# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1633376317 0
# Node ID 857f7ac611e1e622df5200af665958eadfc1807d

"planemo upload commit 87560553f1dbbd3e0ab7d7157fa5a7f32f61dca1"

diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 README.md
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,5 @@
+# Funannotate
+
+Funannotate can use GeneMark to predict gene, but due to licensing issues, we are not allowed to distribute GeneMark automatically.
+
+If you want to use it, the Galaxy administrator needs to install it GeneMark following the instructions on https://github.com/nextgenusfs/funannotate, and set the `GENEMARK_PATH` variable on the job destination.
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 funannotate_compare.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/funannotate_compare.xml	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,124 @@
+<tool id="funannotate_compare" name="Funannotate compare" profile="20.01" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@">
+    <description>annotations</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <requirements>
+        <expand macro="requirements" />
+    </requirements>
+    <version_command>funannotate check --show-versions</version_command>
+    <command><![CDATA[
+#set $inputs = ""
+#for i, f in enumerate($input):
+    #set $inputs = $inputs + " input" + str($i) + ".gbk"
+    ln -s '$f' input${i}.gbk &&
+#end for
+
+funannotate compare
+--input
+
+$inputs
+
+--out output
+
+--database '$database.fields.path'
+
+#if $run_dnds in ['estimate', 'full']:
+    --run_dnds ${run_dnds}
+#end if
+
+## TODO add --outgroup option some day (hard to get an up to date/customizable list)
+
+--go_fdr ${go_fdr}
+
+--heatmap_stdev ${heatmap_stdev}
+
+--num_orthos ${num_orthos}
+
+#if $proteinortho:
+    --proteinortho '${proteinortho}'
+#end if
+
+--ml_method ${ml.ml_method}
+
+#if $ml.ml_method == 'raxml':
+    --bootstrap '${ml.bootstrap}'
+#end if
+
+--cpus \${GALAXY_SLOTS:-2}
+
+&&
+
+mkdir -p '$output.files_path' &&
+cp -R output/* '$output.files_path' &&
+cp output/index.html '$output'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param argument="--input" type="data" format="genbank" multiple="true" label="Genome annotations in genbank format" help="Outputs from 'Funannotate predict annotation' tool" />
+
+        <param name="database" label="Funannotate database" type="select">
+            <options from_data_table="funannotate">
+                <column name="value" index="0" />
+                <column name="name" index="1" />
+                <column name="path" index="3" />
+                <filter type="sort_by" column="0" />
+                <filter type="static_value" column="2" value="1.0" />
+            </options>
+        </param>
+
+        <param argument="--run_dnds" type="select" label="Calculate dN/dS ratio on all orthologs">
+            <option value="no" selected="True">No</option>
+            <option value="estimate">estimate</option>
+            <option value="full">full</option>
+        </param>
+
+        <param argument="--go_fdr" type="float" value="0.05" label="P-value for FDR GO-enrichment" />
+        <param argument="--heatmap_stdev" type="float" value="1.0" label="Cut-off for heatmap" />
+        <param argument="--num_orthos" type="integer" value="500" label="Number of Single-copy orthologs to use for ML" />
+        <param argument="--proteinortho" type="data" format="tabular" optional="true" label="Proteinortho POFF results" help="TSV format, if available"/>
+
+        <conditional name="ml">
+            <param argument="--ml_method" type="select" label="Maximum Likelihood method">
+                <option value="iqtree" selected="True">iqtree</option>
+                <option value="raxml">raxml</option>
+            </param>
+            <when value="iqtree" />
+            <when value="raxml">
+                <param argument="--bootstrap" type="integer" value="100" label="Number of boostrap replicates to run with RAxML" />
+            </when>
+        </conditional>
+
+        <!-- Need this to change path in the test funannotate_db -->
+        <param type="hidden" name="uglyTestingHack" value="" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name='output' format='html' label="${tool.name} on ${on_string}: report" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input" value="compare/Genus_species.gbk,compare/Other_species.gbk,compare/Other_beast.gbk,compare/Yet_another.gbk" />
+            <param name="database" value="2021-07-20-120000" />
+            <param name="outputs" value="gbk" />
+            <conditional name="ml">
+                <param name="ml_method" value="raxml" />
+            </conditional>
+            <output name="output">
+                <assert_contents>
+                    <has_text text="Report generated on:" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+Funannotate_ compare
+--------------------
+
+Funannotate_ is a pipeline for genome annotation (built specifically for fungi, but will also work with higher eukaryotes).
+
+This script does light-weight comparative genomics between funannotated genomes.  Output
+is graphs, phylogeny, CSV files, etc --> visualized in web-browser.
+
+.. _Funannotate: http://funannotate.readthedocs.io
+    ]]></help>
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,159 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.8.9</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token>
+
+    <xml name="requirements">
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">funannotate</requirement>
+    </xml>
+
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.5281/zenodo.4054262</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+
+    <xml name="augustus_species">
+        <!-- list generated from a Funannotate database directory, listing trained_species/* -->
+        <option value="adorsata">adorsata</option>
+        <option value="aedes">aedes</option>
+        <option value="amphimedon">amphimedon</option>
+        <option value="ancylostoma_ceylanicum">ancylostoma_ceylanicum</option>
+        <option value="anidulans">anidulans</option>
+        <option value="arabidopsis">arabidopsis</option>
+        <option value="aspergillus_fumigatus">aspergillus_fumigatus</option>
+        <option value="aspergillus_nidulans">aspergillus_nidulans</option>
+        <option value="aspergillus_oryzae">aspergillus_oryzae</option>
+        <option value="aspergillus_terreus">aspergillus_terreus</option>
+        <option value="bombus_impatiens1">bombus_impatiens1</option>
+        <option value="bombus_terrestris2">bombus_terrestris2</option>
+        <option value="botrytis_cinerea">botrytis_cinerea</option>
+        <option value="b_pseudomallei">b_pseudomallei</option>
+        <option value="brugia">brugia</option>
+        <option value="cacao">cacao</option>
+        <option value="caenorhabditis">caenorhabditis</option>
+        <option value="camponotus_floridanus">camponotus_floridanus</option>
+        <option value="candida_albicans">candida_albicans</option>
+        <option value="candida_guilliermondii">candida_guilliermondii</option>
+        <option value="candida_tropicalis">candida_tropicalis</option>
+        <option value="c_elegans_trsk">c_elegans_trsk</option>
+        <option value="chaetomium_globosum">chaetomium_globosum</option>
+        <option value="chicken">chicken</option>
+        <option value="chiloscyllium">chiloscyllium</option>
+        <option value="chlamy2011">chlamy2011</option>
+        <option value="chlamydomonas">chlamydomonas</option>
+        <option value="chlorella">chlorella</option>
+        <option value="ciona">ciona</option>
+        <option value="coccidioides_immitis">coccidioides_immitis</option>
+        <option value="Conidiobolus_coronatus">Conidiobolus_coronatus</option>
+        <option value="coprinus">coprinus</option>
+        <option value="coprinus_cinereus">coprinus_cinereus</option>
+        <option value="coyote_tobacco">coyote_tobacco</option>
+        <option value="cryptococcus">cryptococcus</option>
+        <option value="cryptococcus_neoformans_gattii">cryptococcus_neoformans_gattii</option>
+        <option value="cryptococcus_neoformans_neoformans_B">cryptococcus_neoformans_neoformans_B</option>
+        <option value="cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21">cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21</option>
+        <option value="culex">culex</option>
+        <option value="debaryomyces_hansenii">debaryomyces_hansenii</option>
+        <option value="E_coli_K12">E_coli_K12</option>
+        <option value="elephant_shark">elephant_shark</option>
+        <option value="encephalitozoon_cuniculi_GB">encephalitozoon_cuniculi_GB</option>
+        <option value="eremothecium_gossypii">eremothecium_gossypii</option>
+        <option value="fly">fly</option>
+        <option value="fly_exp">fly_exp</option>
+        <option value="fusarium">fusarium</option>
+        <option value="fusarium_graminearum">fusarium_graminearum</option>
+        <option value="galdieria">galdieria</option>
+        <option value="generic">generic</option>
+        <option value="heliconius_melpomene1">heliconius_melpomene1</option>
+        <option value="histoplasma">histoplasma</option>
+        <option value="histoplasma_capsulatum">histoplasma_capsulatum</option>
+        <option value="honeybee1">honeybee1</option>
+        <option value="human">human</option>
+        <option value="japaneselamprey">japaneselamprey</option>
+        <option value="kluyveromyces_lactis">kluyveromyces_lactis</option>
+        <option value="laccaria_bicolor">laccaria_bicolor</option>
+        <option value="leishmania_tarentolae">leishmania_tarentolae</option>
+        <option value="lodderomyces_elongisporus">lodderomyces_elongisporus</option>
+        <option value="magnaporthe_grisea">magnaporthe_grisea</option>
+        <option value="maize">maize</option>
+        <option value="maize5">maize5</option>
+        <option value="mnemiopsis_leidyi">mnemiopsis_leidyi</option>
+        <option value="nasonia">nasonia</option>
+        <option value="nematostella_vectensis">nematostella_vectensis</option>
+        <option value="neurospora">neurospora</option>
+        <option value="neurospora_crassa">neurospora_crassa</option>
+        <option value="parasteatoda">parasteatoda</option>
+        <option value="pchrysosporium">pchrysosporium</option>
+        <option value="pea_aphid">pea_aphid</option>
+        <option value="pfalciparum">pfalciparum</option>
+        <option value="phanerochaete_chrysosporium">phanerochaete_chrysosporium</option>
+        <option value="pichia_stipitis">pichia_stipitis</option>
+        <option value="pisaster">pisaster</option>
+        <option value="pneumocystis">pneumocystis</option>
+        <option value="rhincodon">rhincodon</option>
+        <option value="rhizopus_oryzae">rhizopus_oryzae</option>
+        <option value="rhodnius">rhodnius</option>
+        <option value="rice">rice</option>
+        <option value="saccharomyces">saccharomyces</option>
+        <option value="saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1">saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1</option>
+        <option value="saccharomyces_cerevisiae_S288C">saccharomyces_cerevisiae_S288C</option>
+        <option value="s_aureus">s_aureus</option>
+        <option value="schistosoma">schistosoma</option>
+        <option value="schistosoma2">schistosoma2</option>
+        <option value="schizosaccharomyces_pombe">schizosaccharomyces_pombe</option>
+        <option value="scyliorhinus">scyliorhinus</option>
+        <option value="sealamprey">sealamprey</option>
+        <option value="s_pneumoniae">s_pneumoniae</option>
+        <option value="strongylocentrotus_purpuratus">strongylocentrotus_purpuratus</option>
+        <option value="sulfolobus_solfataricus">sulfolobus_solfataricus</option>
+        <option value="template_prokaryotic">template_prokaryotic</option>
+        <option value="tetrahymena">tetrahymena</option>
+        <option value="thermoanaerobacter_tengcongensis">thermoanaerobacter_tengcongensis</option>
+        <option value="tomato">tomato</option>
+        <option value="toxoplasma">toxoplasma</option>
+        <option value="tribolium2012">tribolium2012</option>
+        <option value="trichinella">trichinella</option>
+        <option value="ustilago">ustilago</option>
+        <option value="ustilago_maydis">ustilago_maydis</option>
+        <option value="verticillium_albo_atrum1">verticillium_albo_atrum1</option>
+        <option value="verticillium_longisporum1">verticillium_longisporum1</option>
+        <option value="volvox">volvox</option>
+        <option value="wheat">wheat</option>
+        <option value="Xipophorus_maculatus">Xipophorus_maculatus</option>
+        <option value="yarrowia_lipolytica">yarrowia_lipolytica</option>
+        <option value="zebrafish">zebrafish</option>
+    </xml>
+
+    <xml name="busco_species">
+        <!-- list generated from a Funannotate database directory, with the "funannotate database -show-buscos command" -->
+        <option value="eukaryota">eukaryota</option>
+        <option value="metazoa">metazoa</option>
+        <option value="nematoda">nematoda</option>
+        <option value="arthropoda">arthropoda</option>
+        <option value="insecta">insecta</option>
+        <option value="endopterygota">endopterygota</option>
+        <option value="hymenoptera">hymenoptera</option>
+        <option value="diptera">diptera</option>
+        <option value="vertebrata">vertebrata</option>
+        <option value="actinopterygii">actinopterygii</option>
+        <option value="tetrapoda">tetrapoda</option>
+        <option value="aves">aves</option>
+        <option value="mammalia">mammalia</option>
+        <option value="euarchontoglires">euarchontoglires</option>
+        <option value="laurasiatheria">laurasiatheria</option>
+        <option value="fungi">fungi</option>
+        <option value="dikarya">dikarya</option>
+        <option value="ascomycota">ascomycota</option>
+        <option value="pezizomycotina">pezizomycotina</option>
+        <option value="eurotiomycetes">eurotiomycetes</option>
+        <option value="sordariomycetes">sordariomycetes</option>
+        <option value="saccharomycetes">saccharomycetes</option>
+        <option value="saccharomycetales">saccharomycetales</option>
+        <option value="basidiomycota">basidiomycota</option>
+        <option value="microsporidia">microsporidia</option>
+        <option value="embryophyta">embryophyta</option>
+        <option value="protists">protists</option>
+        <option value="alveolata_stramenophiles">alveolata_stramenophiles</option>
+    </xml>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/SRR7458692.bam
Binary file test-data/SRR7458692.bam has changed
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/cleaned.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cleaned.fa	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,2698 @@
+>sample
+GTGGCCGGCTGATTTCACGTCCTAACTTTGGGCTTAACTGGTTCGCCAGTTGACTTTCTTCGCCATCATGTGATGCATTA
+ATTAAACAATAATTACTAATTGACAGTAATTAATAATTGTGGCAAAAAGCGCGACACGTTTTTTCGGCAAACTCCTCGGA
+AGACCGATTGTTTAAAGACGTAGGGAAAAGTAGTTCCCAAGCATTTTAAAAAGATACCTATGACATGTGACACCTTTAAA
+GTGCAATACAAGTTTTCATCTCTTTATATCCTTTTACTCCCTAATTTGAATATAAAAGGAATCGCATTGAGAGTATAAAG
+GCTTTAGTTCTTATCGATAGATAGTTAGTGATGAAATAAAATTATAACCGTGGTTTTAGTTTGAAATGTTGTAAAGACTT
+TCTTTAAATTTAACCAAATTTATGTGATAAAATGGATATTCCATAGATAAGACATTTAAGTTAAATGTTTTTATACATCA
+AAAAGGAAACATTGTGCACGCTATCAAATGGTATTCTTAAAATCGAGTCAGTTAGGTAAGTTATTAATTAAATGGTAACT
+TTTTAACGTGCGTCAAATAATCTAGAAATTCTTCTTCAACTCATCCAAAACATTCTCAACACCACAATATCTATGCTCAG
+CGATGACAAATTTCTCCTGATTTCTTAATTTTCTATCTATGCTATGCGATCAATCAACGAATGTGTGCTAATTTCTTGTG
+ACGATTATTTTGCAAAGTCGTCTCCGCGTTAATATCCGATGTAAATAAACCTATGAAAATCGCAAAGATCTATTCCTTTG
+CGCTTAACCTTGTTATTGAACTCCCTCCCGCCCGGATTTTCGCAGCTTCCAACTAAGTGATACCTTTTAAACAAACGCCA
+CAACAAAACAGGTGACAATCATATTTTATCAACAAAAGAAAAGAGAGATAATATCTGCTGCTAATTCAATTTATTGGGCT
+TTGTGTTTATTTGCATTGGGAATCCGTGGAGCTGATATTGTTTACTTTGGCAATTTCCCAGTCATTATGGTCGCCGTATA
+ATGTGAATGGCCAACAGGAAAATTTCACAGATTCCACTGGTTATTCACTGTTCATGCTGGCGGTTGATCCGCTCCAAATC
+CCGGATGAGGCGGCGGAAGATCCTTATACCGCTTACTTACGTATTCACTGCTTAACATCTTATCATAGAATTCGTTAGCT
+TTCACATAGTTTGGATTCCGAATGAATCTCTTCTGTCGACCTCGCGTTTTTGGCAATTTTCGGAGCTCTTCGCTACTGCT
+AGTTGATTTAAGGCCTACATCTTTCTGATCCTTAATCATCCTTTTAGGTGATTCTCCTGCTACCATGGGATCCACCAGTT
+TCATATATAATGGATCGGGCTCGTTTGCAAGTGGGTTTCCAGTTTCAGAAGACTCTGACGTTCTAAGCGCCAATAAAATG
+AAAATAACCAAAAGGAAACTAGACATGTTTCGTTACAGACAGATATAGATTGGATATTATTGAAAGAAAATGAAAATAAA
+CAGCGATAATGATCTGTGACTTATTGGAAATTAGATGGCTTATGGATGATGGGGCGATAAATTCGAACAAACACTGAGAG
+CATTTTTGGGAGCATTGTGGGAGCTTTTCTATTATCCAGTACTTTATATACATATATCATTTATATACTAATCATTTCTG
+GTAGCCGTTCGTAATCAGGATCGGATCCTTTTTTACCCGTTAGTCAGCTAGAAGAAACGAAAAATTAAAATAGTAAAATC
+TAAAAGTATACAAAAATTCAAATAGTAAAACCAAAAAGTATTAAAAAAAATATCAATCGTTTTTAAACGTTGATTTTTCA
+GCTTGTGGGGTGATTTATCGCTAACTTGGAAAATGATAATAAAGCATTATCCATAATATTAGTTGTGGAAATGAAATTCA
+AATAGATGTTGTGTTATATACGATGAGGATGTTGCATTTGAGTCCCCGGAAATATAGTATTTTTTTTACCGAAGGTATTA
+TCGTACCGGTCAAGTACGGTCACACTGCCAAGCGCAGATTTGAGGATTTCTAGATTTGGCCTCTTGATGGACTAGAAGCG
+CTACCAAAACTGGGGCTTGAGTTGAATTACCTGTTGGAAGACACAATGCCACCCACGATCAACAATTCGGCGGTAAACAG
+TGCCGCCGAAAAGCGACCCCAGCGGCAAACGGAGCGCAAGTAAGTGAACAGATCCCTAAACAGACGCCAGATACTCAGAC
+TGATGTGTACCTTGCAGATCCGAGATCATTTGCCGCGTGAAGTATGGAAACAACCTGCCGGATATACCATTTGATCTGAA
+GTTTCTGCAGTACCCCTTCGACAGCCACCGCTTCGTGCAGTACAACCCAACGTCGCTAGAGCGTAACTTCAAGTATGACG
+TGCTGACGGAACACGATTTGGGTGTCACGGTGGACCTGATTAACCGGGAGCTCTATCAGGCCGACTCCATGACGCTGCTG
+GACCCCGCCGATGAAAAACTGCTGGAGGAGGAGACTCTGACGCCCACAGACTCTGTGCGTTCGCGCCAGCATTCGAGGAC
+GGTGTCATGGTTGCGCAAATCCGAGTACATCTCCACCGAGCAGACGCGCTTCCAGCCCCAGAACCTGGAGAACATCGAGG
+CCAAGGTCGGTTACAACGTCAAGAAGTCGCTTCGGGAGGAGACTCTCTACCTGGACCGCGAAGCCCAGATCAAAGCCATC
+GAGAAGACCTTCAGCGACACCAAGAGCGAAATTACCAAGCACTATTCCAAGCCCAATGTGGTGCCAGTGGAGGTACTGCC
+TATCTTCCCCGACTTCACCAACTGGAAGTTCCCGTGCGCCCAGGTCATATTTGACAGTGATCCCGCTCCTGCGGGCAAGA
+ACGTGCCCGCCCAGCTGGAGGAGATGTCGCAGGCCATGATTCGTGGTGTGATGGACGAGAGCGGCGAACAGTTTGTCGCC
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+DEFINITION  Genus species.
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+  ORGANISM  Genus species
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+REFERENCE   1  (bases 1 to 215740)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (28-SEP-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+                     KCEEELCQDLECSRITTDTVASADLGKSSCQDGLLVEICESTCTTPTFFCVILGENFT
+                     SASNCCSHHTMRCVVSAQVSWFEDHSGLVIGLGVGLLFIGSFLGMLIVFGTLRLNPSW
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+ORIGIN      
+        1 gtggccggct gatttcacgt cctaactttg ggcttaactg gttcgccagt tgactttctt
+       61 cgccatcatg tgatgcatta attaaacaat aattactaat tgacagtaat taataattgt
+      121 ggcaaaaagc gcgacacgtt ttttcggcaa actcctcgga agaccgattg tttaaagacg
+      181 tagggaaaag tagttcccaa gcattttaaa aagataccta tgacatgtga cacctttaaa
+      241 gtgcaataca agttttcatc tctttatatc cttttactcc ctaatttgaa tataaaagga
+      301 atcgcattga gagtataaag gctttagttc ttatcgatag atagttagtg atgaaataaa
+      361 attataaccg tggttttagt ttgaaatgtt gtaaagactt tctttaaatt taaccaaatt
+      421 tatgtgataa aatggatatt ccatagataa gacatttaag ttaaatgttt ttatacatca
+      481 aaaaggaaac attgtgcacg ctatcaaatg gtattcttaa aatcgagtca gttaggtaag
+      541 ttattaatta aatggtaact ttttaacgtg cgtcaaataa tctagaaatt cttcttcaac
+      601 tcatccaaaa cattctcaac accacaatat ctatgctcag cgatgacaaa tttctcctga
+      661 tttcttaatt ttctatctat gctatgcgat caatcaacga atgtgtgcta atttcttgtg
+      721 acgattattt tgcaaagtcg tctccgcgtt aatatccgat gtaaataaac ctatgaaaat
+      781 cgcaaagatc tattcctttg cgcttaacct tgttattgaa ctccctcccg cccggatttt
+      841 cgcagcttcc aactaagtga taccttttaa acaaacgcca caacaaaaca ggtgacaatc
+      901 atattttatc aacaaaagaa aagagagata atatctgctg ctaattcaat ttattgggct
+      961 ttgtgtttat ttgcattggg aatccgtgga gctgatattg tttactttgg caatttccca
+     1021 gtcattatgg tcgccgtata atgtgaatgg ccaacaggaa aatttcacag attccactgg
+     1081 ttattcactg ttcatgctgg cggttgatcc gctccaaatc ccggatgagg cggcggaaga
+     1141 tccttatacc gcttacttac gtattcactg cttaacatct tatcatagaa ttcgttagct
+     1201 ttcacatagt ttggattccg aatgaatctc ttctgtcgac ctcgcgtttt tggcaatttt
+     1261 cggagctctt cgctactgct agttgattta aggcctacat ctttctgatc cttaatcatc
+     1321 cttttaggtg attctcctgc taccatggga tccaccagtt tcatatataa tggatcgggc
+     1381 tcgtttgcaa gtgggtttcc agtttcagaa gactctgacg ttctaagcgc caataaaatg
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+     1501 tgaaagaaaa tgaaaataaa cagcgataat gatctgtgac ttattggaaa ttagatggct
+     1561 tatggatgat ggggcgataa attcgaacaa acactgagag catttttggg agcattgtgg
+     1621 gagcttttct attatccagt actttatata catatatcat ttatatacta atcatttctg
+     1681 gtagccgttc gtaatcagga tcggatcctt ttttacccgt tagtcagcta gaagaaacga
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+     1801 ttaaaaaaaa tatcaatcgt ttttaaacgt tgatttttca gcttgtgggg tgatttatcg
+     1861 ctaacttgga aaatgataat aaagcattat ccataatatt agttgtggaa atgaaattca
+     1921 aatagatgtt gtgttatata cgatgaggat gttgcatttg agtccccgga aatatagtat
+     1981 tttttttacc gaaggtatta tcgtaccggt caagtacggt cacactgcca agcgcagatt
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+     2581 ccgagtacat ctccaccgag cagacgcgct tccagcccca gaacctggag aacatcgagg
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+     2701 aagcccagat caaagccatc gagaagacct tcagcgacac caagagcgaa attaccaagc
+     2761 actattccaa gcccaatgtg gtgccagtgg aggtactgcc tatcttcccc gacttcacca
+     2821 actggaagtt cccgtgcgcc caggtcatat ttgacagtga tcccgctcct gcgggcaaga
+     2881 acgtgcccgc ccagctggag gagatgtcgc aggccatgat tcgtggtgtg atggacgaga
+     2941 gcggcgaaca gtttgtcgcc tacttcctgc ccacagagca gacgctggag aaacgccgta
+     3001 cagacttcat caatggcgag ctgtacaagg aggaggagga gtacgagtac aagatcgctc
+     3061 gagagtacaa ctggaacgtg aagaccaaag cttccaaggg ctacgaagaa aactacttct
+     3121 tcgtgatgcg tcaggacggc atctactaca acgagctaga aacccgtgtg cgccttaaca
+     3181 agcgtcgcgt taaggttggc cagcaaccca acaacaccaa gctggtaagt atatttatgc
+     3241 gcatacatct atagcgagct ttactttgta ttatttctac caggttgtca agcatcgtcc
+     3301 attggacagc atggagcatc gtatgcagcg ctatcgcgag cgccagctag aagttcctgg
+     3361 cgaggaggag gagatcgtgg aagaagtgag ggaagaggag caaatgcaaa tcattggcga
+     3421 gacggagaag acgagcgagg acgcagctgt tggcgcacag gcagcatctg gagcggactc
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+     3601 tcggtctggt agcggctcca gatcacgcac aaattcgccg gcaggatccc agaaatccgg
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+     5221 ccgactccgg cgaactgggg gactgctgga gcatgctcag cgccccactc agcgcgtatg
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+     5401 gtgtaggact gggattagga tttggattgg gattggagca gggcacgccc atcatgtgca
+     5461 ctactttcag gtggattcga agggagccct tcattcggaa cgtcttggag cagagatggc
+     5521 acttgtaggg ctcctggtcc tgtataaagc aataatcgga atttcactta tatttatcaa
+     5581 ttcatcaata tgccctcatg gccaaatatt ccattacatt accgtctgtc tctcagtttc
+     5641 aaatttatgc acaaaaatca ttcactttca ttcactatat cacaaagttg ccatggtttt
+     5701 aaattgatca aaaacaaatt aatatctatc atatatatac atagtcatat gaacagttga
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+     5881 agattcaatg taaatggtct agctttttaa gtatgatttt tttttgctgc cagtgagcat
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+     7981 cgctctcgtc gctgttcgcc agatcggtga tcatgttcag cgccttggtg ttacgcgcct
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+     8521 gacggaaatg gccagatcga ctcaggtatg gatcttgatc aagaatatct attctttata
+     8581 gagccagaaa acctaatttg ttcctattca atatctgtat ctgtgagtgt tattaaaatt
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+    10201 ccaccatctg gcggcgttcc gcgtgggcag acctgtacag acaagcggtt cgctccagat
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+    10621 tggttcttgg ggtacatttg acttacgctc agtgactttg acatattcag tgtactcctc
+    10681 cagctccttg ttattcttcc gcagatcctc cttgatcttg ttgcgctcca agatcacaag
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+    10921 gcgagttcat gtgctgctgc agctccagct tcaacgcccg cagagcagtc agttccttta
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+    11041 aggccatcgc ttccagcttg tagtcgttca gcgaggcatt cttcatgtcg tcggtgcgat
+    11101 tcatcgtgtt agagattagc ctctcagcta ggccgaacta aataggaaaa cttcacactt
+    11161 gccactaatg ttaaagtgta aaaacaattc agggcaccct aagtctccct ttccgtcaca
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+    11881 aaaatttaca aaatctgaca ttttacatta tatcttttta taaatcatct gaacttaacc
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+    12421 tgaacttatt cgagctgcat atgggcaaac agacggacgg acatgacaat caatatctta
+    12481 atcaagaagg atcggaacct gagatccaga agttgatacg gacagacgga catgtctaaa
+    12541 tataaccgtc gaatgatcct aatcaatgat aaacgaaaag tgttcgaaaa cgattcgttc
+    12601 cagttaatac ttacttttta acgtgttaat tgtcattgca ctctacccat aatagcaaaa
+    12661 aaagcatcac aaacttcatt agagccgcca tgactataat attaataaca cgccaggaca
+    12721 aactaaagaa agcatatatt tccttttcat ataatctttt ttatttgttt gcttcttagt
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+   111841 ccgagccgcc gggtgactca gttctcgcat gcgtgtggga tgtacataca tatgtacata
+   111901 tgtgctgcaa tgagaaaggc cagtgagata taaaaatatc tttttcaact tgaggtacat
+   111961 tcttgctcgc tcgctgcaga aatttgggga acaaatttga aaattgtcac atatattttt
+   112021 tggcccgcca atgctctata ccgtttaaaa acccacatta taaaaagtac aaatttagtt
+   112081 acattccatg taagtgttaa tttggtaatc cccgtgcaat ccccctcgct cgcaaccagt
+   112141 taacgttaca taattcaaag atattcgcat cgcttctttt tattggatgt ccttttttct
+   112201 tcagaaatga gagtgagcgt cagccggatg agcataaaaa taggcattaa aataaataga
+   112261 ctcaaccgga tttgcaacaa gccgagttgt gtgctcagcc gtccacgctc acgacgactt
+   112321 acacctccgt atccgtatcc gcatcggcat ccgcatccgc gtccgcttat atgacgcatt
+   112381 tcctttggcc cacaacaaca agggactgaa agtgaagttt ccctgtttga agacccacca
+   112441 ttatcctttc acacgcagtc cttactttcg agggaaagcg agcgctttcg gaaaaagtca
+   112501 attaaaaaag ttaaataaat cataaacttg gcagatgatt tgattgcggt gcaggattcg
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+   117301 ggaaaattag ggaggtctaa ttactttacc accatagacc tggcaaaagg cttccatcaa
+   117361 atagagatgg attcagaatc aatagccaaa acggctttct ctactaaata cggacattac
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+   136981 tttttccccg atgtcaacgc gaacggatgc acgtactggg cagcggaaaa tgcagtgaaa
+   137041 attgccagaa aagtcagggg acagcatgtg cgggcaaatt caagcgaagc attcgattaa
+   137101 ctgccagagt gcgcgatcca cttgattttc cgggaatacc tgccacgttc gacgggtttc
+   137161 gcgttctata tttttcgcac tgaaaattct cggcttacgc gcgcctgtgt gtgtgggagt
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+   137281 cgaagccagc ctggcgtcgc gcttttaatc aaattaaaat taattgtagt tcaaagcgtc
+   137341 gaactcgtcc gctttttttt gttttttgcg caactctctg aaaattcaat aagcacgtaa
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+   138061 ttggatgtaa agatagcgtt tttttttttt atacgggaaa agaggaagaa tggctctgaa
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+   161761 ccagtgatga cgtcttcatg ccaggcacta tcaaagttca gctttctcca gatgcccaat
+   161821 taagaaagct ttccaaaggg tccaacaact cggacacttc cattgacgac attctctctg
+   161881 gcagtaccac ctatctagag gatcagacca cagtgcggaa aaactacgaa gctcgtttga
+   161941 gcagcggtgg aggaggagca agctgcaaga agtgcagtca ttccagccac tccgaggagg
+   162001 aaacgagttc ccttggtacg gatcttgatg gaacggtcag aatgggtgga ttacagcaga
+   162061 agaagtgcac ccatagctct cactcggaag acacctcaat tggactaagc atctcggaat
+   162121 ggtccacggg aaccaacaca gtacgccagt atgccaatct atccggatcg gacagccttt
+   162181 ccgccgtgtc cacacactcg tgtgctaaga gcgagaaatc taatcagact aaatcaagta
+   162241 taagttcgat taacaaatca gctgaaagcc taaatgagca gagtggtgga agtagcttct
