# HG changeset patch # User iuc # Date 1633376378 0 # Node ID a5baa4ff168d9fea54efa42fced243d877d774f0 "planemo upload commit 87560553f1dbbd3e0ab7d7157fa5a7f32f61dca1" diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,5 @@ +# Funannotate + +Funannotate can use GeneMark to predict gene, but due to licensing issues, we are not allowed to distribute GeneMark automatically. + +If you want to use it, the Galaxy administrator needs to install it GeneMark following the instructions on https://github.com/nextgenusfs/funannotate, and set the `GENEMARK_PATH` variable on the job destination. diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d funannotate_annotate.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/funannotate_annotate.xml Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,413 @@ + + annotation + + macros.xml + + + + + funannotate check --show-versions + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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26 sequences, length 34 +# corresponding to MSA columns: +# 354-387 +name=unknown_G +# +# +# G D E R K N Q S T A V L I F Y W H M C P +0 0.02160 0.15554 0.02379 0.01588 0.02105 0.12844 0.05548 0.15088 0.11028 0.05310 0.02451 0.02635 0.08664 0.00968 0.00718 0.00216 0.00834 0.03010 0.00572 0.06329 +1 0.01790 0.02046 0.04476 0.03197 0.03964 0.01918 0.65857 0.02430 0.01790 0.02430 0.01535 0.02046 0.01151 0.00639 0.00895 0.00256 0.01279 0.00895 0.00384 0.01023 +2 0.01878 0.01791 0.02987 0.04447 0.64149 0.01808 0.02252 0.02442 0.06114 0.02525 0.01538 0.01941 0.01276 0.00699 0.00752 0.00227 0.00881 0.00688 0.00402 0.01201 +3 0.00896 0.00768 0.00768 0.00768 0.01025 0.00640 0.00576 0.01089 0.01729 0.02049 0.07684 0.07300 0.68304 0.01921 0.00896 0.00256 0.00384 0.01601 0.00704 0.00640 +4 0.78701 0.01467 0.01115 0.00997 0.01467 0.01702 0.00821 0.02230 0.01291 0.03403 0.01056 0.01232 0.00821 0.00704 0.00469 0.00235 0.00587 0.00411 0.00469 0.00821 +5 0.00924 0.00660 0.00880 0.01056 0.01100 0.00616 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distance from previous block +# +4 8 + +[block] +# block no. 6 follows, 30 sequences, length 33 +# corresponding to MSA columns: +# 233-265 +name=unknown_G +# +# +# G D E R K N Q S T A V L I F Y W H M C P +0 0.12454 0.05398 0.03673 0.01377 0.03600 0.03969 0.05121 0.08795 0.10465 0.10746 0.11431 0.05945 0.05589 0.01024 0.00692 0.00222 0.00623 0.04470 0.03512 0.00892 +1 0.01380 0.07508 0.24739 0.05334 0.06126 0.01520 0.09707 0.01898 0.03423 0.02049 0.02110 0.10622 0.05557 0.01058 0.00883 0.00243 0.07560 0.07009 0.00410 0.00867 +2 0.02324 0.01850 0.01880 0.01506 0.02015 0.07173 0.01214 0.39285 0.18941 0.05887 0.01903 0.01868 0.01394 0.00824 0.00678 0.00203 0.00722 0.00634 0.00653 0.09047 +3 0.01300 0.01182 0.01906 0.59894 0.04132 0.01399 0.01700 0.01698 0.01384 0.01803 0.01519 0.02070 0.04310 0.00822 0.00793 0.04357 0.00848 0.00642 0.00335 0.07907 +4 0.01574 0.01869 0.11476 0.06188 0.09044 0.03740 0.28417 0.05389 0.08322 0.02292 0.02037 0.06663 0.05722 0.03052 0.00847 0.00244 0.00923 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histidine active site +IPR018117 Active_site DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site +IPR018120 Active_site Glycoside hydrolase family 1, active site +IPR018129 Active_site Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site +IPR018148 Active_site Methylglyoxal synthase, active site +IPR018177 Active_site L-lactate dehydrogenase, active site diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/merops.dmnd Binary file test-data/funannotate_db/merops.dmnd has changed diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/merops.formatted.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/merops.formatted.fa Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,49 @@ +>MER0000002 S01A +IVNGEEAVPGSWPWQVSLQDKTGFHFCGGSLINENWVVTAAHCGVTTSDVVVAGEFDQGS +SSEKIQKLKIAKVFKNSKYNSLTINNDITLLKLSTAASFSQTVSAVCLPSASDDFAAGTT +CVTTGWGLTRYTNANTPDRLQQASLPLLSNTNCKKYWGTKIKDAMICAGASGVSSCMGDS +GGPLVCKKNGAWTLVGIVSWGSSTCSTSTPGVYARVTALVNWVQQTLAAN +>MER0000004 S01A 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+2METHYLACONITATE Aconitate/2-methylaconitate hydratase +4CL 4-coumarate--CoA ligase +4CL1 4-coumarate--CoA ligase 1 +4CL2 4-coumarate--CoA ligase 2 +4CL3 4-coumarate--CoA ligase 3 +4CLL1 4-coumarate--CoA ligase-like 1 +4CLL2 4-coumarate--CoA ligase-like 2 +4CLL3 4-coumarate--CoA ligase-like 3 +4CLL7 4-coumarate--CoA ligase-like 7 +4CLL7_0 4-coumarate--CoA ligase-like 7 +4CLL7_1 4-coumarate--CoA ligase-like 7 +4CLL7_2 4-coumarate--CoA ligase-like 7 +4CLL9 4-coumarate--CoA ligase-like 9 +4COUMARATECOA 4-coumarateCoA ligase-like 6 +4EBP 4E-binding protein THOR +4EHP Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 +4HYDROXYPHENYLPYRUVATE 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase +6-PGD 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating +6GAL Endo-beta-1 6-galactanase +6HN3M 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase +6PGD 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating +6PGL phosphogluconolactonase +6PGL4 6-phosphogluconolactonase 4 +20H10.080 NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 subunit +26S 26s proteasome regulatory subunit 6B +26S_PRC 26S proteasome regulatory complex protein +40S 40s ribosomal protein SA +60S 60s acidic ribosomal protein P2 +A1 mating type regulatory protein, silenced copy at HMR locus +A1CF APOB1 complementation factor +A2 mating type regulatory protein, silenced copy at HMR locus +A4GALT Lactosylceramide 4-alpha-galactosyltransferase +A4GNT Alpha-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase +A4LEA 4-alpha-L-fucosyltransferase +AAA1 Asc-type amino acid transporter 1 +AAC ADP,ATP carrier protein +AAC1 ADP/ATP carrier protein AAC1 +AAC2 ADP,ATP carrier protein 2 +AAC3 ADP/ATP carrier protein AAC3 +AACC7 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase VII +AACS Acetoacetyl-CoA synthetase +AACS_0 Acetoacetyl-CoA synthetase +AACS_1 Acetoacetyl-CoA synthetase diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/repeats.dmnd Binary file test-data/funannotate_db/repeats.dmnd has changed diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_exon_probs.pbl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_exon_probs.pbl Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,10659 @@ +#exon model parameters +# begin of content independent part + +# Length distributions +[LENGTH] +# maximal individually stored length probability = +3000 +# slope of smoothing bandwidth = +0.3 +# smoothing minwindowcount = +8 +# length single initial internal terminal +# total number of exons of above types + 1959 8219 22997 8219 +# number of exons exceeding length d + 27 19 136 55 +# 1000 P(len=k), k=0,1,..., 3000 +0 0 1.95 0.0374 0.249 +1 0 2.18 0.0414 0.284 +2 0 2.4 0.0456 0.321 +3 0 2.62 0.0501 0.359 +4 0 2.84 0.0548 0.397 +5 0 3.04 0.0598 0.435 +6 0 3.23 0.065 0.473 +7 0 3.41 0.0706 0.509 +8 0 3.57 0.0765 0.543 +9 0 3.71 0.0828 0.576 +10 0 3.82 0.0894 0.606 +11 0 3.92 0.0965 0.633 +12 0 3.99 0.104 0.658 +13 0 4.05 0.112 0.68 +14 0 4.08 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0.00411 0.0056 +2932 0.0109 0.00128 0.00409 0.00558 +2933 0.0108 0.00127 0.00407 0.00555 +2934 0.0108 0.00126 0.00405 0.00553 +2935 0.0107 0.00126 0.00404 0.00551 +2936 0.0106 0.00125 0.00402 0.00548 +2937 0.0106 0.00125 0.004 0.00546 +2938 0.0105 0.00124 0.00398 0.00544 +2939 0.0104 0.00123 0.00396 0.00541 +2940 0.0104 0.00123 0.00394 0.00539 +2941 0.0103 0.00122 0.00392 0.00537 +2942 0.0103 0.00121 0.0039 0.00534 +2943 0.0102 0.00121 0.00389 0.00532 +2944 0.0101 0.0012 0.00387 0.0053 +2945 0.0101 0.00119 0.00385 0.00527 +2946 0.01 0.00119 0.00383 0.00525 +2947 0.00996 0.00118 0.00381 0.00523 +2948 0.0099 0.00118 0.00379 0.0052 +2949 0.00984 0.00117 0.00377 0.00518 +2950 0.00978 0.00116 0.00375 0.00516 +2951 0.00972 0.00116 0.00373 0.00513 +2952 0.00966 0.00115 0.00371 0.00511 +2953 0.0096 0.00114 0.00369 0.00508 +2954 0.00954 0.00114 0.00367 0.00506 +2955 0.00948 0.00113 0.00365 0.00504 +2956 0.00943 0.00113 0.00363 0.00501 +2957 0.00937 0.00112 0.00361 0.00499 +2958 0.00931 0.00112 0.00359 0.00497 +2959 0.00925 0.00111 0.00357 0.00494 +2960 0.0092 0.0011 0.00355 0.00492 +2961 0.00914 0.0011 0.00353 0.0049 +2962 0.00908 0.00109 0.00351 0.00487 +2963 0.00903 0.00109 0.00349 0.00485 +2964 0.00897 0.00108 0.00347 0.00482 +2965 0.00892 0.00108 0.00345 0.0048 +2966 0.00886 0.00107 0.00343 0.00478 +2967 0.00881 0.00106 0.00341 0.00475 +2968 0.00875 0.00106 0.00339 0.00473 +2969 0.0087 0.00105 0.00337 0.00471 +2970 0.00864 0.00105 0.00335 0.00468 +2971 0.00859 0.00104 0.00333 0.00466 +2972 0.00854 0.00104 0.00331 0.00463 +2973 0.00848 0.00103 0.00329 0.00461 +2974 0.00843 0.00103 0.00327 0.00459 +2975 0.00838 0.00102 0.00324 0.00456 +2976 0.00833 0.00102 0.00322 0.00454 +2977 0.00827 0.00101 0.0032 0.00451 +2978 0.00822 0.00101 0.00318 0.00449 +2979 0.00817 0.001 0.00316 0.00447 +2980 0.00812 0.000996 0.00314 0.00444 +2981 0.00807 0.000991 0.00312 0.00442 +2982 0.00802 0.000986 0.0031 0.0044 +2983 0.00797 0.000981 0.00308 0.00437 +2984 0.00792 0.000976 0.00306 0.00435 +2985 0.00787 0.000971 0.00304 0.00432 +2986 0.00782 0.000966 0.00302 0.0043 +2987 0.00777 0.000961 0.003 0.00428 +2988 0.00772 0.000956 0.00298 0.00425 +2989 0.00767 0.000951 0.00296 0.00423 +2990 0.00762 0.000947 0.00293 0.00421 +2991 0.00757 0.000942 0.00291 0.00418 +2992 0.00752 0.000937 0.00289 0.00416 +2993 0.00748 0.000932 0.00287 0.00414 +2994 0.00743 0.000928 0.00285 0.00411 +2995 0.00738 0.000923 0.00283 0.00409 +2996 0.00733 0.000918 0.00281 0.00406 +2997 0.00729 0.000914 0.00279 0.00404 +2998 0.00724 0.000909 0.00277 0.00402 +2999 0.00719 0.000905 0.00275 0.00399 +3000 0.00715 0.0009 0.00273 0.00397 +# end of content independent part + +# data set number +[1] +# (a,c,g,t)= (0.295, 0.205, 0.205, 0.295) +# +# Probabilities file for the exon model +# + + +# Die P_l's +[P_ls] +# k = 4 +# l= +0 +# Values +a 0.276 0.327 0.162 +c 0.246 0.236 0.325 +g 0.309 0.177 0.311 +t 0.169 0.259 0.202 +# l= +1 +# Values +aa 0.0472 0.103 0.0542 +ac 0.0412 0.0568 0.0835 +ag 0.0429 0.0444 0.115 +at 0.0303 0.0716 0.0725 +ca 0.119 0.0794 0.0459 +cc 0.057 0.0547 0.0921 +cg 0.0857 0.0432 0.0607 +ct 0.0638 0.0706 0.0381 +ga 0.0728 0.115 0.0321 +gc 0.0903 0.0735 0.0763 +gg 0.108 0.0607 0.03 +gt 0.0407 0.0592 0.0396 +ta 0.037 0.0304 0.0297 +tc 0.0578 0.0512 0.0728 +tg 0.0729 0.0291 0.105 +tt 0.034 0.058 0.0517 +# l= +2 +# Values +aaa 0.0172 0.0186 0.0168 +aac 0.0145 0.0117 0.0254 +aag 0.0129 0.0079 0.0381 +aat 0.00956 0.0128 0.0219 +aca 0.0286 0.0125 0.0112 +acc 0.0142 0.012 0.0215 +acg 0.0226 0.00733 0.0145 +act 0.018 0.0127 0.00982 +aga 0.0288 0.0145 0.0053 +agc 0.0337 0.0137 0.0204 +agg 0.0359 0.00779 0.00669 +agt 0.017 0.0101 0.0121 +ata 0.013 0.00463 0.00999 +atc 0.0222 0.0126 0.0228 +atg 0.0263 0.00416 0.0218 +att 0.0109 0.0113 0.017 +caa 0.0117 0.0424 0.0158 +cac 0.0121 0.0232 0.0159 +cag 0.0139 0.019 0.0357 +cat 0.00811 0.0282 0.0109 +cca 0.0373 0.0212 0.0138 +ccc 0.0146 0.00607 0.018 +ccg 0.0238 0.00929 0.0159 +cct 0.0166 0.0178 0.00706 +cga 0.012 0.0348 0.00873 +cgc 0.0188 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+[EMISSION] +# Size of vector +1024 +# k : order of the markov model +4 +# patpseudocount (pseudocount of sequence patterns) +5 +# Probabilities +# Format: pattern win0 win1 win2 +aaaaa 0.401 0.5716 0.249 +aaaac 0.3367 0.2579 0.2509 +aaaag 0.3073 0.1721 0.4629 +aaaat 0.2648 0.3914 0.2597 +aaaca 0.3734 0.3023 0.2435 +aaacc 0.182 0.2188 0.2834 +aaacg 0.3025 0.2065 0.3183 +aaact 0.2413 0.3443 0.2182 +aaaga 0.3101 0.388 0.2095 +aaagc 0.2605 0.2596 0.3532 +aaagg 0.3258 0.1766 0.2424 +aaagt 0.182 0.2936 0.315 +aaata 0.273 0.2012 0.2072 +aaatc 0.3304 0.3972 0.295 +aaatg 0.4976 0.1952 0.3889 +aaatt 0.1701 0.4049 0.2551 +aacaa 0.3883 0.4065 0.2631 +aacac 0.211 0.1733 0.1382 +aacag 0.3072 0.1472 0.438 +aacat 0.1871 0.2351 0.1287 +aacca 0.4073 0.3679 0.2843 +aaccc 0.1724 0.121 0.2627 +aaccg 0.2572 0.1816 0.2875 +aacct 0.1548 0.294 0.1377 +aacga 0.2414 0.4433 0.2357 +aacgc 0.2887 0.1649 0.3492 +aacgg 0.3631 0.1925 0.2193 +aacgt 0.1051 0.1539 0.2165 +aacta 0.219 0.2261 0.1504 +aactc 0.2616 0.2632 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+tgctg 0.4282 0.235 0.4455 +tgctt 0.1472 0.3167 0.1184 +tggaa 0.2959 0.3909 0.1592 +tggac 0.2372 0.2106 0.1834 +tggag 0.315 0.15 0.2882 +tggat 0.2083 0.313 0.1837 +tggca 0.3219 0.3098 0.1333 +tggcc 0.1683 0.1629 0.3498 +tggcg 0.2635 0.2148 0.1524 +tggct 0.1778 0.3574 0.1632 +tggga 0.2405 0.4142 0.211 +tgggc 0.2905 0.2146 0.39 +tgggg 0.3528 0.2 0.05339 +tgggt 0.1385 0.2146 0.2087 +tggta 0.1541 0.1813 0.09153 +tggtc 0.2643 0.2864 0.2482 +tggtg 0.3879 0.2076 0.3744 +tggtt 0.1705 0.3672 0.1598 +tgtaa 0.4 0.3804 5.529e-05 +tgtac 0.2421 0.239 0.6651 +tgtag 0.281 0.1697 5.529e-05 +tgtat 0.1885 0.2941 0.321 +tgtca 0.3354 0.2373 0.1168 +tgtcc 0.2439 0.3285 0.4179 +tgtcg 0.195 0.2089 0.2608 +tgtct 0.2108 0.2567 0.1211 +tgtga 