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changeset 11:4f2967b27e67 draft

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author iuc
date Fri, 01 Jul 2022 12:24:49 +0000
parents f29602ae449e
children fe3ca740a485
files annotateMyIDs.xml test-data/genelist_arabidopsis.txt test-data/out_arabidopsis.tab test-data/out_gokegg.tab test-data/out_gokegg_dupsrem.tab test-data/out_rscript.txt
diffstat 6 files changed, 109 insertions(+), 84 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/annotateMyIDs.xml	Fri Jul 09 14:20:02 2021 +0000
+++ b/annotateMyIDs.xml	Fri Jul 01 12:24:49 2022 +0000
@@ -1,11 +1,15 @@
-<tool id="annotatemyids" name="annotateMyIDs" version="3.12.0+galaxy1">
+<tool id="annotatemyids" name="annotateMyIDs" version="3.14.0+galaxy0">
     <description>annotate a generic set of identifiers</description>
+    <xrefs>
+        <xref type="bio.tools">annotatemyids</xref>
+    </xrefs>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="3.12.0">bioconductor-org.hs.eg.db</requirement>
-        <requirement type="package" version="3.12.0">bioconductor-org.mm.eg.db</requirement>
-        <requirement type="package" version="3.12.0">bioconductor-org.dm.eg.db</requirement>
-        <requirement type="package" version="3.12.0">bioconductor-org.dr.eg.db</requirement>
-        <requirement type="package" version="3.12.0">bioconductor-org.rn.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.14.0">bioconductor-org.hs.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.14.0">bioconductor-org.mm.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.14.0">bioconductor-org.dm.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.14.0">bioconductor-org.dr.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.14.0">bioconductor-org.rn.eg.db</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.14.0">bioconductor-org.at.tair.db</requirement>
     </requirements>
     <version_command><![CDATA[
 echo $(R --version | grep version | grep -v GNU)", org.Hs.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Hs.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Hs.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dr.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dr.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dr.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Mm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Mm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Mm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Rn.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Rn.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Rn.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")
@@ -48,6 +52,9 @@
 } else if (organism == "Rn"){
     suppressPackageStartupMessages(library(org.Rn.eg.db))
     db <- org.Rn.eg.db
+} else if (organism == "At"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.At.tair.db))
+    db <- org.At.tair.db
 } else {
     cat(paste("Organism type not supported", organism))
 }
@@ -72,6 +79,7 @@
             <option value="Rn">Rat</option>
             <option value="Dm">Fruit fly</option>
             <option value="Dr">Zebrafish</option>
+            <option value="At">Arabidopsis thaliana</option>
         </param>
         <param name="id_type" type="select" label="ID Type" help="Select the type of IDs in your input file">
             <option value="ENSEMBL" selected="true">Ensembl Gene</option>
@@ -141,6 +149,14 @@
             <param name="remove_dups" value="True" />