+   162301 cgcacaagtt tagcggggat aatggttcat ccgatggcct gcgttatgat atgctctcca
+   162361 attccgagac cgataagcta agtgaggcca cctcagccac taggagtgat gacactacct
+   162421 tgactcttac cgaaatggct cacaccatta gtgagtggtc aacatccagt agtcgcacac
+   162481 ttgttggcgt ggcacctgga gagtatcttc ctctcaagca ggcactgtcg ggaaataaaa
+   162541 ctagtttaag ctctcccagt gaggaaaagc gttgcgcgct cccacaagtt catcgaagga
+   162601 gtggtagcaa tggcaatcag gcgagagctg cacaggagca cgctgacagt caaactggtc
+   162661 cggagacaag tgcggctgct cggaaacgtc ggtcgctgga gatgatgtct aaattgtatc
+   162721 agagccagga aatatgctct gagtcagagt cgccgtttgt cgagcgtttg tatgcgcaca
+   162781 gcgagaagtt aaccgagcgc tatcaaagcc aggagtttgt gccgctccat ggtggacctc
+   162841 cagcatccca cctcgcttcg tcaaccacta gtcagattca aacccagcaa ccccaacagg
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+                     KCLEAERRLAEIKGLADDPEVEATNMARLNTLEQEYEKLQRLIATTEAQNKKLNYNMN
+                     NLVVQYNADEKELEMVRFKIKEAQVYCEGTVKRLRQIRYENSELIVDLNMVKMRCSDL
+                     EVGIGGCEQGTYDLEQHRLAFRRAIKDRTVELRSQEDVLLLKKKHLNEELSTLRADLG
+                     ERKKQIEAMKARFELTAQLLGKNEDGSIMTSTQLKVVSAQERQMLADEGDALNKKVLK
+                     AEKEVVALENTLRQFDKSNDNYRKTFRSVDENSKDRERAELELKELEAAYCRELEKLK
+                     VLRCKAQHYQQKHAAQRAEEEDLISKIEKAKASRAEHSAVLEKIERELDDQRMKLDRA
+                     NREIRTQLREIKARPFSEEYLAQFERDLSLQELEARNTKALNMITDLANSDESGTDII
+                     GILLRKGIKLPMHLKRTCSRVSWNSSSSGKSSQGQDTASYLNVKGKKFSCDGASARSS
+                     VSDMSSLKDDTSSTTSHSGLSIISLELPLPKKK"
+     gene            complement(14247..15214)
+                     /locus_tag="FUNC_000005"
+     mRNA            complement(join(14247..14648,15209..15214))
+                     /locus_tag="FUNC_000005"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(14247..14648,15209..15214))
+                     /locus_tag="FUNC_000005"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000005-T1"
+                     /translation="MRCVFCGSGSEQQHSRWEIKMLQESCRTDHGFHQDSQAIQYLYE
+                     ILASYNRDEQRAFLQFVTGSPRLPTGGFKALTPPLTIVRKTLDENQNPNDYLPSVMTC
+                     VNYLKLPDYSSREVMRQKLKVAANEGSMSFHLS"
+     gene            15539..16619
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+     mRNA            join(15539..15543,15646..15919,16485..16619)
+                     /locus_tag="FUNC_000006"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             join(15539..15543,15646..15919,16485..16619)
+                     /locus_tag="FUNC_000006"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000006-T1"
+                     /translation="MLILIGAGARGAVLHRLLASSATQDVRTTARACGRMLVLLCGCC
+                     CSGGAAAHKRRSCYCWSVLVRGGCLKSILDVQHSAVGLDYVYNGHRVLFASCTVTTSA
+                     GRELLRKGFRAEITTGAIPSCHSSVFLRMNLLLDL"
+     gene            complement(18358..21705)
+                     /locus_tag="FUNC_000007"
+     mRNA            complement(join(18358..19482,19638..21515,21700..21705))
+                     /locus_tag="FUNC_000007"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(18358..19482,19638..21515,21700..21705))
+                     /locus_tag="FUNC_000007"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000007-T1"
+                     /translation="MSFCDFLRDAALGANSANLSIVAAALSAARDVGGGSDGGGSAGG
+                     ATPATGASASSVGNTSAVGASSSSNSSAGQAASSNSNNVTATGSGSAPGGGPTSTGTT
+                     SGTQHGSGSGAAAAVDSESDDSEVGRLQALLEARGLPPHLFGALGPRVTHILHRTIGN
+                     SSSSKANQLLQGLQSHDESQQLQAAIEMCQMLVMGNEDTLAGFPIKQVVPALIQLLRM
+                     EHNFDIMNNACRALAYMLEALPRSSGTVVEAVPVFLEKLQVIQCMDVAEQSLSALEIL
+                     SRRHNKAILQANGISACLTYLDFFSIVAQRAALAIAANCCLNMHPEEFHFVAESLPLL
+                     ARLLSQQDKKCIESVCSAFCRLVESFQHDGQRLQQIASPDLLKNCQQLLLVTPAILNT
+                     GTFTAVVRMLSLMCCSCPDLAISLLRNDIAATLLYLLTGNAEPAAASATHVELISRSP
+                     SELYELTCLIGELMPRLPLDGIFAVDSLLDRPTLNTQDQVHWQWRDDRGSWHNYSTID
+                     SRLIEAANQSSEDEISLSTFGRTYTVDFHAMQQINEDTGTTRPVQRRLNHNYVAPMSA
+                     GQDLTTTSAGSAAAGGASTSAAAAAASSNNNNNNNNNPPGNSVNLNQVKRRPSLDARI
+                     ACLKEERGLAADFIKHIFNVLYEVYSSSAGPNVRYKCLRALLRMVYYATPELLRQVLK
+                     YQLVSSHIAGMLGSNDLRIVVGALQMAEILMRQLPDVFGTHFRREGVIYQFTQLTDPN
+                     NPICANPSPKPLSATATPTANAGGSQSAPASANSLQVNPFFMDSAPGLSSASTTPSSS
+                     KHQSYSVKSFSHAMNALTASAKGTPSGALDATSSSTTAGGYNYSSSAPSSSSGAPAAY
+                     FVTQQGDPRQYVHFQQPAVPAPPPQQELLPSGVQQQGQQVPQVIYQPHHQQPAHLVLA
+                     STSSGAASSSSSSSSSSSASALQHKMTDMLKRKAPPKRKSQSGGRAKSRQEDAAVAPA
+                     GSGPGGAPPSSSGSAMHELLSRATSKYIFQ"
+     gene            complement(34843..35679)
+                     /locus_tag="FUNC_000008"
+     mRNA            complement(34843..35679)
+                     /locus_tag="FUNC_000008"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(34843..35679)
+                     /locus_tag="FUNC_000008"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000008-T1"
+                     /translation="MKFRALMQDPLYMKEFQAIVATLTKLAKDCVMILGSRQMHFIVN
+                     EDQSSAASPLVWAGITAEEYFPEYRMEAAHPDQEYIVLGVSSANLGRALSVLRGGGVN
+                     SCKLKLQRIQFPCISVIASVLTSSSTEAREVVHDVPVTIIPGSDWSAYVVPRVPNSQL
+                     ALGLPSLRLLKSLIDKLKNISPSLEFQVNVDGELNVIATSEMSTVTSRFQKLLIRTVS
+                     GSQQEASCSVDSRKASAFFGALQLPNEELTIGIDREHSIHLQIDVRQDVVLHSILPAV
+                     CM"
+     gene            40223..44130
+                     /locus_tag="FUNC_000009"
+     mRNA            join(40223..40396,40659..41193,41707..42080,43409..43609,
+                     43678..44130)
+                     /locus_tag="FUNC_000009"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             join(40223..40396,40659..41193,41707..42080,43409..43609,
+                     43678..44130)
+                     /locus_tag="FUNC_000009"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000009-T1"
+                     /translation="MCGNPAVGNGTRALILVGGYGTRLRPLTLSTPKPLVEFANKPIL
+                     LHQLEALVDAGCRQVILAVSYRAEQMEKELKVEAKKLGVELIFSHETEPLGTAGPLAL
+                     AKTILAASSEPFFVLNSDVICDFPFKQLVQFHCNHGKEGTIVVTKVEEPSKYGVVLYD
+                     ENGCIKNFIEKPQEFVSNKINAGIYIFNPSVLDRIEVKPTSIEKEVFPEMTQQQELYA
+                     MDLTGFWMDIGQPKDFLTGMCLYLSSLRQKQSPKLYTGPGVVGNVLVDPTAKIGEGCR
+                     IGPNVTIGPDVVIEDGVCIKRSTILKGAIVRSHSWLDSCIVGWRSTVGRWVRIEGITV
+                     LGEDVIVKDELYINGGQVLPHKSIAASLRGAIVQAGQLVILPDEEVFSHVQGVWNLSS
+                     DQGNLGSFVVTNIRLVWFADANETFNISLPYLQIESSKYGPALVIQTAETGGGYVLGF
+                     RVDPAERLNELFKELSSLHTVYGEHPNFGIQYNANDARRRLEAASEEAAQASQIKVDN
+                     FEELDERQEREINTKLNSYLAEGCLGKVPSQGERAPVYCKELGFAMEPIGDGYKLQDL
+                     WNVMPTKMETME"
+     gene            87202..88320
+                     /locus_tag="FUNC_000010"
+     mRNA            join(87202..87207,88054..88320)
+                     /locus_tag="FUNC_000010"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             join(87202..87207,88054..88320)
+                     /locus_tag="FUNC_000010"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000010-T1"
+                     /translation="MDFIHEAVGTSAAPSANPGPMPLCQPVRLELPFSPRHSFALGHF
+                     PFQLCPCLYAVWVQTMGLVLLLLIVFAPFLFRVLFKPCNPKRYLTT"
+     gene            complement(102510..106221)
+                     /locus_tag="FUNC_000011"
+     mRNA            complement(join(102510..103151,103229..103618,
+                     103696..103947,104258..104632,106216..106221))
+                     /locus_tag="FUNC_000011"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(102510..103151,103229..103618,
+                     103696..103947,104258..104632,106216..106221))
+                     /locus_tag="FUNC_000011"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000011-T1"
+                     /translation="MCHSKDNLHSGNEDGGMPKDTEYISSDHDDSPSWSQQSLLSSDR
+                     SKSYSQICSEILEESKERQEKAECAFRVYNINRSKLRRSHQQSLSRGPGSGSYGSSMA
+                     SEYSSKSEAGYQDYDSPSTDPSREHTAEVTFLQLRHRNRAHKEIIFRAAAHAIVIILI
+                     IIARGVCQRHIKIVEIVPLTSRRGARRATTRNLTSHFAPRKWRRRFSSADQGDRQFKG
+                     HDGDCLRSTEKKRSISNEQSPITLRNTNAKDVDIPDCFGSFAMNKHLSVITEDASQHH
+                     KDPDEDMIDSQLSNSVLLETYDEGEKYAYSYQYSYKPEICNNNQFVSDESDLKVSSKE
+                     GYQMDQEDYVMDKQELVHEGGSDASLSEVAKSKSFLSLKIYDADEALMEIPEDFEGPA
+                     IVLDDDADFLDITLTDDEEKIRAKLMAAALTTRKTTSSISPNISLRTRSPIEPSSLSY
+                     KPNVIFTRRSEVIKDNYTPRPDDRVALLAEKFLQSFSESAPNDYGWKPSKQEVTSAVS
+                     ISHLFNENGVTRRGGDTPLCGDRQLLSVEFNRKLQRQLKVIVESFQ"
+     gene            167121..169212
+                     /locus_tag="FUNC_000012"
+     mRNA            join(167121..168069,168722..169212)
+                     /locus_tag="FUNC_000012"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             join(167121..168069,168722..169212)
+                     /locus_tag="FUNC_000012"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000012-T1"
+                     /translation="MSLDRRGEITTPPTRYDLTLGSDKSSSLSRSEAGTYDVIQAEIQ
+                     HAKRQELATGVATASHQNGNGNGNGHTLSTQHDIEAEVKKRKWPTEPSYFLAKELLMT
+                     ERTYKKDLDVLNTTFRQVLSLGDVEQLQPLFELLDSLAQHHNLFLRDIEHRMVQWEGR
+                     GGHEAHRIGDVMMKHMAALPIYDEYVQTHLDILHCMNDMYEGDERFRQVYKEFEQQKV
+                     CYLPIGELLLKPLNRLLHYQLILERLCDYYGEEHIDYADAMAVHHLLVRSTKGIRSQL
+                     PDSANFVELCELQRDINFEQLVQPHRRLIRQGCLLKHSKRGSSEEGLDLFGLSNGNNS
+                     SLNSSVNGGGPLTTQQQKLQLQQQQQNRTQPSRSNTALHVCWHRGATVGLGDHLIAAE
+                     HQLSGYLLRKFKNSSGWQKLWVVFTSFCLYFYKSYQDEFALASLPLLGYTVGPPGHQD
+                     AVQKEFVFKLSFKNHVYFFRAESAHTYNR"
+     gene            180262..180579
+                     /locus_tag="FUNC_000013"
+     mRNA            join(180262..180267,180400..180579)
+                     /locus_tag="FUNC_000013"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             join(180262..180267,180400..180579)
+                     /locus_tag="FUNC_000013"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000013-T1"
+                     /translation="MQPIAMEMGQNQLEVKASVLGGSPQLGDLKVGGAQDVQLLGFYR
+                     EPGGSIQNAQISNVEGL"
+     gene            complement(208619..210553)
+                     /locus_tag="FUNC_000014"
+     mRNA            complement(join(208619..208645,209053..210474,
+                     210548..210553))
+                     /locus_tag="FUNC_000014"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(208619..208645,209053..210474,
+                     210548..210553))
+                     /locus_tag="FUNC_000014"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUNC_000014-T1"
+                     /translation="MASKSFDLVIEEKTKKPERLYQPRRMRWLKYIILPAVFSFALLL
+                     ILVNVDFSDNSEDSTHLGNDTSLIISGYGFENNTLRRGFFSGGIALHSLVIENCTIVH
+                     INDAAFNQESTVNITSLQLINVQLENLTESALEGLQKLQNFTLVNENNHFRPFGFLSA
+                     VAESLVSAEIHQSLAAAISYSVCDFLGSRNFPQLKYLDLSGTHLDKSLIKESFDNLPA
+                     LEQLLLRNCGLGNIEWEIVRPRLKLLHYLDLGGAQKTGNYEHQLDVSAFSPETTTNAE
+                     EISTILAKRAMAPEVVGTTTLGPTTSIEISPPSTQSTTTPKEESTSMTETTILTTPSP
+                     KCEEELCQDLECSRITTDTVASADLGKSSCQDGLLVEICESTCTTPTFFCVILGENFT
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+        1 gtggccggct gatttcacgt cctaactttg ggcttaactg gttcgccagt tgactttctt
+       61 cgccatcatg tgatgcatta attaaacaat aattactaat tgacagtaat taataattgt
+      121 ggcaaaaagc gcgacacgtt ttttcggcaa actcctcgga agaccgattg tttaaagacg
+      181 tagggaaaag tagttcccaa gcattttaaa aagataccta tgacatgtga cacctttaaa
+      241 gtgcaataca agttttcatc tctttatatc cttttactcc ctaatttgaa tataaaagga
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+    12361 atatattgtt ttatatggta gaatacgcac gcaccctttt acttatttca aaacttttaa
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+   111601 tagctcataa attatattta tgccagtcat gggccgtttg tgggatactt ttttgggtgt
+   111661 gttttggctt atgttctgcc aaagaaacag gaacttagac ttcgccccag actgacaagt
+   111721 gatcttgggg ctatacgatc cctttcgcat tgtcctgctg tccatcctgg cccaaacaac
+   111781 cattcatttt tagagggtcc ggcgctagtt gcctgtcaaa ttagttcggt ttcacggtga
+   111841 ccgagccgcc gggtgactca gttctcgcat gcgtgtggga tgtacataca tatgtacata
+   111901 tgtgctgcaa tgagaaaggc cagtgagata taaaaatatc tttttcaact tgaggtacat
+   111961 tcttgctcgc tcgctgcaga aatttgggga acaaatttga aaattgtcac atatattttt
+   112021 tggcccgcca atgctctata ccgtttaaaa acccacatta taaaaagtac aaatttagtt
+   112081 acattccatg taagtgttaa tttggtaatc cccgtgcaat ccccctcgct cgcaaccagt
+   112141 taacgttaca taattcaaag atattcgcat cgcttctttt tattggatgt ccttttttct
+   112201 tcagaaatga gagtgagcgt cagccggatg agcataaaaa taggcattaa aataaataga
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+   112441 ttatcctttc acacgcagtc cttactttcg agggaaagcg agcgctttcg gaaaaagtca
+   112501 attaaaaaag ttaaataaat cataaacttg gcagatgatt tgattgcggt gcaggattcg
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+   114481 aaaattacaa aaattttaag aagacgcctt tgaattcgct gagtagtaaa tccacaaaag
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+   114841 acaaacatta taagtgaatt aaattaataa gtgaacaaca caacaaactt aaattaaaaa
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+   117361 atagagatgg attcagaatc aatagccaaa acggctttct ctactaaata cggacattac
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+   136741 taatttaaac taatttgtac tatcgtacat ttacatttgt gaaaaatacg tttacaattt
+   136801 aaaaattaat ttaagtcttt aatttatact taattaatta ttataaatat attataacat
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+   149641 tttccctaac cagtggtcaa tccccggcgg aggcggacct taacctcttg gagacggctc
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+   161521 cagcctttga tgataatgac tttggcaatg agcaattaca accagatacg gtaagctgtc
+   161581 ttagctctac gctaagtgca gcctcgtgcc tatcgtcctc gttaaatgtg agctgtacta
+   161641 cctcctccac ccaagctaca gcgagagctc tgcggaaaaa ctctagcccc gaggtgattg
+   161701 tcgctcagcc gacaagatca ccagctcctc gaagtcctct ctcagaggat gagctctttt
+   161761 ccagtgatga cgtcttcatg ccaggcacta tcaaagttca gctttctcca gatgcccaat
+   161821 taagaaagct ttccaaaggg tccaacaact cggacacttc cattgacgac attctctctg
+   161881 gcagtaccac ctatctagag gatcagacca cagtgcggaa aaactacgaa gctcgtttga
+   161941 gcagcggtgg aggaggagca agctgcaaga agtgcagtca ttccagccac tccgaggagg
+   162001 aaacgagttc ccttggtacg gatcttgatg gaacggtcag aatgggtgga ttacagcaga
+   162061 agaagtgcac ccatagctct cactcggaag acacctcaat tggactaagc atctcggaat
+   162121 ggtccacggg aaccaacaca gtacgccagt atgccaatct atccggatcg gacagccttt
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+  TITLE     Direct Submission
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+  AUTHORS   Palmer,J.M.
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+  JOURNAL   Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
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+                     RVKVGQQPNNTKLVVKHRPLDSMEHRMQRYRERQLEVPGEEEEIVEEVREEEQMQIIG
+                     ETEKTSEDAAVGAQAASGADSPAQVARDRQSRSRSRTRSG"
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+  AUTHORS   Palmer,J.M.
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+                     SGTQHGSGSGAAAAVDSESDDSEVGRLQALLEARGLPPHLFGALGPRVTHILHRTIGN
+                     SSSSKANQLLQGLQSHDESQQLQAAIEMCQMLVMGNEDTLAGFPIKQVVPALIQLLRM
+                     EHNFDIMNNACRALAYMLEALPRSSGTVVEAVPVFLEKLQVIQCMDVAEQSLSALEIL
+                     SRRHNKAILQANGISACLTYLDFFSIVAQRAALAIAANCCLNMHPEEFHFVAESLPLL
+                     ARLLSQQDKKCIESVCSAFCRLVESFQHDGQRLQQIASPDLLKNCQQLLLVTPAILNT
+                     GTFTAVVRMLSLMCCSCPDLAISLLRNDIAATLLYLLTGNAEPAAASATHVELISRSP
+                     SELYELTCLIGELMPRLPLDGIFAVDSLLDRPTLNTQDQVHWQWRDDRGSWHNYSTID
+                     SRLIEAANQSSEDEISLSTFGRTYTVDFHAMQQINEDTGTTRPVQRRLNHNYVAPMSA
+                     GQDLTTTSAGSAAAGGASTSAAAAAASSNNNNNNNNNPPGNSVNLNQVKRRPSLDARI
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+     CDS             complement(34843..35679)
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+                     EDQSSAASPLVWAGITAEEYFPEYRMEAAHPDQEYIVLGVSSANLGRALSVLRGGGVN
+                     SCKLKLQRIQFPCISVIASVLTSSSTEAREVVHDVPVTIIPGSDWSAYVVPRVPNSQL
+                     ALGLPSLRLLKSLIDKLKNISPSLEFQVNVDGELNVIATSEMSTVTSRFQKLLIRTVS
+                     GSQQEASCSVDSRKASAFFGALQLPNEELTIGIDREHSIHLQIDVRQDVVLHSILPAV
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+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             join(40223..40396,40659..41193,41707..42080,43409..43609,
+                     43678..44130)
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+                     ENGCIKNFIEKPQEFVSNKINAGIYIFNPSVLDRIEVKPTSIEKEVFPEMTQQQELYA
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+                     LGEDVIVKDELYINGGQVLPHKSIAASLRGAIVQAGQLVILPDEEVFSHVQGVWNLSS
+                     DQGNLGSFVVTNIRLVWFADANETFNISLPYLQIESSKYGPALVIQTAETGGGYVLGF
+                     RVDPAERLNELFKELSSLHTVYGEHPNFGIQYNANDARRRLEAASEEAAQASQIKVDN
+                     FEELDERQEREINTKLNSYLAEGCLGKVPSQGERAPVYCKELGFAMEPIGDGYKLQDL
+                     WNVMPTKMETME"
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+     CDS             complement(join(45527..46157,46214..46330,46753..47195))
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+                     RTYTVAPTALHRSAAARKRNPSTDSLLMDLCLFKPIRPMPITPIKIHKFRGFEVKKPK
+                     FVPAGNPDSEDDEDNDEDGTVRKPKPSNLTLPTISDSAFVPMPYIETTNTAINATTTT
+                     NSGSRSRSLNTHTSGSAQAITKPKRRRRAPMLTAKRRRKALDTELTTSADAGTEDKAP
+                     AVRKATAARGGSKRSRGESITAPTPAEPIKSPVAIKAPTKRKSTSRSEAAKRSRVASV
+                     QNDTVLTATSTTSADSIRKAATKRIAANEKVAKRSRGSAALSARPSPPMTRQRARQQI
+                     SAST"
+     gene            complement(78685..79527)
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+     CDS             complement(join(78685..79068,79519..79527))
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+                     137516..137862)
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+     CDS             join(133587..134504,134720..135510,135569..136284,
+                     137516..137862)
+                     /locus_tag="FUNB_000011"
+                     /codon_start=1
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+                     KSKATTPRVKKEKPAADLESSVLTDEERHERKRASAVLYQKYKNRSSCLNPGSKEIPK
+                     GSPDCLSGLTFVVTGVLESMEREEAESVIKEYGGKVMTVVGKKLKYLVVGEEAGPKKL
+                     AVAEELNIPILSEDGLFDLIREKSGIAKQVKEEKKSPKKEHSSEEKGKKEVKTSRRSS
+                     DKKEKEATKLKYGEKHDIAKHKVKEEHTSPKETKDKLNDVPAVTLKVKKEPSSQKEHP
+                     PSPRTADLKTLDVVGMAWVDKHKPTSIKEIPQRPNPWAKNDDGSFYKAALLSGPPGIG
+                     KTTTATLVVKELGFDAVEFNASDTRSKRLLKDEVSTLLSNKSLSGYFTGQGQAVSRKH
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+                     RPRLEQIKGKIMSICFKEKVKISPAKVEEIIAATNNDIRQSINHIALLSAKEDASQKS
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+                     QINFPGWLGKNSKSGKRARLAQELHDHTRVCTSGSRLSVRLDYAPFLLDNIVRPLAKD
+                     GQEGVPAALDVMKDYHLLREDLDSLVELTSWPGKKSPLDAVDGRVKAALTRSYNKEVM
+                     AYSYSAQAGIKKKKSEAAGADDDYLDEGPGEEDGAGGHLSSEEDEDKDNLELDSLIKA
+                     KKRTTTSKASDSDSLPHPLPKHPPHCCCCWARPGQSQGHSQPPSSRIHAHAREPGFCA
+                     PLPFPFPLRSVNRCRALYRYFACLRRASCCVFWLHMFTFQHSPKRHCSECESIQGSSG
+                     GSVVNEGFE"
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+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             join(144294..144551,149012..149244,149367..149588,
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+                     159190..164495)
+                     /locus_tag="FUNB_000012"
+                     /codon_start=1
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+                     THSLSTPSGVDGTPSTPRHRGGKKLTVRIQMLDDSITMFQVQAKALGRVLFEQVCRQL
+                     NLLEADYFGLEYQEVSTHTKYWLDLEKPMNRQVGLSLIDPVLRFCIKFYTPDPAQLEE
+                     EYTRYLFCLQIKRDLATGSLQCNDNTAALMASYIVQASCGDFVPEDYPDHTYLSSYRF
+                     VPNQDATMQRKIMENHKKHVGQSPAEADLNLLETARRCELYGMKMHPAKDVEGVPLNL
+                     AVAHMGITVFQNITRINTFSWAKIRKISFKRKRFLVKLHPEGYGYYKDTVEFFFEGRN
+                     ECKNFWKKCVENHGFFRCTAVQNTPRRKTRVLSRGSSFRYSGKTQKQIIEFVRENYVK
+                     RQNFQRSQSFRQGPLNASSRSQSHTYVNSSISANPLLPIDTAAWDYRNQCSDSMTPSL
+                     TKKAADTLDRRRDNPIGHMRSQVTAAQVEIYQTKNYAADSPTSQEEAECSAAGAERQH
+                     HSAVAMDKLNSNRSLSPQGPQSWTSPSHSSHHQQRGPDPARVHPGDHNTAHQHQHAQQ
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+                     ETDNIIYTDINDMGHYKYPDFHSSAHQEHKISNSEHLNLNERNDIYATVNRKAKSKIR
+                     EKHFSDEFIDQSILQYTRAKQMGLSQVPVLLQQPSTSAYAAALQERSYNSGSYQYHND
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+                     KPKSPKSPKSPKSPKSPKSPKSPKASSGGLGPGSTDFLPDILDSLLPSDTKEFLFTQN
+                     IDLSKVDPITLEIDKTIPTIHLSSPKRDITKQMDASTLEKLNKKLSQIESDSATSSRT
+                     ESMQQQKLEQKQMELIQSLRKELQANARKANKPRVIPKTKSAGKSKKGKTRITSFSSD
+                     DESLDSDDVFGSAEAIPDRLEFSPPQSRKEIESILRIEQSRLISAAWGRGQTMSSTEI
+                     EGSPPQCRRLADLESRYHTQKLDPQYANATELRRISERSISIPSSEDEPHMPMRGRID
+                     ECTNDYQRNENIPSPILEHAEFFRSNDDIYETCHEERITGSDIDYTLKKQTSSGSKSK
+                     VKLIEEIIDSSIVMRSKGHAPILFAHARLNLSEGSVSLQRQKATQQQSPTTERRTKSL
+                     DTPVISLHRLPPMNAFSSKDDTVGFEEEAEILEEKSLERENQATAQDEDTADSIHSCA
+                     GSIPTQSSYQTNGRDSLLSAVSIDTEEAELLNQLRYIEKIALQGVKIKDKKKSKMKLR
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+                     LRGNKRRESNTIGLIQGRFEKDPYEQVG"
+ORIGIN      
+        1 gtggccggct gatttcacgt cctaactttg ggcttaactg gttcgccagt tgactttctt
+       61 cgccatcatg tgatgcatta attaaacaat aattactaat tgacagtaat taataattgt
+      121 ggcaaaaagc gcgacacgtt ttttcggcaa actcctcgga agaccgattg tttaaagacg
+      181 tagggaaaag tagttcccaa gcattttaaa aagataccta tgacatgtga cacctttaaa
+      241 gtgcaataca agttttcatc tctttatatc cttttactcc ctaatttgaa tataaaagga
+      301 atcgcattga gagtataaag gctttagttc ttatcgatag atagttagtg atgaaataaa
+      361 attataaccg tggttttagt ttgaaatgtt gtaaagactt tctttaaatt taaccaaatt
+      421 tatgtgataa aatggatatt ccatagataa gacatttaag ttaaatgttt ttatacatca
+      481 aaaaggaaac attgtgcacg ctatcaaatg gtattcttaa aatcgagtca gttaggtaag
+      541 ttattaatta aatggtaact ttttaacgtg cgtcaaataa tctagaaatt cttcttcaac
+      601 tcatccaaaa cattctcaac accacaatat ctatgctcag cgatgacaaa tttctcctga
+      661 tttcttaatt ttctatctat gctatgcgat caatcaacga atgtgtgcta atttcttgtg
+      721 acgattattt tgcaaagtcg tctccgcgtt aatatccgat gtaaataaac ctatgaaaat
+      781 cgcaaagatc tattcctttg cgcttaacct tgttattgaa ctccctcccg cccggatttt
+      841 cgcagcttcc aactaagtga taccttttaa acaaacgcca caacaaaaca ggtgacaatc
+      901 atattttatc aacaaaagaa aagagagata atatctgctg ctaattcaat ttattgggct
+      961 ttgtgtttat ttgcattggg aatccgtgga gctgatattg tttactttgg caatttccca
+     1021 gtcattatgg tcgccgtata atgtgaatgg ccaacaggaa aatttcacag attccactgg
+     1081 ttattcactg ttcatgctgg cggttgatcc gctccaaatc ccggatgagg cggcggaaga
+     1141 tccttatacc gcttacttac gtattcactg cttaacatct tatcatagaa ttcgttagct
+     1201 ttcacatagt ttggattccg aatgaatctc ttctgtcgac ctcgcgtttt tggcaatttt
+     1261 cggagctctt cgctactgct agttgattta aggcctacat ctttctgatc cttaatcatc
+     1321 cttttaggtg attctcctgc taccatggga tccaccagtt tcatatataa tggatcgggc
+     1381 tcgtttgcaa gtgggtttcc agtttcagaa gactctgacg ttctaagcgc caataaaatg
+     1441 aaaataacca aaaggaaact agacatgttt cgttacagac agatatagat tggatattat
+     1501 tgaaagaaaa tgaaaataaa cagcgataat gatctgtgac ttattggaaa ttagatggct
+     1561 tatggatgat ggggcgataa attcgaacaa acactgagag catttttggg agcattgtgg
+     1621 gagcttttct attatccagt actttatata catatatcat ttatatacta atcatttctg
+     1681 gtagccgttc gtaatcagga tcggatcctt ttttacccgt tagtcagcta gaagaaacga
+     1741 aaaattaaaa tagtaaaatc taaaagtata caaaaattca aatagtaaaa ccaaaaagta
+     1801 ttaaaaaaaa tatcaatcgt ttttaaacgt tgatttttca gcttgtgggg tgatttatcg
+     1861 ctaacttgga aaatgataat aaagcattat ccataatatt agttgtggaa atgaaattca
+     1921 aatagatgtt gtgttatata cgatgaggat gttgcatttg agtccccgga aatatagtat
+     1981 tttttttacc gaaggtatta tcgtaccggt caagtacggt cacactgcca agcgcagatt
+     2041 tgaggatttc tagatttggc ctcttgatgg actagaagcg ctaccaaaac tggggcttga
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+     2281 agtatggaaa caacctgccg gatataccat ttgatctgaa gtttctgcag taccccttcg
+     2341 acagccaccg cttcgtgcag tacaacccaa cgtcgctaga gcgtaacttc aagtatgacg
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+     2521 cgcccacaga ctctgtgcgt tcgcgccagc attcgaggac ggtgtcatgg ttgcgcaaat
+     2581 ccgagtacat ctccaccgag cagacgcgct tccagcccca gaacctggag aacatcgagg
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+     2941 gcggcgaaca gtttgtcgcc tacttcctgc ccacagagca gacgctggag aaacgccgta
+     3001 cagacttcat caatggcgag ctgtacaagg aggaggagga gtacgagtac aagatcgctc
+     3061 gagagtacaa ctggaacgtg aagaccaaag cttccaaggg ctacgaagaa aactacttct
+     3121 tcgtgatgcg tcaggacggc atctactaca acgagctaga aacccgtgtg cgccttaaca
+     3181 agcgtcgcgt taaggttggc cagcaaccca acaacaccaa gctggtaagt atatttatgc
+     3241 gcatacatct atagcgagct ttactttgta ttatttctac caggttgtca agcatcgtcc
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+     3361 cgaggaggag gagatcgtgg aagaagtgag ggaagaggag caaatgcaaa tcattggcga
+     3421 gacggagaag acgagcgagg acgcagctgt tggcgcacag gcagcatctg gagcggactc
+     3481 acccgcccag gtagcccgcg atcgacagtc tcgttctcgg agtcgaactc gcagcgggtc
+     3541 cagttcagga tctggatctg gctccggctc tcgggccagc agccgctcaa agtctggttc
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+     3781 gtcgcgatcg cccagccggt ctcgcagtgg ctcgccttct ggttcaggat ccagctctgg
+     3841 aagcgcctca gatgaatgat taattacaaa aaacggcgtt cataataaat aagtttataa
+     3901 tcaaccaagt acatttgaaa actgaactaa ctcgatttaa tatcattttc gcctcaactc
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+    16381 ctgactgggg aataatgttt tggcgcacca cacaaccgta gagatggtcc cagtgacgat
+    16441 ttagagcatg aataactcgc agcatacaca gtgcatccaa tgaggcgtct tgtacggtca
+    16501 caacatcagc tggaagagag ctgctaagga aaggctttag agctgaaatc actacaggag
+    16561 ctattccttc gtgccatagc tcagtcttct tgcgcatgaa cttgctgcta gatttgtgag
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+   104161 aattgggcct ttcttttatt tccattttat atgactctac cttgaactgt tttggtctag
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+   104461 tagactcttc caagatttcg ctacatatct gactatagct tttggaacga tcactggata
+   104521 gcaggctctg ctgagaccag gacggcgagt catcgtgatc acttgaaatg tactctgtgt
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+   116701 gatcattatg atatgctgat tggacgcaaa ttgttgtcta aagctaaagc cataatagat
+   116761 tatcaaaaga aaactgccac cctcttcaac aaagtctata aaataaaaga cactgaaaaa
+   116821 cttacagacc aaaatcatgc tcaagtagac tcttcgttcc cacaagaccc taccttttta
+   116881 gaaacctcca cacttcagga gaatctgttc cgactaaacc atttaaatgc agaagaaaaa
+   116941 tacaaattaa caaacttact gacaagattt aaagacattc agtttcacga gggcgacaaa
+   117001 cttagcttca caaaccaaga aaaacataca attaatacca cacataatat tccagtttac
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+   154201 ctcgcaaagt tcccggcaca ctcactcact tccccggaac tcggagttgt ctggagttga
+   154261 ttcagtagat tcgtacgaca gccactacat cacccatcat tcagtaggaa ttcttccccc
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+   166621 cgaacagaaa aaatgttgaa agtattatag taacgaaaaa cgatgaaatg tacacgagca
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+   166801 gacttagtga tttactaata agtttgtttt taaataactt aaatagtttg ttatttagtt
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+   167041 gttgactttt tatgattgaa ttattttgat ttcctgtttt tgttttttta atagatgggt
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+DEFINITION  Other species.
