Mercurial > repos > iuc > amrfinderplus
diff test-data/test_3/amrfinderplus_nucleotide_output.fasta @ 0:a968af0a91f9 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tools/amrfinderplus commit 73f592a7f1c1e9577bbf56a1347bd5c01bb8ea14
author | iuc |
---|---|
date | Fri, 26 May 2023 09:19:12 +0000 |
parents | |
children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test_3/amrfinderplus_nucleotide_output.fasta Fri May 26 09:19:12 2023 +0000 @@ -0,0 +1,142 @@ +>contig_26:6581-8545 strand:+ optrA ABC-F type ribosomal protection protein OptrA +TTGTCCAAAGCCACCTTTGCAATTGCTAGTACTAACGCAAAGGAGGATATGAAAATGCAA +TACAAAATAATTAATGGTGCCGTTTACTATGATGGTAATATGGTGTTGGAAAACATCGGT +ATTGAAATCAATGATAATGAAAAGATTGCTATTGTTGGTAGAAATGGATGTGGAAAAACA +ACCTTGCTAAAAGCTATTATAGGCGAAATTGAATTAGAAGAAGGAACTGGTGAAAGTGAG +TTTCAAGTAATAAAGACCGGTAACCCTTATATTAGCTATTTAAGACAGATGCCTTTTGAA +GATGAAAGTATATCAATGGTGGATGAAGTCCGTACGGTATTTAAGACGCTTATTGATATG +GAAAACAAGATGAAACAGCTGATAGATAAAATGGAGAATCAATATGATGATAAAATCATC +AATGAATACTCTGATATCAGTGAAAGGTATATGGCTCTTGGAGGTCTAACCTACCAAAAA +GAATATGAAACGATGATTCGTAGTATGGGTTTTACTGAAGCAGATTATAAAAAACCCATT +TCTGAATTTTCAGGTGGTCAGCGAACTAAGATAGCTTTTATAAAAATACTTTTAACAAAG +CCAGACATTCTATTACTTGATGAACCTACTAACCACCTTGATATAGAAACAATACAATGG +TTGGAGAGTTATTTGAGAAGTTATAAATCTACATTGGTTATTATTTCCCATGATAGAATG +TTTCTTAATCGAATTGTGGATAAGGTTTATGAAATCGAATGGGGAGAGACCAAATGTTAT +AAAGGTAATTATTCAGCCTTTGAGGAGCAAAAACGAGAAAATCATATCAAACAGCAAAAA +GATTACGACTTGCAACAGATAGAAATTGAAAGGATTACACGCTTGATTGAACGTTTTCGT +TATAAACCTACGAAAGCTAAAATGGTGCAATCTAAAATTAAATTATTACAGCGTATGCAA +ATATTAAATGCACCAGACCAATACGATACAAAAACTTATATGTCTAAATTTCAACCGAGA +ATCAGTAGTTCAAGGCAAGTATTAAGTGCTTCAGAACTTGTGATAGGCTATGATACTCCT +CTTGCAAAGGTTAATTTCAACCTTGAAAGGGGACAGAAGCTTGGAATTGTTGGGAGTAAT +GGTATTGGTAAATCCACGTTGCTTAAAACACTTATGGGTGGTGTGGCAGCATTGTCTGGA +GATTTTAAATTCGGATACAATGTTGAAATTAGCTATTTTGACCAACAGCTTGCTCAAATC +AGTGGAGATGATACACTATTCGAAATTTTTCAAAGCGAATACCCTGAGCTAAATGACACA +GAGGTCAGAACTGCTCTTGGCTCATTTCAGTTTAGTGGAGATGATGTTTTTAGACCGGTG +TCCTCTTTGTCAGGTGGAGAAAAGGTTAGATTGACATTATGTAAATTATTATATAAACGT +ACTAATGTTTTAATCTTAGATGAACCGACAAACCACATGGATATTATTGGAAAAGAGAAT +TTAGAGAATATCTTATGCAGTTATCAAGGTACAATTATTTTTGTGTCACATGATAGATAT +TTTACTAATAAGATTGCTGACAGATTACTTGTTTTTGATAAGGATGGTGTAGAGTTTGTA +CAATCTACTTATGGTGAGTACGAGAAAAAAAGGATGAATTCTGAAAAGCCATTTAATAAC +ATTAAAGTTGAGCAGAAAGTAGAGAAAAATAACACAGTAAAAGGCGATCGTAACTCCATT +GAGAAGGAGAAGGTTAAGAAGGAGAAACGAATTGAAAAGCTTGAAGTGTTAATAAATCAA +TATGATGAAGAATTAGAAAGATTGAATAAAATCATTTCTGAACCAAACAATTCTTCTGAT +TATATAGTACTGACGGAAATACAAAAATCAATTGATGATGTTAAAAGGTGTCAGGGTAAT +TATTTTAATGAATGGGAACAGTTGATGAGAGAATTGGAAGTTATG +>contig_46:2438-3229 strand:- aph(3')-IIIa aminoglycoside O-phosphotransferase APH(3')-IIIa +ATGGCTAAAATGAGAATATCACCGGAATTGAAAAAACTGATCGAAAAATACCGCTGCGTA +AAAGATACGGAAGGAATGTCTCCTGCTAAGGTATATAAGCTGGTGGGAGAAAATGAAAAC +CTATATTTAAAAATGACGGACAGCCGGTATAAAGGGACCACCTATGATGTGGAACGGGAA +AAGGACATGATGCTATGGCTGGAAGGAAAGCTGCCTGTTCCAAAGGTCCTGCACTTTGAA +CGGCATGATGGCTGGAGCAATCTGCTCATGAGTGAGGCCGATGGCGTCCTTTGCTCGGAA +GAGTATGAAGATGAACAAAGCCCTGAAAAGATTATCGAGCTGTATGCGGAGTGCATCAGG +CTCTTTCACTCCATCGACATATCGGATTGTCCCTATACGAATAGCTTAGACAGCCGCTTA +GCCGAATTGGATTACTTACTGAATAACGATCTGGCCGATGTGGATTGCGAAAACTGGGAA +GAAGACACTCCATTTAAAGATCCGCGCGAGCTGTATGATTTTTTAAAGACGGAAAAGCCC +GAAGAGGAACTTGTCTTTTCCCACGGCGACCTGGGAGACAGCAACATCTTTGTGAAAGAT +GGCAAAGTAAGTGGCTTTATTGATCTTGGGAGAAGCGGCAGGGCGGACAAGTGGTATGAC +ATTGCCTTCTGCGTCCGGTCGATCAGGGAGGATATCGGGGAAGAACAGTATGTCGAGCTA +TTTTTTGACTTACTGGGGATCAAGCCTGATTGGGAGAAAATAAAATATTATATTTTACTG +GATGAATTGTTT +>contig_46:3325-3864 strand:- sat4 streptothricin N-acetyltransferase Sat4 +GTGATTACAGAAATGAAAGCAGGGCACCTGAAAGATATCGATAAACCCAGCGAACCATTT +GAGGTGATAGGTAAGATTATACCGAGGTATGAAAACGAGAATTGGACCTTTACAGAATTA +CTCTATGAAGCGCCATATTTAAAAAGCTACCAAGACGAAGAGGATGAAGAGGATGAGGAG +GCAGATTGCCTTGAATATATTGACAATACTGATAAGATAATATATCTTTACTACCAAGAC +GATAAATGCGTCGGAAAAGTTAAACTGCGAAAAAATTGGAACCGGTACGCTTATATAGAA +GATATCGCCGTATGTAAGGATTTCAGGGGGCAAGGCATAGGCAGCGCGCTTATCAATATA +TCTATAGAATGGGCAAAGCATAAAAACTTGCATGGACTAATGCTTGAAACCCAGGACAAT +AACCTTATAGCTTGTAAATTCTATCATAATTGTGGTTTCAAAATCGGCTCCGTCGATACT +ATGTTATACGCCAACTTTGAAAACAACTTTGAAAAAGCTGTTTTCTGGTATTTAAGGTTT +>contig_47:3996-5912 strand:- tet(M) tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) +ATGAAAATTATTAATATTGGAGTTTTAGCTCATGTTGATGCGGGAAAAACTACCTTAACA +GAAAGCTTATTATATAACAGTGGAGCGATTACAGAATTAGGAAGCGTGGACAAAGGTACA +ACGAGGACGGATAATACGCTTTTAGAACGTCAGAGAGGAATTACAATTCAGACAGGAATA +ACCTCTTTTCAGTGGGAAAATACGAAGGTGAACATCATAGACACGCCAGGACATATGGAT +TTCTTAGCAGAAGTATATCGTTCATTATCAGTTTTAGATGGGGCAATTCTACTGATTTCT +GCAAAAGATGGCGTACAAGCACAAACTCGTATATTATTTCATGCACTTAGGAAAATGGGG +ATTCCCACAATCTTTTTTATCAATAAGATTGACCAAAATGGAATTGATTTATCAACGGTT +TATCAGGATATTAAAGAGAAACTTTCTGCCGAAATTGTAATCAAACAGAAGGTAGAACTG +TATCCTAATATGTGTGTGACGAACTTTACCGAATCTGAACAATGGGATACGGTAATAGAG +GGAAACGATGACCTTTTAGAGAAATATATGTCCGGTAAATCATTAGAAGCATTGGAACTC +GAACAAGAGGAAAGCATAAGATTTCAGAATTGTTCCCTGTTCCCTGTTTATCACGGAAGT +GCAAAAAACAATATAGGGATTGATAACCTTATAGAAGTGATTACGAATAAATTTTATTCA +TCAACACATCGAGGTCAGTCTGAACTTTGCGGAAATGTTTTCAAAATTGAATATACAAAA +AAAAGACAACGTCTTGCATATATACGTCTTTATAGTGGCGTACTGCATTTGCGAGATTCG +GTTAGAATATCGGAAAAGGAAAAAATAAAAATTACAGAAATGTATACTTCAATAAATGGT +GAATTATGTAAAATCGATAAGGCTTATTCCGGGGAAATTGTTATTTTGCAGAATGAGTTT +TTGAAGTTAAATAGTGTTCTTGGAGATACAAAGCTATTGCCACAGAGAGAGAGAATTGAA +AATCCCCTCCCTCTGCTGCAAACGACTGTTGAACCGAGCAAACCTCAACAAAGGGAAATG +TTGCTTGATGCCCTTTTGGAAATCTCAGATAGTGATCCGCTTCTACGATATTACGTGGAT +TCTACGACACATGAAATTATACTTTCTTTCTTAGGGAAAGTACAAATGGAAGTGATTAGT +GCACTGTTGCAAGAAAAGTATCATGTGGAGATAGAACTAAAAGAGCCTACAGTCATTTAT +ATGGAGAGACCGTTAAAAAATGCAGAATATACCATTCACATCGAAGTGCCGCCAAATCCT +TTCTGGGCTTCCATTGGTTTATCTGTATCACCGCTTCCATTAGGGAGCGGAGTGCAGTAT +GAGAGCTCGGTTTCTCTTGGATACTTAAATCAATCGTTTCAAAATGCAGTTATGGAGGGG +ATACGCTATGGCTGTGAACAAGGATTGTATGGTTGGAATGTGACGGACTGTAAAATCTGT +TTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCT +CCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTT +AGTTTTAAAATTTATGCGCCACAGGAATATCTTTCACGAGCATACAACGATGCTCCTAAA +TATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAATTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGTGGAGAA +ATCCCTGCTCGGTGTATTCAAGAATATCGTAGTGATTTAACTTTCTTTACAAATGGACGT +AGTGTTTGTTTAACAGAGTTAAAAGGGTACCATGTTACTACCGGTGAACCTGTTTGCCAG +CCCCGTCGTCCAAATAGTCGGATAGATAAAGTACGATATATGTTCAATAAAATAACT +>contig_48:202-936 strand:- erm(B) 23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(B) +ATGAACAAAAATATAAAATATTCTCAAAACTTTTTAACGAGTGAAAAAGTACTCAACCAA +ATAATAAAACAATTGAATTTAAAAGAAACCGATACCGTTTACGAAATTGGAACAGGTAAA +GGGCATTTAACGACGAAACTGGCTAAAATAAGTAAACAGGTAACGTCTATTGAATTAGAC +AGTCATCTATTCAACTTATCGTCAGAAAAATTAAAACTGAATACTCGTGTCACTTTAATT +CACCAAGATATTCTACAGTTTCAATTCCCTAACAAACAGAGGTATAAAATTGTTGGGAGT +ATTCCTTACCATTTAAGCACACAAATTATTAAAAAAGTGGTTTTTGAAAGCCATGCGTCT +GACATCTATCTGATTGTTGAAGAAGGATTCTACAAGCGTACCTTGGATATTCACCGAACA +CTAGGGTTGCTCTTGCACACTCAAGTCTCGATTCAGCAATTGCTTAAGCTGCCAGCGGAA +TGCTTTCATCCTAAACCAAAAGTAAACAGTGTCTTAATAAAACTTACCCGCCATACCACA +GATGTTCCAGATAAATATTGGAAGCTATATACGTACTTTGTTTCAAAATGGGTCAATCGA +GAATATCGTCAACTGTTTACTAAAAATCAGTTTCATCAAGCAATGAAACACGCCAAAGTA +AACAATTTAAGTACCGTTACTTATGAGCAAGTATTGTCTATTTTTAATAGTTATCTATTA +TTTAACGGGAGGAAA +>contig_48:4344-4988 strand:+ catA type A-7 chloramphenicol O-acetyltransferase +ATGACTTTTAATATTATTGAATTAGAAAATTGGGATAGAAAAGAATATTTTGAACACTAT +TTTAATCAGCAAACTACTTATAGCATTACTAAAGAAATTGATATTACTTTGTTTAAAGAT +ATGATAAAAAAGAAAGGATATGAAATTTATCCCTCTTTAATTTATGCAATTATGGAAGTT +GTAAATAAAAATAAAGTGTTTAGAACAGGAATTAATAGTGAGAATAAATTAGGTTATTGG +GATAAGTTAAATCCTTTGTATACAGTTTTTAATAAGCAAACTGAAAAATTTACTAACATT +TGGACTGAATCTGATAAAAACTTCATTTCTTTTTATAATAATTATAAAAATGACTTGCTT +GAATATAAAGATAAAGAAGAAATGTTTCCTAAAAAACCGATACCTGAAAACACCATACCG +ATTTCAATGATTCCTTGGATTGATTTTAGTTCATTTAATTTAAATATTGGTAACAATAGC +AGCTTTTTATTGCCTATTATTACGATAGGTAAATTTTATAGTGAGAATAATAAAATTTAT +ATACCAGTTGCTCTGCAACTTCATCATTCTGTATGTGATGGTTACCATGCTTCACTATTT +ATGAATGAATTTCAAGATATAATTCATAGGGTAGATGATTGGATT +>contig_50:282-1655 strand:+ tet(L) tetracycline efflux MFS transporter Tet(L) +GTGAATACATCCTATTCACAATCGAATTTACGACACAACCAAATTTTAATTTGGCTTTGC +ATTTTATCTTTTTTTAGCGTATTAAATGAAATGGTTTTGAACGTCTCATTACCTGATATT +GCAAATGATTTTAATAAACCACCTGCGAGTACAAACTGGGTGAACACAGCCTTTATGTTA +ACCTTTTCCATTGGAACAGCTGTATATGGAAAGCTATCTGATCAATTAGGCATCAAAAGG +TTACTCCTATTTGGAATTATAATAAATTGTTTCGGGTCGGTAATTGGGTTTGTTGGCCAT +TCTTTCTTTTCCTTACTTATTATGGCTCGTTTTATTCAAGGGGCTGGTGCAGCTGCATTT +CCAGCACTCGTAATGGTTGTAGTTGCGCGCTATATTCCAAAGGAAAATAGGGGTAAAGCA +TTTGGTCTTATTGGATCGATAGTAGCCATGGGAGAAGGAGTCGGTCCAGCGATTGGTGGA +ATGATAGCCCATTATATTCATTGGTCCTATCTTCTACTCATTCCTATGATAACAATTATC +ACTGTTCCGTTTCTTATGAAATTATTAAAGAAAGAAGTAAGGATAAAAGGTCATTTTGAT +ATCAAAGGAATTATACTAATGTCTGTAGGCATTGTATTTTTTATGTTGTTTACAACATCA +TATAGCATTTCTTTTCTTATCGTTAGCGTGCTGTCATTCCTGATATTTGTAAAACATATC +AGGAAAGTAACAGATCCTTTTGTTGATCCCGGATTAGGGAAAAATATACCTTTTATGATT +GGAGTTCTTTGTGGGGGAATTATATTTGGAACAGTAGCAGGGTTTGTCTCTATGGTTCCT +TATATGATGAAAGATGTTCACCAGCTAAGTACTGCCGAAATCGGAAGTGTAATTATTTTC +CCTGGAACAATGAGTGTCATTATTTTCGGCTACATTGGTGGGATACTTGTTGATAGAAGA +GGTCCTTTATACGTGTTAAACATCGGAGTTACATTTCTTTCTGTTAGCTTTTTAACTGCT +TCCTTTCTTTTAGAAACAACATCATGGTTCATGACAATTATAATCGTATTTGTTTTAGGT +GGGCTTTCGTTCACCAAAACAGTTATATCAACAATTGTTTCAAGTAGCTTGAAACAGCAG +GAAGCTGGTGCTGGAATGAGTTTGCTTAACTTTACCAGCTTTTTATCAGAGGGAACAGGT +ATTGCAATTGTAGGTGGTTTATTATCCATACCCTTACTTGATCAAAGGTTGTTACCTATG +GAAGTTGATCAGTCAACTTATCTGTATAGTAATTTGTTATTACTTTTTTCAGGAATCATT +GTCATTAGTTGGCTGGTTACCTTGAATGTATATAAACATTCTCAAAGGGATTTC