Mercurial > repos > iuc > homer_gtf_to_annotations
changeset 0:8ebb6520eef4 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/homer commit e49d856e0181edc6120220a1b819cba2466a4289"
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/homer_gtf_to_annotation.xml Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,83 @@ +<tool id="homer_gtf_to_annotations" name="Converts GTF to Annotations file for Homer" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0" profile="20.05"> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ +## Run parseGTF.pl +parseGTF.pl $gtf_file ann +## Different options +$type +$id +$removeAccVer +$removeEnsemblVer +-annTSSstartOffset $annTSSstartOffset +-annTSSendOffset $annTSSendOffset +-annTTSstartOffset $annTTSstartOffset +-annTTSendOffset $annTTSendOffset +#if $features != 'None': + #set features_space = ' '.join(str($features).split(',')) + -features $features_space +#end if +> annotations.txt && +## Prioritize and add intergenic annotation +assignGenomeAnnotation annotations.txt annotations.txt -prioritize $output > $output_stats + ]]></command> + <inputs> + <param name="gtf_file" type="data" format="gtf,gff,gff3" label="GTF file" help="Must be of datatype "gtf" or "gff" or "gff3""/> + <param name="type" type="select" label="Format of input file"> + <option value="">GTF</option> + <option value="-gff">GFF (treats 9th column as ID)</option> + <option value="-gff3">GFF3 (looks for parent attribute to assign gene name)</option> + </param> + <param name="id" type="select" label="Primary identifier"> + <option value="-tid">Transcript ID</option> + <option value="-gid">Gene ID</option> + </param> + <param name="features" type="select" label="Which feature(s) to use?" multiple="true" display="checkboxes"> + <option value="exon" selected="true">exon</option> + <option value="start_codon" selected="true">start_codon</option> + <option value="stop_codon" selected="true">stop_codon</option> + </param> + <param name="removeAccVer" type="boolean" truevalue="-removeAccVer" falsevalue="" label="Remove any .1, .2, etc. at end of accession numbers, i.e. AT1G01040.2" help="-removeAccVer; Default=False"/> + <param name="removeEnsemblVer" type="boolean" truevalue="-removeEnsemblVer" falsevalue="" label="Remove 'transcript:' and '_T01' style ids" help="-removeEnsemblVer; Default=False"/> + <param name="annTSSstartOffset" type="integer" value="-1000" label="distance upstream of TSS to start promoter annotation" help="-annTSSstartOffset; Default=-1000"/> + <param name="annTSSendOffset" type="integer" value="100" label="distance upstream/downstream of TSS to end promoter annotation" help="-annTSSendOffset; Default=100"/> + <param name="annTTSstartOffset" type="integer" value="-100" label="distance upstream of TTS to start TTS annotation" help="-annTTSstartOffset; Default=-100"/> + <param name="annTTSendOffset" type="integer" value="1000" label="distance upstream/downstream of TTS to end TTS annotation" help="-annTTSendOffset; Default=1000"/> + </inputs> + <outputs> + <data format="tabular" name="output" label="${tool.name} on ${on_string}: Annotations"/> + <data format="tabular" name="output_stats" label="${tool.name} on ${on_string}: Annotation stats"/> + </outputs> + <tests> + <test> + <!-- simple test with default --> + <param name="gtf_file" value="small.gtf" ftype="gtf"/> + <output name="output" file="annotations_default.txt" ftype="tabular"/> + <output name="output_stats" file="annotations_default_stats.txt" ftype="tabular"/> + </test> + <test> + <!-- simple test with default except no exon_end --> + <param name="gtf_file" value="small.gtf" ftype="gtf"/> + <param name="features" value="exon,start_codon"/> + <output name="output" file="annotations_exon_start.txt" ftype="tabular"/> + <output name="output_stats" file="annotations_exon_start_stats.txt" ftype="tabular"/> + </test> + <test> + <!-- simple test with default smaller TSS TTS --> + <param name="gtf_file" value="small.gtf" ftype="gtf"/> + <param name="annTSSstartOffset" value="-50"/> + <param name="annTSSendOffset" value="50"/> + <param name="annTTSstartOffset" value="-50"/> + <param name="annTTSendOffset" value="50"/> + <output name="output" file="annotations_small_TSSTTS.txt" ftype="tabular"/> + <output name="output_stats" file="annotations_small_TSSTTS_stats.txt" ftype="tabular"/> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ +This tool convert a GTF file to a HOMER-style annotation file compatible with annotatePeaks. +It follows the tutorial proposed here: http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/advancedAnnotation.html + ]]></help> + <expand macro="citation"/> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,49 @@ +<macros> + <token name="@TOOL_VERSION@">4.11</token> + <!-- HOMER index version compatible with this version of HOMER + This is the HOMER version that introduced the preparsed structure expected + by the current version. --> + <token name="@IDX_VERSION@">4.11</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> + <xml name="xrefs"> + <xrefs> + <xref type="bio.tools">homer</xref> + </xrefs> + </xml> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="4.11">homer</requirement> + </requirements> + </xml> + <xml name="choose_center"> + <conditional name="choose_center"> + <param name="center" type="select" label="Do you want to center your sequence on the peak center?"> + <option value="centered" selected="True">Yes</option> + <option value="manual">No, I want asymetric (raise an error if given was chosen above)</option> + </param> + <when value="centered"/> + <when value="manual"> + <param name="sizes" type="integer" value="-100" label="sequence start relative to center"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="mask_size"> + <param argument="-mask" type="boolean" truevalue="True" falsevalue="False" label="mask repeats/lower case sequence"/> + <conditional name="fixed_size"> + <param name="size_fixed" type="select" label="Do you want a fixed fragment size?"> + <option value="fixed" selected="True">Yes</option> + <option value="given">No, I want to keep the size of my peaks (-size given)</option> + </param> + <when value="given"/> + <when value="fixed"> + <param argument="-size" type="integer" min="0" value="200" label="fragment size in bp"/> + <expand macro="choose_center"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="citation"> + <citations> + <citation type="doi">10.1016/j.molcel.2010.05.004</citation> + </citations> + </xml> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/CTCF_peaks.bed Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,66 @@ +chr10 95489848 95489849 chr10:95489648-95490124 9.37574 + 95489848 95489848 236,28,36 +chr10 95550657 95550658 chr10:95550458-95550913 22.4312 + 95550657 95550657 236,28,36 +chr10 95551883 95551884 chr10:95551647-95552156 9.8358 + 95551883 95551883 236,28,36 +chr10 95557476 95557477 chr10:95557210-95557760 15.8474 + 95557476 95557476 236,28,36 +chr10 95858373 95858374 chr10:95858061-95858620 8.91987 - 95858373 95858373 46,49,145 +chr10 95894941 95894942 chr10:95894657-95895156 14.5144 - 95894941 95894941 46,49,145 +chr10 95898656 95898657 chr10:95898384-95898961 12.5406 + 95898656 95898656 236,28,36 +chr10 96033867 96033868 chr10:96033562-96034101 20.0255 - 96033867 96033867 46,49,145 +chr10 96080634 96080635 chr10:96080279-96080903 6.11901 - 96080634 96080634 46,49,145 +chr10 96105359 96105360 chr10:96104999-96105605 12.8558 - 96105359 96105359 46,49,145 +chr10 96132305 96132306 chr10:96131980-96132540 14.3011 + 96132305 96132305 236,28,36 +chr10 96182451 96182452 chr10:96182221-96182632 9.96549 + 96182451 96182451 236,28,36 +chr10 96214052 96214053 chr10:96213797-96214300 26.3993 + 96214052 96214052 236,28,36 +chr10 96616854 96616855 chr10:96616623-96617093 4.72295 - 96616854 96616854 46,49,145 +chr10 96618518 96618519 chr10:96618332-96618740 7.7811 + 96618518 96618518 236,28,36 +chr10 96934833 96934834 chr10:96934538-96935160 10.7794 - 96934833 96934833 46,49,145 +chr10 97160696 97160697 chr10:97160138-97160734 9.26797 - 97160696 97160696 46,49,145 +chr10 97313143 97313144 chr10:97312750-97313424 16.1617 - 97313143 97313143 46,49,145 +chr10 97340069 97340070 chr10:97339748-97340355 8.23779 - 97340069 97340069 46,49,145 +chr10 97345534 97345535 chr10:97345244-97345845 21.9543 + 97345534 97345534 236,28,36 +chr10 97375992 97375993 chr10:97375737-97376277 17.1427 + 97375992 97375992 236,28,36 +chr10 97670411 97670412 chr10:97670243-97670641 15.0213 - 97670411 97670411 46,49,145 +chr10 97689620 97689621 chr10:97689400-97689842 6.20282 - 97689620 97689620 46,49,145 +chr10 97704766 97704767 chr10:97704497-97705056 12.2858 - 97704766 97704766 46,49,145 +chr10 97712886 97712887 chr10:97712528-97713193 16.5834 + 97712886 97712886 236,28,36 +chr10 97768453 97768454 chr10:97768293-97768873 -1.29559 . 97768453 97768453 0,0,0 +chr2 73745858 73745859 chr2:73745562-73746116 15.583 - 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/CTCF_peaks_first.txt Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,67 @@ +PeakID (cmd=annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf -ann test-data/annotations_default_simplified.txt) Chr Start End Strand Peak Score Focus Ratio/Region Size Annotation Detailed Annotation Distance to TSS Nearest PromoterID Entrez ID Nearest Unigene Nearest Refseq Nearest Ensembl Gene Name Gene Alias Gene Description Gene Type +chr10:96213797-96214300 chr10 96214053 96214053 + 26.3993 NA NA NA NA NA +chr2:75055077-75055687 chr2 75055370 75055370 - 25.0987 NA Intergenic NA -339374 ENSMUST00000145799 ENSMUSG00000052371 ENSMUST00000145799 Hoxd3os1 antisense +chr10:95550458-95550913 chr10 95550658 95550658 + 22.4312 NA NA NA NA NA +chr10:97345244-97345845 chr10 97345535 97345535 + 21.9543 NA NA NA NA NA +chr2:75150910-75151415 chr2 75151178 75151178 - 21.6232 NA Intergenic NA -435182 ENSMUST00000145799 ENSMUSG00000052371 ENSMUST00000145799 Hoxd3os1 antisense +chr2:74300183-74300724 chr2 74300455 74300455 + 21.3163 NA Intergenic NA -367855 ENSMUST00000001872 ENSMUSG00000001819 ENSMUST00000001872 Hoxd13 protein_coding +chr2:75208163-75208613 chr2 75208426 75208426 - 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/annotations_default_simplified.txt Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,87 @@ +Intergenic chr2 1 74667309 + N 1900000000 +promoter-TSS (ENSMUST00000001872) chr2 74667310 74668410 + P 1 +exon (ENSMUST00000001872, exon 1 of 2) chr2 74668411 74669078 + E 33 +intron (ENSMUST00000001872, intron 1 of 1) chr2 74669079 74669885 + I 88 +exon (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74669886 74670136 + E 35 +3' UTR (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74670137 74671498 + 3UTR 34 +TTS (ENSMUST00000001872) chr2 74671499 74672599 + TTS 17 +Intergenic--2 chr2 74672600 74674012 + N 1900000000 +promoter-TSS (ENSMUST00000001878) chr2 74674013 74675113 + P 2 +exon (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2) chr2 74675114 74675654 + E 37 +intron (ENSMUST00000001878, intron 1 of 1) chr2 74675655 74675813 + I 88 +exon (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74675814 74676052 + E 39 +3' UTR (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74676053 74677604 + 3UTR 38 +TTS (ENSMUST00000001878) chr2 74677605 74678556 + TTS 18 +promoter-TSS (ENSMUST00000048086) chr2 74678557 74679657 + P 4 +exon (ENSMUST00000048086, exon 1 of 2) chr2 74679658 74679809 + E 44 +intron (ENSMUST00000048086, intron 1 of 1) chr2 74679810 74681322 + I 88 +promoter-TSS (ENSMUST00000142312) chr2 74681323 74682423 + P 11 +exon (ENSMUST00000142312, exon 1 of 2) chr2 74682424 74682445 + E 69 +promoter-TSS (ENSMUST00000136302) chr2 74682446 74683546 + P 10 +intron (ENSMUST00000136302, intron 1 of 2) chr2 74683547 74683902 + I 88 +exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2) chr2 74683903 74684067 + E 45 +TTS (ENSMUST00000142312) chr2 74684068 74685168 + TTS 27 +intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2) chr2 74684357 74685168 + I 88 +exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)--2 chr2 74685169 74686915 + E 45 +TTS (ENSMUST00000048086) chr2 74686916 74688016 + TTS 20 +intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2)--2 chr2 74688017 74690923 + I 88 +promoter-TSS (ENSMUST00000061745) chr2 74690924 74692024 + P 6 +exon (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2) chr2 74692025 74692724 + E 51 +intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1) chr2 74692725 74694090 + I 88 +exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694091 74694093 + E 53 +TTS (ENSMUST00000136302) chr2 74694094 74694519 + TTS 26 +promoter-TSS (ENSMUST00000126966) chr2 74694520 74695620 + P 9 +TTS (ENSMUST00000061745) chr2 74695621 74696105 + TTS 22 +TTS (ENSMUST00000190845) chr2 74696106 74696726 - 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/annotations_default_stats.txt Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,8 @@ +Annotation Number of peaks Total size (bp) Log2 Ratio (obs/exp) LogP enrichment (+values depleted) +3UTR 5.0 4601 8.659 -26.809 +TTS 47.0 16013 10.092 -290.509 +Exon 32.0 8271 10.491 -205.971 +Intron 24.0 28234 8.304 -118.153 +Intergenic 0.0 74668827 -17.479 1369.495 +Promoter 81.0 23880 10.301 -519.342 +5UTR 12.0 1148 11.925 -89.692