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+VERSION
+KEYWORDS    .
+SOURCE      Other species
+  ORGANISM  Other species
+            Unclassified.
+REFERENCE   1  (bases 1 to 2100)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (22-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
+COMMENT     'Annotated using 1.8.7'.
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+SOURCE      Other species
+  ORGANISM  Other species
+            Unclassified.
+REFERENCE   1  (bases 1 to 7560)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (22-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+     source          1..7560
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+     CDS             complement(join(102510..103151,103229..103618,
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+                     IIARGVCQRHIKIVEIVPLTSRRGARRATTRNLTSHFAPRKWRRRFSSADQGDRQFKG
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+                     KDPDEDMIDSQLSNSVLLETYDEGEKYAYSYQYSYKPEICNNNQFVSDESDLKVSSKE
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+                     GGHEAHRIGDVMMKHMAALPIYDEYVQTHLDILHCMNDMYEGDERFRQVYKEFEQQKV
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+                     AVQKEFVFKLSFKNHVYFFRAESAHTYNR"
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+     CDS             complement(join(208619..208645,209053..210474,
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+                     /translation="MASKSFDLVIEEKTKKPERLYQPRRMRWLKYIILPAVFSFALLL
+                     ILVNVDFSDNSEDSTHLGNDTSLIISGYGFENNTLRRGFFSGGIALHSLVIENCTIVH
+                     INDAAFNQESTVNITSLQLINVQLENLTESALEGLQKLQNFTLVNENNHFRPFGFLSA
+                     VAESLVSAEIHQSLAAAISYSVCDFLGSRNFPQLKYLDLSGTHLDKSLIKESFDNLPA
+                     LEQLLLRNCGLGNIEWEIVRPRLKLLHYLDLGGAQKTGNYEHQLDVSAFSPETTTNAE
+                     EISTILAKRAMAPEVVGTTTLGPTTSIEISPPSTQSTTTPKEESTSMTETTILTTPSP
+                     KCEEELCQDLECSRITTDTVASADLGKSSCQDGLLVEICESTCTTPTFFCVILGENFT
+                     SASNCCSHHTMRCVVSAQVSWFEDHSGLVIGLGVGLLFIGSFLGMLIVFGTLRLNPSW
+                     LRGNKRRESNTIGLIQGRFEKDPYEQELQRIREL"
+ORIGIN      
+        1 gtggccggct gatttcacgt cctaactttg ggcttaactg gttcgccagt tgactttctt
+       61 cgccatcatg tgatgcatta attaaacaat aattactaat tgacagtaat taataattgt
+      121 ggcaaaaagc gcgacacgtt ttttcggcaa actcctcgga agaccgattg tttaaagacg
+      181 tagggaaaag tagttcccaa gcattttaaa aagataccta tgacatgtga cacctttaaa
+      241 gtgcaataca agttttcatc tctttatatc cttttactcc ctaatttgaa tataaaagga
+      301 atcgcattga gagtataaag gctttagttc ttatcgatag atagttagtg atgaaataaa
+      361 attataaccg tggttttagt ttgaaatgtt gtaaagactt tctttaaatt taaccaaatt
+      421 tatgtgataa aatggatatt ccatagataa gacatttaag ttaaatgttt ttatacatca
+      481 aaaaggaaac attgtgcacg ctatcaaatg gtattcttaa aatcgagtca gttaggtaag
+      541 ttattaatta aatggtaact ttttaacgtg cgtcaaataa tctagaaatt cttcttcaac
+      601 tcatccaaaa cattctcaac accacaatat ctatgctcag cgatgacaaa tttctcctga
+      661 tttcttaatt ttctatctat gctatgcgat caatcaacga atgtgtgcta atttcttgtg
+      721 acgattattt tgcaaagtcg tctccgcgtt aatatccgat gtaaataaac ctatgaaaat
+      781 cgcaaagatc tattcctttg cgcttaacct tgttattgaa ctccctcccg cccggatttt
+      841 cgcagcttcc aactaagtga taccttttaa acaaacgcca caacaaaaca ggtgacaatc
+      901 atattttatc aacaaaagaa aagagagata atatctgctg ctaattcaat ttattgggct
+      961 ttgtgtttat ttgcattggg aatccgtgga gctgatattg tttactttgg caatttccca
+     1021 gtcattatgg tcgccgtata atgtgaatgg ccaacaggaa aatttcacag attccactgg
+     1081 ttattcactg ttcatgctgg cggttgatcc gctccaaatc ccggatgagg cggcggaaga
+     1141 tccttatacc gcttacttac gtattcactg cttaacatct tatcatagaa ttcgttagct
+     1201 ttcacatagt ttggattccg aatgaatctc ttctgtcgac ctcgcgtttt tggcaatttt
+     1261 cggagctctt cgctactgct agttgattta aggcctacat ctttctgatc cttaatcatc
+     1321 cttttaggtg attctcctgc taccatggga tccaccagtt tcatatataa tggatcgggc
+     1381 tcgtttgcaa gtgggtttcc agtttcagaa gactctgacg ttctaagcgc caataaaatg
+     1441 aaaataacca aaaggaaact agacatgttt cgttacagac agatatagat tggatattat
+     1501 tgaaagaaaa tgaaaataaa cagcgataat gatctgtgac ttattggaaa ttagatggct
+     1561 tatggatgat ggggcgataa attcgaacaa acactgagag catttttggg agcattgtgg
+     1621 gagcttttct attatccagt actttatata catatatcat ttatatacta atcatttctg
+     1681 gtagccgttc gtaatcagga tcggatcctt ttttacccgt tagtcagcta gaagaaacga
+     1741 aaaattaaaa tagtaaaatc taaaagtata caaaaattca aatagtaaaa ccaaaaagta
+     1801 ttaaaaaaaa tatcaatcgt ttttaaacgt tgatttttca gcttgtgggg tgatttatcg
+     1861 ctaacttgga aaatgataat aaagcattat ccataatatt agttgtggaa atgaaattca
+     1921 aatagatgtt gtgttatata cgatgaggat gttgcatttg agtccccgga aatatagtat
+     1981 tttttttacc gaaggtatta tcgtaccggt caagtacggt cacactgcca agcgcagatt
+     2041 tgaggatttc tagatttggc ctcttgatgg actagaagcg ctaccaaaac tggggcttga
+     2101 gttgaattac ctgttggaag acacaatgcc acccacgatc aacaattcgg cggtaaacag
+     2161 tgccgccgaa aagcgacccc agcggcaaac ggagcgcaag taagtgaaca gatccctaaa
+     2221 cagacgccag atactcagac tgatgtgtac cttgcagatc cgagatcatt tgccgcgtga
+     2281 agtatggaaa caacctgccg gatataccat ttgatctgaa gtttctgcag taccccttcg
+     2341 acagccaccg cttcgtgcag tacaacccaa cgtcgctaga gcgtaacttc aagtatgacg
+     2401 tgctgacgga acacgatttg ggtgtcacgg tggacctgat taaccgggag ctctatcagg
+     2461 ccgactccat gacgctgctg gaccccgccg atgaaaaact gctggaggag gagactctga
+     2521 cgcccacaga ctctgtgcgt tcgcgccagc attcgaggac ggtgtcatgg ttgcgcaaat
+     2581 ccgagtacat ctccaccgag cagacgcgct tccagcccca gaacctggag aacatcgagg
+     2641 ccaaggtcgg ttacaacgtc aagaagtcgc ttcgggagga gactctctac ctggaccgcg
+     2701 aagcccagat caaagccatc gagaagacct tcagcgacac caagagcgaa attaccaagc
+     2761 actattccaa gcccaatgtg gtgccagtgg aggtactgcc tatcttcccc gacttcacca
+     2821 actggaagtt cccgtgcgcc caggtcatat ttgacagtga tcccgctcct gcgggcaaga
+     2881 acgtgcccgc ccagctggag gagatgtcgc aggccatgat tcgtggtgtg atggacgaga
+     2941 gcggcgaaca gtttgtcgcc tacttcctgc ccacagagca gacgctggag aaacgccgta
+     3001 cagacttcat caatggcgag ctgtacaagg aggaggagga gtacgagtac aagatcgctc
+     3061 gagagtacaa ctggaacgtg aagaccaaag cttccaaggg ctacgaagaa aactacttct
+     3121 tcgtgatgcg tcaggacggc atctactaca acgagctaga aacccgtgtg cgccttaaca
+     3181 agcgtcgcgt taaggttggc cagcaaccca acaacaccaa gctggtaagt atatttatgc
+     3241 gcatacatct atagcgagct ttactttgta ttatttctac caggttgtca agcatcgtcc
+     3301 attggacagc atggagcatc gtatgcagcg ctatcgcgag cgccagctag aagttcctgg
+     3361 cgaggaggag gagatcgtgg aagaagtgag ggaagaggag caaatgcaaa tcattggcga
+     3421 gacggagaag acgagcgagg acgcagctgt tggcgcacag gcagcatctg gagcggactc
+     3481 acccgcccag gtagcccgcg atcgacagtc tcgttctcgg agtcgaactc gcagcgggtc
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+     3601 tcggtctggt agcggctcca gatcacgcac aaattcgccg gcaggatccc agaaatccgg
+     3661 atccagatcg agatcggtat cacgttcccg atcccgttcc aagtccggct ctcggtcgcg
+     3721 ttctaggtcg agatccaagt ccggttcccg atcacgttcg ggctccagat ctggctctgg
+     3781 gtcgcgatcg cccagccggt ctcgcagtgg ctcgccttct ggttcaggat ccagctctgg
+     3841 aagcgcctca gatgaatgat taattacaaa aaacggcgtt cataataaat aagtttataa
+     3901 tcaaccaagt acatttgaaa actgaactaa ctcgatttaa tatcattttc gcctcaactc
+     3961 agcgctcggg ttcgttgccc agaatagttt taaataaaat cggcagttta acataattta
+     4021 tattagatgt tgttgttgta ttgcaaacaa gtcgggtcct agtcgattta cacttggctg
+     4081 agataaaaca actaagattc aaataatatc ctcataagaa gatgtaatta agacgttttt
+     4141 cttagggggt gcttaggaat tgattagatc gcctttgggg aagtgcaaac aatgtaaaat
+     4201 gatataaaag ggtataaatt aagtggatat atgcatcttc gttccaacta cgtggcgtcc
+     4261 atcaaaaagc gctggaagac ttcgccatcg gaactaggta gctctgtttg ttgcggtgag
+     4321 tagattctca agttctggag ttgctgcagc ggagagccat tcccgctgaa gtgtaccacc
+     4381 gcaaccggct gtagggatat gagctgtccc tcctcccgcg gctccacacc acagatgccc
+     4441 agcttttggc actgctcaac gacaatgtcg tcgattgact gcgaaagcag tgcctcctgc
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+     4741 cgctgccgga aacacttgcc tgtggacgag tccgaaatac gaaaaggtta gacatggagt
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+    18301 atgggttaga caaaaagcta tttacatacg acccatatat cctacaaagt tagacgatca
+    18361 ttggaaaata tacttacttg tagcacggct aagaagttca tgcatagctg agccggatga
+    18421 agaaggaggc gctccccctg gtccagatcc cgctggtgcg actgctgcat cttcttgtct
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+   117781 ggatactaca ggaaattcat acccaacttc tctgacatag cgaaaccact gactaaatgt
+   117841 ctcaaaaagg gagtaaaaat agatacaaaa cataaagaat atatagaagc atttcaaaaa
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+   155221 tacggacagc aaaaagtcga gagagacaac aaagagcaag acgtcggtag cttctagtca
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+   167401 ttttggccaa ggagctgttg atgacggaac gtacgtacaa gaaggatcta gatgtgctga
+   167461 acacaacctt ccgacaggtg ctgagtctcg gggatgtgga gcagctgcag ccgctgttcg
+   167521 agctgctcga ctccctggcc cagcaccaca atctcttcct gcgcgacatc gaacaccgca
+   167581 tggtgcagtg ggagggaaga ggaggccacg aagcccaccg catcggagac gtcatgatga
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+   167761 agcagcaaaa ggtttgctat ctacccatcg gcgaacttct actgaagccc ctcaaccgcc
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+   167881 actatgccga tgctatggcc gtgcaccact tgctcgttcg cagcaccaag ggtattaggt
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+   168181 tcaccgagaa cgccgagcac aacaccttct ccatcttcgg cggacagtgt gccatcacag
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+   168301 cggatattaa aaaccgaccg cccaacatgc aactccagct aacgacgctc aagaactgca
+   168361 gtgagtatat atatttgtat aaatgcgatt cgctaggttt tgtttctaat gtagcgttct
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+   168721 ggctcctcgg aggagggcct ggacctattc ggtctgagca acgggaacaa cagcagcctg
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+  JOURNAL   Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+  AUTHORS   Palmer,J.M.
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+  JOURNAL   Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+     6421 ctctgctgca gtgcgtcaat actgccgaaa ctgggcaccg cgcagagcgg acacagcacc
+     6481 gaggtggaac acatttcgcc agtgcactca atcgaatctt atgcaaatgc ttcacctcct
+     6541 attgggatta tcctcctgtt cggtctgtga tcatctattc aggagtccat tcccagactg
+     6601 cctagtcttt ctgctttcaa aattttctaa aaatatcagc aagtgaagat ttttgaaaac
+     6661 tttgggccca gcaatctgac ttctcggcac cgatgccagc taacgaaata atgaaaaata
+     6721 atgaaatgcc cggcgcggat cgtcgaatcg tcaagaagac tttcggaaac actcgcagca
+     6781 ccgaaatccc atctctcgaa caaggcagtc tcttttctcc gtgtctctgg gtagctcatt
+     6841 tcgaaatata gctctgagca cggctatata ctatatgtat gtagaattat ttctggccga
+     6901 tatatgttgc actggcggcc atatagcctt cgttctagtc tttgtaacgc acgatgcgca
+     6961 ggagcaattc gctgagatga ccacatgcga tttgcgggac ttatctagag atctatcatt
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+//
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@@ -0,0 +1,7 @@
+# this is a tab separated file describing the location of funannotate databases used for the
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+# the columns are:
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+2021-07-20-120000	Funannotate database 2021-07-20-120000	1.0	${__HERE__}/funannotate_db
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+PF00001	CL0192	GPCR_A	7tm_1	7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
+PF00002	CL0192	GPCR_A	7tm_2	7 transmembrane receptor (Secretin family)
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+PF00004	CL0023	P-loop_NTPase	AAA	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
+PF00005	CL0023	P-loop_NTPase	ABC_tran	ABC transporter
+PF00006	CL0023	P-loop_NTPase	ATP-synt_ab	ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain
+PF00007	CL0079	Cystine-knot	Cys_knot	Cystine-knot domain
+PF00008	CL0001	EGF	EGF	EGF-like domain
+PF00009	CL0023	P-loop_NTPase	GTP_EFTU	Elongation factor Tu GTP binding domain
+PF00010			HLH	Helix-loop-helix DNA-binding domain
+PF00011	CL0190	HSP20	HSP20	Hsp20/alpha crystallin family
+PF00012	CL0108	Actin_ATPase	HSP70	Hsp70 protein
+PF00013	CL0007	KH	KH_1	KH domain
+PF00014			Kunitz_BPTI	Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain
+PF00015			MCPsignal	Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain
+PF00016			RuBisCO_large	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
+PF00017	CL0541	SH2-like	SH2	SH2 domain
+PF00018	CL0010	SH3	SH3_1	SH3 domain
+PF00019	CL0079	Cystine-knot	TGF_beta	Transforming growth factor beta like domain
+PF00020	CL0607	TNF_receptor	TNFR_c6	TNFR/NGFR cysteine-rich region
+PF00021	CL0117	uPAR_Ly6_toxin	UPAR_LY6	u-PAR/Ly-6 domain
+PF00022	CL0108	Actin_ATPase	Actin	Actin
+PF00023	CL0465	Ank	Ank	Ankyrin repeat
+PF00024	CL0168	PAN	PAN_1	PAN domain
+PF00025	CL0023	P-loop_NTPase	Arf	ADP-ribosylation factor family
+PF00026	CL0129	Peptidase_AA	Asp	Eukaryotic aspartyl protease
+PF00027	CL0029	Cupin	cNMP_binding	Cyclic nucleotide-binding domain
+PF00028	CL0159	E-set	Cadherin	Cadherin domain
+PF00029	CL0375	Transporter	Connexin	Connexin
+PF00030	CL0333	gCrystallin	Crystall	Beta/Gamma crystallin
+PF00031	CL0121	Cystatin	Cystatin	Cystatin domain
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+HMMER3/f [3.1b2 | February 2015]
+NAME  1-cysPrx_C
+ACC   PF10417.11
+DESC  C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
+LENG  40
+ALPH  amino
+RF    no
+MM    no
+CONS  yes
+CS    yes
+MAP   yes
+DATE  Wed Feb 24 18:37:46 2021
+NSEQ  40
+EFFN  17.426758
+CKSUM 4086680297
+GA    21.10 21.10;
+TC    21.10 21.10;
+NC    21.00 21.00;
+BM    hmmbuild HMM.ann SEED.ann
+SM    hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
+STATS LOCAL MSV       -7.5463  0.71948
+STATS LOCAL VITERBI   -7.8624  0.71948
+STATS LOCAL FORWARD   -4.3303  0.71948
+HMM          A        C        D        E        F        G        H        I        K        L        M        N        P        Q        R        S        T        V        W        Y   
+            m->m     m->i     m->d     i->m     i->i     d->m     d->d
+  COMPO   2.28046  4.31208  2.83393  2.63913  3.90855  2.69988  3.89812  3.33401  2.56310  2.85023  3.99954  3.22924  2.52123  2.90328  3.31238  2.94055  2.70512  2.59551  3.49266  3.82715
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
+          0.00233  6.45753  7.17988  0.61958  0.77255  0.79979  0.59679
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
+          0.38369  6.48754  1.14843  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
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+          2.68651  4.42258  2.77553  2.73157  3.46387  2.40361  3.72528  3.29387  2.67650  2.69388  4.24723  2.90380  2.73773  3.18180  2.89685  2.37920  2.77553  2.98552  4.58510  3.61536
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
+          0.00226  6.48754  7.20989  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510
+     37   3.26284  5.28108  5.84064  3.49231  2.42984  5.06896  5.40117  3.27836  5.01752  1.60170  2.78241  5.22302  5.43289  3.51156  3.94156  4.37915  3.30625  2.54856  5.90243  1.11613     52 y - - H
+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
+          0.01705  6.48754  4.17452  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510
+     38   3.76131  3.88639  3.40905  2.45797  2.31482  3.29126  4.75896  3.15263  2.29773  1.90624  5.16221  4.06163  3.00897  2.15031  3.47883  2.86705  3.11525  4.46034  2.76041  5.20786     53 l - - H
+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
+          0.00230  6.47279  7.19513  0.61958  0.77255  0.39351  1.12295
+     40   3.21541  6.27102  3.40631  3.09986  5.61658  1.23219  3.93756  5.10289  1.87816  3.11452  5.31155  2.49434  4.92632  2.99144  3.55851  2.74572  2.57353  3.80599  6.70342  3.71936     55 g - - C
+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
+          0.00152  6.48680        *  0.61958  0.77255  0.00000        *
+//
+HMMER3/f [3.1b2 | February 2015]
+NAME  120_Rick_ant
+ACC   PF12574.10
+DESC  120 KDa Rickettsia surface antigen
+LENG  238
+ALPH  amino
+RF    no
+MM    no
+CONS  yes
+CS    no
+MAP   yes
+DATE  Thu Feb 25 01:27:15 2021
+NSEQ  2
+EFFN  0.449219
+CKSUM 3984216663
+GA    25.00 25.00;
+TC    42.00 39.60;
+NC    23.60 21.20;
+BM    hmmbuild HMM.ann SEED.ann
+SM    hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
+STATS LOCAL MSV      -10.8956  0.70336
+STATS LOCAL VITERBI  -11.6161  0.70336
+STATS LOCAL FORWARD   -5.3029  0.70336
+HMM          A        C        D        E        F        G        H        I        K        L        M        N        P        Q        R        S        T        V        W        Y   
+            m->m     m->i     m->d     i->m     i->i     d->m     d->d
+  COMPO   2.48852  4.43316  2.82069  2.56851  3.39369  2.73712  3.79297  2.89060  2.54228  2.53662  3.76796  3.01951  3.39446  3.08353  3.05948  2.67787  2.83658  2.66102  4.89473  3.44979
+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
+          0.03268  3.83303  4.55537  0.61958  0.77255  0.00000        *
+      1   3.11165  4.58599  4.12585  3.76620  3.12182  3.93147  4.43434  2.32453  3.53431  0.92536  3.15834  4.04543  4.37407  3.91210  3.71656  3.49871  3.40796  2.35149  4.98612  3.70011      1 l - - -
+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
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+//
+HMMER3/f [3.1b2 | February 2015]
+NAME  12TM_1
+ACC   PF09847.11
+DESC  Membrane protein of 12 TMs
+LENG  449
+ALPH  amino
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+CONS  yes
+CS    no
+MAP   yes
+DATE  Tue Feb 23 14:46:12 2021
+NSEQ  7
+EFFN  2.279785
+CKSUM 1537949495
+GA    33.20 33.20;
+TC    33.60 33.20;
+NC    33.10 32.90;
+BM    hmmbuild HMM.ann SEED.ann
+SM    hmmsearch -Z 57096847 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
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+            m->m     m->i     m->d     i->m     i->i     d->m     d->d
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Binary file test-data/funannotate_db/Pfam-A.hmm.h3f has changed
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Binary file test-data/funannotate_db/Pfam-A.hmm.h3i has changed
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Binary file test-data/funannotate_db/Pfam-A.hmm.h3m has changed
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Binary file test-data/funannotate_db/Pfam-A.hmm.h3p has changed
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+//
+HMMER3/b [3.0 | March 2010]
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+          2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503
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+#
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+#
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+2947	0.00996	0.00118	0.00381	0.00523
+2948	0.0099	0.00118	0.00379	0.0052
+2949	0.00984	0.00117	0.00377	0.00518
+2950	0.00978	0.00116	0.00375	0.00516
+2951	0.00972	0.00116	0.00373	0.00513
+2952	0.00966	0.00115	0.00371	0.00511
+2953	0.0096	0.00114	0.00369	0.00508
+2954	0.00954	0.00114	0.00367	0.00506
+2955	0.00948	0.00113	0.00365	0.00504
+2956	0.00943	0.00113	0.00363	0.00501
+2957	0.00937	0.00112	0.00361	0.00499
+2958	0.00931	0.00112	0.00359	0.00497
+2959	0.00925	0.00111	0.00357	0.00494
+2960	0.0092	0.0011	0.00355	0.00492
+2961	0.00914	0.0011	0.00353	0.0049
+2962	0.00908	0.00109	0.00351	0.00487
+2963	0.00903	0.00109	0.00349	0.00485
+2964	0.00897	0.00108	0.00347	0.00482
+2965	0.00892	0.00108	0.00345	0.0048
+2966	0.00886	0.00107	0.00343	0.00478
+2967	0.00881	0.00106	0.00341	0.00475
+2968	0.00875	0.00106	0.00339	0.00473
+2969	0.0087	0.00105	0.00337	0.00471
+2970	0.00864	0.00105	0.00335	0.00468
+2971	0.00859	0.00104	0.00333	0.00466
+2972	0.00854	0.00104	0.00331	0.00463
+2973	0.00848	0.00103	0.00329	0.00461
+2974	0.00843	0.00103	0.00327	0.00459
+2975	0.00838	0.00102	0.00324	0.00456
+2976	0.00833	0.00102	0.00322	0.00454
+2977	0.00827	0.00101	0.0032	0.00451
+2978	0.00822	0.00101	0.00318	0.00449
+2979	0.00817	0.001	0.00316	0.00447
+2980	0.00812	0.000996	0.00314	0.00444
+2981	0.00807	0.000991	0.00312	0.00442
+2982	0.00802	0.000986	0.0031	0.0044
+2983	0.00797	0.000981	0.00308	0.00437
+2984	0.00792	0.000976	0.00306	0.00435
+2985	0.00787	0.000971	0.00304	0.00432
+2986	0.00782	0.000966	0.00302	0.0043
+2987	0.00777	0.000961	0.003	0.00428
+2988	0.00772	0.000956	0.00298	0.00425
+2989	0.00767	0.000951	0.00296	0.00423
+2990	0.00762	0.000947	0.00293	0.00421
+2991	0.00757	0.000942	0.00291	0.00418
+2992	0.00752	0.000937	0.00289	0.00416
+2993	0.00748	0.000932	0.00287	0.00414
+2994	0.00743	0.000928	0.00285	0.00411
+2995	0.00738	0.000923	0.00283	0.00409
+2996	0.00733	0.000918	0.00281	0.00406
+2997	0.00729	0.000914	0.00279	0.00404
+2998	0.00724	0.000909	0.00277	0.00402
+2999	0.00719	0.000905	0.00275	0.00399
+3000	0.00715	0.0009	0.00273	0.00397
+# end of content independent part
+
+# data set number
+[1]
+# (a,c,g,t)= (0.295, 0.205, 0.205, 0.295)
+#
+# Probabilities file for the exon model
+#
+
+
+# Die P_l's
+[P_ls]
+# k = 4
+# l=
+0
+# Values
+a	0.276	     0.327	     0.162
+c	0.246	     0.236	     0.325
+g	0.309	     0.177	     0.311
+t	0.169	     0.259	     0.202
+# l=
+1
+# Values
+aa	0.0472	     0.103	     0.0542
+ac	0.0412	     0.0568	     0.0835
+ag	0.0429	     0.0444	     0.115
+at	0.0303	     0.0716	     0.0725
+ca	0.119	     0.0794	     0.0459
+cc	0.057	     0.0547	     0.0921
+cg	0.0857	     0.0432	     0.0607
+ct	0.0638	     0.0706	     0.0381
+ga	0.0728	     0.115	     0.0321
+gc	0.0903	     0.0735	     0.0763
+gg	0.108	     0.0607	     0.03
+gt	0.0407	     0.0592	     0.0396
