Mercurial > repos > iuc > gemini_set_somatic
diff test-data/gemini_dump_result.tabular @ 0:230c975e7759 draft
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/gemini commit 4bbfca6f0e9cae9a8f263aad4eab7304c96358c4
| author | iuc |
|---|---|
| date | Thu, 18 Feb 2016 08:57:23 -0500 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/gemini_dump_result.tabular Thu Feb 18 08:57:23 2016 -0500 @@ -0,0 +1,97 @@ +chrom start end ref alt type sub_type aaf in_dbsnp gene sample genotype +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_1 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_2 G/G +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_2 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_2 G/G +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_1 G/G +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_1 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_3 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_3 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_3 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 child_4 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 dad_4 G/A +chr1 16976 16977 G A snp ts 0.375 0 DDX11L1 mom_4 G/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_1 A/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_2 A/G +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_2 A/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_2 A/G +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_1 A/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_1 A/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_3 A/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_3 A/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_3 A/G +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 child_4 A/G +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_4 A/A +chr1 17221 17222 A G snp ts 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_4 A/A +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_1 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_2 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_2 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_2 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_1 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_1 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_3 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_3 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_3 TTCT/TTCT +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P child_4 TTCT/T +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P dad_4 TTCT/T +chr1 17362 17366 TTCT T indel del 0.0833333333333 0 WASH7P mom_4 TTCT/TTCT +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_1 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_2 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_2 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_2 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_1 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_1 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_3 G/A +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_3 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_3 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 child_4 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 dad_4 G/G +chr1 17562 17563 G A snp ts 0.0416666666667 0 DDX11L1 mom_4 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_1 G/C +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_2 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_2 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_2 G/C +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_1 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_1 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_3 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_3 G/C +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_3 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 child_4 G/C +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 dad_4 G/G +chr1 17696 17697 G C snp tv 0.166666666667 1 DDX11L1 mom_4 G/G +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_1 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_2 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_2 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_2 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_1 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_1 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_3 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_3 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_3 A/A +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 child_4 A/G +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 dad_4 A/G +chr1 17721 17722 A G snp ts 0.125 1 DDX11L1 mom_4 A/G +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_1 C/C +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_2 C/C +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_2 C/C +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_2 C/C +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_1 C/A +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_1 C/C +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_3 C/A +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_3 C/C +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_3 C/C +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P child_4 C/A +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P dad_4 C/A +chr1 17729 17730 C A snp tv 0.208333333333 0 WASH7P mom_4 C/A +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_1 A/A +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_2 A/A +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_2 A/A +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_2 A/A +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_1 A/G +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_1 A/G +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_3 A/G +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_3 A/G +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_3 A/G +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 child_4 A/G +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 dad_4 A/G +chr1 17745 17746 A G snp ts 0.333333333333 1 DDX11L1 mom_4 A/G