diff test-data/test_3/amrfinderplus_nucleotide_output.fasta @ 0:a968af0a91f9 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tools/amrfinderplus commit 73f592a7f1c1e9577bbf56a1347bd5c01bb8ea14
author iuc
date Fri, 26 May 2023 09:19:12 +0000
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test_3/amrfinderplus_nucleotide_output.fasta	Fri May 26 09:19:12 2023 +0000
@@ -0,0 +1,142 @@
+>contig_26:6581-8545 strand:+ optrA ABC-F type ribosomal protection protein OptrA
+TTGTCCAAAGCCACCTTTGCAATTGCTAGTACTAACGCAAAGGAGGATATGAAAATGCAA
+TACAAAATAATTAATGGTGCCGTTTACTATGATGGTAATATGGTGTTGGAAAACATCGGT
+ATTGAAATCAATGATAATGAAAAGATTGCTATTGTTGGTAGAAATGGATGTGGAAAAACA
+ACCTTGCTAAAAGCTATTATAGGCGAAATTGAATTAGAAGAAGGAACTGGTGAAAGTGAG
+TTTCAAGTAATAAAGACCGGTAACCCTTATATTAGCTATTTAAGACAGATGCCTTTTGAA
+GATGAAAGTATATCAATGGTGGATGAAGTCCGTACGGTATTTAAGACGCTTATTGATATG
+GAAAACAAGATGAAACAGCTGATAGATAAAATGGAGAATCAATATGATGATAAAATCATC
+AATGAATACTCTGATATCAGTGAAAGGTATATGGCTCTTGGAGGTCTAACCTACCAAAAA
+GAATATGAAACGATGATTCGTAGTATGGGTTTTACTGAAGCAGATTATAAAAAACCCATT
+TCTGAATTTTCAGGTGGTCAGCGAACTAAGATAGCTTTTATAAAAATACTTTTAACAAAG
+CCAGACATTCTATTACTTGATGAACCTACTAACCACCTTGATATAGAAACAATACAATGG
+TTGGAGAGTTATTTGAGAAGTTATAAATCTACATTGGTTATTATTTCCCATGATAGAATG
+TTTCTTAATCGAATTGTGGATAAGGTTTATGAAATCGAATGGGGAGAGACCAAATGTTAT
+AAAGGTAATTATTCAGCCTTTGAGGAGCAAAAACGAGAAAATCATATCAAACAGCAAAAA
+GATTACGACTTGCAACAGATAGAAATTGAAAGGATTACACGCTTGATTGAACGTTTTCGT
+TATAAACCTACGAAAGCTAAAATGGTGCAATCTAAAATTAAATTATTACAGCGTATGCAA
+ATATTAAATGCACCAGACCAATACGATACAAAAACTTATATGTCTAAATTTCAACCGAGA
+ATCAGTAGTTCAAGGCAAGTATTAAGTGCTTCAGAACTTGTGATAGGCTATGATACTCCT
+CTTGCAAAGGTTAATTTCAACCTTGAAAGGGGACAGAAGCTTGGAATTGTTGGGAGTAAT
+GGTATTGGTAAATCCACGTTGCTTAAAACACTTATGGGTGGTGTGGCAGCATTGTCTGGA
+GATTTTAAATTCGGATACAATGTTGAAATTAGCTATTTTGACCAACAGCTTGCTCAAATC
+AGTGGAGATGATACACTATTCGAAATTTTTCAAAGCGAATACCCTGAGCTAAATGACACA
+GAGGTCAGAACTGCTCTTGGCTCATTTCAGTTTAGTGGAGATGATGTTTTTAGACCGGTG
+TCCTCTTTGTCAGGTGGAGAAAAGGTTAGATTGACATTATGTAAATTATTATATAAACGT
+ACTAATGTTTTAATCTTAGATGAACCGACAAACCACATGGATATTATTGGAAAAGAGAAT
+TTAGAGAATATCTTATGCAGTTATCAAGGTACAATTATTTTTGTGTCACATGATAGATAT
+TTTACTAATAAGATTGCTGACAGATTACTTGTTTTTGATAAGGATGGTGTAGAGTTTGTA
+CAATCTACTTATGGTGAGTACGAGAAAAAAAGGATGAATTCTGAAAAGCCATTTAATAAC
+ATTAAAGTTGAGCAGAAAGTAGAGAAAAATAACACAGTAAAAGGCGATCGTAACTCCATT
+GAGAAGGAGAAGGTTAAGAAGGAGAAACGAATTGAAAAGCTTGAAGTGTTAATAAATCAA
