# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1628420609 0
# Node ID adab852c8216c05d9fb9c0d8fda51c15a2f0fb8e

"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/homer commit e49d856e0181edc6120220a1b819cba2466a4289"

diff -r 000000000000 -r adab852c8216 homer_annotatePeaks.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/homer_annotatePeaks.xml	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,133 @@
+<tool id="homer_annotatePeaks" name="annotatePeaks" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="20.05">
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+annotatePeaks.pl
+## Peak file
+'$input'
+## Genome
+#if $CpG.bool == "true":
+    #if $CpG.genome.source == 'installed': 
+        '${CpG.genome.all_fasta_source.fields.path}'
+    #else
+        '${CpG.genome.fasta}'
+    #end if
+    -CpG
+#else
+    none
+#end if
+#if $gtf_file:
+    -gtf '$gtf_file'
+#end if
+#if $ann_file:
+    -ann '$ann_file'
+#end if
+> '$output'
+        ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="input" type="data" format="bed,encodepeak,tabular" label="Peak file"/>
+        <!-- CpG -->
+        <conditional name="CpG">
+            <param name="bool" type="select" label="Do you want to compute CpG/GC content?">
+                <option value="true">Yes</option>
+                <option value="false">No</option>
+            </param>
+            <when value="true">
+                <conditional name="genome">
+                    <param name="source" type="select" label="Will you select a reference genome from your history or use a installed genome?">
+                        <option value="installed">Installed</option>
+                        <option value="history">From History</option>
+                    </param>
+                    <when value="installed">
+                        <param name="all_fasta_source" type="select" label="Source FASTA Sequence">
+                            <options from_data_table="all_fasta">
+                                <filter type="sort_by" column="2"/>
+                                <validator type="no_options" message="No references are available"/>
+                            </options>
+                        </param>
+                    </when>
+                    <when value="history">
+                        <param name="fasta" type="data" format="fasta" label="Select reference genome"/>
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+            <when value="false"/>
+        </conditional>
+        <param name="gtf_file" type="data" format="gtf,gff,gff3" optional="True" label="GTF file" help="Must be of datatype &quot;gtf&quot; or &quot;gff&quot; or &quot;gff3&quot;" argument="-gtf"/>
+        <param name="ann_file" type="data" format="tabular" optional="True" label="Annotation data file for HOMER" help="This file can be generated from gtf with the tool 'Converts GTF to Annotations file for Homer" argument="-ann"/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="tabular" name="output"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!-- first simple test with ann and gtf-->
+            <param name="input" value="CTCF_peaks.bed" ftype="bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <param name="ann_file" value="annotations_default_simplified.txt" ftype="tabular"/>
+            <param name="gtf_file" value="small_simplified.gtf" ftype="gtf"/>
+            <output name="output" file="CTCF_peaks_first.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!-- second simple test with ann only-->
+            <param name="input" value="CTCF_peaks.bed" ftype="bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <param name="ann_file" value="annotations_default.txt" ftype="tabular"/>
+            <output name="output" file="CTCF_peaks_second.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!-- third simple test with gtf only-->
+            <param name="input" value="CTCF_peaks.bed" ftype="bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <param name="gtf_file" value="small_simplified.gtf" ftype="gtf"/>
+            <output name="output" file="CTCF_peaks_third.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!--test with CpG-->
+            <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="true"/>
+                <conditional name="genome">
+                    <param name="source" value="history"/>
+                    <param name="fasta" value="phiX174.fasta"/>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <output name="output" file="phiXcpg.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!--test with CpG from table-->
+            <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="true"/>
+                <conditional name="genome">
+                    <param name="source" value="installed"/>
+                    <param name="all_fasta_source" value="phiX174"/>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <output name="output" file="phiXcpg.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!--test with nothing-->
+            <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <output name="output" file="phiX_nothing.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+This wrapper allow to annotate peaks with simple annotations with annotatePeaks.pl from HOMER.
+The annotation file and the GTF file may seem redundant but:
+- the use of gtf file only misses the UTR annotations and does not allow to set the desired offsets for TSS and TTS.
+- the use of annotation file only misses the distance to tss and the correspondance between id and classical gene name.
