# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1688111780 0
# Node ID 84743da21318c188a78befdbbdb0aae4109131dc
# Parent  1d75bd0595e2027b574729c6639de132f0de5e80
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/dada2 commit ea6c9c638e742c097b0ef294161eeea447c09e06

diff -r 1d75bd0595e2 -r 84743da21318 README.md
--- a/README.md	Fri Jul 02 20:10:11 2021 +0000
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,63 +0,0 @@
-Wrappers for the core functionality of the dada2 package https://benjjneb.github.io/dada2/index.html. 
-
-- assignTaxonomyAddspecies
-- filterAndTrim
-- learnErrors
-- dada
-- mergePairs
-- makeSequenceTable
-- plotComplexity
-- plotQualityProfile
-- removeBimeraDenovo
-- seqCounts
-
-Installation
-============
-
-A conda release >=4.6 is needed so that the bioconductor-dada2 conda environment can be installed correctly.
-
-The dada2 wrappers can be installed via the toolshed. Since they use datatypes that have been introduced with Galaxy release 19.09 they won't work out of the box for older Galaxy releases. 
-In order to run the tools you may either upgrade Galaxy or execute the following two steps: 
-
-1. `find GALAXY_ROOT/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/ -name "dada2_*xml" -exec sed -i -e 's/profile="19.09"/profile="YOUR_RELEASE"/' {} ;` (replace GALAXY_ROOT and YOUR_RELEASE appropriately)
-2. insert the following lines in `config/datatypes.xml` (just before the line `</registration>`):
-```
-    <datatype extension="dada2_dada" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_errorrates" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_mergepairs" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_sequencetable" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
-    <datatype extension="dada2_uniques" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
-```
-
-Datatypes
-=========
-
-The dada2 Galaxy wrappers use a few extra data types to ensure that only inputs of the correct type can be used, these datatypes are available from Galaxy release 19.05, for earlier releases they need to be added manually. 
-
-For the outputs of dada, learnErrors, and mergePairs the following datatypes are used that derive from  Rdata (which contains the named list that is returned from the corresponding dada function):
-
-- dada2_dada (Rdata: named list, see docs for dada-class)
-- dada2_errorrates (Rdata: named list, see docs for learnErrors)
-- dada2_mergepairs (Rdata: named list, see docs for mergePairs)
-
-For the outputs of makeSequenceTable and removeBimeraDenovo the following data types are used which derive from tabular:
-
-- dada2_uniques
--- in R a named integer vector (names are the unique sequences)
--- in Galaxy written as a table (each row corresponding to a unique sequence, column 1: the sequence, column 2: the count)
-- dada2_sequencetable
--- in R a named integer matrix (rows = samples, columns = unique sequences)
--- in Galaxy written as a table (rows = unique sequences, columns = samples)
-
-Note the difference between the R and Galaxy representations! The main motivation is that the dada2_sequencetable is analogous to OTU tables as produced for instance by qiime (and it seemed natural to extend this to the uniques which are essentially a sequencetables of single samples).
-
-Test data
-=========
-
-Test data for `dada2_seqCounts` is generated using planemo's `--update_test_data` argument and manual
-inspection of the test files. In addition a run of the pipeline (using collections) is executed
-manually using `planemo serve` making sure that the entries of the tables are generated in a useful way.
-
-In order to have the Collection unzip tool available use `planemo s --galaxy_root GALAXY_ROOT  --extra_tools GALAXY_ROOT/lib/galaxy/tools/`
-
-All test other test data is generated using the shell script (`gentest.sh`) in test-data 
diff -r 1d75bd0595e2 -r 84743da21318 README.rst
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst	Fri Jun 30 07:56:20 2023 +0000
@@ -0,0 +1,68 @@
+Wrappers for the core functionality of the dada2 package https://benjjneb.github.io/dada2/index.html. 
+
+- assignTaxonomyAddspecies
+- filterAndTrim
+- learnErrors
+- dada
+- mergePairs
+- makeSequenceTable
+- plotComplexity
+- plotQualityProfile
+- removeBimeraDenovo