             <output name="out_tab" file="out_gokegg_dupsrem.tab" />
         </test>
+        <!-- Arabidopsis database -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="id_file" value="genelist_arabidopsis.txt" ftype="tabular"/>
+            <param name="id_type" value="SYMBOL"/>
+            <param name="organism" value="At"/>
+            <param name="output_cols" value="GO,ENTREZID" />
+            <output name="out_tab" file="out_arabidopsis.tab" />
+        </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
 
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genelist_arabidopsis.txt	Fri Jul 01 12:24:49 2022 +0000
@@ -0,0 +1,4 @@
+CLE13
+TAF2
+UGT89B1
+KIN14P
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/out_arabidopsis.tab	Fri Jul 01 12:24:49 2022 +0000
@@ -0,0 +1,30 @@
+SYMBOL	GO	EVIDENCE	ONTOLOGY	ENTREZID
+CLE13	GO:0005739	ISM	CC	843734
+CLE13	GO:0010078	IDA	BP	843734
+CLE13	GO:0010088	IDA	BP	843734
+CLE13	GO:0033612	ISS	MF	843734
+CLE13	GO:0045168	ISS	BP	843734
+CLE13	GO:0045595	IDA	BP	843734
+CLE13	GO:0048046	ISM	CC	843734
+CLE13	GO:0048046	ISS	CC	843734
+TAF2	GO:0000976	IBA	MF	843733
+TAF2	GO:0003682	IBA	MF	843733
+TAF2	GO:0005634	ISM	CC	843733
+TAF2	GO:0005669	IBA	CC	843733
+TAF2	GO:0005669	IEA	CC	843733
+TAF2	GO:0006367	IBA	BP	843733
+TAF2	GO:0008237	IEA	MF	843733
+TAF2	GO:0008270	IEA	MF	843733
+TAF2	GO:0009506	HDA	CC	843733
+TAF2	GO:0016251	IBA	MF	843733
+UGT89B1	GO:0005634	ISM	CC	843725
+UGT89B1	GO:0016757	ISS	MF	843725
+UGT89B1	GO:0033836	IEA	MF	843725
+UGT89B1	GO:0035251	IDA	MF	843725
+UGT89B1	GO:0047893	IEA	MF	843725
+UGT89B1	GO:0080043	IDA	MF	843725
+UGT89B1	GO:0080044	IDA	MF	843725
+UGT89B1	GO:0080046	IDA	MF	843725
+UGT89B1	GO:0102360	IEA	MF	843725
+UGT89B1	GO:0102425	IEA	MF	843725
+KIN14P	NA	NA	NA	NA
--- a/test-data/out_gokegg.tab	Fri Jul 09 14:20:02 2021 +0000
+++ b/test-data/out_gokegg.tab	Fri Jul 01 12:24:49 2022 +0000
@@ -1,13 +1,12 @@
 ENSEMBL	GO	ONTOLOGY	EVIDENCE
 ENSG00000091831	GO:0000122	BP	IMP
-ENSG00000091831	GO:0000790	CC	IBA
-ENSG00000091831	GO:0000790	CC	IDA
-ENSG00000091831	GO:0000790	CC	ISA
+ENSG00000091831	GO:0000785	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0000785	CC	ISA
 ENSG00000091831	GO:0000978	MF	IBA
 ENSG00000091831	GO:0000978	MF	IDA
 ENSG00000091831	GO:0000981	MF	ISA
-ENSG00000091831	GO:0000981	MF	ISM
 ENSG00000091831	GO:0001093	MF	IPI
+ENSG00000091831	GO:0001222	MF	IPI
 ENSG00000091831	GO:0001223	MF	IPI
 ENSG00000091831	GO:0001228	MF	IDA
 ENSG00000091831	GO:0001547	BP	IEA
@@ -25,11 +24,10 @@
 ENSG00000091831	GO:0005794	CC	IEA
 ENSG00000091831	GO:0005829	CC	TAS
 ENSG00000091831	GO:0005886	CC	IDA
+ENSG00000091831	GO:0005886	CC	TAS
 ENSG00000091831	GO:0006338	BP	NAS
 ENSG00000091831	GO:0006355	BP	NAS
 ENSG00000091831	GO:0006357	BP	IBA
-ENSG00000091831	GO:0006357	BP	TAS
-ENSG00000091831	GO:0006367	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0007165	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0007200	BP	ISS
 ENSG00000091831	GO:0007204	BP	ISS
@@ -42,11 +40,9 @@
 ENSG00000091831	GO:0010863	BP	ISS
 ENSG00000091831	GO:0016020	CC	NAS
 ENSG00000091831	GO:0016021	CC	IEA
-ENSG00000091831	GO:0016579	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0017025	MF	IPI
 ENSG00000091831	GO:0019899	MF	IPI
 ENSG00000091831	GO:0019901	MF	IPI
-ENSG00000091831	GO:0030111	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0030235	MF	NAS
 ENSG00000091831	GO:0030284	MF	IDA
 ENSG00000091831	GO:0030284	MF	NAS
@@ -59,7 +55,6 @@