+        ]]></help>
+    <expand macro="citation"/>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r adab852c8216 macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,49 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">4.11</token>
+    <!-- HOMER index version compatible with this version of HOMER
+    This is the HOMER version that introduced the preparsed structure expected
+    by the current version. -->
+    <token name="@IDX_VERSION@">4.11</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    <xml name="xrefs">
+        <xrefs>
+            <xref type="bio.tools">homer</xref>
+        </xrefs>
+    </xml>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="4.11">homer</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="choose_center">
+        <conditional name="choose_center">
+            <param name="center" type="select" label="Do you want to center your sequence on the peak center?">
+                <option value="centered" selected="True">Yes</option>
+                <option value="manual">No, I want asymetric (raise an error if given was chosen above)</option>
+            </param>
+            <when value="centered"/>
+            <when value="manual">
+                <param name="sizes" type="integer" value="-100" label="sequence start relative to center"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="mask_size">
+        <param argument="-mask" type="boolean" truevalue="True" falsevalue="False" label="mask repeats/lower case sequence"/>
+        <conditional name="fixed_size">
+            <param name="size_fixed" type="select" label="Do you want a fixed fragment size?">
+                <option value="fixed" selected="True">Yes</option>
+                <option value="given">No, I want to keep the size of my peaks (-size given)</option>
+            </param>
+            <when value="given"/>
+            <when value="fixed">
+                <param argument="-size" type="integer" min="0" value="200" label="fragment size in bp"/>
+                <expand macro="choose_center"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="citation">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1016/j.molcel.2010.05.004</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/CTCF_peaks.bed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/CTCF_peaks.bed	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,66 @@
+chr10	95489848	95489849	chr10:95489648-95490124	9.37574	+	95489848	95489848	236,28,36
+chr10	95550657	95550658	chr10:95550458-95550913	22.4312	+	95550657	95550657	236,28,36
+chr10	95551883	95551884	chr10:95551647-95552156	9.8358	+	95551883	95551883	236,28,36
+chr10	95557476	95557477	chr10:95557210-95557760	15.8474	+	95557476	95557476	236,28,36
+chr10	95858373	95858374	chr10:95858061-95858620	8.91987	-	95858373	95858373	46,49,145
+chr10	95894941	95894942	chr10:95894657-95895156	14.5144	-	95894941	95894941	46,49,145
+chr10	95898656	95898657	chr10:95898384-95898961	12.5406	+	95898656	95898656	236,28,36
+chr10	96033867	96033868	chr10:96033562-96034101	20.0255	-	96033867	96033867	46,49,145
+chr10	96080634	96080635	chr10:96080279-96080903	6.11901	-	96080634	96080634	46,49,145
+chr10	96105359	96105360	chr10:96104999-96105605	12.8558	-	96105359	96105359	46,49,145
+chr10	96132305	96132306	chr10:96131980-96132540	14.3011	+	96132305	96132305	236,28,36
+chr10	96182451	96182452	chr10:96182221-96182632	9.96549	+	96182451	96182451	236,28,36
+chr10	96214052	96214053	chr10:96213797-96214300	26.3993	+	96214052	96214052	236,28,36
+chr10	96616854	96616855	chr10:96616623-96617093	4.72295	-	96616854	96616854	46,49,145
+chr10	96618518	96618519	chr10:96618332-96618740	7.7811	+	96618518	96618518	236,28,36
+chr10	96934833	96934834	chr10:96934538-96935160	10.7794	-	96934833	96934833	46,49,145
+chr10	97160696	97160697	chr10:97160138-97160734	9.26797	-	97160696	97160696	46,49,145
+chr10	97313143	97313144	chr10:97312750-97313424	16.1617	-	97313143	97313143	46,49,145
+chr10	97340069	97340070	chr10:97339748-97340355	8.23779	-	97340069	97340069	46,49,145
+chr10	97345534	97345535	chr10:97345244-97345845	21.9543	+	97345534	97345534	236,28,36
+chr10	97375992	97375993	chr10:97375737-97376277	17.1427	+	97375992	97375992	236,28,36
