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(ENSMUST00000136302, intron 2 of 2)--2 chr2 74688017 74690923 + I 158 +promoter-TSS (ENSMUST00000061745) chr2 74690924 74692024 + P 9 +exon (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2) chr2 74692025 74692724 + E 96 +intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1) chr2 74692725 74694090 + I 158 +exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694091 74694093 + E 98 +TTS (ENSMUST00000136302) chr2 74694094 74694519 + TTS 46 +promoter-TSS (ENSMUST00000126966) chr2 74694520 74695620 + P 15 +promoter-TSS (ENSMUST00000152027) chr2 74695621 74695701 + P 25 +TTS (ENSMUST00000061745) chr2 74695702 74696105 + TTS 38 +TTS (ENSMUST00000190845) chr2 74696106 74696726 - TTS 57 +promoter-TSS (ENSMUST00000059272) chr2 74696727 74697827 + P 8 +promoter-TSS (ENSMUST00000190845) chr2 74697828 74698586 - P 28 +exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2) chr2 74698587 74698833 + E 92 +intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1) chr2 74698834 74699179 + I 158 +exon (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699180 74699421 + E 94 +3' 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exon 2 of 3) chr2 74744012 74744113 + E 72 +TTS (ENSMUST00000144544) chr2 74744114 74744673 + TTS 51 +promoter-TSS (ENSMUST00000140666) chr2 74744674 74745774 + P 19 +promoter-TSS (ENSMUST00000190553) chr2 74745775 74745822 + P 27 +5' UTR (ENSMUST00000140666, exon 1 of 2) chr2 74745823 74746156 + 5UTR 127 +exon (ENSMUST00000140666, exon 1 of 2) chr2 74746157 74746220 + E 128 +exon (ENSMUST00000190553, exon 1 of 1) chr2 74746221 74746321 + E 155 +exon (ENSMUST00000047830, exon 3 of 3) chr2 74746322 74746495 + E 74 +TTS (ENSMUST00000140666) chr2 74746496 74747596 + TTS 48 +3' UTR (ENSMUST00000111983, exon 3 of 3) chr2 74747080 74747799 + 3UTR 116 +3' UTR (ENSMUST00000047830, exon 3 of 3) chr2 74747597 74747799 + 3UTR 73 +TTS (ENSMUST00000047830) chr2 74747800 74748900 + TTS 33 +TTS (ENSMUST00000053932) chr2 74748901 74748918 + TTS 36 +TTS (ENSMUST00000111983) chr2 74748919 74749271 + TTS 43 +TTS (ENSMUST00000190553) chr2 74749272 74749442 + TTS 56 +Intergenic--4 chr2 74749443 1500000000 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(ENSMUST00000136302, intron 2 of 2)--2 chr2 74688017 74690923 + I 88 +promoter-TSS (ENSMUST00000061745) chr2 74690924 74692024 + P 6 +exon (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2) chr2 74692025 74692724 + E 51 +intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1) chr2 74692725 74694090 + I 88 +exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694091 74694093 + E 53 +TTS (ENSMUST00000136302) chr2 74694094 74694519 + TTS 26 +promoter-TSS (ENSMUST00000126966) chr2 74694520 74695620 + P 9 +TTS (ENSMUST00000061745) chr2 74695621 74696105 + TTS 22 +TTS (ENSMUST00000190845) chr2 74696106 74696726 - TTS 31 +promoter-TSS (ENSMUST00000059272) chr2 74696727 74697827 + P 5 +promoter-TSS (ENSMUST00000190845) chr2 74697828 74698586 - P 15 +exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2) chr2 74698587 74698833 + E 47 +intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1) chr2 74698834 74699179 + I 88 +exon (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699180 74699421 + E 49 +3' UTR (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2) chr2 74699422 74700005 + 3UTR 48 +TTS (ENSMUST00000198895) chr2 74700006 74700107 - TTS 32 +TTS (ENSMUST00000059272) chr2 74700108 74701041 + TTS 21 +promoter-TSS (ENSMUST00000198895) chr2 74701042 74702142 - P 16 +Intergenic--3 chr2 74702143 74703614 + N 1900000000 +promoter-TSS (ENSMUST00000151380) chr2 74703615 74703904 + P 14 +promoter-TSS (ENSMUST00000019749) chr2 74703905 74705005 + P 3 +promoter-TSS (ENSMUST00000074721) chr2 74705006 74705252 + P 7 +5' UTR (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74705253 74705547 + 5UTR 40 +exon (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2) chr2 74705548 74706118 + E 41 +intron (ENSMUST00000074721, intron 1 of 1) chr2 74706119 74706513 + I 88 +exon (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2) chr2 74706514 74706711 + E 43 +TTS (ENSMUST00000151380) chr2 74706712 74707206 + TTS 30 +TTS (ENSMUST00000074721) chr2 74707207 74707832 + TTS 23 +TTS (ENSMUST00000019749) chr2 74707833 74708933 + TTS 19 +Intergenic--4 chr2 74708934 74709192 + N 1900000000 +TTS (ENSMUST00000145799) chr2 74709193 74710293 - TTS 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+GCTAGTCAGGAAGAGCATCCAAGCCTCCTGGGACTTAGTTTTGCCCTGTG +TGTATCACACTTCTTGGGTCGATTGGTGCTAAGGACCATTGGCTTGCAGC +TCAGGGTATTATTGTCCTTAAGAGGCATGCAGGCTGGGTGTGATCCCACT +GCTTTGGTTACACAGCAAATATAAAGCGGCTTGTCCTCCAGGCTCCTGCT +CCTACCCAGTGTGCAGCATGTATCTCCGTGCTCCTCGTCCTGTTCACTTT +AGAATCCGATTTTGTCTTTATGCTCAGAGCCCATGGGAAAGTATATAGAG +ATCTTGGAGCACCAGGAGTGGCTTGGGAAAGGGAGTCAGGCCAATTGGCC +GTAATATTAACCGATTTCAACACACACTAATTACTGTAGGTATTCATCTA +AGGACAGGTGTGATGTTAATAGCAATTTCCTGGAATGATTGCGgggggag +gaggaggaggaggaggaggaggaggaggaagaggaggaggaggaAGaaac +tgggtgtgctggtatatacccatagtcctatattagggaggtgaaggcag +aagttcaggaaatcaaagtcaactttggttccacagcaaataggaagcca +acttgggttgcataaaatactgtcacaaCCCTCAACCCTTCCTTTCCCCA +AAATTAATTAAAGAGAGAGAGAGATCAAAATTGAGTTAAAGAATATATGA +ACTGATATTCACTTCTTTTCTTTCTTTTCTTTTTttttggtttttcgaga +cagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagacc +aggctgacctcgaactcagaaatccgcctgcctcttttacttttACTTAT +GGATTATACTTTTTTTTTAATTCCCCTCAGAGATGTTTCATTTTACCACG +TTGAAGGTATGGGCCACCTTTTAGCCCCTGTCCAGCTCACTACACATGGA +CAATTTAGAGTTCTTTGGAGCACTGTATGGCCTTTGAAATGCCATCCATT +ACGGGGACTGGCCTCCTTGTTTTTCCCTGTCAGCAGATTCTGTGGAGAGC +ATCTTGCTGGTAGACCCCATTTTATTGTCTAATGATGAGATTCAATGAAG +CAGTGAAGGGTAAGGCTTTTAAAATATCCCTAGTGGGGCTTTGATATAGA +GCATAAAGGTCTCCTCTCTGGACCCGCTCCACTCCTTTTCTCCTGCTTTA +TTAATTCAACCGTAAATTGCACACTTTTAATGAAGTGTTACCTTTCTGCT +AACTTCCCCAGCTTCAGTTCGGTGCAGCTCCTGATGGTACAGGGACCAGT +TTACAGCTGGCTCCAAGCATCAGCTGACAAGAGGATCCAACCTAGCATTG +TCACGGATCTTAAATGAAGCCAACACGTTAGCAAACCAGGTGGTTTGGAG +TTGGGCCGTATCAGATGCCCAGAGGAAGGACACAAATCACCATGCCTCTG +TAACCAGCATGCCACAGGACCTGAGGAGAGTACAGCTAGCATTATTTTAA +AGATACAGACAACATCGTAAGCCTGTGGGAGACACATGCATGGGGAAGGG +GGTTCGGGGAGGGGGTTAATTCCCTCATCCATTATCAATAATCATTTGCA +TTGCTATGTGATTAGATCTATTTGAGGGaaaaacaaaagcaaaaaccaaa +acaaaaCCTTGTTGgtcaggcatggtggtgtacacctttaagcccagcac +tcagaaggcaaaagcagaggtaggtggatgtcgatgcattcaagtccagc +ctgggctatataatcacatgctgtctagaaacaaaaCAAGCAGGCATGTG +TTTGGAGAAGGGTGGTCTATGGCCGTTTGTTGCCACTGAACTCTACTGAG +AACCCAGACCTGCCGGCATTTTTTTCACCTCTATTGCCATCTAGAGGAGA +CAATTGGAAGGACATGAAGTAAGTCCCCAGATGGAATTAAGTGAAAACCA +ATACTGGAAAGAAACATTTGTACAAAACTCTAAGAATCACTACACTTTGT +TGGCTCCAACTTTATGTTTTTCTCCTCTCTTTCCATCTGGCTCAGTTACA +GGCAGGATTTGAATATCCACTTATGGGCTTTTATATCAGCACTTCCGGCA +TTTCGAGGGCTCCGGTGGACACCTCTTATAGACATAAAATCATGAAACTT +TCTGATGAGGTGgtttgtttgtttgtttgtttacttgGATTTTGGTGAAT +GGAGAAGAGGATGGAGCCTTTCAACACAGAGAGGCAGTTTCCTGACGTCC +ATAGCCTCAGAACCTATTCATTTTGTGGGGTGTTTATAGGTAGCACGTTG +GTCAAATATGTTTTGCTAGGGAGAGCAGTACTGAGCCGTTTTCTTTACAA +CCTTTAAATTACTGGTGTGCACTGTGGACTTGAGGAGATCAAACACGGGG +CAAGCAGTGACCTTGGAGCCTCCTGCCTTTCACAGAACCGATGGGAAATA +TCCTGTGTACACTTCAAGGACTGTTCCCACAGGCAAGAGAAGCTGGCCTG +CTGCATGCACACCATGTGCAAACAGACCAGCCCTTCCTCAGCTCTCCTGC +TCCTCTCTGTCTAAACATTGTTGAAGCTTTGTTTTGGGGTTGAGTGGCTT +AAAGACTGTAACCATGGTCACTAACAACAGGGATACATCTTTGTGAGCGT +ATCGTTGAGTGTGCTTTCGTAAGCCTCAATGGTATGAGCTAATTTACTCT +ATGACATGGCCTCTTGTGCAACCAGCAACTGTAAATGCAGCATCAGGAGG +CTGCTGCTGGCCTAACATGACAAACTTTTAAGTAAACTCCTTTTGATCTG +GTCTGTGTTGTGCCTCTGCTCATGCATGAGGGGCCCAGACCAGGGTGTTT +GTTAGGCAtcctctgtcactctctaccttattctgcgtgtgtgggggtct +gtttataaacctgggggttattattttttctcactacataggcagttaat +aggctccagtgagtctcccctctctaccttctacagccctggggttacat +gtacgcatacaataatgcctggcttgttctatgggtgctaggatctgaac +ccaggtcctcagagttgtgcagcaagcatgattaatcactgagacaaatc +atcacctgccTTCTCTATTTCTTGGAAAAGATCTCACGTAGCCTGTTATG +TAGCTGAAGATGACTTTGAGTTTCtttttttgttttaaaagatttatttg +tttgtttgttttatgtatatgagtacactgtagttgtacagatggttgtg +agccatcttgtagttactgggaattgaactcagaacttctgCTCGCTCTA +GCCCTGCTCATTCTGGCCCCACTTTCTCCAGCCCaaagatttatttatta +tgtataagtacactgtagctcacacacaccagaagagggcgtcagatctc +attacagatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgatctcagg +acctttggaagagcagtcagtgctcttaaccgctgagtcatctctccaga +cccaaccttgaattctcctgcatctccctcctggatgcttggattacagg +actccaccacactgggtttatgtggtgctgaggtcgaatgccgagcttgg +tgcaagtgctcttccgacggagctgcttctccaacctcTTCTGTTTTACT +TTTCTTAGTACGTAGGACCACACTCTAAAATAAAGACAAAAACACTAACT +TAGCAACGCACATGTGGGTACTGTGTTCCTTTATTGTCCTTAGGAAGCAT +TCTGTATTGTACATAACTGTGCTGTACTTTCATAAGTGTAACAGCATGGT +GGCTGTATCTACTCCAACAATGTCATGACAGGGATGGAATGTGCTGTGCT +ACATTGTGAGGTTGGCAATGTCACAAAATCTCCAGTTGCATTGTATCTGT +AAGACACCAACTATGCCGGCCTGTGACTACCCAACTATCAGTGTGTGGGT +CCTTAACTACGTCCCCCCCACCCCCAGAAGGAATGCAGTAGGGATGGGtt +tcttttttttttttttttcttttctttcttttttttttttttttttggtt +tttcgagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactt +tgtagaccaggctgggctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctccc +gagtgctgggattaaaggcgtgcgccaccacgcctagcAGGGATGGGTTT +CTTTTTGACAGTTGCTATGTCCAGATGAAACACAGTAAGCTCATCGGTAA +CATAAGACACACTCTATCAGCACCAAGGAGCATGCTGTAAGATGGTCTCT +CTACTTCCAATACATCTAGTCTACTAACTCCACGAAGGGCCCAGTGGGAG +GGAGACCAGAGCTGAGAGAGCAAGAGCCTTTGTTGCACCATGGAGTAAGT +AGAGTGATACGTTTACATACAAAGATTTCTTAGATAGATAAATGATCATC +CTACCAGATTTATTCATTGTAACTGGAACAGTGGGACTTTGTTTCTTGTG +GAGCAAGGCCACATTCTTCCGTGGAAGGCAGCCTTACAGGAAGGTGGTTA +TAGTAGCACCATTGTTAGAGCAGTTCACCCCAGTTTAGAAGGTTTAAATG +CCAATGACTATGTGACTATGAATATCTATTGTGTTAATCCTGCAATTTTA +TGTACATTGCAGTGCTCTGCTGCTGAGCCCCGTACTTAGCTCTTGGGTTT +ttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttAGCTTTAGCTTGGCCT +GAACTATGTAGCCTGGGCAGGCCTCACGCTTGTGGTCCTCCCCACCTCAG +CATCAAGTAAATAATATTAATGTTTCTTCTGCAATAGCTTTTCTGCTATT +TTTAGGGAAAGAAATATGCAATTCACATTTTTTGATTCAAGATTATAATA +TCATAATCATATAATACCTGATTGTTTAGATATTAATGAGGCTGGTAGAA +AATATCATCCCTTACGAGGGAAATGTGCTATTTTCATCTTATAAAGAAGC +AACTCAGAGACACTTGCGTGTTCAGTAATGTGAGGAGACAGGAGCAGGTT +CTAATTCAGTTCTATTTGACTCCTGGTCCTAAAACTATTGGTTTATCTGA +TCTTGGAGCAGAGTAATTTTAGAAAATGCTTGCGTATTCTttttgttgtt +gaagtgggggtctttctcaatagcccacattgaccttgaactcataaact +caagcaatcctcctgatacccaagtagctgagtctacatgtctgggcctc +tgtgctcggttGCCTCTGATTTTCATCATCTGAAACTAAGACCTGCCAAA +GTGGGGGGGGGGCAGTTTTCCTGAGATTTCGAGACTTGCATGCGCGGTAC +TGGATTGATGTGAGAGCACCCTCTGGGGCCATCTCTGTTCTAATCCCCGG +GCTTGGTCTTCTGCAGCCTTTGGAAAGGTTATGTTTCAGAATAGGTGTTG +GTTTACACCGATGTTTTTCAATGCTTCATAGTCATTTTTCAAGATAATTC +AGTTATGACTCTATAAAAGAAAACTAAAGAAACAGGGTTAAATTCAGGTC +ATTTGAAAGGAAGTCTTTgccagctggtggtagcacatgcttttaatcct +agcactgtggaggcagacacaagtggatttctgtgagttcgaggccagcc +tggtctacagagctagtcccaggataaatagtgttTCCCTATCttttttt +ttttttttttaatttctttgaaaaatatttCTGGCAGCTTCAAGGGCAGA +AGTTGTTTATTTGTGTGTGTGatttttttaattaggtatttttctcgttt +acattttcaatgctatcccaaaggtcccccatacccaaccccccaatccc +ctacccacccactccccctttttggccctggcgttcccctgtactggggc +atataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttgcagtgatggccgact +agaccatcttttgatacatatgcagctagagacaagagctccggggtact +ggttagttcataatgttgtcccacctatagggttgcagttccctatagct +ccttgggtactttctctagctcctccattgggggctgtgtgaGTGTTGCC +CTATCTTGAAAAagaaggaggaggaagaggaggaggaggagaaagaAAGA +GTATTTGTGTGTGACATAGTCTGAATTTGCCAGGTTTGTGAACATATTTT +CTAGTAATTTTCAACAATTAATTCAGCATACCATGAGTTAATTTATGGTG +ATGGAGAACCTTTCTGTGTATGGATGCCTGGCCATTTTCCCAACAAATTC +ATTTGCTGAAGATGGATTTTTACAAGTAGGTTTGGAAGTGAATTAGGTGT +GAATATAGAAACTGGATTTTAAATATGCGTTTCTTTAGTCCTTTGTTTTA +TATGTGCTGAAAAGAAAGCAGTAACATCTCTCTCTCCCCCTCCTGCCTTT +CCTCCCTTCTTACTttccacccccctcttcttcccctggtccctccccgt +acagtacacctcccacttctctactcactcctcctctggctttccttttg +aaaggccaggctcccatggctatcaaccggccaaggtatatcaagtttca +gtaagaAGGAAGCTGGATTCTTGAAGAACTAAGGACAGATGGAGAGCGAA +AAATCTTGGCCAACCATGGGATTTTAAACAAATCATTTCTCCTTTTCCTT +CTTCATACCTCTCTCTTTTTGATCTAGCTAACTACAAAGGCTCCTCCAGT +TTCTAACTGCCTGTAGGATGACACTGGGGGCAGACACAAGATGTACATTC +TTAGTAAACAAAGCCATGCTCCGTTGTGTCCACTAGGAGGCACTGTAGCA +CCAGTGCACTATCGTCTGTCCTTCAATTTATCCAAGTCAATTTATTTTCC +TTAAACCTTCAAATTCAAGTTTATGCTACCGTGAAAGCTAAGATTTAATT +TAGTAACAGCATCTGGTTAAATCTAGGAAGAATTCAGCCGAGAGACTTAC +TGACTAGGGAAAATCAGAATCCCGGAGCCATTTGCATTGTAAATGGTGTC +TCATGATTTTGAAAGGGCATCAGGAGGGGCTTGAAATTCTCAAGGGAAAT +ATAGATTGGACCAATCCCGACTTccctaacaatgaagtcataaatgaaga +agtgtgcaaactccatgtgaagacaactataatattactcaagggtagaa +aagaatacttaaattgagatataccatgttcttggatacaaaggttcagt +gctgtATAAATTTAAAGCTATTCTACAAATATACTCACACATATAATGTG +ATCAAAAATTTTTTTTAGAAACTTGATAAAGTTTATTGAGGACAATGAAG +CTGGAAAAAATAAAGGAAGAAAATTGAACTTTTTGAAGGGGAAGAGAATT +TGAACCACTGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTATTTTAAATCATGAAACAGT +TGAACGTAAATATCTCTTTATAGGTCTCTgggaatggctgagcagggaac +gtgcctgccacacatgcatgaagacgtgagtttgtatacccagagtatac +a diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/fake_phix_peaks.bed --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/fake_phix_peaks.bed Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +phiX174 1400 1500 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/generate_tests.sh --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/generate_tests.sh Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,59 @@ +#! /usr/bin/bash +## Generate input data: +if [ ! -e test-data/small_simplified.gtf ]; then + wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-102/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz -O /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz + zcat /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz | head -n 5 > test-data/small.gtf + zcat /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz | awk -v OFS="\t" -v start=74667792 -v end=74748393 '$1 == "2" && $5 > start && $4 < end{print "chr"$0}' >> test-data/small.gtf + # annotatePeaks.pl gives different results all time. I need to simplify the gtf. + cat test-data/small.gtf | grep -v -P "ENSMUST00000152027|ENSMUST00000156342|ENSMUST00000139005|ENSMUST00000144544|ENSMUST00000111982|ENSMUST00000140666|ENSMUST00000190553|ENSMUST00000132326|ENSMUST00000047830|ENSMUST00000047904|ENSMUST00000111980|ENSMUSG00000065500|ENSMUSG00000100642" > test-data/small_simplified.gtf +fi +if [ ! -e test-data/CTCF_peaks.bed ]; then + wget https://raw.githubusercontent.com/lldelisle/scriptsForWilleminEtAl2021/main/CTCF/E12_Limbs_Wt_CTCF_colored.bed -O test-data/CTCF_peaks.bed +fi +if [ ! -e test-data/CTCF_peaks_shifted.bed ]; then + cat test-data/CTCF_peaks.bed | grep "chr2" | awk -v OFS="\t" '{$1="mm10_dna"; $2-=73740000; $3-=73740000; print}' > test-data/CTCF_peaks_shifted.bed +fi +# chr2_subset.fa was downloaded from UCSC +# https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=1136019667_XgAJOvV4a3CY4ibCu6RrUcvGxLNo&g=htcGetDna2&table=&i=mixed&o=56694975&l=56694975&r=56714605&getDnaPos=chr2%3A73740000-75787000&db=mm10&hgSeq.cdsExon=1&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&hgSeq.casing=upper&hgSeq.maskRepeats=on&boolshad.hgSeq.maskRepeats=0&hgSeq.repMasking=lower&boolshad.hgSeq.revComp=0&submit=get+DNA + +. <(planemo conda_env homer_gtf_to_annotation.xml) +echo "$(which homer)" +## homer_gtf_to_annotation +## First test +parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon stop_codon > /tmp/annotations.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations.txt /tmp/annotations.txt -prioritize test-data/annotations_default.txt > test-data/annotations_default_stats.txt +## Second test +parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon > /tmp/annotations2.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations2.txt /tmp/annotations2.txt -prioritize test-data/annotations_exon_start.txt > test-data/annotations_exon_start_stats.txt +## Third test +parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon stop_codon -annTSSstartOffset -50 -annTSSendOffset 50 -annTTSstartOffset -50 -annTTSendOffset 50 > /tmp/annotations3.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations3.txt /tmp/annotations3.txt -prioritize test-data/annotations_small_TSSTTS.txt > test-data/annotations_small_TSSTTS_stats.txt + +## For annotatePeaks.pl +parseGTF.pl test-data/small_simplified.gtf ann -features exon start_codon stop_codon > /tmp/annotations.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations.txt /tmp/annotations.txt -prioritize test-data/annotations_default_simplified.txt + +## homer_annotatePeaks +## First test +annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf -ann test-data/annotations_default_simplified.txt > test-data/CTCF_peaks_first.txt +## Second test +annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -ann test-data/annotations_default.txt > test-data/CTCF_peaks_second.txt +## Third test +annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf > test-data/CTCF_peaks_third.txt +## Fourth test +annotatePeaks.pl test-data/fake_phix_peaks.bed test-data/phiX174.fasta -CpG > test-data/phiXcpg.txt +## Fifth test +annotatePeaks.pl test-data/fake_phix_peaks.bed none > test-data/phiX_nothing.txt + +## findMotifsGenome +# ! Genome preparsing is giving different results... +findMotifsGenome.pl test-data/fake_phix_peaks.bed test-data/phiX174.fasta fake_phix_peaks_bed_motif +mv fake_phix_peaks_bed_motif test-data/motif_test1 +# Thus I needed to use has_text for the other outputs +# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif +# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test2 +# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif -mask +# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test3 +# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif -mset plants -nomotif +# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test4 + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerMotifs.all.motifs --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerMotifs.all.motifs Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ 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0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +>CTCCTGAGACTG 4-CTCCTGAGACTG 12.355432 -2.911553 0 T:1.0(100.00%),B:218.1(5.44%),P:1e-1 Tpos:180.0,Tstd:0.0,Bpos:95.7,Bstd:83.7,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +>GATGATGCTCGT 5-GATGATGCTCGT 12.355432 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 Tpos:119.0,Tstd:0.0,Bpos:93.3,Bstd:77.5,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerMotifs.motifs8 --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerMotifs.motifs8 Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,45 @@ +>CCCTAATG 1-CCCTAATG 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.6(5.53%),P:1e-1 Tpos:98.0,Tstd:0.0,Bpos:97.0,Bstd:70.2,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +>TGCTGCCA 2-TGCTGCCA 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.8(5.53%),P:1e-1 Tpos:141.0,Tstd:0.0,Bpos:102.6,Bstd:84.0,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>GAGACTGA 3-GAGACTGA 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.9(5.54%),P:1e-1 Tpos:183.0,Tstd:0.0,Bpos:97.7,Bstd:84.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>CTTAATCA 4-CTTAATCA 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 Tpos:108.0,Tstd:0.0,Bpos:94.6,Bstd:75.1,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>GATGATGC 5-GATGATGC 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 Tpos:117.0,Tstd:0.0,Bpos:93.3,Bstd:78.0,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,489 @@ +fake_phix_peaks_bed_motif/ - Homer de novo Motif Results + +

