Mercurial > repos > iuc > data_manager_gtdbtk_database_installer
comparison test-data/release220/readme.md @ 6:df84aaed4769 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/data_managers/data_manager_gtdbtk_database_installer commit a7a73e892ade5f3cb5207c411b8ac27b684316ff
author | iuc |
---|---|
date | Mon, 09 Sep 2024 09:01:39 +0000 |
parents | |
children |
comparison
equal
deleted
inserted
replaced
5:e7b39a7e0024 | 6:df84aaed4769 |
---|---|
1 # Explanation | |
2 | |
3 This tar.gz is just a dummy file that mimics the structure of the GTDB-tk releases as shown below and can be used as test case for | |
4 the data manager ! | |
5 | |
6 Thanks https://github.com/SantaMcCloud for downloading and providing the structure of all the latest releases ! | |
7 | |
8 Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release202/202.0/auxillary_files/gtdbtk_r202_data.tar.gz | |
9 :: | |
10 | |
11 release202/ | |
12 ├─msa/ | |
13 │ ├─gtdb_r202_bac120.faa | |
14 │ └─gtdb_r202_ar122.faa | |
15 ├─masks/ | |
16 │ ├─gtdb_r202_ar122.mask | |
17 │ └─gtdb_r202_bac120.mask | |
18 ├─metadata/ | |
19 │ └─metadata.txt | |
20 ├─pplacer/ | |
21 │ ├─gtdb_r202_bac120.refpkg/ | |
22 │ │ ├─bac120_r202_unroot.pplacer.tree | |
23 │ │ ├─bac120_msa_reps_r202.faa | |
24 │ │ ├─CONTENTS.json | |
25 │ │ ├─fitting_stats.log | |
26 │ │ └─phylo_model0ghuj7aq.json | |
27 │ └─gtdb_r202_ar122.refpkg/ | |
28 │ ├─CONTENTS.json | |
29 │ ├─fitting_stats.log | |
30 │ ├─ar122_msa_reps_r202.faa | |
31 │ ├─phylo_modelbf90ubog.json | |
32 │ └─ar122_r202_unroot.pplacer.tree | |
33 ├─radii/ | |
34 │ └─gtdb_radii.tsv | |
35 ├─fastani/ | |
36 │ ├─database/ | |
37 │ │ ├─GCF/ | |
38 │ │ └─GCA/ | |
39 │ └─genome_paths.tsv | |
40 ├─markers/ | |
41 │ ├─tigrfam/ | |
42 │ │ ├─tigrfam.hmm.h3f | |
43 │ │ ├─tigrfam.hmm | |
44 │ │ ├─individual_hmms/ | |
45 │ │ ├─tigrfam.hmm.h3m | |
46 │ │ ├─tigrfam.hmm.h3i | |
47 │ │ └─tigrfam.hmm.h3p | |
48 │ └─pfam/ | |
49 │ ├─Pfam-A.hmm.h3i | |
50 │ ├─generatePfamdat.py | |
51 │ ├─Pfam-A.hmm.h3p | |
52 │ ├─individual_hmms/ | |
53 │ ├─Pfam-A.hmm | |
54 │ ├─Pfam-A.hmm.h3m | |
55 │ ├─Pfam-A.hmm.h3f | |
56 │ └─Pfam-A.hmm.dat | |
57 ├─manifest.tsv | |
58 ├─mrca_red/ | |
59 │ ├─gtdbtk_r202_bac120.tsv | |
60 │ └─gtdbtk_r202_ar122.tsv | |
61 └─taxonomy/ | |
62 └─gtdb_taxonomy.tsv | |
63 | |
64 Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release207/207.0/auxillary_files/gtdbtk_r207_data.tar.gz | |
65 :: | |
66 | |
67 release207/ | |
68 ├─pplacer/ | |
69 │ ├─gtdb_r207_ar53.refpkg/ | |
70 │ │ ├─fitting_stats_merge.log | |
71 │ │ ├─ar53_msa_reps_r207.faa | |
72 │ │ ├─phylo_model1xblv9t2.json | |
73 │ │ ├─gtdb_r207_ar53_decorated_fullids_unrooted.tree | |
74 │ │ └─CONTENTS.json | |
75 │ └─gtdb_r207_bac120.refpkg/ | |
76 │ ├─bac120_msa_reps_r207.faa | |
77 │ ├─phylo_modeloxtr1_fu.json | |
