Mercurial > repos > iuc > gemini_set_somatic

comparison test-data/gemini_dump_result.tabular @ 0:230c975e7759 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/gemini commit 4bbfca6f0e9cae9a8f263aad4eab7304c96358c4
author iuc
date Thu, 18 Feb 2016 08:57:23 -0500
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:230c975e7759
1 chrom start end ref alt type sub_type aaf in_dbsnp gene sample genotype
2 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_1 G/A
3 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_2 G/G
4 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_2 G/A
5 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_2 G/G
6 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_1 G/G
7 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_1 G/A
8 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_3 G/A
9 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_3 G/A
10 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_3 G/A
11 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_4 G/A
12 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_4 G/A
13 chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_4 G/A
14 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_1 A/A
15 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_2 A/G
16 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_2 A/A
17 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_2 A/G
18 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_1 A/A
19 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_1 A/A
20 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_3 A/A
21 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_3 A/A
22 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_3 A/G
23 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_4 A/G
24 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_4 A/A
25 chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_4 A/A
26 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_1 TTCT/TTCT
27 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_2 TTCT/TTCT
28 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_2 TTCT/TTCT
29 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_2 TTCT/TTCT
30 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_1 TTCT/TTCT
31 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_1 TTCT/TTCT
32 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_3 TTCT/TTCT
33 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_3 TTCT/TTCT
34 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_3 TTCT/TTCT
35 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_4 TTCT/T
36 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_4 TTCT/T
37 chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_4 TTCT/TTCT
38 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_1 G/G
39 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_2 G/G
40 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_2 G/G
41 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_2 G/G
42 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_1 G/G
43 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_1 G/G
44 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_3 G/A
45 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_3 G/G
46 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_3 G/G
47 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_4 G/G
48 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_4 G/G
49 chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_4 G/G
50 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_1 G/C
51 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_2 G/G
52 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_2 G/G
53 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_2 G/C
54 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_1 G/G
55 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_1 G/G
56 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_3 G/G
57 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_3 G/C
58 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_3 G/G
59 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_4 G/C
60 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_4 G/G
61 chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_4 G/G
62 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_1 A/A
63 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_2 A/A
64 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_2 A/A
65 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_2 A/A
66 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_1 A/A
67 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_1 A/A
68 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_3 A/A
69 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_3 A/A
70 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_3 A/A
71 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_4 A/G
72 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_4 A/G
73 chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_4 A/G
74 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_1 C/C
75 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_2 C/C
76 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_2 C/C
77 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_2 C/C
78 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_1 C/A
79 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_1 C/C
80 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_3 C/A
81 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_3 C/C
82 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_3 C/C
83 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_4 C/A
84 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_4 C/A
85 chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_4 C/A
86 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_1 A/A
87 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_2 A/A
88 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_2 A/A
89 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_2 A/A
90 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_1 A/G
91 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_1 A/G
92 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_3 A/G
93 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_3 A/G
94 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_3 A/G
95 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_4 A/G
96 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_4 A/G
97 chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_4 A/G