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author iuc
date Wed, 03 Jan 2018 15:25:26 -0500
parents
children 2e1b256f732f
files annotateMyIDs.xml test-data/ensembl_ids.tab test-data/genelist.txt test-data/out.tab test-data/out_ensembl.tab test-data/out_gokegg.tab test-data/out_rscript.txt
diffstat 7 files changed, 965 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/annotateMyIDs.xml	Wed Jan 03 15:25:26 2018 -0500
@@ -0,0 +1,222 @@
+<tool id="annotateMyIDs" name="annotateMyIDs" version="3.5.0.0">
+    <description>annotate a generic set of identifiers</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="3.5.0">bioconductor-org.hs.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.5.0">bioconductor-org.mm.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.5.0">bioconductor-org.dm.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.5.0">bioconductor-org.dr.eg.db</requirement>
+    </requirements>
+    <version_command><![CDATA[
+echo $(R --version | grep version | grep -v GNU)", org.Hs.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Hs.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Hs.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dr.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dr.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dr.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Mm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Mm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Mm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", optparse version" $(R --vanilla --slave -e "library(optparse); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$optparse\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")
+    ]]></version_command>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        #if $rscriptOpt:
+            cp '${annotatemyids_script}' '${out_rscript}' &&
+        #end if
+        Rscript '${annotatemyids_script}'
+    ]]>
+    </command>
+    <configfiles>
+        <configfile name="annotatemyids_script"><![CDATA[
+options( show.error.messages=F, error = function () { cat( geterrmessage(), file=stderr() ); q( "no", 1, F ) } )
+
+# we need that to not crash galaxy with an UTF8 error on German LC settings.
+loc <- Sys.setlocale("LC_MESSAGES", "en_US.UTF-8")
+
+id_type <- "${id_type}"
+organism <- "${organism}"
+output_cols <- "${output_cols}"
+file_has_header <- ${file_has_header}
+
+ids <- as.character(read.table('$id_file', header=file_has_header)[,1])
+
+if(organism == "Hs"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Hs.eg.db))
+    db <- org.Hs.eg.db
+} else if (organism == "Mm"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Mm.eg.db))
+    db <- org.Mm.eg.db
+} else if (organism == "Dm"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Dm.eg.db))
+    db <- org.Dm.eg.db
+} else if (organism == "Dr"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Dr.eg.db))
+    db <- org.Dr.eg.db
+} else {
+    cat(paste("Organism type not supported", organism))
+}
+
+cols <- unlist(strsplit(output_cols, ","))
+result <- select(db, keys=ids, keytype=id_type, columns=cols)
+write.table(result, file='$out_tab', sep="\t", row.names=FALSE, quote=FALSE)
+
+    ]]></configfile>
+    </configfiles>
+    <inputs>
+        <param name="id_file" type="data" format="tabular" label="File with IDs" help="A tabular file with the first column containing one of the supported types of identifier, see Help below." />
+        <param name="file_has_header" type="boolean" truevalue="TRUE" falsevalue="FALSE" checked="False" label="File has header?" help="If this option is set to Yes, the tool will assume that the input file has a column header in the first row and the identifers commence on the second line. Default: No" />
+        <param name="organism" type="select" label="Organism" help="Select the organism the identifiers are from">
+            <option value="Hs" selected="true">Human</option>
+            <option value="Mm">Mouse</option>
+            <option value="Dm">Fruit fly</option>
+            <option value="Dr">Zebrafish</option>
+        </param>
+        <param name="id_type" type="select" label="ID Type" help="Select the type of IDs in your input file">
+            <option value="ENSEMBL" selected="true">Ensembl Gene</option>
+            <option value="ENSEMBLPROT">Ensembl Protein</option>
+            <option value="ENSEMBLTRANS">Ensembl Transcript</option>
+            <option value="ENTREZID">Entrez</option>
+            <option value="FLYBASE">FlyBase</option>
+            <option value="GO">GO</option>
+            <option value="PATH">KEGG</option>
+            <option value="MGI">MGI</option>
+            <option value="REFSEQ">RefSeq</option>
+            <option value="SYMBOL">Gene Symbol</option>
+            <option value="ZFIN">Zfin</option>
+        </param>
+        <param name="output_cols" type="select" multiple="True" display="checkboxes" label="Output columns" help="Choose the columns you want in the output table. Note that selecting some columns such as GO or KEGG could make the table very large as some genes may be associated with many terms. Default: ENSEMBL, ENTREZID, SYMBOL, GENENAME">