78 │ ├─gtdb_r207_bac120_fasttree.log | |
79 │ ├─gtdb_r207_bac120_decorated_unrooted.tree | |
80 │ └─CONTENTS.json | |
81 ├─temp/ | |
82 ├─metadata/ | |
83 │ └─metadata.txt | |
84 ├─masks/ | |
85 │ ├─gtdb_r207_bac120.mask | |
86 │ └─gtdb_r207_ar53.mask | |
87 ├─msa/ | |
88 │ ├─gtdb_r207_bac120.faa | |
89 │ └─gtdb_r207_ar53.faa | |
90 ├─mrca_red/ | |
91 │ ├─gtdbtk_r207_bac120.tsv | |
92 │ └─gtdbtk_r207_ar53.tsv | |
93 ├─split/ | |
94 │ ├─high/ | |
95 │ │ ├─red/ | |
96 │ │ └─pplacer/ | |
97 │ └─low/ | |
98 │ ├─tree_mapping.tsv | |
99 │ ├─red/ | |
100 │ └─pplacer/ | |
101 ├─markers/ | |
102 │ ├─pfam/ | |
103 │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3i | |
104 │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3p | |
105 │ │ ├─generatePfamdat.py | |
106 │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3m | |
107 │ │ ├─individual_hmms/ | |
108 │ │ ├─Pfam-A.hmm | |
109 │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat | |
110 │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat.origin | |
111 │ │ └─Pfam-A.hmm.h3f | |
112 │ └─tigrfam/ | |
113 │ ├─tigrfam.hmm.h3p | |
114 │ ├─tigrfam.hmm.h3i | |
115 │ ├─tigrfam.hmm.h3m | |
116 │ ├─individual_hmms/ | |
117 │ ├─tigrfam.hmm | |
118 │ └─tigrfam.hmm.h3f | |
119 ├─fastani/ | |
120 │ ├─database/ | |
121 │ │ ├─GCA/ | |
122 │ │ ├─GCF/ | |
123 │ │ └─gtdb.log | |
124 │ ├─empty_dir/ | |
125 │ ├─create_genome_paths.sh | |
126 │ └─genome_paths.tsv | |
127 ├─taxonomy/ | |
128 │ ├─bac120_taxonomy_r207_reps.tsv | |
129 │ ├─gtdb_taxonomy.tsv | |
130 │ └─ar53_taxonomy_r207_reps.tsv | |
131 └─radii/ | |
132 └─gtdb_radii.tsv | |
133 | |
134 Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release214/214.1/auxillary_files/gtdbtk_r214_data.tar.gz | |
135 :: | |
136 | |
137 release214/ | |
138 ├─pplacer/ | |
139 │ ├─gtdb_r214_bac120.refpkg/ | |
140 │ │ ├─gtdb_r214_bac120_fasttree.log | |
141 │ │ ├─phylo_model15qtkqsz.json | |
142 │ │ ├─gtdb_r214_bac120_decorated_unrooted.tree | |
143 │ │ ├─bac120_msa_r214.faa | |
144 │ │ └─CONTENTS.json | |
145 │ └─gtdb_r214_ar53.refpkg/ | |
146 │ ├─ar53_msa_r214.faa | |
147 │ ├─gtdb_r214_ar53_decorated_unrooted.tree | |
148 │ ├─fitting_stats.log | |
149 │ ├─phylo_model9npj926p.json | |
150 │ └─CONTENTS.json | |
151 ├─temp/ | |
152 ├─taxonomy/ | |
153 │ ├─gtdb_taxonomy.tsv | |
154 │ ├─ar53_taxonomy_r214_reps.tsv | |
155 │ └─bac120_taxonomy_r214_reps.tsv | |
156 ├─mrca_red/ | |
157 │ ├─gtdbtk_r214_ar53.tsv | |
158 │ └─gtdbtk_r214_bac120.tsv | |
159 ├─split/ | |
160 │ ├─backbone/ | |
161 │ │ ├─red/ | |
162 │ │ └─pplacer/ | |
163 │ └─class_level/ | |
164 │ ├─tree_mapping.tsv | |
165 │ ├─red/ | |
166 │ └─pplacer/ | |
167 ├─msa/ | |
168 │ ├─gtdb_r214_ar53.faa | |
169 │ └─gtdb_r214_bac120.faa | |
170 ├─radii/ | |
171 │ └─gtdb_radii.tsv | |
172 ├─mash/ | |
173 ├─markers/ | |