Homer de novo Motif Results (fake_phix_peaks_bed_motif/)

+Known Motif Enrichment Results
+Gene Ontology Enrichment Results
+If Homer is having trouble matching a motif to a known motif, try copy/pasting the matrix file into +STAMP
+More information on motif finding results: HOMER + | Description of Results + | Tips +
+Total target sequences = 1
+Total background sequences = 4009
+* - possible false positive
+ + + + + + + + + + + + +
RankMotifP-valuelog P-pvalue% of Targets% of BackgroundSTD(Bg STD)Best Match/DetailsMotif File
1 +* + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + +1e-1-2.921e+00100.00%5.39%0.0bp (71.4bp)Oc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly(0.654)
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motif file (matrix)
2 +* + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + +1e-1-2.921e+00100.00%5.39%0.0bp (83.1bp)RFX1/RFX1_YPD/[](Harbison)/Yeast(0.645)
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motif file (matrix)
3 +* + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + +1e-1-2.916e+00100.00%5.43%0.0bp (65.4bp)PH0015.1_Crx/Jaspar(0.629)
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motif file (matrix)
4 +* + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + +1e-1-2.912e+00100.00%5.44%0.0bp (83.7bp)RAV1(2)(AP2/EREBP)/Arabidopsis thaliana/AthaMap(0.661)
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motif file (matrix)
5 +* + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + +1e-1-2.907e+00100.00%5.48%0.0bp (75.6bp)SNRNP70K(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00143-PBM/HughesRNA(0.785)
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6 +* + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + +1e-1-2.907e+00100.00%5.49%0.0bp (83.3bp)DEL1(E2FDP)/colamp-DEL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer(0.657)
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7 +* + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + +1e-1-2.898e+00100.00%5.53%0.0bp (70.2bp)HNRNPA1L2(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00023-PBM/HughesRNA(0.812)
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8 +* + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + +1e-1-2.889e+00100.00%5.58%0.0bp (78.0bp)AGL42/MA1201.1/Jaspar(0.903)
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motif file (matrix)
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1753 @@ +Motif 1 +

Information for 1-ATGAGCTTAATC (Motif 1)

+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.921e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif216.0
Percentage of Background Sequences with motif5.39%
Average Position of motif in Targets105.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background97.7 +/- 71.4bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

Oc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.65 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC--
----NNTTAATCCN
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + T + A + C + + T + A + G + C + + G + C + A + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +
+
+

PHO2(MacIsaac)/Yeast

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.65 +
Offset:5 +
Orientation:reverse strand
Alignment:ATGAGCTTAATC
-----CTTAAT-
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + C + T + + C + T + G + A + + C + T + G + A + + C + G + A + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

oc/dmmpmm(Noyes)/fly

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.65 +
Offset:6 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC-
------TTAATCC
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + C + A + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + + + +
+
+

Gsc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.64 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC--
----NNTTAATCCN
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + C + T + + T + G + A + C + + A + G + C + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +
+
+

bcd/dmmpmm(Noyes_hd)/fly

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.64 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC--
----GGTTAATCCN
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + T + C + G + + A + G + C + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + T + A + C + G + + + + +
+
+

OTX2/MA0712.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.64 +
Offset:6 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC--
------TTAATCCT
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + A + C + T + + G + C + A + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + A + G + T + + G + A + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +
+
+

OTX1/MA0711.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.63 +
Offset:6 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC--
------TTAATCCG
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + A + C + T + + G + C + A + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + A + G + T + + T + A + G + C + + A + T + G + C + + A + T + C + G + + + + +
+
+

ESRRB/MA0141.3/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.63 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-ATGAGCTTAATC
NATGACCTTGA--
+
+ + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + + +
+ + + C + G + A + T + + C + G + T + A + + G + A + C + T + + C + T + A + G + + T + C + G + A + + T + A + G + C + + A + G + T + C + + A + G + C + T + + C + G + A + T + + A + T + C + G + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

GSC2/MA0891.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.63 +
Offset:5 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC---
-----CCTAATCCGC
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + T + G + A + C + + G + A + T + C + + C + G + A + T + + G + C + T + A + + G + C + T + A + + A + C + G + T + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + T + C + G + + G + A + T + C + + + + +
+
+

Pitx1/MA0682.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.63 +
Offset:6 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATGAGCTTAATC--
------TTAATCCC
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + A + C + T + + G + C + A + T + + T + C + G + A + + C + G + T + A + + C + A + G + T + + G + A + T + C + + G + A + T + C + + G + T + A + C + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>ATGAGCTTAATC 1-ATGAGCTTAATC,BestGuess:Oc/dmmpmm(Noyes_hd)/fly(0.654) 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.0(5.39%),P:1e-1 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,320 @@ +motif1 +

Information for motif1

+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.921e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif216.0
Percentage of Background Sequences with motif5.39%
Average Position of motif in Targets105.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background97.7 +/- 71.4bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + + + + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
10.639 + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +1e-1-2.906976100.00%5.48%motif file (matrix)
20.667 + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + + + +1e-1-2.906976100.00%5.48%motif file (matrix)
30.714 + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + + +1e-1-2.888876100.00%5.58%motif file (matrix)
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar1.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar1.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>CTAATGAGCT 1-CTAATGAGCT 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.7(5.48%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar2.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar2.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>GATGATGCTCGT 5-GATGATGCTCGT 12.355432 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar3.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.similar3.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>CTTAATCA 4-CTTAATCA 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif1RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>GATTAAGCTCAT 1-ATGAGCTTAATC 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.0(5.39%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif2.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif2.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1783 @@ +Motif 2 +

Information for 2-TGCCATCTCAAA (Motif 2)

+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.921e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif216.2
Percentage of Background Sequences with motif5.39%
Average Position of motif in Targets146.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background105.7 +/- 83.1bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

RFX1/RFX1_YPD/[](Harbison)/Yeast

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.64 +
Offset:-2 +
Orientation:reverse strand
Alignment:--TGCCATCTCAAA
GTTGCCATGGCAA-
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+ + + A + T + C + G + + A + C + G + T + + G + A + C + T + + T + C + A + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + T + G + A + + A + G + C + T + + C + T + A + G + + T + C + A + G + + A + G + T + C + + C + T + G + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + + +
+
+

HIC1(Zf)/Treg-ZBTB29-ChIP-Seq(GSE99889)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.64 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:TGCCATCTCAAA
TGCCAGCB----
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+ + + G + A + C + T + + C + T + A + G + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + G + T + C + A + + T + A + C + G + + A + T + G + C + + A + T + C + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

O2/MA1417.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.63 +
Offset:-1 +
Orientation:forward strand
Alignment:-TGCCATCTCAAA
GTGCCACGTCATC
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+ + + A + T + C + G + + A + G + C + T + + C + A + T + G + + T + G + A + C + + T + A + G + C + + T + C + G + A + + G + A + T + C + + T + C + A + G + + G + A + C + T + + T + A + G + C + + T + C + G + A + + A + C + G + T + + G + A + T + C + + + + +
+
+

Hic1/MA0739.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.63 +
Offset:-1 +
Orientation:forward strand
Alignment:-TGCCATCTCAAA
ATGCCAACC----
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+ + + T + C + G + A + + A + G + C + T + + T + C + A + G + + T + A + G + C + + G + T + A + C + + G + T + C + A + + T + C + G + A + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

exd/dmmpmm(Noyes_hd)/fly

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.62 +
Offset:3 +
Orientation:reverse strand
Alignment:TGCCATCTCAAA-
---NTTGTCAAAN
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + C + A + T + + A + G + C + T + + C + T + A + G + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + G + T + C + A + + C + G + T + A + + + + +
+
+

PB0098.1_Zfp410_1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.61 +
Offset:-2 +
Orientation:reverse strand
Alignment:--TGCCATCTCAAA---
NNNTCCATCCCATAANN
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + G + C + A + T + + G + T + C + A + + A + C + G + T + + T + G + A + C + + G + A + T + C + + G + C + T + A + + A + G + C + T + + G + A + T + C + + G + A + T + C + + G + A + T + C + + C + G + T + A + + C + A + G + T + + G + C + T + A + + G + T + C + A + + A + G + C + T + + G + C + T + A + + + + +
+
+

Tgif2(Homeobox)/mES-Tgif2-ChIP-Seq(GSE55404)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.60 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:TGCCATCTCAAA
TGTCANYT----
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+ + + A + G + C + T + + C + A + T + G + + G + C + A + T + + G + A + T + C + + T + G + C + A + + C + T + A + G + + G + A + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

NF1:FOXA1(CTF,Forkhead)/LNCAP-FOXA1-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.60 +
Offset:0 +
Orientation:reverse strand
Alignment:TGCCATCTCAAA----
TGCCAAAATAAACANN
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + C + G + A + T + + A + C + T + G + + T + A + G + C + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + C + T + G + A + + C + T + G + A + + G + A + C + T + + G + T + C + A + + G + T + C + A + + C + T + G + A + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + G + C + T + A + + + + +
+
+

PB0029.1_Hic1_1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.59 +
Offset:-4 +
Orientation:forward strand
Alignment:----TGCCATCTCAAA
ACTATGCCAACCTACC
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+ + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + C + T + A + G + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + G + T + C + A + + T + G + C + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + G + C + A + T + + C + T + G + A + + G + A + T + C + + G + A + T + C + + + + +
+
+

RFX1(MacIsaac)/Yeast

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.59 +
Offset:-2 +
Orientation:reverse strand
Alignment:--TGCCATCTCAAA
GTTGCCATGGCAAC
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + + +
+ + + T + C + A + G + + G + A + C + T + + G + A + C + T + + T + C + A + G + + T + G + A + C + + G + A + T + C + + T + G + C + A + + A + C + G + T + + C + T + A + G + + T + C + A + G + + A + T + G + C + + C + T + G + A + + C + G + T + A + + A + T + G + C + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif2.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif2.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif2.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif2.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>TGCCATCTCAAA 2-TGCCATCTCAAA,BestGuess:RFX1/RFX1_YPD/[](Harbison)/Yeast(0.645) 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.2(5.39%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif2.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif2.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,152 @@ +motif2 +

Information for motif2

+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.921e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif216.2
Percentage of Background Sequences with motif5.39%
Average Position of motif in Targets146.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background105.7 +/- 83.1bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif2RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif2RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif2RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif2RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>TTTGAGATGGCA 2-TGCCATCTCAAA 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.2(5.39%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif3.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif3.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1723 @@ +Motif 3 +

Information for 3-CGAGGCTAACCC (Motif 3)

+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.916e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif217.8
Percentage of Background Sequences with motif5.43%
Average Position of motif in Targets91.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background101.8 +/- 65.4bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

PH0015.1_Crx/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.63 +
Offset:2 +
Orientation:reverse strand
Alignment:CGAGGCTAACCC------
--AGGCTAATCCCCAANG
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + T + C + A + + T + A + C + G + + T + C + A + G + + G + A + T + C + + C + G + A + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + T + G + C + + A + T + G + C + + G + C + T + A + + G + C + T + A + + T + G + A + C + + T + C + A + G + + + + +
+
+

CRX(Homeobox)/Retina-Crx-ChIP-Seq(GSE20012)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.62 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC
----GCTAATCC
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + T + C + G + + G + A + T + C + + G + C + A + T + + C + G + T + A + + G + T + C + A + + A + C + G + T + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + + + +
+
+

ttk/dmmpmm(Noyes)/fly

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.61 +
Offset:0 +
Orientation:reverse strand
Alignment:CGAGGCTAACCC--
CAAGGATAATCNAA
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + T + G + A + C + + T + G + C + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + T + A + G + C + + T + G + C + A + + C + T + G + A + + G + C + T + A + + + + +
+
+

bcd/dmmpmm(Bergman)/fly

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.59 +
Offset:2 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC-
--CCNCTAATCCN
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + T + A + G + C + + T + A + G + C + + T + A + G + C + + A + T + G + C + + G + A + C + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + A + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + + +
+
+

bcd/dmmpmm(Noyes_hd)/fly

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.59 +
Offset:3 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC-
---GGTTAATCCN
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + T + C + G + + A + G + C + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + T + A + C + G + + + + +
+
+

HOW(KH)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00118-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.59 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC
----ACTAACA-
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + T + G + C + A + + A + C + G + T + + + + +
+
+

GT-1/MA1020.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.59 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC
----GTTAACCA
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + C + T + + C + G + A + T + + C + G + T + A + + G + T + C + A + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + T + G + C + A + + + + +
+
+

Kr/dmmpmm(Papatsenko)/fly

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.58 +
Offset:6 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC---
------TAACCCTTT
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + A + C + T + + G + T + C + A + + G + T + C + A + + A + G + T + C + + G + A + T + C + + A + G + T + C + + C + A + G + T + + C + A + G + T + + A + G + C + T + + + + +
+
+

HNRNPK(KH)/Homo_sapiens-RNCMPT00026-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.58 +
Offset:5 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC
-----CCAACCC
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + T + A + C + + G + A + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + + +
+
+

bcd/dmmpmm(Papatsenko)/fly

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.58 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:CGAGGCTAACCC-
----CCTAATCCC
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + T + G + C + + G + A + T + C + + C + G + A + T + + C + T + G + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + T + G + C + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif3.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif3.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif3.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif3.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>CGAGGCTAACCC 3-CGAGGCTAACCC,BestGuess:PH0015.1_Crx/Jaspar(0.629) 12.355432 -2.916150 0 T:1.0(100.00%),B:217.8(5.43%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif3.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif3.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,208 @@ +motif3 +

