# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1685217109 0
# Node ID a37bb163d05d80e4680d0784ef219167d3e77ba0
# Parent  a968af0a91f9673d27da528dea0e6d8a8eb17537
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diff -r a968af0a91f9 -r a37bb163d05d amrfinderplus.xml
--- a/amrfinderplus.xml	Fri May 26 09:19:12 2023 +0000
+++ b/amrfinderplus.xml	Sat May 27 19:51:49 2023 +0000
@@ -218,7 +218,7 @@
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         </test>    
-        <test expect_num_outputs="4"> <!-- TEST_2 nucleotide input and full options  -->
+        <test expect_num_outputs="3"> <!-- TEST_2 nucleotide input and full options  -->
             <section name="input_option">
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+        <test expect_num_outputs="2"> <!-- TEST_5 protein input and full options to gff3 and bakta  -->
             <section name="input_option">
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                     <param name="organism_select" value="add_organism"/>
                     <param name="organism" value="Enterococcus_faecalis"/>
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                 </conditional>
             </section>
@@ -310,7 +307,6 @@
                 <param name="name" value="test_5"/> 
             </section>
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         </test>    
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         </test>   
-        <test expect_num_outputs="4"> <!-- TEST_8 both protein and nucleotide input  -->
+        <test expect_num_outputs="3"> <!-- TEST_8 both protein and nucleotide input  -->
             <section name="input_option">
                 <param name="amrfinder_db_select" value="V3.11.1-2023-04-17.1"/>
                 <conditional name="input_mode">
@@ -353,14 +349,41 @@
                 <conditional name="organism_conditionnal">
                     <param name="organism_select" value="add_organism"/>
                     <param name="organism" value="Enterococcus_faecalis"/>
-                    <param name="mutation_all" value="true"/>
-                    <param name="report_common" value="true"/>
                 </conditional>
             </section>
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             <output name="nucleotide_output" value="test_8/amrfinderplus_nucleotide_output.fasta" ftype="fasta" lines_diff="1"/>
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+        </test>   
+        <test expect_num_outputs="4"> <!-- TEST_9 rast annotation and mutation all results  -->
+            <section name="input_option">
+                <param name="amrfinder_db_select" value="V3.11.1-2023-04-17.1"/>
+                <conditional name="input_mode">
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+                <conditional name="organism_conditionnal">
+                    <param name="organism_select" value="add_organism"/>
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+            <output name="amrfinderplus_report" value="test_9/amrfinderplus_results.tsv" ftype="tabular" lines_diff="1"/>
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     </tests>
     <help><![CDATA[
diff -r a968af0a91f9 -r a37bb163d05d test-data/e_faecalis_rast.faa
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+++ b/test-data/e_faecalis_rast.faa	Sat May 27 19:51:49 2023 +0000
@@ -0,0 +1,29 @@
+>fig|6666666.1033322.peg.2388 Cell envelope stress response system LiaFSR, response regulator LiaR(VraR) [Enterococcus faecalis | 6666666.1033322]