+TATGATGAAGAATTAGAAAGATTGAATAAAATCATTTCTGAACCAAACAATTCTTCTGAT
+TATATAGTACTGACGGAAATACAAAAATCAATTGATGATGTTAAAAGGTGTCAGGGTAAT
+TATTTTAATGAATGGGAACAGTTGATGAGAGAATTGGAAGTTATG
+>contig_46:2438-3229 strand:- aph(3')-IIIa aminoglycoside O-phosphotransferase APH(3')-IIIa
+ATGGCTAAAATGAGAATATCACCGGAATTGAAAAAACTGATCGAAAAATACCGCTGCGTA
+AAAGATACGGAAGGAATGTCTCCTGCTAAGGTATATAAGCTGGTGGGAGAAAATGAAAAC
+CTATATTTAAAAATGACGGACAGCCGGTATAAAGGGACCACCTATGATGTGGAACGGGAA
+AAGGACATGATGCTATGGCTGGAAGGAAAGCTGCCTGTTCCAAAGGTCCTGCACTTTGAA
+CGGCATGATGGCTGGAGCAATCTGCTCATGAGTGAGGCCGATGGCGTCCTTTGCTCGGAA
+GAGTATGAAGATGAACAAAGCCCTGAAAAGATTATCGAGCTGTATGCGGAGTGCATCAGG
+CTCTTTCACTCCATCGACATATCGGATTGTCCCTATACGAATAGCTTAGACAGCCGCTTA
+GCCGAATTGGATTACTTACTGAATAACGATCTGGCCGATGTGGATTGCGAAAACTGGGAA
+GAAGACACTCCATTTAAAGATCCGCGCGAGCTGTATGATTTTTTAAAGACGGAAAAGCCC
+GAAGAGGAACTTGTCTTTTCCCACGGCGACCTGGGAGACAGCAACATCTTTGTGAAAGAT
+GGCAAAGTAAGTGGCTTTATTGATCTTGGGAGAAGCGGCAGGGCGGACAAGTGGTATGAC
+ATTGCCTTCTGCGTCCGGTCGATCAGGGAGGATATCGGGGAAGAACAGTATGTCGAGCTA
+TTTTTTGACTTACTGGGGATCAAGCCTGATTGGGAGAAAATAAAATATTATATTTTACTG
+GATGAATTGTTT
+>contig_46:3325-3864 strand:- sat4 streptothricin N-acetyltransferase Sat4
+GTGATTACAGAAATGAAAGCAGGGCACCTGAAAGATATCGATAAACCCAGCGAACCATTT
+GAGGTGATAGGTAAGATTATACCGAGGTATGAAAACGAGAATTGGACCTTTACAGAATTA
+CTCTATGAAGCGCCATATTTAAAAAGCTACCAAGACGAAGAGGATGAAGAGGATGAGGAG
+GCAGATTGCCTTGAATATATTGACAATACTGATAAGATAATATATCTTTACTACCAAGAC
+GATAAATGCGTCGGAAAAGTTAAACTGCGAAAAAATTGGAACCGGTACGCTTATATAGAA
+GATATCGCCGTATGTAAGGATTTCAGGGGGCAAGGCATAGGCAGCGCGCTTATCAATATA
+TCTATAGAATGGGCAAAGCATAAAAACTTGCATGGACTAATGCTTGAAACCCAGGACAAT
+AACCTTATAGCTTGTAAATTCTATCATAATTGTGGTTTCAAAATCGGCTCCGTCGATACT
+ATGTTATACGCCAACTTTGAAAACAACTTTGAAAAAGCTGTTTTCTGGTATTTAAGGTTT
+>contig_47:3996-5912 strand:- tet(M) tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M)
+ATGAAAATTATTAATATTGGAGTTTTAGCTCATGTTGATGCGGGAAAAACTACCTTAACA
+GAAAGCTTATTATATAACAGTGGAGCGATTACAGAATTAGGAAGCGTGGACAAAGGTACA
+ACGAGGACGGATAATACGCTTTTAGAACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACAGGAATA
+ACCTCTTTTCAGTGGGAAAATACGAAGGTGAACATCATAGACACGCCAGGACATATGGAT
+TTCTTAGCAGAAGTATATCGTTCATTATCAGTTTTAGATGGGGCAATTCTACTGATTTCT
+GCAAAAGATGGCGTACAAGCACAAACTCGTATATTATTTCATGCACTTAGGAAAATGGGG
+ATTCCCACAATCTTTTTTATCAATAAGATTGACCAAAATGGAATTGATTTATCAACGGTT
+TATCAGGATATTAAAGAGAAACTTTCTGCCGAAATTGTAATCAAACAGAAGGTAGAACTG
