# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1746272323 0
# Node ID 563fd95fa88a28953dae40bcaf6eb21e7edc12e5
# Parent  f75bf16ac901d450d2f181d25567d6b1f052c019
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/beagle commit 607e1d083ce036edde6f0ddb66871608c0ff7ca8

diff -r f75bf16ac901 -r 563fd95fa88a beagle.xml
--- a/beagle.xml	Sun Jan 22 12:42:41 2023 +0000
+++ b/beagle.xml	Sat May 03 11:38:43 2025 +0000
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id='beagle' name='Beagle' version='@TOOL_VERSION@+galaxy@SUFFIX_VERSION@' profile='20.01'>
+<tool id='beagle' name='Beagle' version='@TOOL_VERSION@+galaxy@SUFFIX_VERSION@' profile='23.0'>
     <description>phasing genotypes and imputing ungenotyped markers</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
@@ -10,9 +10,15 @@
         #if $optional_inputs.ref
             ln -s '${optional_inputs.ref}' ref.$optional_inputs.ref.ext &&
         #end if
-
+        #if $gt.ext=="vcf_bgzip"
+            ln -s '$gt' tmp.gz &&
+        #end if
         beagle
-        gt='${gt}'
+        #if $gt.ext=="vcf_bgzip"
+            gt=tmp.gz
+        #else
+            gt='${gt}'
+        #end if
         #if $optional_inputs.ref
             ref=ref.$optional_inputs.ref.ext
         #end if
@@ -49,7 +55,13 @@
         gp=$imputation_parameters.gp
         out=$out_prefix
         nthreads=\${GALAXY_SLOTS:-1}
-        && gunzip 'out.vcf.gz'
+        #if $out_format == "vcf_bgzip"
+            && mv out.vcf.gz '$vcf_file'
+        #else 
+            && echo "decompressing beagle output"
+            && gunzip 'out.vcf.gz'
+            && mv out.vcf '$vcf_file'
+        #end if
     ]]>    </command>
     <inputs>
         <param argument="gt" type="data" format="vcf" label="VCF file" 
@@ -135,9 +147,17 @@
                 taking the allele with highest probability on each haplotype, which is the genotype reported 
                 in the GT format field" />
         </section>
+         <param name="out_format" type="select" label="Output data type ">
+                <option value="vcf" selected="true">VCF</option>
+                <option value="vcf_bgzip">Compressed VCF (bgzip)</option>
+        </param>
     </inputs>
     <outputs>
-        <data name="vcf_file" format="vcf" from_work_dir="out.vcf" label="${tool.name} on ${on_string}: VCF file"/>
+         <data name="vcf_file" format="vcf" label="${tool.name} on ${on_string}: VCF file">
+            <change_format>
+                <when input="out_format" value="vcf_bgzip" format="vcf_bgzip" />
+            </change_format>
+        </data>
         <data name="log_file" format="txt" from_work_dir="out.log" label="${tool.name} on ${on_string}: log file">
             <filter>output_log</filter>
         </data>
@@ -183,13 +203,13 @@
             <output name="vcf_file" ftype="vcf">
                 <assert_contents>
                     <has_text text='ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"'/>
-                    <has_size value="181272"/>
+                    <has_size value="181410"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="log_file" ftype="txt">
                 <assert_contents>
-                    <has_text text="Reference markers:                  223"/>
-                    <has_size value="1586" delta="100"/>
+                    <has_text text="Study     markers:                  223"/>
+                    <has_size value="1696" delta="100"/>
                     <has_text text="WARNING" negate="true"/>
                     <has_text_matching expression="beagle.*jar finished"/>
                 </assert_contents>
@@ -217,13 +237,13 @@
             <output name="vcf_file" ftype="vcf">
                 <assert_contents>
                     <has_text text='ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"'/>
-                    <has_size value="18635"/>
+                    <has_size value="18773"/>
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="log_file" ftype="txt">
                 <assert_contents>
                     <has_text text="Reference markers:                  223"/>
-                    <has_size value="1600" delta="100"/>
+                    <has_size value="1754" delta="100"/>
                     <has_text text="WARNING" negate="true"/>
                     <has_text_matching expression="beagle.*jar finished"/>
                 </assert_contents>
@@ -250,10 +270,28 @@
             <output name="vcf_file" ftype="vcf">
                 <assert_contents>
                     <has_text text='ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"'/>
-                    <has_size value="18635"/>
+                    <has_size value="18773"/>
                 </assert_contents>
             </output>
         </test>
+         <!-- Test vcf_bgzip output -->
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="gt" value="test.vcf.gz" ftype="vcf"/>
+            <param name="chrom" value="22:100-"/>
+            <param name="ne" value="1000000"/>
+            <param name="window" value="40.0"/>
+            <param name="overlap" value="2.0"/>
+            <param name="err" value="0.02"/>
+            <param name="seed" value="1"/>
+            <section name="phasing_parameters">
+                <param name="burnin" value="3"/>
+                <param name="iterations" value="12"/>
+                <param name="phase_states" value="280"/>
+            </section>
+            <param name="out_format" value="vcf_bgzip"/>
+            <output name="vcf_file" ftype="vcf_bgzip" file="test_output.vcf.gz" compare="sim_size" delta="500"/>
+            
+        </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
 .. class:: infomark
diff -r f75bf16ac901 -r 563fd95fa88a macros.xml
--- a/macros.xml	Sun Jan 22 12:42:41 2023 +0000
+++ b/macros.xml	Sat May 03 11:38:43 2025 +0000
@@ -1,5 +1,5 @@
 <macros>
-    <token name="@TOOL_VERSION@">5.2_21Apr21.304</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">5.4_29Oct24.c8e</token>
     <token name="@SUFFIX_VERSION@">1</token>
     <xml name="edam_ontology">
         <edam_topics>                                                                                  
diff -r f75bf16ac901 -r 563fd95fa88a test-data/test_output.log
--- a/test-data/test_output.log	Sun Jan 22 12:42:41 2023 +0000
+++ b/test-data/test_output.log	Sat May 03 11:38:43 2025 +0000
@@ -1,10 +1,10 @@
-beagle.21Apr21.304.jar (version 5.2)
-Copyright (C) 2014-2021 Brian L. Browning
-Enter "java -jar beagle.21Apr21.304.jar" to list command line argument
-Start time: 08:46 PM GMT on 26 Jun 2021
+beagle.29Oct24.c8e.jar (version 5.4)
+Copyright (C) 2014-2022 Brian L. Browning
+Enter "java -jar beagle.29Oct24.c8e.jar" to list command line argument
+Start time: 10:39 PM CEST on 02 May 2025
 
