diff macros.xml @ 1:e2e43248dd18 draft

"planemo upload commit d1ebc78155f57c87d8e82c9855b176428e9803ad"

--- a/macros.xml	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
+++ b/macros.xml	Thu Nov 18 21:58:06 2021 +0000
@@ -155,5 +155,200 @@
         <option value="embryophyta">embryophyta</option>
         <option value="protists">protists</option>
         <option value="alveolata_stramenophiles">alveolata_stramenophiles</option>
+        <!-- These datasets are additional BUSCO orthodb 10 datasets, they are not yet bundled
+             with funannonate db, but they can be used safely. -->
+         <option value="acidobacteria_odb10">acidobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="aconoidasida_odb10">aconoidasida (orthodb 10)</option>
+         <option value="actinobacteria_class_odb10">actinobacteria_class (orthodb 10)</option>
+         <option value="actinobacteria_phylum_odb10">actinobacteria_phylum (orthodb 10)</option>
+         <option value="actinopterygii_odb10">actinopterygii (orthodb 10)</option>
+         <option value="agaricales_odb10">agaricales (orthodb 10)</option>
+         <option value="agaricomycetes_odb10">agaricomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="alphabaculovirus_odb10">alphabaculovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="alphaherpesvirinae_odb10">alphaherpesvirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="alphaproteobacteria_odb10">alphaproteobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="alteromonadales_odb10">alteromonadales (orthodb 10)</option>
+         <option value="alveolata_odb10">alveolata (orthodb 10)</option>
+         <option value="apicomplexa_odb10">apicomplexa (orthodb 10)</option>
+         <option value="aquificae_odb10">aquificae (orthodb 10)</option>
+         <option value="arachnida_odb10">arachnida (orthodb 10)</option>
+         <option value="archaea_odb10">archaea (orthodb 10)</option>
+         <option value="arthropoda_odb10">arthropoda (orthodb 10)</option>
+         <option value="ascomycota_odb10">ascomycota (orthodb 10)</option>
+         <option value="aves_odb10">aves (orthodb 10)</option>
+         <option value="aviadenovirus_odb10">aviadenovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="bacillales_odb10">bacillales (orthodb 10)</option>
+         <option value="bacilli_odb10">bacilli (orthodb 10)</option>
+         <option value="bacteria_odb10">bacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="bacteroidales_odb10">bacteroidales (orthodb 10)</option>
+         <option value="bacteroidetes-chlorobi_group_odb10">bacteroidetes-chlorobi_group (orthodb 10)</option>
+         <option value="bacteroidetes_odb10">bacteroidetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="bacteroidia_odb10">bacteroidia (orthodb 10)</option>
+         <option value="baculoviridae_odb10">baculoviridae (orthodb 10)</option>
+         <option value="basidiomycota_odb10">basidiomycota (orthodb 10)</option>
+         <option value="bclasvirinae_odb10">bclasvirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="betabaculovirus_odb10">betabaculovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="betaherpesvirinae_odb10">betaherpesvirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="betaproteobacteria_odb10">betaproteobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="boletales_odb10">boletales (orthodb 10)</option>
+         <option value="brassicales_odb10">brassicales (orthodb 10)</option>
+         <option value="burkholderiales_odb10">burkholderiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="campylobacterales_odb10">campylobacterales (orthodb 10)</option>
+         <option value="capnodiales_odb10">capnodiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="carnivora_odb10">carnivora (orthodb 10)</option>
+         <option value="cellvibrionales_odb10">cellvibrionales (orthodb 10)</option>
+         <option value="cetartiodactyla_odb10">cetartiodactyla (orthodb 10)</option>
+         <option value="chaetothyriales_odb10">chaetothyriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="cheoctovirus_odb10">cheoctovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="chlamydiae_odb10">chlamydiae (orthodb 10)</option>
+         <option value="chlorobi_odb10">chlorobi (orthodb 10)</option>
+         <option value="chloroflexi_odb10">chloroflexi (orthodb 10)</option>
+         <option value="chlorophyta_odb10">chlorophyta (orthodb 10)</option>
+         <option value="chordopoxvirinae_odb10">chordopoxvirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="chromatiales_odb10">chromatiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="chroococcales_odb10">chroococcales (orthodb 10)</option>
+         <option value="clostridia_odb10">clostridia (orthodb 10)</option>
+         <option value="clostridiales_odb10">clostridiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="coccidia_odb10">coccidia (orthodb 10)</option>
+         <option value="coriobacteriales_odb10">coriobacteriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="coriobacteriia_odb10">coriobacteriia (orthodb 10)</option>
+         <option value="corynebacteriales_odb10">corynebacteriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="cyanobacteria_odb10">cyanobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="cyprinodontiformes_odb10">cyprinodontiformes (orthodb 10)</option>
+         <option value="cytophagales_odb10">cytophagales (orthodb 10)</option>
+         <option value="cytophagia_odb10">cytophagia (orthodb 10)</option>
