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# HG changeset patch # User iuc # Date 1537263704 14400 # Node ID 067592b6b312af5f32325ca234f7e9f1f0d852cc planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/bandage commit d5e71a9c6eeb449a00c335a244e5348c9bd49c16 diff -r 000000000000 -r 067592b6b312 bandage_image.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/bandage_image.xml Tue Sep 18 05:41:44 2018 -0400 @@ -0,0 +1,70 @@ + + visualize de novo assembly graphs + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 067592b6b312 bandage_info.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/bandage_info.xml Tue Sep 18 05:41:44 2018 -0400 @@ -0,0 +1,77 @@ + + determine statistics of de novo assembly graphs + + macros.xml + + + + + out.txt + ]]> + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 067592b6b312 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Tue Sep 18 05:41:44 2018 -0400 @@ -0,0 +1,27 @@ + + 0.8.1 + + + bandage + + + + Bandage --version + + + +**Bandage Overview** + +Bandage is a GUI program that allows users to interact with the assembly graphs made by de novo assemblers such as Velvet, SPAdes, MEGAHIT and others. +De novo assembly graphs contain not only assembled contigs but also the connections between those contigs, which were previously not easily accessible. Bandage visualises assembly graphs, with connections, using graph layout algorithms. Nodes in the drawn graph, which represent contigs, can be automatically labelled with their ID, length or depth. Users can interact with the graph by moving, labelling and colouring nodes. Sequence information can also be extracted directly from the graph viewer. By displaying connections between contigs, Bandage opens up new possibilities for analysing and improving de novo assemblies that are not possible by looking at contigs alone. + +Bandage works with Graphical Fragment Assembly (GFA) files. For more information about this file format, see here_ + +.. _here: https://gfa-spec.github.io/GFA-spec/GFA2.html + + + + 10.1093/bioinformatics/btv383 + + + diff -r 000000000000 -r 067592b6b312 static/images/bandage_graph.png Binary file static/images/bandage_graph.png has changed diff -r 000000000000 -r 067592b6b312 test-data/gfa.tabular --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gfa.tabular Tue Sep 18 05:41:44 2018 -0400 @@ -0,0 +1,3540 @@ +S utg000001l 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