+            <option value="ALIAS">ALIAS</option>
+            <option value="DESCRIPTION">DESCRIPTION</option>
+            <option value="ENSEMBL" selected="True">ENSEMBL</option>
+            <option value="ENTREZID" selected="True">ENTREZID</option>
+            <option value="EVIDENCE">EVIDENCE</option>
+            <option value="SYMBOL" selected="True">SYMBOL</option>
+            <option value="GENENAME" selected="True">GENENAME</option>
+            <option value="REFSEQ">REFSEQ</option>
+            <option value="GO">GO</option>
+            <option value="ONTOLOGY">ONTOLOGY</option>
+            <option value="PATH">KEGG</option>
+        </param>
+        <param name="rscriptOpt" type="boolean" truevalue="TRUE" falsevalue="FALSE" checked="False" label="Output Rscript?" help="If this option is set to Yes, the Rscript used to annotate the IDs will be provided as a text file in the output. Default: No" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="out_tab" format="tabular" from_work_dir="*.tab" label="${tool.name} on ${on_string}: Annotated IDs" />
+        <data name="out_rscript" format="txt" from_work_dir="*.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: Rscript">
+            <filter>rscriptOpt is True</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <!-- Ensure output table works -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="id_file" value="genelist.txt" ftype="tabular"/>
+            <param name="id_type" value="SYMBOL"/>
+            <param name="organism" value="Hs"/>
+            <output name="out_tab" file="out.tab" />
+        </test>
+        <!-- Ensure Ensembl IDs input and Rscript output work -->
+        <test expect_num_outputs="2">
+            <param name="id_file" value="ensembl_ids.tab" ftype="tabular"/>
+            <param name="id_type" value="ENSEMBL"/>
+            <param name="organism" value="Hs"/>
+            <param name="rscriptOpt" value="True" />
+            <output name="out_tab" file="out_ensembl.tab" />
+            <output name="out_rscript" file="out_rscript.txt" compare="sim_size" />
+        </test>
+        <!-- Ensure GO and KEGG output work -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="id_file" value="ensembl_ids.tab" ftype="tabular"/>
+            <param name="id_type" value="ENSEMBL"/>
+            <param name="organism" value="Hs"/>
+            <param name="output_cols" value="ENSEMBL,GO,ONTOLOGY,EVIDENCE" />
+            <output name="out_tab" file="out_gokegg.tab" compare="contains" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+This tool can get annotation for a generic set of IDs, using the Bioconductor_ annotation data packages. Supported organisms are human, mouse, fruit fly and zebrafish. The org.db packages that are used here are primarily based on mapping using Entrez Gene identifiers. More information on the annotation packages can be found at the Bioconductor website, for example, information on the human annotation package (org.Hs.eg.db) can be found here_.
+
+Examples of what this tool can be used for are:
+
+* adding gene names to IDs
+* mapping between IDs e.g. Entrez, Ensembl, Symbols
+* adding GO and KEGG identifiers
+
+.. _Bioconductor: https://www.bioconductor.org/
+.. _here: http://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/manuals/org.Hs.eg.db/man/org.Hs.eg.db.pdf
+
+-----
+
+**Inputs**
+
+A tab-delimited file with identifiers in the first column. If the file contains a header row, select the file has a header option in the tool form above.
+
+Example:
+
+    =============== =======================
+    **GeneID**      *Additional Columns...*
+    --------------- -----------------------
+    ENSG00000091831
+    ENSG00000082175
+    ENSG00000141736
+    ENSG00000012048
+    ENSG00000139618
+    ENSG00000129514
+    ENSG00000171862
+    ENSG00000141510
+    =============== =======================
+
+    ID types supported for input are:
+
+    * **ENSEMBL**: Ensembl gene IDs
+    * **ENSEMBLPROT**: Ensembl protein IDs
+    * **ENSEMBLTRANS**: Ensembl transcript IDs
+    * **ENTREZID**: Entrez gene Identifiers
+    * **FLYBASE**: FlyBase accession numbers
+    * **GO**: GO Identifiers
+    * **MGI**: Jackson Laboratory MGI gene accession numbers
+    * **PATH**: KEGG Pathway Identifiers
+    * **REFSEQ**: Refseq Identifiers
+    * **SYMBOL**: The official gene symbol
+    * **ZFIN**: Zfin accession numbers
+
+.. class:: warningmark
+
+This tool uses the ``select`` function from the Bioconductor AnnotationDBi_ package. Note that if you request columns that have multiple matches for your IDs, select will return *one row in the output for each possible match*. This has the effect that if you request multiple columns and some of them have a many-to-one relationship to the IDs, things will continue to multiply accordingly. So it's not a good idea to request a large number of columns unless you know what you are asking for should have a one-to-one relationship with the initial set of IDs. In general, if you need to retrieve a column like **GO** or **KEGG**, that has a many-to-one relationship to the original IDs, it is most useful to extract that separately.
