Mercurial > repos > iuc > data_manager_gtdbtk_database_installer
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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/data_managers/data_manager_gtdbtk_database_installer commit 671e8c706fa211b6ec1c476d3d1a36d098822fe5
| author | iuc |
|---|---|
| date | Thu, 03 Oct 2024 12:42:22 +0000 |
| parents | df84aaed4769 |
| children |
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# Explanation This tar.gz is just a dummy file that mimics the structure of the GTDB-tk releases as shown below and can be used as test case for the data manager ! Thanks https://github.com/SantaMcCloud for downloading and providing the structure of all the latest releases ! Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release202/202.0/auxillary_files/gtdbtk_r202_data.tar.gz :: release202/ ├─msa/ │ ├─gtdb_r202_bac120.faa │ └─gtdb_r202_ar122.faa ├─masks/ │ ├─gtdb_r202_ar122.mask │ └─gtdb_r202_bac120.mask ├─metadata/ │ └─metadata.txt ├─pplacer/ │ ├─gtdb_r202_bac120.refpkg/ │ │ ├─bac120_r202_unroot.pplacer.tree │ │ ├─bac120_msa_reps_r202.faa │ │ ├─CONTENTS.json │ │ ├─fitting_stats.log │ │ └─phylo_model0ghuj7aq.json │ └─gtdb_r202_ar122.refpkg/ │ ├─CONTENTS.json │ ├─fitting_stats.log │ ├─ar122_msa_reps_r202.faa │ ├─phylo_modelbf90ubog.json │ └─ar122_r202_unroot.pplacer.tree ├─radii/ │ └─gtdb_radii.tsv ├─fastani/ │ ├─database/ │ │ ├─GCF/ │ │ └─GCA/ │ └─genome_paths.tsv ├─markers/ │ ├─tigrfam/ │ │ ├─tigrfam.hmm.h3f │ │ ├─tigrfam.hmm │ │ ├─individual_hmms/ │ │ ├─tigrfam.hmm.h3m │ │ ├─tigrfam.hmm.h3i │ │ └─tigrfam.hmm.h3p │ └─pfam/ │ ├─Pfam-A.hmm.h3i │ ├─generatePfamdat.py │ ├─Pfam-A.hmm.h3p │ ├─individual_hmms/ │ ├─Pfam-A.hmm │ ├─Pfam-A.hmm.h3m │ ├─Pfam-A.hmm.h3f │ └─Pfam-A.hmm.dat ├─manifest.tsv ├─mrca_red/ │ ├─gtdbtk_r202_bac120.tsv │ └─gtdbtk_r202_ar122.tsv └─taxonomy/ └─gtdb_taxonomy.tsv Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release207/207.0/auxillary_files/gtdbtk_r207_data.tar.gz :: release207/ ├─pplacer/ │ ├─gtdb_r207_ar53.refpkg/ │ │ ├─fitting_stats_merge.log │ │ ├─ar53_msa_reps_r207.faa │ │ ├─phylo_model1xblv9t2.json │ │ ├─gtdb_r207_ar53_decorated_fullids_unrooted.tree │ │ └─CONTENTS.json │ └─gtdb_r207_bac120.refpkg/ │ ├─bac120_msa_reps_r207.faa │ ├─phylo_modeloxtr1_fu.json │ ├─gtdb_r207_bac120_fasttree.log │ ├─gtdb_r207_bac120_decorated_unrooted.tree │ └─CONTENTS.json ├─temp/ ├─metadata/ │ └─metadata.txt ├─masks/ │ ├─gtdb_r207_bac120.mask │ └─gtdb_r207_ar53.mask ├─msa/ │ ├─gtdb_r207_bac120.faa │ └─gtdb_r207_ar53.faa ├─mrca_red/ │ ├─gtdbtk_r207_bac120.tsv │ └─gtdbtk_r207_ar53.tsv ├─split/ │ ├─high/ │ │ ├─red/ │ │ └─pplacer/ │ └─low/ │ ├─tree_mapping.tsv │ ├─red/ │ └─pplacer/ ├─markers/ │ ├─pfam/ │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3i │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3p │ │ ├─generatePfamdat.py │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3m │ │ ├─individual_hmms/ │ │ ├─Pfam-A.hmm │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat.origin │ │ └─Pfam-A.hmm.h3f │ └─tigrfam/ │ ├─tigrfam.hmm.h3p │ ├─tigrfam.hmm.h3i │ ├─tigrfam.hmm.h3m │ ├─individual_hmms/ │ ├─tigrfam.hmm │ └─tigrfam.hmm.h3f ├─fastani/ │ ├─database/ │ │ ├─GCA/ │ │ ├─GCF/ │ │ └─gtdb.log │ ├─empty_dir/ │ ├─create_genome_paths.sh │ └─genome_paths.tsv ├─taxonomy/ │ ├─bac120_taxonomy_r207_reps.tsv │ ├─gtdb_taxonomy.tsv │ └─ar53_taxonomy_r207_reps.tsv └─radii/ └─gtdb_radii.tsv Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release214/214.1/auxillary_files/gtdbtk_r214_data.tar.gz :: release214/ ├─pplacer/ │ ├─gtdb_r214_bac120.refpkg/ │ │ ├─gtdb_r214_bac120_fasttree.log │ │ ├─phylo_model15qtkqsz.json │ │ ├─gtdb_r214_bac120_decorated_unrooted.tree │ │ ├─bac120_msa_r214.faa │ │ └─CONTENTS.json │ └─gtdb_r214_ar53.refpkg/ │ ├─ar53_msa_r214.faa │ ├─gtdb_r214_ar53_decorated_unrooted.tree │ ├─fitting_stats.log │ ├─phylo_model9npj926p.json │ └─CONTENTS.json ├─temp/ ├─taxonomy/ │ ├─gtdb_taxonomy.tsv │ ├─ar53_taxonomy_r214_reps.tsv │ └─bac120_taxonomy_r214_reps.tsv ├─mrca_red/ │ ├─gtdbtk_r214_ar53.tsv │ └─gtdbtk_r214_bac120.tsv ├─split/ │ ├─backbone/ │ │ ├─red/ │ │ └─pplacer/ │ └─class_level/ │ ├─tree_mapping.tsv │ ├─red/ │ └─pplacer/ ├─msa/ │ ├─gtdb_r214_ar53.faa │ └─gtdb_r214_bac120.faa ├─radii/ │ └─gtdb_radii.tsv ├─mash/ ├─markers/ │ ├─pfam/ │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3p │ │ ├─individual_hmms/ │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3i │ │ ├─Pfam-A.hmm.h3m │ │ ├─generatePfamdat.py │ │ ├─Pfam-A.hmm │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat.origin │ │ ├─Pfam-A.hmm.dat │ │ └─Pfam-A.hmm.h3f │ └─tigrfam/ │ ├─tigrfam.hmm.h3m │ ├─tigrfam.hmm │ ├─individual_hmms/ │ ├─tigrfam.hmm.h3p │ ├─tigrfam.hmm.h3i │ └─tigrfam.hmm.h3f ├─metadata/ │ └─metadata.txt ├─fastani/ │ ├─database/ │ │ ├─GCF/ │ │ └─GCA/ │ └─genome_paths.tsv └─masks/ ├─gtdb_r214_bac120.mask └─gtdb_r214_ar53.mask Folder structur from: https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release220/220.0/auxillary_files/gtdbtk_package/full_package/gtdbtk_r220_data.tar.gz :: release220/ ├─radii/ │ └─gtdb_radii.tsv ├─split/ │ ├─class_level/ │ │ ├─tree_mapping.tsv │ │ ├─red/ │ │ └─pplacer/ │ └─backbone/ │ ├─pplacer/ │ └─red/ ├─taxonomy/ │ ├─ar53_taxonomy_r220_reps.tsv │ ├─gtdb_taxonomy.tsv │ └─bac120_taxonomy_r220_reps.tsv ├─markers/ │ ├─tigrfam/ │ │ ├─tigrfam.hmm.h3i │ │ ├─tigrfam.hmm.h3p │ │ ├─tigrfam.hmm │ │ ├─individual_hmms/ │ │ ├─tigrfam.hmm.h3m │ │ └─tigrfam.hmm.h3f │ └─pfam/ │ ├─Pfam-A.hmm.h3m │ ├─Pfam-A.hmm.h3i │ ├─Pfam-A.hmm.h3p │ ├─Pfam-A.hmm.dat.origin │ ├─Pfam-A.hmm.dat │ ├─individual_hmms/ │ ├─Pfam-A.hmm.h3f │ ├─Pfam-A.hmm │ └─generatePfamdat.py ├─msa/ │ ├─gtdb_r220_bac120.faa │ └─gtdb_r220_ar53.faa ├─masks/ │ ├─gtdb_r220_ar53.mask │ └─gtdb_r220_bac120.mask ├─mrca_red/ │ ├─gtdbtk_r220_ar53.tsv │ └─gtdbtk_r220_bac120.tsv ├─skani/ │ ├─database/ │ │ ├─GCF/ │ │ └─GCA/ │ ├─create_genome_paths.sh │ └─genome_paths.tsv ├─pplacer/ │ ├─gtdb_r220_bac120.refpkg/ │ │ ├─CONTENTS.json │ │ ├─bac120_msa_r220.faa │ │ ├─gtdb_r220_bac120_decorated_unrooted.tree │ │ ├─gtdb_r220_bac120_fasttree.log │ │ └─phylo_modelw962mykd.json │ └─gtdb_r220_ar53.refpkg/ │ ├─gtdb_r220_ar53_decorated_unrooted.tree │ ├─CONTENTS.json │ ├─phylo_model0lt93bak.json │ ├─fitting_stats.log │ └─ar53_msa_r220.faa └─metadata/ └─metadata.txt