0.2133 0.305 4.744e-05 +tgtgc 0.2429 0.2924 0.482 +tgtgg 0.3616 0.2665 0.3636 +tgtgt 0.1201 0.2511 0.165 +tgtta 0.2628 0.1135 0.06812 +tgttc 0.2881 0.3096 0.4073 +tgttg 0.3193 0.2025 0.2984 +tgttt 0.2567 0.4965 0.2779 +ttaaa 0.25 0.5134 0.2495 +ttaac 0.25 0.2167 0.2566 +ttaag 0.25 0.2049 0.3609 +ttaat 0.25 0.298 0.265 +ttaca 0.3035 0.2566 0.223 +ttacc 0.2102 0.3301 0.3975 +ttacg 0.2737 0.1472 0.2647 +ttact 0.2443 0.3557 0.1833 +ttaga 0.25 0.4179 0.1253 +ttagc 0.25 0.315 0.4715 +ttagg 0.25 0.1484 0.1574 +ttagt 0.25 0.2515 0.2979 +ttata 0.2467 0.1654 0.2074 +ttatc 0.3247 0.4122 0.2831 +ttatg 0.3746 0.1384 0.2858 +ttatt 0.1949 0.4604 0.3212 +ttcaa 0.3697 0.3994 0.294 +ttcac 0.2531 0.1913 0.2155 +ttcag 0.2931 0.1363 0.4112 +ttcat 0.2093 0.2752 0.1635 +ttcca 0.365 0.3015 0.245 +ttccc 0.1811 0.1281 0.3511 +ttccg 0.299 0.1917 0.2553 +ttcct 0.1739 0.3612 0.1504 +ttcga 0.2187 0.4112 0.245 +ttcgc 0.3057 0.1784 0.4215 +ttcgg 0.3711 0.1852 0.1816 +ttcgt 0.1346 0.1872 0.216 +ttcta 0.2168 0.2325 0.1474 +ttctc 0.2681 0.2485 0.2289 +ttctg 0.4335 0.1818 0.4942 +ttctt 0.1996 0.3687 0.1757 +ttgaa 0.25 0.4129 0.2399 +ttgac 0.25 0.211 0.2038 +ttgag 0.25 0.1894 0.3375 +ttgat 0.25 0.2895 0.2652 +ttgca 0.3197 0.2972 0.1863 +ttgcc 0.2666 0.2634 0.4744 +ttgcg 0.2853 0.1827 0.1643 +ttgct 0.2097 0.3106 0.2223 +ttgga 0.3171 0.3465 0.3276 +ttggc 0.3052 0.2817 0.4206 +ttggg 0.2832 0.1849 0.09126 +ttggt 0.202 0.1813 0.2117 +ttgta 0.1644 0.1934 0.132 +ttgtc 0.3125 0.3161 0.2365 +ttgtg 0.4775 0.2141 0.4818 +ttgtt 0.1939 0.3783 0.2116 +tttaa 0.5093 0.438 8.395e-05 +tttac 0.2336 0.2198 0.6551 +tttag 0.274 0.177 8.395e-05 +tttat 0.23 0.3491 0.4781 +tttca 0.3068 0.2917 0.2019 +tttcc 0.2652 0.2896 0.3959 +tttcg 0.3074 0.199 0.3297 +tttct 0.2068 0.3356 0.1815 +tttga 0.2442 0.3135 6.934e-05 +tttgc 0.2697 0.2546 0.4901 +tttgg 0.4366 0.2765 0.425 +tttgt 0.1457 0.2715 0.2373 +tttta 0.302 0.2029 0.1629 +ttttc 0.3162 0.3313 0.3958 +ttttg 0.4751 0.2314 0.4745 +ttttt 0.1536 0.4766 0.2456 + + +# +# Initial emission probabilities +# +[INITEMISSION] +# Size of vector +1024 +# k : order of the markov model +4 +# patpseudocount (pseudocount of sequence patterns) +5 +# Probabilities +# Format: pattern win0 win1 win2 +aaaaa 0.368 0.261 0.221 +aaaac 0.184 0.272 0.276 +aaaag 0.202 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0.183 0.172 0.305 +tggat 0.145 0.241 0.152 +tggca 0.299 0.304 0.231 +tggcc 0.227 0.17 0.447 +tggcg 0.337 0.178 0.184 +tggct 0.137 0.347 0.138 +tggga 0.252 0.358 0.275 +tgggc 0.243 0.219 0.499 +tgggg 0.311 0.221 0.0703 +tgggt 0.194 0.203 0.155 +tggta 0.299 0.149 0.061 +tggtc 0.363 0.297 0.191 +tggtg 0.231 0.219 0.44 +tggtt 0.108 0.335 0.309 +tgtaa 0.372 0.347 0.0128 +tgtac 0.249 0.251 0.664 +tgtag 0.201 0.194 0.0128 +tgtat 0.178 0.208 0.31 +tgtca 0.313 0.22 0.256 +tgtcc 0.215 0.183 0.36 +tgtcg 0.214 0.295 0.311 +tgtct 0.258 0.302 0.0742 +tgtga 0.282 0.326 0.00726 +tgtgc 0.232 0.252 0.462 +tgtgg 0.357 0.271 0.395 +tgtgt 0.13 0.151 0.136 +tgtta 0.259 0.0352 0.182 +tgttc 0.158 0.229 0.334 +tgttg 0.306 0.276 0.285 +tgttt 0.277 0.46 0.199 +ttaaa 0.25 0.415 0.366 +ttaac 0.25 0.19 0.188 +ttaag 0.25 0.178 0.271 +ttaat 0.25 0.217 0.175 +ttaca 0.277 0.16 0.219 +ttacc 0.311 0.311 0.202 +ttacg 0.203 0.109 0.321 +ttact 0.208 0.419 0.258 +ttaga 0.25 0.264 0.137 +ttagc 0.25 0.246 0.382 +ttagg 0.25 0.207 0.211 +ttagt 0.25 0.284 0.27 +ttata 0.196 0.141 0.168 +ttatc 0.238 0.332 0.267 +ttatg 0.241 0.0849 0.206 +ttatt 0.325 0.442 0.359 +ttcaa 0.359 0.453 0.314 +ttcac 0.178 0.219 0.199 +ttcag 0.32 0.137 0.319 +ttcat 0.143 0.191 0.168 +ttcca 0.54 0.247 0.353 +ttccc 0.101 0.0791 0.177 +ttccg 0.23 0.231 0.329 +ttcct 0.129 0.444 0.141 +ttcga 0.325 0.29 0.277 +ttcgc 0.285 0.28 0.318 +ttcgg 0.258 0.115 0.202 +ttcgt 0.132 0.315 0.203 +ttcta 0.185 0.185 0.158 +ttctc 0.201 0.292 0.196 +ttctg 0.417 0.19 0.453 +ttctt 0.197 0.332 0.193 +ttgaa 0.25 0.361 0.378 +ttgac 0.25 0.274 0.236 +ttgag 0.25 0.187 0.232 +ttgat 0.25 0.177 0.154 +ttgca 0.296 0.222 0.213 +ttgcc 0.234 0.242 0.389 +ttgcg 0.311 0.228 0.187 +ttgct 0.159 0.309 0.21 +ttgga 0.388 0.387 0.346 +ttggc 0.37 0.327 0.324 +ttggg 0.134 0.116 0.175 +ttggt 0.109 0.17 0.155 +ttgta 0.206 0.0983 0.155 +ttgtc 0.165 0.26 0.227 +ttgtg 0.257 0.311 0.375 +ttgtt 0.372 0.331 0.244 +tttaa 0.348 0.383 0.0185 +tttac 0.241 0.151 0.602 +tttag 0.199 0.215 0.0185 +tttat 0.212 0.251 0.361 +tttca 0.327 0.184 0.196 +tttcc 0.185 0.195 0.315 +tttcg 0.279 0.216 0.324 +tttct 0.209 0.405 0.165 +tttga 0.237 0.264 0.00973 +tttgc 0.191 0.265 0.389 +tttgg 0.383 0.237 0.375 +tttgt 0.189 0.234 0.226 +tttta 0.217 0.0859 0.176 +ttttc 0.301 0.312 0.257 +ttttg 0.327 0.225 0.401 +ttttt 0.156 0.376 0.166 + + +# +# Internal exon terminal emission probabilities +# +[ETEMISSION] +# Size of vector +1024 +# k : order of the markov model +4 +# patpseudocount (pseudocount of sequence patterns) +5 +# Probabilities +# Format: pattern win0 win1 win2 +aaaaa 0.25 0.25 0.25 +aaaac 0.25 0.25 0.25 +aaaag 0.25 0.25 0.25 +aaaat 0.25 0.25 0.25 +aaaca 0.25 0.25 0.25 +aaacc 0.25 0.25 0.25 +aaacg 0.25 0.25 0.25 +aaact 0.25 0.25 0.25 +aaaga 0.25 0.25 0.25 +aaagc 0.25 0.25 0.25 +aaagg 0.25 0.25 0.25 +aaagt 0.25 0.25 0.25 +aaata 0.25 0.25 0.25 +aaatc 0.25 0.25 0.25 +aaatg 0.25 0.25 0.25 +aaatt 0.25 0.25 0.25 +aacaa 0.25 0.25 0.25 +aacac 0.25 0.25 0.25 +aacag 0.25 0.25 0.25 +aacat 0.25 0.25 0.25 +aacca 0.25 0.25 0.25 +aaccc 0.25 0.25 0.25 +aaccg 0.25 0.25 0.25 +aacct 0.25 0.25 0.25 +aacga 0.25 0.25 0.25 +aacgc 0.25 0.25 0.25 +aacgg 0.25 0.25 0.25 +aacgt 0.25 0.25 0.25 +aacta 0.25 0.25 0.25 +aactc 0.25 0.25 0.25 +aactg 0.25 0.25 0.25 +aactt 0.25 0.25 0.25 +aagaa 0.25 0.25 0.25 +aagac 0.25 0.25 0.25 +aagag 0.25 0.25 0.25 +aagat 0.25 0.25 0.25 +aagca 0.25 0.25 0.25 +aagcc 0.25 0.25 0.25 +aagcg 0.25 0.25 0.25 +aagct 0.25 0.25 0.25 +aagga 0.25 0.25 0.25 +aaggc 0.25 0.25 0.25 +aaggg 0.25 0.25 0.25 +aaggt 0.25 0.25 0.25 +aagta 0.25 0.25 0.25 +aagtc 0.25 0.25 0.25 +aagtg 0.25 0.25 0.25 +aagtt 0.25 0.25 0.25 +aataa 0.25 0.25 0.25 +aatac 0.25 0.25 0.25 +aatag 0.25 0.25 0.25 +aatat 0.25 0.25 0.25 +aatca 0.25 0.25 0.25 +aatcc 0.25 0.25 0.25 +aatcg 0.25 0.25 0.25 +aatct 0.25 0.25 0.25 +aatga 0.25 0.25 0.25 +aatgc 0.25 0.25 0.25 +aatgg 0.25 0.25 0.25 +aatgt 0.25 0.25 0.25 +aatta 0.25 0.25 0.25 +aattc 0.25 0.25 0.25 +aattg 0.25 0.25 0.25 +aattt 0.25 0.25 0.25 +acaaa 0.25 0.25 0.25 +acaac 0.25 0.25 0.25 +acaag 0.25 0.25 0.25 +acaat 0.25 0.25 0.25 +acaca 0.25 0.25 0.25 +acacc 0.25 0.25 0.25 +acacg 0.25 0.25 0.25 +acact 0.25 0.25 0.25 +acaga 0.25 0.25 0.25 +acagc 0.25 0.25 0.25 +acagg 0.25 0.25 0.25 +acagt 0.25 0.25 0.25 +acata 0.25 0.25 0.25 +acatc 0.25 0.25 0.25 +acatg 0.25 0.25 0.25 +acatt 0.25 0.25 0.25 +accaa 0.25 0.25 0.25 +accac 0.25 0.25 0.25 +accag 0.25 0.25 0.25 +accat 0.25 0.25 0.25 +accca 0.25 0.25 0.25 +acccc 0.25 0.25 0.25 +acccg 0.25 0.25 0.25 +accct 0.25 0.25 0.25 +accga 0.25 0.25 0.25 +accgc 0.25 0.25 0.25 +accgg 0.25 0.25 0.25 +accgt 0.25 0.25 0.25 +accta 0.25 0.25 0.25 +acctc 0.25 0.25 0.25 +acctg 0.25 0.25 0.25 +acctt 0.25 0.25 0.25 +acgaa 0.25 0.25 0.25 +acgac 0.25 0.25 0.25 +acgag 0.25 0.25 0.25 +acgat 0.25 0.25 0.25 +acgca 0.25 0.25 0.25 +acgcc 0.25 0.25 0.25 +acgcg 0.25 0.25 0.25 +acgct 0.25 0.25 0.25 +acgga 0.25 0.25 0.25 +acggc 0.25 0.25 0.25 +acggg 0.25 0.25 0.25 +acggt 0.25 0.25 0.25 +acgta 0.25 0.25 0.25 +acgtc 0.25 0.25 0.25 +acgtg 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000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_intron_probs.pbl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_intron_probs.pbl Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,20382 @@ +#intron model parameters +# begin of content independent part +# +# ASS probabilities +#only nonpseudocount values are shown +[ASS] +# Size of vector +1024 +# c_ass (ASS count) +31180 +# asspseudocount (added to all possible patterns, no matter if they occur) +0.01 +# Probabilities * 1000 +aaaaa 0.321 +aaaac 0.289 +aaaag 0.0324 +aaaat 0.289 +aaaca 0.161 +aaacc 0.257 +aaacg 0.0644 +aaact 0.257 +aaaga 0.0324 +aaagc 0.0644 +aaagg 0.0324 +aaagt 0.0965 +aaata 0.161 +aaatc 0.193 +aaatg 0.129 +aaatt 0.161 +aacaa 0.193 +aacag 0.129 +aacat 0.129 +aacca 0.129 +aaccc 0.193 +aaccg 0.193 +aacct 0.129 +aacga 0.161 +aacgc 0.0644 +aacgg 0.0965 +aacta 0.0644 +aactc 0.0965 +aactg 0.129 +aactt 0.289 +aagaa 0.129 +aagag 0.0324 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+cacca 2.66 +caccc 2.47 +caccg 1.41 +cacct 2.79 +cacga 3.05 +cacgc 2.82 +cacgg 1.09 +cacgt 1.03 +cacta 1.83 +cactc 2.79 +cactg 3.11 +cactt 2.85 +cagaa 3.27 +cagac 1.44 +cagag 1.76 +cagat 2.44 +cagca 2.89 +cagcc 2.79 +cagcg 2.31 +cagct 3.62 +cagga 2.76 +caggc 1.67 +caggg 1.7 +caggt 1.15 +cagta 0.834 +cagtc 2.12 +cagtg 2.34 +cagtt 2.44 +cataa 4.94 +catac 6.73 +catag 1.15 +catat 6 +catca 6.22 +catcc 6.89 +catcg 5.26 +catct 6.44 +catga 6.48 +catgc 6.86 +catgg 5.55 +catgt 3.56 +catta 3.53 +cattc 6.64 +cattg 7.31 +cattt 6.09 +ccaaa 3.5 +ccaac 3.37 +ccaag 2.24 +ccaat 2.95 +ccaca 2.44 +ccacc 2.66 +ccacg 1.89 +ccact 2.12 +ccaga 0.609 +ccagc 1.41 +ccagg 0.898 +ccagt 0.674 +ccata 0.962 +ccatc 2.73 +ccatg 2.15 +ccatt 3.11 +cccaa 3.59 +cccac 2.21 +cccag 1.03 +cccat 2.37 +cccca 1.96 +ccccc 1.31 +ccccg 1.96 +cccct 1.35 +cccga 1.89 +cccgc 1.8 +cccgg 1.06 +cccgt 1.15 +cccta 1.25 +ccctc 1.92 +ccctg 2.69 +ccctt 1.48 +ccgaa 1.12 +ccgac 1.41 +ccgag 1.48 +ccgat 1.96 +ccgca 1.7 +ccgcc 2.08 +ccgcg 1.83 +ccgct 1.44 +ccgga 1.54 +ccggc 1.64 +ccggg 0.706 +ccggt 0.674 +ccgta 0.866 +ccgtc 0.802 +ccgtg 1.22 +ccgtt 1.57 +cctaa 2.53 +cctac 4.49 +cctag 0.449 +cctat 4.1 +cctca 4.33 +cctcc 4.49 +cctcg 2.63 +cctct 4.23 +cctga 3.66 +cctgc 6.54 +cctgg 5.74 +cctgt 3.11 +cctta 1.7 +ccttc 4.04 +ccttg 2.82 +ccttt 3.53 +cgaaa 5.26 +cgaac 4.87 +cgaag 2.08 +cgaat 3.4 +cgaca 4.26 +cgacc 2.76 +cgacg 2.76 +cgact 3.75 +cgaga 2.28 +cgagc 3.27 +cgagg 2.98 +cgagt 1.8 +cgata 1.86 +cgatc 3.94 +cgatg 4.36 +cgatt 2.6 +cgcaa 6.93 +cgcac 4.01 +cgcag 1.86 +cgcat 4.87 +cgcca 4.87 +cgccc 2.31 +cgccg 2.12 +cgcct 2.44 +cgcga 4.52 +cgcgc 2.31 +cgcgg 2.82 +cgcgt 1.67 +cgcta 2.69 +cgctc 3.78 +cgctg 4.04 +cgctt 2.47 +cggaa 2.18 +cggac 1.92 +cggag 1.96 +cggat 2.28 +cggca 3.4 +cggcc 1.96 +cggcg 2.53 +cggct 3.27 +cggga 0.994 +cgggc 1.25 +cgggg 0.161 +cgggt 0.481 +cggta 1.12 +cggtc 2.57 +cggtg 2.28 +cggtt 1.73 +cgtaa 2.92 +cgtac 4.2 +cgtag 0.545 +cgtat 3.46 +cgtca 6.28 +cgtcc 3.21 +cgtcg 3.24 +cgtct 5.26 +cgtga 6.57 +cgtgc 6.96 +cgtgg 8.14 +cgtgt 4.26 +cgtta 2.95 +cgttc 5.71 +cgttg 3.69 +cgttt 4.52 +ctaaa 0.674 +ctaac 0.706 +ctaag 0.385 +ctaat 0.962 +ctaca 1.92 +ctacc 2.15 +ctacg 1.57 +ctact 2.02 +ctaga 0.0965 +ctagc 0.129 +ctagg 0.0644 +ctagt 0.193 +ctata 0.545 +ctatc 1.44 +ctatg 1.35 +ctatt 1.19 +ctcaa 2.44 +ctcac 1.6 +ctcag 0.545 +ctcat 1.35 +ctcca 1.57 +ctccc 1.73 +ctccg 0.93 +ctcct 1.09 +ctcga 1.8 +ctcgc 1.92 +ctcgg 1.15 +ctcgt 0.834 +ctcta 0.834 +ctctc 1.22 +ctctg 1.67 +ctctt 0.898 +ctgaa 1.57 +ctgac 1.73 +ctgag 1.64 +ctgat 1.99 +ctgca 2.12 +ctgcc 3.3 +ctgcg 1.96 +ctgct 2.79 +ctgga 2.44 +ctggc 3.27 +ctggg 1.28 +ctggt 1.54 +ctgta 0.449 +ctgtc 1.51 +ctgtg 1.89 +ctgtt 1.44 +cttaa 2.15 +cttac 2.24 +cttag 0.449 +cttat 1.83 +cttca 2.82 +cttcc 4.01 +cttcg 3.27 +cttct 3.05 +cttga 2.53 +cttgc 2.69 +cttgg 3.66 +cttgt 1.44 +cttta 1.7 +ctttc 3.5 +ctttg 3.5 +ctttt 2.95 +gaaat 0.0324 +gaagt 0.0324 +gaatt 0.0324 +gacaa 0.0324 +gacat 0.0324 +gacga 0.0324 +gagat 0.0324 +gagca 0.0324 +gagcc 0.0324 +gatag 0.0324 +gatca 0.0324 +gatga 0.0324 +gatgc 0.0644 +gattg 0.0324 +gattt 0.0644 +gcagc 0.0644 +gcagg 0.0644 +gcatc 0.0324 +gccac 0.0324 +gcgcc 0.0324 +gctat 0.0644 +gctga 0.0324 +gctgg 0.0324 +ggaaa 0.0324 +ggaca 0.0644 +ggagc 0.0644 +ggatt 0.0324 +ggcag 0.0324 +ggcgc 0.0324 +ggcgg 0.0644 +ggcgt 0.0324 +ggctt 0.0324 +gggaa 0.0644 +gggca 0.0324 +ggtcc 0.0324 +ggtga 0.0324 +ggttc 0.0324 +gtaat 0.0324 +gtacc 0.0644 +gtacg 0.0324 +gtagg 0.0324 +gtata 0.0324 +gtcaa 0.0324 +gtcca 0.0324 +gtgcc 0.0324 +gtgga 0.0324 +gtgtg 0.0324 +gttat 0.0324 +gttta 0.0644 +taaaa 2.69 +taaac 2.44 +taaag 0.93 +taaat 2.4 +taaca 1.35 +taacc 1.73 +taacg 1.19 +taact 1.7 +taaga 0.385 +taagc 0.738 +taagg 0.321 +taagt 0.545 +taata 1.15 +taatc 1.89 +taatg 1.44 +taatt 1.35 +tacaa 1.31 +tacac 1.15 +tacag 0.385 +tacat 0.802 +tacca 1.09 +taccc 1.19 +taccg 0.738 +tacct 0.738 +tacga 0.898 +tacgc 0.802 +tacgg 0.609 +tacgt 0.353 +tacta 0.834 +tactc 0.738 +tactg 1.03 +tactt 1.51 +tagaa 0.77 +tagac 0.385 +tagag 0.417 +tagat 0.674 +tagca 1.09 +tagcc 1.89 +tagcg 0.994 +tagct 1.22 +tagga 0.449 +taggc 0.321 +taggg 0.257 +taggt 0.225 +tagta 0.674 +tagtc 0.802 +tagtg 0.481 +tagtt 0.962 +tataa 2.21 +tatac 2.63 +tatag 0.353 +tatat 2.79 +tatca 1.92 +tatcc 3.01 +tatcg 1.83 +tatct 2.63 +tatga 2.05 +tatgc 2.28 +tatgg 3.05 +tatgt 1.64 +tatta 1.64 +tattc 3.14 +tattg 2.98 +tattt 2.5 +tcaaa 1.57 +tcaac 1.89 +tcaag 0.77 +tcaat 1.25 +tcaca 0.706 +tcacc 1.09 +tcacg 0.417 +tcact 0.77 +tcaga 0.161 +tcagc 0.353 +tcagg 0.257 +tcagt 0.225 +tcata 0.545 +tcatc 1.25 +tcatg 0.834 +tcatt 1.12 +tccaa 1.8 +tccac 1.57 +tccag 0.93 +tccat 1.41 +tccca 1.19 +tcccc 0.513 +tcccg 0.674 +tccct 0.802 +tccga 0.513 +tccgc 