+ta	0.037	     0.0304	     0.0297
+tc	0.0578	     0.0512	     0.0728
+tg	0.0729	     0.0291	     0.105
+tt	0.034	     0.058	     0.0517
+# l=
+2
+# Values
+aaa	0.0172	     0.0186	     0.0168
+aac	0.0145	     0.0117	     0.0254
+aag	0.0129	     0.0079	     0.0381
+aat	0.00956	     0.0128	     0.0219
+aca	0.0286	     0.0125	     0.0112
+acc	0.0142	     0.012	     0.0215
+acg	0.0226	     0.00733	     0.0145
+act	0.018	     0.0127	     0.00982
+aga	0.0288	     0.0145	     0.0053
+agc	0.0337	     0.0137	     0.0204
+agg	0.0359	     0.00779	     0.00669
+agt	0.017	     0.0101	     0.0121
+ata	0.013	     0.00463	     0.00999
+atc	0.0222	     0.0126	     0.0228
+atg	0.0263	     0.00416	     0.0218
+att	0.0109	     0.0113	     0.017
+caa	0.0117	     0.0424	     0.0158
+cac	0.0121	     0.0232	     0.0159
+cag	0.0139	     0.019	     0.0357
+cat	0.00811	     0.0282	     0.0109
+cca	0.0373	     0.0212	     0.0138
+ccc	0.0146	     0.00607	     0.018
+ccg	0.0238	     0.00929	     0.0159
+cct	0.0166	     0.0178	     0.00706
+cga	0.012	     0.0348	     0.00873
+cgc	0.0188	     0.0149	     0.0171
+cgg	0.0231	     0.0174	     0.00839
+cgt	0.00679	     0.0145	     0.00866
+cta	0.00648	     0.0132	     0.00859
+ctc	0.0105	     0.0165	     0.0141
+ctg	0.0146	     0.0113	     0.0385
+ctt	0.00661	     0.0198	     0.00933
+gaa	0.0086	     0.0296	     0.0215
+gac	0.00779	     0.0146	     0.0235
+gag	0.00902	     0.0115	     0.0416
+gat	0.00669	     0.0204	     0.028
+gca	0.028	     0.0315	     0.0128
+gcc	0.0133	     0.021	     0.0328
+gcg	0.021	     0.0166	     0.0138
+gct	0.0142	     0.025	     0.0143
+gga	0.00847	     0.0467	     0.0181
+ggc	0.00811	     0.0272	     0.0256
+ggg	0.00948	     0.0177	     0.00468
+ggt	0.00396	     0.0195	     0.0131
+gta	0.00583	     0.00804	     0.00646
+gtc	0.0119	     0.0119	     0.0138
+gtg	0.015	     0.00814	     0.0279
+gtt	0.00694	     0.0148	     0.0113
+taa	0.00971	     0.0118	     2.05e-06
+tac	0.00687	     0.00731	     0.0187
+tag	0.00706	     0.00595	     2.05e-06
+tat	0.00593	     0.0101	     0.0117
+tca	0.0247	     0.0142	     0.008
+tcc	0.015	     0.0157	     0.0197
+tcg	0.0182	     0.00997	     0.0166
+tct	0.0149	     0.0151	     0.00695
+tga	0.0235	     0.0188	     2.05e-06
+tgc	0.0297	     0.0178	     0.0132
+tgg	0.0392	     0.0178	     0.0102
+tgt	0.013	     0.0151	     0.00569
+tta	0.0117	     0.00448	     0.00461
+ttc	0.0132	     0.0103	     0.0222
+ttg	0.0171	     0.00552	     0.017
+ttt	0.00962	     0.0121	     0.0141
+# l=
+3
+# Values
+aaaa	0.00531	     0.00747	     0.00319
+aaac	0.0043	     0.00429	     0.00367
+aaag	0.00384	     0.00307	     0.00627
+aaat	0.00331	     0.0056	     0.00401
+aaca	0.00909	     0.00572	     0.0026
+aacc	0.00413	     0.00339	     0.00312
+aacg	0.00667	     0.00284	     0.00293
+aact	0.00547	     0.00531	     0.00229
+aaga	0.0105	     0.00561	     0.00129
+aagc	0.00972	     0.00355	     0.00234
+aagg	0.0119	     0.00244	     0.00153
+aagt	0.00596	     0.00371	     0.00211
+aata	0.00437	     0.00183	     0.00186
+aatc	0.00647	     0.00409	     0.00314
+aatg	0.00802	     0.00172	     0.00417
+aatt	0.00296	     0.00374	     0.00265
+acaa	0.00337	     0.011	     0.00274
+acac	0.00263	     0.00499	     0.00191
+acag	0.00308	     0.00402	     0.00514
+acat	0.00213	     0.00728	     0.00169
+acca	0.00897	     0.00561	     0.00321
+accc	0.00343	     0.00151	     0.00338
+accg	0.00512	     0.00234	     0.00316
+acct	0.00404	     0.00404	     0.00163
+acga	0.00298	     0.0107	     0.00147
+acgc	0.00438	     0.00353	     0.00258
+acgg	0.00556	     0.00405	     0.00123
+acgt	0.00157	     0.00333	     0.00141
+acta	0.00178	     0.00384	     0.00155
+actc	0.0026	     0.00436	     0.00216
+actg	0.00351	     0.00307	     0.00608
+actt	0.00194	     0.00587	     0.00193
+agaa	0.00171	     0.0142	     0.00322
+agac	0.00117	     0.00619	     0.00228
+agag	0.00131	     0.00496	     0.00446
+agat	0.00109	     0.00887	     0.00348
+agca	0.00803	     0.0158	     0.00295
+agcc	0.00314	     0.00702	     0.0043
+agcg	0.00519	     0.00728	     0.0026
+agct	0.00404	     0.00998	     0.00306
+agga	0.00229	     0.0199	     0.0029
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+aggg	0.00212	     0.00612	     0.000533
+aggt	0.000649	     0.00711	     0.00157
+agta	0.0019	     0.00387	     0.0012
+agtc	0.00326	     0.00509	     0.00179
+agtg	0.00463	     0.00384	     0.00419
+agtt	0.00234	     0.00744	     0.00217
+ataa	0.00272	     0.00406	     5.14e-07
+atac	0.00254	     0.00242	     0.00222
+atag	0.00241	     0.00193	     5.14e-07
+atat	0.0023	     0.00398	     0.00202
+atca	0.0076	     0.00553	     0.00202
+atcc	0.00448	     0.00591	     0.00402
+atcg	0.00646	     0.00384	     0.00386
+atct	0.00425	     0.00587	     0.00185
+atga	0.00551	     0.00731	     5.14e-07
+atgc	0.0058	     0.0063	     0.00152
+atgg	0.00709	     0.0057	     0.00141
+atgt	0.00342	     0.00569	     0.00087
+atta	0.00346	     0.00144	     0.00106
+attc	0.00433	     0.00298	     0.00352
+attg	0.0062	     0.0018	     0.00344
+attt	0.00302	     0.00412	     0.00246
+caaa	0.00491	     0.00381	     0.00643
+caac	0.00503	     0.00339	     0.0119
+caag	0.00323	     0.00158	     0.0169
+caat	0.00266	     0.00238	     0.00934
+caca	0.00539	     0.00286	     0.00449
+cacc	0.00343	     0.00431	     0.0105
+cacg	0.00385	     0.00144	     0.00544
+cact	0.00325	     0.00288	     0.00397
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+ttttt	11516	     27227	     23736
+
+# initial patterns
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+cttac	37	     86	     106
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+cttca	479	     147	     182
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+cttct	248	     147	     147
+cttga	258	     118	     0
+cttgc	312	     64	     133
+cttgg	287	     159	     145
+cttgt	129	     118	     59
+cttta	178	     31	     141
+ctttc	251	     111	     238
+ctttg	498	     44	     261
+ctttt	163	     288	     190
+gaaaa	893	     880	     312
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+gagca	588	     467	     119
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+gagct	266	     306	     148
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+gagtc	149	     246	     78
+gagtg	246	     151	     146
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+gattt	270	     569	     215
+gcaaa	426	     440	     425
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+gcaga	439	     390	     208
+gcagc	669	     527	     683
+gcagg	389	     166	     208
+gcagt	301	     207	     285
+gcata	164	     54	     208
+gcatc	267	     415	     351
+gcatg	110	     84	     180
+gcatt	206	     309	     318
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+gcccc	206	     190	     63
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+gctct	210	     327	     109
+gctga	637	     452	     0
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+gctgg	491	     292	     216
+gctgt	382	     245	     132
+gctta	227	     50	     145
+gcttc	194	     208	     281
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+gcttt	157	     310	     198
+ggaaa	753	     444	     351
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+ggacc	264	     104	     88
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+ggagt	273	     203	     119
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+ggatc	411	     160	     165
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+ggccg	242	     128	     59
+ggcct	199	     137	     67
+ggcga	288	     303	     94
+ggcgc	212	     128	     95
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+ggcgt	159	     203	     92
+ggcta	194	     49	     168
+ggctc	144	     122	     111
+ggctg	263	     167	     291
+ggctt	98	     179	     118
+gggaa	276	     150	     180
+gggac	123	     40	     138
+gggag	64	     32	     189
+gggat	156	     46	     87
+gggca	419	     78	     62
+gggcc	108	     26	     66
+gggcg	242	     51	     42
+gggct	105	     42	     100
+gggga	48	     152	     75
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+gtcta	91	     62	     169
+gtctc	73	     95	     115
+gtctg	106	     85	     317
+gtctt	98	     121	     133
+gtgaa	0	     435	     279
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+gtgat	0	     136	     164
+gtgca	320	     265	     254
+gtgcc	131	     199	     294
+gtgcg	180	     187	     108
+gtgct	172	     390	     175
+gtgga	279	     636	     537
+gtggc	280	     287	     240
+gtggg	173	     161	     73
+gtggt	140	     254	     254
+gtgta	42	     74	     58
+gtgtc	112	     175	     147
+gtgtg	51	     86	     131
+gtgtt	70	     261	     90
+gttaa	230	     275	     0
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+gttca	326	     175	     161
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+gttga	230	     213	     0
+gttgc	312	     106	     141
+gttgg	354	     119	     147
+gttgt	144	     230	     155
+gttta	253	     110	     137
+gtttc	282	     173	     252
+gtttg	165	     116	     296
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+tataa	170	     173	     0
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+tatca	221	     186	     126
+tatcc	83	     172	     145
+tatcg	153	     83	     237
+tatct	138	     153	     51
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+tatgg	141	     88	     65
+tatgt	104	     80	     18
+tatta	262	     76	     49
+tattc	221	     116	     288
+tattg	283	     88	     170
+tattt	316	     200	     244
+tcaaa	358	     427	     549
+tcaac	205	     318	     297
+tcaag	159	     132	     900
+tcaat	142	     238	     408
+tcaca	197	     273	     240
+tcacc	141	     178	     415
+tcacg	106	     152	     187
+tcact	125	     150	     94
+tcaga	138	     248	     114
+tcagc	325	     344	     298
+tcagg	233	     90	     148
+tcagt	317	     171	     156
+tcata	66	     49	     215
+tcatc	133	     265	     386
+tcatg	67	     68	     214
+tcatt	139	     258	     222
+tccaa	233	     967	     249
+tccac	154	     549	     177
+tccag	240	     561	     255
+tccat	147	     383	     113
+tccca	278	     268	     42
+tcccc	65	     67	     92
+tcccg	184	     157	     60
+tccct	136	     274	     9
+tccga	450	     627	     99
+tccgc	270	     412	     252
+tccgg	200	     250	     151
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+tccta	61	     129	     213
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+22  0.444	0.21	0.169	0.178	0.462	0.242	0.174	0.122	0.291	0.364	0.165	0.18	0.335	0.377	0.0562	0.231	0.469	0.218	0.19	0.123	0.519	0.143	0.243	0.0954	0.442	0.239	0.182	0.138	0.298	0.264	0.245	0.194	0.47	0.21	0.18	0.141	0.437	0.285	0.175	0.103	0.539	0.242	0.113	0.106	0.223	0.276	0.267	0.234	0.475	0.18	0.176	0.17	0.423	0.182	0.28	0.116	0.338	0.292	0.128	0.241	0.269	0.262	0.197	0.272	0.449	0.229	0.196	0.126	0.441	0.296	0.166	0.097	0.316	0.392	0.157	0.135	0.278	0.433	0.0417	0.247	0.44	0.224	0.234	0.102	0.511	0.206	0.187	0.0965	0.338	0.346	0.182	0.134	0.251	0.275	0.228	0.245	0.491	0.191	0.192	0.126	0.374	0.361	0.166	0.0999	0.44	0.315	0.12	0.125	0.25	0.29	0.247	0.213	0.459	0.197	0.192	0.152	0.375	0.216	0.28	0.129	0.317	0.382	0.168	0.133	0.263	0.311	0.161	0.265	0.528	0.194	0.153	0.126	0.473	0.24	0.195	0.0916	0.339	0.361	0.167	0.133	0.304	0.382	0.0744	0.24	0.468	0.16	0.266	0.106	0.537	0.145	0.228	0.0901	0.463	0.226	0.195	0.116	0.251	0.23	0.251	0.269	0.441	0.18	0.231	0.148	0.399	0.26	0.206	0.136	0.487	0.31	0.126	0.0765	0.253	0.272	0.317	0.158	0.514	0.162	0.184	0.141	0.384	0.191	0.302	0.124	0.439	0.274	0.156	0.132	0.254	0.206	0.293	0.248	0.527	0.169	0.164	0.14	0.477	0.236	0.18	0.107	0.377	0.33	0.117	0.176	0.384	0.254	0.0758	0.286	0.481	0.18	0.217	0.123	0.557	0.136	0.218	0.0891	0.389	0.324	0.176	0.111	0.223	0.255	0.274	0.248	0.569	0.164	0.148	0.119	0.474	0.227	0.184	0.115	0.385	0.357	0.143	0.115	0.296	0.206	0.299	0.2	0.475	0.204	0.18	0.141	0.424	0.219	0.245	0.112	0.319	0.33	0.197	0.155	0.319	0.266	0.191	0.224
+23  0.471	0.209	0.158	0.162	0.499	0.233	0.174	0.0944	0.309	0.364	0.17	0.156	0.381	0.383	0.049	0.187	0.517	0.218	0.174	0.0914	0.56	0.142	0.239	0.0589	0.498	0.226	0.163	0.113	0.344	0.264	0.225	0.167	0.494	0.221	0.169	0.116	0.449	0.285	0.177	0.089	0.586	0.244	0.0921	0.0782	0.247	0.3	0.24	0.212	0.527	0.165	0.157	0.151	0.466	0.156	0.292	0.0849	0.383	0.29	0.133	0.194	0.3	0.29	0.18	0.229	0.468	0.229	0.197	0.106	0.448	0.31	0.168	0.0745	0.343	0.379	0.172	0.105	0.293	0.481	0.034	0.192	0.482	0.216	0.22	0.0814	0.559	0.193	0.183	0.0655	0.403	0.318	0.172	0.107	0.315	0.301	0.233	0.15	0.521	0.184	0.187	0.107	0.382	0.381	0.163	0.0736	0.477	0.324	0.111	0.0879	0.281	0.335	0.191	0.192	0.502	0.198	0.187	0.113	0.415	0.205	0.281	0.0988	0.372	0.385	0.162	0.0808	0.293	0.334	0.151	0.222	0.558	0.186	0.147	0.109	0.516	0.222	0.185	0.0776	0.367	0.357	0.173	0.102	0.348	0.404	0.0549	0.192	0.51	0.148	0.256	0.0862	0.601	0.119	0.227	0.0532	0.521	0.214	0.177	0.0875	0.297	0.239	0.258	0.205	0.46	0.185	0.224	0.131	0.423	0.249	0.206	0.122	0.541	0.28	0.131	0.0475	0.259	0.32	0.316	0.106	0.564	0.155	0.158	0.122	0.431	0.187	0.292	0.0895	0.519	0.225	0.165	0.0908	0.295	0.221	0.286	0.198	0.548	0.163	0.161	0.128	0.526	0.213	0.183	0.0779	0.417	0.305	0.123	0.154	0.422	0.262	0.0733	0.243	0.524	0.178	0.195	0.103	0.618	0.112	0.212	0.0568	0.439	0.315	0.165	0.0817	0.27	0.239	0.319	0.172	0.623	0.158	0.119	0.1	0.517	0.225	0.179	0.0793	0.436	0.34	0.139	0.0846	0.324	0.225	0.273	0.179	0.501	0.207	0.18	0.112	0.478	0.213	0.247	0.0617	0.367	0.331	0.179	0.123	0.361	0.253	0.208	0.177
+24  0.493	0.182	0.171	0.154	0.545	0.202	0.177	0.0759	0.374	0.304	0.178	0.144	0.431	0.332	0.0636	0.173	0.552	0.185	0.178	0.0849	0.625	0.0814	0.255	0.0387	0.569	0.2	0.143	0.0885	0.456	0.116	0.254	0.173	0.535	0.181	0.177	0.107	0.499	0.238	0.178	0.0852	0.665	0.163	0.0886	0.0833	0.285	0.291	0.244	0.18	0.593	0.117	0.174	0.117	0.598	0.0718	0.27	0.0595	0.358	0.266	0.147	0.229	0.4	0.155	0.216	0.229	0.492	0.199	0.205	0.104	0.479	0.279	0.176	0.0671	0.395	0.308	0.197	0.0999	0.342	0.421	0.0364	0.2	0.516	0.179	0.227	0.0785	0.62	0.131	0.193	0.0561	0.439	0.279	0.168	0.114	0.401	0.197	0.276	0.127	0.553	0.146	0.194	0.107	0.437	0.336	0.176	0.0511	0.551	0.255	0.109	0.0855	0.307	0.325	0.191	0.177	0.554	0.14	0.197	0.109	0.492	0.0961	0.32	0.0921	0.433	0.298	0.183	0.0867	0.393	0.191	0.191	0.224	0.593	0.159	0.147	0.101	0.567	0.202	0.171	0.0599	0.405	0.313	0.186	0.0966	0.403	0.357	0.0695	0.17	0.546	0.125	0.246	0.0832	0.669	0.0634	0.221	0.0458	0.559	0.185	0.184	0.0715	0.357	0.142	0.307	0.195	0.5	0.135	0.227	0.138	0.483	0.191	0.228	0.0981	0.656	0.234	0.077	0.0322	0.292	0.265	0.311	0.133	0.617	0.102	0.157	0.124	0.527	0.0967	0.312	0.0636	0.537	0.174	0.198	0.09	0.37	0.152	0.317	0.161	0.578	0.133	0.155	0.133	0.569	0.165	0.196	0.0701	0.463	0.271	0.133	0.133	0.5	0.143	0.102	0.254	0.546	0.16	0.195	0.0993	0.686	0.0512	0.228	0.0354	0.475	0.272	0.17	0.0828	0.29	0.138	0.382	0.189	0.676	0.118	0.116	0.0896	0.565	0.178	0.2	0.0576	0.485	0.283	0.153	0.0788	0.387	0.189	0.243	0.181	0.541	0.167	0.207	0.0852	0.537	0.157	0.264	0.0414	0.4	0.304	0.188	0.107	0.422	0.196	0.23	0.153
+
+# dss upstream motif, reading frame 0(reverse)
+[ETMOTIF0]
+# width of motif, n=
+0
+# order of markov model, k=
+2
+# markov chain emission probabilities
+
+# dss upstream motif, reading frame 1(reverse)
+[ETMOTIF1]
+# width of motif, n=
+0
+# order of markov model, k=
+2
+# markov chain emission probabilities
+
+# dss upstream motif, reading frame 2(reverse)
+[ETMOTIF2]
+# width of motif, n=
+0
+# order of markov model, k=
+2
+# markov chain emission probabilities
+
+
+#
+# Emission probabilities
+#
+[EMISSION]
+# Size of vector
+1024
+# k : order of the markov model
+4
+# patpseudocount (pseudocount of sequence patterns)
+5
+# Probabilities
+# Format: pattern win0 win1 win2
+aaaaa	0.401	0.5716	0.249
+aaaac	0.3367	0.2579	0.2509
+aaaag	0.3073	0.1721	0.4629
+aaaat	0.2648	0.3914	0.2597
+aaaca	0.3734	0.3023	0.2435
+aaacc	0.182	0.2188	0.2834
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+
+
+#
+# Initial emission probabilities
+#
+[INITEMISSION]
+# Size of vector
+1024
+# k : order of the markov model
+4
+# patpseudocount (pseudocount of sequence patterns)
+5
+# Probabilities
+# Format: pattern win0 win1 win2
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+ttgtg     	0.257     	0.311     	0.375
+ttgtt     	0.372     	0.331     	0.244
+tttaa     	0.348     	0.383     	0.0185
+tttac     	0.241     	0.151     	0.602
+tttag     	0.199     	0.215     	0.0185
+tttat     	0.212     	0.251     	0.361
+tttca     	0.327     	0.184     	0.196
+tttcc     	0.185     	0.195     	0.315
+tttcg     	0.279     	0.216     	0.324
+tttct     	0.209     	0.405     	0.165
+tttga     	0.237     	0.264     	0.00973
+tttgc     	0.191     	0.265     	0.389
+tttgg     	0.383     	0.237     	0.375
+tttgt     	0.189     	0.234     	0.226
+tttta     	0.217     	0.0859     	0.176
+ttttc     	0.301     	0.312     	0.257
+ttttg     	0.327     	0.225     	0.401
+ttttt     	0.156     	0.376     	0.166
+
+
+#
+# Internal exon terminal emission probabilities
+#
+[ETEMISSION]
+# Size of vector
+1024
+# k : order of the markov model
+4
+# patpseudocount (pseudocount of sequence patterns)
+5
+# Probabilities
+# Format: pattern win0 win1 win2
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+aaaag     	0.25     	0.25     	0.25
+aaaat     	0.25     	0.25     	0.25
+aaaca     	0.25     	0.25     	0.25
+aaacc     	0.25     	0.25     	0.25
+aaacg     	0.25     	0.25     	0.25
+aaact     	0.25     	0.25     	0.25
+aaaga     	0.25     	0.25     	0.25
+aaagc     	0.25     	0.25     	0.25
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+aaatt     	0.25     	0.25     	0.25
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+aaccg     	0.25     	0.25     	0.25
+aacct     	0.25     	0.25     	0.25
+aacga     	0.25     	0.25     	0.25
+aacgc     	0.25     	0.25     	0.25
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+aacgt     	0.25     	0.25     	0.25
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+aactg     	0.25     	0.25     	0.25
+aactt     	0.25     	0.25     	0.25
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+aagag     	0.25     	0.25     	0.25
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+acatt     	0.25     	0.25     	0.25
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+tgaca     	0.25     	0.25     	0.25
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+tgcta     	0.25     	0.25     	0.25
+tgctc     	0.25     	0.25     	0.25
+tgctg     	0.25     	0.25     	0.25
+tgctt     	0.25     	0.25     	0.25
+tggaa     	0.25     	0.25     	0.25
+tggac     	0.25     	0.25     	0.25
+tggag     	0.25     	0.25     	0.25
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+tgggg     	0.25     	0.25     	0.25
+tgggt     	0.25     	0.25     	0.25
+tggta     	0.25     	0.25     	0.25
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+tggtt     	0.25     	0.25     	0.25
+tgtaa     	0.25     	0.25     	0.25
+tgtac     	0.25     	0.25     	0.25
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+tgtat     	0.25     	0.25     	0.25
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+tgtta     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttaaa     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttaca     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttacg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttact     	0.25     	0.25     	0.25
+ttaga     	0.25     	0.25     	0.25
+ttagc     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttagt     	0.25     	0.25     	0.25
+ttata     	0.25     	0.25     	0.25
+ttatc     	0.25     	0.25     	0.25
+ttatg     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttcat     	0.25     	0.25     	0.25
+ttcca     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttccg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttcct     	0.25     	0.25     	0.25
+ttcga     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttcgg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttcgt     	0.25     	0.25     	0.25
+ttcta     	0.25     	0.25     	0.25
+ttctc     	0.25     	0.25     	0.25
+ttctg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttctt     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgaa     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgac     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgag     	0.25     	0.25     	0.25
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+ttgca     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgcc     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgcg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgct     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgga     	0.25     	0.25     	0.25
+ttggc     	0.25     	0.25     	0.25
+ttggg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttggt     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgta     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgtc     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgtg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttgtt     	0.25     	0.25     	0.25
+tttaa     	0.25     	0.25     	0.25
+tttac     	0.25     	0.25     	0.25
+tttag     	0.25     	0.25     	0.25
+tttat     	0.25     	0.25     	0.25
+tttca     	0.25     	0.25     	0.25
+tttcc     	0.25     	0.25     	0.25
+tttcg     	0.25     	0.25     	0.25
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+tttgg     	0.25     	0.25     	0.25
+tttgt     	0.25     	0.25     	0.25
+tttta     	0.25     	0.25     	0.25
+ttttc     	0.25     	0.25     	0.25
+ttttg     	0.25     	0.25     	0.25
+ttttt     	0.25     	0.25     	0.25
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_igenic_probs.pbl