+TATCCTAATATGTGTGTGACGAACTTTACCGAATCTGAACAATGGGATACGGTAATAGAG
+GGAAACGATGACCTTTTAGAGAAATATATGTCCGGTAAATCATTAGAAGCATTGGAACTC
+GAACAAGAGGAAAGCATAAGATTTCAGAATTGTTCCCTGTTCCCTGTTTATCACGGAAGT
+GCAAAAAACAATATAGGGATTGATAACCTTATAGAAGTGATTACGAATAAATTTTATTCA
+TCAACACATCGAGGTCAGTCTGAACTTTGCGGAAATGTTTTCAAAATTGAATATACAAAA
+AAAAGACAACGTCTTGCATATATACGTCTTTATAGTGGCGTACTGCATTTGCGAGATTCG
+GTTAGAATATCGGAAAAGGAAAAAATAAAAATTACAGAAATGTATACTTCAATAAATGGT
+GAATTATGTAAAATCGATAAGGCTTATTCCGGGGAAATTGTTATTTTGCAGAATGAGTTT
+TTGAAGTTAAATAGTGTTCTTGGAGATACAAAGCTATTGCCACAGAGAGAGAGAATTGAA
+AATCCCCTCCCTCTGCTGCAAACGACTGTTGAACCGAGCAAACCTCAACAAAGGGAAATG
+TTGCTTGATGCCCTTTTGGAAATCTCAGATAGTGATCCGCTTCTACGATATTACGTGGAT
+TCTACGACACATGAAATTATACTTTCTTTCTTAGGGAAAGTACAAATGGAAGTGATTAGT
+GCACTGTTGCAAGAAAAGTATCATGTGGAGATAGAACTAAAAGAGCCTACAGTCATTTAT
+ATGGAGAGACCGTTAAAAAATGCAGAATATACCATTCACATCGAAGTGCCGCCAAATCCT
+TTCTGGGCTTCCATTGGTTTATCTGTATCACCGCTTCCATTAGGGAGCGGAGTGCAGTAT
+GAGAGCTCGGTTTCTCTTGGATACTTAAATCAATCGTTTCAAAATGCAGTTATGGAGGGG
+ATACGCTATGGCTGTGAACAAGGATTGTATGGTTGGAATGTGACGGACTGTAAAATCTGT
+TTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCT
+CCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTT
+AGTTTTAAAATTTATGCGCCACAGGAATATCTTTCACGAGCATACAACGATGCTCCTAAA
+TATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAATTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGTGGAGAA
+ATCCCTGCTCGGTGTATTCAAGAATATCGTAGTGATTTAACTTTCTTTACAAATGGACGT
+AGTGTTTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACCATGTTACTACCGGTGAACCTGTTTGCCAG
+CCCCGTCGTCCAAATAGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACT
+>contig_48:202-936 strand:- erm(B) 23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(B)
+ATGAACAAAAATATAAAATATTCTCAAAACTTTTTAACGAGTGAAAAAGTACTCAACCAA
+ATAATAAAACAATTGAATTTAAAAGAAACCGATACCGTTTACGAAATTGGAACAGGTAAA
+GGGCATTTAACGACGAAACTGGCTAAAATAAGTAAACAGGTAACGTCTATTGAATTAGAC
+AGTCATCTATTCAACTTATCGTCAGAAAAATTAAAACTGAATACTCGTGTCACTTTAATT
+CACCAAGATATTCTACAGTTTCAATTCCCTAACAAACAGAGGTATAAAATTGTTGGGAGT
+ATTCCTTACCATTTAAGCACACAAATTATTAAAAAAGTGGTTTTTGAAAGCCATGCGTCT
+GACATCTATCTGATTGTTGAAGAAGGATTCTACAAGCGTACCTTGGATATTCACCGAACA
+CTAGGGTTGCTCTTGCACACTCAAGTCTCGATTCAGCAATTGCTTAAGCTGCCAGCGGAA
+TGCTTTCATCCTAAACCAAAAGTAAACAGTGTCTTAATAAAACTTACCCGCCATACCACA
+GATGTTCCAGATAAATATTGGAAGCTATATACGTACTTTGTTTCAAAATGGGTCAATCGA
+GAATATCGTCAACTGTTTACTAAAAATCAGTTTCATCAAGCAATGAAACACGCCAAAGTA