+- seqCounts
+
+Installation
+============
+
+A conda release >=4.6 is needed so that the bioconductor-dada2 conda environment can be installed correctly.
+
+The dada2 wrappers can be installed via the toolshed. Since they use datatypes that have been introduced with Galaxy release 19.09 they won't work out of the box for older Galaxy releases. 
+In order to run the tools you may either upgrade Galaxy or execute the following two steps: 
+
+
+1. ``find GALAXY_ROOT/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/ -name "dada2_*xml" -exec sed -i -e 's/profile="19.09"/profile="YOUR_RELEASE"/' {} ;`` (replace GALAXY_ROOT and YOUR_RELEASE appropriately)
+
+2. insert the following lines in ``config/datatypes.xml`` (just before the line ``</registration>``):
+    .. code-block::
+
+        <datatype extension="dada2_dada" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_errorrates" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_mergepairs" type="galaxy.datatypes.binary:RData" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_sequencetable" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
+        <datatype extension="dada2_uniques" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" mimetype="application/text" subclass="true" display_in_upload="true" />
+
+
+Datatypes
+=========
+
+The dada2 Galaxy wrappers use a few extra data types to ensure that only inputs of the correct type can be used, these datatypes are available from Galaxy release 19.05, for earlier releases they need to be added manually. 
+
+For the outputs of dada, learnErrors, and mergePairs the following datatypes are used that derive from  Rdata (which contains the named list that is returned from the corresponding dada function):
+
+- dada2_dada (Rdata: named list, see docs for dada-class)
+- dada2_errorrates (Rdata: named list, see docs for learnErrors)
+- dada2_mergepairs (Rdata: named list, see docs for mergePairs)
+
+
+For the outputs of makeSequenceTable and removeBimeraDenovo the following data types are used which derive from tabular:
+
+- dada2_uniques
+    - in R a named integer vector (names are the unique sequences)
+    - in Galaxy written as a table (each row corresponding to a unique sequence, column 1: the sequence, column 2: the count)
+- dada2_sequencetable
+    - in R a named integer matrix (rows = samples, columns = unique sequences)
+    - in Galaxy written as a table (rows = unique sequences, columns = samples)
+
+
+Note the difference between the R and Galaxy representations! The main motivation is that the dada2_sequencetable is analogous to OTU tables as produced for instance by qiime (and it seemed natural to extend this to the uniques which are essentially a sequencetables of single samples).
+
+Test data
+=========
+
+Test data for ``dada2_seqCounts`` is generated using planemo's ``--update_test_data`` argument and manual
+inspection of the test files. In addition a run of the pipeline (using collections) is executed
+manually using ``planemo serve`` making sure that the entries of the tables are generated in a useful way.
+
+In order to have the Collection unzip tool available use ``planemo s --galaxy_root GALAXY_ROOT  --extra_tools GALAXY_ROOT/lib/galaxy/tools/``
+
+All test other test data is generated using the shell script (``gentest.sh``) in test-data
diff -r 1d75bd0595e2 -r 84743da21318 dada2_mergePairs.xml
--- a/dada2_mergePairs.xml	Fri Jul 02 20:10:11 2021 +0000
+++ b/dada2_mergePairs.xml	Fri Jun 30 07:56:20 2023 +0000
@@ -3,6 +3,7 @@
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
     </macros>
+    <expand macro="bio_tools"/>
     <expand macro="requirements"/>
     <expand macro="stdio"/>
     <expand macro="version_command"/>
diff -r 1d75bd0595e2 -r 84743da21318 macros.xml
--- a/macros.xml	Fri Jul 02 20:10:11 2021 +0000
+++ b/macros.xml	Fri Jun 30 07:56:20 2023 +0000
@@ -6,9 +6,14 @@
             <yield/>
         </requirements>
     </xml>
-
+    <xml name="bio_tools">
+        <xrefs>
+            <xref type="bio.tools">dada2</xref>
+            <xref type="bioconductor">dada2</xref>
+        </xrefs>
+    </xml>
     <token name="@DADA2_VERSION@">1.20</token>
-    <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token>
+    <token name="@WRAPPER_VERSION@">1</token>
 
