# HG changeset patch # User iuc # Date 1503994447 14400 # Node ID 34d21959dc25fe9749d6f7515f4d8473d97bfaca planemo upload for repository https://github.com/ASaiM/galaxytools/tree/master/tools/enasearch/ commit 6eda25f5cccc0cf9be09c38a8b48d37aff56ed87 diff -r 000000000000 -r 34d21959dc25 README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Tue Aug 29 04:14:07 2017 -0400 @@ -0,0 +1,11 @@ +ENASearch +========= + +[ENASearch](https://github.com/bebatut/enasearch) is a Python library for interacting with [ENA](http://www.ebi.ac.uk/ena/browse/programmatic-access)'s API. + +For any change in the `macros.xml`, please change on [`generate_macros.py`](generate_macros.py) and regenerate the `macros.xml` with + +``` +$ conda install enasearch +$ python generate_macros.py +``` \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 34d21959dc25 enasearch_retrieve_taxons.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/enasearch_retrieve_taxons.xml Tue Aug 29 04:14:07 2017 -0400 @@ -0,0 +1,59 @@ + + + + macros.xml + search_macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 34d21959dc25 generate_macros.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/generate_macros.py Tue Aug 29 04:14:07 2017 -0400 @@ -0,0 +1,227 @@ +#!/usr/bin/env python + +import enasearch + +spaces = ' ' +operator_names = { + "=": "equal", + "!=": "different", + "<": "lower", + "<=": "equal or lower", + ">": "higher", + ">=": "equal or higher", +} + + +def format_name(name, alternative_name): + """ + Format name to remove None name and & in name + """ + if name is None: + name = alternative_name + name = name.replace("&", "and") + return name + + +def sort_by_name(dict): + """ + Sort a dictionary on the values + """ + return sorted(dict, key=dict.get) + + +def write_analysis_fields(): + """ + Write the analysis fields + """ + s = '%s\n' % (spaces) + fields = enasearch.get_returnable_fields(result="analysis", verbose=False) + for f in fields: + s += '%s\n' % (2 * spaces, f, f) + s += '%s\n' % (spaces) + return s + + +def write_display_options(): + """ + Write the display options + """ + s = '%s\n' % (spaces) + when_s = '%s\n' % (spaces) + options = enasearch.get_display_options(verbose=False) + for opt in options: + s += '%s\n' % (2 * spaces, opt, options[opt]['description']) + when_s += '%s\n' % (2 * spaces, opt) + if opt == 'fasta' or opt == 'fastq': + when_s += '%s\n' % (3 * spaces) + when_s += '%s\n' % (3 * spaces) + else: + when_s += '%s\n' % (3 * spaces) + when_s += '%s\n' % (3 * spaces) + when_s += '%s\n' % (2 * spaces) + s += '%s\n' % (spaces) + when_s += '%s\n' % (spaces) + s += when_s + return s + + +def write_run_fields(): + """ + Write the run fields + """ + s = '%s\n' % (spaces) + fields = enasearch.get_returnable_fields(result="read_run", verbose=False) + for f in fields: + s += '%s\n' % (2 * spaces, f, f) + s += '%s\n' % (spaces) + return s + + +def write_taxonomy_results(): + """ + Write the possible taxonomy results + """ + s = '%s\n' % (spaces) + fields = enasearch.get_taxonomy_results(verbose=False) + for f in fields: + s += '%s\n' % (2 * spaces, f, fields[f]['description']) + s += '%s\n' % (spaces) + return s + + +def write_result_parameters(fts=False): + """ + Write the parameters that are dependant of results + """ + res = enasearch.get_results(verbose=False) + options = enasearch.get_display_options(verbose=False) + ft = enasearch.get_filter_types(verbose=False) + # Format the filter type related parameters + ft_parameters = {} + for t in ft: + s = '' + if 'operators' in ft[t]: + s = '%s\n' % (7 * spaces) + for o in ft[t]['operators']: + on = o + if o in operator_names: + on = operator_names[o] + s += '%s\n' % (8 * spaces, on, on) + s += '%s\n' % (7 * spaces) + if 'value' in ft[t]: + value_format = 'float' if t == 'Number' else 'text' + s += '%s\n' % (7 * spaces, value_format, ft[t]['value']) + elif 'values' in ft[t]: + s += '%s\n' % (7 * spaces) + for v in ft[t]['values']: + s += '%s\n' % (8 * spaces, v, v) + s += '%s\n' % (7 * spaces) + else: + s += '%s\n' % (7 * spaces) + s += '%s\n' % (8 * spaces) + for op in ft[t]: + s += '%s\n' % (9 * spaces, op, ft[t][op]['description']) + s += '%s\n' % (8 * spaces) + for op in ft[t]: + s += '%s\n' % (8 * spaces, op) + s += '%s\n' % (9 * spaces, ",".join(ft[t][op]['parameters'])) + s += '%s\n' % (8 * spaces) + s += '%s\n' % (7 * spaces) + ft_parameters[t] = s + # Start adding the conditional + s = '%s\n' % (2 * spaces) + # Add result parameter + s += '%s\n' % (3 * spaces) + for r in res: + s += '%s\n' % (4 * spaces, r, res[r]['description']) + s += '%s\n' % (3 * spaces) + for r in res: + sf = enasearch.get_sortable_fields(r) + ff = res[r]['filter_fields'] + s += '%s\n' % (3 * spaces, r) + if not fts: + s += '%s\n' % (4 * spaces) + # Add combination operator + s += '%s\n' % (5 * spaces) + s += '%s\n' % (6 * spaces) + s += '%s\n' % (6 * spaces) + s += '%s\n' % (6 * spaces) + s += '%s\n' % (5 * spaces) + s += '%s\n' % (5 * spaces) + s += '%s\n' % (6 * spaces) + for f in ff: + s += '%s\n' % (7 * spaces, f, ff[f]['description']) + s += '%s\n' % (6 * spaces) + for f in ff: + # Add the correct parameter given the type of field + typ = ff[f]['type'].capitalize() + if typ not in ft_parameters: + if f == 'location': + typ = 'Geospatial' + else: + continue + s += '%s\n' % (6 * spaces, f) + s += ft_parameters[typ] + s += '%s\n' % (6 * spaces) + s += '%s\n' % (5 * spaces) + s += '%s\n' % (4 * spaces) + # Add display opt + s += '%s\n' % (4 * spaces) + s += '%s\n' % (5 * spaces) + s += '%s\n' % (6 * spaces) + s += '%s\n' % (5 * spaces) + for opt in options: + s += '%s + + 0.1.1 + + @WRAPPER_VERSION@ + + + + enasearch + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 34d21959dc25 search_macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/search_macros.xml Tue Aug 29 04:14:07 2017 -0400 @@ -0,0 +1,9549 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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