# HG changeset patch # User iuc # Date 1549721609 18000 # Node ID b467a89be0c6ab2517567c531bd4bde6f61db902 # Parent 38eedf3cc3c91e20eadd225ccb5997455164477e planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/annotatemyids commit b8cb10b5fe2aa448e3621828829194567d5ae50d diff -r 38eedf3cc3c9 -r b467a89be0c6 annotateMyIDs.xml --- a/annotateMyIDs.xml Mon Jan 28 18:17:05 2019 -0500 +++ b/annotateMyIDs.xml Sat Feb 09 09:13:29 2019 -0500 @@ -1,10 +1,10 @@ - + annotate a generic set of identifiers - bioconductor-org.hs.eg.db - bioconductor-org.mm.eg.db - bioconductor-org.dm.eg.db - bioconductor-org.dr.eg.db + bioconductor-org.hs.eg.db + bioconductor-org.mm.eg.db + bioconductor-org.dm.eg.db + bioconductor-org.dr.eg.db /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dr.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dr.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dr.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Mm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Mm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Mm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ") diff -r 38eedf3cc3c9 -r b467a89be0c6 test-data/out_gokegg.tab --- a/test-data/out_gokegg.tab Mon Jan 28 18:17:05 2019 -0500 +++ b/test-data/out_gokegg.tab Sat Feb 09 09:13:29 2019 -0500 @@ -2,9 +2,9 @@ ENSG00000091831 GO:0000122 BP IMP ENSG00000091831 GO:0000790 CC IDA ENSG00000091831 GO:0000978 MF IDA +ENSG00000091831 GO:0000981 MF ISA ENSG00000091831 GO:0000981 MF ISM ENSG00000091831 GO:0000981 MF NAS -ENSG00000091831 GO:0001046 MF IDA ENSG00000091831 GO:0001077 MF IDA ENSG00000091831 GO:0001093 MF IPI ENSG00000091831 GO:0001223 MF IPI @@ -91,6 +91,7 @@ ENSG00000091831 GO:0097550 CC IDA ENSG00000091831 GO:1903799 BP IMP ENSG00000082175 GO:0000978 MF IDA +ENSG00000082175 GO:0000981 MF ISA ENSG00000082175 GO:0000981 MF ISM ENSG00000082175 GO:0000981 MF NAS ENSG00000082175 GO:0001077 MF IDA @@ -121,15 +122,11 @@ ENSG00000141736 GO:0000165 BP TAS ENSG00000141736 GO:0001042 MF IDA ENSG00000141736 GO:0001934 BP ISS -ENSG00000141736 GO:0004709 MF IBA -ENSG00000141736 GO:0004713 MF IBA ENSG00000141736 GO:0004713 MF IDA ENSG00000141736 GO:0004713 MF IGI ENSG00000141736 GO:0004713 MF TAS ENSG00000141736 GO:0004714 MF IBA ENSG00000141736 GO:0004714 MF IDA -ENSG00000141736 GO:0004716 MF IEA -ENSG00000141736 GO:0004871 MF IBA ENSG00000141736 GO:0004888 MF IBA ENSG00000141736 GO:0004888 MF IDA ENSG00000141736 GO:0005088 MF TAS @@ -142,7 +139,6 @@ ENSG00000141736 GO:0005886 CC NAS ENSG00000141736 GO:0005886 CC TAS ENSG00000141736 GO:0005887 CC IBA -ENSG00000141736 GO:0006351 BP IEA ENSG00000141736 GO:0006357 BP TAS ENSG00000141736 GO:0006468 BP TAS ENSG00000141736 GO:0007165 BP IDA @@ -150,7 +146,6 @@ ENSG00000141736 GO:0007167 BP TAS