+chr10	97670411	97670412	chr10:97670243-97670641	15.0213	-	97670411	97670411	46,49,145
+chr10	97689620	97689621	chr10:97689400-97689842	6.20282	-	97689620	97689620	46,49,145
+chr10	97704766	97704767	chr10:97704497-97705056	12.2858	-	97704766	97704766	46,49,145
+chr10	97712886	97712887	chr10:97712528-97713193	16.5834	+	97712886	97712886	236,28,36
+chr10	97768453	97768454	chr10:97768293-97768873	-1.29559	.	97768453	97768453	0,0,0
+chr2	73745858	73745859	chr2:73745562-73746116	15.583	-	73745858	73745858	46,49,145
+chr2	73792430	73792431	chr2:73792224-73792669	11.3969	+	73792430	73792430	236,28,36
+chr2	73868302	73868303	chr2:73868052-73868532	16.5297	-	73868302	73868302	46,49,145
+chr2	73925250	73925251	chr2:73924997-73925519	6.64944	+	73925250	73925250	236,28,36
+chr2	73947567	73947568	chr2:73947347-73947809	11.7	-	73947567	73947567	46,49,145
+chr2	73965796	73965797	chr2:73965501-73966069	18.8918	+	73965796	73965796	236,28,36
+chr2	73987358	73987359	chr2:73987054-73987519	5.75056	-	73987358	73987358	46,49,145
+chr2	73998748	73998749	chr2:73998449-73999023	4.45417	-	73998748	73998748	46,49,145
+chr2	74027927	74027928	chr2:74027638-74028176	17.1136	+	74027927	74027927	236,28,36
+chr2	74066830	74066831	chr2:74066544-74067106	4.26306	+	74066830	74066830	236,28,36
+chr2	74247701	74247702	chr2:74247519-74247926	19.6437	-	74247701	74247701	46,49,145
+chr2	74300454	74300455	chr2:74300183-74300724	21.3163	+	74300454	74300454	236,28,36
+chr2	74305972	74305973	chr2:74305723-74306142	15.4325	-	74305972	74305972	46,49,145
+chr2	74655531	74655532	chr2:74655214-74655823	11.0865	-	74655531	74655531	46,49,145
+chr2	74661783	74661784	chr2:74661581-74662231	6.32635	-	74661783	74661783	46,49,145
+chr2	74663751	74663752	chr2:74663455-74664030	5.5749	-	74663751	74663751	46,49,145
+chr2	74673182	74673183	chr2:74672881-74673432	11.6759	-	74673182	74673182	46,49,145
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+intron (ENSMUST00000136302, intron 1 of 2)	chr2	74683547	74683902	+	I	88
+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)	chr2	74683903	74684067	+	E	45
+TTS (ENSMUST00000142312)	chr2	74684068	74685168	+	TTS	27
+intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2)	chr2	74684357	74685168	+	I	88
+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)--2	chr2	74685169	74686915	+	E	45
+TTS (ENSMUST00000048086)	chr2	74686916	74688016	+	TTS	20
+intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2)--2	chr2	74688017	74690923	+	I	88
+promoter-TSS (ENSMUST00000061745)	chr2	74690924	74692024	+	P	6
+exon (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2)	chr2	74692025	74692724	+	E	51
+intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1)	chr2	74692725	74694090	+	I	88
+exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2)	chr2	74694091	74694093	+	E	53
+TTS (ENSMUST00000136302)	chr2	74694094	74694519	+	TTS	26
+promoter-TSS (ENSMUST00000126966)	chr2	74694520	74695620	+	P	9
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+TTS (ENSMUST00000190845)	chr2	74696106	74696726	-	TTS	31
+promoter-TSS (ENSMUST00000059272)	chr2	74696727	74697827	+	P	5
+promoter-TSS (ENSMUST00000190845)	chr2	74697828	74698586	-	P	15
+exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2)	chr2	74698587	74698833	+	E	47
+intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1)	chr2	74698834	74699179	+	I	88
+exon (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2)	chr2	74699180	74699421	+	E	49
+3' UTR (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2)	chr2	74699422	74700005	+	3UTR	48
+TTS (ENSMUST00000198895)	chr2	74700006	74700107	-	TTS	32
+TTS (ENSMUST00000059272)	chr2	74700108	74701041	+	TTS	21
+promoter-TSS (ENSMUST00000198895)	chr2	74701042	74702142	-	P	16
+Intergenic--3	chr2	74702143	74703614	+	N	1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000151380)	chr2	74703615	74703904	+	P	14
+promoter-TSS (ENSMUST00000019749)	chr2	74703905	74705005	+	P	3
+promoter-TSS (ENSMUST00000074721)	chr2	74705006	74705252	+	P	7
+5' UTR (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2)	chr2	74705253	74705547	+	5UTR	40
+exon (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2)	chr2	74705548	74706118	+	E	41