174 │ ├─pfam/ | |
175 │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3p | |
176 │ │ ├─individual_hmms/ | |
177 │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3i | |
178 │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3m | |
179 │ │ ├─generatePfamdat.py | |
180 │ │ ├─Pfam-A.hmm | |
181 │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat.origin | |
182 │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat | |
183 │ │ └─Pfam-A.hmm.h3f | |
184 │ └─tigrfam/ | |
185 │ ├─tigrfam.hmm.h3m | |
186 │ ├─tigrfam.hmm | |
187 │ ├─individual_hmms/ | |
188 │ ├─tigrfam.hmm.h3p | |
189 │ ├─tigrfam.hmm.h3i | |
190 │ └─tigrfam.hmm.h3f | |
191 ├─metadata/ | |
192 │ └─metadata.txt | |
193 ├─fastani/ | |
194 │ ├─database/ | |
195 │ │ ├─GCF/ | |
196 │ │ └─GCA/ | |
197 │ └─genome_paths.tsv | |
198 └─masks/ | |
199 ├─gtdb_r214_bac120.mask | |
200 └─gtdb_r214_ar53.mask | |
201 | |
202 Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release220/220.0/auxillary_files/gtdbtk_package/full_package/gtdbtk_r220_data.tar.gz | |
203 :: | |
204 | |
205 release220/ | |
206 ├─radii/ | |
207 │ └─gtdb_radii.tsv | |
208 ├─split/ | |
209 │ ├─class_level/ | |
210 │ │ ├─tree_mapping.tsv | |
211 │ │ ├─red/ | |
212 │ │ └─pplacer/ | |
213 │ └─backbone/ | |
214 │ ├─pplacer/ | |
215 │ └─red/ | |
216 ├─taxonomy/ | |
217 │ ├─ar53_taxonomy_r220_reps.tsv | |
218 │ ├─gtdb_taxonomy.tsv | |
219 │ └─bac120_taxonomy_r220_reps.tsv | |
220 ├─markers/ | |
221 │ ├─tigrfam/ | |
222 │ │ ├─tigrfam.hmm.h3i | |
223 │ │ ├─tigrfam.hmm.h3p | |
224 │ │ ├─tigrfam.hmm | |
225 │ │ ├─individual_hmms/ | |
226 │ │ ├─tigrfam.hmm.h3m | |
227 │ │ └─tigrfam.hmm.h3f | |
228 │ └─pfam/ | |
229 │ ├─Pfam-A.hmm.h3m | |
230 │ ├─Pfam-A.hmm.h3i | |
231 │ ├─Pfam-A.hmm.h3p | |
232 │ ├─Pfam-A.hmm.dat.origin | |
233 │ ├─Pfam-A.hmm.dat | |
234 │ ├─individual_hmms/ | |
235 │ ├─Pfam-A.hmm.h3f | |
236 │ ├─Pfam-A.hmm | |
237 │ └─generatePfamdat.py | |
238 ├─msa/ | |
239 │ ├─gtdb_r220_bac120.faa | |
240 │ └─gtdb_r220_ar53.faa | |
241 ├─masks/ | |
242 │ ├─gtdb_r220_ar53.mask | |
243 │ └─gtdb_r220_bac120.mask | |
244 ├─mrca_red/ | |
245 │ ├─gtdbtk_r220_ar53.tsv | |
246 │ └─gtdbtk_r220_bac120.tsv | |
247 ├─skani/ | |
248 │ ├─database/ | |
249 │ │ ├─GCF/ | |
250 │ │ └─GCA/ | |
251 │ ├─create_genome_paths.sh | |
252 │ └─genome_paths.tsv | |
253 ├─pplacer/ | |
254 │ ├─gtdb_r220_bac120.refpkg/ | |
255 │ │ ├─CONTENTS.json | |
256 │ │ ├─bac120_msa_r220.faa | |
257 │ │ ├─gtdb_r220_bac120_decorated_unrooted.tree | |
258 │ │ ├─gtdb_r220_bac120_fasttree.log | |
259 │ │ └─phylo_modelw962mykd.json | |
260 │ └─gtdb_r220_ar53.refpkg/ | |
261 │ ├─gtdb_r220_ar53_decorated_unrooted.tree | |
262 │ ├─CONTENTS.json | |
263 │ ├─phylo_model0lt93bak.json | |
264 │ ├─fitting_stats.log | |
265 │ └─ar53_msa_r220.faa | |
266 └─metadata/ | |
267 └─metadata.txt |