     <xml name="version_command">
         <version_command><![CDATA[
diff -r 1d75bd0595e2 -r 84743da21318 test-data/F3D0_S188_L001_R1_001.fastq
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/F3D0_S188_L001_R1_001.fastq	Fri Jun 30 07:56:20 2023 +0000
@@ -0,0 +1,3000 @@
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18327:1699 1:N:0:188
+NACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGCCAAGTCAGCGGTAAAATTGCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGCCGGGCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:14069:1827 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGCCAAGTCAGCGGTAAAATTGCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGCCGGGCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18044:1900 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTGTCCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTTTAATAAGTCAGTGGTGAAAACTGAGGGCTCAACCCTCAGCCTGCCACTGATACTGTTAGACTTGAGTATGGAAGAGGAGAATGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGATTCTCTGGGCCAAGACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:13234:1983 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGCAGGCGGAAGATCAAGTCAGCGGTAAAATTGAGAGGCTCAACCTCTTCGAGCCGTTGAAACTGGTTTTCTTGAGTGAGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCTCAACTGACGCTCATGCACGAAAGTGTGGGTATCGAACAG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:16780:2259 1:N:0:188
+TACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGGACGCAAGTCAGATGTGAAAACCACGGGCTCAACCTGTGGCCTGCATTTGAAACTGTGTTTCTTGAGTACTGGAGAGGCAGACGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCTGCTGGACAGCAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:19378:2540 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGCAGGCGGAAGATCAAGTCAGCGGTAAAATTGAGAGGCTCAACCTCTTCGAGCCGTTGAAACTGGTTTTCTTGAGTGAGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCTCAACTGACGCTCATGCACGAAAGTGTGGGTATCGAACAG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:17674:2779 1:N:0:188
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++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18089:2781 1:N:0:188
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:14203:2907 1:N:0:188
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++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:19561:3147 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTTCTAAGTCAGCGGTAAAAATTCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGGCGGGCTTGAGTGGGCGAGAAGAAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
+BABCCCCCCFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHHGGGHHHHHGHGGGGGGGHGG/EF333BGGHHHHHGGGGGHH3F3FFHGGGGHHHHHGGGG/D/FGHGGGGHHHHHH=/>D-<C.;GHHHGHGCGAGGG0C/CEGGGFFFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF.B0BFDAAFFFFFFFFFFFFFFF?FEFFFFFFBD0FBCFFFFFE.9FFEF
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:13557:3203 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGCCAAGTCAGCGGTAAAATTGCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGCCGGGCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
+BCCCCCCCCFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHHGGGHHHHGGGGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHHGGGFGGGHHHGGGGHHHHHHHHGGGGGGGGGHHGHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFEFFFDFFFBBFFFFFFFFFFBFFF
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18278:3345 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGATGCAAGTCTGAAGTGAAAGGCGGGGGCTCAACCCCCGGACTGCTTTGGAAACTGTATGACTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:16061:3516 1:N:0:188
+TACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCAGTGCAAGTCTGAAGTGAAAGGCGGGGGCCCAACCCCCGGACTGCTTTGGAAACTGTGCTGCTGGAGTGCAGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
+BBBCCFFCCCCCGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHHFFEHHHHHGHGGGGGGGHGGGGGFHGHHHHHHHHHHHGGHHHHGGGGGGFFFGHGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGGFGGGGGGGGGGGGBFGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFAFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFE?FFFFFFFFFFFFFFFFFFFF--FDDBD.AAFA.;.AFF..
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:21880:3715 1:N:0:188
+TACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGAGCGCGCAGGTGGTTAATTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGTTGACTTGAGTGCAGAAGAGGGAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTCCTGGTCTGCAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
+BCCCCFFCCCCCGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHGGGGGGHFFHHFGGGGGGFGGEGHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHGGGGGGHHHHGEHGFHGGGHGHHHFHHHGHHHFGGHHHHHHGHHHHHHHHHHGGGFGHHGGHHHHHHGHHFGDDGGG:DGHHHHHGFDCEGFFFFGFGGGGGGFGGGGGFEGFGA;DFFFFCFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFFFFCFFFFFFFFFFFFE;?EF9..
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:10011:3881 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGGATGCCAAGTCAGCGGTAAAAATGCGGTGCTCAACGCCGTCGAGCCGTTGAAACTGGCGTTCTTGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGTATCGAACAG
++
+CCBBCCCCCFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHCHEGGHHHHHGHGGGGGGGHGGGCGGHHGHHHHHHHGGGFGHHHHHGGG/BDHHHHHCCGGGGGGGGGGFCFHHHGFFHHGDGGFHHHFDGEEGGGGGGGCFGFGGGGGGGGGGGFGGGGGGFFADFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFDAFAFFFFFFFFFFDFFFFFFFEFF;ADDFFFFFAAFFFDEFFFF
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:19902:4050 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGGATGCCAAGTCAGCGGTAAAAATGCGGTGCTCAACGCCGTCGAGCCGTTGAAACTGGCGTTCTTGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGTATCGAACAG
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+BCBBCCCCCFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHGHGGGHHHHHGHGGGGGGGHGGGGGFHHHHHHHHGGGGGGGHHHHHHGGGGFHHHHHGGGGCGFGGGGGGGGHHGHHHGHGGGFGHGHHHHGHGGGGCGGFFFGGGGGGGGGGADGGGGGGGFFDFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFBFFFFFFEFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFEDFFFBDFFFFFFE-F
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:9376:4054 1:N:0:188
+TACGGAGGATTCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTCGATAAGTTAGAGGTGAAATCCCGGGGCTCAACTCCGGCACTGCCTCTGATACTGTCGGGCTAGAGTTTAGTTGCGGTAGGCGGAATGTATGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGAGATCATACAGAACACCGATTGCGAAGGCAGCTTACCAAACTACGACTGACGTTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
+?AABBBBBBFFFFGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGGGFHFHGGHGGGFGGGHGG>EEFHGEFHDDFHFEH@FGFHHFHFGGGGGGGGHHHFHGGGGGHFHHFGFFFHFHHHHHGGGGGHHGHGGFFHHHHHGGDDGGGGGAFGH0CGHHFHHHHHGGGGGGGGGGFGFEFFFGGFFFGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF/BFDA.DDFFFFFEEFF..AADFFFEA..=BA.9D.FFF.
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:20574:4322 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGCAGGCGGACTCTCAAGTCAGCGGTCAAATCGCGGGGCTCAACCCCGTTCCGCCGTTGAAACTGGGAGCCTTGAGTGCGCGAGAAGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTACCGGCGCGCAACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGAATCGAACAG
++
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--- a/test-data/gentest.R	Fri Jul 02 20:10:11 2021 +0000
+++ b/test-data/gentest.R	Fri Jun 30 07:56:20 2023 +0000
@@ -1,5 +1,5 @@
-library(dada2, quietly = T)
-library(ggplot2, quietly = T)
+library(dada2, quietly = TRUE)
+library(ggplot2, quietly = TRUE)
 