0.674 +tccgg 0.257 +tccgt 0.353 +tccta 0.545 +tcctc 0.738 +tcctg 1.19 +tcctt 0.866 +tcgaa 0.898 +tcgac 0.449 +tcgag 0.289 +tcgat 0.481 +tcgca 0.642 +tcgcc 1.22 +tcgcg 0.481 +tcgct 0.898 +tcgga 0.449 +tcggc 0.481 +tcggg 0.0965 +tcggt 0.225 +tcgta 0.225 +tcgtc 0.449 +tcgtg 0.513 +tcgtt 0.385 +tctaa 0.866 +tctac 1.48 +tctag 0.129 +tctat 1.8 +tctca 1.25 +tctcc 2.12 +tctcg 0.834 +tctct 1.41 +tctga 1.41 +tctgc 2.37 +tctgg 1.83 +tctgt 0.994 +tctta 0.898 +tcttc 1.41 +tcttg 1.41 +tcttt 1.86 +tgaaa 2.6 +tgaac 1.89 +tgaag 1.15 +tgaat 2.02 +tgaca 1.31 +tgacc 0.898 +tgacg 0.609 +tgact 1.28 +tgaga 0.834 +tgagc 1.35 +tgagg 1.51 +tgagt 0.545 +tgata 1.12 +tgatc 1.28 +tgatg 1.22 +tgatt 1.25 +tgcaa 2.21 +tgcac 1.35 +tgcag 0.417 +tgcat 1.86 +tgcca 1.83 +tgccc 0.834 +tgccg 0.834 +tgcct 1.57 +tgcga 1.22 +tgcgc 0.449 +tgcgg 0.674 +tgcgt 0.449 +tgcta 1.64 +tgctc 1.41 +tgctg 1.35 +tgctt 0.962 +tggaa 0.866 +tggac 0.77 +tggag 0.802 +tggat 0.994 +tggca 0.93 +tggcc 1.19 +tggcg 0.994 +tggct 1.25 +tggga 0.257 +tgggc 0.642 +tgggg 0.161 +tgggt 0.0644 +tggta 0.545 +tggtc 0.93 +tggtg 0.738 +tggtt 0.706 +tgtaa 1.67 +tgtac 2.44 +tgtag 0.385 +tgtat 1.89 +tgtca 1.67 +tgtcc 1.38 +tgtcg 1.12 +tgtct 2.69 +tgtga 2.37 +tgtgc 2.5 +tgtgg 3.17 +tgtgt 1.51 +tgtta 1.28 +tgttc 2.95 +tgttg 1.73 +tgttt 2.69 +ttaaa 0.481 +ttaac 0.353 +ttaag 0.289 +ttaat 0.353 +ttaca 0.545 +ttacc 0.481 +ttacg 0.481 +ttact 0.866 +ttagc 0.0644 +ttagg 0.0324 +ttata 0.161 +ttatc 0.513 +ttatg 0.77 +ttatt 0.577 +ttcaa 0.449 +ttcac 0.417 +ttcag 0.257 +ttcat 0.513 +ttcca 0.481 +ttccc 0.481 +ttccg 0.193 +ttcct 0.834 +ttcga 0.417 +ttcgc 0.609 +ttcgg 0.0324 +ttcgt 0.161 +ttcta 0.257 +ttctc 0.609 +ttctg 0.545 +ttctt 0.481 +ttgaa 0.802 +ttgac 1.03 +ttgag 0.545 +ttgat 0.834 +ttgca 0.642 +ttgcc 1.48 +ttgcg 0.577 +ttgct 1.22 +ttgga 0.962 +ttggc 1.35 +ttggg 0.417 +ttggt 0.577 +ttgta 0.289 +ttgtc 0.577 +ttgtg 0.321 +ttgtt 0.642 +tttaa 0.77 +tttac 1.03 +tttag 0.161 +tttat 0.962 +tttca 0.513 +tttcc 1.31 +tttcg 1.09 +tttct 0.738 +tttga 1.03 +tttgc 1.06 +tttgg 1.6 +tttgt 0.449 +tttta 0.93 +ttttc 1.44 +ttttg 0.898 +ttttt 1.31 + +# +# ASS binned probabilities +[ASSBIN] +# number of bins: +54 +# monotonic: increasing +# lower bin boundary <= average probability + 3.08e-07 +1.64e-05 6.11e-05 +4.84e-05 8.74e-05 +8.05e-05 0.000138 +0.000113 0.00017 +0.000145 0.00019 +0.000177 0.000227 +0.000209 0.000259 +0.000241 0.000278 +0.000273 0.000337 +0.000305 0.000353 +0.000337 0.000382 +0.000369 0.000411 +0.000401 0.000436 +0.000433 0.000436 +0.000465 0.00045 +0.000497 0.000509 +0.000561 0.000512 +0.000626 0.000649 +0.00069 0.000784 +0.000754 0.000813 +0.000818 0.000822 +0.00085 0.000858 +0.000914 0.00106 +0.000978 0.00109 +0.00104 0.00136 +0.00114 0.00136 +0.0012 0.00137 +0.00127 0.00139 +0.00133 0.00145 +0.00139 0.00145 +0.00146 0.00147 +0.00156 0.00179 +0.00165 0.00186 +0.00172 0.00195 +0.00181 0.00195 +0.00188 0.00206 +0.00194 0.00211 +0.00207 0.0024 +0.00216 0.00234 +0.00229 0.00234 +0.00245 0.00241 +0.00258 0.00241 +0.00271 0.00241 +0.00284 0.00263 +0.00303 0.00265 +0.00322 0.00266 +0.00343 0.00266 +0.00361 0.00267 +0.00402 0.00318 +0.00442 0.00353 +0.00524 0.00375 +0.00616 0.00375 +0.00688 0.00524 + + +# +# DSS probabilities +#only nonpseudocount values are shown +[DSS] +# Size of vector +16384 +# c_dss (DSS count) +31193 +# dsspseudocount (added to all possible patterns, no matter if they occur) +0.0101 +# Probabilities * 1000 +aaaaaaa 0.0975 +aaaaaac 0.0352 +aaaaaag 0.128 +aaaaaat 0.386 +aaaaaca 0.0647 +aaaaacc 0.00203 +aaaaacg 0.00184 +aaaaact 0.0091 +aaaaaga 0.801 +aaaaagc 1.02 +aaaaagg 0.419 +aaaaagt 6.59 +aaaaata 0.254 +aaaaatc 0.0656 +aaaaatg 0.315 +aaaaatt 0.385 +aaaacaa 0.00119 +aaaacac 0.000727 +aaaacag 0.0631 +aaaacat 0.033 +aaaacca 0.000634 +aaaaccc 0.000541 +aaaaccg 0.000417 +aaaacct 0.00107 +aaaacga 0.0653 +aaaacgc 0.0024 +aaaacgg 0.00178 +aaaacgt 0.513 +aaaacta 0.000913 +aaaactc 0.000479 +aaaactg 0.000913 +aaaactt 0.00169 +aaaagaa 0.000913 +aaaagac 0.000727 +aaaagag 0.000851 +aaaagat 0.0955 +aaaagca 0.000696 +aaaagcc 0.000634 +aaaagcg 0.0319 +aaaagct 0.00163 +aaaagga 0.0979 +aaaaggc 0.035 +aaaaggg 0.0648 +aaaaggt 0.578 +aaaagta 0.0322 +aaaagtc 0.000665 +aaaagtg 0.0321 +aaaagtt 0.0332 +aaaataa 0.00156 +aaaatac 0.0633 +aaaatag 0.00104 +aaaatat 0.0346 +aaaatca 0.000758 +aaaatcc 0.0318 +aaaatcg 0.000541 +aaaatct 0.0647 +aaaatga 0.192 +aaaatgc 0.0676 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+tttcact 0.000355 +tttcaga 0.000541 +tttcagc 0.000572 +tttcagg 0.000417 +tttcagt 0.00476 +tttcata 0.000386 +tttcatc 0.000324 +tttcatg 0.000386 +tttcatt 0.000355 +tttccaa 0.000324 +tttccac 0.000324 +tttccag 0.000324 +tttccat 0.000324 +tttccca 0.000324 +tttcccc 0.000324 +tttcccg 0.000324 +tttccct 0.000324 +tttccga 0.000324 +tttccgc 0.000324 +tttccgg 0.000324 +tttccgt 0.000386 +tttccta 0.000324 +tttcctc 0.000324 +tttcctg 0.000355 +tttcctt 0.000355 +tttcgaa 0.000324 +tttcgac 0.000324 +tttcgag 0.000324 +tttcgat 0.000324 +tttcgca 0.000324 +tttcgcc 0.000324 +tttcgcg 0.000324 +tttcgct 0.000324 +tttcgga 0.000355 +tttcggc 0.000324 +tttcggg 0.000355 +tttcggt 0.00051 +tttcgta 0.000324 +tttcgtc 0.000324 +tttcgtg 0.000355 +tttcgtt 0.000324 +tttctaa 0.000324 +tttctac 0.000324 +tttctag 0.000355 +tttctat 0.000324 +tttctca 0.000324 +tttctcc 0.000324 +tttctcg 0.000355 +tttctct 0.000324 +tttctga 0.000386 +tttctgc 0.000355 +tttctgg 0.000355 +tttctgt 0.000572 +tttctta 0.000355 +tttcttc 0.000386 +tttcttg 0.0316 +tttcttt 0.000355 +tttgaaa 0.000386 +tttgaac 0.000324 +tttgaag 0.000386 +tttgaat 0.00197 +tttgaca 0.000355 +tttgacc 0.000324 +tttgacg 0.000355 +tttgact 0.00178 +tttgaga 0.00265 +tttgagc 0.00299 +tttgagg 0.0333 +tttgagt 1.49 +tttgata 0.0316 +tttgatc 0.000386 +tttgatg 0.000479 +tttgatt 0.00187 +tttgcaa 0.000355 +tttgcac 0.000324 +tttgcag 0.000324 +tttgcat 0.000324 +tttgcca 0.000324 +tttgccc 0.000324 +tttgccg 0.000324 +tttgcct 0.000355 +tttgcga 0.000324 +tttgcgc 0.000355 +tttgcgg 0.000386 +tttgcgt 0.0025 +tttgcta 0.000355 +tttgctc 0.000355 +tttgctg 0.000355 +tttgctt 0.000324 +tttggaa 0.000355 +tttggac 0.000324 +tttggag 0.000324 +tttggat 0.000386 +tttggca 0.000355 +tttggcc 0.000355 +tttggcg 0.000324 +tttggct 0.000386 +tttggga 0.000417 +tttgggc 0.000417 +tttgggg 0.000479 +tttgggt 0.0658 +tttggta 0.000417 +tttggtc 0.000324 +tttggtg 0.000324 +tttggtt 0.000417 +tttgtaa 0.000324 +tttgtac 0.000324 +tttgtag 0.000324 +tttgtat 0.000355 +tttgtca 0.000324 +tttgtcc 0.000324 +tttgtcg 0.000324 +tttgtct 0.000355 +tttgtga 0.000417 +tttgtgc 0.000386 +tttgtgg 0.000386 +tttgtgt 0.0334 +tttgtta 0.000386 +tttgttc 0.000355 +tttgttg 0.000355 +tttgttt 0.000355 +ttttaaa 0.000355 +ttttaac 0.000355 +ttttaag 0.000355 +ttttaat 0.000417 +ttttaca 0.000324 +ttttacc 0.000324 +ttttacg 0.000355 +ttttact 0.000324 +ttttaga 0.000572 +ttttagc 0.000603 +ttttagg 0.000479 +ttttagt 0.00538 +ttttata 0.000417 +ttttatc 0.000355 +ttttatg 0.0316 +ttttatt 0.000417 +ttttcaa 0.000324 +ttttcac 0.000324 +ttttcag 0.000324 +ttttcat 0.000324 +ttttcca 0.000324 +ttttccc 0.000324 +ttttccg 0.000324 +ttttcct 0.000324 +ttttcga 0.000355 +ttttcgc 0.000324 +ttttcgg 0.000355 +ttttcgt 0.000634 +ttttcta 0.000324 +ttttctc 0.000324 +ttttctg 0.000355 +ttttctt 0.000324 +ttttgaa 0.000324 +ttttgac 0.000324 +ttttgag 0.000324 +ttttgat 0.000324 +ttttgca 0.000355 +ttttgcc 0.000324 +ttttgcg 0.000324 +ttttgct 0.000324 +ttttgga 0.000355 +ttttggc 0.000386 +ttttggg 0.000324 +ttttggt 0.000572 +ttttgta 0.000324 +ttttgtc 0.000324 +ttttgtg 0.000355 +ttttgtt 0.000324 +tttttaa 0.000355 +tttttac 0.000324 +tttttag 0.000324 +tttttat 0.000324 +tttttca 0.000324 +tttttcc 0.000324 +tttttcg 0.000324 +tttttct 0.000324 +tttttga 0.000386 +tttttgc 0.000386 +tttttgg 0.000355 +tttttgt 0.000727 +tttttta 0.000386 +ttttttc 0.000355 +ttttttg 0.000386 +ttttttt 0.000324 + +# +# DSS binned probabilities +[DSSBIN] +# number of bins: +50 +# monotonic: increasing +# lower bin boundary <= average probability + 3.15e-07 +3.24e-07 3.15e-07 +3.24e-07 3.21e-07 +3.24e-07 3.21e-07 +3.55e-07 3.34e-07 +3.55e-07 3.34e-07 +3.55e-07 3.48e-07 +3.7e-07 3.8e-07 +3.86e-07 3.8e-07 +3.86e-07 3.8e-07 +3.86e-07 4.13e-07 +4.17e-07 4.17e-07 +4.17e-07 4.24e-07 +4.48e-07 4.32e-07 +4.48e-07 4.62e-07 +4.79e-07 4.79e-07 +4.79e-07 4.86e-07 +5.1e-07 5.34e-07 +5.41e-07 5.34e-07 +5.72e-07 5.99e-07 +6.03e-07 6.31e-07 +6.34e-07 6.31e-07 +6.8e-07 6.99e-07 +7.27e-07 7.47e-07 +7.89e-07 7.91e-07 +8.35e-07 8.29e-07 +8.82e-07 9.11e-07 +9.91e-07 1.03e-06 +1.1e-06 1.13e-06 +1.22e-06 1.3e-06 +1.42e-06 1.63e-06 +1.69e-06 1.86e-06 +2.2e-06 2.47e-06 +3.1e-06 9.11e-06 +2.3e-05 0.000118 +3.16e-05 0.000115 +3.19e-05 0.000113 +3.22e-05 0.000113 +3.27e-05 0.000113 +3.35e-05 0.000113 +3.5e-05 0.000139 +6.37e-05 0.000142 +6.6e-05 0.000197 +9.56e-05 0.000298 +0.000104 0.00031 +0.00016 0.000394 +0.000224 0.00132 +0.000324 0.00233 +0.0006 0.00626 +0.00136 0.0189 + +# +# Length probabilities +# +[LENGTH] +# The 'd' variable +929 +# The length probabilities from '0' to 'd' (*1000) +2.96e-06 +4.36e-06 +6.36e-06 +9.15e-06 +1.3e-05 +1.83e-05 +2.54e-05 +3.47e-05 +4.7e-05 +6.28e-05 +8.29e-05 +0.000108 +0.000139 +0.000177 +0.000223 +0.000276 +0.000339 +0.00041 +0.000491 +0.00058 +0.000677 +0.00078 +0.000889 +0.001 +0.00112 +0.00123 +0.00136 +0.00149 +0.00166 +0.00186 +0.00214 +0.00254 +0.00313 +0.00402 +0.00541 +0.00755 +0.0108 +0.0154 +0.0222 +0.0324 +0.0493 +0.0799 +0.138 +0.247 +0.445 +0.786 +1.34 +2.21 +3.48 +5.25 +7.6 +10.5 +14.1 +18 +22.2 +26.5 +30.5 +33.9 +36.6 +38.4 +39.1 +38.8 +37.6 +35.6 +33.1 +30.2 +27.2 +24.2 +21.4 +18.7 +16.3 +14.1 +12.3 +10.7 +9.34 +8.21 +7.25 +6.41 +5.65 +4.95 +4.33 +3.81 +3.4 +3.12 +2.95 +2.84 +2.78 +2.73 +2.68 +2.63 +2.57 +2.52 +2.46 +2.4 +2.34 +2.28 +2.2 +2.12 +2.03 +1.95 +1.86 +1.8 +1.74 +1.71 +1.69 +1.69 +1.69 +1.7 +1.71 +1.72 +1.73 +1.73 +1.73 +1.71 +1.7 +1.67 +1.64 +1.61 +1.57 +1.54 +1.5 +1.47 +1.44 +1.42 +1.4 +1.39 +1.38 +1.36 +1.35 +1.34 +1.33 +1.31 +1.29 +1.27 +1.24 +1.21 +1.18 +1.15 +1.13 +1.1 +1.08 +1.05 +1.03 +1.02 +1.01 +1 +0.996 +0.993 +0.991 +0.99 +0.989 +0.986 +0.981 +0.975 +0.966 +0.955 +0.943 +0.928 +0.912 +0.895 +0.879 +0.862 +0.847 +0.832 +0.819 +0.807 +0.797 +0.788 +0.781 +0.774 +0.768 +0.763 +0.758 +0.753 +0.748 +0.742 +0.737 +0.731 +0.725 +0.718 +0.712 +0.706 +0.7 +0.694 +0.688 +0.683 +0.678 +0.674 +0.67 +0.666 +0.662 +0.659 +0.656 +0.653 +0.651 +0.648 +0.646 +0.644 +0.643 +0.642 +0.641 +0.641 +0.641 +0.641 +0.642 +0.643 +0.644 +0.645 +0.646 +0.647 +0.648 +0.648 +0.648 +0.648 +0.647 +0.646 +0.644 +0.642 +0.64 +0.638 +0.635 +0.633 +0.63 +0.628 +0.625 +0.623 +0.62 +0.618 +0.616 +0.613 +0.611 +0.609 +0.606 +0.604 +0.601 +0.598 +0.595 +0.591 +0.587 +0.584 +0.58 +0.576 +0.571 +0.567 +0.563 +0.559 +0.555 +0.551 +0.547 +0.543 +0.54 +0.536 +0.533 +0.53 +0.528 +0.525 +0.523 +0.521 +0.519 +0.517 +0.516 +0.515 +0.513 +0.512 +0.511 +0.511 +0.51 +0.509 +0.508 +0.508 +0.507 +0.506 +0.506 +0.505 +0.504 +0.503 +0.502 +0.501 +0.499 +0.498 +0.496 +0.495 +0.493 +0.491 +0.489 +0.487 +0.484 +0.482 +0.479 +0.477 +0.474 +0.471 +0.468 +0.465 +0.462 +0.459 +0.456 +0.453 +0.45 +0.447 +0.444 +0.441 +0.438 +0.435 +0.432 +0.429 +0.427 +0.424 +0.421 +0.419 +0.417 +0.415 +0.413 +0.411 +0.409 +0.407 +0.406 +0.404 +0.403 +0.402 +0.401 +0.4 +0.399 +0.398 +0.397 +0.396 +0.395 +0.395 +0.394 +0.393 +0.393 +0.392 +0.392 +0.391 +0.39 +0.39 +0.389 +0.389 +0.388 +0.388 +0.387 +0.386 +0.386 +0.385 +0.385 +0.384 +0.384 +0.383 +0.382 +0.382 +0.381 +0.381 +0.38 +0.379 +0.379 +0.378 +0.377 +0.377 +0.376 +0.376 +0.375 +0.374 +0.374 +0.373 +0.372 +0.372 +0.371 +0.37 +0.369 +0.369 +0.368 +0.367 +0.366 +0.365 +0.364 +0.363 +0.362 +0.361 +0.36 +0.359 +0.357 +0.356 +0.355 +0.354 +0.352 +0.351 +0.349 +0.348 +0.346 +0.345 +0.343 +0.342 +0.34 +0.339 +0.337 +0.336 +0.334 +0.332 +0.331 +0.329 +0.328 +0.326 +0.325 +0.324 +0.322 +0.321 +0.319 +0.318 +0.317 +0.315 +0.314 +0.313 +0.311 +0.31 +0.309 +0.307 +0.306 +0.305 +0.303 +0.302 +0.301 +0.299 +0.298 +0.296 +0.295 +0.293 +0.292 +0.29 +0.289 +0.287 +0.285 +0.284 +0.282 +0.28 +0.279 +0.277 +0.275 +0.274 +0.272 +0.27 +0.268 +0.267 +0.265 +0.263 +0.261 +0.26 +0.258 +0.257 +0.255 +0.254 +0.252 +0.251 +0.249 +0.248 +0.247 +0.246 +0.244 +0.243 +0.242 +0.241 +0.241 +0.24 +0.239 +0.238 +0.238 +0.237 +0.237 +0.236 +0.236 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.234 +0.234 +0.234 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.236 +0.235 +0.235 +0.235 +0.235 +0.234 +0.234 +0.234 +0.233 +0.233 +0.232 +0.232 +0.232 +0.231 +0.231 +0.23 +0.229 +0.229 +0.228 +0.228 +0.227 +0.227 +0.226 +0.225 +0.225 +0.224 +0.223 +0.223 +0.222 +0.222 +0.221 +0.22 +0.22 +0.219 +0.218 +0.217 +0.217 +0.216 +0.215 +0.215 +0.214 +0.213 +0.213 +0.212 +0.211 +0.21 +0.21 +0.209 +0.208 +0.208 +0.207 +0.206 +0.205 +0.205 +0.204 +0.203 +0.202 +0.202 +0.201 +0.2 +0.199 +0.199 +0.198 +0.197 +0.196 +0.196 +0.195 +0.194 +0.193 +0.193 +0.192 +0.191 +0.19 +0.19 +0.189 +0.188 +0.188 +0.187 +0.186 +0.185 +0.185 +0.184 +0.183 +0.183 +0.182 +0.181 +0.18 +0.18 +0.179 +0.178 +0.178 +0.177 +0.177 +0.176 +0.175 +0.175 +0.174 +0.174 +0.173 +0.172 +0.172 +0.171 +0.171 +0.17 +0.17 +0.169 +0.169 +0.168 +0.168 +0.168 +0.167 +0.167 +0.166 +0.166 +0.166 +0.165 +0.165 +0.164 +0.164 +0.164 +0.164 +0.163 +0.163 +0.163 +0.162 +0.162 +0.162 +0.162 +0.161 +0.161 +0.161 +0.161 +0.161 +0.16 +0.16 +0.16 +0.16 +0.16 +0.16 +0.159 +0.159 +0.159 +0.159 +0.159 +0.159 +0.158 +0.158 +0.158 +0.158 +0.158 +0.158 +0.158 +0.158 +0.157 +0.157 +0.157 +0.157 +0.157 +0.157 +0.156 +0.156 +0.156 +0.156 +0.156 +0.155 +0.155 +0.155 +0.155 +0.155 +0.154 +0.154 +0.154 +0.154 +0.153 +0.153 +0.153 +0.153 +0.152 +0.152 +0.152 +0.151 +0.151 +0.151 +0.15 +0.15 +0.149 +0.149 +0.149 +0.148 +0.148 +0.147 +0.147 +0.147 +0.146 +0.146 +0.145 +0.145 +0.144 +0.144 +0.143 +0.143 +0.142 +0.142 +0.141 +0.141 +0.14 +0.14 +0.139 +0.139 +0.138 +0.138 +0.137 +0.137 +0.136 +0.135 +0.135 +0.134 +0.134 +0.133 +0.133 +0.132 +0.132 +0.131 +0.13 +0.13 +0.129 +0.129 +0.128 +0.128 +0.127 +0.127 +0.126 +0.126 +0.125 +0.125 +0.124 +0.124 +0.123 +0.123 +0.122 +0.122 +0.121 +0.121 +0.12 +0.12 +0.12 +0.119 +0.119 +0.118 +0.118 +0.118 +0.117 +0.117 +0.116 +0.116 +0.116 +0.115 +0.115 +0.115 +0.114 +0.114 +0.114 +0.114 +0.113 +0.113 +0.113 +0.113 +0.112 +0.112 +0.112 +0.112 +0.111 +0.111 +0.111 +0.111 +0.111 +0.11 +0.11 +0.11 +0.11 +0.11 +0.11 +0.11 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.109 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.108 +0.107 +0.107 +0.107 +0.107 +0.107 +0.107 +0.107 +0.107 +0.107 +0.107 +0.106 +0.106 +0.106 +0.106 +0.106 +0.106 +0.106 +0.106 +0.105 +0.105 +0.105 +0.105 +0.105 +0.105 +0.105 +0.104 +0.104 +0.104 +0.104 +0.104 +0.104 +0.104 +0.103 +0.103 +0.103 +0.103 +0.103 +0.103 +0.102 +0.102 +0.102 +0.102 +0.102 +0.102 +0.102 +0.101 +0.101 +0.101 +0.101 +0.101 +0.101 +0.101 +0.1 +0.1 +0.1 +0.1 +0.0999 +0.0998 +0.0996 +0.0995 +0.0994 +0.0993 +0.0991 +0.099 +0.0989 +0.0988 +0.0987 +0.0986 +0.0985 +# end of content independent part +[1] +# (a,c,g,t)= (0.295, 0.205, 0.205, 0.295) +# +# Probabilities file for the intron model +# +# +# Transition probabilities +# +[TRANSITION] +# the probability of an intron of length at most d +0.666 +# mean additional length of introns with length > d +5.08e+03 + +# +# The emission probabilities of introns +# +[EMISSION] +# size of the emission vector +1024 +#k= +4 +# patpseudo : pseudocount for sequence patterns +5 +aaaaa 0.3975 +aaaac 0.1709 +aaaag 0.1564 +aaaat 0.2752 +aaaca 0.3889 +aaacc 0.1645 +aaacg 0.1779 +aaact 0.2687 +aaaga 0.2619 +aaagc 0.2378 +aaagg 0.1863 +aaagt 0.3141 +aaata 0.3158 +aaatc 0.1534 +aaatg 0.2233 +aaatt 0.3076 +aacaa 0.4226 +aacac 0.1726 +aacag 0.1695 +aacat 0.2353 +aacca 0.3832 +aaccc 0.2159 +aaccg 0.2123 +aacct 0.1885 +aacga 0.344 +aacgc 0.2315 +aacgg 0.206 +aacgt 0.2185 +aacta 0.2565 +aactc 0.1682 +aactg 0.2432 +aactt 0.3321 +aagaa 0.4007 +aagac 0.149 +aagag 0.2108 +aagat 0.2395 +aagca 0.3249 +aagcc 0.2167 +aagcg 0.2052 +aagct 0.2533 +aagga 0.3307 +aaggc 0.2384 +aaggg 0.2164 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tgtac 677972 +# tgtag 550407 +# tgtat 1414962 +# tgtca 762714 +# tgtcc 510845 +# tgtcg 508825 +# tgtct 683116 +# tgtga 803201 +# tgtgc 973852 +# tgtgg 869425 +# tgtgt 1663336 +# tgtta 1028219 +# tgttc 790377 +# tgttg 1374760 +# tgttt 2347725 +# ttaaa 3011593 +# ttaac 1058270 +# ttaag 1205442 +# ttaat 2367258 +# ttaca 1191830 +# ttacc 579160 +# ttacg 509739 +# ttact 924268 +# ttaga 785429 +# ttagc 803619 +# ttagg 509181 +# ttagt 976553 +# ttata 1809002 +# ttatc 1000706 +# ttatg 1277197 +# ttatt 2870219 +# ttcaa 1688548 +# ttcac 823994 +# ttcag 875743 +# ttcat 1353356 +# ttcca 1141860 +# ttccc 776760 +# ttccg 639463 +# ttcct 844447 +# ttcga 1013213 +# ttcgc 855631 +# ttcgg 698837 +# ttcgt 871342 +# ttcta 890087 +# ttctc 841394 +# ttctg 946845 +# ttctt 1516968 +# ttgaa 1688548 +# ttgac 741091 +# ttgag 776440 +# ttgat 1325067 +# ttgca 1476775 +# ttgcc 1075827 +# ttgcg 704154 +# ttgct 1293450 +# ttgga 927788 +# ttggc 1260242 +# ttggg 822345 +# ttggt 980857 +# ttgta 1275361 +# ttgtc 843496 +# ttgtg 1221327 +# ttgtt 2341971 +# tttaa 3011593 +# tttac 1276443 +# tttag 1145019 +# tttat 3051195 +# tttca 1957941 +# tttcc 1517354 +# tttcg 1427298 +# tttct 1793145 +# tttga 1659999 +# tttgc 1765755 +# tttgg 1551540 +# tttgt 2379188 +# tttta 3099452 +# ttttc 2625305 +# ttttg 2761348 +# ttttt 5600229 + +# motif upstream of acceptor splice site +[ASSMOTIF] +# width of motif, n= +32 +# order of markov model, k= +1 +# markov chain emission probabilities + 0 0.358 0.167 0.126 0.35 0.329 0.218 0.131 0.323 0.326 0.213 0.151 0.31 0.298 0.172 0.17 0.36 + 1 0.358 0.168 0.125 0.35 0.328 0.215 0.13 0.327 0.328 0.212 0.151 0.309 0.299 0.171 0.169 0.36 + 2 0.358 0.168 0.122 0.352 0.327 0.217 0.128 0.329 0.329 0.214 0.148 0.309 0.301 0.169 0.167 0.362 + 3 0.358 0.17 0.119 0.353 0.326 0.216 0.126 0.331 0.328 0.216 0.146 0.31 0.303 0.169 0.165 0.362 + 4 0.358 0.172 0.116 0.355 0.324 0.216 0.124 0.336 0.325 0.218 0.145 0.312 0.305 0.17 0.163 0.363 + 5 0.358 0.174 0.11 0.358 0.322 0.215 0.12 0.343 0.324 0.219 0.143 0.314 0.308 0.169 0.159 0.364 + 6 0.358 0.176 0.104 0.361 0.319 0.216 0.117 0.349 0.323 0.221 0.139 0.317 0.313 0.169 0.155 0.363 + 7 0.359 0.178 0.0971 0.365 0.315 0.216 0.114 0.355 0.322 0.222 0.134 0.322 0.316 0.168 0.151 0.365 + 8 0.362 0.179 0.0893 0.37 0.31 0.216 0.111 0.363 0.321 0.223 0.129 0.328 0.32 0.168 0.146 0.367 + 9 0.362 0.182 0.0832 0.372 0.305 0.218 0.106 0.371 0.319 0.225 0.124 0.332 0.323 0.167 0.142 0.369 +10 0.364 0.184 0.0758 0.376 0.301 0.219 0.103 0.377 0.314 0.228 0.119 0.339 0.325 0.167 0.139 0.37 +11 0.364 0.185 0.0701 0.38 0.298 0.218 0.102 0.382 0.309 0.229 0.116 0.346 0.324 0.167 0.137 0.372 +12 0.366 0.185 0.0646 0.385 0.294 0.22 0.101 0.385 0.306 0.228 0.114 0.352 0.32 0.168 0.137 0.375 +13 0.367 0.183 0.0603 0.389 0.293 0.22 0.102 0.385 0.305 0.228 0.111 0.356 0.314 0.169 0.137 0.38 +14 0.364 0.184 0.0574 0.394 0.29 0.223 0.104 0.383 0.301 0.228 0.111 0.36 0.305 0.171 0.138 0.386 +15 0.359 0.186 0.0542 0.4 0.286 0.227 0.105 0.382 0.295 0.23 0.11 0.365 0.292 0.175 0.138 0.395 +16 0.355 0.187 0.0513 0.407 0.279 0.232 0.106 0.382 0.287 0.234 0.11 0.37 0.278 0.18 0.138 0.404 +17 0.347 0.187 0.05 0.415 0.275 0.236 0.108 0.382 0.277 0.238 0.11 0.376 0.261 0.184 0.14 0.414 +18 0.339 0.187 0.047 0.426 0.268 0.239 0.11 0.382 0.268 0.239 0.11 0.383 0.244 0.189 0.14 0.426 +19 0.329 0.188 0.0445 0.438 0.262 0.242 0.113 0.383 0.262 0.239 0.11 0.39 0.229 0.194 0.139 0.437 +20 0.32 0.189 0.0399 0.451 0.252 0.246 0.112 0.389 0.256 0.239 0.107 0.398 0.214 0.2 0.137 0.449 +21 0.307 0.192 0.0368 0.464 0.244 0.253 0.111 0.392 0.245 0.245 0.106 0.404 0.201 0.206 0.133 0.46 +22 0.294 0.198 0.032 0.475 0.235 0.266 0.11 0.389 0.236 0.253 0.103 0.407 0.192 0.218 0.13 0.46 +23 0.286 0.201 0.0264 0.487 0.233 0.273 0.111 0.383 0.231 0.261 0.0999 0.408 0.186 0.225 0.127 0.461 +24 0.276 0.207 0.0212 0.495 0.228 0.282 0.107 0.383 0.225 0.272 0.0963 0.406 0.179 0.233 0.121 0.466 +25 0.258 0.204 0.0171 0.521 0.213 0.286 0.103 0.398 0.214 0.271 0.0937 0.421 0.166 0.236 0.114 0.484 +26 0.255 0.208 0.0131 0.524 0.207 0.3 0.0997 0.393 0.214 0.274 0.0902 0.421 0.148 0.223 0.102 0.527 +27 0.27 0.208 0.0141 0.508 0.22 0.291 0.116 0.372 0.225 0.275 0.0979 0.403 0.147 0.217 0.127 0.509 +28 0.269 0.21 0.0127 0.508 0.219 0.296 0.116 0.369 0.221 0.282 0.096 0.402 0.143 0.217 0.127 0.514 +29 0.267 0.214 0.0126 0.507 0.221 0.301 0.118 0.36 0.219 0.29 0.0977 0.393 0.139 0.217 0.128 0.516 +30 0.27 0.214 0.0126 0.504 0.223 0.302 0.12 0.354 0.224 0.292 0.097 0.387 0.135 0.215 0.13 0.52 +31 0.273 0.209 0.0136 0.504 0.224 0.299 0.123 0.354 0.23 0.285 0.0997 0.385 0.126 0.203 0.132 0.539 diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.cfg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.cfg Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,48 @@ +# This file contains the list of meta parameters for the coding regions (CDS) which are subject to optimization. +# All other meta parameters are chosen as given in the species parameter file. The order +# of the parameters determines the order in the optimization process. +# Basically, different values for these meta parameters are tried out and the ones +# giving best performance in a cross-validation on the training set are chosen. +# For each parameter the range of possible values is specified after the parameter +# name and at least one white space. +# 3 cases are possible for the range: +# - an explicit list is given, e.g. protein "on" "off" +# - it is an integer range, e.g. window_size "1"-"5" +# - it is a range of floating point numbers, e.g. pseudocount "0.3"_"1.8" +# +# +# Mario Stanke, 19.12.2006 +# + +/Constant/dss_end "1"-"4" +/Constant/dss_start "1"-"3" +/Constant/ass_start "1"-"3" +/Constant/ass_end "0"-"4" +/Constant/ass_upwindow_size "1"-"50" +/IntronModel/d "100"-"950" +/IntronModel/ass_motif_memory "0"-"3" +/IntronModel/ass_motif_radius "0"-"4" +/ExonModel/tis_motif_memory "0"-"3" +/ExonModel/tis_motif_radius "0"-"3" +/Constant/trans_init_window "0"-"25" +/Constant/init_coding_len "0"-"18" +/ExonModel/patpseudocount "0.5"_"5" +/ExonModel/etpseudocount "0"-"10" +/ExonModel/etorder "0"-"3" +/Constant/intterm_coding_len "0"-"13" +/ExonModel/slope_of_bandwidth "0.05"_"0.6" +/ExonModel/minwindowcount "1"-"15" +/IGenicModel/patpseudocount "0.5"_"7" +/IntronModel/patpseudocount "0.5"_"7" +/IntronModel/slope_of_bandwidth "0.05"_"0.6" +/IntronModel/minwindowcount "1"-"8" +/IntronModel/asspseudocount "0.0005"_"0.03" +/IntronModel/dsspseudocount "0.0002"_"0.04" +/IntronModel/dssneighborfactor "0.0001"_"0.01" +/ExonModel/minPatSum "100"_"600" +/Constant/probNinCoding "0.15"_".25" +/Constant/decomp_num_steps "1"-"5" +# comment parameters out that you do not want to be subject of optimization +#/IGenicModel/k "4" "3" "5" +#/IntronModel/k "4" "3" "5" +#/ExonModel/k "4" "3" "5" diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.utr.cfg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.utr.cfg Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,30 @@ +# This file contains the list of meta parameters for the Untranslated Regions (UTRs), which are subject to optimization. +# All other parameters are chosen as given in the species parameter file. The order +# of the parameters determines the order in the optimization process. +# Basically, different values for these meta parameters are tried out and the ones +# giving best performance in a cross-validation on the training set are chosen. +# For each parameter the range of possible values is specified after the parameter +# name and at least one white space. +# 3 cases are possible for the range: +# - an explicit list is given, e.g. protein "on" "off" +# - it is an integer range, e.g. window_size "1"-"5" +# - it is a range of floating point numbers, e.g. pseudocount "0.3"_"1.8" +# +# +# Mario Stanke, 9.5.2008 +# + +/UtrModel/prob_polya "0.0"_"1.0" +/UtrModel/d_polya_cleavage_min "6"-"14" +/UtrModel/d_polya_cleavage_max "17"-"27" +/UtrModel/tss_start "0"-"12" +/UtrModel/tss_end "0"-"8" +/UtrModel/tts_motif_memory "0"-"2" +/UtrModel/utr5patternweight "0.1"_"1.0" +/UtrModel/utr3patternweight "0.1"_"1.0" +/UtrModel/patpseudocount "1"_"3" +/UtrModel/tssup_k "0"-"2" +/UtrModel/slope_of_bandwidth "0.2"_"0.4" +/UtrModel/minwindowcount "1"-"4" +#/UtrModel/k "2"-"4" + diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_parameters.cfg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_parameters.cfg Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,144 @@ +# +# parameters for all Drosophila versions +# +# date : 11.8.2009 +# + +# +# Properties for augustus +#------------------------------------ +/augustus/verbosity 3 # 0-3, 0: only print the necessary +maxDNAPieceSize 200000 # maximum segment that is predicted in one piece +stopCodonExcludedFromCDS false # make this 'true' if the CDS includes the stop codon (training and prediction) + +# gff output options: +protein on # output predicted protein sequence +codingseq off # output the coding sequence +cds on # output 'cds' as feature for exons +start on # output start codons (translation start) +stop on # output stop codons (translation stop) +introns on # output introns +tss on # output transcription start site +tts on # output transcription termination site +print_utr off # output 5'UTR and 3'UTR lines in addition to exon lines + +checkExAcc off # internal parameter for extrinsic accuracy + +# alternative transcripts and posterior probabilities +sample 100 # the number of sampling iterations +alternatives-from-sampling false # output alternative transcripts +minexonintronprob 0.08 # minimal posterior probability of all (coding) exons +minmeanexonintronprob 0.4 # minimal geometric mean of the posterior probs of introns and exons +maxtracks -1 # maximum number of reported transcripts per gene (-1: no limit) +keep_viterbi true # set to true if all Viterbi transcripts should be reported +uniqueCDS true # don't report transcripts that differ only in the UTR +UTR on # predict untranslated regions + +# +# +# The rest of the file contains mainly meta parameters used