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/annotations_exon_start_stats.txt Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +Annotation Number of peaks Total size (bp) Log2 Ratio (obs/exp) LogP enrichment (+values depleted) +TTS 41.0 16013 9.992 -250.473 +Exon 30.0 12152 9.939 -181.768 +Intron 24.0 28234 8.401 -119.856 +Intergenic 0.0 74668827 -17.395 1282.574 +Promoter 81.0 23880 10.397 -526.320 +5UTR 12.0 1148 12.021 -90.517
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/annotations_small_TSSTTS.txt Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,164 @@ +Intergenic chr2 1 74668259 + N 1900000000 +promoter-TSS (ENSMUST00000001872) chr2 74668260 74668360 + P 1 +exon (ENSMUST00000001872, exon 1 of 2) chr2 74668361 74669078 + E 59 +intron (ENSMUST00000001872, intron 1 of 1) chr2 74669079 74669885 + I 158 +exon (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74669886 74670136 + E 61 +3' UTR (ENSMUST00000001872, exon 2 of 2) chr2 74670137 74671548 + 3UTR 60 +TTS (ENSMUST00000001872) chr2 74671549 74671649 + TTS 30 +Intergenic--2 chr2 74671650 74674962 + N 1900000000 +promoter-TSS (ENSMUST00000001878) chr2 74674963 74675063 + P 2 +5' UTR (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2) chr2 74675064 74675086 + 5UTR 62 +exon (ENSMUST00000001878, exon 1 of 2) chr2 74675087 74675654 + E 63 +intron (ENSMUST00000001878, intron 1 of 1) chr2 74675655 74675813 + I 158 +exon (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74675814 74676052 + E 65 +3' UTR (ENSMUST00000001878, exon 2 of 2) chr2 74676053 74677654 + 3UTR 64 +TTS (ENSMUST00000001878) chr2 74677655 74677755 + TTS 31 +Intergenic--3 chr2 74677756 74679506 + N 1900000000 +promoter-TSS (ENSMUST00000048086) chr2 74679507 74679607 + P 6 +exon (ENSMUST00000048086, exon 1 of 2) chr2 74679608 74679809 + E 83 +intron (ENSMUST00000048086, intron 1 of 1) chr2 74679810 74682272 + I 158 +promoter-TSS (ENSMUST00000142312) chr2 74682273 74682373 + P 20 +5' UTR (ENSMUST00000142312, exon 1 of 2) chr2 74682374 74682392 + 5UTR 130 +exon (ENSMUST00000142312, exon 1 of 2) chr2 74682393 74683167 + E 131 +intron (ENSMUST00000142312, intron 1 of 1) chr2 74683168 74683395 + I 158 +promoter-TSS (ENSMUST00000136302) chr2 74683396 74683496 + P 17 +exon (ENSMUST00000136302, exon 1 of 3) chr2 74683497 74683509 + E 122 +intron (ENSMUST00000136302, intron 1 of 2) chr2 74683510 74683902 + I 158 +exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2) chr2 74683903 74684117 + E 84 +TTS (ENSMUST00000142312) chr2 74684118 74684218 + TTS 49 +exon (ENSMUST00000048086, exon 2 of 2)--2 chr2 74684219 74686965 + E 84 +TTS (ENSMUST00000048086) chr2 74686966 74687066 + TTS 35 +intron (ENSMUST00000136302, intron 2 of 2) chr2 74687067 74691873 + I 158 +promoter-TSS (ENSMUST00000061745) chr2 74691874 74691974 + P 9 +5' UTR (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2) chr2 74691975 74691979 + 5UTR 95 +exon (ENSMUST00000061745, exon 1 of 2) chr2 74691980 74692724 + E 96 +intron (ENSMUST00000061745, intron 1 of 1) chr2 74692725 74694090 + I 158 +exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694091 74694143 + E 98 +TTS (ENSMUST00000136302) chr2 74694144 74694244 + TTS 46 +exon (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2)--2 chr2 74694245 74694368 + E 98 +3' UTR (ENSMUST00000061745, exon 2 of 2) chr2 74694369 74695054 + 3UTR 97 +TTS (ENSMUST00000061745) chr2 74695055 74695155 + TTS 38 +Intergenic--4 chr2 74695156 74695469 + N 1900000000 +promoter-TSS (ENSMUST00000126966) chr2 74695470 74695570 + P 15 +promoter-TSS (ENSMUST00000152027) chr2 74695571 74695651 + P 25 +exon (ENSMUST00000126966, exon 1 of 2) chr2 74695652 74695732 + E 118 +intron (ENSMUST00000126966, intron 1 of 1) chr2 74695733 74696717 + I 158 +TTS (ENSMUST00000190845) chr2 74696718 74696818 - 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+CAATTTAGAGTTCTTTGGAGCACTGTATGGCCTTTGAAATGCCATCCATT +ACGGGGACTGGCCTCCTTGTTTTTCCCTGTCAGCAGATTCTGTGGAGAGC +ATCTTGCTGGTAGACCCCATTTTATTGTCTAATGATGAGATTCAATGAAG +CAGTGAAGGGTAAGGCTTTTAAAATATCCCTAGTGGGGCTTTGATATAGA +GCATAAAGGTCTCCTCTCTGGACCCGCTCCACTCCTTTTCTCCTGCTTTA +TTAATTCAACCGTAAATTGCACACTTTTAATGAAGTGTTACCTTTCTGCT +AACTTCCCCAGCTTCAGTTCGGTGCAGCTCCTGATGGTACAGGGACCAGT +TTACAGCTGGCTCCAAGCATCAGCTGACAAGAGGATCCAACCTAGCATTG +TCACGGATCTTAAATGAAGCCAACACGTTAGCAAACCAGGTGGTTTGGAG +TTGGGCCGTATCAGATGCCCAGAGGAAGGACACAAATCACCATGCCTCTG +TAACCAGCATGCCACAGGACCTGAGGAGAGTACAGCTAGCATTATTTTAA +AGATACAGACAACATCGTAAGCCTGTGGGAGACACATGCATGGGGAAGGG +GGTTCGGGGAGGGGGTTAATTCCCTCATCCATTATCAATAATCATTTGCA +TTGCTATGTGATTAGATCTATTTGAGGGaaaaacaaaagcaaaaaccaaa +acaaaaCCTTGTTGgtcaggcatggtggtgtacacctttaagcccagcac +tcagaaggcaaaagcagaggtaggtggatgtcgatgcattcaagtccagc +ctgggctatataatcacatgctgtctagaaacaaaaCAAGCAGGCATGTG +TTTGGAGAAGGGTGGTCTATGGCCGTTTGTTGCCACTGAACTCTACTGAG +AACCCAGACCTGCCGGCATTTTTTTCACCTCTATTGCCATCTAGAGGAGA +CAATTGGAAGGACATGAAGTAAGTCCCCAGATGGAATTAAGTGAAAACCA +ATACTGGAAAGAAACATTTGTACAAAACTCTAAGAATCACTACACTTTGT +TGGCTCCAACTTTATGTTTTTCTCCTCTCTTTCCATCTGGCTCAGTTACA +GGCAGGATTTGAATATCCACTTATGGGCTTTTATATCAGCACTTCCGGCA +TTTCGAGGGCTCCGGTGGACACCTCTTATAGACATAAAATCATGAAACTT +TCTGATGAGGTGgtttgtttgtttgtttgtttacttgGATTTTGGTGAAT +GGAGAAGAGGATGGAGCCTTTCAACACAGAGAGGCAGTTTCCTGACGTCC +ATAGCCTCAGAACCTATTCATTTTGTGGGGTGTTTATAGGTAGCACGTTG +GTCAAATATGTTTTGCTAGGGAGAGCAGTACTGAGCCGTTTTCTTTACAA +CCTTTAAATTACTGGTGTGCACTGTGGACTTGAGGAGATCAAACACGGGG +CAAGCAGTGACCTTGGAGCCTCCTGCCTTTCACAGAACCGATGGGAAATA +TCCTGTGTACACTTCAAGGACTGTTCCCACAGGCAAGAGAAGCTGGCCTG +CTGCATGCACACCATGTGCAAACAGACCAGCCCTTCCTCAGCTCTCCTGC +TCCTCTCTGTCTAAACATTGTTGAAGCTTTGTTTTGGGGTTGAGTGGCTT +AAAGACTGTAACCATGGTCACTAACAACAGGGATACATCTTTGTGAGCGT +ATCGTTGAGTGTGCTTTCGTAAGCCTCAATGGTATGAGCTAATTTACTCT +ATGACATGGCCTCTTGTGCAACCAGCAACTGTAAATGCAGCATCAGGAGG +CTGCTGCTGGCCTAACATGACAAACTTTTAAGTAAACTCCTTTTGATCTG +GTCTGTGTTGTGCCTCTGCTCATGCATGAGGGGCCCAGACCAGGGTGTTT +GTTAGGCAtcctctgtcactctctaccttattctgcgtgtgtgggggtct +gtttataaacctgggggttattattttttctcactacataggcagttaat +aggctccagtgagtctcccctctctaccttctacagccctggggttacat +gtacgcatacaataatgcctggcttgttctatgggtgctaggatctgaac +ccaggtcctcagagttgtgcagcaagcatgattaatcactgagacaaatc +atcacctgccTTCTCTATTTCTTGGAAAAGATCTCACGTAGCCTGTTATG +TAGCTGAAGATGACTTTGAGTTTCtttttttgttttaaaagatttatttg +tttgtttgttttatgtatatgagtacactgtagttgtacagatggttgtg +agccatcttgtagttactgggaattgaactcagaacttctgCTCGCTCTA +GCCCTGCTCATTCTGGCCCCACTTTCTCCAGCCCaaagatttatttatta +tgtataagtacactgtagctcacacacaccagaagagggcgtcagatctc +attacagatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgatctcagg +acctttggaagagcagtcagtgctcttaaccgctgagtcatctctccaga +cccaaccttgaattctcctgcatctccctcctggatgcttggattacagg +actccaccacactgggtttatgtggtgctgaggtcgaatgccgagcttgg +tgcaagtgctcttccgacggagctgcttctccaacctcTTCTGTTTTACT +TTTCTTAGTACGTAGGACCACACTCTAAAATAAAGACAAAAACACTAACT +TAGCAACGCACATGTGGGTACTGTGTTCCTTTATTGTCCTTAGGAAGCAT +TCTGTATTGTACATAACTGTGCTGTACTTTCATAAGTGTAACAGCATGGT +GGCTGTATCTACTCCAACAATGTCATGACAGGGATGGAATGTGCTGTGCT +ACATTGTGAGGTTGGCAATGTCACAAAATCTCCAGTTGCATTGTATCTGT +AAGACACCAACTATGCCGGCCTGTGACTACCCAACTATCAGTGTGTGGGT +CCTTAACTACGTCCCCCCCACCCCCAGAAGGAATGCAGTAGGGATGGGtt +tcttttttttttttttttcttttctttcttttttttttttttttttggtt +tttcgagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactt +tgtagaccaggctgggctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctccc +gagtgctgggattaaaggcgtgcgccaccacgcctagcAGGGATGGGTTT +CTTTTTGACAGTTGCTATGTCCAGATGAAACACAGTAAGCTCATCGGTAA +CATAAGACACACTCTATCAGCACCAAGGAGCATGCTGTAAGATGGTCTCT +CTACTTCCAATACATCTAGTCTACTAACTCCACGAAGGGCCCAGTGGGAG +GGAGACCAGAGCTGAGAGAGCAAGAGCCTTTGTTGCACCATGGAGTAAGT +AGAGTGATACGTTTACATACAAAGATTTCTTAGATAGATAAATGATCATC +CTACCAGATTTATTCATTGTAACTGGAACAGTGGGACTTTGTTTCTTGTG +GAGCAAGGCCACATTCTTCCGTGGAAGGCAGCCTTACAGGAAGGTGGTTA +TAGTAGCACCATTGTTAGAGCAGTTCACCCCAGTTTAGAAGGTTTAAATG +CCAATGACTATGTGACTATGAATATCTATTGTGTTAATCCTGCAATTTTA +TGTACATTGCAGTGCTCTGCTGCTGAGCCCCGTACTTAGCTCTTGGGTTT +ttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttAGCTTTAGCTTGGCCT +GAACTATGTAGCCTGGGCAGGCCTCACGCTTGTGGTCCTCCCCACCTCAG +CATCAAGTAAATAATATTAATGTTTCTTCTGCAATAGCTTTTCTGCTATT +TTTAGGGAAAGAAATATGCAATTCACATTTTTTGATTCAAGATTATAATA +TCATAATCATATAATACCTGATTGTTTAGATATTAATGAGGCTGGTAGAA +AATATCATCCCTTACGAGGGAAATGTGCTATTTTCATCTTATAAAGAAGC +AACTCAGAGACACTTGCGTGTTCAGTAATGTGAGGAGACAGGAGCAGGTT +CTAATTCAGTTCTATTTGACTCCTGGTCCTAAAACTATTGGTTTATCTGA +TCTTGGAGCAGAGTAATTTTAGAAAATGCTTGCGTATTCTttttgttgtt +gaagtgggggtctttctcaatagcccacattgaccttgaactcataaact +caagcaatcctcctgatacccaagtagctgagtctacatgtctgggcctc +tgtgctcggttGCCTCTGATTTTCATCATCTGAAACTAAGACCTGCCAAA +GTGGGGGGGGGGCAGTTTTCCTGAGATTTCGAGACTTGCATGCGCGGTAC +TGGATTGATGTGAGAGCACCCTCTGGGGCCATCTCTGTTCTAATCCCCGG +GCTTGGTCTTCTGCAGCCTTTGGAAAGGTTATGTTTCAGAATAGGTGTTG +GTTTACACCGATGTTTTTCAATGCTTCATAGTCATTTTTCAAGATAATTC +AGTTATGACTCTATAAAAGAAAACTAAAGAAACAGGGTTAAATTCAGGTC +ATTTGAAAGGAAGTCTTTgccagctggtggtagcacatgcttttaatcct +agcactgtggaggcagacacaagtggatttctgtgagttcgaggccagcc +tggtctacagagctagtcccaggataaatagtgttTCCCTATCttttttt +ttttttttttaatttctttgaaaaatatttCTGGCAGCTTCAAGGGCAGA +AGTTGTTTATTTGTGTGTGTGatttttttaattaggtatttttctcgttt +acattttcaatgctatcccaaaggtcccccatacccaaccccccaatccc +ctacccacccactccccctttttggccctggcgttcccctgtactggggc +atataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttgcagtgatggccgact +agaccatcttttgatacatatgcagctagagacaagagctccggggtact +ggttagttcataatgttgtcccacctatagggttgcagttccctatagct +ccttgggtactttctctagctcctccattgggggctgtgtgaGTGTTGCC +CTATCTTGAAAAagaaggaggaggaagaggaggaggaggagaaagaAAGA +GTATTTGTGTGTGACATAGTCTGAATTTGCCAGGTTTGTGAACATATTTT +CTAGTAATTTTCAACAATTAATTCAGCATACCATGAGTTAATTTATGGTG +ATGGAGAACCTTTCTGTGTATGGATGCCTGGCCATTTTCCCAACAAATTC +ATTTGCTGAAGATGGATTTTTACAAGTAGGTTTGGAAGTGAATTAGGTGT +GAATATAGAAACTGGATTTTAAATATGCGTTTCTTTAGTCCTTTGTTTTA +TATGTGCTGAAAAGAAAGCAGTAACATCTCTCTCTCCCCCTCCTGCCTTT +CCTCCCTTCTTACTttccacccccctcttcttcccctggtccctccccgt +acagtacacctcccacttctctactcactcctcctctggctttccttttg +aaaggccaggctcccatggctatcaaccggccaaggtatatcaagtttca +gtaagaAGGAAGCTGGATTCTTGAAGAACTAAGGACAGATGGAGAGCGAA +AAATCTTGGCCAACCATGGGATTTTAAACAAATCATTTCTCCTTTTCCTT +CTTCATACCTCTCTCTTTTTGATCTAGCTAACTACAAAGGCTCCTCCAGT +TTCTAACTGCCTGTAGGATGACACTGGGGGCAGACACAAGATGTACATTC +TTAGTAAACAAAGCCATGCTCCGTTGTGTCCACTAGGAGGCACTGTAGCA +CCAGTGCACTATCGTCTGTCCTTCAATTTATCCAAGTCAATTTATTTTCC +TTAAACCTTCAAATTCAAGTTTATGCTACCGTGAAAGCTAAGATTTAATT +TAGTAACAGCATCTGGTTAAATCTAGGAAGAATTCAGCCGAGAGACTTAC +TGACTAGGGAAAATCAGAATCCCGGAGCCATTTGCATTGTAAATGGTGTC +TCATGATTTTGAAAGGGCATCAGGAGGGGCTTGAAATTCTCAAGGGAAAT +ATAGATTGGACCAATCCCGACTTccctaacaatgaagtcataaatgaaga +agtgtgcaaactccatgtgaagacaactataatattactcaagggtagaa +aagaatacttaaattgagatataccatgttcttggatacaaaggttcagt +gctgtATAAATTTAAAGCTATTCTACAAATATACTCACACATATAATGTG +ATCAAAAATTTTTTTTAGAAACTTGATAAAGTTTATTGAGGACAATGAAG +CTGGAAAAAATAAAGGAAGAAAATTGAACTTTTTGAAGGGGAAGAGAATT +TGAACCACTGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTATTTTAAATCATGAAACAGT +TGAACGTAAATATCTCTTTATAGGTCTCTgggaatggctgagcagggaac +gtgcctgccacacatgcatgaagacgtgagtttgtatacccagagtatac +a
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/fake_phix_peaks.bed Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +phiX174 1400 1500