Information for motif3

+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.916e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif217.8
Percentage of Background Sequences with motif5.43%
Average Position of motif in Targets91.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background101.8 +/- 65.4bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
10.913 + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + + + +1e-1-2.897885100.00%5.53%motif file (matrix)
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif3.similar1.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif3.similar1.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>CGAGGCTAAC 5-CGAGGCTAAC 10.296193 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.5(5.53%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif3RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif3RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif3RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif3RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>GGGTTAGCCTCG 3-CGAGGCTAACCC 12.355432 -2.916150 0 T:1.0(100.00%),B:217.8(5.43%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1733 @@ +Motif 4 +

Information for 4-CTCCTGAGACTG (Motif 4)

+ + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.912e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif218.1
Percentage of Background Sequences with motif5.44%
Average Position of motif in Targets180.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background95.7 +/- 83.7bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

RAV1(2)(AP2/EREBP)/Arabidopsis thaliana/AthaMap

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.66 +
Offset:-2 +
Orientation:forward strand
Alignment:--CTCCTGAGACTG
ATCACCTGAGGC--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + G + C + T + A + + G + A + C + T + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + T + C + G + A + + T + A + C + G + + T + A + C + G + + G + A + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

RAV1(var.2)/MA0583.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.66 +
Offset:-2 +
Orientation:forward strand
Alignment:--CTCCTGAGACTG
ATCACCTGAGGC--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + G + C + T + A + + G + A + C + T + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + T + C + G + A + + T + A + C + G + + T + A + C + G + + G + A + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

CELF2(RRM)/JSL1-CELF2-CLIP-Seq(GSE71264)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.64 +
Offset:3 +
Orientation:reverse strand
Alignment:CTCCTGAGACTG
---CTGACACY-
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + G + A + C + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

YML081W(MacIsaac)/Yeast

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.61 +
Offset:3 +
Orientation:reverse strand
Alignment:CTCCTGAGACTG-
---TTCAGACTGG
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + C + A + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + T + C + G + + + + +
+
+

SRSF2(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00072-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.59 +
Offset:-3 +
Orientation:reverse strand
Alignment:---CTCCTGAGACTG
CNTCTCCT-------
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + A + G + T + C + + G + A + T + C + + G + C + A + T + + A + G + T + C + + C + G + A + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

REI1/MA0364.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.59 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:CTCCTGAGACTG
CCCCTGA-----
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + A + G + T + C + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

REI1/MA0364.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.59 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:CTCCTGAGACTG
CCCCTGA-----
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + A + G + T + C + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

AT5G05550(Trihelix)/col-AT5G05550-DAP-Seq(GSE60143)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.59 +
Offset:-6 +
Orientation:forward strand
Alignment:------CTCCTGAGACTG
HDNHDTCKCCGGMGA---
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + G + C + A + T + + C + G + T + A + + G + C + T + A + + G + A + C + T + + C + G + A + T + + G + A + C + T + + A + G + T + C + + C + A + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + C + T + A + G + + G + T + A + C + + C + T + A + G + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

GFX(?)/Promoter/Homer

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.58 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-CTCCTGAGACTG
TCTCGCGAGAAT-
+
+ + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + G + A + C + T + + T + G + A + C + + A + C + G + T + + T + A + G + C + + C + A + T + G + + A + G + T + C + + C + A + T + G + + T + C + G + A + + A + C + T + G + + T + C + G + A + + C + T + G + A + + A + G + C + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

ZmHOX2a(1)(HD-HOX)/Zea mays/AthaMap

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.58 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:CTCCTGAGACTG
GTCCTAA-----
+
+ + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + T + A + G + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + T + C + G + A + + G + C + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>CTCCTGAGACTG 4-CTCCTGAGACTG,BestGuess:RAV1(2)(AP2/EREBP)/Arabidopsis thaliana/AthaMap(0.661) 12.355432 -2.911553 0 T:1.0(100.00%),B:218.1(5.44%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,254 @@ +motif4 +

Information for motif4

+ + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.912e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif218.1
Percentage of Background Sequences with motif5.44%
Average Position of motif in Targets180.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background95.7 +/- 83.7bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + + + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
10.913 + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +1e-1-2.902420100.00%5.49%motif file (matrix)
20.714 + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + + +1e-1-2.897885100.00%5.54%motif file (matrix)
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4.similar1.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4.similar1.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>CCTGAGACTG 4-CCTGAGACTG 10.296193 -2.902420 0 T:1.0(100.00%),B:220.0(5.49%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4.similar2.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4.similar2.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>GAGACTGA 3-GAGACTGA 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.9(5.54%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif4RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif4RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +>CAGTCTCAGGAG 4-CTCCTGAGACTG 12.355432 -2.911553 0 T:1.0(100.00%),B:218.1(5.44%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif5.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif5.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1593 @@ +Motif 5 +

Information for 2-ATCAAGATGA (Motif 5)

+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.907e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif219.8
Percentage of Background Sequences with motif5.48%
Average Position of motif in Targets113.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background94.6 +/- 75.6bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

SNRNP70K(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00143-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.79 +
Offset:-1 +
Orientation:forward strand
Alignment:-ATCAAGATGA
GATCAAGA---
+
+ + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + + +
+ + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + G + C + T + A + + A + C + T + G + + G + T + C + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

MATR3(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00037-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.77 +
Offset:2 +
Orientation:reverse strand
Alignment:ATCAAGATGA
--CAAGATT-
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + C + G + A + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

SNRNP70(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00070-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.74 +
Offset:-1 +
Orientation:forward strand
Alignment:-ATCAAGATGA
GATCAAG----
+
+ + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + + +
+ + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + C + T + A + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

At5g05790/MA1196.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.68 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-ATCAAGATGA----
GATNAAGATAAGGTT
+
+ + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + C + A + T + G + + C + T + G + A + + G + C + A + T + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + T + C + G + A + + C + T + G + A + + A + C + T + G + + T + C + A + G + + G + C + A + T + + C + G + A + T + + + + +
+
+

RBM47(RRM)/Gallus_gallus-RNCMPT00279-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.68 +
Offset:5 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATCAAGATGA--
-----GATGATN
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + T + C + G + + C + G + T + A + + C + G + A + T + + C + G + A + T + + + + +
+
+

Rbm47(RRM)/Xenopus_tropicalis-RNCMPT00280-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.67 +
Offset:5 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATCAAGATGA--
-----GATGATN
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + T + C + G + + C + G + T + A + + C + G + A + T + + G + A + C + T + + + + +
+
+

RIN(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00138-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.65 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:ATCAAGATGA--
----AGATGATG
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + T + G + A + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + T + G + A + + G + C + A + T + + C + T + A + G + + + + +
+
+

ZBTB18/MA0698.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.64 +
Offset:-1 +
Orientation:forward strand
Alignment:-ATCAAGATGA--
CATCCAGATGTTC
+
+ + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + T + G + A + C + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + A + T + C + G + + G + T + C + A + + A + C + G + T + + C + T + A + G + + G + A + C + T + + C + A + G + T + + A + G + T + C + + + + +
+
+

At3g11280/MA1188.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.64 +
Offset:0 +
Orientation:reverse strand
Alignment:ATCAAGATGA----
ATNAAGATAAGGAT
+
+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + C + T + G + A + + G + C + A + T + + C + A + T + G + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + A + C + T + G + + T + G + C + A + + A + C + G + T + + C + T + G + A + + C + T + G + A + + A + C + T + G + + T + C + A + G + + G + C + T + A + + G + C + A + T + + + + +
+
+

onecut/dmmpmm(Noyes_hd)/fly

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.63 +
Offset:-3 +
Orientation:reverse strand
Alignment:---ATCAAGATGA
CAAATCAANN---
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + + +
+ + + A + G + T + C + + G + C + T + A + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + C + T + A + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif5.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif5.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,54 @@ + + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif5.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif5.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>ATCAAGATGA 2-ATCAAGATGA,BestGuess:SNRNP70K(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00143-PBM/HughesRNA(0.785) 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif5.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif5.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,132 @@ +motif5 +

Information for motif5

+ + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.907e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif219.8
Percentage of Background Sequences with motif5.48%
Average Position of motif in Targets113.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background94.6 +/- 75.6bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif5RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif5RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,54 @@ + + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif5RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif5RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>TCATCTTGAT 2-ATCAAGATGA 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif6.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1593 @@ +Motif 6 +

Information for 3-GTTGCTGCCA (Motif 6)

+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.907e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif219.9
Percentage of Background Sequences with motif5.49%
Average Position of motif in Targets140.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background103.4 +/- 83.3bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

DEL1(E2FDP)/colamp-DEL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.66 +
Offset:1 +
Orientation:forward strand
Alignment:GTTGCTGCCA-
-TTCCCGCCAA
+
+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + G + C + A + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + C + T + A + G + + T + A + G + C + + G + T + A + C + + C + T + G + A + + G + C + T + A + + + + +
+
+

NF1-halfsite(CTF)/LNCaP-NF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.65 +
Offset:4 +
Orientation:forward strand
Alignment:GTTGCTGCCA--
----TTGCCAAG
+
+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + C + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + T + A + C + G + + + + +
+
+

HIC1(Zf)/Treg-ZBTB29-ChIP-Seq(GSE99889)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.65 +
Offset:2 +
Orientation:reverse strand
Alignment:GTTGCTGCCA
--VGCTGGCA
+
+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + T + A + G + C + + T + A + C + G + + A + T + G + C + + C + A + G + T + + T + C + A + G + + T + A + C + G + + G + A + T + C + + C + T + G + A + + + + +
+
+

PRDM9(Zf)/Testis-DMC1-ChIP-Seq(GSE35498)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.65 +
Offset:-4 +
Orientation:reverse strand
Alignment:----GTTGCTGCCA-
AGATGCTRCTRCCHT
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + + +
+ + + C + G + T + A + + T + C + A + G + + T + G + C + A + + C + G + A + T + + C + T + A + G + + T + G + A + C + + G + A + C + T + + C + T + A + G + + A + G + T + C + + G + A + C + T + + C + T + A + G + + A + G + T + C + + G + A + T + C + + G + C + T + A + + G + A + C + T + + + + +
+
+

NFIX/MA0671.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.64 +
Offset:3 +
Orientation:forward strand
Alignment:GTTGCTGCCA--
---CGTGCCAAG
+
+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + T + A + G + C + + C + A + T + G + + G + C + A + T + + A + C + T + G + + A + T + G + C + + A + G + T + C + + T + G + C + A + + C + T + G + A + + T + A + C + G + + + + +
+
+

Aef1/dmmpmm(Pollard)/fly

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.63 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-GTTGCTGCCA
TGTTGTTG---
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + + +
+ + + C + G + A + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + C + G + A + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

SUM1(MacIsaac)/Yeast

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.63 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-GTTGCTGCCA---
ATTTACTGACGCNT
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + G + T + C + A + + C + G + A + T + + G + A + C + T + + A + G + C + T + + C + G + T + A + + A + T + G + C + + A + G + C + T + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + C + T + A + G + + A + G + T + C + + G + A + C + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

Tbx20(T-box)/Heart-Tbx20-ChIP-Seq(GSE29636)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.63 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:GTTGCTGCCA--
GGTGYTGACAGS
+
+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + T + C + A + G + + A + T + C + G + + G + A + C + T + + A + C + T + G + + G + A + C + T + + C + A + G + T + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + C + T + A + G + + A + T + C + G + + + + +
+
+

Unknown3/Drosophila-Promoters/Homer

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.63 +
Offset:1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:GTTGCTGCCA------
-GCGCTGCCAGMTBGT
+
+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + C + T + A + G + + T + A + G + C + + A + C + T + G + + G + A + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + T + A + C + G + + G + T + A + C + + A + G + C + T + + A + G + C + T + + C + A + T + G + + A + G + C + T + + + + +
+
+

CRZ1(MacIsaac)/Yeast

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.63 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:GTTGCTGCCA
GAGGCTG---
+
+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + + +
+ + + A + C + T + G + + C + G + A + T + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif6.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,54 @@ + + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif6.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>GTTGCTGCCA 3-GTTGCTGCCA,BestGuess:DEL1(E2FDP)/colamp-DEL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer(0.657) 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.9(5.49%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif6.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,178 @@ +motif6 +

Information for motif6

+ + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.907e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif219.9
Percentage of Background Sequences with motif5.49%
Average Position of motif in Targets140.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background103.4 +/- 83.3bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
10.894 + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + + + +1e-1-2.897885100.00%5.53%motif file (matrix)
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif6.similar1.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.similar1.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>TGCTGCCA 2-TGCTGCCA 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.8(5.53%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif6RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,54 @@ + + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif6RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>TGGCAGCAAC 3-GTTGCTGCCA 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.9(5.49%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif7.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1363 @@ +Motif 7 +

