# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1663336134 0
# Node ID c61bc8bb5f1e963512a7d1a5759a4d3cc0df7d1f

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/hapog commit e0b3195d9d7ae754bcc61c50bf127e13c9b1e9dc

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+<tool id="hapog" name="Hapo-G" profile="21.05" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@">
+    <description>genome polishing</description>
+    <macros>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">1.3.3</token>
+        <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    </macros>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">hapog</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+hapog
+--genome '${genome}'
+--output output/
+
+--threads \${GALAXY_SLOTS:-1}
+
+#if str( $reads.type ) == "short":
+    #for $i in $reads.pe1
+        --pe1 '${i}'
+    #end for
+    #for $i in $reads.pe2
+        --pe2 '${i}'
+    #end for
+#elif str( $reads.type ) == "short_collection":
+    #for $i in $reads.pecol
+        --pe1 '${i.forward}'
+        --pe2 '${i.reverse}'
+    #end for
+#elif str( $reads.type ) == "long":
+    --single '${single}'
+#elif str( $reads.type ) == "bam":
+    -b '${bam}'
+#end if
+
+$u
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param argument="--genome" type="data" format="fasta" label="Genome assembly to polish"/>
+        <conditional name="reads">
+            <param name="type" type="select" label="Type of data used for polishing">
+                <option value="short">Short (paired) reads</option>
+                <option value="short_collection">Short (paired) reads collection</option>
+                <option value="long">Long reads</option>
+                <option value="bam">Pre-aligned reads (BAM)</option>
+            </param>
+            <when value="short">
+                <param argument="--pe1" type="data" format="fastq,fastq.gz" multiple="true" label="First set of short reads"/>
+                <param argument="--pe2" type="data" format="fastq,fastq.gz" multiple="true" label="Second set of short reads"/>
+            </when>
+            <when value="short_collection">
+                <param name="pecol" type="data_collection" collection_type="paired" format="fastq,fastq.gz" label="Paired collection of short reads"/>
+            </when>
+            <when value="long">
+                <param argument="--single" type="data" format="fastq,fastq.gz" label="Long reads"/>
+            </when>
+            <when value="bam">
+                <param name="bam" type="data" format="bam" label="Pre-aligned reads"/>
+            </when>
+        </conditional>
+        <param argument="-u" type="boolean" truevalue="-u" falsevalue="" checked="False" label="Include unpolished sequences in final output" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="fasta" name="output" from_work_dir="output/hapog_results/hapog.fasta"/>
+        <data format="tsv" name="changes" from_work_dir="output/hapog_results/hapog.changes"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="genome" value="genome.fa" />
+            <conditional name="reads">
+                <param name="type" value="short" />
+                <param name="pe1" value="fastq1.fq" />
+                <param name="pe2" value="fastq2.fq" />
+            </conditional>
+            <output name="output" file="hapog_short.fasta" />
+            <output name="changes" file="hapog_short.changes" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" value="genome.fa" />
+            <conditional name="reads">
+                <param name="type" value="short" />
+                <param name="pe1" value="fastq1.fq.gz" />
+                <param name="pe2" value="fastq2.fq.gz" />
+            </conditional>
+            <output name="output" file="hapog_short.fasta"/>
+            <output name="changes" file="hapog_short.changes" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" value="genome.fa" />
+            <conditional name="reads">
+                <param name="type" value="long" />
+                <param name="single" value="fastq1.fq" />
+            </conditional>
+            <output name="output" file="hapog_long.fasta" />
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+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" value="genome.fa" />
+            <conditional name="reads">
+                <param name="type" value="long" />
+                <param name="single" value="fastq1.fq.gz" />
+            </conditional>
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+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" value="genome.fa" />
+            <conditional name="reads">
+                <param name="type" value="bam" />
+                <param name="bam" value="input.bam" />
+            </conditional>
+            <output name="output" file="hapog_bam.fasta"/>
+            <output name="changes" file="hapog_bam.changes" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+Hapo-G uses alignments produced by BWA (or any other aligner that produces SAM files) to polish the consensus of a genome assembly.
+]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1093/nargab/lqab034</citation>
+    </citations>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r c61bc8bb5f1e test-data/fastq1.fq
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/fastq1.fq	Fri Sep 16 13:48:54 2022 +0000
@@ -0,0 +1,400 @@
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++
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:14518:9998/1
+GTTATTATTATGTCCTACAAGCATTAATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGGGATAGACCTGTGATCCATCGTGAT
++
+AAAAAFFFFFFFGGGGGGGGGGHGGHHHHGHHHHHHHGCGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHGHHGFHFE5BGEEHFGGGHHHHHHHHFBHHGGGGFHGHHFGHHHHGHHHHHHGEGGGGFHFHGEGHHGGCDGDGHGGGDGGHGGCGGGHGHHH/ACDG?.1FGCDCCGCA.CC@CDCHFHGFFGGGEBFGAB//CEFBFGG.:;D;;A0AFFFFFB..:@ABFF//;BFFFFFBF/9D:A//
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:18422:19051/1
+GTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACG
++
+CCCCCFDDDDDFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGGHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGFDHGFHCFGGGGFGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFBFFFFFFFFFF:FFF.