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_igenic_probs.pbl	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,3445 @@
+[1]
+# (a,c,g,t)= (0.295, 0.205, 0.205, 0.295)
+#
+# Probabilities file for the intergenic region model
+#
+
+# k =
+4
+
+# The P_l's
+[P_ls]
+# l=
+0
+# Values
+A	0.304
+C	0.196
+G	0.196
+T	0.304
+# l=
+1
+# Values
+AA	0.112
+AC	0.0524
+AG	0.0515
+AT	0.088
+CA	0.0665
+CC	0.0404
+CG	0.0378
+CT	0.0515
+GA	0.0524
+GC	0.051
+GG	0.0404
+GT	0.0524
+TA	0.0729
+TC	0.0525
+TG	0.0665
+TT	0.112
+# l=
+2
+# Values
+AAA	0.0446
+AAC	0.0182
+AAG	0.0173
+AAT	0.0319
+ACA	0.0197
+ACC	0.00915
+ACG	0.00876
+ACT	0.0148
+AGA	0.0141
+AGC	0.0136
+AGG	0.00903
+AGT	0.0148
+ATA	0.0251
+ATC	0.0139
+ATG	0.0171
+ATT	0.0319
+CAA	0.0228
+CAC	0.0135
+CAG	0.013
+CAT	0.0171
+CCA	0.0146
+CCC	0.00889
+CCG	0.00783
+CCT	0.00903
+CGA	0.0118
+CGC	0.00949
+CGG	0.00783
+CGT	0.00876
+CTA	0.0105
+CTC	0.0106
+CTG	0.013
+CTT	0.0173
+GAA	0.0192
+GAC	0.00881
+GAG	0.0106
+GAT	0.0139
+GCA	0.0166
+GCC	0.0113
+GCG	0.00949
+GCT	0.0136
+GGA	0.0111
+GGC	0.0113
+GGG	0.00889
+GGT	0.00915
+GTA	0.0118
+GTC	0.00881
+GTG	0.0135
+GTT	0.0182
+TAA	0.0254
+TAC	0.0118
+TAG	0.0105
+TAT	0.0251
+TCA	0.0156
+TCC	0.0111
+TCG	0.0118
+TCT	0.0141
+TGA	0.0156
+TGC	0.0166
+TGG	0.0146
+TGT	0.0197
+TTA	0.0254
+TTC	0.0192
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+TTT	0.0446
+# l=
+3
+# Values
+AAAA	0.0172
+AAAC	0.00735
+AAAG	0.00683
+AAAT	0.0133
+AACA	0.00675
+AACC	0.00305
+AACG	0.00312
+AACT	0.00531
+AAGA	0.00461
+AAGC	0.0042
+AAGG	0.00313
+AAGT	0.00541
+AATA	0.00908
+AATC	0.00494
+AATG	0.00662
+AATT	0.0113
+ACAA	0.00692
+ACAC	0.00428
+ACAG	0.00328
+ACAT	0.00519
+ACCA	0.00329
+ACCC	0.00206
+ACCG	0.00177
+ACCT	0.00202
+ACGA	0.00278
+ACGC	0.00217
+ACGG	0.00174
+ACGT	0.00208
+ACTA	0.00318
+ACTC	0.00281
+ACTG	0.00337
+ACTT	0.00541
+AGAA	0.00511
+AGAC	0.00223
+AGAG	0.00305
+AGAT	0.00366
+AGCA	0.00446
+AGCC	0.00283
+AGCG	0.00259
+AGCT	0.00373
+AGGA	0.00284
+AGGC	0.00226
+AGGG	0.0019
+AGGT	0.00202
+AGTA	0.0032
+AGTC	0.00248
+AGTG	0.00379
+AGTT	0.00531
+ATAA	0.00847
+ATAC	0.00397
+ATAG	0.00317
+ATAT	0.00947
+ATCA	0.00424
+ATCC	0.00279
+ATCG	0.00317
+ATCT	0.00366
+ATGA	0.00422
+ATGC	0.00407
+ATGG	0.00365
+ATGT	0.00518
+ATTA	0.00767
+ATTC	0.00495
+ATTG	0.00602
+ATTT	0.0133
+CAAA	0.00896
+CAAC	0.00433
+CAAG	0.00353
+CAAT	0.00602
+CACA	0.00525
+CACC	0.00243
+CACG	0.002
+CACT	0.00379
+CAGA	0.00344
+CAGC	0.00407
+CAGG	0.00215
+CAGT	0.00338
+CATA	0.00464
+CATC	0.00309
+CATG	0.00278
+CATT	0.00662
+CCAA	0.00486
+CCAC	0.00325
+CCAG	0.00288
+CCAT	0.00365
+CCCA	0.00319
+CCCC	0.00225
+CCCG	0.00154
+CCCT	0.0019
+CCGA	0.00238
+CCGC	0.00225
+CCGG	0.00146
+CCGT	0.00174
+CCTA	0.00173
+CCTC	0.00201
+CCTG	0.00215
+CCTT	0.00313
+CGAA	0.00419
+CGAC	0.00209
+CGAG	0.00231
+CGAT	0.00317
+CGCA	0.00305
+CGCC	0.00236
+CGCG	0.00149
+CGCT	0.00259
+CGGA	0.0022
+CGGC	0.00232
+CGGG	0.00154
+CGGT	0.00178
+CGTA	0.00197
+CGTC	0.00167
+CGTG	0.002
+CGTT	0.00312
+CTAA	0.00374
+CTAC	0.00193
+CTAG	0.00168
+CTAT	0.00317
+CTCA	0.00284
+CTCC	0.00236
+CTCG	0.00231
+CTCT	0.00305
+CTGA	0.00304
+CTGC	0.00383
+CTGG	0.00288
+CTGT	0.00328
+CTTA	0.00383
+CTTC	0.00316
+CTTG	0.00353
+CTTT	0.00683
+GAAA	0.00815
+GAAC	0.00296
+GAAG	0.00316
+GAAT	0.00495
+GACA	0.003
+GACC	0.00166
+GACG	0.00167
+GACT	0.00248
+GAGA	0.003
+GAGC	0.00274
+GAGG	0.00201
+GAGT	0.00281
+GATA	0.00357
+GATC	0.00227
+GATG	0.00309
+GATT	0.00494
+GCAA	0.00554
+GCAC	0.00316
+GCAG	0.00383
+GCAT	0.00407
+GCCA	0.00448
+GCCC	0.00221
+GCCG	0.00232
+GCCT	0.00226
+GCGA	0.00295
+GCGC	0.00212
+GCGG	0.00225
+GCGT	0.00217
+GCTA	0.00261
+GCTC	0.00274
+GCTG	0.00407
+GCTT	0.0042
+GGAA	0.00414
+GGAC	0.00178
+GGAG	0.00236
+GGAT	0.00279
+GGCA	0.0037
+GGCC	0.00239
+GGCG	0.00236
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+GGGG	0.00225
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+GGTA	0.00201
+GGTC	0.00166
+GGTG	0.00243
+GGTT	0.00305
+GTAA	0.0039
+GTAC	0.00205
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+GGGGT	0.2047
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+GGTCT	0.2465
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+TAAGC	0.2621
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+ttttc	1.44
+ttttg	0.898
+ttttt	1.31
+
+#
+# ASS binned probabilities
+[ASSBIN]
+# number of bins:
+54
+# monotonic: increasing
+# lower bin boundary <= average probability
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+
+
+#
+# DSS probabilities
+#only nonpseudocount values are shown
+[DSS]
+# Size of vector
+16384
+# c_dss (DSS count)
+31193
+# dsspseudocount (added to all possible patterns, no matter if they occur)
+0.0101
+# Probabilities * 1000
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+ctgatcg	0.000603
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+ttggttc	0.000324
+ttggttg	0.000355
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+ttgtcta	0.000324
+ttgtctc	0.000355
+ttgtctg	0.000324
+ttgtctt	0.000479
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+ttgtgta	0.000355
+ttgtgtc	0.000324
+ttgtgtg	0.000355
+ttgtgtt	0.000479
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+ttgttta	0.000355
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+tttaaac	0.000851
+tttaaag	0.00051
+tttaaat	0.0666
+tttaaca	0.000696
+tttaacc	0.000572
+tttaacg	0.000417
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+tttaagg	0.0675
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+tttaata	0.0322
+tttaatc	0.000696
+tttaatg	0.000851
+tttaatt	0.0351
+tttacaa	0.000324
+tttacac	0.000355
+tttacag	0.000355
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+tttacta	0.000355
+tttactc	0.000355
+tttactg	0.000355
+tttactt	0.000417
+tttagaa	0.000355
+tttagac	0.000355
+tttagag	0.000355
+tttagat	0.000479
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+tttatta	0.000448
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+tttattt	0.000603
+tttcaaa	0.000324
+tttcaac	0.000324
+tttcaag	0.000324
+tttcaat	0.000386
+tttcaca	0.000324
+tttcacc	0.000324
+tttcacg	0.000324
+tttcact	0.000355
+tttcaga	0.000541
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+tttcagt	0.00476
+tttcata	0.000386
+tttcatc	0.000324
+tttcatg	0.000386
+tttcatt	0.000355
+tttccaa	0.000324
+tttccac	0.000324
+tttccag	0.000324
+tttccat	0.000324
+tttccca	0.000324
+tttcccc	0.000324
+tttcccg	0.000324
+tttccct	0.000324
+tttccga	0.000324
+tttccgc	0.000324
+tttccgg	0.000324
+tttccgt	0.000386
+tttccta	0.000324
+tttcctc	0.000324
+tttcctg	0.000355
+tttcctt	0.000355
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+tttgatc	0.000386
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+tttgcaa	0.000355
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+tttgcat	0.000324
+tttgcca	0.000324
+tttgccc	0.000324
+tttgccg	0.000324
+tttgcct	0.000355
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+tttgcgc	0.000355
+tttgcgg	0.000386
+tttgcgt	0.0025
+tttgcta	0.000355
+tttgctc	0.000355
+tttgctg	0.000355
+tttgctt	0.000324
+tttggaa	0.000355
+tttggac	0.000324
+tttggag	0.000324
+tttggat	0.000386
+tttggca	0.000355
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+tttggcg	0.000324
+tttggct	0.000386
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+tttgggc	0.000417
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+tttggtt	0.000417
+tttgtaa	0.000324
+tttgtac	0.000324
+tttgtag	0.000324
+tttgtat	0.000355
+tttgtca	0.000324
+tttgtcc	0.000324
+tttgtcg	0.000324
+tttgtct	0.000355
+tttgtga	0.000417
+tttgtgc	0.000386
+tttgtgg	0.000386
+tttgtgt	0.0334
+tttgtta	0.000386
+tttgttc	0.000355
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+tttgttt	0.000355
+ttttaaa	0.000355
+ttttaac	0.000355
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+ttttaat	0.000417
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+ttttacg	0.000355
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+ttttaga	0.000572
+ttttagc	0.000603
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+ttttata	0.000417
+ttttatc	0.000355
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+ttttcgc	0.000324
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+ttttcta	0.000324
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+ttttctg	0.000355
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+ttttgaa	0.000324
+ttttgac	0.000324
+ttttgag	0.000324
+ttttgat	0.000324
+ttttgca	0.000355
+ttttgcc	0.000324
+ttttgcg	0.000324
+ttttgct	0.000324
+ttttgga	0.000355
+ttttggc	0.000386
+ttttggg	0.000324
+ttttggt	0.000572
+ttttgta	0.000324
+ttttgtc	0.000324
+ttttgtg	0.000355
+ttttgtt	0.000324
+tttttaa	0.000355
+tttttac	0.000324
+tttttag	0.000324
+tttttat	0.000324
+tttttca	0.000324
+tttttcc	0.000324
+tttttcg	0.000324
+tttttct	0.000324
+tttttga	0.000386
+tttttgc	0.000386
+tttttgg	0.000355
+tttttgt	0.000727
+tttttta	0.000386
+ttttttc	0.000355
+ttttttg	0.000386
+ttttttt	0.000324
+
+#
+# DSS binned probabilities
+[DSSBIN]
+# number of bins:
+50
+# monotonic: increasing
+# lower bin boundary <= average probability
+	3.15e-07
+3.24e-07	3.15e-07
+3.24e-07	3.21e-07
+3.24e-07	3.21e-07
+3.55e-07	3.34e-07
+3.55e-07	3.34e-07
+3.55e-07	3.48e-07
+3.7e-07	3.8e-07
+3.86e-07	3.8e-07
+3.86e-07	3.8e-07
+3.86e-07	4.13e-07
+4.17e-07	4.17e-07
+4.17e-07	4.24e-07
+4.48e-07	4.32e-07
+4.48e-07	4.62e-07
+4.79e-07	4.79e-07
+4.79e-07	4.86e-07
+5.1e-07	5.34e-07
+5.41e-07	5.34e-07
+5.72e-07	5.99e-07
+6.03e-07	6.31e-07
+6.34e-07	6.31e-07
+6.8e-07	6.99e-07
+7.27e-07	7.47e-07
+7.89e-07	7.91e-07
+8.35e-07	8.29e-07
+8.82e-07	9.11e-07
+9.91e-07	1.03e-06
+1.1e-06	1.13e-06
+1.22e-06	1.3e-06
+1.42e-06	1.63e-06
+1.69e-06	1.86e-06
+2.2e-06	2.47e-06
+3.1e-06	9.11e-06
+2.3e-05	0.000118
+3.16e-05	0.000115
+3.19e-05	0.000113
+3.22e-05	0.000113
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+3.5e-05	0.000139
+6.37e-05	0.000142
+6.6e-05	0.000197
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+0.000104	0.00031
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+0.000224	0.00132
+0.000324	0.00233
+0.0006	0.00626
+0.00136	0.0189
+
+#
+# Length probabilities
+#
+[LENGTH]
+# The 'd' variable
+929
+# The length probabilities from '0' to 'd' (*1000) 
+2.96e-06
+4.36e-06
+6.36e-06
+9.15e-06
+1.3e-05
+1.83e-05
+2.54e-05
+3.47e-05
+4.7e-05
+6.28e-05
+8.29e-05
+0.000108
+0.000139
+0.000177
+0.000223
+0.000276
+0.000339
+0.00041
+0.000491
+0.00058
+0.000677
+0.00078
+0.000889
+0.001
+0.00112
+0.00123
+0.00136
+0.00149
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+0.00186
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+0.0222
+0.0324
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+33.1
+30.2
+27.2
+24.2
+21.4
+18.7
+16.3
+14.1
+12.3
+10.7
+9.34
+8.21
+7.25
+6.41
+5.65
+4.95
+4.33
+3.81
+3.4
+3.12
+2.95
+2.84
+2.78
+2.73
+2.68
+2.63
+2.57
+2.52
+2.46
+2.4
+2.34
+2.28
+2.2
+2.12
+2.03
+1.95
+1.86
+1.8
+1.74
+1.71
+1.69
+1.69
+1.69
+1.7
+1.71
+1.72
+1.73
+1.73
+1.73
+1.71
+1.7
+1.67
+1.64
+1.61
+1.57
+1.54
+1.5
+1.47
+1.44
+1.42
+1.4
+1.39
+1.38
+1.36
+1.35
+1.34
+1.33
+1.31
+1.29
+1.27
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+1.21
+1.18
+1.15
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+1.1
+1.08
+1.05
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+1.02
+1.01
+1
+0.996
+0.993
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+0.648
+0.648
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+0.525
+0.523
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+#
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+#
+[TRANSITION]
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+#
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+#	ttttc	2625305
+#	ttttg	2761348
+#	ttttt	5600229
+
+# motif upstream of acceptor splice site
+[ASSMOTIF]
+# width of motif, n=
+32
+# order of markov model, k=
+1
+# markov chain emission probabilities
+ 0  0.358	0.167	0.126	0.35	0.329	0.218	0.131	0.323	0.326	0.213	0.151	0.31	0.298	0.172	0.17	0.36
+ 1  0.358	0.168	0.125	0.35	0.328	0.215	0.13	0.327	0.328	0.212	0.151	0.309	0.299	0.171	0.169	0.36
+ 2  0.358	0.168	0.122	0.352	0.327	0.217	0.128	0.329	0.329	0.214	0.148	0.309	0.301	0.169	0.167	0.362
+ 3  0.358	0.17	0.119	0.353	0.326	0.216	0.126	0.331	0.328	0.216	0.146	0.31	0.303	0.169	0.165	0.362
+ 4  0.358	0.172	0.116	0.355	0.324	0.216	0.124	0.336	0.325	0.218	0.145	0.312	0.305	0.17	0.163	0.363
+ 5  0.358	0.174	0.11	0.358	0.322	0.215	0.12	0.343	0.324	0.219	0.143	0.314	0.308	0.169	0.159	0.364
+ 6  0.358	0.176	0.104	0.361	0.319	0.216	0.117	0.349	0.323	0.221	0.139	0.317	0.313	0.169	0.155	0.363
+ 7  0.359	0.178	0.0971	0.365	0.315	0.216	0.114	0.355	0.322	0.222	0.134	0.322	0.316	0.168	0.151	0.365
+ 8  0.362	0.179	0.0893	0.37	0.31	0.216	0.111	0.363	0.321	0.223	0.129	0.328	0.32	0.168	0.146	0.367
+ 9  0.362	0.182	0.0832	0.372	0.305	0.218	0.106	0.371	0.319	0.225	0.124	0.332	0.323	0.167	0.142	0.369
+10  0.364	0.184	0.0758	0.376	0.301	0.219	0.103	0.377	0.314	0.228	0.119	0.339	0.325	0.167	0.139	0.37
+11  0.364	0.185	0.0701	0.38	0.298	0.218	0.102	0.382	0.309	0.229	0.116	0.346	0.324	0.167	0.137	0.372
+12  0.366	0.185	0.0646	0.385	0.294	0.22	0.101	0.385	0.306	0.228	0.114	0.352	0.32	0.168	0.137	0.375
+13  0.367	0.183	0.0603	0.389	0.293	0.22	0.102	0.385	0.305	0.228	0.111	0.356	0.314	0.169	0.137	0.38
+14  0.364	0.184	0.0574	0.394	0.29	0.223	0.104	0.383	0.301	0.228	0.111	0.36	0.305	0.171	0.138	0.386
+15  0.359	0.186	0.0542	0.4	0.286	0.227	0.105	0.382	0.295	0.23	0.11	0.365	0.292	0.175	0.138	0.395
+16  0.355	0.187	0.0513	0.407	0.279	0.232	0.106	0.382	0.287	0.234	0.11	0.37	0.278	0.18	0.138	0.404
+17  0.347	0.187	0.05	0.415	0.275	0.236	0.108	0.382	0.277	0.238	0.11	0.376	0.261	0.184	0.14	0.414
+18  0.339	0.187	0.047	0.426	0.268	0.239	0.11	0.382	0.268	0.239	0.11	0.383	0.244	0.189	0.14	0.426
+19  0.329	0.188	0.0445	0.438	0.262	0.242	0.113	0.383	0.262	0.239	0.11	0.39	0.229	0.194	0.139	0.437
+20  0.32	0.189	0.0399	0.451	0.252	0.246	0.112	0.389	0.256	0.239	0.107	0.398	0.214	0.2	0.137	0.449
+21  0.307	0.192	0.0368	0.464	0.244	0.253	0.111	0.392	0.245	0.245	0.106	0.404	0.201	0.206	0.133	0.46
+22  0.294	0.198	0.032	0.475	0.235	0.266	0.11	0.389	0.236	0.253	0.103	0.407	0.192	0.218	0.13	0.46
+23  0.286	0.201	0.0264	0.487	0.233	0.273	0.111	0.383	0.231	0.261	0.0999	0.408	0.186	0.225	0.127	0.461
+24  0.276	0.207	0.0212	0.495	0.228	0.282	0.107	0.383	0.225	0.272	0.0963	0.406	0.179	0.233	0.121	0.466
+25  0.258	0.204	0.0171	0.521	0.213	0.286	0.103	0.398	0.214	0.271	0.0937	0.421	0.166	0.236	0.114	0.484
+26  0.255	0.208	0.0131	0.524	0.207	0.3	0.0997	0.393	0.214	0.274	0.0902	0.421	0.148	0.223	0.102	0.527
+27  0.27	0.208	0.0141	0.508	0.22	0.291	0.116	0.372	0.225	0.275	0.0979	0.403	0.147	0.217	0.127	0.509
+28  0.269	0.21	0.0127	0.508	0.219	0.296	0.116	0.369	0.221	0.282	0.096	0.402	0.143	0.217	0.127	0.514
+29  0.267	0.214	0.0126	0.507	0.221	0.301	0.118	0.36	0.219	0.29	0.0977	0.393	0.139	0.217	0.128	0.516
+30  0.27	0.214	0.0126	0.504	0.223	0.302	0.12	0.354	0.224	0.292	0.097	0.387	0.135	0.215	0.13	0.52
+31  0.273	0.209	0.0136	0.504	0.224	0.299	0.123	0.354	0.23	0.285	0.0997	0.385	0.126	0.203	0.132	0.539
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.cfg
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.cfg	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,48 @@
+# This file contains the list of meta parameters for the coding regions (CDS) which are subject to optimization. 
+# All other meta parameters are chosen as given in the species parameter file. The order 
+# of the parameters determines the order in the optimization process.
+# Basically, different values for these meta parameters are tried out and the ones
+# giving best performance in a cross-validation on the training set are chosen.
+# For each parameter the range of possible values is specified after the parameter
+# name and at least one white space.
+# 3 cases are possible for the range:
+# - an explicit list is given, e.g. protein	"on" "off"
+# - it is an integer range, e.g. window_size	"1"-"5"
+# - it is a range of floating point numbers, e.g. pseudocount	"0.3"_"1.8"
+#
+# 
+# Mario Stanke, 19.12.2006
+#
+
+/Constant/dss_end		"1"-"4"
+/Constant/dss_start		"1"-"3"
+/Constant/ass_start		"1"-"3"
+/Constant/ass_end		"0"-"4"
+/Constant/ass_upwindow_size	"1"-"50"
+/IntronModel/d                  "100"-"950"
+/IntronModel/ass_motif_memory	"0"-"3"
+/IntronModel/ass_motif_radius	"0"-"4"
+/ExonModel/tis_motif_memory	"0"-"3"
+/ExonModel/tis_motif_radius	"0"-"3"
+/Constant/trans_init_window	"0"-"25"
+/Constant/init_coding_len	"0"-"18"
+/ExonModel/patpseudocount	"0.5"_"5"
+/ExonModel/etpseudocount	"0"-"10"
+/ExonModel/etorder		"0"-"3"
+/Constant/intterm_coding_len	"0"-"13"
+/ExonModel/slope_of_bandwidth	"0.05"_"0.6"
+/ExonModel/minwindowcount	"1"-"15"
+/IGenicModel/patpseudocount	"0.5"_"7"
+/IntronModel/patpseudocount	"0.5"_"7"
+/IntronModel/slope_of_bandwidth	"0.05"_"0.6"
+/IntronModel/minwindowcount	"1"-"8"
+/IntronModel/asspseudocount	"0.0005"_"0.03"
+/IntronModel/dsspseudocount	"0.0002"_"0.04"
+/IntronModel/dssneighborfactor  "0.0001"_"0.01"
+/ExonModel/minPatSum		"100"_"600"
+/Constant/probNinCoding         "0.15"_".25"
+/Constant/decomp_num_steps	"1"-"5"
+# comment parameters out that you do not want to be subject of optimization
+#/IGenicModel/k                  "4" "3" "5"
+#/IntronModel/k                  "4" "3" "5"
+#/ExonModel/k                    "4" "3" "5"
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.utr.cfg
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_metapars.utr.cfg	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,30 @@
+# This file contains the list of meta parameters for the Untranslated Regions (UTRs), which are subject to optimization. 
+# All other parameters are chosen as given in the species parameter file. The order 
+# of the parameters determines the order in the optimization process.
+# Basically, different values for these meta parameters are tried out and the ones
+# giving best performance in a cross-validation on the training set are chosen.
+# For each parameter the range of possible values is specified after the parameter
+# name and at least one white space.
+# 3 cases are possible for the range:
+# - an explicit list is given, e.g. protein	"on" "off"
+# - it is an integer range, e.g. window_size	"1"-"5"
+# - it is a range of floating point numbers, e.g. pseudocount	"0.3"_"1.8"
+#
+# 
+# Mario Stanke, 9.5.2008
+#
+
+/UtrModel/prob_polya            "0.0"_"1.0"
+/UtrModel/d_polya_cleavage_min  "6"-"14"
+/UtrModel/d_polya_cleavage_max  "17"-"27"
+/UtrModel/tss_start             "0"-"12"
+/UtrModel/tss_end               "0"-"8"
+/UtrModel/tts_motif_memory      "0"-"2"
+/UtrModel/utr5patternweight     "0.1"_"1.0"
+/UtrModel/utr3patternweight     "0.1"_"1.0"
+/UtrModel/patpseudocount        "1"_"3"
+/UtrModel/tssup_k               "0"-"2"
+/UtrModel/slope_of_bandwidth    "0.2"_"0.4"
+/UtrModel/minwindowcount        "1"-"4"
+#/UtrModel/k                     "2"-"4"
+
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_parameters.cfg
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_parameters.cfg	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,144 @@
+#
+# parameters for all Drosophila versions
+# 
+# date : 11.8.2009
+#
+
+#
+# Properties for augustus
+#------------------------------------
+/augustus/verbosity 3     # 0-3, 0: only print the necessary
+maxDNAPieceSize    200000 # maximum segment that is predicted in one piece
+stopCodonExcludedFromCDS false # make this 'true' if the CDS includes the stop codon (training and prediction)
+
+# gff output options:
+protein             on    # output predicted protein sequence
+codingseq           off   # output the coding sequence
+cds                 on    # output 'cds' as feature for exons
+start               on    # output start codons (translation start)
+stop                on    # output stop codons  (translation stop)
+introns             on    # output introns
+tss                 on    # output transcription start site
+tts                 on    # output transcription termination site
+print_utr           off   # output 5'UTR and 3'UTR lines in addition to exon lines
+
+checkExAcc          off   # internal parameter for extrinsic accuracy
+
+# alternative transcripts and posterior probabilities
+sample                      100   # the number of sampling iterations
+alternatives-from-sampling  false # output alternative transcripts
+minexonintronprob           0.08  # minimal posterior probability of all (coding) exons
+minmeanexonintronprob       0.4   # minimal geometric mean of the posterior probs of introns and exons
+maxtracks                   -1    # maximum number of reported transcripts per gene (-1: no limit)
+keep_viterbi                true  # set to true if all Viterbi transcripts should be reported
+uniqueCDS                   true  # don't report transcripts that differ only in the UTR
+UTR                         on    # predict untranslated regions
+
+#
+# 
+# The rest of the file contains mainly meta parameters used for training.
+#
+
+# global constants
+# ----------------------------
+
+/Constant/trans_init_window           25
+/Constant/ass_upwindow_size           32
+/Constant/ass_start                   1
+/Constant/ass_end                     4
+/Constant/dss_start                   3
+/Constant/dss_end                     4
+/Constant/init_coding_len	      9
+/Constant/intterm_coding_len	      0
+/Constant/tss_upwindow_size           45
+/Constant/decomp_num_at               1
+/Constant/decomp_num_gc               1
+/Constant/gc_range_min		      0.32   # This range has an effect only when decomp_num_steps>1. 
+/Constant/gc_range_max                0.50   # States the minimal and maximal percentage of c or g
+/Constant/decomp_num_steps            1      # I recommend keeping this to 1 for most species.