-Command line: java -Xmx989m -jar beagle.21Apr21.304.jar
-  gt=/tmp/tmpoahokk9w/files/e/9/3/dataset_e93c5cb3-373e-4432-80ab-47ff1068bc9f.dat
+Command line: java -Xmx1024m -jar beagle.29Oct24.c8e.jar
+  gt=/home/elmedjadji/Documents/newgal/galaxy/database/objects/4/3/b/dataset_43be6aa5-2515-4fff-be35-4cbf54b2842f.dat
   chrom=22:100-
   ne=1000000
   window=40.0
@@ -30,45 +30,35 @@
 Study     samples:                  191
 
 Window 1 [22:20000086-20016908]
-Reference markers:                  223
 Study     markers:                  223
 
-Burnin  iteration 1:           1 second
-
+Burnin  iteration 1:           0 seconds
 Burnin  iteration 2:           0 seconds
+Burnin  iteration 3:           0 seconds
 
-Burnin  iteration 3:           0 seconds
+Estimated ne:                  333498
+Estimated err:                 2.0e-03
 
 Phasing iteration 1:           0 seconds
-
 Phasing iteration 2:           0 seconds
-
 Phasing iteration 3:           0 seconds
-
 Phasing iteration 4:           0 seconds
-
 Phasing iteration 5:           0 seconds
-
 Phasing iteration 6:           0 seconds
-
 Phasing iteration 7:           0 seconds
-
 Phasing iteration 8:           0 seconds
-
 Phasing iteration 9:           0 seconds
-
 Phasing iteration 10:          0 seconds
-
 Phasing iteration 11:          0 seconds
-
 Phasing iteration 12:          0 seconds
+Low frequency phasing:         0 seconds
 