+
+.. _AnnotationDBi: https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/manuals/AnnotationDbi/man/AnnotationDbi.pdf
+
+-----
+
+**Outputs**
+
+If the input IDs are Ensembl, the default output will be similar to below, containing four columns. Other columns, such as GO and KEGG terms, can be selected above to be added as additional columns.
+
+Example:
+
+    =============== ============ ========== =================================
+    **ENSEMBL**     **ENTREZID** **SYMBOL** **GENENAME**
+    --------------- ------------ ---------- ---------------------------------
+    ENSG00000091831  2099        ESR1       estrogen receptor 1
+    ENSG00000082175  5241        PGR        progesterone receptor
+    ENSG00000141736  2064        ERBB2      erb-b2 receptor tyrosine kinase 2
+    ENSG00000012048  672         BRCA1      breast cancer 1
+    ENSG00000139618  675         BRCA2      breast cancer 2
+    ENSG00000129514  3169        FOXA1      forkhead box A1
+    ENSG00000171862  5728        PTEN       phosphatase and tensin homolog
+    ENSG00000141510  7157        TP53       tumor protein p53
+    =============== ============ ========== =================================
+
+    Columns available for output include many of the ID columns already described under Inputs above and also:
+
+    * **ALIAS**: Commonly used gene symbols
+    * **DESCRIPTION**: The description of the associated gene
+    * **EVIDENCE**: Evidence codes for GO associations with a gene of interest
+    * **GENENAME**: The full gene name
+    * **ONTOLOGY**: For GO Identifiers, which Gene Ontology (BP, CC, or MF)
+
+    ]]></help>
+        <citations>
+            <citation type="bibtex">
+                @unpublished{None,
+                author = {Mark Dunning},
+                title = {annotateMyIDs},
+                year = {2017},
+                eprint = {None},
+                url = {}
+         }</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ensembl_ids.tab	Wed Jan 03 15:25:26 2018 -0500
@@ -0,0 +1,9 @@
+ENSG00000091831
+ENSG00000082175
+ENSG00000141736
+ENSG00000012048
+ENSG00000139618
+ENSG00000129514
+ENSG00000171862
+ENSG00000141510
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genelist.txt	Wed Jan 03 15:25:26 2018 -0500
@@ -0,0 +1,8 @@
+ESR1
+PGR
+ERBB2
+BRCA1
+BRCA2
+FOXA1
+PTEN
+TP53
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out.tab	Wed Jan 03 15:25:26 2018 -0500
@@ -0,0 +1,9 @@
+SYMBOL	ENSEMBL	ENTREZID	GENENAME
+ESR1	ENSG00000091831	2099	estrogen receptor 1
+PGR	ENSG00000082175	5241	progesterone receptor
+ERBB2	ENSG00000141736	2064	erb-b2 receptor tyrosine kinase 2
+BRCA1	ENSG00000012048	672	BRCA1, DNA repair associated
+BRCA2	ENSG00000139618	675	BRCA2, DNA repair associated
+FOXA1	ENSG00000129514	3169	forkhead box A1
+PTEN	ENSG00000171862	5728	phosphatase and tensin homolog
+TP53	ENSG00000141510	7157	tumor protein p53
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out_ensembl.tab	Wed Jan 03 15:25:26 2018 -0500
@@ -0,0 +1,9 @@
+ENSEMBL	ENTREZID	SYMBOL	GENENAME
+ENSG00000091831	2099	ESR1	estrogen receptor 1
+ENSG00000082175	5241	PGR	progesterone receptor
+ENSG00000141736	2064	ERBB2	erb-b2 receptor tyrosine kinase 2
+ENSG00000012048	672	BRCA1	BRCA1, DNA repair associated
+ENSG00000139618	675	BRCA2	BRCA2, DNA repair associated
+ENSG00000129514	3169	FOXA1	forkhead box A1
+ENSG00000171862	5728	PTEN	phosphatase and tensin homolog
+ENSG00000141510	7157	TP53	tumor protein p53
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out_gokegg.tab	Wed Jan 03 15:25:26 2018 -0500
@@ -0,0 +1,674 @@
+ENSEMBL	GO	ONTOLOGY	EVIDENCE
+ENSG00000091831	GO:0000122	BP	IMP