+/Constant/min_coding_len              201    # no gene with a coding sequence shorter than this is predicted
+/Constant/probNinCoding               0.23   # divide this by .25 to get a malus for making one masked letter part of the coding sequence
+/Constant/amberprob                   0.34   # Prob(stop codon = tag), if 0 tag is assumed to code for amino acid
+/Constant/ochreprob                   0.41   # Prob(stop codon = taa), if 0 taa is assumed to code for amino acid
+/Constant/opalprob                    0.25   # Prob(stop codon = tga), if 0 tga is assumed to code for amino acid
+/Constant/subopt_transcript_threshold 0.7
+/Constant/almost_identical_maxdiff    10
+
+# type of weighing, one of  1 = equalWeights, 2 = gcContentClasses, 3 = multiNormalKernel
+/BaseCount/weighingType    3
+# file with the weight matrix (only for multiNormalKernel type weighing)
+/BaseCount/weightMatrixFile   fly_weightmatrix.txt # change this to your species if at all necessary
+
+# Properties for IGenicModel
+# ----------------------------
+/IGenicModel/verbosity      0
+/IGenicModel/infile         fly_igenic_probs.pbl   # change this and the other five filenames *_probs.pbl below to your species
+/IGenicModel/outfile        fly_igenic_probs.pbl
+/IGenicModel/patpseudocount 5.0
+/IGenicModel/k              4        # order of the Markov chain for content model, keep equal to /ExonModel/k
+
+# Properties for ExonModel
+# ----------------------------
+/ExonModel/verbosity          3
+/ExonModel/infile             fly_exon_probs.pbl
+/ExonModel/outfile            fly_exon_probs.pbl
+/ExonModel/patpseudocount     5.0
+/ExonModel/minPatSum          350
+/ExonModel/k                  4       # order of the Markov chain for content model
+/ExonModel/etorder	      2
+/ExonModel/etpseudocount      3
+/ExonModel/exonlengthD        3000    # beyond this the distribution is geometric
+/ExonModel/maxexonlength      15000
+/ExonModel/slope_of_bandwidth 0.3
+/ExonModel/minwindowcount     8
+/ExonModel/tis_motif_memory   3
+/ExonModel/tis_motif_radius   2
+ 
+# Properties for IntronModel
+# ----------------------------
+/IntronModel/verbosity          0
+/IntronModel/infile             fly_intron_probs.pbl
+/IntronModel/outfile            fly_intron_probs.pbl
+/IntronModel/patpseudocount     5.0
+/IntronModel/k                  4     # order of the Markov chain for content model, keep equal to /ExonModel/k
+/IntronModel/slope_of_bandwidth 0.4
+/IntronModel/minwindowcount     3
+/IntronModel/asspseudocount     0.01
+/IntronModel/dsspseudocount     0.01015
+/IntronModel/dssneighborfactor  0.001
+#/IntronModel/splicefile         fly_splicefile.txt # this optional file contains additional windows around splice sites for training, uncomment if you have one
+/IntronModel/sf_with_motif	false           # if true the splice file is also used to train the branch point region
+/IntronModel/d                  929  # constraint: this must be larger than 4 + /Constant/dss_end + /Constant/ass_upwindow_size + /Constant/ass_start
+/IntronModel/ass_motif_memory   1
+/IntronModel/ass_motif_radius   4
+
+# Properties for UtrModel
+# ----------------------------
+/UtrModel/verbosity             3
+/UtrModel/infile                fly_utr_probs.pbl
+/UtrModel/outfile               fly_utr_probs.pbl
+/UtrModel/k                     4
+/UtrModel/utr5patternweight     0.3    #0.7625
+/UtrModel/utr3patternweight     0.3   #0.5
+/UtrModel/patpseudocount        1
+/UtrModel/tssup_k               1
+/UtrModel/tssup_patpseudocount  1
+/UtrModel/slope_of_bandwidth    0.25
+/UtrModel/minwindowcount        1
+/UtrModel/exonlengthD           800
+/UtrModel/maxexonlength         1200
+/UtrModel/max3singlelength      2000    # excludes roughly 1%
+/UtrModel/max3termlength        1200    # excludes ~ 0.3%
+/UtrModel/tss_start             8
+/UtrModel/tss_end               5
+/UtrModel/tata_start            2
+/UtrModel/tata_end              10
+/UtrModel/tata_pseudocount      2
+/UtrModel/d_tss_tata_min        26      # minimal distance between start of tata box (if existent) and tss 
+/UtrModel/d_tss_tata_max        37      # maximal distance between start of tata box (if existent) and tss
+/UtrModel/polyasig_consensus    aataaa  # polyadenylation signal training not fully automated yet
+/UtrModel/d_polyasig_cleavage   14      # the transcription end is predicted this many bases after the polyadenylation signal
+/UtrModel/d_polya_cleavage_min  9
+/UtrModel/d_polya_cleavage_max  35
+/UtrModel/prob_polya            0.95
+/UtrModel/tts_motif_memory      1
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_utr_probs.pbl
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_utr_probs.pbl	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,7137 @@
+# UTR model parameters
+# begin of content independent part
+
+# Length distributions
+[UTRLENGTH]
+# maximal individually stored length probability d=
+800
+# slope of smoothing bandwidth =
+0.25
+# smoothing minwindowcount =
+1
+# length 5' sing  5' init  5' int  5' term  3' sing  3' init  3' int  3' term 
+# total number of exons of above types
+      6188      1995       342      1995      7966       178        69       178
+# number of exons exceeding length d=800
+        81        32         6        27       823         7         7        48
+# 1000 P(len=k), k=0,1,..., 800
+0	0.681	5.07e-15	4.35e-06	4.62	0.00284	5.75	3.2e-18	0
+1	1.82	9.16e-12	0.000391	10.5	0.0358	10.4	1.04e-17	0
+2	2.76	6.1e-09	0.013	13	0.178	8.35	3.54e-17	0
+3	3.13	1.49e-06	0.158	12.5	0.405	6.03	1.32e-16	0
+4	3.51	0.000135	0.708	12.6	0.599	9.23	5.19e-16	2.83e-20
+5	3.55	0.00451	1.17	13.8	0.682	15.3	2.13e-15	2.89e-18
+6	2.95	0.0564	0.708	15	0.512	20.4	8.93e-15	2.29e-16
+7	2.5	0.272	0.158	15.4	0.296	18.5	3.83e-14	1.42e-14
+8	2.56	0.548	0.013	15.3	0.27	12.9	1.67e-13	6.84e-13
+9	3.12	0.566	0.000391	14.5	0.332	11.6	7.41e-13	2.57e-11
+10	3.83	0.407	4.35e-06	13.6	0.267	11.3	3.35e-12	7.5e-10
+11	4.27	0.328	1.78e-08	12.2	0.252	7.9	1.54e-11	1.71e-08
+12	4.37	0.472	5.42e-11	9.93	0.347	6.71	7.12e-11	3.03e-07
+13	4.42	0.528	8.34e-10	8.9	0.549	8.5	3.31e-10	4.18e-06
+14	4.28	0.326	3.63e-08	9.1	0.796	6.71	1.53e-09	4.49e-05
+15	4.04	0.333	4.68e-06	9.88	0.875	4.29	7.03e-09	0.000376
+16	4.33	0.612	0.000396	11.4	0.938	6.01	3.21e-08	0.00245
+17	4.51	0.867	0.013	12.8	1.03	9.28	1.46e-07	0.0124
+18	4.07	1.1	0.159	12.8	1.03	11	6.62e-07	0.0492
+19	3.76	1.22	0.723	11.3	0.904	11.6	2.99e-06	0.152
+20	3.96	1.21	1.34	10.7	0.878	12.3	1.32e-05	0.364
+21	4.31	1.12	1.51	11	1.11	13.6	5.6e-05	0.68
+22	4.45	1.4	1.86	10.3	1.38	12.8	0.000224	0.989
+23	4.75	2.06	2.7	8.37	1.36	8.55	0.000833	1.12
+24	4.76	2.19	3.68	6.7	1.25	5.92	0.00284	0.994
+25	4.68	2.04	3.45	6	1.2	6.15	0.00881	0.7
+26	4.47	2.06	3.12	6.21	1.14	7.01	0.0248	0.434
+27	4.28	2.35	3.29	6.62	1.1	7.47	0.0629	0.352
+28	4.83	3.68	3.35	6.53	0.986	7.33	0.144	0.514
+29	5.98	4.63	3.25	5.68	0.939	6.87	0.296	0.878
+30	6.15	4.11	3.2	4.95	1.15	6.45	0.549	1.3
+31	5.15	3.31	3.23	5.2	1.46	6.14	0.918	1.57
+32	4.9	2.94	3.22	5.98	1.72	5.79	1.39	1.59
+33	5.97	2.5	3.03	6.3	1.94	5.34	1.9	1.39
+34	7.15	2.36	2.73	6.51	2.02	4.96	2.37	1.11
+35	7.24	2.86	2.53	7.51	2.19	4.8	2.73	0.859
+36	6.12	2.78	2.52	7.26	2.39	4.86	2.94	0.648
+37	4.95	2.05	2.64	5.47	2.29	5.02	3.02	0.466
+38	4.34	1.81	2.72	4.59	2.15	5.19	3.05	0.311
+39	4.11	2.08	2.69	4.74	2.11	5.32	3.09	0.189
+40	4.19	2.33	2.7	4.96	2	5.39	3.19	0.107
+41	4.29	2.47	2.95	4.98	1.85	5.44	3.36	0.0591
+42	4.22	2.58	3.52	4.91	1.87	5.48	3.59	0.0393
+43	4.26	2.73	4.35	4.84	2.07	5.58	3.84	0.0391
+44	4.69	2.92	5.33	4.86	2.23	5.78	4.08	0.0537
+45	4.43	3.1	6.32	4.93	2.3	6.09	4.29	0.0815
+46	3.6	3.22	7.22	4.96	2.25	6.51	4.48	0.123
+47	3.46	3.29	7.94	4.92	2	6.99	4.64	0.18
+48	3.87	3.39	8.42	4.86	2	7.48	4.78	0.254
+49	4.21	3.6	8.62	4.87	2.27	7.91	4.91	0.344
+50	4.36	4.01	8.54	4.94	2.5	8.23	5.04	0.448
+51	4.41	4.55	8.25	4.98	2.62	8.41	5.18	0.562
+52	4.46	5.04	7.86	4.89	2.68	8.41	5.31	0.679
+53	4.62	5.25	7.47	4.66	2.73	8.23	5.42	0.79
+54	4.92	5.08	7.17	4.36	2.8	7.87	5.5	0.887
+55	5.31	4.64	6.98	4.12	2.9	7.36	5.54	0.963
+56	5.61	4.19	6.89	4	3.07	6.75	5.53	1.01
+57	5.7	3.93	6.85	4.03	3.3	6.11	5.46	1.03
+58	5.54	3.92	6.83	4.14	3.53	5.48	5.33	1.03
+59	5.29	4.03	6.8	4.25	3.69	4.93	5.17	1.01
+60	5.13	4.16	6.75	4.3	3.76	4.48	4.97	0.984
+61	5.16	4.24	6.66	4.28	3.79	4.14	4.74	0.955
+62	5.35	4.23	6.53	4.19	3.8	3.89	4.52	0.934
+63	5.63	4.14	6.37	4.05	3.79	3.7	4.29	0.927
+64	5.92	4	6.18	3.88	3.77	3.55	4.1	0.937
+65	6.16	3.84	5.96	3.72	3.79	3.4	3.93	0.965
+66	6.28	3.71	5.74	3.62	3.87	3.24	3.8	1.01
+67	6.2	3.64	5.51	3.59	3.99	3.07	3.72	1.06
+68	5.92	3.63	5.3	3.64	4.07	2.88	3.68	1.13
+69	5.57	3.68	5.09	3.72	4.04	2.7	3.68	1.19
+70	5.32	3.74	4.91	3.79	3.89	2.52	3.73	1.25
+71	5.27	3.79	4.73	3.8	3.7	2.35	3.8	1.31
+72	5.39	3.8	4.57	3.73	3.58	2.2	3.9	1.36
+73	5.62	3.78	4.42	3.59	3.56	2.06	4.01	1.4
+74	5.85	3.76	4.28	3.42	3.6	1.94	4.12	1.44
+75	6.06	3.76	4.15	3.27	3.65	1.83	4.22	1.47
+76	6.24	3.81	4.04	3.16	3.68	1.74	4.31	1.5
+77	6.38	3.89	3.95	3.1	3.68	1.66	4.38	1.52
+78	6.47	3.99	3.9	3.06	3.69	1.6	4.42	1.55
+79	6.5	4.1	3.88	3.03	3.7	1.55	4.43	1.58
+80	6.47	4.2	3.91	2.99	3.73	1.52	4.42	1.62
+81	6.4	4.27	3.98	2.94	3.76	1.52	4.38	1.66
+82	6.32	4.32	4.08	2.87	3.8	1.54	4.32	1.7
+83	6.24	4.34	4.21	2.79	3.82	1.59	4.24	1.75
+84	6.19	4.34	4.35	2.71	3.83	1.66	4.15	1.8
+85	6.17	4.33	4.48	2.64	3.83	1.75	4.05	1.86
+86	6.18	4.29	4.6	2.59	3.84	1.85	3.95	1.9
+87	6.18	4.24	4.69	2.54	3.87	1.95	3.85	1.94
+88	6.16	4.16	4.75	2.51	3.93	2.05	3.76	1.98
+89	6.07	4.07	4.77	2.5	4.02	2.15	3.68	2
+90	5.93	3.96	4.76	2.5	4.12	2.23	3.61	2.01
+91	5.74	3.85	4.71	2.51	4.21	2.3	3.56	2.01
+92	5.53	3.74	4.65	2.53	4.26	2.35	3.51	1.99
+93	5.37	3.65	4.56	2.57	4.23	2.37	3.48	1.96
+94	5.27	3.58	4.47	2.62	4.11	2.37	3.45	1.92
+95	5.25	3.54	4.37	2.69	3.94	2.35	3.43	1.87
+96	5.27	3.54	4.26	2.75	3.76	2.32	3.41	1.81
+97	5.31	3.57	4.16	2.81	3.61	2.26	3.39	1.75
+98	5.33	3.62	4.06	2.87	3.51	2.19	3.37	1.68
+99	5.31	3.7	3.96	2.91	3.45	2.11	3.34	1.61
+100	5.25	3.78	3.86	2.93	3.42	2.03	3.3	1.54
+101	5.16	3.86	3.76	2.93	3.39	1.94	3.26	1.47
+102	5.06	3.94	3.65	2.91	3.36	1.85	3.2	1.4
+103	4.97	3.99	3.55	2.88	3.31	1.77	3.14	1.33
+104	4.89	4.02	3.45	2.82	3.25	1.68	3.08	1.27
+105	4.84	4.02	3.36	2.76	3.2	1.61	3.01	1.21
+106	4.81	3.98	3.27	2.69	3.16	1.54	2.94	1.16
+107	4.8	3.92	3.19	2.61	3.15	1.47	2.87	1.11
+108	4.78	3.83	3.12	2.53	3.16	1.41	2.8	1.07
+109	4.74	3.72	3.06	2.46	3.19	1.36	2.74	1.03
+110	4.66	3.6	3.01	2.4	3.24	1.31	2.68	0.992
+111	4.55	3.49	2.97	2.35	3.3	1.26	2.64	0.963
+112	4.4	3.39	2.94	2.31	3.35	1.22	2.6	0.938
+113	4.23	3.31	2.92	2.28	3.39	1.19	2.58	0.919
+114	4.05	3.25	2.9	2.27	3.41	1.15	2.57	0.905
+115	3.88	3.22	2.89	2.26	3.41	1.12	2.57	0.896
+116	3.73	3.21	2.88	2.25	3.39	1.08	2.59	0.892
+117	3.61	3.22	2.87	2.25	3.35	1.05	2.62	0.892
+118	3.53	3.24	2.85	2.24	3.31	1.02	2.66	0.897
+119	3.47	3.27	2.84	2.23	3.27	0.996	2.71	0.906
+120	3.44	3.3	2.83	2.21	3.24	0.97	2.77	0.919
+121	3.41	3.34	2.81	2.19	3.22	0.947	2.84	0.935
+122	3.39	3.37	2.79	2.15	3.21	0.926	2.91	0.954
+123	3.36	3.41	2.77	2.11	3.2	0.908	2.99	0.976
+124	3.33	3.43	2.75	2.07	3.2	0.895	3.08	0.999
+125	3.29	3.46	2.73	2.02	3.19	0.885	3.17	1.02
+126	3.25	3.49	2.7	1.97	3.18	0.88	3.26	1.05
+127	3.21	3.52	2.68	1.92	3.16	0.88	3.35	1.08
+128	3.16	3.55	2.66	1.87	3.13	0.884	3.44	1.1
+129	3.13	3.58	2.65	1.83	3.11	0.893	3.53	1.13
+130	3.09	3.62	2.64	1.8	3.08	0.907	3.62	1.15
+131	3.05	3.67	2.63	1.77	3.05	0.925	3.7	1.18
+132	3	3.72	2.63	1.74	3.03	0.947	3.78	1.2
+133	2.95	3.78	2.63	1.72	3.01	0.972	3.86	1.22
+134	2.89	3.83	2.64	1.71	2.98	1	3.93	1.24
+135	2.83	3.88	2.66	1.69	2.96	1.03	4	1.26
+136	2.76	3.93	2.68	1.68	2.93	1.06	4.07	1.28
+137	2.68	3.97	2.7	1.67	2.89	1.09	4.13	1.3
+138	2.62	4	2.73	1.66	2.85	1.13	4.18	1.31
+139	2.55	4.01	2.76	1.65	2.8	1.16	4.22	1.33
+140	2.5	4	2.8	1.64	2.75	1.19	4.27	1.34
+141	2.45	3.98	2.83	1.62	2.69	1.22	4.3	1.36
+142	2.42	3.94	2.86	1.61	2.63	1.24	4.33	1.37
+143	2.39	3.89	2.89	1.6	2.58	1.27	4.35	1.38
+144	2.36	3.83	2.92	1.59	2.54	1.29	4.36	1.39
+145	2.34	3.76	2.95	1.58	2.51	1.31	4.37	1.4
+146	2.32	3.68	2.97	1.58	2.48	1.33	4.38	1.41
+147	2.29	3.59	2.99	1.58	2.47	1.35	4.37	1.42
+148	2.26	3.51	3	1.59	2.47	1.36	4.36	1.44
+149	2.23	3.43	3	1.6	2.47	1.38	4.35	1.45
+150	2.2	3.35	3.01	1.62	2.49	1.39	4.33	1.46
+151	2.17	3.27	3	1.64	2.5	1.4	4.3	1.48
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+153	2.1	3.15	2.98	1.71	2.53	1.42	4.23	1.5
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+#
+# AATAAA/TGTAA box probabilities
+[AATAAA]
+# Size of vector
+4096
+# Probabilities
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+tataaa	0.0534
+# end of content independent part
+[1]
+# (a,c,g,t)= (0.295, 0.205, 0.205, 0.295)
+#
+# Probabilities file for the UTR model
+#
+#
+
+#
+# The emission probabilities of single and initial 5' UTR exons
+#
+[EMISSION-5INITIAL]
+# size of the emission vector
+1024
+#k=
+4
+# patpseudo : pseudocount for sequence patterns
+1
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+#	tcgga	11229
+#	tcggc	8653
+#	tcggg	6651
+#	tcggt	8930
+#	tcgta	17754
+#	tcgtc	9611
+#	tcgtg	8692
+#	tcgtt	19883
+#	tctaa	28931
+#	tctac	14963
+#	tctag	15544
+#	tctat	27575
+#	tctca	15010
+#	tctcc	10012
+#	tctcg	8752
+#	tctct	16989
+#	tctga	13952
+#	tctgc	13359
+#	tctgg	9620
+#	tctgt	22211
+#	tctta	24104
+#	tcttc	15702
+#	tcttg	15462
+#	tcttt	30136
+#	tgaaa	57429
+#	tgaac	20711
+#	tgaag	19309
+#	tgaat	42433
+#	tgaca	14993
+#	tgacc	9618
+#	tgacg	7630
+#	tgact	12628
+#	tgaga	17903
+#	tgagc	12698
+#	tgagg	8494
+#	tgagt	14351
+#	tgata	29231
+#	tgatc	14140
+#	tgatg	19007
+#	tgatt	36137
+#	tgcaa	39854
+#	tgcac	15703
+#	tgcag	18307
+#	tgcat	32925
+#	tgcca	21317
+#	tgccc	11056
+#	tgccg	9205
+#	tgcct	14052
+#	tgcga	15154
+#	tgcgc	9711
+#	tgcgg	8441
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+#	tgcta	18321
+#	tgctc	12813
+#	tgctg	17066
+#	tgctt	22462
+#	tggaa	25213
+#	tggac	10492
+#	tggag	15442
+#	tggat	19656
+#	tggca	18766
+#	tggcc	12999
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+#	tggtc	8322
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+#	tgtaa	60334
+#	tgtac	31563
+#	tgtag	21488
+#	tgtat	60833
+#	tgtca	15064
+#	tgtcc	12074
+#	tgtcg	9810
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+#	tgtgt	38847
+#	tgtta	39827
+#	tgttc	20120
+#	tgttg	28412
+#	tgttt	59615
+#	ttaaa	98393
+#	ttaac	37844
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+#	ttaca	35427
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+#	ttact	27887
+#	ttaga	26242
+#	ttagc	25589
+#	ttagg	15905
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+#	ttata	69425
+#	ttatc	25253
+#	ttatg	36600
+#	ttatt	83057
+#	ttcaa	44750
+#	ttcac	17442
+#	ttcag	18028
+#	ttcat	31444
+#	ttcca	27485
+#	ttccc	15594
+#	ttccg	12037
+#	ttcct	17921
+#	ttcga	25221
+#	ttcgc	14965
+#	ttcgg	11310
+#	ttcgt	20239
+#	ttcta	28351
+#	ttctc	16356
+#	ttctg	18660
+#	ttctt	32422
+#	ttgaa	47499
+#	ttgac	14608
+#	ttgag	17968
+#	ttgat	36555
+#	ttgca	31476
+#	ttgcc	17850
+#	ttgcg	12080
+#	ttgct	22771
+#	ttgga	20302
+#	ttggc	17146
+#	ttggg	11267
+#	ttggt	16683
+#	ttgta	64460
+#	ttgtc	18109
+#	ttgtg	29654
+#	ttgtt	61476
+#	tttaa	101164
+#	tttac	38483
+#	tttag	41333
+#	tttat	89923
+#	tttca	39758
+#	tttcc	27803
+#	tttcg	26520
+#	tttct	36657
+#	tttga	41172
+#	tttgc	30519
+#	tttgg	24062
+#	tttgt	71057
+#	tttta	94640
+#	ttttc	46611
+#	ttttg	62333
+#	ttttt	128813
+
+#
+# The emission probabilities of the tss upwindow
+#
+[EMISSION-TSSUPWIN]
+# size of the emission vector
+16
+#tssup_k=
+1
+# patpseudo : pseudocount for sequence patterns
+1
+aa	0.326
+ac	0.195
+ag	0.204
+at	0.275
+ca	0.306
+cc	0.2
+cg	0.248
+ct	0.245
+ga	0.245
+gc	0.298
+gg	0.193
+gt	0.264
+ta	0.212
+tc	0.219
+tg	0.221
+tt	0.347
+
+# motif around the TSS of TATA-less promoters
+[TSSMOTIF]
+# width of motif, n=
+13
+# order of markov model, k=
+0
+# markov chain emission probabilities
+ 0  0.268	0.227	0.222	0.283
+ 1  0.257	0.23	0.22	0.293
+ 2  0.279	0.234	0.216	0.27
+ 3  0.271	0.238	0.214	0.278
+ 4  0.285	0.237	0.216	0.261
+ 5  0.263	0.214	0.229	0.295
+ 6  0.249	0.223	0.195	0.332
+ 7  0.162	0.309	0.241	0.288
+ 8  0.406	0.252	0.193	0.15
+ 9  0.275	0.199	0.233	0.293
+10  0.275	0.194	0.165	0.365
+11  0.294	0.215	0.182	0.308
+12  0.283	0.207	0.228	0.282
+
+# motif around the TSS of TATA promoters
+[TSSMOTIFTATA]
+# width of motif, n=
+13
+# order of markov model, k=
+0
+# markov chain emission probabilities
+ 0  0.293	0.245	0.261	0.201
+ 1  0.32	0.188	0.298	0.193
+ 2  0.3	0.216	0.248	0.237
+ 3  0.301	0.216	0.213	0.271
+ 4  0.314	0.254	0.221	0.211
+ 5  0.293	0.174	0.264	0.269
+ 6  0.235	0.172	0.213	0.38
+ 7  0.15	0.422	0.116	0.312
+ 8  0.501	0.174	0.208	0.118
+ 9  0.256	0.211	0.229	0.304
+10  0.264	0.225	0.113	0.398
+11  0.329	0.222	0.121	0.329
+12  0.312	0.195	0.213	0.28
+
+# tata box motif 
+[TATAMOTIF]
+# width of motif, n=
+12
+# order of markov model, k=
+0
+# markov chain emission probabilities
+ 0  0.21	0.237	0.381	0.173
+ 1  0.19	0.341	0.336	0.133
+ 2  0.0032	0.0032	0.0032	0.99
+ 3  0.99	0.0032	0.0032	0.0032
+ 4  0.0032	0.0032	0.0032	0.99
+ 5  0.99	0.0032	0.0032	0.0032
+ 6  0.637	0.0432	0.0272	0.293
+ 7  0.99	0.0032	0.0032	0.0032
+ 8  0.602	0.0592	0.0576	0.282
+ 9  0.37	0.0976	0.386	0.147
+10  0.202	0.315	0.312	0.171
+11  0.254	0.283	0.278	0.184
+
+# motif after polyA signal
+[TTSMOTIF]
+# width of motif, n=
+14
+# order of markov model, k=
+1
+# markov chain emission probabilities
+ 0  0.368	0.167	0.147	0.317	0.414	0.134	0.181	0.27	0.365	0.182	0.115	0.337	0.342	0.126	0.224	0.308
+ 1  0.368	0.17	0.139	0.323	0.41	0.145	0.177	0.268	0.338	0.199	0.106	0.358	0.323	0.136	0.21	0.33
+ 2  0.397	0.173	0.114	0.316	0.425	0.149	0.173	0.252	0.35	0.19	0.106	0.353	0.335	0.13	0.198	0.337
+ 3  0.42	0.159	0.102	0.319	0.437	0.152	0.165	0.246	0.359	0.191	0.102	0.348	0.329	0.124	0.176	0.371
+ 4  0.452	0.148	0.104	0.296	0.446	0.147	0.159	0.248	0.386	0.187	0.1	0.328	0.337	0.114	0.167	0.382
+ 5  0.455	0.141	0.107	0.297	0.435	0.143	0.159	0.263	0.375	0.194	0.0979	0.333	0.324	0.115	0.162	0.399
+ 6  0.453	0.144	0.11	0.292	0.421	0.15	0.156	0.274	0.362	0.2	0.104	0.334	0.323	0.118	0.158	0.4
+ 7  0.453	0.145	0.11	0.292	0.422	0.158	0.145	0.275	0.365	0.194	0.109	0.333	0.325	0.121	0.154	0.401
+ 8  0.454	0.145	0.109	0.292	0.427	0.165	0.132	0.276	0.372	0.197	0.112	0.319	0.329	0.119	0.158	0.394
+ 9  0.454	0.153	0.106	0.288	0.435	0.156	0.131	0.278	0.371	0.197	0.107	0.325	0.331	0.118	0.166	0.385
+10  0.451	0.155	0.104	0.29	0.424	0.154	0.145	0.276	0.361	0.194	0.105	0.34	0.336	0.116	0.169	0.379
+11  0.457	0.157	0.102	0.284	0.427	0.156	0.147	0.271	0.359	0.199	0.105	0.337	0.343	0.117	0.165	0.376
+12  0.461	0.149	0.103	0.287	0.432	0.168	0.145	0.255	0.364	0.21	0.106	0.32	0.348	0.12	0.162	0.37
+13  0.467	0.144	0.101	0.287	0.447	0.171	0.135	0.247	0.364	0.225	0.111	0.3	0.347	0.122	0.162	0.369
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_weightmatrix.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/augustus/fly_weightmatrix.txt	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,23 @@
+# 
+# This file contains a matrix used for weighing the training sequences
+# when given an input sequence. Let z = (da, dc, dg, dt) be the vector
+# containing the differences in the relative nucleotide frequencies of
+# two sequences, the input sequence and a training sequence.
+# Then the training sequence has weight proportional to 
+#
+# exp ( - z M z^t)
+#
+# with M being the matrix specified below.
+# If M is nonsingular, then (apart from a two normalizing factors) M
+# is the inverse of the covariance matrix of a multinormal
+# distribution - the kernel for the estimation.
+
+
+# this matrix is gc-content only, i.e. 
+# weight = 10 * exp (-200 * (dc + dg))^2)
+# in particular weight <= 10
+0      0      0             0
+0      200    0             0
+0      0      200           0
+0      0      0             0
+
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/trained_species/fly/info.json
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/trained_species/fly/info.json	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"augustus": [{"version": "AUGUSTUS (3.3.3)", "source": "augustus pre-trained", "date": "2021-07-19", "path": "/tmp/prout/trained_species/fly/augustus"}], "genemark": [{}], "codingquarry": [{}], "snap": [{}], "glimmerhmm": [{}]}
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/uniprot.dmnd
Binary file test-data/funannotate_db/uniprot.dmnd has changed
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/funannotate_db/uniprot_sprot.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/funannotate_db/uniprot_sprot.fasta	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,83 @@
+>sp|Q6GZX4|001R_FRG3G Putative transcription factor 001R OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) OX=654924 GN=FV3-001R PE=4 SV=1
+MAFSAEDVLKEYDRRRRMEALLLSLYYPNDRKLLDYKEWSPPRVQVECPKAPVEWNNPPS
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+AKIKAYNLTVEGVEGFVRYSRVTKQHVAAFLKELRHSKQYENVNLIHYILTDKRVDIQHL
+EKDLVKDFKALVESAHRMRQGHMINVKYILYQLLKKHGHGPDGPDILTVKTGSKGVLYDD
+SFRKIYTDLGWKFTPL
+>sp|Q6GZX3|002L_FRG3G Uncharacterized protein 002L OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) OX=654924 GN=FV3-002L PE=4 SV=1
+MSIIGATRLQNDKSDTYSAGPCYAGGCSAFTPRGTCGKDWDLGEQTCASGFCTSQPLCAR
+IKKTQVCGLRYSSKGKDPLVSAEWDSRGAPYVRCTYDADLIDTQAQVDQFVSMFGESPSL
+AERYCMRGVKNTAGELVSRVSSDADPAGGWCRKWYSAHRGPDQDAALGSFCIKNPGAADC
+KCINRASDPVYQKVKTLHAYPDQCWYVPCAADVGELKMGTQRDTPTNCPTQVCQIVFNML
+DDGSVTMDDVKNTINCDFSKYVPPPPPPKPTPPTPPTPPTPPTPPTPPTPPTPRPVHNRK
+VMFFVAGAVLVAILISTVRW
+>sp|Q197F8|002R_IIV3 Uncharacterized protein 002R OS=Invertebrate iridescent virus 3 OX=345201 GN=IIV3-002R PE=4 SV=1
+MASNTVSAQGGSNRPVRDFSNIQDVAQFLLFDPIWNEQPGSIVPWKMNREQALAERYPEL
+QTSEPSEDYSGPVESLELLPLEIKLDIMQYLSWEQISWCKHPWLWTRWYKDNVVRVSAIT
+FEDFQREYAFPEKIQEIHFTDTRAEEIKAILETTPNVTRLVIRRIDDMNYNTHGDLGLDD
+LEFLTHLMVEDACGFTDFWAPSLTHLTIKNLDMHPRWFGPVMDGIKSMQSTLKYLYIFET
+YGVNKPFVQWCTDNIETFYCTNSYRYENVPRPIYVWVLFQEDEWHGYRVEDNKFHRRYMY
+STILHKRDTDWVENNPLKTPAQVEMYKFLLRISQLNRDGTGYESDSDPENEHFDDESFSS
+GEEDSSDEDDPTWAPDSDDSDWETETEEEPSVAARILEKGKLTITNLMKSLGFKPKPKKI
+QSIDRYFCSLDSNYNSEDEDFEYDSDSEDDDSDSEDDC
+>sp|Q197F7|003L_IIV3 Uncharacterized protein 003L OS=Invertebrate iridescent virus 3 OX=345201 GN=IIV3-003L PE=4 SV=1
+MYQAINPCPQSWYGSPQLEREIVCKMSGAPHYPNYYPVHPNALGGAWFDTSLNARSLTTT
+PSLTTCTPPSLAACTPPTSLGMVDSPPHINPPRRIGTLCFDFGSAKSPQRCECVASDRPS
+TTSNTAPDTYRLLITNSKTRKNNYGTCRLEPLTYGI
+>sp|Q6GZX2|003R_FRG3G Uncharacterized protein 3R OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) OX=654924 GN=FV3-003R PE=3 SV=1
+MARPLLGKTSSVRRRLESLSACSIFFFLRKFCQKMASLVFLNSPVYQMSNILLTERRQVD
+RAMGGSDDDGVMVVALSPSDFKTVLGSALLAVERDMVHVVPKYLQTPGILHDMLVLLTPI
+FGEALSVDMSGATDVMVQQIATAGFVDVDPLHSSVSWKDNVSCPVALLAVSNAVRTMMGQ
+PCQVTLIIDVGTQNILRDLVNLPVEMSGDLQVMAYTKDPLGKVPAVGVSVFDSGSVQKGD
+AHSVGAPDGLVSFHTHPVSSAVELNYHAGWPSNVDMSSLLTMKNLMHVVVAEEGLWTMAR
+TLSMQRLTKVLTDAEKDVMRAAAFNLFLPLNELRVMGTKDSNNKSLKTYFEVFETFTIGA
+LMKHSGVTPTAFVDRRWLDNTIYHMGFIPWGRDMRFVVEYDLDGTNPFLNTVPTLMSVKR
+KAKIQEMFDNMVSRMVTS
+>sp|Q6GZX1|004R_FRG3G Uncharacterized protein 004R OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) OX=654924 GN=FV3-004R PE=4 SV=1
+MNAKYDTDQGVGRMLFLGTIGLAVVVGGLMAYGYYYDGKTPSSGTSFHTASPSFSSRYRY
+>sp|Q197F5|005L_IIV3 Uncharacterized protein 005L OS=Invertebrate iridescent virus 3 OX=345201 GN=IIV3-005L PE=3 SV=1
+MRYTVLIALQGALLLLLLIDDGQGQSPYPYPGMPCNSSRQCGLGTCVHSRCAHCSSDGTL
+CSPEDPTMVWPCCPESSCQLVVGLPSLVNHYNCLPNQCTDSSQCPGGFGCMTRRSKCELC
+KADGEACNSPYLDWRKDKECCSGYCHTEARGLEGVCIDPKKIFCTPKNPWQLAPYPPSYH
+QPTTLRPPTSLYDSWLMSGFLVKSTTAPSTQEEEDDY
+>sp|Q6GZX0|005R_FRG3G Uncharacterized protein 005R OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) OX=654924 GN=FV3-005R PE=4 SV=1
+MQNPLPEVMSPEHDKRTTTPMSKEANKFIRELDKKPGDLAVVSDFVKRNTGKRLPIGKRS
+NLYVRICDLSGTIYMGETFILESWEELYLPEPTKMEVLGTLESCCGIPPFPEWIVMVGED
+QCVYAYGDEEILLFAYSVKQLVEEGIQETGISYKYPDDISDVDEEVLQQDEEIQKIRKKT
+REFVDKDAQEFQDFLNSLDASLLS
+>sp|Q91G88|006L_IIV6 Putative KilA-N domain-containing protein 006L OS=Invertebrate iridescent virus 6 OX=176652 GN=IIV6-006L PE=3 SV=1
+MDSLNEVCYEQIKGTFYKGLFGDFPLIVDKKTGCFNATKLCVLGGKRFVDWNKTLRSKKL
+IQYYETRCDIKTESLLYEIKGDNNDEITKQITGTYLPKEFILDIASWISVEFYDKCNNII
+>fcresfdr
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+Discrepancy Report Results
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+Detailed Report
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diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/predict_augustus/Genus_species.error.summary.txt
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+++ b/test-data/predict_augustus/Genus_species.error.summary.txt	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+     2 WARNING: SEQ_FEAT.ShortExon
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/predict_augustus/Genus_species.gbk
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/predict_augustus/Genus_species.gbk	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,4258 @@
+LOCUS       sample                215740 bp    DNA     linear       21-JUL-2021
+DEFINITION  Genus species.