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/generate_tests.sh Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,59 @@ +#! /usr/bin/bash +## Generate input data: +if [ ! -e test-data/small_simplified.gtf ]; then + wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-102/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz -O /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz + zcat /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz | head -n 5 > test-data/small.gtf + zcat /tmp/Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz | awk -v OFS="\t" -v start=74667792 -v end=74748393 '$1 == "2" && $5 > start && $4 < end{print "chr"$0}' >> test-data/small.gtf + # annotatePeaks.pl gives different results all time. I need to simplify the gtf. + cat test-data/small.gtf | grep -v -P "ENSMUST00000152027|ENSMUST00000156342|ENSMUST00000139005|ENSMUST00000144544|ENSMUST00000111982|ENSMUST00000140666|ENSMUST00000190553|ENSMUST00000132326|ENSMUST00000047830|ENSMUST00000047904|ENSMUST00000111980|ENSMUSG00000065500|ENSMUSG00000100642" > test-data/small_simplified.gtf +fi +if [ ! -e test-data/CTCF_peaks.bed ]; then + wget https://raw.githubusercontent.com/lldelisle/scriptsForWilleminEtAl2021/main/CTCF/E12_Limbs_Wt_CTCF_colored.bed -O test-data/CTCF_peaks.bed +fi +if [ ! -e test-data/CTCF_peaks_shifted.bed ]; then + cat test-data/CTCF_peaks.bed | grep "chr2" | awk -v OFS="\t" '{$1="mm10_dna"; $2-=73740000; $3-=73740000; print}' > test-data/CTCF_peaks_shifted.bed +fi +# chr2_subset.fa was downloaded from UCSC +# https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=1136019667_XgAJOvV4a3CY4ibCu6RrUcvGxLNo&g=htcGetDna2&table=&i=mixed&o=56694975&l=56694975&r=56714605&getDnaPos=chr2%3A73740000-75787000&db=mm10&hgSeq.cdsExon=1&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&hgSeq.casing=upper&hgSeq.maskRepeats=on&boolshad.hgSeq.maskRepeats=0&hgSeq.repMasking=lower&boolshad.hgSeq.revComp=0&submit=get+DNA + +. <(planemo conda_env homer_gtf_to_annotation.xml) +echo "$(which homer)" +## homer_gtf_to_annotation +## First test +parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon stop_codon > /tmp/annotations.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations.txt /tmp/annotations.txt -prioritize test-data/annotations_default.txt > test-data/annotations_default_stats.txt +## Second test +parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon > /tmp/annotations2.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations2.txt /tmp/annotations2.txt -prioritize test-data/annotations_exon_start.txt > test-data/annotations_exon_start_stats.txt +## Third test +parseGTF.pl test-data/small.gtf ann -features exon start_codon stop_codon -annTSSstartOffset -50 -annTSSendOffset 50 -annTTSstartOffset -50 -annTTSendOffset 50 > /tmp/annotations3.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations3.txt /tmp/annotations3.txt -prioritize test-data/annotations_small_TSSTTS.txt > test-data/annotations_small_TSSTTS_stats.txt + +## For annotatePeaks.pl +parseGTF.pl test-data/small_simplified.gtf ann -features exon start_codon stop_codon > /tmp/annotations.txt +assignGenomeAnnotation /tmp/annotations.txt /tmp/annotations.txt -prioritize test-data/annotations_default_simplified.txt + +## homer_annotatePeaks +## First test +annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf -ann test-data/annotations_default_simplified.txt > test-data/CTCF_peaks_first.txt +## Second test +annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -ann test-data/annotations_default.txt > test-data/CTCF_peaks_second.txt +## Third test +annotatePeaks.pl test-data/CTCF_peaks.bed none -gtf test-data/small_simplified.gtf > test-data/CTCF_peaks_third.txt +## Fourth test +annotatePeaks.pl test-data/fake_phix_peaks.bed test-data/phiX174.fasta -CpG > test-data/phiXcpg.txt +## Fifth test +annotatePeaks.pl test-data/fake_phix_peaks.bed none > test-data/phiX_nothing.txt + +## findMotifsGenome +# ! Genome preparsing is giving different results... +findMotifsGenome.pl test-data/fake_phix_peaks.bed test-data/phiX174.fasta fake_phix_peaks_bed_motif +mv fake_phix_peaks_bed_motif test-data/motif_test1 +# Thus I needed to use has_text for the other outputs +# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif +# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test2 +# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif -mask +# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test3 +# findMotifsGenome.pl test-data/CTCF_peaks_shifted.bed test-data/chr2_subset.fa CTCF_peaks_shifted_bed_motif -mset plants -nomotif +# mv CTCF_peaks_shifted_bed_motif test-data/motif_test4 +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerMotifs.all.motifs Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,165 @@ +>CTAATGAGCT 1-CTAATGAGCT 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.7(5.48%),P:1e-1 Tpos:101.0,Tstd:0.0,Bpos:96.2,Bstd:70.8,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +>ATCAAGATGA 2-ATCAAGATGA 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 Tpos:113.0,Tstd:0.0,Bpos:94.6,Bstd:75.6,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>GTTGCTGCCA 3-GTTGCTGCCA 10.296193 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerMotifs.motifs10 Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,55 @@ +>CTAATGAGCT 1-CTAATGAGCT 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.7(5.48%),P:1e-1 Tpos:101.0,Tstd:0.0,Bpos:96.2,Bstd:70.8,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +>ATCAAGATGA 2-ATCAAGATGA 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 Tpos:113.0,Tstd:0.0,Bpos:94.6,Bstd:75.6,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>GTTGCTGCCA 3-GTTGCTGCCA 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.9(5.49%),P:1e-1 Tpos:140.0,Tstd:0.0,Bpos:103.4,Bstd:83.3,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>CCTGAGACTG 4-CCTGAGACTG 10.296193 -2.902420 0 T:1.0(100.00%),B:220.0(5.49%),P:1e-1 Tpos:181.0,Tstd:0.0,Bpos:96.7,Bstd:84.1,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +>CGAGGCTAAC 5-CGAGGCTAAC 10.296193 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.5(5.53%),P:1e-1 Tpos:90.0,Tstd:0.0,Bpos:103.4,Bstd:66.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerMotifs.motifs12 Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,65 @@ +>ATGAGCTTAATC 1-ATGAGCTTAATC 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.0(5.39%),P:1e-1 Tpos:105.0,Tstd:0.0,Bpos:97.7,Bstd:71.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +>TGCCATCTCAAA 2-TGCCATCTCAAA 12.355432 -2.920769 0 T:1.0(100.00%),B:216.2(5.39%),P:1e-1 Tpos:146.0,Tstd:0.0,Bpos:105.7,Bstd:83.1,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>CGAGGCTAACCC 3-CGAGGCTAACCC 12.355432 -2.916150 0 T:1.0(100.00%),B:217.8(5.43%),P:1e-1 Tpos:91.0,Tstd:0.0,Bpos:101.8,Bstd:65.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +>CTCCTGAGACTG 4-CTCCTGAGACTG 12.355432 -2.911553 0 T:1.0(100.00%),B:218.1(5.44%),P:1e-1 Tpos:180.0,Tstd:0.0,Bpos:95.7,Bstd:83.7,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +>GATGATGCTCGT 5-GATGATGCTCGT 12.355432 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.8(5.48%),P:1e-1 Tpos:119.0,Tstd:0.0,Bpos:93.3,Bstd:77.5,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerMotifs.motifs8 Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,45 @@ +>CCCTAATG 1-CCCTAATG 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.6(5.53%),P:1e-1 Tpos:98.0,Tstd:0.0,Bpos:97.0,Bstd:70.2,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +>TGCTGCCA 2-TGCTGCCA 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.8(5.53%),P:1e-1 Tpos:141.0,Tstd:0.0,Bpos:102.6,Bstd:84.0,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>GAGACTGA 3-GAGACTGA 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.9(5.54%),P:1e-1 Tpos:183.0,Tstd:0.0,Bpos:97.7,Bstd:84.4,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>CTTAATCA 4-CTTAATCA 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 Tpos:108.0,Tstd:0.0,Bpos:94.6,Bstd:75.1,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +>GATGATGC 5-GATGATGC 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 Tpos:117.0,Tstd:0.0,Bpos:93.3,Bstd:78.0,StrandBias:10.0,Multiplicity:1.00 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults.html Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,489 @@ +<HTML><HEAD><TITLE>fake_phix_peaks_bed_motif/ - Homer de novo Motif Results</TITLE></HEAD> +<BODY> +<H1>Homer <i>de novo</i> Motif Results (fake_phix_peaks_bed_motif/)</H1> +<A HREF="knownResults.html">Known Motif Enrichment Results</A><BR/> +<A HREF="geneOntology.html">Gene Ontology Enrichment Results</A><BR/> +If Homer is having trouble matching a motif to a known motif, try copy/pasting the matrix file into +<A HREF="http://www.benoslab.pitt.edu/stamp/">STAMP</A><BR/> +More information on motif finding results: <A HREF="http://biowhat.ucsd.edu/homer/">HOMER</A> + | <A HREF="http://biowhat.ucsd.edu/homer/motif/index.html">Description of Results</A> + | <A HREF="http://biowhat.ucsd.edu/homer/motif/practicalTips.html">Tips</A> +<BR/> +Total target sequences = 1<BR/> +Total background sequences = 4009<BR/> +<FONT color="red">* - possible false positive</FONT><BR/> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>Rank</TD><TD>Motif</TD><TD>P-value</TD><TD>log P-pvalue</TD><TD>% of Targets</TD><TD>% of Background</TD> +<TD>STD(Bg STD)</TD> +<TD>Best Match/Details</TD><TD>Motif File</TD></TR> +<TR><TD>1 +<FONT color="red">*</FONT></TD><TD><svg width="305" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,0,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,0,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,2,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,25,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,39)">G</text> + 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif1.info.html Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1753 @@ +<HTML><HEAD><TITLE>Motif 1</TITLE></HEAD> +<H2>Information for 1-ATGAGCTTAATC (Motif 1)</H2> +<svg width="305" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,0,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,0,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,2,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,25,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" 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border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>Rank</TD><TD>Match Score</TD><TD>Redundant Motif</TD><TD>P-value</TD><TD>log P-value</TD><TD>% of Targets</TD><TD>% of Background</TD><TD>Motif file</TD></TR> +<TR><TD>1</TD><TD>0.639</TD><TD><svg width="255" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,0,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,0,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,25,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" 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<text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,101,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,127,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,125,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,126,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,125,34)">G</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,150,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,150,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,151,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,152,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,177,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,175,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif2RV.logo.svg Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ +<svg width="305" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,0,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,0,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,1,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,25,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,26,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,52,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,50,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,50,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,51,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,77,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,75,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,76,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,75,34)">G</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,100,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,100,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,101,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,102,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,127,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,125,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,126,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,125,34)">G</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,150,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,150,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,151,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,152,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,177,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,175,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,175,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,176,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,202,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,200,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,201,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,200,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,227,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,225,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,226,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,225,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,252,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,250,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,251,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,250,34)">C</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,275,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,275,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,276,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,277,34)">A</text> + + </g> +</svg>