+MIKVMLVDDHEMVRLGVSSYLSIQEDIEVVGEAENGKIGYEKALELRPDVILMDLVMEEM
+DGIDSTKAILKDWPEAKIIIVTSFIDDEKVYPAIEAGAAGYLLKTSTAHEIADAIRATYR
+GERVLEPEVTHKMMERLTKKQEPVLHEDLTNREHEILMLIAQGKSNQEIADELFITLKTV
+KTHVSNILAKLDVDDRTQAAIYAFQHGLAK
+>fig|6666666.1033322.peg.2387 Cell envelope stress response system LiaFSR, sensor histidine kinase LiaS(VraS) [Enterococcus faecalis | 6666666.1033322]
+MTDRISRRMISLYASLSTFIVILITLFSYFHSIKQNRWLLELLQRKVFYLPLIVHIVLIS
+LLIGLLTFLLISLVQKGQYGRIEEKLRLLANGNYESPVLNKPTTSENQDHYLTEVEQDIW
+SIKNKLLEMSKELQLLNSRPQLMDGQTKEEILENERHRLARELHDSVSQQLFAAMMMLSA
+LNEQAQRTETPEPYRKQLAMVAEIINASQSEMRALLLHLRPISLEGKSLRKGIEQLLKEL
+QTKIKIELIWDVEDVHLNSSIEDHLFRIVQELLSNTLRHAKAKELEVYLHQVDKNVLLRI
+VDDGVGFDMKEQSNKAGSYGLNNIRERVVGMGGTVKIISFKGQGTSVEIKVPVIKEETAS
+DQSNVSG
+>fig|6666666.1033322.peg.2386 Membrane protein LiaF(VraT), specific inhibitor of LiaRS(VraRS) signaling pathway [Enterococcus faecalis | 6666666.1033322]
+MNNPWRFFIVAEALLFILALWQIVHNPGLAVLLTIGVLLVAYVSRKASKTHFNNFQFVLG
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+GKRFKRRWFANERIGNNIYEWDDINIDLISGDTIIDLGNTLLPKEDNIIIIRKGFGRTRI
+LVPLGVAILLEHSTFYGTVRFEEEKYQLKNESLKIYSNDYDTNLRRLKIMTNTLVGDVEV
+IRV
+>fig|6666666.1033322.peg.2150 Cardiolipin synthase, bacterial type ClsA [Enterococcus faecalis | 6666666.1033322]
+MILSVLTVIYFINAIIAGITILLKPRDVAAIWAWLLVLIALPVFGFFLYLFFGRGLTDKK
+KFYLQQSDLRELENFQNFQEESFELYSQKMPTEEQQQFTDFFSSLNRMPLTKKNDVEIFT
+DGTEKFNALMADIKKAQHSIHIEYYAFVTDHIGTKILNLLEEKAAEGVEVRLLYDAFGSK
+GTKVHHLNELKKNGGFVQTFITSQKALLKFRLNYHDHRKIVVIDGKVGYIGGFNVADQYA
+GTTKKFGYWRDTHLRIQGPAASLLQMRFLMDWNVSSPEKNRVAYQLDYFFKLEALVPEAN
+TSIQMIASGPNSDREQIKLAFIKLITSAKKRVWIQTPYLVPDDSVLAALKVAAASGVDVK
+IMIPDKPDHPFIYRATQYYGRLLMKENIEILIYNGGFLHAKTMIMDDEVCTVGSANQDIR
+SYKLNFEANAVLYDKKIIDQLEAIFLEDRKKCTTMTPEVVRDMSKWLIFKQQISRLFSPI
+L
diff -r a968af0a91f9 -r a37bb163d05d test-data/e_faecalis_rast.fna
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/e_faecalis_rast.fna	Sat May 27 19:51:49 2023 +0000
@@ -0,0 +1,2055 @@
+>contig00015
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+CTTTCTTTTTCAAAATAAGGTATGGTATAGTTATAACAGAAATAAAACTAAAAAAAACAG
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+TTACTGTTGATGATTTTTATAACCAAATTAAAGAACAAAGCACTAGCCAACAAGCGTTTA
+GCCAAATGGTTATTTATAAAGTCTTTGAAGAAAAATATGGCGACAAAGTAACTGACAAAG
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+CTGATGCATTAAAACAAGCTGGTTTAACTGAAAAAACATTCAAGAAACAGTTAAAACAAA
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+CAGCTTGGGCAAGTTTCCATCCAGAAGTAGAAGCACAAATTATCCAAGTTGCTTCAGAAG
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+CCAATTAAGTTCCCTGCCACCGTATATTCTGTCGTAATAGCGCCAGATAACTCTAAAACT
+TTTCCTAAGTCATGTAAAATAATCCCCGCGTATAATAGTGACGTGTTAATTTCAGGATAT
+TCCTTAGCAATTGCTTTGCCTAGGCGCAACATTGAGACAGTGTGGTAAGCTAAGCCATTC
+GCAAAAGCATGATGGTTCCGTTTGGCTGCAGGAAATTCATAAAATTCTTGTTGGTATTTC
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+TTGATTTCCTCGACCATCTCTTCTTTTTTCAAAGGCGCTCGTTCCATATATAAACTTGGC
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+TCATCCTCAGAGGCGTCCCAATATTTTCCGTCAATCGTGCCAGATGTGTCTTGAAAGGTA
+AAGGCAATAAACTTTTTCCCATTTTTAGCTACACGTACATCGGCATTTTTAATTAGAACA
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+CTTCTAACGCAATTACTCTTTGTTGTAAGTCCTGATAATAGCTTACCATTTCTTGGTCAG
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+CTTTTCTTTGATGATCATAGTGTAACCAGCCATCATCAATGATAATTGGACAAATCAGTT
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+CAGTTGATAATTCATGTAAATAAAACATTTCTTGTTCTTTCGTCACCGCAACTAGTTGAC