+ACCESSION   
+VERSION
+KEYWORDS    .
+SOURCE      Genus species
+  ORGANISM  Genus species
+            Unclassified.
+REFERENCE   1  (bases 1 to 215740)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
+COMMENT     'Annotated using 1.8.7'.
+FEATURES             Location/Qualifiers
+     source          1..215740
+                     /organism="Genus species"
+                     /mol_type="genomic DNA"
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+                     KGLADDPEVEATNMARLNTLEQEYEKLQRLIATTEAQNKKLNYNMNNLVVQYNADEKE
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+                     FELTAQLLGKNEDGSIMTSTQLKVVSAQERQMLADEGDALNKKVLKAEKEVVALENTL
+                     RQFDKSNDNYRKTFRSVDENSKGEL"
+     gene            complement(14247..15214)
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+                     VNYLKLPDYSSREVMRQKLKVAANEGSMSFHLS"
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+                     /locus_tag="FUN_000006"
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+                     GTFTAVVRMLSLMCCSCPDLAISLLRNDIAATLLYLLTGNAEPAAASATHVELISRSP
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+                     SRLIEAANQSSEDEISLSTFGRTYTVDFHAMQQINEDTGTTRPVQRRLNHNYVAPMSA
+                     GQDLTTTSAGSAAAGGASTSAAAAAASSNNNNNNNNNPPGNSVNLNQVKRRPSLDARI
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+     gene            complement(34843..35679)
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+                     /translation="MKIRYCVMILGSRQMHFIVNEDQSSAASPLVWAGITAEEYFPEY
+                     RMEAAHPDQEYIVLGVSSANLGRALSVLRGGGVNSCKLKLQRIQFPCISVIASVLTSS
+                     STEAREVVHDVPVTIIPGSDWSAYVVPRVPNSQLALGLPSLRLLKSLIDKLKNISPSL
+                     EFQVNVDGELNVIATSEMSTVTSRFQKLLIRTVSGSQQEASCSVDSRKASAFFGALQL
+                     PNEELTIGIDREHSIHLQIDVRQDVVLHSILPAVCM"
+     gene            40223..41234
+                     /locus_tag="FUN_000008"
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+                     /locus_tag="FUN_000008"
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+     CDS             join(40223..40396,40659..41234)
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+                     /codon_start=1
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+                     /translation="MCGNPAVGNGTRALILVGGYGTRLRPLTLSTPKPLVEFANKPIL
+                     LHQLEALVDAGCRQVILAVSYRAEQMEKELKVEAKKLGVELIFSHETEPLGTAGPLAL
+                     AKTILAASSEPFFVLNSDVICDFPFKQLVQFHCNHGKEGTIVVTKVEEPSKYGVVLYD
+                     ENGCIKNFIEKPQEFVSNKINAGIYIFNPSVLDRIEVKPTSIEKEVFPEMTQQQELYA
+                     MDLTGFWMDIGQPKDFLTGTTDRITRLLAQS"
+     gene            41267..42107
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+                     /locus_tag="FUN_000009"
+                     /codon_start=1
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+                     /translation="MWIVNCMCLYLSSLRQKQSPKLYTGPGVVGNVLVDPTAKIGEGC
+                     RIGPNVTIGPDVVIEDGVCIKRSTILKGAIVRSHSWLDSCIVGWRSTVGRWVRIEGIT
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+    10861 gctgaatagt gccctcaatg ttgcgggtat gtcgttccac cgccatctcg cgctcatcca
+    10921 gcgagttcat gtgctgctgc agctccagct tcaacgcccg cagagcagtc agttccttta
+    10981 ggatggccaa gttctcggca ctcgccattg gaatgtccga gtccaccgcc cagccgacgg
+    11041 aggccatcgc ttccagcttg tagtcgttca gcgaggcatt cttcatgtcg tcggtgcgat
+    11101 tcatcgtgtt agagattagc ctctcagcta ggccgaacta aataggaaaa cttcacactt
+    11161 gccactaatg ttaaagtgta aaaacaattc agggcaccct aagtctccct ttccgtcaca
+    11221 aaaaagaacg agctacccat gacaacgtcg tttgaacgga gtaaccattc taaaaatatc
+    11281 aatatctgaa tgctgctata gaacgaaagt catggtaact aaataaatac gcttgtttat
+    11341 gaaaatattg ctttgctttg caaaataaaa ttcaacaagc tggattttaa tgcaatacga
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+    48061 tctgttccat ttttcaataa tgccttattt attcgacgtt ttttttccaa tacacttgaa
+    48121 agatatcgga cagttttgca ttttggtatt ttaaacaaga ttacaacaga gcgaactttt
+    48181 tatgagcgga gttactagaa tttaaatcct gcaagcatcg tttttccgga ataaaaataa
+    48241 atgttttcta agaaagttat tcggcataac ataattggta agcccaattg attcttttct
+    48301 attgtttttg gtaatagtgt aaaaaggtag ttatcagagt gtgtaattgc ttcttgaaat
+    48361 gcctctgaaa gtgttccaat agaagtattc cggaacacga cgtttaccaa aacgcatcag
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+    48541 taaaaccata aataatatcc gttaaaatga ttttattgtt tttgtaataa accagaacaa
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+   110161 tccctccgcc cactaaggtc ccttatttcg cattcaggcg tgtgcgcagc cgcaatccgc
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+   110341 acataacatt tgactgttgt ctgttgttct ggttaccctt tatgccactg gcgtacactg
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+   110521 cttataaagg atatcagatg ataggtgtca ttggaagtct gggtgcgtac ctaagtagct
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+   110641 tgcgattatt atttttcagg acggactgaa cgtgtaatgc attcaattaa ctggaaactg
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+   110881 cttaacgaac agcagacaga cgatgaaatc gcattatgtc gtattctgaa tgaatgatat
+   110941 tttatgcctt acttgcaaat ctgtgggctt ctcgatgatt gttcttgttt gtttatttaa
+   111001 tatatttttt agttcctttg cctcggttcg cccaatgccc ataaacgtaa tgtgtacgaa
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+   111481 aggggcggtc ccgtgcacca gttggtgtcg ttttgttaag tgtccatcaa aatctgtttt
+   111541 gtgtctccac aacgctcaaa atgtatacat caaatgtcct gctctgcttt ttttttcggt
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+   123061 atcatggcaa caagttagag gaatcataac aacatttcgc attcagtggg gatctggact
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+WARNING: valid [SEQ_FEAT.ShortExon] Internal coding region exon is too short FEATURE: CDS: hypothetical protein [(lcl|sample:41267-41274, 41437-41444, 41707-42107)] [lcl|sample: raw, dna len= 215740] -> [gnl|ncbi|FUN_000009-T1]
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\ No newline at end of file
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+MISSING_PROJECT:22 sequences do not include project.
+DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH:Molinfo Technique Report (some missing, all same)
+
+
+Detailed Report
+
+DiscRep_ALL:DISC_PROTEIN_NAMES::All proteins have same name "hypothetical protein"
+
+DiscRep_ALL:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::taxname (all present, all same)
+DiscRep_SUB:DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC::4 sources have 'Genus species' for taxname
+DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::gene: 18 present
+DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::CDS: 18 present
+DiscRep_ALL:DISC_FEATURE_COUNT::mRNA: 18 present
+DiscRep_ALL:DISC_COUNT_NUCLEOTIDES::4 nucleotide Bioseqs are present
+genome:sample (length 215740)
+genome:sample2 (length 2030)
+genome:sample3 (length 2100)
+genome:sample4 (length 7560)
+
+DiscRep_ALL:JOINED_FEATURES::30 features have joined locations.
+DiscRep_SUB:JOINED_FEATURES::30 features have joined location but no exception
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537)	FUN_000018
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537)	FUN_000018
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c5802-5797, c5539-4883)	FUN_000002
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c5802-5797, c5539-4883)	FUN_000002
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c10557-10549, c10462-8696)	FUN_000003
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c10557-10549, c10462-8696)	FUN_000003
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c15214-15209, c14648-14247)	FUN_000004
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c15214-15209, c14648-14247)	FUN_000004
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+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:40223-40396, 40659-41193, 41707-42080, 43409-43609, 43678-44130)	FUN_000007
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c47195-46753, c46330-46214, c46157-45527)	FUN_000008
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c47195-46753, c46330-46214, c46157-45527)	FUN_000008
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c79527-79519, c79068-78685)	FUN_000009
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c79527-79519, c79068-78685)	FUN_000009
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+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:87202-87207, 88054-88320)	FUN_000010
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:133587-134504, 134720-135510, 135569-136284, 137516-137862)	FUN_000011
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:133587-134504, 134720-135510, 135569-136284, 137516-137862)	FUN_000011
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:144294-144551, 149012-149244, 149367-149588, 149654-149897, 149952-150112, 150174-150248, 151966-152072, 152314-152429, 152496-152751, 153296-153630, 153689-155122, 155789-158975, 159190-164495)	FUN_000012
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:144294-144551, 149012-149244, 149367-149588, 149654-149897, 149952-150112, 150174-150248, 151966-152072, 152314-152429, 152496-152751, 153296-153630, 153689-155122, 155789-158975, 159190-164495)	FUN_000012
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:167121-168360, 168722-169212)	FUN_000013
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:167121-168360, 168722-169212)	FUN_000013
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c178916-178873, c177172-176887, c176824-176699)	FUN_000014
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c178916-178873, c177172-176887, c176824-176699)	FUN_000014
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:192004-192067, 193549-193658, 194041-194455, 194518-194669)	FUN_000015
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:192004-192067, 193549-193658, 194041-194455, 194518-194669)	FUN_000015
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c210553-210548, c210474-209044)	FUN_000016
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c210553-210548, c210474-209044)	FUN_000016
+
+DiscRep_ALL:NO_ANNOTATION::2 bioseqs have no features
+genome:sample2 (length 2030)
+genome:sample3 (length 2100)
+
+DiscRep_ALL:DISC_QUALITY_SCORES::Quality scores are missing on all sequences.
+
+FATAL: DiscRep_ALL:DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS::2 features have partial ends that do not abut the end of the sequence or a gap, and cannot be extended by 3 or fewer nucleotides to do so
+genome:CDS	hypothetical protein	sample:<2331-3254	FUN_000001
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537)	FUN_000018
+
+DiscRep_ALL:ONCALLER_COMMENT_PRESENT::4 comment descriptors were found (all same)
+genome:sample:"Annotated using 1.8.7"
+genome:sample2:"Annotated using 1.8.7"
+genome:sample3:"Annotated using 1.8.7"
+genome:sample4:"Annotated using 1.8.7"
+
+DiscRep_ALL:MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS::4 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments
+genome:sample (length 215740)
+genome:sample2 (length 2030)
+genome:sample3 (length 2100)
+genome:sample4 (length 7560)
+
+DiscRep_ALL:MOLTYPE_NOT_MRNA::4 molecule types are not set as mRNA.
+genome:sample (length 215740)
+genome:sample2 (length 2030)
+genome:sample3 (length 2100)
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+
+DiscRep_ALL:TECHNIQUE_NOT_TSA::4 technique are not set as TSA
+genome:sample (length 215740)
+genome:sample2 (length 2030)
+genome:sample3 (length 2100)
+genome:sample4 (length 7560)
+
+DiscRep_ALL:MISSING_STRUCTURED_COMMENT::4 sequences do not include structured comments.
+genome:sample (length 215740)
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+
+DiscRep_ALL:MISSING_PROJECT::22 sequences do not include project.
+genome:sample (length 215740)
+genome:ncbi:FUN_000001-T1 (length 307)
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+genome:ncbi:FUN_000004-T1 (length 135)
+genome:ncbi:FUN_000005-T1 (length 662)
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+genome:ncbi:FUN_000007-T1 (length 578)
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+genome:sample2 (length 2030)
+genome:sample3 (length 2100)
+genome:sample4 (length 7560)
+genome:ncbi:FUN_000017-T1 (length 124)
+genome:ncbi:FUN_000018-T1 (length 432)
+
+DiscRep_ALL:DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH::Molinfo Technique Report (some missing, all same)
+DiscRep_SUB:DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH::technique (all missing)
+DiscRep_SUB:DISC_INCONSISTENT_MOLINFO_TECH::4 Molinfos are missing field technique
+genome:sample (length 215740)
+genome:sample2 (length 2030)
+genome:sample3 (length 2100)
+genome:sample4 (length 7560)
+
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/predict_bam/Genus_species.error.summary.txt
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 test-data/predict_bam/Genus_species.gbk
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/predict_bam/Genus_species.gbk	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,4259 @@
+LOCUS       sample                215740 bp    DNA     linear       22-JUL-2021
+DEFINITION  Genus species.
+ACCESSION   
+VERSION
+KEYWORDS    .
+SOURCE      Genus species
+  ORGANISM  Genus species
+            Unclassified.
+REFERENCE   1  (bases 1 to 215740)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (22-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
+COMMENT     'Annotated using 1.8.7'.
+FEATURES             Location/Qualifiers
+     source          1..215740
+                     /organism="Genus species"
+                     /mol_type="genomic DNA"
+     gene            <2331..3254
+                     /locus_tag="FUN_000001"
+     mRNA            <2331..3254
+                     /locus_tag="FUN_000001"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             <2331..3254
+                     /locus_tag="FUN_000001"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUN_000001-T1"
+                     /translation="YPFDSHRFVQYNPTSLERNFKYDVLTEHDLGVTVDLINRELYQA
+                     DSMTLLDPADEKLLEEETLTPTDSVRSRQHSRTVSWLRKSEYISTEQTRFQPQNLENI
+                     EAKVGYNVKKSLREETLYLDREAQIKAIEKTFSDTKSEITKHYSKPNVVPVEVLPIFP
+                     DFTNWKFPCAQVIFDSDPAPAGKNVPAQLEEMSQAMIRGVMDESGEQFVAYFLPTEQT
+                     LEKRRTDFINGELYKEEEEYEYKIAREYNWNVKTKASKGYEENYFFVMRQDGIYYNEL
+                     ETRVRLNKRRVKVGQQPNNTKLVSIFMRIHL"
+     gene            complement(4883..5802)
+                     /locus_tag="FUN_000002"
+     mRNA            complement(join(4883..5539,5797..5802))
+                     /locus_tag="FUN_000002"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(4883..5539,5797..5802))
+                     /locus_tag="FUN_000002"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUN_000002-T1"
+                     /translation="MYDQEPYKCHLCSKTFRMKGSLRIHLKVVHMMGVPCSNPNPNPN
+                     PSPTPASTTSAVTATPKLSICDRIRHTEPGALGNGNNSTCTASQPYALSGALSMLQQS
+                     PSSPESGTATPKLWECDVCSKSFTTKYFLKKHKRLHTGEMPYTCEICARTFTFQQSYH
+                     KHLLYHSEVKPHVCGVCGRAFKELSTLHNHQRIHSGEKPFKCEVCGEYRSNPLISRPL
+                     FC"
+     gene            complement(8696..10557)
+                     /locus_tag="FUN_000003"
+     mRNA            complement(join(8696..10462,10549..10557))
+                     /locus_tag="FUN_000003"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(8696..10462,10549..10557))
+                     /locus_tag="FUN_000003"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUN_000003-T1"
+                     /translation="MIHSAKTTLVEWTEAMEDGNKGYQLIEKYYLDDQQKARELNIKR
+                     QLLQADIDKRRKQVVLLYDEQMTLEKNLERTACLYRSAHAERRQMVETWKSAVNQMTQ
+                     REHDIQRSEIECAELAQKAQQTAQTYKEYDNQLTEVIENNRQVELAIESLNEESSDMK
+                     NQIQILIDATLLKEREIDGLRRELENLSNRVHLQRMDNRSQMKKRDEKAKELENFASV
+                     MEKVNARLKSVQNKALNAEQRLQILEEMMQAEETALRNLDKEQEKVNEMLYRTQRQVI
+                     ELQDEEKVLKVQNDSLNSNLAAINRNQQQVNNELKRQTEIHYSLSFKCLEAERRLAEI
+                     KGLADDPEVEATNMARLNTLEQEYEKLQRLIATTEAQNKKLNYNMNNLVVQYNADEKE
+                     LEMVRFKIKEAQVYCEGTVKRLRQIRYENSELIVDLNMVKMRCSDLEVGIGGCEQGTY
+                     DLEQHRLAFRRAIKDRTVELRSQEDVLLLKKKHLNEELSTLRADLGERKKQIEAMKAR
+                     FELTAQLLGKNEDGSIMTSTQLKVVSAQERQMLADEGDALNKKVLKAEKEVVALENTL
+                     RQFDKSNDNYRKTFRSVDENSKGEL"
+     gene            complement(14247..15214)
+                     /locus_tag="FUN_000004"
+     mRNA            complement(join(14247..14648,15209..15214))
+                     /locus_tag="FUN_000004"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(14247..14648,15209..15214))
+                     /locus_tag="FUN_000004"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUN_000004-T1"
+                     /translation="MRCVFCGSGSEQQHSRWEIKMLQESCRTDHGFHQDSQAIQYLYE
+                     ILASYNRDEQRAFLQFVTGSPRLPTGGFKALTPPLTIVRKTLDENQNPNDYLPSVMTC
+                     VNYLKLPDYSSREVMRQKLKVAANEGSMSFHLS"
+     gene            complement(19533..21705)
+                     /locus_tag="FUN_000005"
+     mRNA            complement(join(19533..21515,21700..21705))
+                     /locus_tag="FUN_000005"
+                     /product="hypothetical protein"
+     CDS             complement(join(19533..21515,21700..21705))
+                     /locus_tag="FUN_000005"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
+                     /protein_id="ncbi:FUN_000005-T1"
+                     /translation="MSFCDFLRDAALGANSANLSIVAAALSAARDVGGGSDGGGSAGG
+                     ATPATGASASSVGNTSAVGASSSSNSSAGQAASSNSNNVTATGSGSAPGGGPTSTGTT
+                     SGTQHGSGSGAAAAVDSESDDSEVGRLQALLEARGLPPHLFGALGPRVTHILHRTIGN
+                     SSSSKANQLLQGLQSHDESQQLQAAIEMCQMLVMGNEDTLAGFPIKQVVPALIQLLRM
+                     EHNFDIMNNACRALAYMLEALPRSSGTVVEAVPVFLEKLQVIQCMDVAEQSLSALEIL
+                     SRRHNKAILQANGISACLTYLDFFSIVAQRAALAIAANCCLNMHPEEFHFVAESLPLL
+                     ARLLSQQDKKCIESVCSAFCRLVESFQHDGQRLQQIASPDLLKNCQQLLLVTPAILNT
+                     GTFTAVVRMLSLMCCSCPDLAISLLRNDIAATLLYLLTGNAEPAAASATHVELISRSP
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+                     SRLIEAANQSSEDEISLSTFGRTYTVDFHAMQQINEDTGTTRPVQRRLNHNYVAPMSA
+                     GQDLTTTSAGSAAAGGASTSAAAAAASSNNNNNNNNNPPGNSVNLNQVKRRPSLDARI
+                     ACLKVRNKMFCLFTRYTLKLNNLPNYNVFFMKYFRRHS"
+     gene            complement(34843..35679)
+                     /locus_tag="FUN_000006"
+     mRNA            complement(34843..35679)
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+                     /product="hypothetical protein"
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+                     SCKLKLQRIQFPCISVIASVLTSSSTEAREVVHDVPVTIIPGSDWSAYVVPRVPNSQL
+                     ALGLPSLRLLKSLIDKLKNISPSLEFQVNVDGELNVIATSEMSTVTSRFQKLLIRTVS
+                     GSQQEASCSVDSRKASAFFGALQLPNEELTIGIDREHSIHLQIDVRQDVVLHSILPAV
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+     CDS             join(40223..40396,40659..41193,41707..42080,43409..43609,
+                     43678..44130)
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+                     IGPNVTIGPDVVIEDGVCIKRSTILKGAIVRSHSWLDSCIVGWRSTVGRWVRIEGITV
+                     LGEDVIVKDELYINGGQVLPHKSIAASLRGAIVQAGQLVILPDEEVFSHVQGVWNLSS
+                     DQGNLGSFVVTNIRLVWFADANETFNISLPYLQIESSKYGPALVIQTAETGGGYVLGF
+                     RVDPAERLNELFKELSSLHTVYGEHPNFGIQYNANDARRRLEAASEEAAQASQIKVDN
+                     FEELDERQEREINTKLNSYLAEGCLGKVPSQGERAPVYCKELGFAMEPIGDGYKLQDL
+                     WNVMPTKMETME"
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+     CDS             complement(join(45527..46157,46214..46330,46753..47195))
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+                     RTYTVAPTALHRSAAARKRNPSTDSLLMDLCLFKPIRPMPITPIKIHKFRGFEVKKPK
+                     FVPAGNPDSEDDEDNDEDGTVRKPKPSNLTLPTISDSAFVPMPYIETTNTAINATTTT
+                     NSGSRSRSLNTHTSGSAQAITKPKRRRRAPMLTAKRRRKALDTELTTSADAGTEDKAP
+                     AVRKATAARGGSKRSRGESITAPTPAEPIKSPVAIKAPTKRKSTSRSEAAKRSRVASV
+                     QNDTVLTATSTTSADSIRKAATKRIAANEKVAKRSRGSAALSARPSPPMTRQRARQQI
+                     SAST"
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+                     /locus_tag="FUN_000009"
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+                     GQPIESSRGCIFQPAPHCHGGRIARHFG"
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+     CDS             join(133587..134504,134720..135510,135569..136284,
+                     137516..137862)
+                     /locus_tag="FUN_000011"
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+                     KSKATTPRVKKEKPAADLESSVLTDEERHERKRASAVLYQKYKNRSSCLNPGSKEIPK
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+                     AVAEELNIPILSEDGLFDLIREKSGIAKQVKEEKKSPKKEHSSEEKGKKEVKTSRRSS
+                     DKKEKEATKLKYGEKHDIAKHKVKEEHTSPKETKDKLNDVPAVTLKVKKEPSSQKEHP
+                     PSPRTADLKTLDVVGMAWVDKHKPTSIKEIPQRPNPWAKNDDGSFYKAALLSGPPGIG
+                     KTTTATLVVKELGFDAVEFNASDTRSKRLLKDEVSTLLSNKSLSGYFTGQGQAVSRKH
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+                     RPRLEQIKGKIMSICFKEKVKISPAKVEEIIAATNNDIRQSINHIALLSAKEDASQKS
+                     GQQVATKDLKLGPWEVVRKVFTADEHKHMSFADKSDLFFHDYSLAPLFVQQNYLQVLP
+                     QGNKKDVLAKVAATADALSLGDLVEKRIRANSAWSLLPTQAFFSSVLPGEHMCGHFTG
+                     QINFPGWLGKNSKSGKRARLAQELHDHTRVCTSGSRLSVRLDYAPFLLDNIVRPLAKD
+                     GQEGVPAALDVMKDYHLLREDLDSLVELTSWPGKKSPLDAVDGRVKAALTRSYNKEVM
+                     AYSYSAQAGIKKKKSEAAGADDDYLDEGPGEEDGAGGHLSSEEDEDKDNLELDSLIKA
+                     KKRTTTSKASDSDSLPHPLPKHPPHCCCCWARPGQSQGHSQPPSSRIHAHAREPGFCA
+                     PLPFPFPLRSVNRCRALYRYFACLRRASCCVFWLHMFTFQHSPKRHCSECESIQGSSG
+                     GSVVNEGFE"
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+                     /locus_tag="FUN_000012"
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+                     159190..164495)
+                     /locus_tag="FUN_000012"
+                     /codon_start=1
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+                     EYTRYLFCLQIKRDLATGSLQCNDNTAALMASYIVQASCGDFVPEDYPDHTYLSSYRF
+                     VPNQDATMQRKIMENHKKHVGQSPAEADLNLLETARRCELYGMKMHPAKDVEGVPLNL
+                     AVAHMGITVFQNITRINTFSWAKIRKISFKRKRFLVKLHPEGYGYYKDTVEFFFEGRN
+                     ECKNFWKKCVENHGFFRCTAVQNTPRRKTRVLSRGSSFRYSGKTQKQIIEFVRENYVK
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+                     TKKAADTLDRRRDNPIGHMRSQVTAAQVEIYQTKNYAADSPTSQEEAECSAAGAERQH
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+                     LGSNSRRHVLMHQKSIDLTPADSNSSDEDYIYKQIPSAPPLCKAHGNFEIPKCYDGSA
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+                     ESMQQQKLEQKQMELIQSLRKELQANARKANKPRVIPKTKSAGKSKKGKTRITSFSSD
+                     DESLDSDDVFGSAEAIPDRLEFSPPQSRKEIESILRIEQSRLISAAWGRGQTMSSTEI
+                     EGSPPQCRRLADLESRYHTQKLDPQYANATELRRISERSISIPSSEDEPHMPMRGRID
+                     ECTNDYQRNENIPSPILEHAEFFRSNDDIYETCHEERITGSDIDYTLKKQTSSGSKSK
+                     VKLIEEIIDSSIVMRSKGHAPILFAHARLNLSEGSVSLQRQKATQQQSPTTERRTKSL
+                     DTPVISLHRLPPMNAFSSKDDTVGFEEEAEILEEKSLERENQATAQDEDTADSIHSCA
+                     GSIPTQSSYQTNGRDSLLSAVSIDTEEAELLNQLRYIEKIALQGVKIKDKKKSKMKLR
+                     SGDHLILNIPKYRFTDWSPYSSANSSRKTSPGVSRASSIESTGKGKLKTSEPYKGKPV
+                     SRSRPESRRTSADDIKARDGRGSKKSSPKERPRSIEMRRLSKDKSKSQEETEADIAKR
+                     KERQQKLYESAMKQTITMLSPVKDTLPAFPAPGDKILVKTDGDKIIIETEFKSKAEDH
+                     VLIAKSPRKLDNSLVKFSRSFDEGRSPDKLDKANRSFEDRNKSFEDSEKSDAPEDMLI
+                     KSPKKIAKAQELKQKIEGSVVHKKIDGKSSSLERPAEHHYLGPDVKARSLDDKRQATE
+                     AAKKNEEKPAPVVRSAIGDQRRSLEILKRSLPSEDARDSEGAFSRKPSTAESLDSYVS
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+                     LSLDRSRSDETGSWMTVECDEFIGSDTSDNEPRTLEPDRNVLETQATLEDANPLEYSN
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+                     TSGEKDTSPQRQQDWSLSVGKEKSSVEEESSVSCSIARPLGISQDFGKEEARKCQELK
+                     QRMLQLEVGKEEITPTPSNEQTPTNEPKILVSKKPSTPTLEKQSPIDLGTSTESYLEP