for training. +# + +# global constants +# ---------------------------- + +/Constant/trans_init_window 25 +/Constant/ass_upwindow_size 32 +/Constant/ass_start 1 +/Constant/ass_end 4 +/Constant/dss_start 3 +/Constant/dss_end 4 +/Constant/init_coding_len 9 +/Constant/intterm_coding_len 0 +/Constant/tss_upwindow_size 45 +/Constant/decomp_num_at 1 +/Constant/decomp_num_gc 1 +/Constant/gc_range_min 0.32 # This range has an effect only when decomp_num_steps>1. +/Constant/gc_range_max 0.50 # States the minimal and maximal percentage of c or g +/Constant/decomp_num_steps 1 # I recommend keeping this to 1 for most species. +/Constant/min_coding_len 201 # no gene with a coding sequence shorter than this is predicted +/Constant/probNinCoding 0.23 # divide this by .25 to get a malus for making one masked letter part of the coding sequence +/Constant/amberprob 0.34 # Prob(stop codon = tag), if 0 tag is assumed to code for amino acid +/Constant/ochreprob 0.41 # Prob(stop codon = taa), if 0 taa is assumed to code for amino acid +/Constant/opalprob 0.25 # Prob(stop codon = tga), if 0 tga is assumed to code for amino acid +/Constant/subopt_transcript_threshold 0.7 +/Constant/almost_identical_maxdiff 10 + +# type of weighing, one of 1 = equalWeights, 2 = gcContentClasses, 3 = multiNormalKernel +/BaseCount/weighingType 3 +# file with the weight matrix (only for multiNormalKernel type weighing) +/BaseCount/weightMatrixFile fly_weightmatrix.txt # change this to your species if at all necessary + +# Properties for IGenicModel +# ---------------------------- +/IGenicModel/verbosity 0 +/IGenicModel/infile fly_igenic_probs.pbl # change this and the other five filenames *_probs.pbl below to your species +/IGenicModel/outfile fly_igenic_probs.pbl +/IGenicModel/patpseudocount 5.0 +/IGenicModel/k 4 # order of the Markov chain for content model, keep equal to /ExonModel/k + +# Properties for ExonModel +# ---------------------------- +/ExonModel/verbosity 3 +/ExonModel/infile fly_exon_probs.pbl +/ExonModel/outfile fly_exon_probs.pbl +/ExonModel/patpseudocount 5.0 +/ExonModel/minPatSum 350 +/ExonModel/k 4 # order of the Markov chain for content model +/ExonModel/etorder 2 +/ExonModel/etpseudocount 3 +/ExonModel/exonlengthD 3000 # beyond this the distribution is geometric +/ExonModel/maxexonlength 15000 +/ExonModel/slope_of_bandwidth 0.3 +/ExonModel/minwindowcount 8 +/ExonModel/tis_motif_memory 3 +/ExonModel/tis_motif_radius 2 + +# Properties for IntronModel +# ---------------------------- +/IntronModel/verbosity 0 +/IntronModel/infile fly_intron_probs.pbl +/IntronModel/outfile fly_intron_probs.pbl +/IntronModel/patpseudocount 5.0 +/IntronModel/k 4 # order of the Markov chain for content model, keep equal to /ExonModel/k +/IntronModel/slope_of_bandwidth 0.4 +/IntronModel/minwindowcount 3 +/IntronModel/asspseudocount 0.01 +/IntronModel/dsspseudocount 0.01015 +/IntronModel/dssneighborfactor 0.001 +#/IntronModel/splicefile fly_splicefile.txt # this optional file contains additional windows around splice sites for training, uncomment if you have one +/IntronModel/sf_with_motif false # if true the splice file is also used to train the branch point region +/IntronModel/d 929 # constraint: this must be larger than 4 + /Constant/dss_end + /Constant/ass_upwindow_size + /Constant/ass_start +/IntronModel/ass_motif_memory 1 +/IntronModel/ass_motif_radius 4 + +# Properties for UtrModel +# ---------------------------- +/UtrModel/verbosity 3 +/UtrModel/infile fly_utr_probs.pbl +/UtrModel/outfile fly_utr_probs.pbl +/UtrModel/k 4 +/UtrModel/utr5patternweight 0.3 #0.7625 +/UtrModel/utr3patternweight 0.3 #0.5 +/UtrModel/patpseudocount 1 +/UtrModel/tssup_k 1 +/UtrModel/tssup_patpseudocount 1 +/UtrModel/slope_of_bandwidth 0.25 +/UtrModel/minwindowcount 1 +/UtrModel/exonlengthD 800 +/UtrModel/maxexonlength 1200 +/UtrModel/max3singlelength 2000 # excludes roughly 1% +/UtrModel/max3termlength 1200 # excludes ~ 0.3% +/UtrModel/tss_start 8 +/UtrModel/tss_end 5 +/UtrModel/tata_start 2 +/UtrModel/tata_end 10 +/UtrModel/tata_pseudocount 2 +/UtrModel/d_tss_tata_min 26 # minimal distance between start of tata box (if existent) and tss +/UtrModel/d_tss_tata_max 37 # maximal distance between start of tata box (if existent) and tss +/UtrModel/polyasig_consensus aataaa # polyadenylation signal training not fully automated yet +/UtrModel/d_polyasig_cleavage 14 # the transcription end is predicted this many bases after the polyadenylation signal +/UtrModel/d_polya_cleavage_min 9 +/UtrModel/d_polya_cleavage_max 35 +/UtrModel/prob_polya 0.95 +/UtrModel/tts_motif_memory 1 diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_utr_probs.pbl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_utr_probs.pbl Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,7137 @@ +# UTR model parameters +# begin of content independent part + +# Length distributions +[UTRLENGTH] +# maximal individually stored length probability d= +800 +# slope of smoothing bandwidth = +0.25 +# smoothing minwindowcount = +1 +# length 5' sing 5' init 5' int 5' term 3' sing 3' init 3' int 3' term +# total number of exons of above types + 6188 1995 342 1995 7966 178 69 178 +# number of exons exceeding length d=800 + 81 32 6 27 823 7 7 48 +# 1000 P(len=k), k=0,1,..., 800 +0 0.681 5.07e-15 4.35e-06 4.62 0.00284 5.75 3.2e-18 0 +1 1.82 9.16e-12 0.000391 10.5 0.0358 10.4 1.04e-17 0 +2 2.76 6.1e-09 0.013 13 0.178 8.35 3.54e-17 0 +3 3.13 1.49e-06 0.158 12.5 0.405 6.03 1.32e-16 0 +4 3.51 0.000135 0.708 12.6 0.599 9.23 5.19e-16 2.83e-20 +5 3.55 0.00451 1.17 13.8 0.682 15.3 2.13e-15 2.89e-18 +6 2.95 0.0564 0.708 15 0.512 20.4 8.93e-15 2.29e-16 +7 2.5 0.272 0.158 15.4 0.296 18.5 3.83e-14 1.42e-14 +8 2.56 0.548 0.013 15.3 0.27 12.9 1.67e-13 6.84e-13 +9 3.12 0.566 0.000391 14.5 0.332 11.6 7.41e-13 2.57e-11 +10 3.83 0.407 4.35e-06 13.6 0.267 11.3 3.35e-12 7.5e-10 +11 4.27 0.328 1.78e-08 12.2 0.252 7.9 1.54e-11 1.71e-08 +12 4.37 0.472 5.42e-11 9.93 0.347 6.71 7.12e-11 3.03e-07 +13 4.42 0.528 8.34e-10 8.9 0.549 8.5 3.31e-10 4.18e-06 +14 4.28 0.326 3.63e-08 9.1 0.796 6.71 1.53e-09 4.49e-05 +15 4.04 0.333 4.68e-06 9.88 0.875 4.29 7.03e-09 0.000376 +16 4.33 0.612 0.000396 11.4 0.938 6.01 3.21e-08 0.00245 +17 4.51 0.867 0.013 12.8 1.03 9.28 1.46e-07 0.0124 +18 4.07 1.1 0.159 12.8 1.03 11 6.62e-07 0.0492 +19 3.76 1.22 0.723 11.3 0.904 11.6 2.99e-06 0.152 +20 3.96 1.21 1.34 10.7 0.878 12.3 1.32e-05 0.364 +21 4.31 1.12 1.51 11 1.11 13.6 5.6e-05 0.68 +22 4.45 1.4 1.86 10.3 1.38 12.8 0.000224 0.989 +23 4.75 2.06 2.7 8.37 1.36 8.55 0.000833 1.12 +24 4.76 2.19 3.68 6.7 1.25 5.92 0.00284 0.994 +25 4.68 2.04 3.45 6 1.2 6.15 0.00881 0.7 +26 4.47 2.06 3.12 6.21 1.14 7.01 0.0248 0.434 +27 4.28 2.35 3.29 6.62 1.1 7.47 0.0629 0.352 +28 4.83 3.68 3.35 6.53 0.986 7.33 0.144 0.514 +29 5.98 4.63 3.25 5.68 0.939 6.87 0.296 0.878 +30 6.15 4.11 3.2 4.95 1.15 6.45 0.549 1.3 +31 5.15 3.31 3.23 5.2 1.46 6.14 0.918 1.57 +32 4.9 2.94 3.22 5.98 1.72 5.79 1.39 1.59 +33 5.97 2.5 3.03 6.3 1.94 5.34 1.9 1.39 +34 7.15 2.36 2.73 6.51 2.02 4.96 2.37 1.11 +35 7.24 2.86 2.53 7.51 2.19 4.8 2.73 0.859 +36 6.12 2.78 2.52 7.26 2.39 4.86 2.94 0.648 +37 4.95 2.05 2.64 5.47 2.29 5.02 3.02 0.466 +38 4.34 1.81 2.72 4.59 2.15 5.19 3.05 0.311 +39 4.11 2.08 2.69 4.74 2.11 5.32 3.09 0.189 +40 4.19 2.33 2.7 4.96 2 5.39 3.19 0.107 +41 4.29 2.47 2.95 4.98 1.85 5.44 3.36 0.0591 +42 4.22 2.58 3.52 4.91 1.87 5.48 3.59 0.0393 +43 4.26 2.73 4.35 4.84 2.07 5.58 3.84 0.0391 +44 4.69 2.92 5.33 4.86 2.23 5.78 4.08 0.0537 +45 4.43 3.1 6.32 4.93 2.3 6.09 4.29 0.0815 +46 3.6 3.22 7.22 4.96 2.25 6.51 4.48 0.123 +47 3.46 3.29 7.94 4.92 2 6.99 4.64 0.18 +48 3.87 3.39 8.42 4.86 2 7.48 4.78 0.254 +49 4.21 3.6 8.62 4.87 2.27 7.91 4.91 0.344 +50 4.36 4.01 8.54 4.94 2.5 8.23 5.04 0.448 +51 4.41 4.55 8.25 4.98 2.62 8.41 5.18 0.562 +52 4.46 5.04 7.86 4.89 2.68 8.41 5.31 0.679 +53 4.62 5.25 7.47 4.66 2.73 8.23 5.42 0.79 +54 4.92 5.08 7.17 4.36 2.8 7.87 5.5 0.887 +55 5.31 4.64 6.98 4.12 2.9 7.36 5.54 0.963 +56 5.61 4.19 6.89 4 3.07 6.75 5.53 1.01 +57 5.7 3.93 6.85 4.03 3.3 6.11 5.46 1.03 +58 5.54 3.92 6.83 4.14 3.53 5.48 5.33 1.03 +59 5.29 4.03 6.8 4.25 3.69 4.93 5.17 1.01 +60 5.13 4.16 6.75 4.3 3.76 4.48 4.97 0.984 +61 5.16 4.24 6.66 4.28 3.79 4.14 4.74 0.955 +62 5.35 4.23 6.53 4.19 3.8 3.89 4.52 0.934 +63 5.63 4.14 6.37 4.05 3.79 3.7 4.29 0.927 +64 5.92 4 6.18 3.88 3.77 3.55 4.1 0.937 +65 6.16 3.84 5.96 3.72 3.79 3.4 3.93 0.965 +66 6.28 3.71 5.74 3.62 3.87 3.24 3.8 1.01 +67 6.2 3.64 5.51 3.59 3.99 3.07 3.72 1.06 +68 5.92 3.63 5.3 3.64 4.07 2.88 3.68 1.13 +69 5.57 3.68 5.09 3.72 4.04 2.7 3.68 1.19 +70 5.32 3.74 4.91 3.79 3.89 2.52 3.73 1.25 +71 5.27 3.79 4.73 3.8 3.7 2.35 3.8 1.31 +72 5.39 3.8 4.57 3.73 3.58 2.2 3.9 1.36 +73 5.62 3.78 4.42 3.59 3.56 2.06 4.01 1.4 +74 5.85 3.76 4.28 3.42 3.6 1.94 4.12 1.44 +75 6.06 3.76 4.15 3.27 3.65 1.83 4.22 1.47 +76 6.24 3.81 4.04 3.16 3.68 1.74 4.31 1.5 +77 6.38 3.89 3.95 3.1 3.68 1.66 4.38 1.52 +78 6.47 3.99 3.9 3.06 3.69 1.6 4.42 1.55 +79 6.5 4.1 3.88 3.03 3.7 1.55 4.43 1.58 +80 6.47 4.2 3.91 2.99 3.73 1.52 4.42 1.62 +81 6.4 4.27 3.98 2.94 3.76 1.52 4.38 1.66 +82 6.32 4.32 4.08 2.87 3.8 1.54 4.32 1.7 +83 6.24 4.34 4.21 2.79 3.82 1.59 4.24 1.75 +84 6.19 4.34 4.35 2.71 3.83 1.66 4.15 1.8 +85 6.17 4.33 4.48 2.64 3.83 1.75 4.05 1.86 +86 6.18 4.29 4.6 2.59 3.84 1.85 3.95 1.9 +87 6.18 4.24 4.69 2.54 3.87 1.95 3.85 1.94 +88 6.16 4.16 4.75 2.51 3.93 2.05 3.76 1.98 +89 6.07 4.07 4.77 2.5 4.02 2.15 3.68 2 +90 5.93 3.96 4.76 2.5 4.12 2.23 3.61 2.01 +91 5.74 3.85 4.71 2.51 4.21 2.3 3.56 2.01 +92 5.53 3.74 4.65 2.53 4.26 2.35 3.51 1.99 +93 5.37 3.65 4.56 2.57 4.23 2.37 3.48 1.96 +94 5.27 3.58 4.47 2.62 4.11 2.37 3.45 1.92 +95 5.25 3.54 4.37 2.69 3.94 2.35 3.43 1.87 +96 5.27 3.54 4.26 2.75 3.76 2.32 3.41 1.81 +97 5.31 3.57 4.16 2.81 3.61 2.26 3.39 1.75 +98 5.33 3.62 4.06 2.87 3.51 2.19 3.37 1.68 +99 5.31 3.7 3.96 2.91 3.45 2.11 3.34 1.61 +100 5.25 3.78 3.86 2.93 3.42 2.03 3.3 1.54 +101 5.16 3.86 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0.0748 0.137 0.0937 0.0582 0.265 0.0742 0.162 0.42 +721 0.0738 0.136 0.0938 0.0581 0.264 0.0732 0.16 0.418 +722 0.0729 0.136 0.0938 0.0579 0.264 0.0723 0.158 0.416 +723 0.072 0.135 0.0938 0.0578 0.264 0.0714 0.156 0.414 +724 0.0711 0.134 0.0938 0.0577 0.264 0.0705 0.155 0.413 +725 0.0702 0.134 0.0937 0.0576 0.264 0.0697 0.153 0.411 +726 0.0693 0.133 0.0937 0.0575 0.263 0.0688 0.151 0.409 +727 0.0684 0.132 0.0936 0.0574 0.263 0.0679 0.149 0.407 +728 0.0676 0.132 0.0935 0.0573 0.263 0.0671 0.148 0.405 +729 0.0667 0.131 0.0934 0.0572 0.263 0.0662 0.146 0.403 +730 0.0659 0.13 0.0932 0.0571 0.263 0.0654 0.144 0.401 +731 0.0651 0.13 0.0931 0.0569 0.263 0.0646 0.142 0.399 +732 0.0643 0.129 0.0929 0.0568 0.262 0.0638 0.14 0.397 +733 0.0635 0.128 0.0927 0.0567 0.262 0.063 0.139 0.395 +734 0.0628 0.127 0.0925 0.0566 0.262 0.0622 0.137 0.393 +735 0.062 0.127 0.0923 0.0564 0.262 0.0614 0.135 0.391 +736 0.0613 0.126 0.092 0.0563 0.261 0.0606 0.133 0.388 +737 0.0606 0.125 0.0918 0.0561 0.261 0.0598 0.132 0.386 +738 0.0599 0.124 0.0915 0.056 0.261 0.0591 0.13 0.384 +739 0.0592 0.123 0.0912 0.0558 0.26 0.0583 0.128 0.382 +740 0.0585 0.123 0.0908 0.0557 0.26 0.0576 0.126 0.38 +741 0.0578 0.122 0.0905 0.0555 0.259 0.0568 0.124 0.377 +742 0.0572 0.121 0.0901 0.0553 0.259 0.0561 0.123 0.375 +743 0.0565 0.12 0.0897 0.0552 0.258 0.0554 0.121 0.373 +744 0.0559 0.119 0.0893 0.055 0.258 0.0547 0.119 0.371 +745 0.0553 0.118 0.0889 0.0548 0.257 0.054 0.118 0.368 +746 0.0547 0.118 0.0885 0.0546 0.256 0.0533 0.116 0.366 +747 0.0541 0.117 0.088 0.0544 0.256 0.0526 0.114 0.363 +748 0.0535 0.116 0.0876 0.0542 0.255 0.0519 0.112 0.361 +749 0.053 0.115 0.0871 0.0539 0.254 0.0512 0.111 0.359 +750 0.0524 0.114 0.0866 0.0537 0.253 0.0505 0.109 0.356 +751 0.0519 0.113 0.0861 0.0535 0.252 0.0499 0.107 0.354 +752 0.0513 0.112 0.0855 0.0532 0.251 0.0492 0.106 0.351 +753 0.0508 0.111 0.085 0.053 0.25 0.0486 0.104 0.349 +754 0.0503 0.11 0.0844 0.0527 0.249 0.0479 0.102 0.346 +755 0.0497 0.109 0.0838 0.0525 0.248 0.0473 0.101 0.344 +756 0.0492 0.108 0.0832 0.0522 0.246 0.0466 0.099 0.341 +757 0.0487 0.107 0.0826 0.0519 0.245 0.046 0.0974 0.339 +758 0.0482 0.106 0.082 0.0516 0.244 0.0454 0.0958 0.336 +759 0.0477 0.105 0.0814 0.0513 0.242 0.0447 0.0942 0.334 +760 0.0472 0.104 0.0807 0.051 0.241 0.0441 0.0926 0.331 +761 0.0467 0.103 0.0801 0.0507 0.239 0.0435 0.0911 0.329 +762 0.0462 0.102 0.0794 0.0504 0.238 0.0429 0.0895 0.326 +763 0.0457 0.101 0.0787 0.0501 0.236 0.0423 0.0879 0.323 +764 0.0452 0.0997 0.078 0.0497 0.234 0.0417 0.0864 0.321 +765 0.0447 0.0986 0.0773 0.0494 0.232 0.0411 0.0849 0.318 +766 0.0442 0.0974 0.0766 0.0491 0.23 0.0405 0.0834 0.315 +767 0.0437 0.0963 0.0759 0.0487 0.228 0.04 0.0819 0.313 +768 0.0432 0.0951 0.0751 0.0483 0.226 0.0394 0.0804 0.31 +769 0.0427 0.094 0.0744 0.048 0.224 0.0388 0.079 0.307 +770 0.0422 0.0928 0.0737 0.0476 0.222 0.0382 0.0775 0.305 +771 0.0417 0.0916 0.0729 0.0472 0.22 0.0377 0.0761 0.302 +772 0.0412 0.0904 0.0721 0.0468 0.218 0.0371 0.0747 0.299 +773 0.0407 