+intron (ENSMUST00000074721, intron 1 of 1)	chr2	74706119	74706513	+	I	88
+exon (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2)	chr2	74706514	74706711	+	E	43
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+Intergenic--4	chr2	74708934	74709192	+	N	1900000000
+TTS (ENSMUST00000145799)	chr2	74709193	74710293	-	TTS	29
+intron (ENSMUST00000145799, intron 2 of 2)	chr2	74710294	74710926	-	I	88
+promoter-TSS (ENSMUST00000111983)	chr2	74710927	74712027	+	P	8
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+5' UTR (ENSMUST00000111983, exon 1 of 3)	chr2	74712030	74712316	+	5UTR	58
+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2)	chr2	74712317	74714270	+	I	88
+exon (ENSMUST00000145799, exon 2 of 3)	chr2	74714271	74714401	-	E	80
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+exon (ENSMUST00000145799, exon 1 of 3)	chr2	74715706	74715895	-	E	81
+promoter-TSS (ENSMUST00000145799)	chr2	74715896	74716996	-	P	13
+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2)--2	chr2	74716997	74722552	+	I	88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 2 of 7)	chr2	74722553	74722631	+	E	73
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+exon (ENSMUST00000144040, exon 4 of 7)	chr2	74725463	74725597	+	E	75
+intron (ENSMUST00000144040, intron 4 of 6)	chr2	74725598	74725844	+	I	88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 5 of 7)	chr2	74725845	74725978	+	E	76
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+exon (ENSMUST00000144040, exon 6 of 7)	chr2	74726876	74726932	+	E	77
+intron (ENSMUST00000144040, intron 6 of 6)	chr2	74726933	74728358	+	I	88
+exon (ENSMUST00000144040, exon 7 of 7)	chr2	74728359	74728767	+	E	78
+TTS (ENSMUST00000144040)	chr2	74728768	74729868	+	TTS	28
+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2)--3	chr2	74729869	74743927	+	I	88
+5' UTR (ENSMUST00000111983, exon 2 of 3)	chr2	74743928	74744011	+	5UTR	59
+exon (ENSMUST00000111983, exon 2 of 3)	chr2	74744012	74744555	+	E	60
+intron (ENSMUST00000111983, intron 2 of 2)	chr2	74744556	74746321	+	I	88
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+3' UTR (ENSMUST00000111983, exon 3 of 3)	chr2	74747080	74748170	+	3UTR	61
+TTS (ENSMUST00000111983)	chr2	74748171	74749271	+	TTS	24
+Intergenic--5	chr2	74749272	1500000000	+	N	1900000000
diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/annotations_default_stats.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_default_stats.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,8 @@
+Annotation	Number of peaks	Total size (bp)	Log2 Ratio (obs/exp)	LogP enrichment (+values depleted)
+3UTR	5.0	4601	8.659	-26.809
+TTS	47.0	16013	10.092	-290.509
+Exon	32.0	8271	10.491	-205.971
+Intron	24.0	28234	8.304	-118.153
+Intergenic	0.0	74668827	-17.479	1369.495
+Promoter	81.0	23880	10.301	-519.342
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diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/annotations_exon_start.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_exon_start.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,110 @@
+Intergenic	chr2	1	74667309	+	N	1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001872)	chr2	74667310	74668410	+	P	1
+exon (ENSMUST00000001872, exon 1 of 2)	chr2	74668411	74669078	+	E	59
+intron (ENSMUST00000001872, intron 1 of 1)	chr2	74669079	74669885	+	I	145
+exon (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2)	chr2	74669886	74671498	+	E	60
+TTS (ENSMUST00000001872)	chr2	74671499	74672599	+	TTS	30
+Intergenic--2	chr2	74672600	74674012	+	N	1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001878)	chr2	74674013	74675113	+	P	2
+exon (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2)	chr2	74675114	74675654	+	E	62
+intron (ENSMUST00000001878, intron 1 of 1)	chr2	74675655	74675813	+	I	145
+exon (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2)	chr2	74675814	74677604	+	E	63
+TTS (ENSMUST00000001878)	chr2	74677605	74678556	+	TTS	31
+promoter-TSS (ENSMUST00000048086)	chr2	74678557	74679657	+	P	6
+exon (ENSMUST00000048086, exon 1 of 2)	chr2	74679658	74679809	+	E	78
+intron (ENSMUST00000048086, intron 1 of 1)	chr2	74679810	74681322	+	I	145