+                     IEERIAKILDRGGARTEDSESSSGGSRKPPRIEKPARANAGKKLSVTRADAGKSGSDR
+                     SSQESKSSFDSKGSLSVESRGSFETESSSGSLGAAQRRGELAQKEQQSTWRPFPIESS
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+ORIGIN      
+        1 gtggccggct gatttcacgt cctaactttg ggcttaactg gttcgccagt tgactttctt
+       61 cgccatcatg tgatgcatta attaaacaat aattactaat tgacagtaat taataattgt
+      121 ggcaaaaagc gcgacacgtt ttttcggcaa actcctcgga agaccgattg tttaaagacg
+      181 tagggaaaag tagttcccaa gcattttaaa aagataccta tgacatgtga cacctttaaa
+      241 gtgcaataca agttttcatc tctttatatc cttttactcc ctaatttgaa tataaaagga
+      301 atcgcattga gagtataaag gctttagttc ttatcgatag atagttagtg atgaaataaa
+      361 attataaccg tggttttagt ttgaaatgtt gtaaagactt tctttaaatt taaccaaatt
+      421 tatgtgataa aatggatatt ccatagataa gacatttaag ttaaatgttt ttatacatca
+      481 aaaaggaaac attgtgcacg ctatcaaatg gtattcttaa aatcgagtca gttaggtaag
+      541 ttattaatta aatggtaact ttttaacgtg cgtcaaataa tctagaaatt cttcttcaac
+      601 tcatccaaaa cattctcaac accacaatat ctatgctcag cgatgacaaa tttctcctga
+      661 tttcttaatt ttctatctat gctatgcgat caatcaacga atgtgtgcta atttcttgtg
+      721 acgattattt tgcaaagtcg tctccgcgtt aatatccgat gtaaataaac ctatgaaaat
+      781 cgcaaagatc tattcctttg cgcttaacct tgttattgaa ctccctcccg cccggatttt
+      841 cgcagcttcc aactaagtga taccttttaa acaaacgcca caacaaaaca ggtgacaatc
+      901 atattttatc aacaaaagaa aagagagata atatctgctg ctaattcaat ttattgggct
+      961 ttgtgtttat ttgcattggg aatccgtgga gctgatattg tttactttgg caatttccca
+     1021 gtcattatgg tcgccgtata atgtgaatgg ccaacaggaa aatttcacag attccactgg
+     1081 ttattcactg ttcatgctgg cggttgatcc gctccaaatc ccggatgagg cggcggaaga
+     1141 tccttatacc gcttacttac gtattcactg cttaacatct tatcatagaa ttcgttagct
+     1201 ttcacatagt ttggattccg aatgaatctc ttctgtcgac ctcgcgtttt tggcaatttt
+     1261 cggagctctt cgctactgct agttgattta aggcctacat ctttctgatc cttaatcatc
+     1321 cttttaggtg attctcctgc taccatggga tccaccagtt tcatatataa tggatcgggc
+     1381 tcgtttgcaa gtgggtttcc agtttcagaa gactctgacg ttctaagcgc caataaaatg
+     1441 aaaataacca aaaggaaact agacatgttt cgttacagac agatatagat tggatattat
+     1501 tgaaagaaaa tgaaaataaa cagcgataat gatctgtgac ttattggaaa ttagatggct
+     1561 tatggatgat ggggcgataa attcgaacaa acactgagag catttttggg agcattgtgg
+     1621 gagcttttct attatccagt actttatata catatatcat ttatatacta atcatttctg
+     1681 gtagccgttc gtaatcagga tcggatcctt ttttacccgt tagtcagcta gaagaaacga
+     1741 aaaattaaaa tagtaaaatc taaaagtata caaaaattca aatagtaaaa ccaaaaagta
+     1801 ttaaaaaaaa tatcaatcgt ttttaaacgt tgatttttca gcttgtgggg tgatttatcg
+     1861 ctaacttgga aaatgataat aaagcattat ccataatatt agttgtggaa atgaaattca
+     1921 aatagatgtt gtgttatata cgatgaggat gttgcatttg agtccccgga aatatagtat
+     1981 tttttttacc gaaggtatta tcgtaccggt caagtacggt cacactgcca agcgcagatt
+     2041 tgaggatttc tagatttggc ctcttgatgg actagaagcg ctaccaaaac tggggcttga
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+     2281 agtatggaaa caacctgccg gatataccat ttgatctgaa gtttctgcag taccccttcg
+     2341 acagccaccg cttcgtgcag tacaacccaa cgtcgctaga gcgtaacttc aagtatgacg
+     2401 tgctgacgga acacgatttg ggtgtcacgg tggacctgat taaccgggag ctctatcagg
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+     2521 cgcccacaga ctctgtgcgt tcgcgccagc attcgaggac ggtgtcatgg ttgcgcaaat
+     2581 ccgagtacat ctccaccgag cagacgcgct tccagcccca gaacctggag aacatcgagg
+     2641 ccaaggtcgg ttacaacgtc aagaagtcgc ttcgggagga gactctctac ctggaccgcg
+     2701 aagcccagat caaagccatc gagaagacct tcagcgacac caagagcgaa attaccaagc
+     2761 actattccaa gcccaatgtg gtgccagtgg aggtactgcc tatcttcccc gacttcacca
+     2821 actggaagtt cccgtgcgcc caggtcatat ttgacagtga tcccgctcct gcgggcaaga
+     2881 acgtgcccgc ccagctggag gagatgtcgc aggccatgat tcgtggtgtg atggacgaga
+     2941 gcggcgaaca gtttgtcgcc tacttcctgc ccacagagca gacgctggag aaacgccgta
+     3001 cagacttcat caatggcgag ctgtacaagg aggaggagga gtacgagtac aagatcgctc
+     3061 gagagtacaa ctggaacgtg aagaccaaag cttccaaggg ctacgaagaa aactacttct
+     3121 tcgtgatgcg tcaggacggc atctactaca acgagctaga aacccgtgtg cgccttaaca
+     3181 agcgtcgcgt taaggttggc cagcaaccca acaacaccaa gctggtaagt atatttatgc
+     3241 gcatacatct atagcgagct ttactttgta ttatttctac caggttgtca agcatcgtcc
+     3301 attggacagc atggagcatc gtatgcagcg ctatcgcgag cgccagctag aagttcctgg
+     3361 cgaggaggag gagatcgtgg aagaagtgag ggaagaggag caaatgcaaa tcattggcga
+     3421 gacggagaag acgagcgagg acgcagctgt tggcgcacag gcagcatctg gagcggactc
+     3481 acccgcccag gtagcccgcg atcgacagtc tcgttctcgg agtcgaactc gcagcgggtc
+     3541 cagttcagga tctggatctg gctccggctc tcgggccagc agccgctcaa agtctggttc
+     3601 tcggtctggt agcggctcca gatcacgcac aaattcgccg gcaggatccc agaaatccgg
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+     3781 gtcgcgatcg cccagccggt ctcgcagtgg ctcgccttct ggttcaggat ccagctctgg
+     3841 aagcgcctca gatgaatgat taattacaaa aaacggcgtt cataataaat aagtttataa
+     3901 tcaaccaagt acatttgaaa actgaactaa ctcgatttaa tatcattttc gcctcaactc
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+     4141 cttagggggt gcttaggaat tgattagatc gcctttgggg aagtgcaaac aatgtaaaat
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+     4261 atcaaaaagc gctggaagac ttcgccatcg gaactaggta gctctgtttg ttgcggtgag
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+     4681 agctcgcact tgtagggcat cactcccgtg tggatgcgcg tgtggacaag gaaagagact
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+     6361 aagagctcct tgcagttggc aaagggacag gccagtgggc cgttggccgc cttgatcagc
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+    55801 tgacgatgat gacggctctc atatagtatg tatgatccat tgttctacgg ggctgacatt
+    55861 tccccggggg aagtccaatc aaaagctgaa atggctgagg cgaaggtttc tgggatgctg
+    55921 cgcttttgtt ttttcggagc ctacgtcgcg acttcgtcct gcaagcgcaa ggacaacagg
+    55981 ataacaaaaa acactataca ataaaggcct actgacatag ccgaaaatcg attctaagaa
+    56041 cgaatgcggt ttggtatcgc agttgattgc gcaccaatgg aatcaaatgt tgttttttat
+    56101 ttttaacagc tttgtacttt tataggggtc aaaatcactt tttgcctgta attgaaccga
+    56161 agaacgatac gaacttgtat tgtatattgt atataaggat gtaatgtatt tccttaccca
+    56221 tacttgatca tatgtacttt cagatcaact tgagatgtac caaaacctat tcagcatata
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+   105421 gccgccgaaa ctcaagtggc taatttttcc acaacagttt tggcagccag cttggctgcc
+   105481 ttggttcctg tcctcggttc tctactcgcc gacctggtct tttggctccc gatcccgctc
+   105541 ccgttcccgt tccctatccc tatccgtatc ccaattccta tccctacttt ttctgccggc
+   105601 acgtgctgtg ggcgtttacc ttaatttgct cgcagcctaa gggcttgcat cctcggatcc
+   105661 ctcgaaacgt ggacgcagtg gaattctggt ggcaaaatgg gcgtgtgccg aaacagaaat
+   105721 tatgttgctc caccaagggc catggaagag gctttgccca aggcgcaact ttttgccaac
+   105781 tttaaccaat atccatttcc tgcaaatact tctccaaaag aatcataagc gaagctagtt
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+   105901 ctaagggagt ttattcggta tacttaatat cctccaaaaa gccctacgat ccatgaggct
+   105961 tgtttacctt ttgatcttca cgccttcagt ggcacacgac gccagtcgct ttcgccgtgt
+   106021 tccaagtgtt aattagacaa aaactaatta aacattttgc gcatacacgc tccaaatgag
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+   106141 ggtggaggca tcggcggggt agggagcaga ggtactgcga aggatcccca gatactgggt
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+   106321 tgcttgggtt ggatggatgg atgatgatga tgatgggtaa ttaaaaattg atcacgttta
+   106381 acaaactgct accgaaacaa tatatcacaa atgatcagtc gagccggagg aggaggactt
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+   143101 atatcttcta tggactgccc acaccacagt aggcgccaaa cttattttct gttccatcga
+   143161 caaattcgta tgtaggctgg cgatgacttc gagtttttgg agttgaactc ttctggtgct
+   143221 tttcttttta aaaggtgggc tgtccacgtg ggttggcttt tcggggcccg tcatacccga
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+   167821 tgttgcacta ccaactgatc ttagagcggc tctgcgacta ctatggggag gagcatatcg
+   167881 actatgccga tgctatggcc gtgcaccact tgctcgttcg cagcaccaag ggtattaggt
+   167941 cccagcttcc cgactctgca aactttgtgg agctgtgtga actgcaacgc gacatcaact
+   168001 tcgagcagtt ggttcagccc catcgccgcc tcatccgcca gggatgcctt ctgaagcact
+   168061 ccaagcgcgg tctgcagcag aggatgttct tcttgttctc cgacctgctg ctctacggtt
+   168121 cgaagtcccc gctggaccag agcttccgca ttttaggcca cgttcctgtg cgttcattac
+   168181 tcaccgagaa cgccgagcac aacaccttct ccatcttcgg cggacagtgt gccatcacag
+   168241 tgagtgcggg caccaccgct gaaaagaccc tctggctggc cgagctctcc aaggcggccg
+   168301 cggatattaa aaaccgaccg cccaacatgc aactccagct aacgacgctc aagaactgca
+   168361 gtgagtatat atatttgtat aaatgcgatt cgctaggttt tgtttctaat gtagcgttct
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+   168541 acaagtaaaa aacgtttaac tttaacgtaa ccttttgtta aactccctgt tttctccatt
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+   168721 ggctcctcgg aggagggcct ggacctattc ggtctgagca acgggaacaa cagcagcctg
+   168781 aacagcagtg tgaacggcgg cggtccgctg actacgcagc agcagaagtt gcagctgcag
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+   170701 tgacactgag accgtagttg aagcaattca aaaagcctgg gcaacaattt cactaaatga
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+   192841 tcgcactcga aacacgctga gctcacaaat gtaagcgctc aaaatgcgga ctgtgaacca
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+   192961 atcgctgccg ctgcagctcg ccttgccatc gaatggcgct aatgaaactg cccaggcacc
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+  ORGANISM  Genus species
+            Unclassified.
+REFERENCE   1  (bases 1 to 2100)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (22-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+SOURCE      Genus species
+  ORGANISM  Genus species
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+  AUTHORS   Palmer,J.M.
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+  JOURNAL   Submitted (22-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+Detailed Report
+
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+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:87202-87207, 88054-88320)	FUN_000010
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample:c106221-106216, c104632-104258, c103947-103696, c103618-103229, c103151-102510)	FUN_000011
+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c106221-106216, c104632-104258, c103947-103696, c103618-103229, c103151-102510)	FUN_000011
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+genome:mRNA	hypothetical protein	(sample:c210553-210548, c210474-209053, c208645-208619)	FUN_000014
+
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+
+DiscRep_ALL:DISC_QUALITY_SCORES::Quality scores are missing on all sequences.
+
+FATAL: DiscRep_ALL:DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS::1 featurepartial ends thands that do not abut the end of the sequence or a gap, and cannot be extended by 3 or fewer nucleotides to do so
+genome:CDS	hypothetical protein	(sample4:2126-2199, 2258-3224, 3284->3537)	FUN_000016
+
+DiscRep_ALL:ONCALLER_COMMENT_PRESENT::4 comment descriptors were found (all same)
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+
+DiscRep_ALL:MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS::4 bioseqs are missing GenomeAssembly structured comments
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/predict_scratch/Genus_species.gbk	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,4148 @@
+LOCUS       sample                215740 bp    DNA     linear       21-JUL-2021
+DEFINITION  Genus species.
+ACCESSION   
+VERSION
+KEYWORDS    .
+SOURCE      Genus species
+  ORGANISM  Genus species
+            Unclassified.
+REFERENCE   1  (bases 1 to 215740)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
+COMMENT     'Annotated using 1.8.7'.
+FEATURES             Location/Qualifiers
+     source          1..215740
+                     /organism="Genus species"
+                     /mol_type="genomic DNA"
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+                     VSKRYKDLPPPHPGFGADQPPA"
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+                     PSSPESGTATPKLWECDVCSKSFTTKYFLKKHKRLHTGEMPYTCEICARTFTFQQSYH
+                     KHLLYHSEVKPHVCGVCGRAFKELSTLHNHQRIHSGEKPFKCERVSFLVHTRIHTGVM
+                     PYKCELCQKTFRYKVSQRTHRCPTEEAQTPEQLIKAFLEGNDSHTQPSPASAEIAAIN
+                     SSSIVDPEQEALLSQSIDDIVVEQCQKLGICGVEPREEGQLISLQPVAVVHFSGNGSP
+                     LQQLQNLRIYSPQQTELPSSDGEVFQRFLMDAT"
+     gene            complement(7691..10664)
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+                     ETWKSAVNQMTQREHDIQRSEIECAELAQKAQQTAQTYKEYDNQLTEVIENNRQVELA
+                     IESLNEESSDMKNQIQILIDATLLKEREIDGLRRELENLSNRVHLQRMDNRSQMKKRD
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+                     NEMLYRTQRQVIELQDEEKVLKVQNDSLNSNLAAINRNQQQVNNELKRQTEIHYSLSF
+                     KCLEAERRLAEIKGLADDPEVEATNMARLNTLEQEYEKLQRLIATTEAQNKKLNYNMN
+                     NLVVQYNADEKELEMVRFKIKEAQVYCEGTVKRLRQIRYENSELIVDLNMVKMRCSDL
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+                     GILLRKGIKLPMHLKRTCSRVSWNSSSSGKSSQGQDTASYLNVKGKKFSCDGASARSS
+                     VSDMSSLKDDTSSTTSHSGLSIISLELPLPKKK"
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+                     /locus_tag="FUN_000005"
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+                     /locus_tag="FUN_000006"
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+                     /locus_tag="FUN_000006"
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+                     /locus_tag="FUN_000007"
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+     gene            complement(34843..35679)
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+     CDS             complement(34843..35679)
+                     /locus_tag="FUN_000008"
+                     /codon_start=1
+                     /product="hypothetical protein"
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+                     KCEEELCQDLECSRITTDTVASADLGKSSCQDGLLVEICESTCTTPTFFCVILGENFT
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+                     LRGNKRRESNTIGLIQGRFEKDPYEQELQRIREL"
+ORIGIN      
+        1 gtggccggct gatttcacgt cctaactttg ggcttaactg gttcgccagt tgactttctt
+       61 cgccatcatg tgatgcatta attaaacaat aattactaat tgacagtaat taataattgt
+      121 ggcaaaaagc gcgacacgtt ttttcggcaa actcctcgga agaccgattg tttaaagacg
+      181 tagggaaaag tagttcccaa gcattttaaa aagataccta tgacatgtga cacctttaaa
+      241 gtgcaataca agttttcatc tctttatatc cttttactcc ctaatttgaa tataaaagga
+      301 atcgcattga gagtataaag gctttagttc ttatcgatag atagttagtg atgaaataaa
+      361 attataaccg tggttttagt ttgaaatgtt gtaaagactt tctttaaatt taaccaaatt
+      421 tatgtgataa aatggatatt ccatagataa gacatttaag ttaaatgttt ttatacatca
+      481 aaaaggaaac attgtgcacg ctatcaaatg gtattcttaa aatcgagtca gttaggtaag
+      541 ttattaatta aatggtaact ttttaacgtg cgtcaaataa tctagaaatt cttcttcaac
+      601 tcatccaaaa cattctcaac accacaatat ctatgctcag cgatgacaaa tttctcctga
+      661 tttcttaatt ttctatctat gctatgcgat caatcaacga atgtgtgcta atttcttgtg
+      721 acgattattt tgcaaagtcg tctccgcgtt aatatccgat gtaaataaac ctatgaaaat
+      781 cgcaaagatc tattcctttg cgcttaacct tgttattgaa ctccctcccg cccggatttt
+      841 cgcagcttcc aactaagtga taccttttaa acaaacgcca caacaaaaca ggtgacaatc
+      901 atattttatc aacaaaagaa aagagagata atatctgctg ctaattcaat ttattgggct
+      961 ttgtgtttat ttgcattggg aatccgtgga gctgatattg tttactttgg caatttccca
+     1021 gtcattatgg tcgccgtata atgtgaatgg ccaacaggaa aatttcacag attccactgg
+     1081 ttattcactg ttcatgctgg cggttgatcc gctccaaatc ccggatgagg cggcggaaga
+     1141 tccttatacc gcttacttac gtattcactg cttaacatct tatcatagaa ttcgttagct
+     1201 ttcacatagt ttggattccg aatgaatctc ttctgtcgac ctcgcgtttt tggcaatttt
+     1261 cggagctctt cgctactgct agttgattta aggcctacat ctttctgatc cttaatcatc
+     1321 cttttaggtg attctcctgc taccatggga tccaccagtt tcatatataa tggatcgggc
+     1381 tcgtttgcaa gtgggtttcc agtttcagaa gactctgacg ttctaagcgc caataaaatg
+     1441 aaaataacca aaaggaaact agacatgttt cgttacagac agatatagat tggatattat
+     1501 tgaaagaaaa tgaaaataaa cagcgataat gatctgtgac ttattggaaa ttagatggct
+     1561 tatggatgat ggggcgataa attcgaacaa acactgagag catttttggg agcattgtgg
+     1621 gagcttttct attatccagt actttatata catatatcat ttatatacta atcatttctg
+     1681 gtagccgttc gtaatcagga tcggatcctt ttttacccgt tagtcagcta gaagaaacga
+     1741 aaaattaaaa tagtaaaatc taaaagtata caaaaattca aatagtaaaa ccaaaaagta
+     1801 ttaaaaaaaa tatcaatcgt ttttaaacgt tgatttttca gcttgtgggg tgatttatcg
+     1861 ctaacttgga aaatgataat aaagcattat ccataatatt agttgtggaa atgaaattca
+     1921 aatagatgtt gtgttatata cgatgaggat gttgcatttg agtccccgga aatatagtat
+     1981 tttttttacc gaaggtatta tcgtaccggt caagtacggt cacactgcca agcgcagatt
+     2041 tgaggatttc tagatttggc ctcttgatgg actagaagcg ctaccaaaac tggggcttga
+     2101 gttgaattac ctgttggaag acacaatgcc acccacgatc aacaattcgg cggtaaacag
+     2161 tgccgccgaa aagcgacccc agcggcaaac ggagcgcaag taagtgaaca gatccctaaa
+     2221 cagacgccag atactcagac tgatgtgtac cttgcagatc cgagatcatt tgccgcgtga
+     2281 agtatggaaa caacctgccg gatataccat ttgatctgaa gtttctgcag taccccttcg
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+     2401 tgctgacgga acacgatttg ggtgtcacgg tggacctgat taaccgggag ctctatcagg
+     2461 ccgactccat gacgctgctg gaccccgccg atgaaaaact gctggaggag gagactctga
+     2521 cgcccacaga ctctgtgcgt tcgcgccagc attcgaggac ggtgtcatgg ttgcgcaaat
+     2581 ccgagtacat ctccaccgag cagacgcgct tccagcccca gaacctggag aacatcgagg
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+     2701 aagcccagat caaagccatc gagaagacct tcagcgacac caagagcgaa attaccaagc
+     2761 actattccaa gcccaatgtg gtgccagtgg aggtactgcc tatcttcccc gacttcacca
+     2821 actggaagtt cccgtgcgcc caggtcatat ttgacagtga tcccgctcct gcgggcaaga
+     2881 acgtgcccgc ccagctggag gagatgtcgc aggccatgat tcgtggtgtg atggacgaga
+     2941 gcggcgaaca gtttgtcgcc tacttcctgc ccacagagca gacgctggag aaacgccgta
+     3001 cagacttcat caatggcgag ctgtacaagg aggaggagga gtacgagtac aagatcgctc
+     3061 gagagtacaa ctggaacgtg aagaccaaag cttccaaggg ctacgaagaa aactacttct
+     3121 tcgtgatgcg tcaggacggc atctactaca acgagctaga aacccgtgtg cgccttaaca
+     3181 agcgtcgcgt taaggttggc cagcaaccca acaacaccaa gctggtaagt atatttatgc
+     3241 gcatacatct atagcgagct ttactttgta ttatttctac caggttgtca agcatcgtcc
+     3301 attggacagc atggagcatc gtatgcagcg ctatcgcgag cgccagctag aagttcctgg
+     3361 cgaggaggag gagatcgtgg aagaagtgag ggaagaggag caaatgcaaa tcattggcga
+     3421 gacggagaag acgagcgagg acgcagctgt tggcgcacag gcagcatctg gagcggactc
+     3481 acccgcccag gtagcccgcg atcgacagtc tcgttctcgg agtcgaactc gcagcgggtc
+     3541 cagttcagga tctggatctg gctccggctc tcgggccagc agccgctcaa agtctggttc
+     3601 tcggtctggt agcggctcca gatcacgcac aaattcgccg gcaggatccc agaaatccgg
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+     3721 ttctaggtcg agatccaagt ccggttcccg atcacgttcg ggctccagat ctggctctgg
+     3781 gtcgcgatcg cccagccggt ctcgcagtgg ctcgccttct ggttcaggat ccagctctgg
+     3841 aagcgcctca gatgaatgat taattacaaa aaacggcgtt cataataaat aagtttataa
+     3901 tcaaccaagt acatttgaaa actgaactaa ctcgatttaa tatcattttc gcctcaactc
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+    16321 tgacaagcgg atcctgcagc tgacgattcg ccttggccat aatcttagga tgtataaagt
+    16381 ctgactgggg aataatgttt tggcgcacca cacaaccgta gagatggtcc cagtgacgat
+    16441 ttagagcatg aataactcgc agcatacaca gtgcatccaa tgaggcgtct tgtacggtca
+    16501 caacatcagc tggaagagag ctgctaagga aaggctttag agctgaaatc actacaggag
+    16561 ctattccttc gtgccatagc tcagtcttct tgcgcatgaa cttgctgcta gatttgtgag
+    16621 ccttctttgt taacgacccg ccaccgcttg ccactccaga agatgaggag cacgaagagg
+    16681 tagcgtttac acagctggat gcggagcttg aagagctctg ctgtttttgc acgccactgc
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+    16861 ccgactcgtt gtccgtctca ggttgttcac tgaccagtgg cgagaactgc ttgaccgcct
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+   104101 ttgaaatcct actttccaat ggacatgaat acgagtggct tacttcttga gttttgcggt
+   104161 aattgggcct ttcttttatt tccattttat atgactctac cttgaactgt tttggtctag
+   104221 tccacttatc tatatttgcc acatttgcca tttgaacgtg ttctcgtgaa ggatctgtcg
+   104281 atggactgtc atagtcctgg tagcctgctt ccgatttact tgaatactct gaggccatgc
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+   104401 gcttggatct gtttatattg tagacgcgaa aagcgcactc tgccttctct tgtcgttcct
+   104461 tagactcttc caagatttcg ctacatatct gactatagct tttggaacga tcactggata
+   104521 gcaggctctg ctgagaccag gacggcgagt catcgtgatc acttgaaatg tactctgtgt
+   104581 ccttgggcat acctccgtcc tcatttcccg aatggagatt gtcttttgaa tgcttgctgt
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+   116641 actataccac ccaataacta ctttcctatt gctcaggagt ttctaattca caaattctca
+   116701 gatcattatg atatgctgat tggacgcaaa ttgttgtcta aagctaaagc cataatagat
+   116761 tatcaaaaga aaactgccac cctcttcaac aaagtctata aaataaaaga cactgaaaaa
+   116821 cttacagacc aaaatcatgc tcaagtagac tcttcgttcc cacaagaccc taccttttta
+   116881 gaaacctcca cacttcagga gaatctgttc cgactaaacc atttaaatgc agaagaaaaa
+   116941 tacaaattaa caaacttact gacaagattt aaagacattc agtttcacga gggcgacaaa
+   117001 cttagcttca caaaccaaga aaaacataca attaatacca cacataatat tccagtttac
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+   141661 aatagtggac aaacaaatgt tatatagagc gttgtgtgct catgagatat cgattatcga
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+   141901 ataagaaacc acgccccatt tccgaccttc tcctacacac ctagaatggc gaacgaaact
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+   154141 tggtcagagc gagcgaacca agcttgccca atctgaaaat tacctgacgc cttctctgga
+   154201 ctcgcaaagt tcccggcaca ctcactcact tccccggaac tcggagttgt ctggagttga
+   154261 ttcagtagat tcgtacgaca gccactacat cacccatcat tcagtaggaa ttcttccccc
+   154321 cggtcatctg tcttcttcgt cagagaaact tgatttccag ttaccctctg gtaatctcta
+   154381 ttcaacgact caatttgtca agcctgaaga tgcttctgcc cactacatgg aagatgaaga
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+   154621 gccagtgacg cgatacgacg attcccgtca ctcattgtat gtggccaaaa accactcgat
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+   166501 ttacagaaaa tcttagctac atttttaaga agttaaaaga aaactcaaca caaaatgaaa
+   166561 acaaattcag atttaagtta aattaaaacc tttttctcac ataaaacaag atcacaaaaa
+   166621 cgaacagaaa aaatgttgaa agtattatag taacgaaaaa cgatgaaatg tacacgagca
+   166681 atccatttaa caagcattaa attaaaatta tatagaaaca aacgtaataa ataaaactta
+   166741 attaatcaat aaaagttatc aaagacttta attatattta tctataaata aatacatatt
+   166801 gacttagtga tttactaata agtttgtttt taaataactt aaatagtttg ttatttagtt
+   166861 atttatttaa gtttttactg ttagtctact ttaatgttat gttagcctta accatttttt
+   166921 gtcgcactac tttttcttcg atttcggtct agtatattat ttatgcttaa agctttgcac
+   166981 ttgatgactg aaataatgcg tgccttttgc tttttctgat tttaaccgat gcctaaaatc
+   167041 gttgactttt tatgattgaa ttattttgat ttcctgtttt tgttttttta atagatgggt
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+VERSION
+KEYWORDS    .
+SOURCE      Genus species
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+  AUTHORS   Palmer,J.M.
+  TITLE     Direct Submission
+  JOURNAL   Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+  ORGANISM  Genus species
+            Unclassified.
+REFERENCE   1  (bases 1 to 7560)
+  AUTHORS   Palmer,J.M.
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+  JOURNAL   Submitted (21-JUL-2021) CFMR, USDA Forest Service, 1 Gifford
+            Pinchot Drive, Madison, WI 53726, USA
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+# this is a tab separated file describing the location of funannotate databases used for the
+# funannotate annotation tool
+#
+# the columns are:
+# value  description format_version	path
+#
+# for example
+# 2021-07-20-120000	Funannotate database 2021-07-20-120000	1.0	/tmp/database/funannotate/funannotate/2021-07-20-120000
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="funannotate" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
+        <columns>value, description, format_version, path</columns>
+        <file path="tool-data/funannotate.loc" />
+    </table>
+</tables>
diff -r 000000000000 -r 857f7ac611e1 tool_data_table_conf.xml.test
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test	Mon Oct 04 19:38:37 2021 +0000
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="funannotate" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
+        <columns>value, description, format_version, path</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/funannotate.loc" />
+    </table>
+</tables>