# HG changeset patch
# User iuc
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+++ b/annotateMyIDs.xml	Mon Nov 23 01:03:37 2020 +0000
@@ -1,11 +1,11 @@
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+<tool id="annotatemyids" name="annotateMyIDs" version="3.12.0">
     <description>annotate a generic set of identifiers</description>
     <requirements>
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+        <requirement type="package" version="3.12.0">bioconductor-org.rn.eg.db</requirement>
     </requirements>
     <version_command><![CDATA[
 echo $(R --version | grep version | grep -v GNU)", org.Hs.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Hs.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Hs.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dr.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dr.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dr.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Mm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Mm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Mm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Rn.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Rn.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Rn.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")
diff -r b5d8e5475247 -r 44018dd6b447 test-data/out.tab
--- a/test-data/out.tab	Fri Jun 12 15:06:01 2020 -0400
+++ b/test-data/out.tab	Mon Nov 23 01:03:37 2020 +0000
@@ -2,8 +2,8 @@
 ESR1	ENSG00000091831	2099	estrogen receptor 1
 PGR	ENSG00000082175	5241	progesterone receptor
 ERBB2	ENSG00000141736	2064	erb-b2 receptor tyrosine kinase 2
-BRCA1	ENSG00000012048	672	BRCA1, DNA repair associated
-BRCA2	ENSG00000139618	675	BRCA2, DNA repair associated
+BRCA1	ENSG00000012048	672	BRCA1 DNA repair associated
+BRCA2	ENSG00000139618	675	BRCA2 DNA repair associated
 FOXA1	ENSG00000129514	3169	forkhead box A1
 PTEN	ENSG00000171862	5728	phosphatase and tensin homolog
 PTEN	ENSG00000284792	5728	phosphatase and tensin homolog
diff -r b5d8e5475247 -r 44018dd6b447 test-data/out_ensembl.tab
--- a/test-data/out_ensembl.tab	Fri Jun 12 15:06:01 2020 -0400
+++ b/test-data/out_ensembl.tab	Mon Nov 23 01:03:37 2020 +0000
@@ -2,8 +2,8 @@
 ENSG00000091831	2099	ESR1	estrogen receptor 1
 ENSG00000082175	5241	PGR	progesterone receptor
 ENSG00000141736	2064	ERBB2	erb-b2 receptor tyrosine kinase 2
-ENSG00000012048	672	BRCA1	BRCA1, DNA repair associated
-ENSG00000139618	675	BRCA2	BRCA2, DNA repair associated
+ENSG00000012048	672	BRCA1	BRCA1 DNA repair associated
+ENSG00000139618	675	BRCA2	BRCA2 DNA repair associated
 ENSG00000129514	3169	FOXA1	forkhead box A1
 ENSG00000171862	5728	PTEN	phosphatase and tensin homolog
 ENSG00000141510	7157	TP53	tumor protein p53
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--- a/test-data/out_gokegg.tab	Fri Jun 12 15:06:01 2020 -0400
+++ b/test-data/out_gokegg.tab	Mon Nov 23 01:03:37 2020 +0000
@@ -1,18 +1,22 @@
 ENSEMBL	GO	ONTOLOGY	EVIDENCE
 ENSG00000091831	GO:0000122	BP	IMP
+ENSG00000091831	GO:0000790	CC	IBA
 ENSG00000091831	GO:0000790	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0000790	CC	ISA
+ENSG00000091831	GO:0000978	MF	IBA
 ENSG00000091831	GO:0000978	MF	IDA
 ENSG00000091831	GO:0000981	MF	ISA
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+ENSG00000091831	GO:0004879	MF	IBA
+ENSG00000091831	GO:0004879	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0004879	MF	IGI
 ENSG00000091831	GO:0005496	MF	ISS
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 ENSG00000091831	GO:0005634	CC	IDA
@@ -22,10 +26,9 @@
 ENSG00000091831	GO:0005829	CC	TAS
 ENSG00000091831	GO:0005886	CC	IDA
 ENSG00000091831	GO:0006338	BP	NAS
-ENSG00000091831	GO:0006351	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0006355	BP	NAS
+ENSG00000091831	GO:0006357	BP	IBA
 ENSG00000091831	GO:0006357	BP	TAS
-ENSG00000091831	GO:0006366	BP	IDA
