# HG changeset patch # User iuc # Date 1637269017 0 # Node ID 0dbb995c7d352f16ef55f65b77f22650232779f3 # Parent 56022eb50bbd5a34703c6912e5db6793fbff7b23 "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/fasta_stats/ commit 50f5cce5a8c11001e2c59600a2b99a4243b6d06f" diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 fasta-stats.pl --- a/fasta-stats.pl Mon Jul 05 13:36:26 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,120 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env perl - -# fasta-stats -# written by torsten.seemann@monash.edu -# oct 2012 - -use strict; -use warnings; -use List::Util qw(sum min max); - - -#Parameters -my $file = shift; -my $calc_ng50 = 0; -my $genome_size = 0; -if (scalar(@ARGV) > 0){ - $genome_size = $ARGV[0]; - $calc_ng50 = 1; -} - -# stat storage - -my $n=0; -my $seq = ''; -my %stat; -my @len; - -# MAIN LOOP collecting sequences - -#open the file first -open IN, $file or die{ "Couldn't open $file for reading\n$!" }; - -while (my $line = ) { - chomp $line; - if ($line =~ m/^\s*>/) { - process($seq) if $n; - $n++; - $seq=''; - } - else { - $seq .= $line; - } -} - -process($seq) if $n; - -# sort length array -# (should use hash here for efficiency with huge no of short reads?) - -@len = sort { $b <=> $a } @len; - -# compute more stats - -$stat{'num_seq'} = scalar(@len); - -if (@len) { - $stat{'num_bp'} = sum(@len); - $stat{'len_min'} = $len[-1]; - $stat{'len_max'} = $len[0]; - $stat{'len_median'} = $len[int(@len/2)]; - $stat{'len_mean'} = int( $stat{'num_bp'} / $stat{'num_seq'} ); - - # calculate n50 - my $thresh = int 0.5 * $stat{'num_bp'}; - ($stat{'len_N50'}, $stat{'L50'}) = &calc_x50(\@len, $thresh); - - #calculate n90 - my $thresh = int 0.9 * $stat{'num_bp'}; - ($stat{'len_N90'}, $stat{'L90'}) = &calc_x50(\@len, $thresh); - - #calculate NG50 - if ($calc_ng50) { - my $thresh = int 0.5 * $genome_size; - ($stat{'len_NG50'}, $stat{'LG50'}) = &calc_x50(\@len, $thresh); - } -} - -#calculate GC content -$stat{'num_bp_not_N'} = $stat{'num_G'} + $stat{'num_C'} + $stat{'num_A'} + $stat{'num_T'}; -$stat{'GC_content'} = ($stat{'num_G'} + $stat{'num_C'}) / $stat{'num_bp_not_N'}*100; - -# print stats as .tsv - -for my $name (sort keys %stat) { - if ($name =~ m/GC_content/){ - printf "%s\t%0.1f\n", $name, $stat{$name}; - } else { - printf "%s\t%s\n", $name, $stat{$name}; - } -} - -# run for each sequence - -sub process { - my($s) = @_; - # base composition - for my $x (qw(A G T C N)) { - my $count = $s =~ s/$x/$x/gi; - $stat{"num_$x"} += $count; - } - # keep list of all lengths encountered - push @len, length($s); -} - -# N50/NG50 calculation sub - -sub calc_x50{ - my $ref = shift; - my @x = @$ref; - my $thresh = shift; - my $cum=0; - for my $i (0 .. $#x) { - $cum += $x[$i]; - if ($cum >= $thresh) { - return $x[$i], $i+1; - } - } - return (0,0); -} - diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 fasta-stats.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/fasta-stats.py Thu Nov 18 20:56:57 2021 +0000 @@ -0,0 +1,201 @@ +#!/usr/bin/env python + + +# python version of fasta-stats with some extra features +# written by anmol.kiran@gmail.com +# git: @codemeleon +# date: 10/11/2021 + +import argparse +import re +from os import path + +import numpy as np +from Bio import SeqIO + + +def calculate_NG50(estimated_genome, total_length, sequence_lengths): + temp = 0 + teoretical_NG50 = estimated_genome / 2.0 + NG50 = 0 + for seq in sequence_lengths: + temp += seq + if teoretical_NG50 < temp: + NG50 = seq + break + return NG50 + + +def run(fasta, stats_output, gaps_output, genome_size): + """Generates scaffold statistics.""" + if not fasta: + exit("Input file not given.") + if not path.isfile(fasta): + exit(f"{fasta} path does not exist.") + + seq_len = {} + bases_global = {"A": 0, "N": 0, "T": 0, "C": 0, "G": 0} + bases_seq = {} + seq_id_Ngaprange = {} + nstart = 0 + contigs_len = [] + gap_count = 0 + for seq_record in SeqIO.parse(fasta, "fasta"): + seq = str(seq_record.seq).upper() + # print(len(seq)) + seq_len[seq_record.id] = len(seq) + + # NOTE: Nucleotide count + bases_seq[seq_record.id] = { + "A": seq.count("A"), + "N": seq.count("N"), + "T": seq.count("T"), + "C": seq.count("C"), + "G": seq.count("G"), + } + bases_global["A"] += bases_seq[seq_record.id]["A"] + bases_global["N"] += bases_seq[seq_record.id]["N"] + bases_global["T"] += bases_seq[seq_record.id]["T"] + bases_global["C"] += bases_seq[seq_record.id]["C"] + bases_global["G"] += bases_seq[seq_record.id]["G"] + + # NOTE: Gap count and their range + range_gen = re.finditer("N+", seq) + n_range = [match.span() for match in range_gen] + for n_rng in n_range: + if n_rng[0] == 0 or n_rng[1] == seq_len[seq_record.id]: + continue + else: + gap_count += 1 + + # NOTE: Contigs, their lenths from scaffold and their N gap range + seq_id_Ngaprange[seq_record.id] = n_range + n_range_len = len(n_range) + if n_range_len > 0: + n_range = ( + [(0, 0)] + n_range + [(seq_len[seq_record.id], seq_len[seq_record.id])] + ) + for idx in range(n_range_len + 1): + nstart = n_range[idx][1] + nend = n_range[idx + 1][0] + con_len = nend - nstart + if con_len: + contigs_len.append(con_len) + else: + contigs_len.append(len(seq)) + + # NOTE: Scaffold statistics + SEQ_LEN_LIST = sorted(seq_len.values(), reverse=True) + scaffold_lens = np.array(SEQ_LEN_LIST) + scaffold_lens_sum = np.cumsum(scaffold_lens) + N50_len = scaffold_lens_sum[-1] * 0.5 + N50_idx = np.where(scaffold_lens_sum > N50_len)[0][0] + N90_len = scaffold_lens_sum[-1] * 0.9 + N90_idx = np.where(scaffold_lens_sum > N90_len)[0][0] + NG50 = calculate_NG50(genome_size, scaffold_lens_sum[-1], scaffold_lens) + + # NOTE: Contig statistics + seq_len_list = sorted(contigs_len, reverse=True) + contigs_len = np.array(seq_len_list) + contigs_len_sum = np.cumsum(contigs_len) + n50_len = contigs_len_sum[-1] * 0.5 + n50_idx = np.where(contigs_len_sum > n50_len)[0][0] + n90_len = contigs_len_sum[-1] * 0.9 + n90_idx = np.where(contigs_len_sum > n90_len)[0][0] + ng50 = calculate_NG50(genome_size, contigs_len_sum[-1], contigs_len) + + with open(stats_output, "w") as soutput: + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold L50", N50_idx + 1)) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold N50", SEQ_LEN_LIST[N50_idx])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold L90", N90_idx + 1)) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold N90", SEQ_LEN_LIST[N90_idx])) + if genome_size != 0: + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold NG50", NG50)) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold len_max", SEQ_LEN_LIST[0])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold len_min", SEQ_LEN_LIST[-1])) + soutput.write( + "{}\t{}\n".format("Scaffold len_mean", int(np.mean(SEQ_LEN_LIST))) + ) + soutput.write( + "{}\t{}\n".format("Scaffold len_median", int(np.median(SEQ_LEN_LIST))) + ) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold len_std", int(np.std(SEQ_LEN_LIST)))) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold num_A", bases_global["A"])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold num_T", bases_global["T"])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold num_C", bases_global["C"])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold num_G", bases_global["G"])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold num_N", bases_global["N"])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold num_bp", scaffold_lens_sum[-1])) + soutput.write( + "{}\t{}\n".format( + "Scaffold num_bp_not_N", scaffold_lens_sum[-1] - bases_global["N"] + ) + ) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Scaffold num_seq", len(SEQ_LEN_LIST))) + soutput.write( + "{}\t{:.2f}\n".format( + "Scaffold GC content overall", + ( + (bases_global["G"] + bases_global["C"]) + * 100.0 + / scaffold_lens_sum[-1] + ), + ) + ) + + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig L50", n50_idx + 1)) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig N50", seq_len_list[n50_idx])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig L90", n90_idx + 1)) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig N90", seq_len_list[n90_idx])) + if genome_size != 0: + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig NG50", ng50)) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig len_max", seq_len_list[0])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig len_min", seq_len_list[-1])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig len_mean", int(np.mean(seq_len_list)))) + soutput.write( + "{}\t{}\n".format("Contig len_median", int(np.median(seq_len_list))) + ) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig len_std", int(np.std(seq_len_list)))) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig num_bp", contigs_len_sum[-1])) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Contig num_seq", len(contigs_len_sum))) + soutput.write("{}\t{}\n".format("Number of gaps", gap_count)) + if gaps_output is not None: + # NOTE: generate gaps statistics file + with open(gaps_output, "w") as goutput: + for key in