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+<TR><TD>p-value:</TD><TD>1e-1</TD></TR> +<TR><TD>log p-value:</TD><TD>-2.912e+00</TD></TR> +<TR><TD>Information Content per bp:</TD><TD>1.530</TD></TR> +<TR><TD>Number of Target Sequences with motif</TD><TD>1.0</TD></TR> +<TR><TD>Percentage of Target Sequences with motif</TD><TD>100.00%</TD></TR> +<TR><TD>Number of Background Sequences with motif</TD><TD>218.1</TD></TR> +<TR><TD>Percentage of Background Sequences with motif</TD><TD>5.44%</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Targets</TD><TD>180.0 +/- 0.0bp</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Background</TD><TD>95.7 +/- 83.7bp</TD></TR> +<TR><TD>Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)</TD><TD>10.0</TD></TR> +<TR><TD>Multiplicity (# of sites on avg that occur together)</TD><TD>1.00</TD></TR> +<TR><TD>Motif File:</TD><TD><A target="_blank" HREF="motif4.motif">file (matrix)</A><BR/><A target="_blank" HREF="motif4RV.motif">reverse opposite</A></TD></TR> +<TR><TD>SVG Files for Logos:</TD><TD><A 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+</TD><TD>1e-1</TD><TD>-2.897885</TD><TD>100.00%</TD><TD>5.54%</TD><TD><A target="_blank" HREF="motif4.similar2.motif">motif file (matrix)</A></TD></TR> +</TABLE> +<P></P> +</BODY></HTML>
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motif</TD><TD>5.48%</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Targets</TD><TD>113.0 +/- 0.0bp</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Background</TD><TD>94.6 +/- 75.6bp</TD></TR> +<TR><TD>Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)</TD><TD>10.0</TD></TR> +<TR><TD>Multiplicity (# of sites on avg that occur together)</TD><TD>1.00</TD></TR> +<TR><TD>Motif File:</TD><TD><A target="_blank" HREF="motif5.motif">file (matrix)</A><BR/><A target="_blank" HREF="motif5RV.motif">reverse opposite</A></TD></TR> +<TR><TD>SVG Files for Logos:</TD><TD><A HREF="motif5.logo.svg">forward logo</A><BR/><A HREF="motif5RV.logo.svg">reverse opposite</A></TD></TR> +</TABLE> +<H3>Matches to Known Motifs</H3> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD> +<H4>SNRNP70K(RRM)/Drosophila_melanogaster-RNCMPT00143-PBM/HughesRNA</H4> +<TABLE><TR><TD> +<TABLE> +<TR><TD>Match Rank:</TD><TD>1</TD></TR> +<TR><TD>Score:</TD><TD>0.79</TD</TR> +<TR><TD>Offset:</TD><TD>-1</TD</TR> 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif5.similar.html Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,132 @@ +<HTML><HEAD><TITLE>motif5</TITLE></HEAD> +<H2>Information for motif5</H2> +<svg width="255" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,0,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,0,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,2,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,25,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,26,34)">T</text> 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motif</TD><TD>5.48%</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Targets</TD><TD>113.0 +/- 0.0bp</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Background</TD><TD>94.6 +/- 75.6bp</TD></TR> +<TR><TD>Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)</TD><TD>10.0</TD></TR> +<TR><TD>Multiplicity (# of sites on avg that occur together)</TD><TD>1.00</TD></TR> +<TR><TD>Motif File:</TD><TD><A target="_blank" HREF="motif5.motif">file (matrix)</A><BR/><A target="_blank" HREF="motif5RV.motif">reverse opposite</A></TD></TR> +</TABLE> +<H3>Similar de novo motifs found</H3> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>Rank</TD><TD>Match Score</TD><TD>Redundant Motif</TD><TD>P-value</TD><TD>log P-value</TD><TD>% of Targets</TD><TD>% of Background</TD><TD>Motif file</TD></TR> +</TABLE> +<P></P> +</BODY></HTML>
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.logo.svg Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,54 @@ +<svg width="255" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,0,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,0,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,25,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,26,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,52,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,50,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,50,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,51,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,77,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,75,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,76,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,75,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,102,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,100,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,101,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,100,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,127,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,125,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,125,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,126,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,152,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,150,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,151,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,150,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,177,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,175,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,176,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,175,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,202,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,200,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,201,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,200,34)">C</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,225,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,225,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,226,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,227,34)">A</text> + + </g> +</svg>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.motif Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +>GTTGCTGCCA 3-GTTGCTGCCA,BestGuess:DEL1(E2FDP)/colamp-DEL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer(0.657) 10.296193 -2.906976 0 T:1.0(100.00%),B:219.9(5.49%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif6.similar.html Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,178 @@ +<HTML><HEAD><TITLE>motif6</TITLE></HEAD> +<H2>Information for motif6</H2> +<svg width="255" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,0,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,0,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,25,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,26,34)">T</text> 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motif</TD><TD>5.49%</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Targets</TD><TD>140.0 +/- 0.0bp</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Background</TD><TD>103.4 +/- 83.3bp</TD></TR> +<TR><TD>Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)</TD><TD>10.0</TD></TR> +<TR><TD>Multiplicity (# of sites on avg that occur together)</TD><TD>1.00</TD></TR> +<TR><TD>Motif File:</TD><TD><A target="_blank" HREF="motif6.motif">file (matrix)</A><BR/><A target="_blank" HREF="motif6RV.motif">reverse opposite</A></TD></TR> +</TABLE> +<H3>Similar de novo motifs found</H3> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>Rank</TD><TD>Match Score</TD><TD>Redundant Motif</TD><TD>P-value</TD><TD>log P-value</TD><TD>% of Targets</TD><TD>% of Background</TD><TD>Motif file</TD></TR> +<TR><TD>1</TD><TD>0.894</TD><TD><svg width="205" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7.logo.svg Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,44 @@ +<svg width="205" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,0,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,0,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,26,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,25,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,52,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,50,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,51,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,50,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,77,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,75,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,75,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,76,34)">T</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,100,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,100,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,101,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,102,34)">A</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,125,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,125,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,126,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,127,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,152,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,150,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,150,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,151,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,177,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,175,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,176,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,175,34)">G</text> + + </g> +</svg>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7.motif Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>CCCTAATG 1-CCCTAATG,BestGuess:HNRNPA1L2(RRM)/Homo_sapiens-RNCMPT00023-PBM/HughesRNA(0.812) 8.236954 -2.897885 0 T:1.0(100.00%),B:221.6(5.53%),P:1e-1 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.100 0.700 0.100
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif7.similar.html Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,112 @@ +<HTML><HEAD><TITLE>motif7</TITLE></HEAD> +<H2>Information for motif7</H2> +<svg width="205" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,0,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,0,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,26,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,25,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,52,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,50,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,51,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,50,34)">C</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,77,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,75,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,75,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,76,34)">T</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,100,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,100,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,101,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" 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<text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,127,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,125,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,126,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,125,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,152,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,150,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,151,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,150,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,177,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,175,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,176,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" 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target="_blank" HREF="motif7RV.motif">reverse opposite</A></TD></TR> +</TABLE> +<H3>Similar de novo motifs found</H3> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>Rank</TD><TD>Match Score</TD><TD>Redundant Motif</TD><TD>P-value</TD><TD>log P-value</TD><TD>% of Targets</TD><TD>% of Background</TD><TD>Motif file</TD></TR> +</TABLE> +<P></P> +</BODY></HTML>