+promoter-TSS (ENSMUST00000142312)	chr2	74681323	74682423	+	P	20
+exon (ENSMUST00000142312, exon 1 of 2)	chr2	74682424	74682445	+	E	119
+promoter-TSS (ENSMUST00000136302)	chr2	74682446	74683546	+	P	17
+intron (ENSMUST00000136302, intron 1 of 2)	chr2	74683547	74683902	+	I	145
+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)	chr2	74683903	74684067	+	E	79
+TTS (ENSMUST00000142312)	chr2	74684068	74685168	+	TTS	49
+intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2)	chr2	74684357	74685168	+	I	145
+exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)--2	chr2	74685169	74686915	+	E	79
+TTS (ENSMUST00000048086)	chr2	74686916	74688016	+	TTS	35
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+promoter-TSS (ENSMUST00000061745)	chr2	74690924	74692024	+	P	9
+exon (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2)	chr2	74692025	74692724	+	E	89
+intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1)	chr2	74692725	74694090	+	I	145
+exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2)	chr2	74694091	74694093	+	E	90
+TTS (ENSMUST00000136302)	chr2	74694094	74694519	+	TTS	46
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+promoter-TSS (ENSMUST00000059272)	chr2	74696727	74697827	+	P	8
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+exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2)	chr2	74698587	74698833	+	E	86
+intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1)	chr2	74698834	74699179	+	I	145
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+promoter-TSS (ENSMUST00000198895)	chr2	74701042	74702142	-	P	29
+Intergenic--3	chr2	74702143	74702247	+	N	1900000000
+TTS (ENSMUST00000132326)	chr2	74702248	74703348	-	TTS	45
+exon (ENSMUST00000132326, exon 2 of 2)	chr2	74703349	74703614	-	E	108
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+5' UTR (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2)	chr2	74705253	74705547	+	5UTR	64
+exon (ENSMUST00000019749, exon 1 of 2)	chr2	74705548	74706118	+	E	65
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+exon (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2)	chr2	74706514	74706711	+	E	66
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+intron (ENSMUST00000132326, intron 1 of 1)	chr2	74708934	74709042	-	I	145
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+exon (ENSMUST00000139005, exon 2 of 2)	chr2	74713527	74714401	-	E	113
+intron (ENSMUST00000145799, intron 1 of 2)	chr2	74714402	74715705	-	I	145
+exon (ENSMUST00000139005, exon 1 of 2)	chr2	74715706	74715895	-	E	114
+promoter-TSS (ENSMUST00000145799)	chr2	74715896	74716029	-	P	23
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+intron (ENSMUST00000111983, intron 1 of 2)	chr2	74717131	74720977	+	I	145
+promoter-TSS (ENSMUST00000047904)	chr2	74720978	74722078	+	P	5
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 1 of 6)	chr2	74722079	74722177	+	5UTR	71
+intron (ENSMUST00000047904, intron 1 of 5)	chr2	74722178	74722552	+	I	145
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 2 of 6)	chr2	74722553	74722631	+	5UTR	72
+intron (ENSMUST00000144040, intron 2 of 6)	chr2	74722632	74723331	+	I	145
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 3 of 6)	chr2	74723332	74723367	+	5UTR	73
+intron (ENSMUST00000144040, intron 3 of 6)	chr2	74723368	74725069	+	I	145
+promoter-TSS (ENSMUST00000083566)	chr2	74725070	74725727	+	P	11
+promoter-TSS (ENSMUST00000053932)	chr2	74725728	74726828	+	P	7
+promoter-TSS (ENSMUST00000111980)	chr2	74726829	74727174	+	P	12
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 5 of 6)	chr2	74727175	74727278	+	5UTR	75
+exon (ENSMUST00000047904, exon 5 of 6)	chr2	74727279	74727705	+	E	76
+intron (ENSMUST00000053932, intron 1 of 3)	chr2	74727706	74728261	+	I	145
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+TTS (ENSMUST00000144040)	chr2	74728768	74729022	+	TTS	50
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+intron (ENSMUST00000053932, intron 2 of 3)	chr2	74730161	74731912	+	I	145
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+promoter-TSS (ENSMUST00000111982)	chr2	74735515	74736615	+	P	13
+5' UTR (ENSMUST00000111982, exon 1 of 3)	chr2	74736616	74736705	+	5UTR	98
+intron (ENSMUST00000111982, intron 1 of 2)	chr2	74736706	74738618	+	I	145