 ENSG00000091831	GO:0006367	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0007165	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0007200	BP	ISS
@@ -49,17 +52,17 @@
 ENSG00000091831	GO:0030284	MF	NAS
 ENSG00000091831	GO:0030284	MF	TAS
 ENSG00000091831	GO:0030331	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0030518	BP	IBA
 ENSG00000091831	GO:0030518	BP	ISS
 ENSG00000091831	GO:0030520	BP	IDA
 ENSG00000091831	GO:0030520	BP	NAS
 ENSG00000091831	GO:0032355	BP	IDA
+ENSG00000091831	GO:0032991	CC	IDA
 ENSG00000091831	GO:0032991	CC	IMP
 ENSG00000091831	GO:0033146	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0034056	MF	IDA
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-ENSG00000091831	GO:0038052	MF	IDA
-ENSG00000091831	GO:0038052	MF	IGI
 ENSG00000091831	GO:0042802	MF	IPI
 ENSG00000091831	GO:0042981	BP	IEA
 ENSG00000091831	GO:0043124	BP	IDA
@@ -68,8 +71,6 @@
 ENSG00000091831	GO:0045893	BP	IDA
 ENSG00000091831	GO:0045899	BP	IDA
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-ENSG00000091831	GO:0046934	MF	TAS
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 ENSG00000091831	GO:0050727	BP	IEA
@@ -90,27 +91,34 @@
 ENSG00000091831	GO:0071392	BP	ISS
 ENSG00000091831	GO:0097550	CC	IDA
 ENSG00000091831	GO:1903799	BP	IMP
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+ENSG00000082175	GO:0000790	CC	ISA
+ENSG00000082175	GO:0000978	MF	IBA
 ENSG00000082175	GO:0000978	MF	IDA
 ENSG00000082175	GO:0000981	MF	ISA
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-ENSG00000082175	GO:0001077	MF	IDA
+ENSG00000082175	GO:0001225	MF	IPI
+ENSG00000082175	GO:0001228	MF	IDA
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 ENSG00000082175	GO:0003677	MF	TAS
 ENSG00000082175	GO:0003707	MF	IEA
+ENSG00000082175	GO:0004879	MF	IBA
 ENSG00000082175	GO:0004879	MF	IEA
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+ENSG00000082175	GO:0006357	BP	IBA
 ENSG00000082175	GO:0006367	BP	TAS
 ENSG00000082175	GO:0007165	BP	TAS
 ENSG00000082175	GO:0007267	BP	TAS
 ENSG00000082175	GO:0008270	MF	IEA
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 ENSG00000082175	GO:0019899	MF	IPI
+ENSG00000082175	GO:0030518	BP	IBA
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 ENSG00000082175	GO:0045944	BP	IDA
@@ -127,13 +135,11 @@
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 ENSG00000141736	GO:0004714	MF	IBA
 ENSG00000141736	GO:0004714	MF	IDA
-ENSG00000141736	GO:0004888	MF	IBA
 ENSG00000141736	GO:0004888	MF	IDA
-ENSG00000141736	GO:0005088	MF	TAS
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 ENSG00000141736	GO:0005886	CC	NAS
@@ -144,57 +150,55 @@
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 ENSG00000141736	GO:0007166	BP	IDA
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 ENSG00000141736	GO:0007169	BP	IDA
 ENSG00000141736	GO:0007169	BP	TAS
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+ENSG00000141736	GO:0043125	MF	IPI
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 ENSG00000141736	GO:0043235	CC	TAS
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+ENSG00000141736	GO:0043410	BP	IBA
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-ENSG00000141736	GO:0046983	MF	NAS
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@@ -205,15 +209,16 @@
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 ENSG00000012048	GO:0000729	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0000800	CC	IDA
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 ENSG00000012048	GO:0004842	MF	IBA
 ENSG00000012048	GO:0004842	MF	IDA
 ENSG00000012048	GO:0005515	MF	IPI
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+ENSG00000012048	GO:0005654	CC	IDA
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@@ -243,8 +248,8 @@
 ENSG00000012048	GO:0015631	MF	NAS
 ENSG00000012048	GO:0016567	BP	IDA
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 ENSG00000141510	GO:0000122	BP	ISS