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<text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,125,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,125,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,126,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,127,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,152,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,150,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,150,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,151,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,177,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,175,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,176,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,175,34)">C</text> + + </g> +</svg> +<BR/> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>p-value:</TD><TD>1e-1</TD></TR> +<TR><TD>log p-value:</TD><TD>-2.889e+00</TD></TR> +<TR><TD>Information Content per bp:</TD><TD>1.530</TD></TR> +<TR><TD>Number of Target Sequences with motif</TD><TD>1.0</TD></TR> +<TR><TD>Percentage of Target Sequences with motif</TD><TD>100.00%</TD></TR> +<TR><TD>Number of Background Sequences with motif</TD><TD>223.5</TD></TR> +<TR><TD>Percentage of Background Sequences with motif</TD><TD>5.58%</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Targets</TD><TD>117.0 +/- 0.0bp</TD></TR> +<TR><TD>Average Position of motif in Background</TD><TD>93.3 +/- 78.0bp</TD></TR> +<TR><TD>Strand Bias (log2 ratio + to - strand density)</TD><TD>10.0</TD></TR> +<TR><TD>Multiplicity (# of sites on avg that occur together)</TD><TD>1.00</TD></TR> +<TR><TD>Motif File:</TD><TD><A target="_blank" HREF="motif8.motif">file (matrix)</A><BR/><A target="_blank" HREF="motif8RV.motif">reverse opposite</A></TD></TR> +</TABLE> +<H3>Similar de novo motifs found</H3> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>Rank</TD><TD>Match Score</TD><TD>Redundant Motif</TD><TD>P-value</TD><TD>log P-value</TD><TD>% of Targets</TD><TD>% of Background</TD><TD>Motif file</TD></TR> +</TABLE> +<P></P> +</BODY></HTML>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8RV.logo.svg Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,44 @@ +<svg width="205" height="50"> + <g font-family="Arial" font-weight="bold" font-size="66.5"> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,2,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,0,44)">C</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,1,39)">T</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.700,0,34)">G</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,27,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,25,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,26,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,25,34)">C</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,50,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,50,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,51,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,52,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,77,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,75,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,75,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,76,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,102,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,100,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,101,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,100,34)">C</text> + + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,125,49)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,125,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,126,39)">T</text> + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.700,127,34)">A</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,152,49)">A</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.100,150,44)">C</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,150,39)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.700,151,34)">T</text> + + <text fill="#00BB00" x="0" y="0" transform="matrix(0.53,0,0,0.100,177,49)">A</text> + <text fill="#F9A500" x="0" y="0" transform="matrix(0.55,0,0,0.100,175,44)">G</text> + <text fill="#DD0000" x="0" y="0" transform="matrix(0.65,0,0,0.100,176,39)">T</text> + <text fill="#0000EE" x="0" y="0" transform="matrix(0.59,0,0,0.700,175,34)">C</text> + + </g> +</svg>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/homerResults/motif8RV.motif Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +>GCATCATC 5-GATGATGC 8.236954 -2.888876 0 T:1.0(100.00%),B:223.5(5.58%),P:1e-1 +0.100 0.100 0.700 0.100 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100 +0.700 0.100 0.100 0.100 +0.100 0.100 0.100 0.700 +0.100 0.700 0.100 0.100
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/knownResults.html Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +<HTML><HEAD><TITLE>fake_phix_peaks_bed_motif - Homer Known Motif Enrichment Results</TITLE></HEAD> +<BODY> +<H1>Homer Known Motif Enrichment Results (fake_phix_peaks_bed_motif)</H1> +<A HREF="homerResults.html">Homer <i>de novo</i> Motif Results</A><BR/> +<A HREF="geneOntology.html">Gene Ontology Enrichment Results</A><BR/> +<A HREF="knownResults.txt">Known Motif Enrichment Results (txt file)</A><BR/> +Total Target Sequences = 1, Total Background Sequences = 4006</BR> +<TABLE border="1" cellpading="0" cellspacing="0"> +<TR><TD>Rank</TD><TD>Motif</TD><TD>Name</TD><TD>P-value</TD><TD>log P-pvalue</TD><TD>q-value (Benjamini)</TD><TD># Target Sequences with Motif</TD><TD>% of Targets Sequences with Motif</TD><TD># Background Sequences with Motif</TD><TD>% of Background Sequences with Motif</TD><TD>Motif File</TD> +<TD>SVG</TD></TR> +</TABLE></BODY></HTML>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/motif_test1/knownResults.txt Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,977 @@ +Motif Name Consensus P-value Log P-value q-value (Benjamini) # of Target Sequences with Motif(of 1) % of Target Sequences with Motif # of Background Sequences with Motif(of 4006) % of Background Sequences with Motif +EBF2(EBF)/BrownAdipose-EBF2-ChIP-Seq(GSE97114)/Homer NABTCCCWDGGGAVH 1e-1 -2.921e+00 1.0000 1.0 100.00% 216.3 5.40% +Phox2a(Homeobox)/Neuron-Phox2a-ChIP-Seq(GSE31456)/Homer YTAATYNRATTA 1e-1 -2.916e+00 1.0000 1.0 100.00% 217.9 5.44% +TBP3(MYBrelated)/col-TBP3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer VYTAGGGCAN 1e-1 -2.898e+00 1.0000 1.0 100.00% 221.6 5.53% +Elk4(ETS)/Hela-Elk4-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer NRYTTCCGGY 1e-1 -2.889e+00 1.0000 1.0 100.00% 223.6 5.58% +EHF(ETS)/LoVo-EHF-ChIP-Seq(GSE49402)/Homer AVCAGGAAGT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +ELF3(ETS)/PDAC-ELF3-ChIP-Seq(GSE64557)/Homer ANCAGGAAGT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +Elf4(ETS)/BMDM-Elf4-ChIP-Seq(GSE88699)/Homer ACTTCCKGKT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +ELF5(ETS)/T47D-ELF5-ChIP-Seq(GSE30407)/Homer ACVAGGAAGT 1e-1 -2.871e+00 1.0000 1.0 100.00% 227.4 5.67% +OCT4-SOX2-TCF-NANOG(POU,Homeobox,HMG)/mES-Oct4-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer ATTTGCATAACAATG 1e-1 -2.779e+00 1.0000 1.0 100.00% 249.4 6.22% +CHR(?)/Hela-CellCycle-Expression/Homer SRGTTTCAAA 1e-1 -2.771e+00 1.0000 1.0 100.00% 251.3 6.27% +bZIP52(bZIP)/colamp-bZIP52-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NDNHCAGCTGTCANN 1e-1 -2.755e+00 1.0000 1.0 100.00% 255.0 6.36% +Etv2(ETS)/ES-ER71-ChIP-Seq(GSE59402)/Homer(0.967) NNAYTTCCTGHN 1e-1 -2.732e+00 1.0000 1.0 100.00% 261.1 6.51% +ETS1(ETS)/Jurkat-ETS1-ChIP-Seq(GSE17954)/Homer ACAGGAAGTG 1e-1 -2.651e+00 1.0000 1.0 100.00% 283.5 7.07% +ERG(ETS)/VCaP-ERG-ChIP-Seq(GSE14097)/Homer ACAGGAAGTG 1e-1 -2.644e+00 1.0000 1.0 100.00% 285.4 7.12% +Mef2a(MADS)/HL1-Mef2a.biotin-ChIP-Seq(GSE21529)/Homer CYAAAAATAG 1e-1 -2.609e+00 1.0000 1.0 100.00% 296.0 7.38% +Fli1(ETS)/CD8-FLI-ChIP-Seq(GSE20898)/Homer NRYTTCCGGH 1e-1 -2.450e+00 1.0000 1.0 100.00% 346.9 8.65% +AT2G20110(CPP)/colamp-AT2G20110-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATTYAAATHY 1e-1 -2.356e+00 1.0000 1.0 100.00% 380.2 9.49% +Prop1(Homeobox)/GHFT1-PROP1.biotin-ChIP-Seq(GSE77302)/Homer NTAATBNAATTA 1e-1 -2.343e+00 1.0000 1.0 100.00% 385.2 9.61% +IRF4(IRF)/GM12878-IRF4-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer ACTGAAACCA 1e-1 -2.320e+00 1.0000 1.0 100.00% 394.7 9.85% +SPL14(SBP)/col-SPL14-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNWHTGTACGGAHNH 1e0 -2.285e+00 1.0000 1.0 100.00% 408.0 10.18% +bHLH28(bHLH)/col-bHLH28-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NHHTGTACGGAH 1e0 -2.277e+00 1.0000 1.0 100.00% 411.7 10.27% +SPL13(SBP)/col-SPL13-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WAHTGTACGGAH 1e0 -2.277e+00 1.0000 1.0 100.00% 411.7 10.27% +AT1G69570(C2C2dof)/col-AT1G69570-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WAAAAGTGHH 1e0 -2.265e+00 1.0000 1.0 100.00% 416.9 10.40% +HIC1(Zf)/Treg-ZBTB29-ChIP-Seq(GSE99889)/Homer TGCCAGCB 1e0 -2.253e+00 1.0000 1.0 100.00% 421.8 10.52% +Lhx2(Homeobox)/HFSC-Lhx2-ChIP-Seq(GSE48068)/Homer TAATTAGN 1e0 -2.246e+00 1.0000 1.0 100.00% 424.3 10.59% +DPL-1(E2F)/cElegans-Adult-ChIP-Seq(modEncode)/Homer TAGCGCGC 1e0 -2.169e+00 1.0000 1.0 100.00% 458.1 11.43% +Oct2(POU,Homeobox)/Bcell-Oct2-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer ATATGCAAAT 1e0 -2.054e+00 1.0000 1.0 100.00% 514.3 12.83% +AT1G72740(MYBrelated)/colamp-AT1G72740-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNWWAMCCTAAHWNN 1e0 -2.029e+00 1.0000 1.0 100.00% 527.4 13.16% +Cdx2(Homeobox)/mES-Cdx2-ChIP-Seq(GSE14586)/Homer GYMATAAAAH 1e0 -2.019e+00 1.0000 1.0 100.00% 532.9 13.30% +SPL5(SBP)/colamp-SPL5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNHGTACGGHNN 1e0 -2.003e+00 1.0000 1.0 100.00% 541.8 13.52% +AT3G25990(Trihelix)/colamp-AT3G25990-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTAACCATAG 1e0 -1.992e+00 1.0000 1.0 100.00% 547.8 13.67% +PABPC1(?)