Mercurial > repos > iuc > falco

comparison test-data/fastqc_data_hisat.txt @ 0:e462044ece67 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/falco commit 8593dacde03b50726e9ca12fa15e4a104531708c
author iuc
date Tue, 04 Jun 2024 14:14:49 +0000
parents
children 959a14c1f2dd
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:e462044ece67
1 ##FastQC 0.12.1
2 >>Basic Statistics pass
3 #Measure Value
4 Filename hisat_output_1_bam
5 File type Conventional base calls
6 Encoding Sanger / Illumina 1.9
7 Total Sequences 20
8 Total Bases 1.4 kbp
9 Sequences flagged as poor quality 0
10 Sequence length 70
11 %GC 43
12 >>END_MODULE
13 >>Per base sequence quality pass
14 #Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile
15 1 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
16 2 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
17 3 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
18 4 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
19 5 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
20 6 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
21 7 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
22 8 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
23 9 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
24 10 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
25 11 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
26 12 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
27 13 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
28 14 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
29 15 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
30 16 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
31 17 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
32 18 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
33 19 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
34 20 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
35 21 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
36 22 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
37 23 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
38 24 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
39 25 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
40 26 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
41 27 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
42 28 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
43 29 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
44 30 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
45 31 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
46 32 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
47 33 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
48 34 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
49 35 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
50 36 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
51 37 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
52 38 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
53 39 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
54 40 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
55 41 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
56 42 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
57 43 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
58 44 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
59 45 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
60 46 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
61 47 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
62 48 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
63 49 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
64 50 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
65 51 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
66 52 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
67 53 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
68 54 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
69 55 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
70 56 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
71 57 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
72 58 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
73 59 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
74 60 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
75 61 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
76 62 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
77 63 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
78 64 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
79 65 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
80 66 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
81 67 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
82 68 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
83 69 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
84 70 17.0 NaN NaN NaN NaN NaN
85 >>END_MODULE
86 >>Per sequence quality scores fail
