Mercurial > repos > iuc > gecko

view test-data/hyopneumoniae_16S-flocculare_16S.txt @ 3:1de657a3198d draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/gecko commit b55cfca7f53d2eaa3f4c7c4ce09436371b088000
author iuc
date Sat, 05 Oct 2024 16:31:40 +0000
parents 09459f6ffe08
children
line wrap: on
line source

>Y00149.1 Mycoplasma hyopneumoniae 16S rRNA gene ALIGNED WITH >GU227405.1 Mycoplasma flocculare strain USP20N 16S ribosomal RNA gene, partial sequence LENGTH: 1224 IDENT: 1195 STRAND: f @(219, 193)
X:	AAGCTTCACCAAGAAATGGGGGTGCGCAACATTAGTTAGTTGGTAGGGTAAAAGCCTACCAAGACGATGA
	||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Y:	AAGCTCCACCAAAAAATGGGGGTGCGCAACATTAGTTAGTTGGTAGGGTAAAGGCCTACCAAGACGATGA

X:	TGTTTAGCGGGGCCAAGAGGTTGTACCGCCACACTGGGATTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	TGTTTAGCGGGGCCAAGAGGTTGTACCGCCACACTGGGATTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC

X:	AGCAGTAAGGAATATTCCACAATAAGCGAAAGCTTGATGGAGCGACACAGCGTGCAGGATGAAGTCTTTC
	||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Y:	AGCAGTAAGGAATATTCCACAATGAGCGAAAGCTTGATGGAGCGACACAGCGTGCAGGATGAAGTCTTTA

X:	GGGATGTAAACTGCTGTTGTAAGGGAAGAAAAAACTAGATAGGAAATGCTCTAGTCTTGACGGTACCTTA
	|| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||
Y:	GGTATGTAAACTGCTGTTGTAAGGGAAGAAAAAATTAGGTAGGAAATGATCTAATCTTGACGGTACCTTA

X:	TTAGAAAGCGACGGCAAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGTCGCAAGCGTTATCCGGAATT
	 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	CTAGAAAGCGACGGCAAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGTCGCAAGCGTTATCCGGAATT

X:	ATTGGGCGTAAAGCGTCCGTAGGTTTTTTGTTAAGTTTAAAGTTAAATGCTAAAGCTCAACTTTAGTCCG
	|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Y:	ATTGGGCGTAAAGCGTTCGTAGGTTTTTTGTTAAGTTTAAGGTTAAATGCTAAAGCTCAACTTTAGTCCG

X:	CTTTAGATACTGGCAAAATAGAATTATGAAGAGGTTAGCGGAATTCCTAGTGGAGTGGTGGAATACGTAG
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	CTTTAGATACTGGCAAAATAGAATTATGAAGAGGTTAGCGGAATTCCTAGTGGAGTGGTGGAATACGTAG

X:	ATATTAGGAAGAACACCAATAGGCGAAGGCAGCTAACTGGTCATATATTGACACTAAGGGACGAAAGCGT
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Y:	ATATTAGGAAGAACACCAATAGGCGAAGGCAGCTAACTGGTCATATATTGACACTGAGGGACGAAAGCGT

X:	GGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATCATTAGTTGGTGGCAAAAG
	 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Y:	CGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATCATTAGTTGGTGGCAGAAG

X:	TCACTAACACAGCTAACGCGTTAAATGATCCGCCTGAGTAGTATGCTCGCAAGAGTGAAACTTAAAGGAA
	|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	TCACTAGCGCAGCTAACGCGTTAAATGATCCGCCTGAGTAGTATGCTCGCAAGAGTGAAACTTAAAGGAA

X:	TTGACGGGAACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTTGAAGATACGCGTAGAACCTTACCCACT
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Y:	TTGACGGGAACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTTGATGATACGCGTAGAACCTTACCCACT

X:	CTTGACATTCTCGCAAAACTATAGAGATATAGCCGAGGCTAACGAGATCACAGATGGTGCATGGTTGTCG
	||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Y:	CTTGACATTCTCGCAAAACTATAGAGATATAGCGGAGGCTAACGAGATTACAGATGGTGCATGGTTGTCG

X:	TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTGCAACGAGCGCAACCCTTTTCTTTAGTTGCTAACAT
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTGCAACGAGCGCAACCCTTTTCTTTAGTTGCTAACAT

X:	TTAGTTGAGAACCCTAAAGATACTGCCGGCGCAAGCCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATG
	| |||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Y:	TAAGTTGAGAACCCTAGAGATACTGCCGGTGTAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATG

X:	CCTCTTACGAGTGGGGCAACACACGTGCTACAATGGCTACTACAAAGAGCAGCAAAACAGTGATGTCAAG
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	CCTCTTACGAGTGGGGCAACACACGTGCTACAATGGCTACTACAAAGAGCAGCAAAACAGTGATGTCAAG

X:	CTAATCTCAAAAAAGTAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTA
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	CTAATCTCAAAAAAGTAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTA

X:	GTAATCGCAGGTCAGCTATACTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTTTTGTACACACCGCCCGTCACACCATG
	||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y:	GTAATCGCAGGTCAGCTATACTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTTTTGTACACACCGCCCGTCACACCATG

X:	GGAGTTGGTAATGCCCAAAGTCGGTGAGTTAACT
	||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Y:	GGAGTTGGTAATGCCCAAAGTCGGTGAGTAACCT


>Y00149.1 Mycoplasma hyopneumoniae 16S rRNA gene ALIGNED WITH >GU227405.1 Mycoplasma flocculare strain USP20N 16S ribosomal RNA gene, partial sequence LENGTH: 121 IDENT: 113 STRAND: f @(94, 66)
X:	TTTAGTAGCAAATGGGTGAGTAACACGTACCTAACCTACCTTTTGGACTGGGATAACCATTGGAAACAGT
	|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Y:	TTTAGTAGCAAATGGGTGAGTAACACGTACCTAACCTACCTTTTGGACCGGGATAACCATTGGAAACAGT

X:	GGCTAATACCAGATATGATAAAAATTTGCATGAATTTTTATTCAAAGGAGC
	|||||||||| ||||| |||||||||   ||||||||||||  ||||||||
Y:	GGCTAATACCGGATATCATAAAAATTCATATGAATTTTTATGAAAAGGAGC


>Y00149.1 Mycoplasma hyopneumoniae 16S rRNA gene ALIGNED WITH >GU227405.1 Mycoplasma flocculare strain USP20N 16S ribosomal RNA gene, partial sequence LENGTH: 23 IDENT: 22 STRAND: f @(53, 17)
X:	ATACATGCATGTTGAACGGAATA
	||||||||||||||||||| |||
Y:	ATACATGCATGTTGAACGGGATA


>Y00149.1 Mycoplasma hyopneumoniae 16S rRNA gene ALIGNED WITH >GU227405.1 Mycoplasma flocculare strain USP20N 16S ribosomal RNA gene, partial sequence LENGTH: 24 IDENT: 21 STRAND: r @(181, 1271)
X:	ATAAAAATTTGCATGAATTTTTAT
	|||||||||   ||||||||||||
Y:	ATAAAAATTCATATGAATTTTTAT