/MEL-PABC1-CLIP-Seq(GSE69755)/Homer HAATAAAGNN 1e0 -1.945e+00 1.0000 1.0 100.00% 573.6 14.31% +RKD2(RWPRK)/colamp-RKD2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GACKTTTCRDCTTCC 1e0 -1.935e+00 1.0000 1.0 100.00% 579.4 14.46% +TCX2(CPP)/colamp-TCX2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNWWTTYRAAHN 1e0 -1.913e+00 1.0000 1.0 100.00% 593.0 14.79% +SOL1(CPP)/colamp-SOL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATTTAAATHN 1e0 -1.902e+00 1.0000 1.0 100.00% 598.5 14.93% +Isl1(Homeobox)/Neuron-Isl1-ChIP-Seq(GSE31456)/Homer CTAATKGV 1e0 -1.883e+00 1.0000 1.0 100.00% 610.2 15.23% +Lhx1(Homeobox)/EmbryoCarcinoma-Lhx1-ChIP-Seq(GSE70957)/Homer NNYTAATTAR 1e0 -1.755e+00 1.0000 1.0 100.00% 693.4 17.30% +AT5G05550(Trihelix)/col-AT5G05550-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HDNHDTCKCCGGMGA 1e0 -1.748e+00 1.0000 1.0 100.00% 698.8 17.44% +CCA(Myb)/Arabidopsis-CCA.GFP-ChIP-Seq(GSE70533)/Homer AGATATYTTT 1e0 -1.738e+00 1.0000 1.0 100.00% 705.2 17.60% +At4g01280(MYBrelated)/colamp-At4g01280-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAATATCT 1e0 -1.734e+00 1.0000 1.0 100.00% 709.0 17.69% +Lhx3(Homeobox)/Neuron-Lhx3-ChIP-Seq(GSE31456)/Homer ADBTAATTAR 1e0 -1.710e+00 1.0000 1.0 100.00% 725.1 18.09% +SPL15(SBP)/colamp-SPL15-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WDWMMGTACADW 1e0 -1.699e+00 1.0000 1.0 100.00% 733.8 18.31% +Unknown6/Drosophila-Promoters/Homer AATTTTAAAA 1e0 -1.698e+00 1.0000 1.0 100.00% 734.5 18.33% +SPL1(SBP)/colamp-SPL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HYGTACDTWH 1e0 -1.684e+00 1.0000 1.0 100.00% 744.9 18.59% +Sox6(HMG)/Myotubes-Sox6-ChIP-Seq(GSE32627)/Homer CCATTGTTNY 1e0 -1.624e+00 1.0000 1.0 100.00% 790.8 19.73% +ATHB23(ZFHD)/col-ATHB23-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HTAATTARNN 1e0 -1.573e+00 1.0000 1.0 100.00% 831.1 20.73% +ATHB34(ZFHD)/colamp-ATHB34-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TRATTARS 1e0 -1.567e+00 1.0000 1.0 100.00% 836.7 20.87% +ATHB24(ZFHD)/colamp-ATHB24-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TAATTAAS 1e0 -1.478e+00 1.0000 1.0 100.00% 914.8 22.82% +RVE1(MYBrelated)/col-RVE1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAATATCT 1e0 -1.437e+00 1.0000 1.0 100.00% 952.3 23.76% +MYB105(MYB)/colamp-MYB105-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RATWCCGTTA 1e0 -1.367e+00 1.0000 1.0 100.00% 1022.5 25.51% +AT1G20910(ARID)/col-AT1G20910-DAP-Seq(GSE60143)/Homer THAATTRAWN 1e0 -1.358e+00 1.0000 1.0 100.00% 1032.0 25.75% +ATHB33(ZFHD)/col-ATHB33-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NGTRATTAAK 1e0 -1.326e+00 1.0000 1.0 100.00% 1064.2 26.55% +EGL-5(Homeobox)/cElegans-L3-EGL5-ChIP-Seq(modEncode)/Homer ATTTAATGGG 1e0 -1.277e+00 1.0000 1.0 100.00% 1118.2 27.90% +Tgif2(Homeobox)/mES-Tgif2-ChIP-Seq(GSE55404)/Homer TGTCANYT 1e0 -1.203e+00 1.0000 1.0 100.00% 1204.7 30.06% +Initiator/Drosophila-Promoters/Homer NTCAGTYG 1e0 -1.181e+00 1.0000 1.0 100.00% 1230.5 30.70% +LHY(Myb)/Seedling-LHY-ChIP-Seq(GSE52175)/Homer ADAAATATCT 1e0 -1.172e+00 1.0000 1.0 100.00% 1241.5 30.98% +Hoxa13(Homeobox)/ChickenMSG-Hoxa13.Flag-ChIP-Seq(GSE86088)/Homer CYHATAAAAN 1e0 -1.148e+00 1.0000 1.0 100.00% 1272.7 31.75% +MYB83(MYB)/colamp-MYB83-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CACCAACCWH 1e0 -1.126e+00 1.0000 1.0 100.00% 1300.4 32.44% +SeqBias: TA-repeat TATATATATA 1e0 -1.022e+00 1.0000 1.0 100.00% 1442.0 35.98% +ASL18(LOBAS2)/colamp-ASL18-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGGAAAWTCMGGAR 1e0 -9.888e-01 1.0000 1.0 100.00% 1491.4 37.21% +ATHB25(ZFHD)/colamp-ATHB25-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TAATTAVB 1e0 -9.096e-01 1.0000 1.0 100.00% 1614.2 40.27% +MYB81(MYB)/col-MYB81-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NWAACSGWTWNN 1e0 -9.052e-01 1.0000 1.0 100.00% 1621.2 40.45% +ATY13(MYB)/col-ATY13-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YYYAACYRHH 1e0 -8.809e-01 1.0000 1.0 100.00% 1661.1 41.44% +SeqBias: CA-repeat CACACACACA 1e0 -8.779e-01 1.0000 1.0 100.00% 1666.7 41.58% +Nkx6.1(Homeobox)/Islet-Nkx6.1-ChIP-Seq(GSE40975)/Homer GKTAATGR 1e0 -8.218e-01 1.0000 1.0 100.00% 1762.4 43.97% +MYB(HTH)/ERMYB-Myb-ChIPSeq(GSE22095)/Homer GGCVGTTR 1e0 -7.731e-01 1.0000 1.0 100.00% 1850.5 46.17% +HuR(?)/HEK293-HuR-CLIP-Seq(GSE87887)/Homer BTTTGGTTTG 1e0 -6.807e-01 1.0000 1.0 100.00% 2029.7 50.64% +SeqBias: CG bias SSSSSSSSSS 1e0 -6.559e-01 1.0000 1.0 100.00% 2080.4 51.90% +MYB101(MYB)/colamp-MYB101-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TAACNRMY 1e0 -6.392e-01 1.0000 1.0 100.00% 2115.2 52.77% +SUT1?/SacCer-Promoters/Homer CCCCGCGC 1e0 -5.162e-01 1.0000 1.0 100.00% 2392.4 59.69% +At3g24120(G2like)/col-At3g24120-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NWWAGMATMW 1e0 -5.157e-01 1.0000 1.0 100.00% 2393.1 59.71% +STZ(C2H2)/colamp-STZ-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HNBTCACT 1e0 -4.816e-01 1.0000 1.0 100.00% 2476.2 61.78% +Pitx1(Homeobox)/Chicken-Pitx1-ChIP-Seq(GSE38910)/Homer TAATCCCN 1e0 -4.696e-01 1.0000 1.0 100.00% 2506.1 62.53% +Nanog(Homeobox)/mES-Nanog-ChIP-Seq(GSE11724)/Homer RGCCATTAAC 1e0 -3.038e-01 1.0000 1.0 100.00% 2958.9 73.82% +SeqBias: polyA-repeat AAAAAAAAAA 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: C/A-bias MMMMMMMMMM 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: polyC-repeat CCCCCCCCCC 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: G/A bias RRRRRRRRRR 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: GCW-triplet GCWGCWGCWGCW 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +SeqBias: A/T bias WWWWWWWWWW 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% + Ik-1 NHTTGGGAATRCC 1e0 -2.500e-04 1.0000 1.0 100.00% 4008.1 100.00% +AP-1(bZIP)/ThioMac-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer VTGACTCATC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 505.0 12.60% +AP-2gamma(AP2)/MCF7-TFAP2C-ChIP-Seq(GSE21234)/Homer SCCTSAGGSCAW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AP-2alpha(AP2)/Hela-AP2alpha-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer ATGCCCTGAGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Ap4(bHLH)/AML-Tfap4-ChIP-Seq(GSE45738)/Homer NAHCAGCTGD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +FOXA1:AR(Forkhead,NR)/LNCAP-AR-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer AGTAAACAAAAAAGAACAND 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ARE(NR)/LNCAP-AR-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer RGRACASNSTGTYCYB 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 85.6 2.14% +AR-halfsite(NR)/LNCaP-AR-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer CCAGGAACAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 276.1 6.89% +Arnt:Ahr(bHLH)/MCF7-Arnt-ChIP-Seq(Lo_et_al.)/Homer TBGCACGCAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 255.8 6.38% +Ascl1(bHLH)/NeuralTubes-Ascl1-ChIP-Seq(GSE55840)/Homer NNVVCAGCTGBN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 333.9 8.33% +Atf1(bZIP)/K562-ATF1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer GATGACGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 272.7 6.80% +Atf2(bZIP)/3T3L1-Atf2-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer NRRTGACGTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 267.1 6.66% +Atf3(bZIP)/GBM-ATF3-ChIP-Seq(GSE33912)/Homer DATGASTCATHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 227.7 5.68% +Atf4(bZIP)/MEF-Atf4-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer MTGATGCAAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +Atf7(bZIP)/3T3L1-Atf7-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer NGRTGACGTCAY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 269.0 6.71% +Atoh1(bHLH)/Cerebellum-Atoh1-ChIP-Seq(GSE22111)/Homer VNRVCAGCTGGY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 171.4 4.28% +Bach1(bZIP)/K562-Bach1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer AWWNTGCTGAGTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Bach2(bZIP)/OCILy7-Bach2-ChIP-Seq(GSE44420)/Homer TGCTGAGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 197.7 4.93% +Bapx1(Homeobox)/VertebralCol-Bapx1-ChIP-Seq(GSE36672)/Homer TTRAGTGSYK 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 191.7 4.78% +Barx1(Homeobox)/Stomach-Barx1.3xFlag-ChIP-Seq(GSE69483)/Homer AAACMATTAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +IRF:BATF(IRF:bZIP)/pDC-Irf8-ChIP-Seq(GSE66899)/Homer CTTTCANTATGACTV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +BATF(bZIP)/Th17-BATF-ChIP-Seq(GSE39756)/Homer DATGASTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 335.8 8.38% +Bcl11a(Zf)/HSPC-BCL11A-ChIP-Seq(GSE104676)/Homer TYTGACCASWRG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Bcl6(Zf)/Liver-Bcl6-ChIP-Seq(GSE31578)/Homer NNNCTTTCCAGGAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 843.2 21.04% +bHLHE40(bHLH)/HepG2-BHLHE40-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer KCACGTGMCN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +bHLHE41(bHLH)/proB-Bhlhe41-ChIP-Seq(GSE93764)/Homer KCACGTGMCN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 669.4 16.70% +BMAL1(bHLH)/Liver-Bmal1-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer GNCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 307.6 7.67% +BMYB(HTH)/Hela-BMYB-ChIP-Seq(GSE27030)/Homer NHAACBGYYV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1946.0 48.55% +BORIS(Zf)/K562-CTCFL-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer CNNBRGCGCCCCCTGSTGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Brachyury(T-box)/Mesoendoderm-Brachyury-ChIP-exo(GSE54963)/Homer ANTTMRCASBNNNGTGYKAAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Brn1(POU,Homeobox)/NPC-Brn1-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer TATGCWAATBAV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 261.1 6.51% +Brn2(POU,Homeobox)/NPC-Brn2-ChIP-Seq(GSE35496)/Homer ATGAATATTC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +bZIP:IRF(bZIP,IRF)/Th17-BatF-ChIP-Seq(GSE39756)/Homer NAGTTTCABTHTGACTNW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 213.1 5.32% +CDX4(Homeobox)/ZebrafishEmbryos-Cdx4.Myc-ChIP-Seq(GSE48254)/Homer NGYCATAAAWCH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 372.8 9.30% +CEBP:AP1(bZIP)/ThioMac-CEBPb-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer DRTGTTGCAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 27.9 0.70% +CEBP:CEBP(bZIP)/MEF-Chop-ChIP-Seq(GSE35681)/Homer NTNATGCAAYMNNHTGMAAY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CEBP(bZIP)/ThioMac-CEBPb-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer ATTGCGCAAC 1e0 0.000e+00 1.0000 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TGCAGTTCCMVNWRTGGCCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CUX1(Homeobox)/K562-CUX1-ChIP-Seq(GSE92882)/Homer TATCGATNAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 460.0 11.48% +Cux2(Homeobox)/Liver-Cux2-ChIP-Seq(GSE35985)/Homer HNRAATCAAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Dlx3(Homeobox)/Kerainocytes-Dlx3-ChIP-Seq(GSE89884)/Homer NDGTAATTAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 197.1 4.92% +Mouse_Recombination_Hotspot(Zf)/Testis-DMC1-ChIP-Seq(GSE24438)/Homer ACTYKNATTCGTGNTACTTC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DMRT1(DM)/Testis-DMRT1-ChIP-Seq(GSE64892)/Homer TWGHWACAWTGTWDC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DMRT6(DM)/Testis-DMRT6-ChIP-Seq(GSE60440)/Homer YDGHTACAWTGTADC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +RAR:RXR(NR),DR5/ES-RAR-ChIP-Seq(GSE56893)/Homer AGGTCAAGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +RAR:RXR(NR),DR5/ES-RAR-ChIP-Seq(GSE56893)/Homer RGGTCADNNAGAGGTCAV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DUX4(Homeobox)/Myoblasts-DUX4.V5-ChIP-Seq(GSE75791)/Homer NWTAAYCYAATCAWN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DUX(Homeobox)/C2C12-Dux-ChIP-Seq(GSE87279)/Homer BCWGATTCAATCAAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E2A(bHLH)/proBcell-E2A-ChIP-Seq(GSE21978)/Homer DNRCAGCTGY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 168.1 4.19% +E2F1(E2F)/Hela-E2F1-ChIP-Seq(GSE22478)/Homer CWGGCGGGAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E2F3(E2F)/MEF-E2F3-ChIP-Seq(GSE71376)/Homer BTKGGCGGGAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 104.2 2.60% +E2F4(E2F)/K562-E2F4-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer GGCGGGAAAH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 695.6 17.35% +E2F6(E2F)/Hela-E2F6-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer GGCGGGAARN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E2F7(E2F)/Hela-E2F7-ChIP-Seq(GSE32673)/Homer VDTTTCCCGCCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E2F(E2F)/Hela-CellCycle-Expression/Homer TTSGCGCGAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E2A(bHLH),near_PU.1/Bcell-PU.1-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer NVCACCTGBN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 168.1 4.19% +EBF(EBF)/proBcell-EBF-ChIP-Seq(GSE21978)/Homer DGTCCCYRGGGA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +EBF1(EBF)/Near-E2A-ChIP-Seq(GSE21512)/Homer GTCCCCWGGGGA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +EBNA1(EBV-virus)/Raji-EBNA1-ChIP-Seq(GSE30709)/Homer GGYAGCAYDTGCTDCCCNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E-box(bHLH)/Promoter/Homer SSGGTCACGTGA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Egr1(Zf)/K562-Egr1-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer TGCGTGGGYG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Egr2(Zf)/Thymocytes-Egr2-ChIP-Seq(GSE34254)/Homer NGCGTGGGCGGR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +EKLF(Zf)/Erythrocyte-Klf1-ChIP-Seq(GSE20478)/Homer NWGGGTGTGGCY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ELF1(ETS)/Jurkat-ELF1-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer AVCCGGAAGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Elk1(ETS)/Hela-Elk1-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer HACTTCCGGY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Eomes(T-box)/H9-Eomes-ChIP-Seq(GSE26097)/Homer ATTAACACCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 986.3 24.61% +ERE(NR),IR3/MCF7-ERa-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer VAGGTCACNSTGACC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Erra(NR)/HepG2-Erra-ChIP-Seq(GSE31477)/Homer CAAAGGTCAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 152.9 3.82% +Unknown-ESC-element(?)