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:25545:21098/1
+ATTAATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATAAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGGCTTATTTAAGGGGAACGGGTGGGG
++
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+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5446:12248/1
+AATTAACACACTTTAGTAAGTATGTTCGCCTGTAATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGTGGGCTAT
++
+CCCCDFFFFCCFGGGGGGGGFGHHHHHGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGBGHGGHGGHHHHHHHHHHGHGHGGGGGHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGHHHHFFGHHHGGGGGGHHHGFGGHHGGGGHHHHHHGGGGGGHGHHGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHFHGGGHHHHGGGGGG:FE;EGEGGGGG/;?FGGGGGGGFFFFGGFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFBFFFFFFEFFFFFEFFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1101:5861:6452/1
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++
+ABCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHFHHHHHHGGHGHGGHGGHHHHHHHGGHFHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHEGGHHGGGGGGHHHGGGGHGGGGGHHHHHHGGGDCGHHHHGGGGGGGHEFGGGGHGHHHGHGGGFGGGGGGGEGGGGGGG?E0CEFGGGGGFEE9EEFFFFFBFFFFFFFBFFBD.AFFFFFFF0
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10403:6021/1
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++
+>A@AAAAD2ADDFFGGGGGFGGHA?EAEFBEAGHFABFGG5FDF5DB1EEGAFDFB53FF5FH@G5FFEHGHEFHFFHBE333GF43GCGGGGE@0?BFGGB0B?FHGFDGGHHHBFFDEGGHGFFFDFE@<1>@FFFGHHHHFHEFGDABFFGG/@DCE<CG1<GF0/DD000=<DHGBDFDCECE/:AC?-;-;9B/ABBB-AD9BFB99AB?BDFBAD-.9..@;=;;..9..9/9;BEF;A:9/BFF
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:10677:23253/1
+CCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTAATTCTGTCTCTTATACACA
++
+ABBBBFFFFFFFGGGGGGGCGGGHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHBGFHHHHGHGHGGHGGGCGGGHHHGGGGGGGHHHGHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFEDBDFFFFFFFEFFFE0F0FBFFFF0FFFFFFFFFFFFFFFFF:
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:13809:1733/1
+ATATTGAACGTAGGTGCGATAAATAATAGGATGAGGCAGGAATCAAAGACAGATACTGCGACATAGGGTGCTCCGGCTCCAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTGCACACCCCCCAGACGAAAATACCAAATGCATGGAGAGCTCCCGTGAGTGGTTAATAGGGTGATAGACCTGTGATCCATCGTGATGTCTTATTTAAGGGGAACGTGAGGGCTATTTAGGTTTTATGCTGTCTCTTATACACATCTCCG
++
+BCCBCFFFFFBFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGHHGGGGGH3EHHHGHGHHHHHHHHHGGCEGGGHHHGGGFHGGGGGGHHGEAEFHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHGGGGGGGHGGCFFGHHFGHHHGHHHHHHCHGFHHHHGGHGGG00EHGHHHGFHHGEHGHFFFHHGGFHHHGGGGGGGGGB;;CFFGGFGFFBFFDFED;E.:A?DFFFFFFFF:FFFFF0BFFBBBFFFFFBFF0BFBF9F.
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:17584:10050/1
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++
+CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGHHHHHGGHHHGGGGGGHHHGFGDHHGGGGHHHHHHGGGGGGHHHHGGGGGGGHGGGEGGHHHHHHHGHGHHGHHHHGHHHHGGGGFDGHFHGEHHHHHHGFFHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHFHHHHHHGGGGGHHHHGGGHHGHHHGGGGGGGGGGGFGFFGGGGGGGCFGGGFGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFF;.BF9ADF/9;A;DFFF0
+@M01368:8:000000000-A3GHV:1:1102:18842:24844/1
+CACTTGGGGGTAGCTAAAGTGAACTGTATCCGACATCTGGTTCCTACTTCAGGGTCATAAAACCTAAATAGCCCACACGTTCCCCTTAAATAAGACATCACGATGGATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCT
++
+BBBCBFF@CCBBGGGGGGGGGGHHGHGGHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHFHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHGGHHHHHHGHBFGHHHHHHHHBGHHHHHHGHGGGHFGCGGFHHFHFFHHBHHHHFFHFHHHHGGDHGGBC?;@DFBFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFF.B?FB.@;;DFFFFFFFFFFFEE-A./BBBFBFBFFF//BFB/BFF/
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++
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++
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