+AACAATTTAAGTACCGTTACTTATGAGCAAGTATTGTCTATTTTTAATAGTTATCTATTA
+TTTAACGGGAGGAAA
+>contig_48:4344-4988 strand:+ catA type A-7 chloramphenicol O-acetyltransferase
+ATGACTTTTAATATTATTGAATTAGAAAATTGGGATAGAAAAGAATATTTTGAACACTAT
+TTTAATCAGCAAACTACTTATAGCATTACTAAAGAAATTGATATTACTTTGTTTAAAGAT
+ATGATAAAAAAGAAAGGATATGAAATTTATCCCTCTTTAATTTATGCAATTATGGAAGTT
+GTAAATAAAAATAAAGTGTTTAGAACAGGAATTAATAGTGAGAATAAATTAGGTTATTGG
+GATAAGTTAAATCCTTTGTATACAGTTTTTAATAAGCAAACTGAAAAATTTACTAACATT
+TGGACTGAATCTGATAAAAACTTCATTTCTTTTTATAATAATTATAAAAATGACTTGCTT
+GAATATAAAGATAAAGAAGAAATGTTTCCTAAAAAACCGATACCTGAAAACACCATACCG
+ATTTCAATGATTCCTTGGATTGATTTTAGTTCATTTAATTTAAATATTGGTAACAATAGC
+AGCTTTTTATTGCCTATTATTACGATAGGTAAATTTTATAGTGAGAATAATAAAATTTAT
+ATACCAGTTGCTCTGCAACTTCATCATTCTGTATGTGATGGTTACCATGCTTCACTATTT
+ATGAATGAATTTCAAGATATAATTCATAGGGTAGATGATTGGATT
+>contig_50:282-1655 strand:+ tet(L) tetracycline efflux MFS transporter Tet(L)
+GTGAATACATCCTATTCACAATCGAATTTACGACACAACCAAATTTTAATTTGGCTTTGC
+ATTTTATCTTTTTTTAGCGTATTAAATGAAATGGTTTTGAACGTCTCATTACCTGATATT
+GCAAATGATTTTAATAAACCACCTGCGAGTACAAACTGGGTGAACACAGCCTTTATGTTA
+ACCTTTTCCATTGGAACAGCTGTATATGGAAAGCTATCTGATCAATTAGGCATCAAAAGG
+TTACTCCTATTTGGAATTATAATAAATTGTTTCGGGTCGGTAATTGGGTTTGTTGGCCAT
+TCTTTCTTTTCCTTACTTATTATGGCTCGTTTTATTCAAGGGGCTGGTGCAGCTGCATTT
+CCAGCACTCGTAATGGTTGTAGTTGCGCGCTATATTCCAAAGGAAAATAGGGGTAAAGCA
+TTTGGTCTTATTGGATCGATAGTAGCCATGGGAGAAGGAGTCGGTCCAGCGATTGGTGGA
+ATGATAGCCCATTATATTCATTGGTCCTATCTTCTACTCATTCCTATGATAACAATTATC
+ACTGTTCCGTTTCTTATGAAATTATTAAAGAAAGAAGTAAGGATAAAAGGTCATTTTGAT
+ATCAAAGGAATTATACTAATGTCTGTAGGCATTGTATTTTTTATGTTGTTTACAACATCA
+TATAGCATTTCTTTTCTTATCGTTAGCGTGCTGTCATTCCTGATATTTGTAAAACATATC
+AGGAAAGTAACAGATCCTTTTGTTGATCCCGGATTAGGGAAAAATATACCTTTTATGATT
+GGAGTTCTTTGTGGGGGAATTATATTTGGAACAGTAGCAGGGTTTGTCTCTATGGTTCCT
+TATATGATGAAAGATGTTCACCAGCTAAGTACTGCCGAAATCGGAAGTGTAATTATTTTC
+CCTGGAACAATGAGTGTCATTATTTTCGGCTACATTGGTGGGATACTTGTTGATAGAAGA
+GGTCCTTTATACGTGTTAAACATCGGAGTTACATTTCTTTCTGTTAGCTTTTTAACTGCT
+TCCTTTCTTTTAGAAACAACATCATGGTTCATGACAATTATAATCGTATTTGTTTTAGGT
+GGGCTTTCGTTCACCAAAACAGTTATATCAACAATTGTTTCAAGTAGCTTGAAACAGCAG
+GAAGCTGGTGCTGGAATGAGTTTGCTTAACTTTACCAGCTTTTTATCAGAGGGAACAGGT
+ATTGCAATTGTAGGTGGTTTATTATCCATACCCTTACTTGATCAAAGGTTGTTACCTATG
+GAAGTTGATCAGTCAACTTATCTGTATAGTAATTTGTTATTACTTTTTTCAGGAATCATT
+GTCATTAGTTGGCTGGTTACCTTGAATGTATATAAACATTCTCAAAGGGATTTC