+         <option value="delta-epsilon-subdivisions_odb10">delta-epsilon-subdivisions (orthodb 10)</option>
+         <option value="deltaproteobacteria_odb10">deltaproteobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="desulfobacterales_odb10">desulfobacterales (orthodb 10)</option>
+         <option value="desulfovibrionales_odb10">desulfovibrionales (orthodb 10)</option>
+         <option value="desulfurococcales_odb10">desulfurococcales (orthodb 10)</option>
+         <option value="desulfuromonadales_odb10">desulfuromonadales (orthodb 10)</option>
+         <option value="diptera_odb10">diptera (orthodb 10)</option>
+         <option value="dothideomycetes_odb10">dothideomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="embryophyta_odb10">embryophyta (orthodb 10)</option>
+         <option value="endopterygota_odb10">endopterygota (orthodb 10)</option>
+         <option value="enquatrovirus_odb10">enquatrovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="enterobacterales_odb10">enterobacterales (orthodb 10)</option>
+         <option value="entomoplasmatales_odb10">entomoplasmatales (orthodb 10)</option>
+         <option value="epsilonproteobacteria_odb10">epsilonproteobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="euarchontoglires_odb10">euarchontoglires (orthodb 10)</option>
+         <option value="eudicots_odb10">eudicots (orthodb 10)</option>
+         <option value="euglenozoa_odb10">euglenozoa (orthodb 10)</option>
+         <option value="eukaryota_odb10">eukaryota (orthodb 10)</option>
+         <option value="eurotiales_odb10">eurotiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="eurotiomycetes_odb10">eurotiomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="euryarchaeota_odb10">euryarchaeota (orthodb 10)</option>
+         <option value="eutheria_odb10">eutheria (orthodb 10)</option>
+         <option value="fabales_odb10">fabales (orthodb 10)</option>
+         <option value="firmicutes_odb10">firmicutes (orthodb 10)</option>
+         <option value="flavobacteriales_odb10">flavobacteriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="flavobacteriia_odb10">flavobacteriia (orthodb 10)</option>
+         <option value="fromanvirus_odb10">fromanvirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="fungi_odb10">fungi (orthodb 10)</option>
+         <option value="fusobacteria_odb10">fusobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="fusobacteriales_odb10">fusobacteriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="gammaherpesvirinae_odb10">gammaherpesvirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="gammaproteobacteria_odb10">gammaproteobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="glires_odb10">glires (orthodb 10)</option>
+         <option value="glomerellales_odb10">glomerellales (orthodb 10)</option>
+         <option value="guernseyvirinae_odb10">guernseyvirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="halobacteria_odb10">halobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="halobacteriales_odb10">halobacteriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="haloferacales_odb10">haloferacales (orthodb 10)</option>
+         <option value="helotiales_odb10">helotiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="hemiptera_odb10">hemiptera (orthodb 10)</option>
+         <option value="herpesviridae_odb10">herpesviridae (orthodb 10)</option>
+         <option value="hymenoptera_odb10">hymenoptera (orthodb 10)</option>
+         <option value="hypocreales_odb10">hypocreales (orthodb 10)</option>
+         <option value="insecta_odb10">insecta (orthodb 10)</option>
+         <option value="iridoviridae_odb10">iridoviridae (orthodb 10)</option>
+         <option value="lactobacillales_odb10">lactobacillales (orthodb 10)</option>
+         <option value="laurasiatheria_odb10">laurasiatheria (orthodb 10)</option>
+         <option value="legionellales_odb10">legionellales (orthodb 10)</option>
+         <option value="leotiomycetes_odb10">leotiomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="lepidoptera_odb10">lepidoptera (orthodb 10)</option>
+         <option value="liliopsida_odb10">liliopsida (orthodb 10)</option>
+         <option value="mammalia_odb10">mammalia (orthodb 10)</option>
+         <option value="metazoa_odb10">metazoa (orthodb 10)</option>
+         <option value="methanobacteria_odb10">methanobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="methanococcales_odb10">methanococcales (orthodb 10)</option>
+         <option value="methanomicrobia_odb10">methanomicrobia (orthodb 10)</option>
+         <option value="methanomicrobiales_odb10">methanomicrobiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="micrococcales_odb10">micrococcales (orthodb 10)</option>
+         <option value="microsporidia_odb10">microsporidia (orthodb 10)</option>
+         <option value="mollicutes_odb10">mollicutes (orthodb 10)</option>
+         <option value="mollusca_odb10">mollusca (orthodb 10)</option>
+         <option value="mucorales_odb10">mucorales (orthodb 10)</option>
+         <option value="mucoromycota_odb10">mucoromycota (orthodb 10)</option>
+         <option value="mycoplasmatales_odb10">mycoplasmatales (orthodb 10)</option>
+         <option value="natrialbales_odb10">natrialbales (orthodb 10)</option>
+         <option value="neisseriales_odb10">neisseriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="nematoda_odb10">nematoda (orthodb 10)</option>