0.0892 0.0713 0.0464 0.215 0.0366 0.0733 0.297 +774 0.0402 0.088 0.0706 0.046 0.213 0.036 0.0719 0.294 +775 0.0397 0.0868 0.0698 0.0456 0.211 0.0355 0.0705 0.291 +776 0.0391 0.0855 0.069 0.0452 0.208 0.0349 0.0691 0.288 +777 0.0386 0.0843 0.0682 0.0448 0.206 0.0344 0.0678 0.286 +778 0.0381 0.0831 0.0674 0.0443 0.203 0.0339 0.0665 0.283 +779 0.0375 0.0818 0.0665 0.0439 0.201 0.0333 0.0652 0.28 +780 0.037 0.0805 0.0657 0.0435 0.198 0.0328 0.0639 0.277 +781 0.0364 0.0793 0.0649 0.043 0.195 0.0323 0.0626 0.275 +782 0.0359 0.078 0.0641 0.0426 0.192 0.0318 0.0613 0.272 +783 0.0353 0.0768 0.0633 0.0421 0.19 0.0313 0.0601 0.269 +784 0.0348 0.0755 0.0624 0.0416 0.187 0.0308 0.0588 0.266 +785 0.0342 0.0742 0.0616 0.0412 0.184 0.0303 0.0576 0.264 +786 0.0336 0.0729 0.0607 0.0407 0.181 0.0298 0.0564 0.261 +787 0.033 0.0717 0.0599 0.0402 0.178 0.0293 0.0553 0.258 +788 0.0324 0.0704 0.0591 0.0397 0.175 0.0288 0.0541 0.255 +789 0.0319 0.0691 0.0582 0.0392 0.172 0.0283 0.0529 0.253 +790 0.0313 0.0678 0.0574 0.0388 0.169 0.0278 0.0518 0.25 +791 0.0307 0.0665 0.0566 0.0383 0.166 0.0273 0.0507 0.247 +792 0.0301 0.0653 0.0557 0.0378 0.163 0.0269 0.0496 0.245 +793 0.0295 0.064 0.0549 0.0372 0.16 0.0264 0.0485 0.242 +794 0.0289 0.0627 0.054 0.0367 0.156 0.0259 0.0474 0.239 +795 0.0283 0.0615 0.0532 0.0362 0.153 0.0255 0.0464 0.236 +796 0.0277 0.0602 0.0524 0.0357 0.15 0.025 0.0454 0.234 +797 0.0271 0.059 0.0515 0.0352 0.147 0.0246 0.0443 0.231 +798 0.0264 0.0577 0.0507 0.0347 0.144 0.0241 0.0433 0.228 +799 0.0258 0.0565 0.0499 0.0342 0.141 0.0237 0.0424 0.225 +800 0.0252 0.0552 0.049 0.0336 0.137 0.0233 0.0414 0.223 +# +# AATAAA/TGTAA box probabilities +[AATAAA] +# Size of vector +4096 +# Probabilities +aaaaaa 0.0183 +aacaaa 0.0141 +aagaaa 0.0218 +aataaa 0.6 +aataca 0.0353 +aatata 0.0707 +aatgaa 0.0117 +agtaaa 0.0232 +attaaa 0.124 +cataaa 0.0156 +gataaa 0.0117 +tataaa 0.0534 +# end of content independent part +[1] +# (a,c,g,t)= (0.295, 0.205, 0.205, 0.295) +# +# Probabilities file for the UTR model +# +# + +# +# The emission probabilities of single and initial 5' UTR exons +# +[EMISSION-5INITIAL] +# size of the emission vector +1024 +#k= +4 +# patpseudo : pseudocount for sequence patterns +1 +aaaaa 0.404 +aaaac 0.191 +aaaag 0.174 +aaaat 0.23 +aaaca 0.404 +aaacc 0.173 +aaacg 0.23 +aaact 0.193 +aaaga 0.261 +aaagc 0.259 +aaagg 0.152 +aaagt 0.328 +aaata 0.338 +aaatc 0.219 +aaatg 0.119 +aaatt 0.324 +aacaa 0.492 +aacac 0.168 +aacag 0.184 +aacat 0.156 +aacca 0.394 +aaccc 0.207 +aaccg 0.271 +aacct 0.128 +aacga 0.286 +aacgc 0.284 +aacgg 0.231 +aacgt 0.199 +aacta 0.244 +aactc 0.202 +aactg 0.292 +aactt 0.261 +aagaa 0.47 +aagac 0.13 +aagag 0.238 +aagat 0.162 +aagca 0.352 +aagcc 0.205 +aagcg 0.279 +aagct 0.164 +aagga 0.399 +aaggc 0.283 +aaggg 0.152 +aaggt 0.166 +aagta 0.185 +aagtc 0.154 +aagtg 0.4 +aagtt 0.261 +aataa 0.41 +aatac 0.168 +aatag 0.154 +aatat 0.267 +aatca 0.304 +aatcc 0.194 +aatcg 0.346 +aatct 0.155 +aatga 0.231 +aatgc 0.297 +aatgg 0.17 +aatgt 0.302 +aatta 0.248 +aattc 0.189 +aattg 0.245 +aattt 0.318 +acaaa 0.428 +acaac 0.25 +acaag 0.145 +acaat 0.177 +acaca 0.475 +acacc 0.152 +acacg 0.163 +acact 0.21 +acaga 0.28 +acagc 0.357 +acagg 0.12 +acagt 0.243 +acata 0.344 +acatc 0.228 +acatg 0.0966 +acatt 0.332 +accaa 0.39 +accac 0.222 +accag 0.221 +accat 0.167 +accca 0.417 +acccc 0.22 +acccg 0.222 +accct 0.141 +accga 0.367 +accgc 0.291 +accgg 0.151 +accgt 0.19 +accta 0.228 +acctc 0.216 +acctg 0.306 +acctt 0.25 +acgaa 0.432 +acgac 0.177 +acgag 0.215 +acgat 0.176 +acgca 0.344 +acgcc 0.195 +acgcg 0.285 +acgct 0.175 +acgga 0.351 +acggc 0.259 +acggg 0.146 +acggt 0.243 +acgta 0.209 +acgtc 0.193 +acgtg 0.332 +acgtt 0.267 +actaa 0.381 +actac 0.214 +actag 0.185 +actat 0.221 +actca 0.28 +actcc 0.211 +actcg 0.296 +actct 0.212 +actga 0.27 +actgc 0.309 +actgg 0.192 +actgt 0.23 +actta 0.19 +acttc 0.194 +acttg 0.236 +acttt 0.38 +agaaa 0.466 +agaac 0.151 +agaag 0.223 +agaat 0.161 +agaca 0.334 +agacc 0.197 +agacg 0.281 +agact 0.187 +agaga 0.362 +agagc 0.285 +agagg 0.16 +agagt 0.193 +agata 0.357 +agatc 0.229 +agatg 0.111 +agatt 0.302 +agcaa 0.371 +agcac 0.155 +agcag 0.34 +agcat 0.134 +agcca 0.424 +agccc 0.195 +agccg 0.266 +agcct 0.115 +agcga 0.352 +agcgc 0.238 +agcgg 0.251 +agcgt 0.159 +agcta 0.219 +agctc 0.212 +agctg 0.365 +agctt 0.204 +aggaa 0.397 +aggac 0.146 +aggag 0.267 +aggat 0.191 +aggca 0.363 +aggcc 0.194 +aggcg 0.301 +aggct 0.141 +aggga 0.329 +agggc 0.265 +agggg 0.244 +agggt 0.163 +aggta 0.15 +aggtc 0.195 +aggtg 0.361 +aggtt 0.294 +agtaa 0.386 +agtac 0.173 +agtag 0.23 +agtat 0.212 +agtca 0.291 +agtcc 0.189 +agtcg 0.349 +agtct 0.172 +agtga 0.289 +agtgc 0.31 +agtgg 0.154 +agtgt 0.247 +agtta 0.192 +agttc 0.211 +agttg 0.246 +agttt 0.351 +ataaa 0.467 +ataac 0.162 +ataag 0.148 +ataat 0.223 +ataca 0.438 +atacc 0.167 +atacg 0.21 +atact 0.185 +ataga 0.308 +atagc 0.284 +atagg 0.121 +atagt 0.287 +atata 0.413 +atatc 0.161 +atatg 0.104 +atatt 0.322 +atcaa 0.403 +atcac 0.164 +atcag 0.257 +atcat 0.176 +atcca 0.34 +atccc 0.215 +atccg 0.301 +atcct 0.144 +atcga 0.324 +atcgc 0.28 +atcgg 0.218 +atcgt 0.178 +atcta 0.227 +atctc 0.238 +atctg 0.305 +atctt 0.23 +atgaa 0.428 +atgac 0.151 +atgag 0.213 +atgat 0.209 +atgca 0.37 +atgcc 0.208 +atgcg 0.221 +atgct 0.201 +atgga 0.311 +atggc 0.31 +atggg 0.161 +atggt 0.218 +atgta 0.241 +atgtc 0.119 +atgtg 0.373 +atgtt 0.267 +attaa 0.405 +attac 0.162 +attag 0.18 +attat 0.253 +attca 0.29 +attcc 0.218 +attcg 0.308 +attct 0.185 +attga 0.257 +attgc 0.26 +attgg 0.19 +attgt 0.293 +attta 0.227 +atttc 0.189 +atttg 0.218 +atttt 0.366 +caaaa 0.416 +caaac 0.186 +caaag 0.165 +caaat 0.233 +caaca 0.457 +caacc 0.151 +caacg 0.192 +caact 0.201 +caaga 0.253 +caagc 0.262 +caagg 0.143 +caagt 0.341 +caata 0.264 +caatc 0.223 +caatg 0.104 +caatt 0.409 +cacaa 0.296 +cacac 0.352 +cacag 0.164 +cacat 0.189 +cacca 0.36 +caccc 0.207 +caccg 0.232 +cacct 0.201 +cacga 0.241 +cacgc 0.323 +cacgg 0.199 +cacgt 0.237 +cacta 0.175 +cactc 0.239 +cactg 0.28 +cactt 0.305 +cagaa 0.375 +cagac 0.177 +cagag 0.248 +cagat 0.2 +cagca 0.37 +cagcc 0.184 +cagcg 0.232 +cagct 0.215 +cagga 0.362 +caggc 0.315 +caggg 0.15 +caggt 0.174 +cagta 0.15 +cagtc 0.197 +cagtg 0.317 +cagtt 0.336 +cataa 0.344 +catac 0.211 +catag 0.139 +catat 0.306 +catca 0.265 +catcc 0.214 +catcg 0.312 +catct 0.21 +catga 0.212 +catgc 0.286 +catgg 0.161 +catgt 0.341 +catta 0.171 +cattc 0.214 +cattg 0.19 +cattt 0.425 +ccaaa 0.42 +ccaac 0.202 +ccaag 0.183 +ccaat 0.195 +ccaca 0.329 +ccacc 0.275 +ccacg 0.175 +ccact 0.221 +ccaga 0.244 +ccagc 0.356 +ccagg 0.127 +ccagt 0.273 +ccata 0.233 +ccatc 0.306 +ccatg 0.0964 +ccatt 0.364 +cccaa 0.335 +cccac 0.237 +cccag 0.22 +cccat 0.207 +cccca 0.329 +ccccc 0.272 +ccccg 0.231 +cccct 0.167 +cccga 0.291 +cccgc 0.332 +cccgg 0.154 +cccgt 0.223 +cccta 0.18 +ccctc 0.281 +ccctg 0.274 +ccctt 0.264 +ccgaa 0.378 +ccgac 0.159 +ccgag 0.215 +ccgat 0.248 +ccgca 0.299 +ccgcc 0.271 +ccgcg 0.207 +ccgct 0.224 +ccgga 0.318 +ccggc 0.291 +ccggg 0.165 +ccggt 0.225 +ccgta 0.176 +ccgtc 0.22 +ccgtg 0.275 +ccgtt 0.329 +cctaa 0.333 +cctac 0.203 +cctag 0.193 +cctat 0.271 +cctca 0.209 +cctcc 0.282 +cctcg 0.259 +cctct 0.25 +cctga 0.208 +cctgc 0.319 +cctgg 0.222 +cctgt 0.25 +cctta 0.189 +ccttc 0.211 +ccttg 0.224 +ccttt 0.376 +cgaaa 0.446 +cgaac 0.169 +cgaag 0.16 +cgaat 0.225 +cgaca 0.286 +cgacc 0.175 +cgacg 0.3 +cgact 0.239 +cgaga 0.276 +cgagc 0.275 +cgagg 0.143 +cgagt 0.307 +cgata 0.276 +cgatc 0.252 +cgatg 0.106 +cgatt 0.366 +cgcaa 0.295 +cgcac 0.226 +cgcag 0.273 +cgcat 0.206 +cgcca 0.315 +cgccc 0.199 +cgccg 0.304 +cgcct 0.181 +cgcga 0.277 +cgcgc 0.274 +cgcgg 0.166 +cgcgt 0.283 +cgcta 0.155 +cgctc 0.259 +cgctg 0.304 +cgctt 0.283 +cggaa 0.37 +cggac 0.176 +cggag 0.232 +cggat 0.222 +cggca 0.321 +cggcc 0.179 +cggcg 0.293 +cggct 0.208 +cggga 0.293 +cgggc 0.315 +cgggg 0.157 +cgggt 0.235 +cggta 0.153 +cggtc 0.247 +cggtg 0.263 +cggtt 0.337 +cgtaa 0.335 +cgtac 0.202 +cgtag 0.2 +cgtat 0.262 +cgtca 0.211 +cgtcc 0.165 +cgtcg 0.426 +cgtct 0.198 +cgtga 0.207 +cgtgc 0.283 +cgtgg 0.16 +cgtgt 0.349 +cgtta 0.147 +cgttc 0.228 +cgttg 0.23 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+# ctaca 5361 +# ctacc 3013 +# ctacg 3437 +# ctact 3695 +# ctaga 4531 +# ctagc 4709 +# ctagg 1925 +# ctagt 5218 +# ctata 6009 +# ctatc 4853 +# ctatg 2067 +# ctatt 7125 +# ctcaa 8045 +# ctcac 4410 +# ctcag 5758 +# ctcat 4225 +# ctcca 7313 +# ctccc 4564 +# ctccg 6056 +# ctcct 4463 +# ctcga 7833 +# ctcgc 8511 +# ctcgg 4990 +# ctcgt 6057 +# ctcta 4677 +# ctctc 7954 +# ctctg 6359 +# ctctt 6194 +# ctgaa 11880 +# ctgac 4832 +# ctgag 5269 +# ctgat 6171 +# ctgca 10913 +# ctgcc 8008 +# ctgcg 9113 +# ctgct 8701 +# ctgga 6544 +# ctggc 8815 +# ctggg 3618 +# ctggt 5426 +# ctgta 4625 +# ctgtc 5572 +# ctgtg 10192 +# ctgtt 10186 +# cttaa 8829 +# cttac 3684 +# cttag 3267 +# cttat 5779 +# cttca 6061 +# cttcc 4662 +# cttcg 7347 +# cttct 5596 +# cttga 5940 +# cttgc 6662 +# cttgg 5881 +# cttgt 7301 +# cttta 7169 +# ctttc 8711 +# ctttg 9376 +# ctttt 16888 +# gaaaa 46563 +# gaaac 16179 +# gaaag 17567 +# gaaat 21827 +# gaaca 10445 +# gaacc 6101 +# gaacg 9738 +# gaact 8257 +# gaaga 13121 +# gaagc 10530 +# gaagg 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tttcc 14532 +# tttcg 20748 +# tttct 14089 +# tttga 14555 +# tttgc 17327 +# tttgg 13889 +# tttgt 24869 +# tttta 22308 +# ttttc 27335 +# ttttg 27532 +# ttttt 52052 + +# +# The emission probabilities of internal and terminal 5' UTR exons +# +[EMISSION-5] +# size of the emission vector +1024 +#k= +4 +# patpseudo : pseudocount for sequence patterns +1 +aaaaa 0.409 +aaaac 0.211 +aaaag 0.192 +aaaat 0.188 +aaaca 0.414 +aaacc 0.2 +aaacg 0.202 +aaact 0.184 +aaaga 0.274 +aaagc 0.283 +aaagg 0.188 +aaagt 0.254 +aaata 0.342 +aaatc 0.232 +aaatg 0.163 +aaatt 0.262 +aacaa 0.521 +aacac 0.159 +aacag 0.183 +aacat 0.137 +aacca 0.454 +aaccc 0.191 +aaccg 0.252 +aacct 0.104 +aacga 0.376 +aacgc 0.244 +aacgg 0.227 +aacgt 0.153 +aacta 0.293 +aactc 0.185 +aactg 0.303 +aactt 0.218 +aagaa 0.453 +aagac 0.149 +aagag 0.274 +aagat 0.125 +aagca 0.382 +aagcc 0.216 +aagcg 0.246 +aagct 0.156 +aagga 0.479 +aaggc 0.245 +aaggg 0.163 +aaggt 0.113 +aagta 0.212 +aagtc 0.187 +aagtg 0.371 +aagtt 0.23 +aataa 0.439 +aatac 0.176 +aatag 0.153 +aatat 0.231 +aatca 0.361 +aatcc 0.218 +aatcg 0.273 +aatct 0.148 +aatga 0.261 +aatgc 0.319 +aatgg 0.182 +aatgt 0.237 +aatta 0.269 +aattc 0.18 +aattg 0.261 +aattt 0.29 +acaaa 0.384 +acaac 0.303 +acaag 0.154 +acaat 0.159 +acaca 0.489 +acacc 0.201 +acacg 0.148 +acact 0.163 +acaga 0.258 +acagc 0.408 +acagg 0.148 +acagt 0.186 +acata 0.341 +acatc 0.28 +acatg 0.124 +acatt 0.255 +accaa 0.386 +accac 0.25 +accag 0.226 +accat 0.138 +accca 0.467 +acccc 0.226 +acccg 0.178 +accct 0.129 +accga 0.412 +accgc 0.285 +accgg 0.172 +accgt 0.131 +accta 0.253 +acctc 0.217 +acctg 0.293 +acctt 0.236 +acgaa 0.381 +acgac 0.227 +acgag 0.234 +acgat 0.158 +acgca 0.399 +acgcc 0.291 +acgcg 0.166 +acgct 0.144 +acgga 0.409 +acggc 0.289 +acggg 0.154 +acggt 0.148 +acgta 0.245 +acgtc 0.231 +acgtg 0.277 +acgtt 0.246 +actaa 0.371 +actac 0.239 +actag 0.192 +actat 0.197 +actca 0.31 +actcc 0.226 +actcg 0.284 +actct 0.181 +actga 0.304 +actgc 0.304 +actgg 0.226 +actgt 0.166 +actta 0.205 +acttc 0.198 +acttg 0.281 +acttt 0.316 +agaaa 0.403 +agaac 0.174 +agaag 0.281 +agaat 0.142 +agaca 0.373 +agacc 0.218 +agacg 0.258 +agact 0.15 +agaga 0.36 +agagc 0.297 +agagg 0.202 +agagt 0.141 +agata 0.35 +agatc 0.243 +agatg 0.149 +agatt 0.258 +agcaa 0.362 +agcac 0.138 +agcag 0.397 +agcat 0.103 +agcca 0.483 +agccc 0.168 +agccg 0.243 +agcct 0.105 +agcga 0.373 +agcgc 0.209 +agcgg 0.284 +agcgt 0.134 +agcta 0.232 +agctc 0.191 +agctg 0.401 +agctt 0.175 +aggaa 0.315 +aggac 0.181 +aggag 0.33 +aggat 0.173 +aggca 0.351 +aggcc 0.206 +aggcg 0.293 +aggct 0.15 +aggga 0.412 +agggc 0.235 +agggg 0.217 +agggt 0.136 +aggta 0.164 +aggtc 0.223 +aggtg 0.374 +aggtt 0.239 +agtaa 0.384 +agtac 0.215 +agtag 0.219 +agtat 0.183 +agtca 0.325 +agtcc 0.237 +agtcg 0.291 +agtct 0.146 +agtga 0.295 +agtgc 0.296 +agtgg 0.213 +agtgt 0.196 +agtta 0.199 +agttc 0.213 +agttg 0.281 +agttt 0.308 +ataaa 0.478 +ataac 0.163 +ataag 0.154 +ataat 0.205 +ataca 0.424 +atacc 0.213 +atacg 0.207 +atact 0.156 +ataga 0.341 +atagc 0.345 +atagg 0.137 +atagt 0.176 +atata 0.453 +atatc 0.169 +atatg 0.122 +atatt 0.256 +atcaa 0.422 +atcac 0.147 +atcag 0.256 +atcat 0.174 +atcca 0.361 +atccc 0.205 +atccg 0.267 +atcct 0.167 +atcga 0.374 +atcgc 0.279 +atcgg 0.201 +atcgt 0.147 +atcta 0.235 +atctc 0.209 +atctg 0.335 +atctt 0.221 +atgaa 0.361 +atgac 0.173 +atgag 0.241 +atgat 0.225 +atgca 0.368 +atgcc 0.236 +atgcg 0.188 +atgct 0.208 +atgga 0.399 +atggc 0.295 +atggg 0.143 +atggt 0.163 +atgta 0.22 +atgtc 0.148 +atgtg 0.383 +atgtt 0.249 +attaa 0.442 +attac 0.156 +attag 0.179 +attat 0.223 +attca 0.311 +attcc 0.234 +attcg 0.285 +attct 0.17 +attga 0.293 +attgc 0.279 +attgg 0.214 +attgt 0.213 +attta 0.252 +atttc 0.195 +atttg 0.247 +atttt 0.306 +caaaa 0.391 +caaac 0.207 +caaag 0.194 +caaat 0.208 +caaca 0.497 +caacc 0.153 +caacg 0.17 +caact 0.18 +caaga 0.28 +caagc 0.271 +caagg 0.196 +caagt 0.253 +caata 0.282 +caatc 0.255 +caatg 0.125 +caatt 0.339 +cacaa 0.303 +cacac 0.334 +cacag 0.174 +cacat 