87 #Quality Count
88 17 20.0
89 >>END_MODULE
90 >>Per base sequence content fail
91 #Base G A T C
92 1 20.0 5.0 35.0 40.0
93 2 10.0 10.0 45.0 35.0
94 3 35.0 20.0 20.0 25.0
95 4 35.0 30.0 25.0 10.0
96 5 20.0 20.0 30.0 30.0
97 6 20.0 35.0 20.0 25.0
98 7 15.0 40.0 35.0 10.0
99 8 20.0 15.0 45.0 20.0
100 9 20.0 25.0 35.0 20.0
101 10 20.0 20.0 30.0 30.0
102 11 15.0 20.0 45.0 20.0
103 12 10.0 40.0 35.0 15.0
104 13 25.0 35.0 20.0 20.0
105 14 35.0 20.0 20.0 25.0
106 15 30.0 35.0 15.0 20.0
107 16 10.0 45.0 25.0 20.0
108 17 25.0 25.0 40.0 10.0
109 18 25.0 35.0 10.0 30.0
110 19 5.0 30.0 25.0 40.0
111 20 20.0 15.0 40.0 25.0
112 21 25.0 25.0 25.0 25.0
113 22 15.0 30.0 20.0 35.0
114 23 20.0 5.0 45.0 30.0
115 24 10.0 30.0 35.0 25.0
116 25 30.0 40.0 15.0 15.0
117 26 15.0 35.0 20.0 30.0
118 27 15.0 35.0 30.0 20.0
119 28 25.0 25.0 30.0 20.0
120 29 15.0 30.0 20.0 35.0
121 30 20.0 35.0 30.0 15.0
122 31 20.0 35.0 25.0 20.0
123 32 35.0 15.0 35.0 15.0
124 33 30.0 35.0 15.0 20.0
125 34 25.0 25.0 25.0 25.0
126 35 25.0 20.0 35.0 20.0
127 36 30.0 25.0 20.0 25.0
128 37 15.0 45.0 25.0 15.0
129 38 30.0 25.0 35.0 10.0
130 39 20.0 45.0 15.0 20.0
131 40 15.0 35.0 20.0 30.0
132 41 35.0 25.0 20.0 20.0
133 42 30.0 30.0 35.0 5.0
134 43 25.0 15.0 40.0 20.0
135 44 40.0 20.0 30.0 10.0
136 45 15.0 35.0 25.0 25.0
137 46 15.0 30.0 40.0 15.0
138 47 35.0 15.0 30.0 20.0
139 48 30.0 35.0 20.0 15.0
140 49 10.0 55.00000000000001 30.0 5.0
141 50 40.0 25.0 20.0 15.0
142 51 25.0 35.0 10.0 30.0
143 52 30.0 25.0 20.0 25.0
144 53 30.0 10.0 30.0 30.0
145 54 20.0 40.0 20.0 20.0
146 55 10.0 35.0 10.0 45.0
147 56 50.0 10.0 30.0 10.0
148 57 15.0 45.0 30.0 10.0
149 58 20.0 35.0 20.0 25.0
150 59 30.0 35.0 30.0 5.0
151 60 20.0 35.0 25.0 20.0
152 61 25.0 15.0 35.0 25.0
153 62 10.0 20.0 55.00000000000001 15.0
154 63 25.0 20.0 35.0 20.0
155 64 20.0 35.0 25.0 20.0
156 65 30.0 35.0 25.0 10.0
157 66 15.0 40.0 35.0 10.0
158 67 20.0 35.0 20.0 25.0
159 68 20.0 25.0 30.0 25.0
160 69 15.0 35.0 25.0 25.0
161 70 5.0 40.0 40.0 15.0
162 >>END_MODULE
163 >>Per sequence GC content fail
164 #GC Content Count
165 0 0.0
166 1 0.0
167 2 0.0
168 3 0.0
169 4 0.0
170 5 0.0
171 6 0.0
172 7 0.0
173 8 0.0
174 9 0.0
175 10 0.0
176 11 0.0
177 12 0.0
178 13 0.0
179 14 0.0
180 15 0.0
181 16 0.0
182 17 0.0
183 18 0.0
184 19 0.0
185 20 0.0
186 21 0.0
187 22 0.0
188 23 0.0
189 24 0.0
190 25 0.0
191 26 0.0
192 27 0.0
193 28 0.0
194 29 0.5
195 30 1.0
196 31 0.5
197 32 0.5
198 33 1.0
199 34 0.5
200 35 0.0
201 36 0.0
202 37 0.0
203 38 1.0
204 39 2.5
205 40 3.0
206 41 2.0
207 42 1.5
208 43 2.0
209 44 2.5
210 45 2.5
211 46 1.0
212 47 0.0
213 48 0.5
214 49 0.5
215 50 0.0
216 51 1.5
217 52 1.5
218 53 0.0
219 54 0.5
220 55 0.5
221 56 0.0
222 57 0.0
223 58 0.0
224 59 0.0
225 60 0.0
226 61 0.0
227 62 0.0
228 63 0.0
229 64 0.0
230 65 0.0
231 66 0.0
232 67 0.0
233 68 0.0
234 69 0.0
235 70 0.0
236 71 0.0
237 72 0.0
238 73 0.0
239 74 0.0
240 75 0.0
241 76 0.0
242 77 0.0
243 78 0.0
244 79 0.0
245 80 0.0
246 81 0.0
247 82 0.0
248 83 0.0
249 84 0.0
250 85 0.0
251 86 0.0
252 87 0.0
253 88 0.0
254 89 0.0
255 90 0.0
256 91 0.0
257 92 0.0
258 93 0.0
259 94 0.0
260 95 0.0
261 96 0.0
262 97 0.0
263 98 0.0
264 99 0.0
265 100 0.0
266 >>END_MODULE
267 >>Per base N content pass
268 #Base N-Count
269 1 0.0
270 2 0.0
271 3 0.0
272 4 0.0
273 5 0.0
274 6 0.0
275 7 0.0
276 8 0.0
277 9 0.0
278 10 0.0
279 11 0.0
280 12 0.0
281 13 0.0
282 14 0.0
283 15 0.0
284 16 0.0
285 17 0.0
286 18 0.0
287 19 0.0
288 20 0.0
289 21 0.0
290 22 0.0
291 23 0.0
292 24 0.0
293 25 0.0
294 26 0.0
295 27 0.0
296 28 0.0
297 29 0.0
298 30 0.0
299 31 0.0
300 32 0.0
301 33 0.0
302 34 0.0
303 35 0.0
304 36 0.0
305 37 0.0
306 38 0.0
307 39 0.0
308 40 0.0
309 41 0.0
310 42 0.0
311 43 0.0
312 44 0.0
313 45 0.0
314 46 0.0
315 47 0.0
316 48 0.0
317 49 0.0
318 50 0.0
319 51 0.0
320 52 0.0
321 53 0.0
322 54 0.0
323 55 0.0
324 56 0.0
325 57 0.0
326 58 0.0
327 59 0.0
328 60 0.0
329 61 0.0
330 62 0.0
331 63 0.0
332 64 0.0
333 65 0.0
334 66 0.0
335 67 0.0
336 68 0.0
337 69 0.0
338 70 0.0
339 >>END_MODULE
340 >>Sequence Length Distribution pass
341 #Length Count
342 70 20.0
343 >>END_MODULE
344 >>Sequence Duplication Levels pass
345 #Total Deduplicated Percentage 100.0
346 #Duplication Level Percentage of total
347 1 100.0
348 2 0.0
349 3 0.0
350 4 0.0
351 5 0.0
352 6 0.0
353 7 0.0
354 8 0.0
355 9 0.0
356 >10 0.0
357 >50 0.0
358 >100 0.0
359 >500 0.0
360 >1k 0.0
361 >5k 0.0
362 >10k+ 0.0
363 >>END_MODULE
364 >>Overrepresented sequences fail
365 #Sequence Count Percentage Possible Source
366 CCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAG 1 5.0 No Hit
367 TGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTTCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTA 1 5.0 No Hit
368 ACCATAAACGCAAGCCTCAACGCAGCGACGAGCACGAGAGCGGTCAGTAG 1 5.0 No Hit
369 TGTTTTCCGTAAATTCAGCGCCTTCCATGATGCGACAGGCCGTTTGAATG 1 5.0 No Hit
370 CTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGT 1 5.0 No Hit