ENSG00000141736 GO:0007169 BP IDA ENSG00000141736 GO:0007169 BP TAS -ENSG00000141736 GO:0007275 BP IBA ENSG00000141736 GO:0007422 BP IEA ENSG00000141736 GO:0007507 BP IEA ENSG00000141736 GO:0007528 BP IEA @@ -169,10 +164,8 @@ ENSG00000141736 GO:0019903 MF IPI ENSG00000141736 GO:0030154 BP IBA ENSG00000141736 GO:0030307 BP IMP -ENSG00000141736 GO:0031434 MF IBA ENSG00000141736 GO:0032886 BP IDA ENSG00000141736 GO:0033088 BP IEA -ENSG00000141736 GO:0033674 BP IBA ENSG00000141736 GO:0038128 BP TAS ENSG00000141736 GO:0042060 BP IDA ENSG00000141736 GO:0042552 BP IEA @@ -184,7 +177,6 @@ ENSG00000141736 GO:0043235 CC IDA ENSG00000141736 GO:0043235 CC TAS ENSG00000141736 GO:0043406 BP IDA -ENSG00000141736 GO:0043410 BP IBA ENSG00000141736 GO:0043547 BP ISS ENSG00000141736 GO:0045727 BP IMP ENSG00000141736 GO:0045765 BP NAS @@ -212,12 +204,10 @@ ENSG00000012048 GO:0000724 BP IBA ENSG00000012048 GO:0000724 BP IDA ENSG00000012048 GO:0000729 BP TAS -ENSG00000012048 GO:0000731 BP TAS -ENSG00000012048 GO:0000732 BP TAS ENSG00000012048 GO:0000800 CC IDA -ENSG00000012048 GO:0001105 MF IMP ENSG00000012048 GO:0003677 MF TAS ENSG00000012048 GO:0003684 MF IEA +ENSG00000012048 GO:0003713 MF IMP ENSG00000012048 GO:0003713 MF NAS ENSG00000012048 GO:0003723 MF IDA ENSG00000012048 GO:0004842 MF IBA @@ -237,7 +227,6 @@ ENSG00000012048 GO:0006349 BP IEA ENSG00000012048 GO:0006357 BP IMP ENSG00000012048 GO:0006359 BP TAS -ENSG00000012048 GO:0006366 BP IEA ENSG00000012048 GO:0006633 BP IEA ENSG00000012048 GO:0006915 BP TAS ENSG00000012048 GO:0006974 BP TAS @@ -266,6 +255,7 @@ ENSG00000012048 GO:0035066 BP IDA ENSG00000012048 GO:0035067 BP IBA ENSG00000012048 GO:0042127 BP TAS +ENSG00000012048 GO:0042802 MF IPI ENSG00000012048 GO:0042981 BP TAS ENSG00000012048 GO:0043009 BP IBA ENSG00000012048 GO:0043627 BP IDA @@ -301,72 +291,52 @@ ENSG00000012048 GO:0071681 BP IDA ENSG00000012048 GO:0072425 BP IMP ENSG00000012048 GO:0085020 BP IDA -ENSG00000012048 GO:1901796 BP TAS ENSG00000012048 GO:1902042 BP IMP +ENSG00000012048 GO:1990904 CC IDA ENSG00000012048 GO:2000378 BP IMP ENSG00000012048 GO:2000617 BP IDA ENSG00000012048 GO:2000620 BP IDA ENSG00000139618 GO:0000281 BP IDA -ENSG00000139618 GO:0000722 BP IEA ENSG00000139618 GO:0000724 BP IBA ENSG00000139618 GO:0000724 BP IDA ENSG00000139618 GO:0000724 BP IMP -ENSG00000139618 GO:0000731 BP TAS -ENSG00000139618 GO:0000732 BP TAS ENSG00000139618 GO:0000784 CC IDA ENSG00000139618 GO:0000800 CC IDA -ENSG00000139618 GO:0000910 BP IBA -ENSG00000139618 GO:0001556 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0001833 BP IEA ENSG00000139618 GO:0002020 MF IPI ENSG00000139618 GO:0003697 MF IBA ENSG00000139618 GO:0003697 MF IDA +ENSG00000139618 GO:0005515 MF IBA ENSG00000139618 GO:0005515 MF IPI ENSG00000139618 