/mES-Nanog-ChIP-Seq(GSE11724)/Homer CACAGCAGGGGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Esrrb(NR)/mES-Esrrb-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer KTGACCTTGA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Ets1-distal(ETS)/CD4+-PolII-ChIP-Seq(Barski_et_al.)/Homer MACAGGAAGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ETS:E-box(ETS,bHLH)/HPC7-Scl-ChIP-Seq(GSE22178)/Homer AGGAARCAGCTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 48.6 1.21% +ETS(ETS)/Promoter/Homer AACCGGAAGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ETS:RUNX(ETS,Runt)/Jurkat-RUNX1-ChIP-Seq(GSE17954)/Homer RCAGGATGTGGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ETV1(ETS)/GIST48-ETV1-ChIP-Seq(GSE22441)/Homer AACCGGAAGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 58.0 1.45% +ETV4(ETS)/HepG2-ETV4-ChIP-Seq(ENCODE)/Homer ACCGGAAGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 35.5 0.89% +EWS:ERG-fusion(ETS)/CADO_ES1-EWS:ERG-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer ATTTCCTGTN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 37.4 0.93% +EWS:FLI1-fusion(ETS)/SK_N_MC-EWS:FLI1-ChIP-Seq(SRA014231)/Homer VACAGGAAAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 37.4 0.93% +Fosl2(bZIP)/3T3L1-Fosl2-ChIP-Seq(GSE56872)/Homer NATGASTCABNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 225.8 5.63% +FOXA1(Forkhead)/LNCAP-FOXA1-ChIP-Seq(GSE27824)/Homer WAAGTAAACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 704.5 17.58% +FOXA1(Forkhead)/MCF7-FOXA1-ChIP-Seq(GSE26831)/Homer WAAGTAAACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 704.5 17.58% +Foxa2(Forkhead)/Liver-Foxa2-ChIP-Seq(GSE25694)/Homer CYTGTTTACWYW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 583.6 14.56% +Foxa3(Forkhead)/Liver-Foxa3-ChIP-Seq(GSE77670)/Homer BSNTGTTTACWYWGN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 290.9 7.26% +Fox:Ebox(Forkhead,bHLH)/Panc1-Foxa2-ChIP-Seq(GSE47459)/Homer NNNVCTGWGYAAACASN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 78.2 1.95% +Foxf1(Forkhead)/Lung-Foxf1-ChIP-Seq(GSE77951)/Homer WWATRTAAACAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 596.2 14.87% +Foxh1(Forkhead)/hESC-FOXH1-ChIP-Seq(GSE29422)/Homer NNTGTGGATTSS 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 318.8 7.95% +FOXK1(Forkhead)/HEK293-FOXK1-ChIP-Seq(GSE51673)/Homer NVWTGTTTAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 812.7 20.28% +FOXK2(Forkhead)/U2OS-FOXK2-ChIP-Seq(E-MTAB-2204)/Homer SCHTGTTTACAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 772.4 19.27% +FoxL2(Forkhead)/Ovary-FoxL2-ChIP-Seq(GSE60858)/Homer WWTRTAAACAVG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 758.7 18.93% +FOXM1(Forkhead)/MCF7-FOXM1-ChIP-Seq(GSE72977)/Homer TRTTTACTTW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 798.2 19.91% +Foxo1(Forkhead)/RAW-Foxo1-ChIP-Seq(Fan_et_al.)/Homer CTGTTTAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 964.5 24.06% +Foxo3(Forkhead)/U2OS-Foxo3-ChIP-Seq(E-MTAB-2701)/Homer DGTAAACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 831.4 20.74% +FOXP1(Forkhead)/H9-FOXP1-ChIP-Seq(GSE31006)/Homer NYYTGTTTACHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 304.2 7.59% +Fra1(bZIP)/BT549-Fra1-ChIP-Seq(GSE46166)/Homer NNATGASTCATH 1e0 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+n-Myc(bHLH)/mES-nMyc-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer VRCCACGTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NPAS2(bHLH)/Liver-NPAS2-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer KCCACGTGAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 78.1 1.95% +NPAS(bHLH)/Liver-NPAS-ChIP-Seq(GSE39860)/Homer NVCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 480.7 11.99% +EAR2(NR)/K562-NR2F6-ChIP-Seq(Encode)/Homer NRBCARRGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 141.4 3.53% +Nr5a2(NR)/mES-Nr5a2-ChIP-Seq(GSE19019)/Homer BTCAAGGTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 340.9 8.51% +NRF1(NRF)/MCF7-NRF1-ChIP-Seq(Unpublished)/Homer CTGCGCATGCGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Nrf2(bZIP)/Lymphoblast-Nrf2-ChIP-Seq(GSE37589)/Homer HTGCTGAGTCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NRF(NRF)/Promoter/Homer STGCGCATGCGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Nur77(NR)/K562-NR4A1-ChIP-Seq(GSE31363)/Homer TGACCTTTNCNT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Oct4(POU,Homeobox)/mES-Oct4-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer ATTTGCATAW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 264.9 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1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +p53(p53)/Saos-p53-ChIP-Seq(GSE15780)/Homer RRCATGYCYRGRCATGYYYN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +p53(p53)/mES-cMyc-ChIP-Seq(GSE11431)/Homer ACATGCCCGGGCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +p53(p53)/Saos-p53-ChIP-Seq/Homer RRCATGYCYRGRCATGYYYN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +p63(p53)/Keratinocyte-p63-ChIP-Seq(GSE17611)/Homer NNDRCATGYCYNRRCATGYH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +NFkB-p65(RHD)/GM12787-p65-ChIP-Seq(GSE19485)/Homer WGGGGATTTCCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +p73(p53)/Trachea-p73-ChIP-Seq(PRJNA310161)/Homer NRRRCAWGTCCDGRCATGYY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PAX3:FKHR-fusion(Paired,Homeobox)/Rh4-PAX3:FKHR-ChIP-Seq(GSE19063)/Homer ACCRTGACTAATTNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 265.2 6.62% +PAX5(Paired,Homeobox)/GM12878-PAX5-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer GCAGCCAAGCRTGACH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PAX5(Paired,Homeobox),condensed/GM12878-PAX5-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer GTCACGCTCSCTGM 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PAX6(Paired,Homeobox)/Forebrain-Pax6-ChIP-Seq(GSE66961)/Homer NGTGTTCAVTSAAGCGKAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.6 6.48% +Pax7(Paired,Homeobox),longest/Myoblast-Pax7-ChIP-Seq(GSE25064)/Homer NTAATTDGCYAATTANNWWD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Pax7(Paired,Homeobox),long/Myoblast-Pax7-ChIP-Seq(GSE25064)/Homer TAATCHGATTAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Pax7(Paired,Homeobox)/Myoblast-Pax7-ChIP-Seq(GSE25064)/Homer TAATCAATTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Pax8(Paired,Homeobox)/Thyroid-Pax8-ChIP-Seq(GSE26938)/Homer GTCATGCHTGRCTGS 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PBX1(Homeobox)/MCF7-PBX1-ChIP-Seq(GSE28007)/Homer GSCTGTCACTCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PBX2(Homeobox)/K562-PBX2-ChIP-Seq(Encode)/Homer RTGATTKATRGN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 244.3 6.09% +Pbx3(Homeobox)/GM12878-PBX3-ChIP-Seq(GSE32465)/Homer SCTGTCAMTCAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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+Dorsal(RHD)/Embryo-dl-ChIP-Seq(GSE65441)/Homer GGGAAAAMCCCG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 265.2 6.62% +DREF/Drosophila-Promoters/Homer AVYTATCGATAD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +E-box/Drosophila-Promoters/Homer AACAGCTGTTHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Trl(Zf)/S2-GAGAfactor-ChIP-Seq(GSE40646)/Homer RGAGAGAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 426.7 10.65% +Unknown1(NR/Ini-like)/Drosophila-Promoters/Homer MYGGTCACACTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 266.4 6.65% +M1BP(Zf)/S2R+-M1BP-ChIP-Seq(GSE49842)/Homer CAGTGTGACCGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 305.5 7.62% +TATA-box/Drosophila-Promoters/Homer CTATAAAAGCSV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Unknown2/Drosophila-Promoters/Homer CATCMCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 304.6 7.60% +Unknown3/Drosophila-Promoters/Homer ACVAKCTGGCAGCGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Unknown4/Drosophila-Promoters/Homer AAAAATACCRMA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 287.7 7.18% +Unknown5/Drosophila-Promoters/Homer GCTGATAASV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 691.9 17.26% +Zelda(Zf)/Embryo-zld-ChIP-Seq(GSE65441)/Homer KBCTACCTGW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HOXA9(Homeobox)/HSC-Hoxa9-ChIP-Seq(GSE33509)/Homer GGCCATAAATCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 445.7 11.12% +HOXD13(Homeobox)/Chicken-Hoxd13-ChIP-Seq(GSE38910)/Homer NCYAATAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 531.0 13.25% +Tcf4(HMG)/Hct116-Tcf4-ChIP-Seq(SRA012054)/Homer ASATCAAAGGVA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 197.6 4.93% +ABF1(bZIP)/Arabidopsis-ABF1-ChIP-Seq(GSE80564)/Homer CACGTGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 26.0 0.65% +ABF2(bZIP)/col-ABF2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer KGMCACGTGDCMHHH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ABI5(bZIP)/col-ABI5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 26.0 0.65% +ABR1(AP2EREBP)/colamp-ABR1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAATGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 358.1 8.93% +Adof1(C2C2dof)/col-Adof1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NRWAAAGYDV 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1661.4 41.45% +AGL13(MADS)/col-AGL13-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWCCAWWTWTGGWAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AGL15(MADS)/col-AGL15-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTCCHWATWDGGAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 189.7 4.73% +AGL16(MADS)/col-AGL16-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWCCHWATWDGGAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 187.9 4.69% +AGL25(MADS)/colamp-AGL25-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTCCATWTWTGGAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AGL63(MADS)/col-AGL63-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCCAAWWWTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 625.7 15.61% +AGL6(MADS)/col-AGL6-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTWCCWWAWWDGGWA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AGL95(ND)/col-AGL95-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +AIL7(AP2EREBP)/colamp-AIL7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer KCACRAWTYYCGAGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 249.9 6.24% +ANAC004(NAC)/colamp-ANAC004-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WNCTTVYNNNRBAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC005(NAC)/col-ANAC005-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WVCTTVTWNHABAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC011(NAC)/col-ANAC011-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TDCTTGYRNNDCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC013(NAC)/col-ANAC013-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTGNNNNNCAAGNA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 236.8 5.91% +ANAC016(NAC)/col-ANAC016-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WNCTTGNNNNNCAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC017(NAC)/colamp-ANAC017-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TMCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ANAC020(NAC)/col-ANAC020-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DVCKTGHNNNDCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC028(NAC)/col-ANAC028-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WRCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +ANAC038(NAC)/col-ANAC038-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ACACGTWAYC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1031.7 25.74% +ANAC042(NAC)/col-ANAC042-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CGTNDHNDHNACGKY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 