 ENSG00000091831	GO:0032355	BP	IDA
 ENSG00000091831	GO:0032991	CC	IDA
 ENSG00000091831	GO:0032991	CC	IMP
-ENSG00000091831	GO:0033146	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0034056	MF	IDA
 ENSG00000091831	GO:0034121	BP	IEA
 ENSG00000091831	GO:0035327	CC	IDA
@@ -76,7 +71,6 @@
 ENSG00000091831	GO:0050727	BP	IEA
 ENSG00000091831	GO:0051091	BP	IDA
 ENSG00000091831	GO:0051117	MF	IDA
-ENSG00000091831	GO:0051897	BP	TAS
 ENSG00000091831	GO:0060065	BP	IEA
 ENSG00000091831	GO:0060068	BP	IEA
 ENSG00000091831	GO:0060523	BP	IEA
@@ -92,30 +86,27 @@
 ENSG00000091831	GO:0097550	CC	IDA
 ENSG00000091831	GO:1903799	BP	IMP
 ENSG00000091831	GO:1990837	MF	IDA
-ENSG00000082175	GO:0000790	CC	IBA
-ENSG00000082175	GO:0000790	CC	ISA
+ENSG00000082175	GO:0000785	CC	ISA
 ENSG00000082175	GO:0000978	MF	IBA
 ENSG00000082175	GO:0000978	MF	IDA
 ENSG00000082175	GO:0000981	MF	ISA
-ENSG00000082175	GO:0000981	MF	ISM
-ENSG00000082175	GO:0001225	MF	IPI
+ENSG00000082175	GO:0001223	MF	IPI
 ENSG00000082175	GO:0001228	MF	IDA
 ENSG00000082175	GO:0001542	BP	IEA
 ENSG00000082175	GO:0002070	BP	IEA
 ENSG00000082175	GO:0003677	MF	TAS
 ENSG00000082175	GO:0003707	MF	IEA
 ENSG00000082175	GO:0004879	MF	IBA
-ENSG00000082175	GO:0004879	MF	IEA
 ENSG00000082175	GO:0005496	MF	IEA
 ENSG00000082175	GO:0005515	MF	IPI
 ENSG00000082175	GO:0005654	CC	TAS
 ENSG00000082175	GO:0005741	CC	IEA
 ENSG00000082175	GO:0005829	CC	TAS
 ENSG00000082175	GO:0006357	BP	IBA
-ENSG00000082175	GO:0006367	BP	TAS
 ENSG00000082175	GO:0007165	BP	TAS
 ENSG00000082175	GO:0007267	BP	TAS
 ENSG00000082175	GO:0008270	MF	IEA
+ENSG00000082175	GO:0010628	BP	NAS
 ENSG00000082175	GO:0010629	BP	IEP
 ENSG00000082175	GO:0019899	MF	IPI
 ENSG00000082175	GO:0030518	BP	IBA
@@ -127,7 +118,6 @@
 ENSG00000082175	GO:0050847	BP	IEA
 ENSG00000082175	GO:0051117	MF	IDA
 ENSG00000082175	GO:0060748	BP	IEA
-ENSG00000141736	GO:0000165	BP	TAS
 ENSG00000141736	GO:0001042	MF	IDA
 ENSG00000141736	GO:0001934	BP	ISS
 ENSG00000141736	GO:0004713	MF	IDA
@@ -145,7 +135,6 @@
 ENSG00000141736	GO:0005886	CC	NAS
 ENSG00000141736	GO:0005886	CC	TAS
 ENSG00000141736	GO:0005887	CC	IBA
-ENSG00000141736	GO:0006357	BP	TAS
 ENSG00000141736	GO:0006468	BP	TAS
 ENSG00000141736	GO:0007165	BP	IDA
 ENSG00000141736	GO:0007166	BP	IDA
@@ -175,7 +164,6 @@
 ENSG00000141736	GO:0033088	BP	IEA
 ENSG00000141736	GO:0033674	BP	IBA
 ENSG00000141736	GO:0035556	BP	IDA
-ENSG00000141736	GO:0038128	BP	TAS
 ENSG00000141736	GO:0038143	CC	IDA
 ENSG00000141736	GO:0042060	BP	IDA
 ENSG00000141736	GO:0042552	BP	IEA
@@ -197,18 +185,15 @@
 ENSG00000141736	GO:0048471	CC	IEA
 ENSG00000141736	GO:0048709	BP	IEA
 ENSG00000141736	GO:0050679	BP	IDA
-ENSG00000141736	GO:0051897	BP	TAS
 ENSG00000141736	GO:0070372	BP	IMP
 ENSG00000141736	GO:0071363	BP	IDA
 ENSG00000141736	GO:0071364	BP	IMP
 ENSG00000141736	GO:0090314	BP	IDA
-ENSG00000141736	GO:1901185	BP	TAS
-ENSG00000141736	GO:2000145	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0000151	CC	NAS
 ENSG00000012048	GO:0000724	BP	IBA
 ENSG00000012048	GO:0000724	BP	IDA
-ENSG00000012048	GO:0000729	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0000800	CC	IDA
+ENSG00000012048	GO:0000931	CC	NAS
 ENSG00000012048	GO:0000976	MF	IDA
 ENSG00000012048	GO:0003677	MF	TAS
 ENSG00000012048	GO:0003684	MF	IEA
@@ -216,6 +201,7 @@
 ENSG00000012048	GO:0003723	MF	IDA
 ENSG00000012048	GO:0004842	MF	IBA
 ENSG00000012048	GO:0004842	MF	IDA
+ENSG00000012048	GO:0004842	MF	TAS
 ENSG00000012048	GO:0005515	MF	IPI
 ENSG00000012048	GO:0005634	CC	IDA
 ENSG00000012048	GO:0005654	CC	IDA