Information for 1-CCCTAATG (Motif 7)

+ + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.898e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif221.6
Percentage of Background Sequences with motif5.53%
Average Position of motif in Targets98.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background97.0 +/- 70.2bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

HNRNPA1L2(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00023-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.81 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-CCCTAATG
TCCCTAA--
+
+ + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + G + A + T + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + G + T + C + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

zen/dmmpmm(Noyes_hd)/fly

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.80 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:CCCTAATG--
CCCTAATGAA
+
+ + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + G + T + C + + A + T + G + C + + G + A + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + + + +
+
+

HNRNPA1(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00022-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.79 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-CCCTAATG
TCCCTAN--
+
+ + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + G + A + T + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + G + T + C + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

TBF1/MA0403.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.77 +
Offset:-2 +
Orientation:forward strand
Alignment:--CCCTAATG
AACCCTAA--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + G + T + A + + T + C + G + A + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + C + T + + T + C + G + A + + T + C + G + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

TBF1/MA0403.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.77 +
Offset:-2 +
Orientation:forward strand
Alignment:--CCCTAATG
AACCCTAA--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + G + T + A + + T + C + G + A + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + C + T + + T + C + G + A + + T + C + G + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

HNRNPA2B1(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00024-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.77 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-CCCTAATG
TCCCTAN--
+
+ + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + G + A + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + G + T + C + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

TBP3/MA1355.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.76 +
Offset:-7 +
Orientation:forward strand
Alignment:-------CCCTAATG
AATTAAACCCTAATT
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + G + C + T + A + + G + C + T + A + + G + C + A + T + + C + G + A + T + + C + G + T + A + + G + C + T + A + + C + T + G + A + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + G + C + A + T + + G + A + C + T + + + + +
+
+

TRB2/MA1073.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.75 +
Offset:-2 +
Orientation:forward strand
Alignment:--CCCTAATG
TGCCCTAA--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + G + C + A + T + + C + T + A + G + + G + T + A + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + C + T + + C + G + T + A + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

RPH1/MA0372.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.75 +
Offset:-2 +
Orientation:forward strand
Alignment:--CCCTAATG
ACCCCTAA--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

RPH1/MA0372.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.75 +
Offset:-2 +
Orientation:forward strand
Alignment:--CCCTAATG
ACCCCTAA--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + + +
+ + + C + G + T + A + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif7.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,44 @@ + + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif7.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>CCCTAATG 1-CCCTAATG,BestGuess:HNRNPA1L2(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00023-PBM/HughesRNA(0.812) 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.6(5.53%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif7.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,112 @@ +motif7 +

Information for motif7

+ + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.898e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif221.6
Percentage of Background Sequences with motif5.53%
Average Position of motif in Targets98.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background97.0 +/- 70.2bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif7RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,44 @@ + + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + C + G + T + A + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + A + C + T + G + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif7RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>CATTAGGG 1-CCCTAATG 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.6(5.53%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif8.info.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8.info.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1343 @@ +Motif 8 +

Information for 5-GATGATGC (Motif 8)

+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.889e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif223.5
Percentage of Background Sequences with motif5.58%
Average Position of motif in Targets117.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background93.3 +/- 78.0bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
SVG Files for Logos:forward logo
reverse opposite
+

Matches to Known Motifs

+ + + + + + + + + + + +
+

AGL42/MA1201.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:1
Score:0.90 +
Offset:0 +
Orientation:reverse strand
Alignment:GATGATGC
GATGATG-
+
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + + +
+ + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + T + G + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + C + G + T + + + + +
+
+

RBM47(RRM)/Gallus_gallus-RNCMPT00279-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:2
Score:0.83 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:GATGATGC
GATGATN-
+
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + T + C + G + + C + G + T + A + + C + G + A + T + + C + G + A + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

RIN(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00138-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:3
Score:0.83 +
Offset:-1 +
Orientation:forward strand
Alignment:-GATGATGC
AGATGATG-
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + + +
+ + + C + T + G + A + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + T + G + A + + G + C + A + T + + C + T + A + G + + A + C + G + T + + + + +
+
+

ZML2(C2C2gata)/col-ZML2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:4
Score:0.79 +
Offset:-3 +
Orientation:reverse strand
Alignment:---GATGATGC
GATGATGATG-
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + + +
+ + + C + T + A + G + + C + T + G + A + + C + G + A + T + + T + C + A + G + + C + T + G + A + + C + A + G + T + + A + T + C + G + + C + T + G + A + + C + A + G + T + + A + T + C + G + + A + C + G + T + + + + +
+
+

Rbm47(RRM)/Xenopus_tropicalis-RNCMPT00280-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:5
Score:0.78 +
Offset:0 +
Orientation:forward strand
Alignment:GATGATGC
GATGATN-
+
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + T + C + G + + C + G + T + A + + C + G + A + T + + G + A + C + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

RBP1-LIKE(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00127-PBM/HughesRNA

+
+ + + +
Match Rank:6
Score:0.77 +
Offset:-1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:-GATGATGC
CGTTGAT--
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + + +
+ + + A + G + T + C + + A + C + T + G + + G + C + A + T + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+
+

ATF4/MA0833.1/Jaspar

+
+ + + +
Match Rank:7
Score:0.75 +
Offset:-1 +
Orientation:forward strand
Alignment:-GATGATGC----
GGATGATGCAATA
+
+ + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + C + T + A + G + + C + A + T + G + + T + G + C + A + + A + C + G + T + + C + T + A + G + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + C + A + T + G + + G + A + T + C + + G + T + C + A + + G + C + T + A + + A + G + C + T + + T + G + C + A + + + + +
+
+

Atf4(bZIP)/MEF-Atf4-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:8
Score:0.74 +
Offset:1 +
Orientation:forward strand
Alignment:GATGATGC---
-MTGATGCAAT
+
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + T + G + C + A + + A + G + C + T + + C + A + T + G + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + A + C + T + G + + G + A + T + C + + G + T + C + A + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + + + +
+
+

Chop(bZIP)/MEF-Chop-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer

+
+ + + +
Match Rank:9
Score:0.73 +
Offset:1 +
Orientation:reverse strand
Alignment:GATGATGC---
-ATGATGCAAT
+
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + T + G + C + A + + A + G + C + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + C + A + T + G + + G + A + T + C + + T + G + C + A + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + + + +
+
+

AARE(HLH)/mES-cMyc-ChIP-Seq/Homer

+
+ + + +
Match Rank:10
Score:0.70 +
Offset:2 +
Orientation:reverse strand
Alignment:GATGATGC----
--TGATGCAATC
+
+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + + + +
+ + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + A + C + G + T + + T + A + C + G + + C + G + T + A + + A + G + C + T + + A + C + T + G + + G + T + A + C + + C + G + T + A + + G + T + C + A + + A + G + C + T + + G + A + T + C + + + + +
+
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif8.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,44 @@ + + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif8.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>GATGATGC 5-GATGATGC,BestGuess:AGL42/MA1201.1/Jaspar(0.903) 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif8.similar.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8.similar.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,112 @@ +motif8 +

Information for motif8

+ + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + + +
+Reverse Opposite:
+ + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + +
+ + + + + + + + + + + + + +
p-value:1e-1
log p-value:-2.889e+00
Information Content per bp:1.530
Number of Target Sequences with motif1.0
Percentage of Target Sequences with motif100.00%
Number of Background Sequences with motif223.5
Percentage of Background Sequences with motif5.58%
Average Position of motif in Targets117.0 +/- 0.0bp
Average Position of motif in Background93.3 +/- 78.0bp
Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)10.0
Multiplicity (# of sites on avg that occur together)1.00
Motif File:file (matrix)
reverse opposite
+

Similar de novo motifs found

+ + +
RankMatch ScoreRedundant MotifP-valuelog P-value% of Targets% of BackgroundMotif file
+

+ diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif8RV.logo.svg --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8RV.logo.svg Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,44 @@ + + + A + C + T + G + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + C + G + T + A + + A + C + G + T + + A + G + T + C + + + diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/homerResults/motif8RV.motif --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8RV.motif Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>GCATCATC 5-GATGATGC 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/knownResults.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/knownResults.html Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +fake_phix_peaks_bed_motif - Homer Known Motif Enrichment Results + +

Homer Known Motif Enrichment Results (fake_phix_peaks_bed_motif)