371 TCTGCGTTTGCTGATGAACTAAGTCAACCTCAGCACTAACCTTGCGAGTC 1 5.0 No Hit
372 CCATACAAAACAGGGTCGCCAGCAATATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTT 1 5.0 No Hit
373 TAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTCAAG 1 5.0 No Hit
374 CAAATTAGCATAAGCAGCTTGCAGACCCATAATGTCAATAGATGTGGTAG 1 5.0 No Hit
375 GCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGGCGGAAAACGAACAAG 1 5.0 No Hit
376 CTGAATGGAATTAAGAAAACCACCAATACCAGCATTAACCTTCAAACTAT 1 5.0 No Hit
377 GCGACCATTCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAA 1 5.0 No Hit
378 GTGAAATTTCTAGGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAG 1 5.0 No Hit
379 CTCAAATCCGGCGTCAACCATACCAGCATAGGAAGCATCAGCACCAGCAC 1 5.0 No Hit
380 TTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACC 1 5.0 No Hit
381 CTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATA 1 5.0 No Hit
382 TTAGGTGTGTGTAAAACAGGTGCCGAAGAAGCTGGATTAACAGAATTGAG 1 5.0 No Hit
383 GCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGA 1 5.0 No Hit
384 TTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGTAATT 1 5.0 No Hit
385 CTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAA 1 5.0 No Hit
386 >>END_MODULE
387 >>Adapter Content pass
388 #Position Illumina Universal Adapter Illumina Small RNA 3' Adapter Illumina Small RNA 5' Adapter Nextera Transposase Sequence PolyA PolyG
389 1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
390 2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
391 3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
392 4 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
393 5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
394 6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
395 7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
396 8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
397 9 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
398 10 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
399 11 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
400 12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
401 13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
402 14 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
403 15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
404 16 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
405 17 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
406 18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
407 19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
408 20 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
409 21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
410 22 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
411 23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
412 24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
413 25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
414 26 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
415 27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
416 28 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
417 29 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
418 30 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
419 31 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
420 32 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
421 33 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
422 34 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
423 35 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
424 36 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
425 37 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
426 38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
427 39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
428 40 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
429 41 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
430 42 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
431 43 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
432 44 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
433 45 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
434 46 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
435 47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
436 48 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
437 49 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
438 50 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
439 51 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
440 52 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
441 53 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
442 54 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
443 55 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
444 56 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
445 57 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
446 58 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
447 59 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
448 >>END_MODULE