# HG changeset patch # User iuc # Date 1713024611 0 # Node ID 18d7d8582206bada534b8b49b42282cdae6e892a planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/chewbbaca commit 8722918e903ffa4229e0297555731f1172f736c6 diff -r 000000000000 -r 18d7d8582206 DownloadSchema.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/DownloadSchema.xml Sat Apr 13 16:10:11 2024 +0000 @@ -0,0 +1,83 @@ + + Download a schema from Chewie-NS + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results. + +The DownloadSchema module enables the download of schemas from the Chewie-NS server. + + +.. class:: infomark + +**Note** + +The output schema files are in a zip file. This file can be used as input for other chewBBACA tools. + +----- + +Compressed versions of every schema in the Chewie-NS are also available for download: + - through the `Chewie-NS public website`_ + - through the (/species/{species_id}/schemas/{schema_id}/zip) API endpoint in Swagger_ + - with a simple curl command (e.g.: curl -X GET "https://chewbbaca.online/NS/api/species/9/schemas/1/zip?request_type=download" -H "accept: application/json") + +.. _Chewie-NS public website: https://chewbbaca.online/ +.. _Swagger: https://chewbbaca.online/api/NS/api/docs + + + \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 18d7d8582206 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Sat Apr 13 16:10:11 2024 +0000 @@ -0,0 +1,48 @@ + + 3.3.3 + 0 + 22.05 + + + chewbbaca + blast + zip + fasttree + + + + + + 10.1099/mgen.0.000166 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --bsr $blast_score_ratio + --l $minimum_length + --t $translation_table + --st $size_threshold + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 18d7d8582206 test-data/CDS_Str_agalactiae.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/CDS_Str_agalactiae.fasta Sat Apr 13 16:10:11 2024 +0000 @@ -0,0 +1,28 @@ +>FJ801036.1 Streptococcus agalactiae strain ABC020023529 BibA gene, complete cds +ATGAATAATAACGAAAAAAAAGTAAAATACTTTTTAAGAAAAACAGCTTATGGTTTGGCTTCAATGTCAG +CGGCGTTTATAGTATGTAGTGGTATTGTAAATACTCCTACAGTGTCTGCTGATAGTCCTGATACATTAAA +AGTCGAAAAATTAGGCAAATTGAAAGATGTGAAATCAGTTCATGAACTCACACCCATATCAATACCGAAC +GAATTAAAAGGTGCTAAAGAGCAAGCACTTTCTTCAATAATTTCACATCCTAATATAACTAATTCGGAAG +TAGACAAACTAGCTAGTGACTATAGTTTTAGAATTAATACATCTAATGATGTGAACGACGTTAAACGTCT +ATTAAATGAATTTTATAACGCAGTTGCAAGGAAACAGTTAGATACAAATTCTGCTGACTACCGTAGTAAA +ATTGATAATATCAGTACTACAGGTCTTGCGATAGCTCTTGAGGCTAAAGAAATTTATGAAGCAAATAAAT +CTATATTACCTCATCGTTACAAAGATTCTGTTGGAACTTATGTGAACAGTTTTGAGGAAAGACGAAGTCC +AGGAAAATTTAATATTTGGAATGGTCAGGAAGGATTTAATGCAGCTCAAAAATTGTTAGAAGATGTTAAA 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ribosomal subunit protein bL17 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3U3 +GCA-000007265-protein51 GCA_000007265 AE009948.1 65231 66229 51 1 Holliday junction branch migration complex subunit RuvB http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2D9 +GCA-000007265-protein103 GCA_000007265 AE009948.1 107456 108595 103 1 Chaperone protein DnaJ http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E298 +GCA-000007265-protein12 GCA_000007265 AE009948.1 12091 13365 12 1 tRNA(Ile)-lysidine synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2H4 +GCA-000007265-protein97 GCA_000007265 AE009948.1 101392 102084 97 1 Phosphoglycerate mutase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A076YUP2 +GCA-000007265-protein86 GCA_000007265 AE009948.1 89286 90224 86 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8CX32 +GCA-000007265-protein104 GCA_000007265 AE009948.1 108709 109956 104 1 PLP-dependent aminotransferase family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EJF9 +GCA-000007265-protein24 GCA_000007265 AE009948.1 34390 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1 Small ribosomal subunit protein uS5 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3V2 +GCA-000007265-protein54 GCA_000007265 AE009948.1 67202 68980 54 1 Acetyltransferase family protein, putative http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEX2 +GCA-000007265-protein9 GCA_000007265 AE009948.1 10036 10308 9 1 RNA-binding S4 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Y6 +GCA-000007265-protein39 GCA_000007265 AE009948.1 52961 53404 39 1 YhcH/YjgK/YiaL family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7V9 +GCA-000007265-protein50 GCA_000007265 AE009948.1 64023 64934 50 1 Helix-turn-helix domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEL0 +GCA-000007265-protein44 GCA_000007265 AE009948.1 56906 57709 44 -1 Sialic acid utilization regulator, RpiR family http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEW0 +GCA-000007265-protein13 GCA_000007265 AE009948.1 13370 13912 13 1 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2H3 +GCA-000007265-protein95 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