+Homer de novo Motif Results
+Gene Ontology Enrichment Results
+Known Motif Enrichment Results (txt file)
+Total Target Sequences = 1, Total Background Sequences = 4006
+ + + +
RankMotifNameP-valuelog P-pvalueq-value (Benjamini)# Target Sequences with Motif% of Targets Sequences with Motif# Background Sequences with Motif% of Background Sequences with MotifMotif FileSVG
diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/motif_test1/knownResults.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/knownResults.txt Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,977 @@ +Motif Name Consensus P-value Log P-value q-value (Benjamini) # of Target Sequences with Motif(of 1) % of Target Sequences with Motif # of Background Sequences with Motif(of 4006) % of Background Sequences with Motif +EBF2(EBF)/BrownAdipose-EBF2-ChIP-Seq(GSE97114)/Homer NABTCCCWDGGGAVH 1e-1 -2.921e+00 1.0000 1.0 100.00% 216.3 5.40% +Phox2a(Homeobox)/Neuron-Phox2a-ChIP-Seq(GSE31456)/Homer YTAATYNRATTA 1e-1 -2.916e+00 1.0000 1.0 100.00% 217.9 5.44% +TBP3(MYBrelated)/col-TBP3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer VYTAGGGCAN 1e-1 -2.898e+00 1.0000 1.0 100.00% 221.6 5.53% +Elk4(ETS)/Hela-Elk4-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer NRYTTCCGGY 1e-1 -2.889e+00 1.0000 1.0 100.00% 223.6 5.58% +EHF(ETS)/LoVo-EHF-ChIP-Seq(GSE49402)/Homer AVCAGGAAGT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +ELF3(ETS)/PDAC-ELF3-ChIP-Seq(GSE64557)/Homer ANCAGGAAGT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +Elf4(ETS)/BMDM-Elf4-ChIP-Seq(GSE88699)/Homer ACTTCCKGKT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +ELF5(ETS)/T47D-ELF5-ChIP-Seq(GSE30407)/Homer ACVAGGAAGT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +OCT4-SOX2-TCF-NANOG(POU,Homeobox,HMG)/mES-Oct4-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer ATTTGCATAACAATG 1e-1 -2.779e+00 1.0000 1.0 100.00% 249.4 6.22% +CHR(?)/Hela-CellCycle-Expression/Homer SRGTTTCAAA 1e-1 -2.771e+00 1.0000 1.0 100.00% 251.3 6.27% +bZIP52(bZIP)/colamp-bZIP52-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NDNHCAGCTGTCANN 1e-1 -2.755e+00 1.0000 1.0 100.00% 255.0 6.36% +Etv2(ETS)/ES-ER71-ChIP-Seq(GSE59402)/Homer(0.967) NNAYTTCCTGHN 1e-1 -2.732e+00 1.0000 1.0 100.00% 261.1 6.51% +ETS1(ETS)/Jurkat-ETS1-ChIP-Seq(GSE17954)/Homer ACAGGAAGTG 1e-1 -2.651e+00 1.0000 1.0 100.00% 283.5 7.07% +ERG(ETS)/VCaP-ERG-ChIP-Seq(GSE14097)/Homer ACAGGAAGTG 1e-1 -2.644e+00 1.0000 1.0 100.00% 285.4 7.12% +Mef2a(MADS)/HL1-Mef2a.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer CYAAAAATAG 1e-1 -2.609e+00 1.0000 1.0 100.00% 296.0 7.38% +Fli1(ETS)/CD8-FLI-ChIP-Seq(GSE20898)/Homer NRYTTCCGGH 1e-1 -2.450e+00 1.0000 1.0 100.00% 346.9 8.65% +AT2G20110(CPP)/colamp-AT2G20110-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATTYAAATHY 1e-1 -2.356e+00 1.0000 1.0 100.00% 380.2 9.49% +Prop1(Homeobox)/GHFT1-PROP1.biotin-ChIP-Seq(GSE77302)/Homer NTAATBNAATTA 1e-1 -2.343e+00 1.0000 1.0 100.00% 385.2 9.61% +IRF4(IRF)/GM12878-IRF4-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer ACTGAAACCA 1e-1 -2.320e+00 1.0000 1.0 100.00% 394.7 9.85% +SPL14(SBP)/col-SPL14-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNWHTGTACGGAHNH 1e0 -2.285e+00 1.0000 1.0 100.00% 408.0 10.18% +bHLH28(bHLH)/col-bHLH28-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NHHTGTACGGAH 1e0 -2.277e+00 1.0000 1.0 100.00% 411.7 10.27% +SPL13(SBP)/col-SPL13-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WAHTGTACGGAH 1e0 -2.277e+00 1.0000 1.0 100.00% 411.7 10.27% +AT1G69570(C2C2dof)/col-AT1G69570-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WAAAAGTGHH 1e0 -2.265e+00 1.0000 1.0 100.00% 416.9 10.40% +HIC1(Zf)/Treg-ZBTB29-ChIP-Seq(GSE99889)/Homer TGCCAGCB 1e0 -2.253e+00 1.0000 1.0 100.00% 421.8 10.52% +Lhx2(Homeobox)/HFSC-Lhx2-ChIP-Seq(GSE48068)/Homer TAATTAGN 1e0 -2.246e+00 1.0000 1.0 100.00% 424.3 10.59% +DPL-1(E2F)/cElegans-Adult-ChIP-Seq(modEncode)/Homer TAGCGCGC 1e0 -2.169e+00 1.0000 1.0 100.00% 458.1 11.43% +Oct2(POU,Homeobox)/Bcell-Oct2-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer ATATGCAAAT 1e0 -2.054e+00 1.0000 1.0 100.00% 514.3 12.83% +AT1G72740(MYBrelated)/colamp-AT1G72740-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNWWAMCCTAAHWNN 1e0 -2.029e+00 1.0000 1.0 100.00% 527.4 13.16% +Cdx2(Homeobox)/mES-Cdx2-ChIP-Seq(GSE14586)/Homer GYMATAAAAH 1e0 -2.019e+00 1.0000 1.0 100.00% 532.9 13.30% +SPL5(SBP)/colamp-SPL5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNHGTACGGHNN 1e0 -2.003e+00 1.0000 1.0 100.00% 541.8 13.52% +AT3G25990(Trihelix)/colamp-AT3G25990-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTAACCATAG 1e0 -1.992e+00 1.0000 1.0 100.00% 547.8 13.67% +PABPC1(?)/MEL-PABC1-CLIP-Seq(GSE69755)/Homer HAATAAAGNN 1e0 -1.945e+00 1.0000 1.0 100.00% 573.6 14.31% +RKD2(RWPRK)/colamp-RKD2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GACKTTTCRDCTTCC 1e0 -1.935e+00 1.0000 1.0 100.00% 579.4 14.46% +TCX2(CPP)/colamp-TCX2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNWWTTYRAAHN 1e0 -1.913e+00 1.0000 1.0 100.00% 593.0 14.79% +SOL1(CPP)/colamp-SOL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATTTAAATHN 1e0 -1.902e+00 1.0000 1.0 100.00% 598.5 14.93% +Isl1(Homeobox)/Neuron-Isl1-ChIP-Seq(GSE31456)/Homer CTAATKGV 1e0 -1.883e+00 1.0000 1.0 100.00% 610.2 15.23% +Lhx1(Homeobox)/EmbryoCarcinoma-Lhx1-ChIP-Seq(GSE70957)/Homer NNYTAATTAR 1e0 -1.755e+00 1.0000 1.0 100.00% 693.4 17.30% +AT5G05550(Trihelix)/col-AT5G05550-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HDNHDTCKCCGGMGA 1e0 -1.748e+00 1.0000 1.0 100.00% 698.8 17.44% +CCA(Myb)/Arabidopsis-CCA.GFP-ChIP-Seq(GSE70533)/Homer AGATATYTTT 1e0 -1.738e+00 1.0000 1.0 100.00% 705.2 17.60% +At4g01280(MYBrelated)/colamp-At4g01280-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAATATCT 1e0 -1.734e+00 1.0000 1.0 100.00% 709.0 17.69% +Lhx3(Homeobox)/Neuron-Lhx3-ChIP-Seq(GSE31456)/Homer ADBTAATTAR 1e0 -1.710e+00 1.0000 1.0 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+AT1G20910(ARID)/col-AT1G20910-DAP-Seq(GSE60143)/Homer THAATTRAWN 1e0 -1.358e+00 1.0000 1.0 100.00% 1032.0 25.75% +ATHB33(ZFHD)/col-ATHB33-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NGTRATTAAK 1e0 -1.326e+00 1.0000 1.0 100.00% 1064.2 26.55% +EGL-5(Homeobox)/cElegans-L3-EGL5-ChIP-Seq(modEncode)/Homer ATTTAATGGG 1e0 -1.277e+00 1.0000 1.0 100.00% 1118.2 27.90% +Tgif2(Homeobox)/mES-Tgif2-ChIP-Seq(GSE55404)/Homer TGTCANYT 1e0 -1.203e+00 1.0000 1.0 100.00% 1204.7 30.06% +Initiator/Drosophila-Promoters/Homer NTCAGTYG 1e0 -1.181e+00 1.0000 1.0 100.00% 1230.5 30.70% +LHY(Myb)/Seedling-LHY-ChIP-Seq(GSE52175)/Homer ADAAATATCT 1e0 -1.172e+00 1.0000 1.0 100.00% 1241.5 30.98% +Hoxa13(Homeobox)/ChickenMSG-Hoxa13.Flag-ChIP-Seq(GSE86088)/Homer CYHATAAAAN 1e0 -1.148e+00 1.0000 1.0 100.00% 1272.7 31.75% +MYB83(MYB)/colamp-MYB83-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CACCAACCWH 1e0 -1.126e+00 1.0000 1.0 100.00% 1300.4 32.44% +SeqBias: TA-repeat TATATATATA 1e0 -1.022e+00 1.0000 1.0 100.00% 1442.0 35.98% +ASL18(LOBAS2)/colamp-ASL18-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGGAAAWTCMGGAR 1e0 -9.888e-01 1.0000 1.0 100.00% 1491.4 37.21% +ATHB25(ZFHD)/colamp-ATHB25-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TAATTAVB 1e0 -9.096e-01 1.0000 1.0 100.00% 1614.2 40.27% +MYB81(MYB)/col-MYB81-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NWAACSGWTWNN 1e0 -9.052e-01 1.0000 1.0 100.00% 1621.2 40.45% +ATY13(MYB)/col-ATY13-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YYYAACYRHH 1e0 -8.809e-01 1.0000 1.0 100.00% 1661.1 41.44% +SeqBias: CA-repeat CACACACACA 1e0 -8.779e-01 1.0000 1.0 100.00% 1666.7 41.58% +Nkx6.1(Homeobox)/Islet-Nkx6.1-ChIP-Seq(GSE40975)/Homer GKTAATGR 1e0 -8.218e-01 1.0000 1.0 100.00% 1762.4 43.97% +MYB(HTH)/ERMYB-Myb-ChIPSeq(GSE22095)/Homer GGCVGTTR 1e0 -7.731e-01 1.0000 1.0 100.00% 1850.5 46.17% +HuR(?)/HEK293-HuR-CLIP-Seq(GSE87887)/Homer BTTTGGTTTG 1e0 -6.807e-01 1.0000 1.0 100.00% 2029.7 50.64% +SeqBias: CG bias SSSSSSSSSS 1e0 -6.559e-01 1.0000 1.0 100.00% 2080.4 51.90% +MYB101(MYB)/colamp-MYB101-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TAACNRMY 1e0 -6.392e-01 1.0000 1.0 100.00% 2115.2 52.77% +SUT1?/SacCer-Promoters/Homer CCCCGCGC 1e0 -5.162e-01 1.0000 1.0 100.00% 2392.4 59.69% +At3g24120(G2like)/col-At3g24120-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NWWAGMATMW 1e0 -5.157e-01 1.0000 1.0 100.00% 2393.1 59.71% +STZ(C2H2)/colamp-STZ-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HNBTCACT 1e0 -4.816e-01 1.0000 1.0 100.00% 2476.2 61.78% +Pitx1(Homeobox)/Chicken-Pitx1-ChIP-Seq(GSE38910)/Homer TAATCCCN 1e0 -4.696e-01 1.0000 1.0 100.00% 2506.1 62.53% +Nanog(Homeobox)/mES-Nanog-ChIP-Seq(GSE11724)/Homer RGCCATTAAC 1e0 -3.038e-01 1.0000 1.0 100.00% 2958.9 73.82% +SeqBias: polyA-repeat AAAAAAAAAA 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: C/A-bias MMMMMMMMMM 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: polyC-repeat CCCCCCCCCC 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: G/A bias RRRRRRRRRR 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: GCW-triplet GCWGCWGCWGCW 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: A/T bias WWWWWWWWWW 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% + Ik-1 NHTTGGGAATRCC 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +AP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer VTGACTCATC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 505.0 12.60% +AP-2gamma(AP2)/MCF7-TFAP2C-ChIP-Seq(GSE21234)/Homer SCCTSAGGSCAW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AP-2alpha(AP2)/Hela-AP2alpha-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer ATGCCCTGAGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Ap4(bHLH)/AML-Tfap4-ChIP-Seq(GSE45738)/Homer NAHCAGCTGD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +FOXA1:AR(Forkhead,NR)/LNCAP-AR-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer AGTAAACAAAAAAGAACAND 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ARE(NR)/LNCAP-AR-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer RGRACASNSTGTYCYB 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 85.6 2.14% +AR-halfsite(NR)/LNCaP-AR-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer CCAGGAACAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 276.1 6.89% +Arnt:Ahr(bHLH)/MCF7-Arnt-ChIP-Seq(Lo_et_al.)/Homer TBGCACGCAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 255.8 6.38% +Ascl1(bHLH)/NeuralTubes-Ascl1-ChIP-Seq(GSE55840)/Homer NNVVCAGCTGBN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 333.9 8.33% +Atf1(bZIP)/K562-ATF1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer GATGACGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 272.7 6.80% +Atf2(bZIP)/3T3L1-Atf2-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer NRRTGACGTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 267.1 6.66% +Atf3(bZIP)/GBM-ATF3-ChIP-Seq(GSE33912)/Homer DATGASTCATHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 227.7 5.68% +Atf4(bZIP)/MEF-Atf4-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer MTGATGCAAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +Atf7(bZIP)/3T3L1-Atf7-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer NGRTGACGTCAY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 269.0 6.71% +Atoh1(bHLH)/Cerebellum-Atoh1-ChIP-Seq(GSE22111)/Homer VNRVCAGCTGGY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 171.4 4.28% +Bach1(bZIP)/K562-Bach1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer AWWNTGCTGAGTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Bach2(bZIP)/OCILy7-Bach2-ChIP-Seq(GSE44420)/Homer TGCTGAGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 197.7 4.93% +Bapx1(Homeobox)/VertebralCol-Bapx1-ChIP-Seq(GSE36672)/Homer TTRAGTGSYK 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 191.7 4.78% +Barx1(Homeobox)/Stomach-Barx1.3xFlag-ChIP-Seq(GSE69483)/Homer AAACMATTAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +IRF:BATF(IRF:bZIP)/pDC-Irf8-ChIP-Seq(GSE66899)/Homer CTTTCANTATGACTV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +BATF(bZIP)/Th17-BATF-ChIP-Seq(GSE39756)/Homer DATGASTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 335.8 8.38% +Bcl11a(Zf)/HSPC-BCL11A-ChIP-Seq(GSE104676)/Homer TYTGACCASWRG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Bcl6(Zf)/Liver-Bcl6-ChIP-Seq(GSE31578)/Homer NNNCTTTCCAGGAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 843.2 21.04% +bHLHE40(bHLH)/HepG2-BHLHE40-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer KCACGTGMCN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +bHLHE41(bHLH)/proB-Bhlhe41-ChIP-Seq(GSE93764)/Homer KCACGTGMCN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 669.4 16.70% +BMAL1(bHLH)/Liver-Bmal1-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer GNCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 307.6 7.67% +BMYB(HTH)/Hela-BMYB-ChIP-Seq(GSE27030)/Homer NHAACBGYYV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1946.0 48.55% +BORIS(Zf)/K562-CTCFL-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer CNNBRGCGCCCCCTGSTGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Brachyury(T-box)/Mesoendoderm-Brachyury-ChIP-exo(GSE54963)/Homer ANTTMRCASBNNNGTGYKAAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Brn1(POU,Homeobox)/NPC-Brn1-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer TATGCWAATBAV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 261.1 6.51% +Brn2(POU,Homeobox)/NPC-Brn2-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer ATGAATATTC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +bZIP:IRF(bZIP,IRF)/Th17-BatF-ChIP-Seq(GSE39756)/Homer NAGTTTCABTHTGACTNW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 213.1 5.32% +CDX4(Homeobox)/ZebrafishEmbryos-Cdx4.Myc-ChIP-Seq(GSE48254)/Homer NGYCATAAAWCH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 372.8 9.30% +CEBP:AP1(bZIP)/ThioMac-CEBPb-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer DRTGTTGCAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 27.9 0.70% +CEBP:CEBP(bZIP)/MEF-Chop-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer NTNATGCAAYMNNHTGMAAY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CEBP(bZIP)/ThioMac-CEBPb-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer ATTGCGCAAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +Chop(bZIP)/MEF-Chop-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer ATTGCATCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +CLOCK(bHLH)/Liver-Clock-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer GHCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +c-Myc(bHLH)/LNCAP-cMyc-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer VCCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 145.1 3.62% +c-Myc(bHLH)/mES-cMyc-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer VVCCACGTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +COUP-TFII(NR)/K562-NR2F1-ChIP-Seq(Encode)/Homer GKBCARAGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 417.3 10.41% +COUP-TFII(NR)/Artia-Nr2f2-ChIP-Seq(GSE46497)/Homer AGRGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 141.4 3.53% +CRE(bZIP)/Promoter/Homer CSGTGACGTCAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CRX(Homeobox)/Retina-Crx-ChIP-Seq(GSE20012)/Homer GCTAATCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1426.3 35.59% +CTCF(Zf)/CD4+-CTCF-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer AYAGTGCCMYCTRGTGGCCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CTCF-SatelliteElement(Zf?)/CD4+-CTCF-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer TGCAGTTCCMVNWRTGGCCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CUX1(Homeobox)/K562-CUX1-ChIP-Seq(GSE92882)/Homer TATCGATNAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 460.0 11.48% +Cux2(Homeobox)/Liver-Cux2-ChIP-Seq(GSE35985)/Homer HNRAATCAAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Dlx3(Homeobox)/Kerainocytes-Dlx3-ChIP-Seq(GSE89884)/Homer NDGTAATTAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 197.1 4.92% +Mouse_Recombination_Hotspot(Zf)/Testis-DMC1-ChIP-Seq(GSE24438)/Homer ACTYKNATTCGTGNTACTTC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DMRT1(DM)/Testis-DMRT1-ChIP-Seq(GSE64892)/Homer TWGHWACAWTGTWDC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DMRT6(DM)/Testis-DMRT6-ChIP-Seq(GSE60440)/Homer YDGHTACAWTGTADC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +RAR:RXR(NR),DR5/ES-RAR-ChIP-Seq(GSE56893)/Homer AGGTCAAGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +RAR:RXR(NR),DR5/ES-RAR-ChIP-Seq(GSE56893)/Homer RGGTCADNNAGAGGTCAV 1e0 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0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 220.1 5.49% +NFAT(RHD)/Jurkat-NFATC1-ChIP-Seq(Jolma_et_al.)