+         <option value="nitrosomonadales_odb10">nitrosomonadales (orthodb 10)</option>
+         <option value="nostocales_odb10">nostocales (orthodb 10)</option>
+         <option value="oceanospirillales_odb10">oceanospirillales (orthodb 10)</option>
+         <option value="onygenales_odb10">onygenales (orthodb 10)</option>
+         <option value="oscillatoriales_odb10">oscillatoriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="pahexavirus_odb10">pahexavirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="passeriformes_odb10">passeriformes (orthodb 10)</option>
+         <option value="pasteurellales_odb10">pasteurellales (orthodb 10)</option>
+         <option value="peduovirus_odb10">peduovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="planctomycetes_odb10">planctomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="plasmodium_odb10">plasmodium (orthodb 10)</option>
+         <option value="pleosporales_odb10">pleosporales (orthodb 10)</option>
+         <option value="poales_odb10">poales (orthodb 10)</option>
+         <option value="polyporales_odb10">polyporales (orthodb 10)</option>
+         <option value="poxviridae_odb10">poxviridae (orthodb 10)</option>
+         <option value="primates_odb10">primates (orthodb 10)</option>
+         <option value="propionibacteriales_odb10">propionibacteriales (orthodb 10)</option>
+         <option value="proteobacteria_odb10">proteobacteria (orthodb 10)</option>
+         <option value="pseudomonadales_odb10">pseudomonadales (orthodb 10)</option>
+         <option value="rhizobiales_odb10">rhizobiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="rhizobium-agrobacterium_group_odb10">rhizobium-agrobacterium_group (orthodb 10)</option>
+         <option value="rhodobacterales_odb10">rhodobacterales (orthodb 10)</option>
+         <option value="rhodospirillales_odb10">rhodospirillales (orthodb 10)</option>
+         <option value="rickettsiales_odb10">rickettsiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="rudiviridae_odb10">rudiviridae (orthodb 10)</option>
+         <option value="saccharomycetes_odb10">saccharomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="sauropsida_odb10">sauropsida (orthodb 10)</option>
+         <option value="selenomonadales_odb10">selenomonadales (orthodb 10)</option>
+         <option value="simplexvirus_odb10">simplexvirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="skunavirus_odb10">skunavirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="solanales_odb10">solanales (orthodb 10)</option>
+         <option value="sordariomycetes_odb10">sordariomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="sphingobacteriia_odb10">sphingobacteriia (orthodb 10)</option>
+         <option value="sphingomonadales_odb10">sphingomonadales (orthodb 10)</option>
+         <option value="spirochaetales_odb10">spirochaetales (orthodb 10)</option>
+         <option value="spirochaetes_odb10">spirochaetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="spirochaetia_odb10">spirochaetia (orthodb 10)</option>
+         <option value="spounavirinae_odb10">spounavirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="stramenopiles_odb10">stramenopiles (orthodb 10)</option>
+         <option value="streptomycetales_odb10">streptomycetales (orthodb 10)</option>
+         <option value="streptosporangiales_odb10">streptosporangiales (orthodb 10)</option>
+         <option value="sulfolobales_odb10">sulfolobales (orthodb 10)</option>
+         <option value="synechococcales_odb10">synechococcales (orthodb 10)</option>
+         <option value="synergistetes_odb10">synergistetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="tenericutes_odb10">tenericutes (orthodb 10)</option>
+         <option value="tequatrovirus_odb10">tequatrovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="teseptimavirus_odb10">teseptimavirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="tetrapoda_odb10">tetrapoda (orthodb 10)</option>
+         <option value="tevenvirinae_odb10">tevenvirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="thaumarchaeota_odb10">thaumarchaeota (orthodb 10)</option>
+         <option value="thermoanaerobacterales_odb10">thermoanaerobacterales (orthodb 10)</option>
+         <option value="thermoplasmata_odb10">thermoplasmata (orthodb 10)</option>
+         <option value="thermoproteales_odb10">thermoproteales (orthodb 10)</option>
+         <option value="thermoprotei_odb10">thermoprotei (orthodb 10)</option>
+         <option value="thermotogae_odb10">thermotogae (orthodb 10)</option>
+         <option value="thiotrichales_odb10">thiotrichales (orthodb 10)</option>
+         <option value="tissierellales_odb10">tissierellales (orthodb 10)</option>
+         <option value="tissierellia_odb10">tissierellia (orthodb 10)</option>
+         <option value="tremellomycetes_odb10">tremellomycetes (orthodb 10)</option>
+         <option value="tunavirinae_odb10">tunavirinae (orthodb 10)</option>
+         <option value="varicellovirus_odb10">varicellovirus (orthodb 10)</option>
+         <option value="verrucomicrobia_odb10">verrucomicrobia (orthodb 10)</option>
+         <option value="vertebrata_odb10">vertebrata (orthodb 10)</option>
+         <option value="vibrionales_odb10">vibrionales (orthodb 10)</option>
+         <option value="viridiplantae_odb10">viridiplantae (orthodb 10)</option>
+         <option value="xanthomonadales_odb10">xanthomonadales (orthodb 10)</option>
     </xml>
 </macros>