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+Intergenic--4	chr2	74749443	1500000000	+	N	1900000000
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+++ b/test-data/annotations_exon_start_stats.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,7 @@
+Annotation	Number of peaks	Total size (bp)	Log2 Ratio (obs/exp)	LogP enrichment (+values depleted)
+TTS	41.0	16013	9.992	-250.473
+Exon	30.0	12152	9.939	-181.768
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diff -r 000000000000 -r adab852c8216 test-data/annotations_small_TSSTTS.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_small_TSSTTS.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,164 @@
+Intergenic	chr2	1	74668259	+	N	1900000000
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+promoter-TSS (ENSMUST00000142312)	chr2	74682273	74682373	+	P	20
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+promoter-TSS (ENSMUST00000136302)	chr2	74683396	74683496	+	P	17
+exon (ENSMUST00000136302, exon 1 of 3)	chr2	74683497	74683509	+	E	122
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+promoter-TSS (ENSMUST00000061745)	chr2	74691874	74691974	+	P	9
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+intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1)	chr2	74692725	74694090	+	I	158
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+3' UTR (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2)	chr2	74699422	74700157	+	3UTR	93
+TTS (ENSMUST00000059272)	chr2	74700158	74700258	+	TTS	37
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+exon (ENSMUST00000198895, exon 1 of 1)	chr2	74701057	74701091	-	E	158
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+TTS (ENSMUST00000132326)	chr2	74703198	74703298	-	TTS	45
+exon (ENSMUST00000132326, exon 2 of 2)	chr2	74703299	74703622	-	E	120
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+exon (ENSMUST00000145799, exon 3 of 3)	chr2	74710244	74710281	-	E	144
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+promoter-TSS (ENSMUST00000132326)	chr2	74712004	74712104	-	P	16
+5' UTR (ENSMUST00000111983, exon 1 of 3)--2	chr2	74712105	74712316	+	5UTR	113
+exon (ENSMUST00000156342, exon 1 of 2)	chr2	74712317	74712475	-	E	154
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+exon (ENSMUST00000139005, exon 1 of 2)	chr2	74715706	74715945	-	E	126
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+TAGGTTGAGGAATATGAGGAAATCCTGAGCAAAGCAGGCAGGACCCGGCT
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+TTCATTAGATGGGCAAGTGTACATTATGCCAATCATTGGCTTGTAACTAC
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+gattgcaaacacagtagtttaactcaacagaaacttctttcacagttctg
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+ctcctcccaaacaacatttgtctgtcccattagcattaatgggagtaaca
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+tgtgaccacgagtacatttaatgtttttttttttccttatgcaagatgga
+gaccgcaaagcagtatctcatctggttattgcaaagattaagtgaattaa
+tatgtatacacatggtttgaatagtgtctggcccagaatacgcacttagt
+aaatgttagtcaccatATTAACCTTTAAGCCCAGCCATGGCTGCGTGATC
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+ACCAAGGGCCTAGGCAGCCCACCAGCTAGCTACTCTTCTAATGGCTAATA
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+gagtgtgatctagtaaccaacacggtggagggaaagaaccaaccatatgt
+gtgccgtgacataaaactgcatacacacacacacaGTATTTTTTTATAAC
+TTTAAAACATGGCTATGTGTTAATTGCAGAAAAAAGAAAAATCTTAAAGC
+AAAAATATCTTTGATAGTTCATCAGGTAAGCTTTTACATAGAATGATATC
+TGCAAGGAGACTGTGTATACATTGTTTGCTCATTGCCAGTTTAGATGCAT
+CCATCACACTCTACTGAAGTAAGTACAGTGATTCTGTGTGAGTCTAAATG
+AGTGTTCCATGCACCTTTGGAAAGAATACGCTAACACTGAGTGGAATCTA
+TAAATGACTAAGTGGACTATGGAGATGTGATCAGGGCAGGATTCAATACA
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+GAAAGCAACAAGACAGGAACAAGtccttgttagaatagtcaatatcccca
+cctgtcactcaaaagacaggAACATAAGTATGCTGAACTGGTATAGGGGA
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+TATCGCACGTTTCTGTCTTTCCAAACCTACTGCCTTACAGCCTCTTTCCC
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+CCGAAAAGTTTTTCACGCTATCTTTCTCTGTTTATACACTAGTTCCACTT
+GTAGCTCTCTTGCTTCCAATCACCCACTTCCTGTACTGTTTTATAGAACT
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+CCATTTTCTGTGTCATTCATTCCTTGCTCCCTCGTTTCCCATCCTCCCAC
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