/Homer ATTTTCCATT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 968.4 24.16% +NFE2L2(bZIP)/HepG2-NFE2L2-ChIP-Seq(Encode)/Homer AWWWTGCTGAGTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NF-E2(bZIP)/K562-NFE2-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer GATGACTCAGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NFIL3(bZIP)/HepG2-NFIL3-ChIP-Seq(Encode)/Homer VTTACGTAAYNNNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +NFkB-p65-Rel(RHD)/ThioMac-LPS-Expression(GSE23622)/Homer GGAAATTCCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NFY(CCAAT)/Promoter/Homer RGCCAATSRG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 374.5 9.34% +Nkx2.1(Homeobox)/LungAC-Nkx2.1-ChIP-Seq(GSE43252)/Homer RSCACTYRAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1459.1 36.40% +Nkx2.2(Homeobox)/NPC-Nkx2.2-ChIP-Seq(GSE61673)/Homer BTBRAGTGSN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 853.1 21.28% +Nkx2.5(Homeobox)/HL1-Nkx2.5.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer RRSCACTYAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1485.3 37.06% +Nkx3.1(Homeobox)/LNCaP-Nkx3.1-ChIP-Seq(GSE28264)/Homer AAGCACTTAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 528.5 13.19% +n-Myc(bHLH)/mES-nMyc-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer VRCCACGTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NPAS2(bHLH)/Liver-NPAS2-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer KCCACGTGAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 78.1 1.95% +NPAS(bHLH)/Liver-NPAS-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer NVCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 480.7 11.99% +EAR2(NR)/K562-NR2F6-ChIP-Seq(Encode)/Homer NRBCARRGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 141.4 3.53% +Nr5a2(NR)/mES-Nr5a2-ChIP-Seq(GSE19019)/Homer BTCAAGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 340.9 8.51% +NRF1(NRF)/MCF7-NRF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer CTGCGCATGCGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Nrf2(bZIP)/Lymphoblast-Nrf2-ChIP-Seq(GSE37589)/Homer HTGCTGAGTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NRF(NRF)/Promoter/Homer STGCGCATGCGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Nur77(NR)/K562-NR4A1-ChIP-Seq(GSE31363)/Homer TGACCTTTNCNT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 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1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 244.7 6.11% +RUNX1(Runt)/Jurkat-RUNX1-ChIP-Seq(GSE29180)/Homer AAACCACARM 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 934.7 23.32% +RUNX2(Runt)/PCa-RUNX2-ChIP-Seq(GSE33889)/Homer NWAACCACADNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 244.7 6.11% +RUNX-AML(Runt)/CD4+-PolII-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer GCTGTGGTTW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +RXR(NR),DR1/3T3L1-RXR-ChIP-Seq(GSE13511)/Homer TAGGGCAAAGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +SCL(bHLH)/HPC7-Scl-ChIP-Seq(GSE13511)/Homer AVCAGCTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 2259.3 56.37% +SCRT1(Zf)/HEK293-SCRT1.eGFP-ChIP-Seq(Encode)/Homer GCAACAGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +SF1(NR)/H295R-Nr5a1-ChIP-Seq(GSE44220)/Homer CAAGGHCANV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 53.9 1.34% +Six1(Homeobox)/Myoblast-Six1-ChIP-Chip(GSE20150)/Homer GKVTCADRTTWC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 373.2 9.31% +Six2(Homeobox)/NephronProgenitor-Six2-ChIP-Seq(GSE39837)/Homer GWAAYHTGAKMC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 373.2 9.31% 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SGTCACGTGR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Usf2(bHLH)/C2C12-Usf2-ChIP-Seq(GSE36030)/Homer GTCACGTGGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +VDR(NR),DR3/GM10855-VDR+vitD-ChIP-Seq(GSE22484)/Homer ARAGGTCANWGAGTTCANNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 390.0 9.73% +WT1(Zf)/Kidney-WT1-ChIP-Seq(GSE90016)/Homer MCTCCCMCRCAB 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +X-box(HTH)/NPC-H3K4me1-ChIP-Seq(GSE16256)/Homer GGTTGCCATGGCAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +YY1(Zf)/Promoter/Homer CAAGATGGCGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Zac1(Zf)/Neuro2A-Plagl1-ChIP-Seq(GSE75942)/Homer HAWGRGGCCM 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 151.1 3.77% +ZBTB12(Zf)/HEK293-ZBTB12.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer NGNTCTAGAACCNGV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ZBTB18(Zf)/HEK293-ZBTB18.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer AACATCTGGA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ZBTB33(Zf)/GM12878-ZBTB33-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer GGVTCTCGCGAGAAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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YTKGATAHAGTATTCTWGGTNGGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ZNF165(Zf)/WHIM12-ZNF165-ChIP-Seq(GSE65937)/Homer AAGGKGRCGCAGGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ZNF16(Zf)/HEK293-ZNF16.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer MACCTTCYATGGCTCCCTAKTGCCY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ZNF189(Zf)/HEK293-ZNF189.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer TGGAACAGMA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 158.3 3.95% +Znf263(Zf)/K562-Znf263-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer CVGTSCTCCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 250.8 6.26% +ZNF264(Zf)/HEK293-ZNF264.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer RGGGCACTAACY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 411.9 10.28% +ZNF317(Zf)/HEK293-ZNF317.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer GTCWGCTGTYYCTCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ZNF322(Zf)/HEK293-ZNF322.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer GAGCCTGGTACTGWGCCTGR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ZNF382(Zf)/HEK293-ZNF382.GFP-ChIP-Seq(GSE58341)/Homer GNCTGTASTRNTGBCTCHTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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+dHNF4(NR)/Fly-HNF4-ChIP-Seq(GSE73675)/Homer GGTCCAAAGTCCAMT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Dorsal(RHD)/Embryo-dl-ChIP-Seq(GSE65441)/Homer GGGAAAAMCCCG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 265.2 6.62% +DREF/Drosophila-Promoters/Homer AVYTATCGATAD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E-box/Drosophila-Promoters/Homer AACAGCTGTTHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Trl(Zf)/S2-GAGAfactor-ChIP-Seq(GSE40646)/Homer RGAGAGAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 426.7 10.65% +Unknown1(NR/Ini-like)/Drosophila-Promoters/Homer MYGGTCACACTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 266.4 6.65% +M1BP(Zf)/S2R+-M1BP-ChIP-Seq(GSE49842)/Homer CAGTGTGACCGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 305.5 7.62% +TATA-box/Drosophila-Promoters/Homer CTATAAAAGCSV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Unknown2/Drosophila-Promoters/Homer CATCMCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 304.6 7.60% +Unknown3/Drosophila-Promoters/Homer ACVAKCTGGCAGCGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Unknown4/Drosophila-Promoters/Homer AAAAATACCRMA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 287.7 7.18% +Unknown5/Drosophila-Promoters/Homer GCTGATAASV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 691.9 17.26% +Zelda(Zf)/Embryo-zld-ChIP-Seq(GSE65441)/Homer KBCTACCTGW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HOXA9(Homeobox)/HSC-Hoxa9-ChIP-Seq(GSE33509)/Homer GGCCATAAATCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 445.7 11.12% +HOXD13(Homeobox)/Chicken-Hoxd13-ChIP-Seq(GSE38910)/Homer NCYAATAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 531.0 13.25% +Tcf4(HMG)/Hct116-Tcf4-ChIP-Seq(SRA012054)/Homer ASATCAAAGGVA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 197.6 4.93% +ABF1(bZIP)/Arabidopsis-ABF1-ChIP-Seq(GSE80564)/Homer CACGTGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 26.0 0.65% +ABF2(bZIP)/col-ABF2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer KGMCACGTGDCMHHH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ABI5(bZIP)/col-ABI5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 26.0 0.65% +ABR1(AP2EREBP)/colamp-ABR1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAATGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 358.1 8.93% +Adof1(C2C2dof)/col-Adof1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NRWAAAGYDV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1661.4 41.45% +AGL13(MADS)/col-AGL13-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWCCAWWTWTGGWAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AGL15(MADS)/col-AGL15-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTCCHWATWDGGAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 189.7 4.73% +AGL16(MADS)/col-AGL16-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWCCHWATWDGGAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 187.9 4.69% +AGL25(MADS)/colamp-AGL25-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTCCATWTWTGGAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AGL63(MADS)/col-AGL63-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCCAAWWWTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 625.7 15.61% +AGL6(MADS)/col-AGL6-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTWCCWWAWWDGGWA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AGL95(ND)/col-AGL95-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AIL7(AP2EREBP)/colamp-AIL7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer KCACRAWTYYCGAGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 249.9 6.24% +ANAC004(NAC)/colamp-ANAC004-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WNCTTVYNNNRBAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC005(NAC)/col-ANAC005-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WVCTTVTWNHABAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC011(NAC)/col-ANAC011-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TDCTTGYRNNDCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC013(NAC)/col-ANAC013-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTGNNNNNCAAGNA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 236.8 5.91% +ANAC016(NAC)/col-ANAC016-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WNCTTGNNNNNCAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC017(NAC)/colamp-ANAC017-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TMCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC020(NAC)/col-ANAC020-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DVCKTGHNNNDCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC028(NAC)/col-ANAC028-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WRCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC038(NAC)/col-ANAC038-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ACACGTWAYC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1031.7 25.74% +ANAC042(NAC)/col-ANAC042-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CGTNDHNDHNACGKY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 364.1 9.08% +ANAC045(NAC)/col-ANAC045-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DNCKTVNNNNNNAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 761.9 19.01% +ANAC046(NAC)/colamp-ANAC046-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ACACGYWAYC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1067.0 26.62% +ANAC047(NAC)/colamp-ANAC047-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WACACGTAACTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 27.9 0.70% +ANAC050(NAC)/colamp-ANAC050-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WNCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC053(NAC)/colamp-ANAC053-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TDCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +ANAC057(NAC)/colamp-ANAC057-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DVCKTGNNNNNCAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC058(NAC)/col-ANAC058-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWCTTGTDNNACAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +ANAC062(NAC)/colamp-ANAC062-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TACTTANTNWNYAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC070(NAC)/colamp-ANAC070-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTRHDNHNBAAGHW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 637.7 15.91% +ANAC071(NAC)/col-ANAC071-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DNCKTNDNNNHNAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 411.7 10.27% +ANAC075(NAC)/col-ANAC075-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTSWWNWWSAAGYT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +ANAC079(NAC)/colamp-ANAC079-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TACACGCAACCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +ANAC083(NAC)/col-ANAC083-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CKTRWNNNWYAMGTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 249.8 6.23% +ANAC087(NAC)/col-ANAC087-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WVCKTGHNNNWCAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +ANAC092(NAC)/colamp-ANAC092-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WRCKTGWNNNWCAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +ANAC094(NAC)/col-ANAC094-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DVCGTRNNNNNYACG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 364.1 9.08% +ANAC096(NAC)/colamp-ANAC096-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TACTTGWNNNWCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 411.7 10.27% +ANAC103(NAC)/col-ANAC103-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AACTTGNWNWNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANL2(HB)/col-ANL2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CATTAATTGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 262.6 6.55% +AREB3(bZIP)/col-AREB3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NKGMCACGTGDCMNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 26.0 0.65% +ARF16(ARF)/col-ARF16-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATTTTACGAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 235.3 5.87% +ARF2(ARF)/col-ARF2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTGTCGGMWN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 646.8 16.14% +AS2(LOBAS2)/col-AS2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGDAAWWHMCGSCG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ASHR1(ND)/col-ASHR1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NTGGTGAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 644.0 16.07% +AT1G01250(AP2EREBP)/col-AT1G01250-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YCACCGACAHTW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AT1G04880(ARID)/colamp-AT1G04880-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAACTATATADTATA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AT1G10720(BSD)/col-AT1G10720-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAKCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AT1G12630(AP2EREBP)/colamp-AT1G12630-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGTCGGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 113.3 2.83% +At1g13300(G2like)/col-At1g13300-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GAATCTWAGATTCYN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +At1g14580(C2H2)/colamp-At1g14580-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CASAAAAMGACAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +At1g19000(MYBrelated)/colamp-At1g19000-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWTGGATAADDT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 213.9 5.34% +AT1G19040(NAC)/col-AT1G19040-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTGNDNHNCAAGYW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +At1g19210(AP2EREBP)/colamp-At1g19210-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HCACCGACCAHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1634.2 40.77% +At1g22810(AP2EREBP)/colamp-At1g22810-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BCACCGACANNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AT1G23810(Orphan)/col-AT1G23810-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAGSTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AT1G24250(Orphan)/col-AT1G24250-DAP-Seq(GSE60143)/Homer KTDGTTGGTDGTTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +At1g25550(G2like)/colamp-At1g25550-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NAGATTCY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 503.5 12.56% +AT1G28160(AP2EREBP)/colamp-AT1G28160-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 420.0 10.48% +At1g36060(AP2EREBP)/colamp-At1g36060-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNWWKGTCGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 779.0 19.43% +AT1G44830(AP2EREBP)/col-AT1G44830-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NCCACCGACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AT1G47655(C2C2dof)/colamp-AT1G47655-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YHACTTTTTS 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 2037.7 