GO:0005634 CC IBA ENSG00000139618 GO:0005634 CC IDA ENSG00000139618 GO:0005654 CC IDA ENSG00000139618 GO:0005654 CC TAS -ENSG00000139618 GO:0005813 CC IBA ENSG00000139618 GO:0005813 CC IDA ENSG00000139618 GO:0005829 CC IDA ENSG00000139618 GO:0006289 BP IMP ENSG00000139618 GO:0006302 BP IMP -ENSG00000139618 GO:0006355 BP IBA -ENSG00000139618 GO:0006978 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0007141 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0007283 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0007420 BP IEA +ENSG00000139618 GO:0007283 BP IBA ENSG00000139618 GO:0007569 BP IEA ENSG00000139618 GO:0008022 MF IDA -ENSG00000139618 GO:0008585 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0010165 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0010225 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0010332 BP IEA +ENSG00000139618 GO:0008585 BP IBA ENSG00000139618 GO:0010484 MF IDA ENSG00000139618 GO:0010485 MF IDA -ENSG00000139618 GO:0030097 BP IEA ENSG00000139618 GO:0030141 CC IDA -ENSG00000139618 GO:0032465 BP IEA ENSG00000139618 GO:0032991 CC IDA ENSG00000139618 GO:0033593 CC IDA ENSG00000139618 GO:0033600 BP IDA -ENSG00000139618 GO:0042127 BP IBA -ENSG00000139618 GO:0042771 BP IEA ENSG00000139618 GO:0042802 MF IPI -ENSG00000139618 GO:0043015 MF IBA ENSG00000139618 GO:0043015 MF IPI ENSG00000139618 GO:0043966 BP IDA ENSG00000139618 GO:0043967 BP IDA ENSG00000139618 GO:0045893 BP IDA -ENSG00000139618 GO:0045931 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0048478 BP IEA -ENSG00000139618 GO:0051276 BP IBA -ENSG00000139618 GO:0051298 BP IBA ENSG00000139618 GO:0051298 BP IMP +ENSG00000139618 GO:0070200 BP IBA ENSG00000139618 GO:0070200 BP IDA ENSG00000139618 GO:1990426 BP IMP ENSG00000129514 GO:0000122 BP IEA ENSG00000129514 GO:0000981 MF IBA +ENSG00000129514 GO:0000981 MF ISA ENSG00000129514 GO:0000981 MF ISM ENSG00000129514 GO:0000981 MF NAS ENSG00000129514 GO:0001077 MF ISS @@ -377,10 +347,10 @@ ENSG00000129514 GO:0005634 CC IBA ENSG00000129514 GO:0005634 CC IDA ENSG00000129514 GO:0005654 CC IDA +ENSG00000129514 GO:0005654 CC TAS ENSG00000129514 GO:0005902 CC IEA ENSG00000129514 GO:0006338 BP ISS ENSG00000129514 GO:0006357 BP IBA -ENSG00000129514 GO:0006366 BP IEA ENSG00000129514 GO:0007219 BP IEA ENSG00000129514 GO:0008134 MF IEA ENSG00000129514 GO:0009653 BP IBA @@ -415,7 +385,6 @@ ENSG00000129514 GO:1902691 BP IEA ENSG00000129514 GO:2000049 BP IC ENSG00000171862 GO:0000079 BP TAS -ENSG00000171862 GO:0000287 MF IEA ENSG00000171862 GO:0001525 BP IEA ENSG00000171862 GO:0001933 BP IDA ENSG00000171862 GO:0001933 BP ISS @@ -479,7 +448,6 @@ ENSG00000171862 GO:0030534 BP IEA ENSG00000171862 GO:0031642 BP IEA ENSG00000171862 GO:0031647 BP IMP -ENSG00000171862 GO:0031658 BP IDA