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+CATACTGTAATAAGCTGGGCAATTGTTGTTCCGAAAGCTCTGTTAATAGGTCCATTAGCA
+GTTGTCCCGCTAGTTGATACCCAGACCAACGTTGAGCTAGTTCTTTGATTTCCGCTTTTA
+AAATTGCTTGTCGTTGATACAACTCATCTAAGGTACCATCCGTCATTAATTGTTGTTTTT
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+GTTGCTGCGCCAGTTGTAAAGAACGGTCTTTTAACGTTGCTTCTGTTACCGCTTCTGGAA
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+GGATACTTCCTAGCAATAACCAAAGTGGTTGACTTGTTTTCTGCGCTTTTTGGGCACGCG
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+AAAGTTGTTGACTACCAGAAACACCAATGGCTAACAAGGATGTTTGCAGTTCCTCTTCTG
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+CGCGTTTTCTTTTGCCCTTTGTGGGAAAACCAAACAGCATTGCTTGAATGAATTGATACA
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+TTTTCTGTTGTTGCCATTTTCCAAAGCCCACAATCTCTACTGCGAGTAATTTCATAGTGG
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+TCGCCACTGCTCATCCATTGAAAAAATTCCAGCAAATTCTGGATAACGTAACAATTCCTT
+GGTGGTATCTTCAAAAATAACTGGATCTAAGTATGTTTTTTCTAATGCCGTTAATAAGTT
+GGGACTAGCGGCTAAATAGATCGGTTCTTTCGTTGGTTCCTCTGCTTGCAATATTAGGTG
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+AATTAGCGGTTGTTCACTAACAATTTGCGGCTGATGAATGTGGCCCAATGCCCAATAATT
+ATAGCCAGTGGCTTTTAAATCCTTCCATGTAAACGGAGCATAATTTTGTTGCGCTTTCCG
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+TTCTAGTGCTTTATTTTCATCAATCCAGGGATGCTCATAACTAAACCCCGAAACAGCCAC
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+##gff-version 3
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+contig00019	rast2_export	CDS	12253	13227	.	-	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2353;Name=Putative esterase
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+contig00019	rast2_export	CDS	15459	15854	.	+	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2356;Name=D-ribose pyranase (EC 5.4.99.62);Ontology_term=KEGG_ENZYME:5.4.99.62
+contig00019	rast2_export	CDS	15875	16762	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2357;Name=Putative ribose uptake protein RbsU%2C GRP transporter family (TC 2.A.7.5)
+contig00019	rast2_export	CDS	16782	17666	.	-	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2358;Name=Transcriptional regulator%2C LysR family
+contig00019	rast2_export	CDS	17774	18355	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2359;Name=Maltose O-acetyltransferase (EC 2.3.1.79);Ontology_term=KEGG_ENZYME:2.3.1.79
+contig00019	rast2_export	CDS	18355	19092	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2360;Name=Oxidoreductase%2C short-chain dehydrogenase/reductase family
+contig00019	rast2_export	CDS	19274	20584	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2361;Name=Xanthine/uracil/thiamine/ascorbate permease family protein
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+contig00019	rast2_export	CDS	26278	26766	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2367;Name=Thiol peroxidase%2C Tpx-type (EC 1.11.1.15);Ontology_term=KEGG_ENZYME:1.11.1.15
+contig00019	rast2_export	CDS	27158	29800	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2368;Name=Valyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.9);Ontology_term=KEGG_ENZYME:6.1.1.9
+contig00019	rast2_export	CDS	29847	30446	.	-	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2369;Name=Immunoreactive protein Se23.5 (Fragment)
+contig00019	rast2_export	CDS	30439	33003	.	-	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2370;Name=Uncharacterized membrane protein YfhO-like