0.188 +cacca 0.448 +caccc 0.196 +caccg 0.211 +cacct 0.146 +cacga 0.29 +cacgc 0.323 +cacgg 0.195 +cacgt 0.192 +cacta 0.173 +cactc 0.227 +cactg 0.287 +cactt 0.312 +cagaa 0.373 +cagac 0.177 +cagag 0.266 +cagat 0.185 +cagca 0.495 +cagcc 0.179 +cagcg 0.182 +cagct 0.144 +cagga 0.53 +caggc 0.244 +caggg 0.129 +caggt 0.0973 +cagta 0.189 +cagtc 0.239 +cagtg 0.309 +cagtt 0.262 +cataa 0.38 +catac 0.195 +catag 0.152 +catat 0.272 +catca 0.35 +catcc 0.24 +catcg 0.242 +catct 0.168 +catga 0.282 +catgc 0.25 +catgg 0.205 +catgt 0.263 +catta 0.205 +cattc 0.175 +cattg 0.221 +cattt 0.399 +ccaaa 0.394 +ccaac 0.238 +ccaag 0.202 +ccaat 0.166 +ccaca 0.353 +ccacc 0.273 +ccacg 0.171 +ccact 0.203 +ccaga 0.265 +ccagc 0.363 +ccagg 0.181 +ccagt 0.191 +ccata 0.253 +ccatc 0.307 +ccatg 0.12 +ccatt 0.32 +cccaa 0.334 +cccac 0.236 +cccag 0.233 +cccat 0.196 +cccca 0.321 +ccccc 0.309 +ccccg 0.218 +cccct 0.152 +cccga 0.325 +cccgc 0.315 +cccgg 0.18 +cccgt 0.18 +cccta 0.188 +ccctc 0.285 +ccctg 0.266 +ccctt 0.261 +ccgaa 0.374 +ccgac 0.169 +ccgag 0.245 +ccgat 0.212 +ccgca 0.326 +ccgcc 0.325 +ccgcg 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3093 +# gacaa 3451 +# gacac 2140 +# gacag 2349 +# gacat 1582 +# gacca 2198 +# gaccc 1130 +# gaccg 1079 +# gacct 1008 +# gacga 2799 +# gacgc 1583 +# gacgg 1389 +# gacgt 1161 +# gacta 1069 +# gactc 1115 +# gactg 1521 +# gactt 1506 +# gagaa 4285 +# gagac 1824 +# gagag 4790 +# gagat 1795 +# gagca 5178 +# gagcc 2436 +# gagcg 3227 +# gagct 2146 +# gagga 4351 +# gaggc 2364 +# gaggg 1541 +# gaggt 979 +# gagta 1388 +# gagtc 1579 +# gagtg 2852 +# gagtt 2045 +# gataa 2970 +# gatac 1757 +# gatag 1575 +# gatat 2031 +# gatca 2110 +# gatcc 1913 +# gatcg 1899 +# gatct 1546 +# gatga 1402 +# gatgc 1262 +# gatgg 743 +# gatgt 967 +# gatta 1840 +# gattc 1923 +# gattg 2001 +# gattt 2771 +# gcaaa 7634 +# gcaac 6629 +# gcaag 2884 +# gcaat 3861 +# gcaca 3768 +# gcacc 2319 +# gcacg 1451 +# gcact 2063 +# gcaga 3874 +# gcagc 9947 +# gcagg 2880 +# gcagt 3009 +# gcata 1987 +# gcatc 2643 +# gcatg 1186 +# gcatt 2874 +# gccaa 5593 +# gccac 3307 +# gccag 4680 +# gccat 2456 +# gccca 2755 +# gcccc 1806 +# gcccg 1278 +# 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+# tatac 1784 +# tatag 1585 +# tatat 4119 +# tatca 1774 +# tatcc 1358 +# tatcg 1386 +# tatct 1254 +# tatga 1027 +# tatgc 1218 +# tatgg 672 +# tatgt 1281 +# tatta 1837 +# tattc 1497 +# tattg 1548 +# tattt 3498 +# tcaaa 4780 +# tcaac 3219 +# tcaag 2416 +# tcaat 2952 +# tcaca 2275 +# tcacc 1629 +# tcacg 917 +# tcact 1163 +# tcaga 1841 +# tcagc 2993 +# tcagg 1136 +# tcagt 2002 +# tcata 1374 +# tcatc 2250 +# tcatg 608 +# tcatt 2058 +# tccaa 3004 +# tccac 2342 +# tccag 2555 +# tccat 1939 +# tccca 2044 +# tcccc 1517 +# tcccg 1085 +# tccct 1009 +# tccga 1675 +# tccgc 2067 +# tccgg 1241 +# tccgt 1298 +# tccta 730 +# tcctc 1360 +# tcctg 1434 +# tcctt 1397 +# tcgaa 3564 +# tcgac 1743 +# tcgag 2226 +# tcgat 1975 +# tcgca 2649 +# tcgcc 2501 +# tcgcg 1526 +# tcgct 2005 +# tcgga 1934 +# tcggc 1759 +# tcggg 1085 +# tcggt 1134 +# tcgta 892 +# tcgtc 1504 +# tcgtg 1297 +# tcgtt 1895 +# tctaa 1437 +# tctac 1025 +# tctag 732 +# tctat 1173 +# tctca 1248 +# tctcc 1221 +# tctcg 1282 +# tctct 1635 +# tctga 1582 +# tctgc 1895 +# tctgg 1514 +# tctgt 1512 +# tctta 1014 +# tcttc 1546 +# tcttg 1074 +# tcttt 1620 +# tgaaa 5300 +# tgaac 2200 +# tgaag 2479 +# tgaat 2561 +# tgaca 1854 +# tgacc 1167 +# tgacg 1144 +# tgact 1015 +# tgaga 1894 +# tgagc 2136 +# tgagg 1411 +# tgagt 1610 +# tgata 1706 +# tgatc 1409 +# tgatg 1304 +# tgatt 2295 +# tgcaa 4822 +# tgcac 1844 +# tgcag 3310 +# tgcat 2622 +# tgcca 3651 +# tgccc 1377 +# tgccg 1857 +# tgcct 1138 +# tgcga 2621 +# tgcgc 1390 +# tgcgg 1453 +# tgcgt 1698 +# tgcta 1545 +# tgctc 1593 +# tgctg 2525 +# tgctt 1561 +# tggaa 3649 +# tggac 1659 +# tggag 2346 +# tggat 1837 +# tggca 2479 +# tggcc 2199 +# tggcg 1712 +# tggct 1474 +# tggga 1375 +# tgggc 1396 +# tgggg 591 +# tgggt 632 +# tggta 651 +# tggtc 987 +# tggtg 1417 +# tggtt 1181 +# tgtaa 2047 +# tgtac 1144 +# tgtag 914 +# tgtat 1315 +# tgtca 1331 +# tgtcc 1056 +# tgtcg 1319 +# tgtct 1065 +# tgtga 2374 +# tgtgc 2873 +# tgtgg 1821 +# tgtgt 3779 +# tgtta 1414 +# tgttc 1394 +# tgttg 2395 +# tgttt 2514 +# ttaaa 5496 +# ttaac 2377 +# ttaag 2170 +# ttaat 3112 +# ttaca 1862 +# ttacc 1131 +# ttacg 1065 +# ttact 1131 +# ttaga 1217 +# ttagc 2022 +# ttagg 880 +# ttagt 1390 +# ttata 2010 +# ttatc 1579 +# ttatg 1314 +# ttatt 2563 +# ttcaa 3251 +# ttcac 1521 +# ttcag 1738 +# ttcat 1645 +# ttcca 2643 +# ttccc 1615 +# ttccg 1798 +# ttcct 1255 +# ttcga 2526 +# ttcgc 2184 +# ttcgg 1660 +# ttcgt 1939 +# ttcta 1079 +# ttctc 1535 +# ttctg 1730 +# ttctt 1693 +# ttgaa 3596 +# ttgac 1645 +# ttgag 1975 +# ttgat 2107 +# ttgca 3723 +# ttgcc 2241 +# ttgcg 1575 +# ttgct 1848 +# ttgga 3001 +# ttggc 2549 +# ttggg 1238 +# ttggt 1318 +# ttgta 1716 +# ttgtc 1458 +# ttgtg 2598 +# ttgtt 2618 +# tttaa 4207 +# tttac 1720 +# tttag 1677 +# tttat 2921 +# tttca 2498 +# tttcc 2589 +# tttcg 2685 +# tttct 2006 +# tttga 2916 +# tttgc 2795 +# tttgg 2606 +# tttgt 3109 +# tttta 3197 +# ttttc 3269 +# ttttg 3810 +# ttttt 5718 + +# +# The emission probabilities of 3' UTR exons +# +[EMISSION-3] +# size of the emission vector +1024 +#k= +4 +# patpseudo : pseudocount for sequence patterns +1 +aaaaa 0.4 +aaaac 0.2 +aaaag 0.132 +aaaat 0.268 +aaaca 0.396 +aaacc 0.185 +aaacg 0.17 +aaact 0.248 +aaaga 0.323 +aaagc 0.239 +aaagg 0.142 +aaagt 0.296 +aaata 0.348 +aaatc 0.154 +aaatg 0.211 +aaatt 0.288 +aacaa 0.449 +aacac 0.186 +aacag 0.139 +aacat 0.225 +aacca 0.449 +aaccc 0.193 +aaccg 0.175 +aacct 0.184 +aacga 0.413 +aacgc 0.199 +aacgg 0.149 +aacgt 0.238 +aacta 0.354 +aactc 0.156 +aactg 0.206 +aactt 0.285 +aagaa 0.437 +aagac 0.144 +aagag 0.179 +aagat 0.24 +aagca 0.391 +aagcc 0.188 +aagcg 0.184 +aagct 0.236 +aagga 0.413 +aaggc 0.246 +aaggg 0.16 +aaggt 0.181 +aagta 0.286 +aagtc 0.153 +aagtg 0.223 +aagtt 0.338 +aataa 0.414 +aatac 0.154 +aatag 0.105 +aatat 0.326 +aatca 0.33 +aatcc 0.205 +aatcg 0.233 +aatct 0.232 +aatga 0.279 +aatgc 0.214 +aatgg 0.155 +aatgt 0.352 +aatta 0.305 +aattc 0.139 +aattg 0.211 +aattt 0.345 +acaaa 0.44 +acaac 0.194 +acaag 0.131 +acaat 0.235 +acaca 0.521 +acacc 0.156 +acacg 0.128 +acact 0.195 +acaga 0.375 +acagc 0.286 +acagg 0.117 +acagt 0.222 +acata 0.399 +acatc 0.135 +acatg 0.142 +acatt 0.324 +accaa 0.394 +accac 0.225 +accag 0.152 +accat 0.228 +accca 0.444 +acccc 0.208 +acccg 0.154 +accct 0.195 +accga 0.419 +accgc 0.254 +accgg 0.137 +accgt 0.19 +accta 0.376 +acctc 0.155 +acctg 0.174 +acctt 0.295 +acgaa 0.403 +acgac 0.15 +acgag 0.173 +acgat 0.274 +acgca 0.402 +acgcc 0.209 +acgcg 0.165 +acgct 0.224 +acgga 0.432 +acggc 0.246 +acggg 0.146 +acggt 0.176 +acgta 0.36 +acgtc 0.128 +acgtg 0.174 +acgtt 0.339 +actaa 0.378 +actac 0.181 +actag 0.147 +actat 0.295 +actca 0.337 +actcc 0.197 +actcg 0.208 +actct 0.258 +actga 0.311 +actgc 0.234 +actgg 0.161 +actgt 0.294 +actta 0.309 +acttc 0.149 +acttg 0.181 +acttt 0.361 +agaaa 0.427 +agaac 0.179 +agaag 0.168 +agaat 0.226 +agaca 0.388 +agacc 0.178 +agacg 0.181 +agact 0.254 +agaga 0.377 +agagc 0.251 +agagg 0.158 +agagt 0.213 +agata 0.306 +agatc 0.185 +agatg 0.215 +agatt 0.294 +agcaa 0.388 +agcac 0.14 +agcag 0.25 +agcat 0.222 +agcca 0.423 +agccc 0.194 +agccg 0.185 +agcct 0.198 +agcga 0.393 +agcgc 0.198 +agcgg 0.193 +agcgt 0.215 +agcta 0.298 +agctc 0.172 +agctg 0.25 +agctt 0.28 +aggaa 0.325 +aggac 0.155 +aggag 0.261 +aggat 0.259 +aggca 0.379 +aggcc 0.173 +aggcg 0.225 +aggct 0.223 +aggga 0.354 +agggc 0.241 +agggg 0.219 +agggt 0.187 +aggta 0.248 +aggtc 0.192 +aggtg 0.251 +aggtt 0.31 +agtaa 0.365 +agtac 0.165 +agtag 0.172 +agtat 0.298 +agtca 0.329 +agtcc 0.207 +agtcg 0.22 +agtct 0.244 +agtga 0.267 +agtgc 0.246 +agtgg 0.186 +agtgt 0.301 +agtta 0.27 +agttc 0.155 +agttg 0.201 +agttt 0.374 +ataaa 0.48 +ataac 0.133 +ataag 0.123 +ataat 0.263 +ataca 0.482 +atacc 0.149 +atacg 0.148 +atact 0.221 +ataga 0.336 +atagc 0.227 +atagg 0.135 +atagt 0.302 +atata 0.454 +atatc 0.104 +atatg 0.155 +atatt 0.287 +atcaa 0.404 +atcac 0.16 +atcag 0.179 +atcat 0.258 +atcca 0.374 +atccc 0.219 +atccg 0.181 +atcct 0.226 +atcga 0.401 +atcgc 0.195 +atcgg 0.166 +atcgt 0.238 +atcta 0.334 +atctc 0.171 +atctg 0.223 +atctt 0.272 +atgaa 0.435 +atgac 0.123 +atgag 0.156 +atgat 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0.23 0.22 0.293 + 2 0.279 0.234 0.216 0.27 + 3 0.271 0.238 0.214 0.278 + 4 0.285 0.237 0.216 0.261 + 5 0.263 0.214 0.229 0.295 + 6 0.249 0.223 0.195 0.332 + 7 0.162 0.309 0.241 0.288 + 8 0.406 0.252 0.193 0.15 + 9 0.275 0.199 0.233 0.293 +10 0.275 0.194 0.165 0.365 +11 0.294 0.215 0.182 0.308 +12 0.283 0.207 0.228 0.282 + +# motif around the TSS of TATA promoters +[TSSMOTIFTATA] +# width of motif, n= +13 +# order of markov model, k= +0 +# markov chain emission probabilities + 0 0.293 0.245 0.261 0.201 + 1 0.32 0.188 0.298 0.193 + 2 0.3 0.216 0.248 0.237 + 3 0.301 0.216 0.213 0.271 + 4 0.314 0.254 0.221 0.211 + 5 0.293 0.174 0.264 0.269 + 6 0.235 0.172 0.213 0.38 + 7 0.15 0.422 0.116 0.312 + 8 0.501 0.174 0.208 0.118 + 9 0.256 0.211 0.229 0.304 +10 0.264 0.225 0.113 0.398 +11 0.329 0.222 0.121 0.329 +12 0.312 0.195 0.213 0.28 + +# tata box motif +[TATAMOTIF] +# width of motif, n= +12 +# order of markov model, k= +0 +# markov chain emission probabilities + 0 0.21 0.237 0.381 0.173 + 1 0.19 0.341 0.336 0.133 + 2 0.0032 0.0032 0.0032 0.99 + 3 0.99 0.0032 0.0032 0.0032 + 4 0.0032 0.0032 0.0032 0.99 + 5 0.99 0.0032 0.0032 0.0032 + 6 0.637 0.0432 0.0272 0.293 + 7 0.99 0.0032 0.0032 0.0032 + 8 0.602 0.0592 0.0576 0.282 + 9 0.37 0.0976 0.386 0.147 +10 0.202 0.315 0.312 0.171 +11 0.254 0.283 0.278 0.184 + +# motif after polyA signal +[TTSMOTIF] +# width of motif, n= +14 +# order of markov model, k= +1 +# markov chain emission probabilities + 0 0.368 0.167 0.147 0.317 0.414 0.134 0.181 0.27 0.365 0.182 0.115 0.337 0.342 0.126 0.224 0.308 + 1 0.368 0.17 0.139 0.323 0.41 0.145 0.177 0.268 0.338 0.199 0.106 0.358 0.323 0.136 0.21 0.33 + 2 0.397 0.173 0.114 0.316 0.425 0.149 0.173 0.252 0.35 0.19 0.106 0.353 0.335 0.13 0.198 0.337 + 3 0.42 0.159 0.102 0.319 0.437 0.152 0.165 0.246 0.359 0.191 0.102 0.348 0.329 0.124 0.176 0.371 + 4 0.452 0.148 0.104 0.296 0.446 0.147 0.159 0.248 0.386 0.187 0.1 0.328 0.337 0.114 0.167 0.382 + 5 0.455 0.141 0.107 0.297 0.435 0.143 0.159 0.263 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b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_weightmatrix.txt Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,23 @@ +# +# This file contains a matrix used for weighing the training sequences +# when given an input sequence. Let z = (da, dc, dg, dt) be the vector +# containing the differences in the relative nucleotide frequencies of +# two sequences, the input sequence and a training sequence. +# Then the training sequence has weight proportional to +# +# exp ( - z M z^t) +# +# with M being the matrix specified below. +# If M is nonsingular, then (apart from a two normalizing factors) M +# is the inverse of the covariance matrix of a multinormal +# distribution - the kernel for the estimation. + + +# this matrix is gc-content only, i.e. +# weight = 10 * exp (-200 * (dc + dg))^2) +# in particular weight <= 10 +0 0 0 0 +0 200 0 0 +0 0 200 0 +0 0 0 0 + diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/funannotate_db/trained_species/fly/info.json --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/info.json Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +{"augustus": [{"version": "AUGUSTUS (3.3.3)", "source": "augustus pre-trained", "date": "2021-07-19", "path": 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+CGAAGTCTTCCAGCGCTTTTTGATGGACGCCACGTAG diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/predict_augustus/Genus_species.discrepency.report.