+ENSG00000091831	GO:0000790	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0000978	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0001046	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0001077	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0001093	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0001223	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0001547	BP	IEA
+ENSG00000091831	GO:0002064	BP	IEA
+ENSG00000091831	GO:0003682	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0003700	MF	NAS
+ENSG00000091831	GO:0003707	MF	TAS
+ENSG00000091831	GO:0005496	MF	ISS
+ENSG00000091831	GO:0005515	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0005634	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0005654	CC	TAS
+ENSG00000091831	GO:0005737	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0005794	CC	IEA
+ENSG00000091831	GO:0005886	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0006338	BP	NAS
+ENSG00000091831	GO:0006351	BP	TAS
+ENSG00000091831	GO:0006355	BP	NAS
+ENSG00000091831	GO:0006357	BP	TAS
+ENSG00000091831	GO:0006366	BP	IDA
+ENSG00000091831	GO:0006367	BP	TAS
+ENSG00000091831	GO:0007165	BP	TAS
+ENSG00000091831	GO:0007200	BP	ISS
+ENSG00000091831	GO:0007204	BP	ISS
+ENSG00000091831	GO:0008013	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0008134	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0008209	BP	IEA
+ENSG00000091831	GO:0008270	MF	IEA
+ENSG00000091831	GO:0008584	BP	IEA
+ENSG00000091831	GO:0010629	BP	IDA
+ENSG00000091831	GO:0010863	BP	ISS
+ENSG00000091831	GO:0016020	CC	NAS
+ENSG00000091831	GO:0016021	CC	IEA
+ENSG00000091831	GO:0016579	BP	TAS
+ENSG00000091831	GO:0017025	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0019899	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0019901	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0030111	BP	TAS
+ENSG00000091831	GO:0030235	MF	NAS
+ENSG00000091831	GO:0030284	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0030284	MF	NAS
+ENSG00000091831	GO:0030284	MF	TAS
+ENSG00000091831	GO:0030331	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0030518	BP	ISS
+ENSG00000091831	GO:0030520	BP	IDA
+ENSG00000091831	GO:0030520	BP	NAS
+ENSG00000091831	GO:0032355	BP	IDA
+ENSG00000091831	GO:0033146	BP	TAS
+ENSG00000091831	GO:0034056	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0034121	BP	IEA
+ENSG00000091831	GO:0035327	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0038052	MF	IDA
+ENSG00000091831	GO:0038052	MF	IGI
+ENSG00000091831	GO:0042802	MF	IPI
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out_rscript.txt	Wed Jan 03 15:25:26 2018 -0500
@@ -0,0 +1,34 @@
+
+options( show.error.messages=F, error = function () { cat( geterrmessage(), file=stderr() ); q( "no", 1, F ) } )
+
+# we need that to not crash galaxy with an UTF8 error on German LC settings.
+loc <- Sys.setlocale("LC_MESSAGES", "en_US.UTF-8")
+
+id_type <- "ENSEMBL"
+organism <- "Hs"
+output_cols <- "ENSEMBL,ENTREZID,SYMBOL,GENENAME"
+file_has_header <- FALSE
+
+ids <- as.character(read.table("/tmp/tmpY5XREO/files/000/dataset_3.dat", header=file_has_header)[,1])
+
+if(organism == "Hs"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Hs.eg.db))
+    db <- org.Hs.eg.db
+} else if (organism == "Mm"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Mm.eg.db))
+    db <- org.Mm.eg.db
+} else if (organism == "Dm"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Dm.eg.db))
+    db <- org.Dm.eg.db
+} else if (organism == "Dr"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Dr.eg.db))
+    db <- org.Dr.eg.db
+} else {
+    cat(paste("Organism type not supported", organism))
+}
+
+cols <- unlist(strsplit(output_cols, ","))
+result <- select(db, keys=ids, keytype=id_type, columns=cols)
+write.table(result, file="/tmp/tmpY5XREO/files/000/dataset_4.dat", sep="\t", row.names=FALSE, quote=FALSE)
+
+    
\ No newline at end of file