# HG changeset patch # User iuc # Date 1617394854 0 # Node ID c28c4c1324590e9afc6368ba09ae36239e3ec4c5 "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/bamutil commit 9f971aa7d32d756aa4763ab29d1770178a5ece6b" diff -r 000000000000 -r c28c4c132459 diff.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/diff.xml Fri Apr 02 20:20:54 2021 +0000 @@ -0,0 +1,265 @@ + + two coordinate sorted SAM/BAM files + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ^([A-Za-z][A-Za-z0-9]:[AifZHB])(,[A-Za-z][A-Za-z0-9]:[AifZHB])*$ + + + + + + + + + + + + + + output_as == 'diff.bam' + + + output_as == 'diff.bam' + + + output_as == 'diff.bam' + + + output_as == 'diff.sam' + + + output_as == 'diff.sam' + + + output_as == 'diff.sam' + + + output_as == 'diff.txt' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + '. If the record is from the first file (--in1), it begins with a '<'. If the record is from the 2nd file (--in2), it begins with a '>'. + The 2nd line is the flag followed by the diff'd fields from one of the records. + The 3rd line (if a matching record was found) is the flag followed by the diff'd fields from the matching record. + The diff'd record lines are tab separated, and are in the following order if --onlyDiffs is not specified:: + + - '<' or '>' + - flag + - chrom:pos (chromosome name ':' 1 based position) - if --noPos is not specified + - cigar - if --noCigar is not specified + - mapping quality - if --mapq or --all is specified + - mate chrom:pos (chromosome name ':' 1 based position) - if --mate or --all is specified + - insert size - if --isize or --all is specified + - sequence - if --seq or --all is specified + - base quality - if --baseQual or --all is specified + - tag:type:value - for each tag:type specified in --tags or for every tag if --all or --everyTag specified + + + **BAM Format** + In SAM/BAM format there will be 3 output files:: + + 1. the specified name with record diffs + 2. specified name with _only_.sam/bam with records only in the in1 file + 3. specified name with _only_.sam/bam with records only in the in2 file + + Records that are identical in the two files are not written in any of these output files. + When a record is found in both input files, but a difference is found, the record from the first file is written with additional tags to indicate the values from the second file, using the following tags:: + + - ZF - Flag + - ZP - Chromosome:1-based Position + - ZC - Cigar + - ZM - Mapping Quality + - ZN - Chromosome:1-based Mate Position + - ZI - Insert Size + - ZS - Sequence + - ZQ - Base Quality + - ZT - Tags + + If --onlyDiffs is not specified, all fields that were compared will be printed in the tags. If --onlyDiffs is specified, then only the differing compared fields will be printed in the tags. + + + + +https://genome.sph.umich.edu/wiki/BamUtil:_diff + + ]]> + + diff -r 000000000000 -r c28c4c132459 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Fri Apr 02 20:20:54 2021 +0000 @@ -0,0 +1,25 @@ + + 1.0.15 + 1 + 20.09 + + + bamutil + + + + + topic_0091 + topic_0080 + + + operation_0369 + + + + + 10.1101/gr.176552.114 + + + + diff -r 000000000000 -r c28c4c132459 test-data/in1.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/in1.sam Fri Apr 02 20:20:54 2021 +0000 @@ -0,0 +1,103 @@ +@HD VN:1.0 SO:coordinate +@SQ SN:1 LN:248956422 +@SQ SN:2 LN:242193529 +@SQ SN:3 LN:198295559 +@SQ SN:4 LN:190214555 +@SQ SN:5 LN:181538259 +@SQ SN:6 LN:170805979 +@SQ SN:7 LN:159345973 +@SQ SN:8 LN:145138636 +@SQ SN:9 LN:138394717 +@SQ SN:10 LN:133797422 +@SQ SN:11 LN:135086622 +@SQ SN:12 LN:133275309 +@SQ SN:13 LN:114364328 +@SQ SN:14 LN:107043718 +@SQ SN:15 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