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/predict_augustus/Genus_species.discrepency.report.txt Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,139 @@ +Discrepancy Report Results + +Summary +DISC_PROTEIN_NAMES:All proteins have same name "hypothetical protein" +DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC:taxname (all present, all same) +DISC_FEATURE_COUNT:gene: 18 present +DISC_FEATURE_COUNT:CDS: 18 present +DISC_FEATURE_COUNT:mRNA: 18 present +DISC_COUNT_NUCLEOTIDES:4 nucleotide Bioseqs are present +JOINED_FEATURES:32 features have joined locations. +NO_ANNOTATION:2 bioseqs have no features +DISC_QUALITY_SCORES:Quality scores are missing on all sequences. +ONCALLER_COMMENT_PRESENT:4 comment descriptors were found (all same) +MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS:4 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments +MOLTYPE_NOT_MRNA:4 molecule types are not set as mRNA. +TECHNIQUE_NOT_TSA:4 technique are not set as TSA +MISSING_STRUCTURED_COMMENT:4 sequences do not include structured comments. +MISSING_PROJECT:22 sequences do not include project. +DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH:Molinfo Technique Report (some missing, all same) + + +Detailed Report + +DiscRep_ALL:DISC_PROTEIN_NAMES::All proteins have same name "hypothetical protein" + +DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::taxname (all present, all same) +DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::4 sources have 'Genus species' for taxname +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::gene: 18 present +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::CDS: 18 present +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::mRNA: 18 present +DiscRep_ALL:DISC_COUNT_NUCLEOTIDES::4 nucleotide Bioseqs are present +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:JOINED_FEATURES::32 features have joined locations. +DiscRep_SUB:JOINED_FEATURES::32 features have 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(sample:192049-192067, 193549-193658, 194041-194455, 194518-194669) FUN_000014 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c210553-210548, c210474-209044) FUN_000015 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c210553-210548, c210474-209044) FUN_000015 + +DiscRep_ALL:NO_ANNOTATION::2 bioseqs have no features +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) + +DiscRep_ALL:DISC_QUALITY_SCORES::Quality scores are missing on all sequences. + +DiscRep_ALL:ONCALLER_COMMENT_PRESENT::4 comment descriptors were found (all same) +genome:sample:"Annotated using 1.8.7" +genome:sample2:"Annotated using 1.8.7" +genome:sample3:"Annotated using 1.8.7" +genome:sample4:"Annotated using 1.8.7" + +DiscRep_ALL:MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS::4 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:MOLTYPE_NOT_MRNA::4 molecule types are not set as mRNA. 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b/test-data/predict_augustus/Genus_species.error.summary.txt Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ + 2 WARNING: SEQ_FEAT.ShortExon diff -r 000000000000 -r a5baa4ff168d test-data/predict_augustus/Genus_species.gbk --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/predict_augustus/Genus_species.gbk Mon Oct 04 19:39:38 2021 +0000 @@ -0,0 +1,4258 @@ +LOCUS sample 215740 bp DNA linear 21-JUL-2021 +DEFINITION Genus species. +ACCESSION +VERSION +KEYWORDS . +SOURCE Genus species + ORGANISM Genus species + Unclassified. +REFERENCE 1 (bases 1 to 215740) + AUTHORS Palmer,J.M. + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford + Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA +COMMENT 'Annotated using 1.8.7'. +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..215740 + /organism="Genus species" + /mol_type="genomic DNA" + gene complement(1092..1466) + /locus_tag="FUN_000001" + mRNA complement(1092..1466) + /locus_tag="FUN_000001" + 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include project. +DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH:Molinfo Technique Report (some missing, all same) + + +Detailed Report + +DiscRep_ALL:DISC_PROTEIN_NAMES::All proteins have same name "hypothetical protein" + +DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::taxname (all present, all same) +DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::4 sources have 'Genus species' for taxname +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::gene: 18 present +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::CDS: 18 present +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::mRNA: 18 present +DiscRep_ALL:DISC_COUNT_NUCLEOTIDES::4 nucleotide Bioseqs are present +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:JOINED_FEATURES::30 features have joined locations. +DiscRep_SUB:JOINED_FEATURES::30 features have joined location but no exception +genome:mRNA hypothetical protein (sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537) FUN_000018 +genome:CDS hypothetical protein (sample4:2126-2199, 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Service, 1 Gifford + Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA +COMMENT 'Annotated using 1.8.7'. +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..2100 + /organism="Genus species" + /mol_type="genomic DNA" +ORIGIN + 1 gaaaatcatt catttggaat tgtaatcacc tatgcacttt ggtataagct tttctgtgca + 61 cattttcctg gaaaatgaat gagactcctc ggcagccatt gtaaaaatca atattggaga + 121 ttgccctcag aaaaaagtgc acttaaaccc agatgtcact caatcaaaaa cttctaattg + 181 ggaaagcaca aatttaccac acttttccga gccttcgaaa ggcataaacc ttcacaaatc + 241 ggtgggaaaa agtaatagag gaaaatacaa ttcggtcgac attttgtttt ccgtctcgct + 301 ggtgcctatt tgaaacgtaa gcgtgtgtat gtgtgcgtat gtgtatctcg tctgagctcg + 361 gagccccata aaatcagtgg tcaaattact tcttcgtatc gccataggct cgcctttgca + 421 aagctttttg gtctccatgg cgtccgcagc agtcgcactt acctttcaac caaatgcaga + 481 agttttctct tgaaatggat atttggtgga gtaaaccgaa agttatcgaa gattccatta + 541 tgagtgctct aatagctcca aagtatgcac agtttttata cactcagcaa ttttcacacg + 601 cgacggaaaa caatgtgcac cagtgagacc gcgtcttgct acgaacgact atcgacatcg + 661 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FUN_000013 +ATGCAGCCCATCGCCATGGAGATGGGGCAGAATCAACTCGAAGTCAAAGCGTCGGTTTTGGGTGGAAGCCCGCAGCTTGG +TGATCTCAAAGTTGGAGGCGCCCAGGATGTTCAGCTTCTTGGCTTTTACCGTGAGCCCGGCGGATCCATCCAGAATGCTC +AGATCTCCAATGTAGAGGGGCTCTAG +>FUN_000014-T1 FUN_000014 +ATGGCATCCAAGTCCTTCGATTTGGTCATTGAGGAAAAGACAAAGAAACCGGAACGGCTCTACCAACCTCGTCGGATGCG +ATGGCTTAAATATATCATCCTGCCGGCAGTCTTCTCCTTTGCGCTTCTGCTGATCCTGGTCAATGTGGACTTCTCCGATA +ATAGTGAGGATTCCACGCATCTGGGCAATGACACATCGCTCATTATATCTGGCTATGGATTTGAAAATAACACACTGCGC +CGGGGATTTTTCTCCGGAGGAATTGCATTGCATAGCCTTGTCATCGAGAACTGCACCATAGTTCATATCAACGACGCAGC +TTTTAATCAGGAAAGCACTGTGAACATAACAAGCCTGCAGCTCATTAATGTGCAATTGGAAAACTTGACTGAATCTGCCC +TGGAAGGTCTTCAAAAGCTTCAGAACTTTACTCTAGTCAATGAAAATAATCACTTCAGGCCATTTGGATTCCTCTCAGCT +GTGGCTGAATCGTTAGTCAGTGCGGAAATCCACCAGTCACTAGCCGCGGCAATATCGTATTCAGTGTGTGATTTTTTGGG +ATCCCGGAATTTCCCACAGTTGAAATATTTAGATCTGAGTGGCACACACTTGGACAAAAGCCTTATTAAAGAGTCCTTTG +ACAATCTGCCCGCGTTGGAACAACTACTTCTAAGGAACTGTGGGTTGGGCAACATCGAGTGGGAAATCGTGAGGCCAAGA 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(all present, all same) +DISC_FEATURE_COUNT:gene: 16 present +DISC_FEATURE_COUNT:CDS: 16 present +DISC_FEATURE_COUNT:mRNA: 16 present +DISC_COUNT_NUCLEOTIDES:4 nucleotide Bioseqs are present +JOINED_FEATURES:26 features have joined locations. +NO_ANNOTATION:2 bioseqs have no features +DISC_QUALITY_SCORES:Quality scores are missing on all sequences. +FATAL: DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS:1 features have partial ends that do not abut the end of the sequence or a gap, and cannot be extended by 3 or fewer nucleotides to do so +ONCALLER_COMMENT_PRESENT:4 comment descriptors were found (all same) +MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS:4 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments +MOLTYPE_NOT_MRNA:4 molecule types are not set as mRNA. +TECHNIQUE_NOT_TSA:4 technique are not set as TSA +MISSING_STRUCTURED_COMMENT:4 sequences do not include structured comments. +MISSING_PROJECT:20 sequences do not include project. +DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH:Molinfo Technique Report (some missing, all same) + + +Detailed Report + +DiscRep_ALL:DISC_PROTEIN_NAMES::All proteins have same name "hypothetical protein" + +DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::taxname (all present, all same) +DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::4 sources have 'Genus species' for taxname +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::gene: 16 present +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::CDS: 16 present +DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::mRNA: 16 present +DiscRep_ALL:DISC_COUNT_NUCLEOTIDES::4 nucleotide Bioseqs are present +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:JOINED_FEATURES::26 features have joined locations. +DiscRep_SUB:JOINED_FEATURES::26 features have joined location but no exception +genome:CDS hypothetical protein (sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537) FUN_000016 +genome:mRNA hypothetical protein (sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537) FUN_000016 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c3142-3138, c3004-2883, c2686-2565) FUN_000002 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c3142-3138, c3004-2883, c2686-2565) FUN_000002 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c5802-5797, c5539-4937, c4742-4248) FUN_000003 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c5802-5797, c5539-4937, c4742-4248) FUN_000003 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c10664-10657, c10499-8707, c8385-7691) FUN_000004 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c10664-10657, c10499-8707, c8385-7691) FUN_000004 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c15214-15209, c14648-14247) FUN_000005 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c15214-15209, c14648-14247) FUN_000005 +genome:CDS hypothetical protein (sample:15539-15543, 15646-15919, 16485-16619) FUN_000006 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:15539-15543, 15646-15919, 16485-16619) FUN_000006 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c21705-21700, c21515-19638, c19482-18358) FUN_000007 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c21705-21700, c21515-19638, c19482-18358) FUN_000007 +genome:CDS hypothetical protein (sample:40223-40396, 40659-41193, 41707-42080, 43409-43609, 43678-44130) FUN_000009 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:40223-40396, 40659-41193, 41707-42080, 43409-43609, 43678-44130) FUN_000009 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:87202-87207, 88054-88320) FUN_000010 +genome:CDS hypothetical protein (sample:87202-87207, 88054-88320) FUN_000010 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c106221-106216, c104632-104258, c103947-103696, c103618-103229, c103151-102510) FUN_000011 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c106221-106216, c104632-104258, c103947-103696, c103618-103229, c103151-102510) FUN_000011 +genome:CDS hypothetical protein (sample:167121-168069, 168722-169212) FUN_000012 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:167121-168069, 168722-169212) FUN_000012 +genome:CDS hypothetical protein (sample:180262-180267, 180400-180579) FUN_000013 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:180262-180267, 180400-180579) FUN_000013 +genome:CDS hypothetical protein (sample:c210553-210548, c210474-209053, c208645-208619) FUN_000014 +genome:mRNA hypothetical protein (sample:c210553-210548, c210474-209053, c208645-208619) FUN_000014 + +DiscRep_ALL:NO_ANNOTATION::2 bioseqs have no features +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) + +DiscRep_ALL:DISC_QUALITY_SCORES::Quality scores are missing on all sequences. + +FATAL: DiscRep_ALL:DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS::1 featurepartial ends thands that do not abut the end of the sequence or a gap, and cannot be extended by 3 or fewer nucleotides to do so +genome:CDS hypothetical protein (sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537) FUN_000016 + +DiscRep_ALL:ONCALLER_COMMENT_PRESENT::4 comment descriptors were found (all same) +genome:sample:"Annotated using 1.8.7" +genome:sample2:"Annotated using 1.8.7" +genome:sample3:"Annotated using 1.8.7" +genome:sample4:"Annotated using 1.8.7" + +DiscRep_ALL:MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS::4 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:MOLTYPE_NOT_MRNA::4 molecule types are not set as mRNA. +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:TECHNIQUE_NOT_TSA::4 technique are not set as TSA +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:MISSING_STRUCTURED_COMMENT::4 sequences do not include structured comments. +genome:sample (length 215740) +genome:sample2 (length 2030) +genome:sample3 (length 2100) +genome:sample4 (length 7560) + +DiscRep_ALL:MISSING_PROJECT::20 sequences do not include project. +genome:sample (length 215740) +genome:ncbi:FUN_000001-T1 (length 124) +genome:ncbi:FUN_000002-T1 (length 82) 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+DEFINITION Genus species. +ACCESSION +VERSION +KEYWORDS . +SOURCE Genus species + ORGANISM Genus species + Unclassified. +REFERENCE 1 (bases 1 to 2100) + AUTHORS Palmer,J.M. + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford + Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA +COMMENT 'Annotated using 1.8.7'. +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..2100 + /organism="Genus species" + /mol_type="genomic DNA" +ORIGIN + 1 gaaaatcatt catttggaat tgtaatcacc tatgcacttt ggtataagct tttctgtgca + 61 cattttcctg gaaaatgaat gagactcctc ggcagccatt gtaaaaatca atattggaga + 121 ttgccctcag aaaaaagtgc acttaaaccc agatgtcact caatcaaaaa cttctaattg + 181 ggaaagcaca aatttaccac acttttccga gccttcgaaa ggcataaacc ttcacaaatc + 241 ggtgggaaaa agtaatagag gaaaatacaa ttcggtcgac attttgtttt ccgtctcgct + 301 ggtgcctatt tgaaacgtaa gcgtgtgtat gtgtgcgtat gtgtatctcg tctgagctcg + 361 gagccccata aaatcagtgg tcaaattact tcttcgtatc gccataggct cgcctttgca + 421 aagctttttg gtctccatgg cgtccgcagc 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