 Cumulative Statistics:
 
 Study     markers:                  223
 
-Haplotype phasing time:        2 seconds
-Total time:                    3 seconds
+Haplotype phasing time:        1 second
+Total time:                    2 seconds
 
-End time: 08:46 PM GMT on 26 Jun 2021
-beagle.21Apr21.304.jar finished
+End time: 10:39 PM CEST on 02 May 2025
+beagle.29Oct24.c8e.jar finished
diff -r f75bf16ac901 -r 563fd95fa88a test-data/test_output.vcf
--- a/test-data/test_output.vcf	Sun Jan 22 12:42:41 2023 +0000
+++ b/test-data/test_output.vcf	Sat May 03 11:38:43 2025 +0000
@@ -1,9 +1,10 @@
 ##fileformat=VCFv4.2
-##filedate=20210626
-##source="beagle.21Apr21.304.jar"
+##filedate=20250502
+##source="beagle.29Oct24.c8e.jar"
 ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated ALT Allele Frequencies">
 ##INFO=<ID=DR2,Number=A,Type=Float,Description="Dosage R-Squared: estimated squared correlation between estimated REF dose [P(RA) + 2*P(RR)] and true REF dose">
 ##INFO=<ID=IMP,Number=0,Type=Flag,Description="Imputed marker">
+##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="End position of the variant described in this record  (for use with symbolic alleles)">
 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
 ##FORMAT=<ID=DS,Number=A,Type=Float,Description="estimated ALT dose [P(RA) + 2*P(AA)]">
 #CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	HG00096	HG00097	HG00099	HG00100	HG00101	HG00102	HG00103	HG00104	HG00106	HG00108	HG00109	HG00110	HG00111	HG00112	HG00113	HG00114	HG00116	HG00117	HG00118	HG00119	HG00120	HG00121	HG00122	HG00123	HG00124	HG00125	HG00126	HG00127	HG00128	HG00129	HG00130	HG00131	HG00133	HG00134	HG00135	HG00136	HG00137	HG00138	HG00139	HG00140	HG00141	HG00142	HG00143	HG00146	HG00148	HG00149	HG00150	HG00151	HG00152	HG00154	HG00155	HG00156	HG00158	HG00159	HG00160	HG00171	HG00173	HG00174	HG00176	HG00177	HG00178	HG00179	HG00180	HG00182	HG00183	HG00185	HG00186	HG00187	HG00188	HG00189	HG00190	HG00231	HG00232	HG00233	HG00234	HG00235	HG00236	HG00237	HG00238	HG00239	HG00240	HG00242	HG00243	HG00244	HG00245	HG00246	HG00247	HG00249	HG00250	HG00251	HG00252	HG00253	HG00254	HG00255	HG00256	HG00257	HG00258	HG00259	HG00260	HG00261	HG00262	HG00263	HG00264	HG00265	HG00266	HG00267	HG00268	HG00269	HG00270	HG00271	HG00272	HG00273	HG00274	HG00275	HG00276	HG00277	HG00278	HG00280	HG00281	HG00282	HG00284	HG00285	HG00306	HG00309	HG00310	HG00311	HG00312	HG00313	HG00315	HG00318	HG00319	HG00320	HG00321	HG00323	HG00324	HG00325	HG00326	HG00327	HG00328	HG00329	HG00330	HG00331	HG00332	HG00334	HG00335	HG00336	HG00337	HG00338	HG00339	HG00341	HG00342	HG00343	HG00344	HG00345	HG00346	HG00349	HG00350	HG00351	HG00353	HG00355	HG00356	HG00357	HG00358	HG00359	HG00360	HG00361	HG00362	HG00364	HG00366	HG00367	HG00369	HG00372	HG00373	HG00375	HG00376	HG00377	HG00378	HG00381	HG00382	HG00383	HG00384	HG00403	HG00404	HG00406	HG00407	HG00418	HG00419	HG00421	HG00422	HG00427	HG00428
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