@@ -224,22 +210,18 @@
 ENSG00000012048	GO:0005737	CC	IDA
 ENSG00000012048	GO:0005886	CC	IBA
 ENSG00000012048	GO:0005886	CC	IDA
-ENSG00000012048	GO:0006260	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0006301	BP	IDA
 ENSG00000012048	GO:0006302	BP	IDA
 ENSG00000012048	GO:0006302	BP	IMP
-ENSG00000012048	GO:0006303	BP	TAS
+ENSG00000012048	GO:0006302	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0006349	BP	IEA
 ENSG00000012048	GO:0006357	BP	IMP
-ENSG00000012048	GO:0006359	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0006633	BP	IEA
-ENSG00000012048	GO:0006915	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0006974	BP	TAS
-ENSG00000012048	GO:0006978	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0007059	BP	IMP
+ENSG00000012048	GO:0007095	BP	IMP
 ENSG00000012048	GO:0007098	BP	IEA
 ENSG00000012048	GO:0008270	MF	IEA
-ENSG00000012048	GO:0008274	CC	NAS
 ENSG00000012048	GO:0008630	BP	IDA
 ENSG00000012048	GO:0009048	BP	IBA
 ENSG00000012048	GO:0010212	BP	IMP
@@ -247,7 +229,6 @@
 ENSG00000012048	GO:0010628	BP	IMP
 ENSG00000012048	GO:0015631	MF	NAS
 ENSG00000012048	GO:0016567	BP	IDA
-ENSG00000012048	GO:0016579	BP	TAS
 ENSG00000012048	GO:0016604	CC	IDA
 ENSG00000012048	GO:0019899	MF	IPI
 ENSG00000012048	GO:0031398	BP	IDA
@@ -259,20 +240,15 @@
 ENSG00000012048	GO:0035066	BP	IBA
 ENSG00000012048	GO:0035066	BP	IDA
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 ENSG00000141510	GO:1990144	BP	IEA
--- a/test-data/out_gokegg_dupsrem.tab	Fri Jul 09 14:20:02 2021 +0000
+++ b/test-data/out_gokegg_dupsrem.tab	Fri Jul 01 12:24:49 2022 +0000
@@ -1,7 +1,7 @@
 ENSEMBL	GO	ONTOLOGY	EVIDENCE
 ENSG00000091831	GO:0000122	BP	IMP
-ENSG00000082175	GO:0000790	CC	IBA
-ENSG00000141736	GO:0000165	BP	TAS
+ENSG00000082175	GO:0000785	CC	ISA
+ENSG00000141736	GO:0001042	MF	IDA
 ENSG00000012048	GO:0000151	CC	NAS
 ENSG00000139618	GO:0000722	BP	IEA
 ENSG00000129514	GO:0000122	BP	IEA
--- a/test-data/out_rscript.txt	Fri Jul 09 14:20:02 2021 +0000
+++ b/test-data/out_rscript.txt	Fri Jul 01 12:24:49 2022 +0000
@@ -8,8 +8,10 @@
 organism <- "Hs"
 output_cols <- "ENSEMBL,ENTREZID,SYMBOL,GENENAME"
 file_has_header <- FALSE
+remove_dups <- FALSE
 
-ids <- as.character(read.table("/tmp/tmpY5XREO/files/000/dataset_3.dat", header=file_has_header)[,1])
+input <- read.table('/tmp/tmpqa0_mcvo/files/3/1/c/dataset_31cbce15-3708-4c78-bdf6-aca07697ccb7.dat', header=file_has_header, sep="\t", quote="")
+ids <- as.character(input[, 1])
 
 if(organism == "Hs"){
     suppressPackageStartupMessages(library(org.Hs.eg.db))
@@ -23,12 +25,23 @@
 } else if (organism == "Dr"){
     suppressPackageStartupMessages(library(org.Dr.eg.db))
     db <- org.Dr.eg.db
+} else if (organism == "Rn"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.Rn.eg.db))
+    db <- org.Rn.eg.db
+} else if (organism == "At"){
+    suppressPackageStartupMessages(library(org.At.tair.db))
+    db <- org.At.tair.db
 } else {
     cat(paste("Organism type not supported", organism))
 }
 
 cols <- unlist(strsplit(output_cols, ","))
 result <- select(db, keys=ids, keytype=id_type, columns=cols)
-write.table(result, file="/tmp/tmpY5XREO/files/000/dataset_4.dat", sep="\t", row.names=FALSE, quote=FALSE)
+
+if(remove_dups) {
+    result <- result[!duplicated(result$ENSEMBL),]
+}
+
+write.table(result, file='/tmp/tmpqa0_mcvo/job_working_directory/000/4/outputs/galaxy_dataset_b06fd1c6-69cb-4c43-9caf-1a445a3b8b2e.dat', sep="\t", row.names=FALSE, quote=FALSE)
 
     
\ No newline at end of file