 sample_names <- c("F3D0_S188_L001", "F3D141_S207_L001")
 fwd <- c("F3D0_S188_L001_R1_001.fastq.gz", "F3D141_S207_L001_R1_001.fastq.gz")
@@ -12,8 +12,8 @@
 
 for (i in seq_len(fwd)) {
     ftout <- dada2::filterAndTrim(fwd[i], filt_fwd[i], rev[i], filt_rev[i])
-    b <- paste(strsplit(fwd[i], ".", fixed = T)[[1]][1], "tab", sep = ".")
-    write.table(ftout, b, quote = F, sep = "\t", col.names = NA)
+    b <- paste(strsplit(fwd[i], ".", fixed = TRUE)[[1]][1], "tab", sep = ".")
+    write.table(ftout, b, quote = FALSE, sep = "\t", col.names = NA)
 }
 
 # In the test only the 1st data set is used
@@ -21,7 +21,7 @@
 t <- rbind(t, ftout[1, ])
 colnames(t) <- colnames(ftout)
 rownames(t) <- rownames(ftout)[1]
-write.table(t, "filterAndTrim.tab", quote = F, sep = "\t", col.names = NA)
+write.table(t, "filterAndTrim.tab", quote = FALSE, sep = "\t", col.names = NA)
 
 names(fwd) <- sample_names
 names(rev) <- sample_names
@@ -79,7 +79,7 @@
 # make sequence table
 print("makeSequenceTable")
 seqtab <- makeSequenceTable(merged)
-write.table(t(seqtab), file = "makeSequenceTable.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(t(seqtab), file = "makeSequenceTable.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
 reads_per_seqlen <- tapply(colSums(seqtab), factor(nchar(getSequences(seqtab))), sum)
 df <- data.frame(length = as.numeric(names(reads_per_seqlen)), count = reads_per_seqlen)
@@ -92,7 +92,7 @@
 # remove bimera
 print("removeBimera")
 seqtab_nochim <- dada2::removeBimeraDenovo(seqtab)
-write.table(t(seqtab), file = "removeBimeraDenovo.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(t(seqtab), file = "removeBimeraDenovo.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
 # assign taxonomy/species
 tl <- "Level1,Level2,Level3,Level4,Level5"
@@ -100,17 +100,17 @@
 
 set.seed(42)
 print("assignTaxonomyAndSpecies")
-taxa <- dada2::assignTaxonomy(seqtab_nochim, "reference.fa.gz", outputBootstraps = T, taxLevels = tl, multithread = 1)
+taxa <- dada2::assignTaxonomy(seqtab_nochim, "reference.fa.gz", outputBootstraps = TRUE, taxLevels = tl, multithread = 1)
 
 taxa$tax <- dada2::addSpecies(taxa$tax, "reference_species.fa.gz")
-write.table(taxa$tax, file = "assignTaxonomyAddspecies.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(taxa$tax, file = "assignTaxonomyAddspecies.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
-write.table(taxa$boot, file = "assignTaxonomyAddspecies_boot.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = NA)
+write.table(taxa$boot, file = "assignTaxonomyAddspecies_boot.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = NA)
 