seq_id_Ngaprange: + for rng in seq_id_Ngaprange[key]: + goutput.write("{}\t{}\t{}\n".format(key, rng[0], rng[1])) + + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument("-f", "--fasta", required=True, help="FASTA file") + parser.add_argument( + "-z", + "--genome_size", + required=False, + type=int, + help="If provided, the NG50 statistic will be computed", + default=0, + ) + parser.add_argument( + "-s", + "--stats_output", + required=True, + help="File to store the general statistics", + ) + parser.add_argument( + "-r", + "--gaps_output", + required=False, + help="File to store the gaps statistics", + default=None, + ) + args = parser.parse_args() + + run( + args.fasta, + args.stats_output, + args.gaps_output, + args.genome_size, + ) diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 fasta-stats.xml --- a/fasta-stats.xml Mon Jul 05 13:36:26 2021 +0000 +++ b/fasta-stats.xml Thu Nov 18 20:56:57 2021 +0000 @@ -1,66 +1,91 @@ - - Display summary statistics for a fasta file. + + display summary statistics for a FASTA file - perl + numpy + biopython '$stats' + #if $genome_size + --genome_size $genome_size + #end if ]]> - - + + + - + + + gaps_option + - - - + + + - - + + + + - + + + + + + + + + + + + + - -**Fasta Stats** -Displays the summary statistics for a fasta file. + -@UNPUBLISHED{Seemann_Gladman2012, - author = {Torsten Seemann and Simon Gladman}, - title = {Fasta Statistics: Display summary statistics for a fasta file.}, - year = {2012}, - url = {https://github.com/galaxyproject/tools-iuc}, -} + @UNPUBLISHED{Anmol_Kyran2021, + author = {Anmol Kyran}, + title = {Fasta Statistics: Display summary statistics for a fasta file.}, + year = {2021}, + url = {https://github.com/galaxyproject/tools-iuc}, + } diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 test-data/ng50_out.txt --- a/test-data/ng50_out.txt Mon Jul 05 13:36:26 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19 +0,0 @@ -GC_content 51.1 -L50 2 -L90 7 -LG50 2 -len_N50 604 -len_N90 140 -len_NG50 604 -len_max 1501 -len_mean 324 -len_median 182 -len_min 30 -num_A 895 -num_C 940 -num_G 807 -num_N 145 -num_T 778 -num_bp 3565 -num_bp_not_N 3420 -num_seq 11 diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 test-data/test_01.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test_01.tab Thu Nov 18 20:56:57 2021 +0000 @@ -0,0 +1,30 @@ +Scaffold L50 1 +Scaffold N50 194780 +Scaffold L90 1 +Scaffold N90 194780 +Scaffold len_max 194780 +Scaffold len_min 194780 +Scaffold len_mean 194780 +Scaffold len_median 194780 +Scaffold len_std 0 +Scaffold num_A 46297 +Scaffold num_T 47179 +Scaffold num_C 50626 +Scaffold num_G 50678 +Scaffold num_N 0 +Scaffold num_bp 194780 +Scaffold num_bp_not_N 194780 +Scaffold num_seq 1 +Scaffold GC content overall 52.01 +Contig L50 1 +Contig N50 194780 +Contig L90 1 +Contig N90 194780 +Contig len_max 194780 +Contig len_min 194780 +Contig len_mean 194780 +Contig len_median 194780 +Contig len_std 0 +Contig num_bp 194780 +Contig num_seq 1 +Number of gaps 0 diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 test-data/test_02.bed --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test_02.bed Thu Nov 18 20:56:57 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +5 867 1012 diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 test-data/test_02.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test_02.tab Thu Nov 18 20:56:57 2021 +0000 @@ -0,0 +1,32 @@ +Scaffold L50 2 +Scaffold N50 604 +Scaffold L90 7 +Scaffold N90 140 +Scaffold NG50 604 +Scaffold len_max 1501 +Scaffold len_min 30 +Scaffold len_mean 324 +Scaffold len_median 182 +Scaffold len_std 405 +Scaffold num_A 895 +Scaffold num_T 778 +Scaffold num_C 940 +Scaffold num_G 807 +Scaffold num_N 145 +Scaffold num_bp 3565 +Scaffold num_bp_not_N 3420 +Scaffold num_seq 11 +Scaffold GC content overall 49.00 +Contig L50 3 +Contig N50 489 +Contig L90 8 +Contig N90 140 +Contig NG50 388 +Contig len_max 867 +Contig len_min 30 +Contig len_mean 285 +Contig len_median 204 +Contig len_std 245 +Contig num_bp 3420 +Contig num_seq 12 +Number of gaps 1 diff -r 56022eb50bbd -r 0dbb995c7d35 test-data/test_long_sequence.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test_long_sequence.fasta Thu Nov 18 20:56:57 2021 +0000 @@ -0,0 +1,134 @@ +>1 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+>29 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+>53 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+>55 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+>65 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