platform', 'instrument_model',
+ 'submission_date']) + '\n')
+runs_table = open(pathlib.Path(args.out_path) / 'runs.tsv', 'w')
+runs_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'experiment_alias', 'file_name',
+ 'file_format', 'file_checksum', 'submission_date']) + '\n')
+
+action = args.action
+
+dt_oobj = datetime.now(tz=None)
+timestamp = dt_oobj.strftime("%Y%m%d_%H:%M:%S")
+for study_index, study in enumerate(studies_dict):
+ study_alias = 'study_' + str(study_index) + '_' + timestamp
+ studies_table.write('\t'.join([study_alias, action, 'ENA_accession', study['title'],
+ study['type'], study['abstract'], study['pubmed_id'],
+ 'ENA_submission_data']))
+ if "geo_location" in study['samples'][0].keys(): # sample belongs to a viral sample
+ samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name',
+ 'taxon_id', 'sample_description', 'collection_date',
+ 'geographic_location', 'host_common_name', 'host_subject_id',
+ 'host_health_state', 'host_sex', 'host_scientific_name',
+ 'collector_name', 'collecting_institution', 'isolate',
+ 'submission_date']) + '\n')
+ else:
+ samples_table.write('\t'.join(['alias', 'status', 'accession', 'title', 'scientific_name',
+ 'taxon_id', 'sample_description', 'submission_date']) + '\n')
+ for sample_index, sample in enumerate(study['samples']):
+ sample_alias = 'sample_' + str(sample_index) + '_' + timestamp
+ if "geo_location" in sample.keys(): # sample belongs to a viral sample
+ if sample['collector_name'] == '':
+ sample['collector_name'] = 'unknown'
+ samples_table.write('\t'.join([sample_alias, action, 'ena_accession', sample['title'],
+ sample['tax_name'], sample['tax_id'],
+ sample['description'], sample['collection_date'],
+ sample['geo_location'], sample['host_common_name'],
+ sample['host_subject_id'], sample['host_health_state'],
+ sample['host_sex'], sample['host_scientific_name'],
+ sample['collector_name'],
+ sample['collecting_institution'], sample['isolate'],
+ 'ENA_submission_date']) + '\n')
+ else:
+ samples_table.write('\t'.join([sample_alias, action, 'ena_accession', sample['title'],
+ sample['tax_name'], sample['tax_id'],
+ sample['description'], 'ENA_submission_date']) + '\n')
+ for exp_index, exp in enumerate(sample['experiments']):
+ exp_alias = 'experiment_' + str(exp_index) + '.' + str(sample_index) + '_' + timestamp
+ lib_alias = 'library_' + str(exp_index) + '_' + str(sample_index)
+ experiments_table.write('\t'.join([exp_alias, action, 'accession_ena', exp['title'],
+ study_alias, sample_alias, exp['experiment_design'],
+ lib_alias, exp['library_strategy'],
+ exp['library_source'], exp['library_selection'],
+ exp['library_layout'].lower(), exp['insert_size'],
+ exp['library_construction_protocol'],
+ exp['platform'], exp['instrument_model'],
+ 'submission_date_ENA']) + '\n')
+ run_index = 0
+ # exp['runs'] is a list of lists
+ for (base_run, run_files) in exp['runs']:
+ run_index += 1
+ if base_run != '':
+ run_alias = base_run
+ else:
+ # no alias provided, generated a unique one
+ run_alias = '_'.join(['run_' + str(run_index), str(exp_index),
+ str(sample_index)]) + '_' + timestamp
+ for file_entry in run_files:
+ runs_table.write('\t'.join([run_alias, action, 'ena_run_accession', exp_alias,
+ file_entry, FILE_FORMAT, 'file_checksum',
+ 'submission_date_ENA']) + '\n')
+
+studies_table.close()
+samples_table.close()
+experiments_table.close()
+runs_table.close()
diff -r 000000000000 -r 5d59238cd3f4 samples_macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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