 
 ## Generate extra test data for parameter testing
 print("alternatives")
-dada2::filterAndTrim(fwd, c("filterAndTrim_single_F3D0_R1.fq.gz", "filterAndTrim_single_F3D141_R1.fq.gz"), rm.phix = T, orient.fwd = "TACGG")
+dada2::filterAndTrim(fwd, c("filterAndTrim_single_F3D0_R1.fq.gz", "filterAndTrim_single_F3D141_R1.fq.gz"), rm.phix = TRUE, orient.fwd = "TACGG")
 
 dada2::filterAndTrim(fwd, c("filterAndTrim_single_trimmers_F3D0_R1.fq.gz", "filterAndTrim_single_trimmers_F3D141_R1.fq.gz"), truncQ = 30, truncLen = 2, trimLeft = 150, trimRight = 2)
 
@@ -122,7 +122,7 @@
     saveRDS(merged_nondef[[id]], file = paste("mergePairs_", id, "_nondefault.Rdata", sep = ""))
 }
 rb_dada_fwd <- dada2::removeBimeraDenovo(dada_fwd[["F3D0_S188_L001"]])
-write.table(rb_dada_fwd, file = "removeBimeraDenovo_F3D0_dada_uniques.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = T, col.names = F)
+write.table(rb_dada_fwd, file = "removeBimeraDenovo_F3D0_dada_uniques.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = TRUE, col.names = FALSE)
 
 rb_merged <- dada2::removeBimeraDenovo(merged, method = "pooled")
 saveRDS(rb_merged, file = "removeBimeraDenovo_F3D0_mergepairs.Rdata")
@@ -134,22 +134,22 @@
 
 print("seqCounts ft")
 samples <- list()
-samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)
+samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
 dname <- "filter"
 tdf <- samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]]
 names(tdf) <- paste(dname, names(tdf))
 tdf <- cbind(data.frame(samples = names(samples)), tdf)
-write.table(tdf, "seqCounts_filter.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_filter.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 samples <- list()
-samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)
-samples[["F3D141_S207_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D141_S207_L001_R1_001.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)
+samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D0_S188_L001_R1_001.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
+samples[["F3D141_S207_L001_R1_001.tab"]] <- read.table("F3D141_S207_L001_R1_001.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)
 dname <- "filter"
 tdf <- samples[["F3D0_S188_L001_R1_001.tab"]]
 tdf <- rbind(tdf, samples[["F3D141_S207_L001_R1_001.tab"]])
 names(tdf) <- paste(dname, names(tdf))
 tdf <- cbind(data.frame(samples = names(samples)), tdf)
-write.table(tdf, "seqCounts_filter_both.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_filter_both.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts dada")
 samples <- list()
@@ -158,7 +158,7 @@
 dname <- "dadaF"
 tdf <- data.frame(samples = names(samples))
 tdf[[dname]] <- sapply(samples, get_n)
-write.table(tdf, "seqCounts_dadaF.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_dadaF.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts mp")
 samples <- list()
@@ -167,20 +167,20 @@
 dname <- "merge"
 tdf <- data.frame(samples = names(samples))
 tdf[[dname]] <- sapply(samples, get_n)
-write.table(tdf, "seqCounts_merge.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_merge.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts st")
 samples <- list()
-samples <- t(as.matrix(read.table("makeSequenceTable.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)))
+samples <- t(as.matrix(read.table("makeSequenceTable.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)))
 dname <- "seqtab"
 tdf <- data.frame(samples = row.names(samples))
 tdf[[dname]] <- rowSums(samples)
-write.table(tdf, "seqCounts_seqtab.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_seqtab.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
 
 print("seqCounts rb")
 samples <- list()
-samples <- t(as.matrix(read.table("removeBimeraDenovo.tab", header = T, sep = "\t", row.names = 1)))
+samples <- t(as.matrix(read.table("removeBimeraDenovo.tab", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)))
 dname <- "nochim"
 tdf <- data.frame(samples = row.names(samples))
 tdf[[dname]] <- rowSums(samples)
-write.table(tdf, "seqCounts_nochim.tab", quote = F, sep = "\t", row.names = F, col.names = T)
+write.table(tdf, "seqCounts_nochim.tab", quote = FALSE, sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)