+contig00019	rast2_export	CDS	33252	34574	.	+	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2371;Name=Dihydrofolate synthase (EC 6.3.2.12) @ Folylpolyglutamate synthase (EC 6.3.2.17);Ontology_term=KEGG_ENZYME:6.3.2.12,KEGG_ENZYME:6.3.2.17
+contig00019	rast2_export	CDS	34561	35217	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2372;Name=Hydrolase%2C haloacid dehalogenase-like family
+contig00019	rast2_export	CDS	35273	35971	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2373;Name=UPF0758 family protein
+contig00019	rast2_export	CDS	36125	36325	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2374;Name=Cold shock protein of CSP family
+contig00019	rast2_export	CDS	36431	38116	.	-	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2375;Name=Ribonuclease J1 (endonuclease and 5' exonuclease)
+contig00019	rast2_export	CDS	38118	38330	.	-	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2376;Name=Protein of unknown function DUF1447
+contig00019	rast2_export	CDS	38635	39021	.	-	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2377;Name=Inner membrane protein YbaN
+contig00019	rast2_export	CDS	39250	40977	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2378;Name=Heterodimeric efflux ABC transporter%2C permease/ATP-binding subunit 1
+contig00019	rast2_export	CDS	40974	42743	.	+	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2379;Name=Heterodimeric efflux ABC transporter%2C permease/ATP-binding subunit 2
+contig00019	rast2_export	CDS	42986	43477	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2380;Name=Carbonic anhydrase-like protein MJ0304
+contig00019	rast2_export	CDS	43494	44642	.	+	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2381;Name=UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (EC 5.1.3.14);Ontology_term=KEGG_ENZYME:5.1.3.14
+contig00019	rast2_export	CDS	44669	45394	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2382;Name=Phosphoglycolate phosphatase (EC 3.1.3.18);Ontology_term=KEGG_ENZYME:3.1.3.18
+contig00019	rast2_export	CDS	45602	46987	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2383;Name=Murein endolytic transglycosylase MltG
+contig00019	rast2_export	CDS	47130	47249	.	-	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2384;Name=FIG00629246: hypothetical protein
+contig00019	rast2_export	CDS	47248	47727	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2385;Name=Transcription elongation factor GreA
+contig00019	rast2_export	CDS	47878	48609	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2386;Name=Membrane protein LiaF(VraT)%2C specific inhibitor of LiaRS(VraRS) signaling pathway
+contig00019	rast2_export	CDS	48606	49709	.	+	0	ID=fig|6666666.1033322.peg.2387;Name=Cell envelope stress response system LiaFSR%2C sensor histidine kinase LiaS(VraS)
+contig00019	rast2_export	CDS	49684	50316	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2388;Name=Cell envelope stress response system LiaFSR%2C response regulator LiaR(VraR)
+contig00019	rast2_export	CDS	50420	51085	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2389;Name=KtrCD potassium uptake system%2C peripheral membrane component KtrC
+contig00019	rast2_export	CDS	51158	51469	.	+	2	ID=fig|6666666.1033322.peg.2390;Name=hypothetical protein
+contig00019	rast2_export	CDS	51673	52611	.	+	1	ID=fig|6666666.1033322.peg.2391;Name=Bactoprenol glucosyl transferase (EC 2.4.1.-)%3B Glycosyltransferase%2C group 2 family protein;Ontology_term=KEGG_ENZYME:2.4.1.-
+contig00052	rast2_export	rRNA	93	1642	.	+	.	ID=fig|6666666.1033322.rna.58;Name=LSU rRNA
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