# HG changeset patch # User iuc # Date 1713024533 0 # Node ID 77a84fa4a02b08fc238d411d8e835af831e3223e planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/chewbbaca commit 8722918e903ffa4229e0297555731f1172f736c6 diff -r 000000000000 -r 77a84fa4a02b AlleleCallEvaluator.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/AlleleCallEvaluator.xml Sat Apr 13 16:08:53 2024 +0000 @@ -0,0 +1,100 @@ + + Build an interactive report for allele calling results evaluation + + macros.xml + + + + + + +
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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results. + +The AlleleCallEvaluator module allows users to generate an interactive HTML report to evaluate allele calling results generated by the AlleleCall module. The report provides summary statistics to evaluate results per sample and per locus (with the possibility to provide a TSV file with loci annotations to include on a table). The report includes components to display a heatmap representing the loci presence-absence matrix, a heatmap representing the distance matrix based on allelic differences and a Neighbor-Joining (NJ) tree based on the MSA of the core genome loci. + +.. class:: warningmark + +**Warning** + +The JS bundle is necessary to visualize the HTML report. Do not move or delete this file. + + + +
\ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 77a84fa4a02b macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Sat Apr 13 16:08:53 2024 +0000 @@ -0,0 +1,48 @@ + + 3.3.3 + 0 + 22.05 + + + chewbbaca + blast + zip + fasttree + + + + + + 10.1099/mgen.0.000166 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --bsr $blast_score_ratio + --l $minimum_length + --t $translation_table + --st $size_threshold + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 77a84fa4a02b test-data/CDS_Str_agalactiae.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/CDS_Str_agalactiae.fasta Sat Apr 13 16:08:53 2024 +0000 @@ -0,0 +1,28 @@ +>FJ801036.1 Streptococcus agalactiae strain ABC020023529 BibA gene, complete cds +ATGAATAATAACGAAAAAAAAGTAAAATACTTTTTAAGAAAAACAGCTTATGGTTTGGCTTCAATGTCAG +CGGCGTTTATAGTATGTAGTGGTATTGTAAATACTCCTACAGTGTCTGCTGATAGTCCTGATACATTAAA +AGTCGAAAAATTAGGCAAATTGAAAGATGTGAAATCAGTTCATGAACTCACACCCATATCAATACCGAAC 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ribosomal subunit protein bL17 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3U3 +GCA-000007265-protein51 GCA_000007265 AE009948.1 65231 66229 51 1 Holliday junction branch migration complex subunit RuvB http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2D9 +GCA-000007265-protein103 GCA_000007265 AE009948.1 107456 108595 103 1 Chaperone protein DnaJ http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E298 +GCA-000007265-protein12 GCA_000007265 AE009948.1 12091 13365 12 1 tRNA(Ile)-lysidine synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2H4 +GCA-000007265-protein97 GCA_000007265 AE009948.1 101392 102084 97 1 Phosphoglycerate mutase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A076YUP2 +GCA-000007265-protein86 GCA_000007265 AE009948.1 89286 90224 86 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8CX32 +GCA-000007265-protein104 GCA_000007265 AE009948.1 108709 109956 104 1 PLP-dependent aminotransferase family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EJF9 +GCA-000007265-protein24 GCA_000007265 AE009948.1 34390 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1 Small ribosomal subunit protein uS5 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3V2 +GCA-000007265-protein54 GCA_000007265 AE009948.1 67202 68980 54 1 Acetyltransferase family protein, putative http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEX2 +GCA-000007265-protein9 GCA_000007265 AE009948.1 10036 10308 9 1 RNA-binding S4 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Y6 +GCA-000007265-protein39 GCA_000007265 AE009948.1 52961 53404 39 1 YhcH/YjgK/YiaL family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7V9 +GCA-000007265-protein50 GCA_000007265 AE009948.1 64023 64934 50 1 Helix-turn-helix domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEL0 +GCA-000007265-protein44 GCA_000007265 AE009948.1 56906 57709 44 -1 Sialic acid utilization regulator, RpiR family http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEW0 +GCA-000007265-protein13 GCA_000007265 AE009948.1 13370 13912 13 1 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2H3 +GCA-000007265-protein95 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