ENSG00000171862 GO:0032228 BP IEA ENSG00000171862 GO:0032286 BP ISS ENSG00000171862 GO:0032355 BP IEA @@ -551,10 +519,12 @@ ENSG00000171862 GO:0090394 BP ISS ENSG00000171862 GO:0097105 BP ISS ENSG00000171862 GO:0097107 BP ISS +ENSG00000171862 GO:0099524 CC IEA ENSG00000171862 GO:1901017 BP IEA ENSG00000171862 GO:1903690 BP IMP ENSG00000171862 GO:1903984 BP IMP ENSG00000171862 GO:1904668 BP IDA +ENSG00000171862 GO:1904706 BP IMP ENSG00000171862 GO:1990090 BP IEA ENSG00000171862 GO:1990314 BP IEA ENSG00000171862 GO:1990381 MF IPI @@ -564,30 +534,25 @@ ENSG00000171862 GO:2000272 BP IEA ENSG00000171862 GO:2000463 BP ISS ENSG00000171862 GO:2000808 BP ISS -ENSG00000141510 GO:0000122 BP IBA ENSG00000141510 GO:0000122 BP ISS ENSG00000141510 GO:0000733 BP IDA ENSG00000141510 GO:0000790 CC IDA ENSG00000141510 GO:0000978 MF IDA +ENSG00000141510 GO:0000980 MF ISS ENSG00000141510 GO:0000981 MF IDA +ENSG00000141510 GO:0000981 MF ISA ENSG00000141510 GO:0000981 MF ISM ENSG00000141510 GO:0000981 MF NAS -ENSG00000141510 GO:0000990 MF IDA ENSG00000141510 GO:0001046 MF IDA -ENSG00000141510 GO:0001046 MF ISS ENSG00000141510 GO:0001074 MF IDA -ENSG00000141510 GO:0001084 MF IDA ENSG00000141510 GO:0001085 MF IPI ENSG00000141510 GO:0001094 MF IPI -ENSG00000141510 GO:0001221 MF IEA ENSG00000141510 GO:0001228 MF IDA ENSG00000141510 GO:0002020 MF IPI ENSG00000141510 GO:0002039 MF IPI -ENSG00000141510 GO:0002687 BP IEA ENSG00000141510 GO:0003677 MF IDA ENSG00000141510 GO:0003677 MF IMP ENSG00000141510 GO:0003682 MF IDA -ENSG00000141510 GO:0003684 MF IBA ENSG00000141510 GO:0003700 MF IDA ENSG00000141510 GO:0003700 MF IMP ENSG00000141510 GO:0003730 MF IDA @@ -599,7 +564,6 @@ ENSG00000141510 GO:0005634 CC IMP ENSG00000141510 GO:0005654 CC IDA ENSG00000141510 GO:0005654 CC TAS -ENSG00000141510 GO:0005657 CC IBA ENSG00000141510 GO:0005669 CC IDA ENSG00000141510 GO:0005730 CC IDA ENSG00000141510 GO:0005737 CC IDA @@ -615,6 +579,7 @@ ENSG00000141510 GO:0006355 BP IMP ENSG00000141510 GO:0006914 BP IMP ENSG00000141510 GO:0006974 BP IDA +ENSG00000141510 GO:0006974 BP IMP ENSG00000141510 GO:0006977 BP IMP ENSG00000141510 GO:0006977 BP TAS ENSG00000141510 GO:0006978 BP IDA @@ -625,7 +590,6 @@ ENSG00000141510 GO:0007265 BP IEP ENSG00000141510 GO:0007275 BP IMP ENSG00000141510 GO:0007569 BP IMP -ENSG00000141510 GO:0008022 MF IEA ENSG00000141510 GO:0008104 BP IDA ENSG00000141510 GO:0008134 MF IPI ENSG00000141510 GO:0008270 MF TAS @@ -635,9 +599,6 @@ ENSG00000141510 GO:0008285 BP ISS ENSG00000141510 GO:0008340 BP ISS ENSG00000141510 GO:0009299 BP IMP -ENSG00000141510 GO:0010038 BP IEA -ENSG00000141510 GO:0010165 BP IBA -ENSG00000141510 GO:0010224 BP IEA ENSG00000141510 GO:0010332 BP IMP ENSG00000141510 GO:0010628 BP IDA ENSG00000141510 GO:0010628 BP IMP @@ -656,22 +617,15 @@ ENSG00000141510 GO:0030330 BP IDA ENSG00000141510 GO:0030330 BP IMP ENSG00000141510 GO:0030971 MF IPI -ENSG00000141510 GO:0031000 BP IEA -ENSG00000141510 GO:0031065 BP IBA ENSG00000141510 GO:0031497 BP IDA ENSG00000141510 GO:0031571 BP IMP ENSG00000141510 GO:0031625 MF IPI ENSG00000141510 GO:0032461 BP IDA -ENSG00000141510 GO:0032526 BP IEA ENSG00000141510 GO:0032991 CC IDA ENSG00000141510 GO:0032991 CC IMP -ENSG00000141510 GO:0033552 BP IEA -ENSG00000141510 GO:0034605 BP IEA -ENSG00000141510 GO:0034614 BP IEA ENSG00000141510 GO:0034644 BP IDA ENSG00000141510 GO:0035035 MF IPI ENSG00000141510 GO:0035690 BP IEP -ENSG00000141510 GO:0042060 BP IEA ENSG00000141510 GO:0042149 BP IDA ENSG00000141510 GO:0042771 BP IDA ENSG00000141510 GO:0042771 BP IMP @@ -683,12 +637,8 @@ ENSG00000141510 GO:0043065 BP IDA ENSG00000141510 GO:0043066 BP IMP ENSG00000141510 GO:0043153 BP ISS -ENSG00000141510 GO:0043161 BP TAS -ENSG00000141510 GO:0043200 BP IEA -ENSG00000141510 GO:0043525 BP IBA ENSG00000141510 GO:0043621 MF IPI ENSG00000141510 GO:0044212 MF IDA -ENSG00000141510 GO:0045471 BP IEA ENSG00000141510 GO:0045892 BP IDA ENSG00000141510 GO:0045892 BP IMP ENSG00000141510 GO:0045892 BP ISS @@ -705,17 +655,14 @@ ENSG00000141510 GO:0047485 MF IPI ENSG00000141510 GO:0048147 BP IMP ENSG00000141510 GO:0048512 BP ISS -ENSG00000141510 GO:0048662 BP IEA ENSG00000141510 GO:0050731 BP ISS ENSG00000141510 GO:0051087 MF IPI ENSG00000141510 GO:0051097 BP TAS ENSG00000141510 GO:0051123 BP IEA ENSG00000141510 GO:0051262 BP TAS ENSG00000141510 GO:0051289 BP IMP -ENSG00000141510 GO:0051453 BP IEA ENSG00000141510 GO:0051721 MF IPI ENSG00000141510 GO:0051974 BP IDA -ENSG00000141510 GO:0055093 BP IEA ENSG00000141510 GO:0065003 BP IDA ENSG00000141510 GO:0070245 BP ISS ENSG00000141510 GO:0071158 BP IDA @@ -731,14 +678,14 @@ ENSG00000141510 GO:0090403 BP IMP ENSG00000141510 GO:0097193 BP TAS ENSG00000141510 GO:0097252 BP IDA -ENSG00000141510 GO:0097371 MF IEA ENSG00000141510 GO:0097718 MF IPI ENSG00000141510 GO:1900119 BP IMP ENSG00000141510 GO:1900740 BP TAS ENSG00000141510 GO:1901796 BP TAS ENSG00000141510 GO:1902749 BP TAS ENSG00000141510 GO:1902895 BP IDA -ENSG00000141510 GO:1903205 BP IEA +ENSG00000141510 GO:1903800 BP IDA ENSG00000141510 GO:1990440 BP ISS +ENSG00000141510 GO:1990841 MF IDA ENSG00000141510 GO:2000379 BP IMP ENSG00000141510 GO:2001244 BP IMP diff -r 38eedf3cc3c9 -r b467a89be0c6 test-data/out_gokegg_dupsrem.tab --- a/test-data/out_gokegg_dupsrem.tab Mon Jan 28 18:17:05 2019 -0500 +++ b/test-data/out_gokegg_dupsrem.tab Sat Feb 09 09:13:29 2019 -0500 @@ -6,4 +6,4 @@ ENSG00000139618 GO:0000281 BP IDA ENSG00000129514 GO:0000122 BP IEA ENSG00000171862 GO:0000079 BP TAS -ENSG00000141510 GO:0000122 BP IBA +ENSG00000141510 GO:0000122 BP ISS