50.84% +At1g49010(MYBrelated)/col-At1g49010-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGATAASNTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 998.3 24.91% +AT1G49560(G2like)/colamp-AT1G49560-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GAWTCTNWDA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1349.1 33.66% +At1g64620(C2C2dof)/colamp-At1g64620-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CACTTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 912.5 22.77% 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GGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ESE3(AP2EREBP)/col-ESE3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GACGGTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 213.5 5.33% +FAR1(FAR1)/col-FAR1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TKNNNYYCACGCGCY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 207.2 5.17% +FEA4(bZIP)/Corn-FEA4-ChIP-Seq(GSE61954)/Homer TGACGTCACS 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 269.0 6.71% +FHY3(FAR1)/Arabidopsis-FHY3-ChIP-Seq(GSE30711)/Homer HHCACGCGCBTN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 210.9 5.26% +FRS9(ND)/col-FRS9-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGAGAGAGAAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +FUS3(ABI3VP1)/col-FUS3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DNNWTNTGCATGKNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 285.3 7.12% +GAGA-repeat/Arabidopsis-Promoters/Homer CTCTCTCTCY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 13.0 0.32% +GATA11(C2C2gata)/col-GATA11-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DDHYYAGATCTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +GATA12(C2C2gata)/col-GATA12-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YAGATCTRAW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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DCAATWATTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ATHB6(Homeobox)/Arabidopsis-HB6-ChIP-Seq(GSE80564)/Homer CAATNATTBN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 154.3 3.85% +HDG1(Homeobox)/col100-HDG1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DDYAATTAATGH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 260.8 6.51% +HDG7(HB)/col-HDG7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGCATTTAATGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSF21(HSF)/col-HSF21-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTCTAGAAGMTTYW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSF3(HSF)/colamp-HSF3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NTTCTAGAAKCTTCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 142.0 3.54% +HSF6(HSF)/col-HSF6-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTYTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSF7(HSF)/colamp-HSF7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSFA1E(HSF)/col-HSFA1E-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSFA6A(HSF)/col-HSFA6A-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGAAGNTTCTAGAAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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+LBD2(LOBAS2)/colamp-LBD2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TCCGAWTTTTTCGGN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +LCL1(MYBrelated)/colamp-LCL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NAAAATATCTWHWWN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +LEP(AP2EREBP)/col-LEP-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CDCCGCCGTC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +LHY1(MYBrelated)/col-LHY1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAATATCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 454.0 11.33% +LMI1(HB)/colamp-LMI1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AATTATTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 154.3 3.85% +LOB(LOBAS2)/col-LOB-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CGCCGKAWWTTHCGS 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MGP(C2H2)/colamp-MGP-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTTGTCGTTTW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MS188(MYB)/colamp-MS188-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WARKTAGGTRRA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB107(MYB)/col-MYB107-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGTWGGTRRR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 840.9 20.98% +MYB10(MYB)/col-MYB10-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YCCACCTACCHH 1e0 0.000e+00 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+MYB33(MYB)/col-MYB33-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DDTYNGTTAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1277.8 31.88% +MYB39(MYB)/col-MYB39-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWAARKTAGGTGRAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB3(MYB)/Arabidopsis-MYB3-ChIP-Seq(GSE80564)/Homer GKTAGGTRGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 210.8 5.26% +MYB3R1(MYB)/col-MYB3R1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWDTDACCGTTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 428.8 10.70% +MYB3R4(MYB)/col-MYB3R4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AWWTAACCGTTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 490.0 12.23% +MYB3R5(MYB)/col-MYB3R5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer THYAACGGTHAWAWT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 266.4 6.65% +MYB40(MYB)/col-MYB40-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGGTAGGTRARA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB41(MYB)/col-MYB41-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BYTYACCTAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB44(MYB)/colamp-MYB44-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CVGTTWWKTCNGTTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 177.3 4.42% +MYB49(MYB)/col-MYB49-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ARKTAGGTRR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 100.5 2.51% +MYB4(MYB)/col200-MYB4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WAGKTAGGTARR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 98.6 2.46% +MYB51(MYB)/col-MYB51-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGTAGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 592.6 14.79% +MYB55(MYB)/colamp-MYB55-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YACCWAMC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 374.9 9.35% +MYB56(MYB)/colamp-MYB56-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HTAACGRMHY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 660.2 16.47% +MYB57(MYB)/col-MYB57-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTACCTAACT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB58(MYB)/colamp-MYB58-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YYYACCWACC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB61(MYB)/colamp-MYB61-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HCYACCTACC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 490.3 12.23% +MYB62(MYB)/colamp-MYB62-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NTACCTAACT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 130.4 3.25% +MYB63(MYB)/col-MYB63-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BHYACCWACCHH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB65(MYB)/colamp-MYB65-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RACNGTTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1542.6 38.49% +MYB67(MYB)/col-MYB67-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YYYACCTAAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 371.1 9.26% +MYB70(MYB)/col-MYB70-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTAACNGTTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1789.7 44.65% +MYB73(MYB)/col-MYB73-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNNNHAACNGHHDHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1405.3 35.06% +MYB74(MYB)/colamp-MYB74-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YYYACCTACCWH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB77(MYB)/col-MYB77-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NYAACBGYMC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1369.7 34.17% +MYB88(MYB)/col-MYB88-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HNACGCTCCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 507.6 12.66% +MYB92(MYB)/colamp-MYB92-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGTAGGTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 102.3 2.55% +MYB93(MYB)/colamp-MYB93-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGTAGGTGRD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 272.5 6.80% +MYB94(MYB)/col-MYB94-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGGTRGTTGGKA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB96(MYB)/colamp-MYB96-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGGTRGTTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 682.3 17.02% +MYB98(MYB)/col-MYB98-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NWDCCGTTAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 172.7 4.31% +MYB99(MYB)/colamp-MYB99-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGTAGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 600.7 14.99% +NAC2(NAC)/colamp-NAC2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TDCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +NAM(NAC)/col-NAM-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGTTRCGTRW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 283.9 7.08% +NAP(NAC)/col-NAP-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ARGTTACGTRTN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +NGA4(ABI3VP1)/col-NGA4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TKNTCAGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1053.7 26.29% +NLP7(RWPRK)/col-NLP7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGRCCYTTCR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1175.5 29.33% +NST1(NAC)/colamp-NST1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WRCTTRWWNWWYAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 249.8 6.23% +NTM1(NAC)/col-NTM1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ACTTRTARAASAAGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 234.9 5.86% +NTM2(NAC)/col-NTM2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTRTNNNAYAAGBH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +NUC(C2H2)/col-NUC-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HAVAAAACGACAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +O2(bZIP)/Corn-O2-ChIP-Seq(GSE63991)/Homer GCTGACGTGGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +OBP1(C2C2dof)/col-OBP1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NHHACTTTWT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1808.6 45.12% +OBP3(C2C2dof)/col-OBP3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NYWACTTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1605.5 40.06% +OBP4(C2C2dof)/col-OBP4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTTHACTTTTTB 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 216.4 5.40% +PCF/Arabidopsis-Promoters/Homer NNWWWTGGGCYTDDN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PHV(HB)/col-PHV-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RTAATSATTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 361.5 9.02% +PIF4(bHLH)/Seedling-PIF4-ChIP-Seq(GSE35315)/Homer NNBCACGTGN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PIF5ox(bHLH)/Arabidopsis-PIF5ox-ChIP-Seq(GSE35062)/Homer BCACGTGVDN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PIF7(bHLH)/col-PIF7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCACGTGGNH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PLT1(AP2EREBP)/colamp-PLT1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCACGAWTYCCGAGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PLT3(AP2EREBP)/col-PLT3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCACGNWTHYCGAGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PTF1(TCP)/colamp-PTF1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RDDGGGACCACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PUCHI(AP2EREBP)/colamp-PUCHI-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCGCCGTY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Rap210(AP2EREBP)/col-Rap210-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGTCGGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 662.2 16.52% +RAP211(AP2EREBP)/colamp-RAP211-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGCCGGCYWW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 388.7 9.70% +RAP212(AP2EREBP)/col-RAP212-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CGCCGCCATTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 128.7 3.21% +RAP21(AP2EREBP)/colamp-RAP21-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BCACCGACAHNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +RAP26(AP2EREBP)/colamp-RAP26-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HDATGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 492.2 12.28% +RAV1(RAV)/colamp-RAV1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWWTTTCTGTTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 400.4 9.99% +REM16(ABI3VP1)/col-REM16-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DTTTTTSCCGSMAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +REM19(REM)/colamp-REM19-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAAAAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Replumless(BLH)/Arabidopsis-RPL.GFP-ChIP-Seq(GSE78727)/Homer HGTCWHATCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 170.0 4.24% +RRTF1(AP2EREBP)/colamp-RRTF1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGCCGCHATTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 229.4 5.72% +SEP3(MADS)/Arabidoposis-Flower-Sep3-ChIP-Seq/Homer CCAAAAAGGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 521.7 13.02% +SGR5(C2H2)/colamp-SGR5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTGTCTTTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 148.8 3.71% +SHN3(AP2EREBP)/col-SHN3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGCCGCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +SMB(NAC)/colamp-SMB-DAP-Seq(GSE60143)/Homer 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the fasta files +#under the "genome" directory (a directory that contains a directory +#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file +#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are +#TAB characters): +# +# +# +#So, all_fasta.loc could look something like this: +# +#apiMel3 apiMel3 Honeybee (Apis mellifera): apiMel3 /path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /path/to/genome/hg19/hg19canon.fa +#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /path/to/genome/hg19/hg19full.fa +# +#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual +#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build, +#such as with hg19 above. +# diff -r 000000000000 -r adab852c8216 tool-data/homer_preparse.loc.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/homer_preparse.loc.sample Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,25 @@ +# homer_preparse.loc.sample +# This is a *.loc.sample file distributed with Galaxy that enables tools +# to use a directory of indexed data files. This one is for Homer preparsed genomes. +# The file should include an one line entry for each index set. +# The path points to the "directory" for the set, not a specific file. +# It has six text columns seperated by TABS. +# +# +# +# So, for example, if you had phiX174 preparsed with 200bp stored in: +# +# /tmp/phix_200 +# +# containing phiX174.fasta.200.* files, such as: +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 83K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.cgbins +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 249K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.cgfreq +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 83K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.gcbins +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 169K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.pos +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 955K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.seq +# +# then the homer_preparse.loc entry could look like this: +# +# phiX174_200 phiX174 False 200 phiX174 (200bp) /tmp/phix_200 /tmp/phiX174.fasta 4.11 +# +# diff -r 000000000000 -r adab852c8216 tool_data_table_conf.xml.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,12 @@ + + + + value, dbkey, name, path + +
+ + + value, dbkey, mask, size, name, path, path_fasta, version + +
+
diff -r 000000000000 -r adab852c8216 tool_data_table_conf.xml.test --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.test Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000 @@ -0,0 +1,12 @@ + + + + value, dbkey, mask, size, name, path, path_fasta, version + +
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+