Mercurial > repos > iuc > gemini_recessive_and_dominant

diff test-data/gemini_dump_result.tabular @ 0:69ec574f6f41 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/gemini commit 4bbfca6f0e9cae9a8f263aad4eab7304c96358c4
author iuc
date Thu, 18 Feb 2016 08:53:48 -0500
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/gemini_dump_result.tabular	Thu Feb 18 08:53:48 2016 -0500
@@ -0,0 +1,97 @@
+chrom	start	end	ref	alt	type	sub_type	aaf	in_dbsnp	gene	sample	genotype
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 child_1	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 child_2	G/G
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 dad_2	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 mom_2	G/G
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 dad_1	G/G
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 mom_1	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 child_3	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 dad_3	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 mom_3	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 child_4	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 dad_4	G/A
+chr1	16976	16977	G	A	snp	ts	0.375	0	DDX11L1 mom_4	G/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 child_1	A/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 child_2	A/G
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_2	A/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_2	A/G
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_1	A/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_1	A/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 child_3	A/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_3	A/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_3	A/G
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 child_4	A/G
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_4	A/A
+chr1	17221	17222	A	G	snp	ts	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_4	A/A
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P child_1	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P child_2	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P dad_2	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P mom_2	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P dad_1	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P mom_1	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P child_3	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P dad_3	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P mom_3	TTCT/TTCT
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P child_4	TTCT/T
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P dad_4	TTCT/T
+chr1	17362	17366	TTCT	T	indel	del	0.0833333333333	0	WASH7P mom_4	TTCT/TTCT
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 child_1	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 child_2	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 dad_2	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 mom_2	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 dad_1	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 mom_1	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 child_3	G/A
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 dad_3	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 mom_3	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 child_4	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 dad_4	G/G
+chr1	17562	17563	G	A	snp	ts	0.0416666666667	0	DDX11L1 mom_4	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 child_1	G/C
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 child_2	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_2	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_2	G/C
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_1	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_1	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 child_3	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_3	G/C
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_3	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 child_4	G/C
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 dad_4	G/G
+chr1	17696	17697	G	C	snp	tv	0.166666666667	1	DDX11L1 mom_4	G/G
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 child_1	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 child_2	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 dad_2	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 mom_2	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 dad_1	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 mom_1	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 child_3	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 dad_3	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 mom_3	A/A
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 child_4	A/G
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 dad_4	A/G
+chr1	17721	17722	A	G	snp	ts	0.125	1	DDX11L1 mom_4	A/G
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P child_1	C/C
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P child_2	C/C
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P dad_2	C/C
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P mom_2	C/C
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P dad_1	C/A
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P mom_1	C/C
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P child_3	C/A
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P dad_3	C/C
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P mom_3	C/C
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P child_4	C/A
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P dad_4	C/A
+chr1	17729	17730	C	A	snp	tv	0.208333333333	0	WASH7P mom_4	C/A
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 child_1	A/A
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 child_2	A/A
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 dad_2	A/A
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 mom_2	A/A
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 dad_1	A/G
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 mom_1	A/G
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 child_3	A/G
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 dad_3	A/G
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 mom_3	A/G
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 child_4	A/G
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 dad_4	A/G
+chr1	17745	17746	A	G	snp	ts	0.333333333333	1	DDX11L1 mom_4	A/G