364.1 9.08% 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VAAAAAGTWA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1057.5 26.38% +AT2G28920(ND)/col-AT2G28920-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WAGATATTTWTW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 231.6 5.78% +AT2G31460(REMB3)/col-AT2G31460-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WNWARWDGAAATGAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 295.2 7.37% +AT2G33550(Trihelix)/colamp-AT2G33550-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTAAGGGCAYTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 646.5 16.13% +At2g33710(AP2EREBP)/colamp-At2g33710-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTKGCGGCKR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 946.5 23.61% +AT2G38300(G2like)/col-AT2G38300-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ADRGAATGTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 91.2 2.28% +AT2G40260(G2like)/colamp-AT2G40260-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WAAAYATTCTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 317.0 7.91% +At2g41835(C2H2)/col-At2g41835-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTGAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +At2g44940(AP2EREBP)/colamp-At2g44940-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NYACCGACAHNNNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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+bZIP68(bZIP)/col-bZIP68-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGCCACGTGK 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 26.0 0.65% +bZIP69(bZIP)/col-bZIP69-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GACAGCTGKCAW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +BZR1(BZR)/col-BZR1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNCRCACGTGCG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CAMTA1(CAMTA)/col-CAMTA1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWAACGCGTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 423.3 10.56% +CAMTA5(CAMTA)/col-CAMTA5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ACGCGTTTTANACRC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +CBF1(AP2EREBP)/colamp-CBF1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YRCCGACATN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 658.4 16.43% +CBF2(AP2EREBP)/colamp-CBF2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YBRCCGACATNNNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 643.5 16.05% +CBF3(AP2EREBP)/colamp-CBF3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YNRCCGACATNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 470.1 11.73% +CBF4(AP2EREBP)/colamp-CBF4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NRCCGACDWNNNNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 462.2 11.53% +CDF3(C2C2dof)/colamp-CDF3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAAAGTRM 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 279.5 6.97% +CDM1(C3H)/colamp-CDM1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGAWAWTWTCGGAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +CEJ1(AP2EREBP)/col-CEJ1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWTGTCGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 842.2 21.01% +COG1(C2C2dof)/col-COG1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DAAAAAGTGA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 509.5 12.71% +CRC(C2C2YABBY)/col-CRC-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWATSATA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 723.4 18.05% +CRF10(AP2EREBP)/col100-CRF10-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DCCGCCGYHA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 466.1 11.63% +CRF4(AP2EREBP)/colamp-CRF4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CGCCGCCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 244.0 6.09% +CUC1(NAC)/col-CUC1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TACTTGTNNNACAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +CUC2(NAC)/colamp-CUC2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TRCKTGTNNNWCAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +CUC3(NAC)/col-CUC3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TRCKTGWNNNACAMG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +DAG2(C2C2dof)/col-DAG2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWTTHACTTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 661.9 16.51% +DDF1(AP2EREBP)/col-DDF1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCCGACAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DDF2(AP2EREBP)/col-DDF2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GATGTCGRCR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DEAR2(AP2EREBP)/colamp-DEAR2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HCACCGACAWHD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1283.4 32.02% +DEAR3(AP2EREBP)/colamp-DEAR3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BCACCGACAWNNNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 164.2 4.10% +DEAR5(AP2EREBP)/col-DEAR5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NDWTGTCGGTGRWDN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DEL1(E2FDP)/colamp-DEL1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCCCGCCAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DEL2(E2FDP)/col-DEL2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTTTCSCGCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 861.0 21.48% +dof24(C2C2dof)/col-dof24-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWMCTTTTTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1534.3 38.28% +dof42(C2C2dof)/col-dof42-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAAAAGGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +dof43(C2C2dof)/colamp-dof43-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NAAAAAGTDA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 888.3 22.16% +dof45(C2C2dof)/col-dof45-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NVAWAAAGTN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1645.0 41.04% +DREB19(AP2EREBP)/colamp-DREB19-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AATGTCGGTK 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 135.9 3.39% +DREB26(AP2EREBP)/col-DREB26-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCACCGACAH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +DREB2(AP2EREBP)/col-DREB2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TMACCGACATWA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 134.1 3.34% +E2FA(E2FDP)/colamp-E2FA-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWTGGCGCCAWWWNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 523.0 13.05% +E-box/Arabidopsis-Promoters/Homer GCCACGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 26.0 0.65% +EIN3(EIL)/col-EIN3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ARATTCAATGWATYT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +EMB1789(C3H)/col-EMB1789-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWTTTACCGYND 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 523.9 13.07% +EPR1(MYBrelated)/colamp-EPR1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAATATCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 454.0 11.33% +ERF104(AP2EREBP)/col-ERF104-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ERF105(AP2EREBP)/colamp-ERF105-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGGCGGCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 580.3 14.48% +ERF10(AP2EREBP)/col-ERF10-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RTGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 197.4 4.93% +ERF115(AP2EREBP)/colamp-ERF115-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTKRCGGCGB 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 752.8 18.78% +ERF11(AP2EREBP)/col-ERF11-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RTGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 361.8 9.03% +ERF13(AP2EREBP)/colamp-ERF13-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TYAGCCGCCATT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 427.8 10.67% +ERF15(AP2EREBP)/colamp-ERF15-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WDHAGCMGCCAT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 409.1 10.21% +ERF1(AP2EREBP)/colamp-ERF1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGCGGCTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ERF2(AP2EREBP)/colamp-ERF2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGCGGCTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ERF38(AP2EREBP)/col-ERF38-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CACCGACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ERF3(AP2EREBP)/colamp-ERF3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 132.5 3.30% +ERF4(AP2EREBP)/colamp-ERF4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WDWTGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 620.5 15.48% +ERF5(AP2EREBP)/colamp-ERF5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DCMGCCGCCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ERF73(AP2EREBP)/col-ERF73-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGCCGCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ERF7(AP2EREBP)/col-ERF7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATGRCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1319.6 32.92% +ERF8(AP2EREBP)/colamp-ERF8-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CGCCGYCATW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 360.0 8.98% +ERF9(AP2EREBP)/colamp-ERF9-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AWATGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ESE1(AP2EREBP)/col-ESE1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 3.7 0.09% +ESE3(AP2EREBP)/col-ESE3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GACGGTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 213.5 5.33% +FAR1(FAR1)/col-FAR1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TKNNNYYCACGCGCY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 207.2 5.17% +FEA4(bZIP)/Corn-FEA4-ChIP-Seq(GSE61954)/Homer TGACGTCACS 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 269.0 6.71% +FHY3(FAR1)/Arabidopsis-FHY3-ChIP-Seq(GSE30711)/Homer HHCACGCGCBTN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 210.9 5.26% +FRS9(ND)/col-FRS9-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGAGAGAGAAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +FUS3(ABI3VP1)/col-FUS3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DNNWTNTGCATGKNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 285.3 7.12% +GAGA-repeat/Arabidopsis-Promoters/Homer CTCTCTCTCY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 13.0 0.32% +GATA11(C2C2gata)/col-GATA11-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DDHYYAGATCTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +GATA12(C2C2gata)/col-GATA12-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YAGATCTRAW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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DCAATWATTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +ATHB6(Homeobox)/Arabidopsis-HB6-ChIP-Seq(GSE80564)/Homer CAATNATTBN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 154.3 3.85% +HDG1(Homeobox)/col100-HDG1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DDYAATTAATGH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 260.8 6.51% +HDG7(HB)/col-HDG7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGCATTTAATGC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSF21(HSF)/col-HSF21-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTCTAGAAGMTTYW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSF3(HSF)/colamp-HSF3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NTTCTAGAAKCTTCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 142.0 3.54% +HSF6(HSF)/col-HSF6-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTYTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSF7(HSF)/colamp-HSF7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSFA1E(HSF)/col-HSFA1E-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTCTAGAAGCTTCTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +HSFA6A(HSF)/col-HSFA6A-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGAAGNTTCTAGAAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% 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+MYB33(MYB)/col-MYB33-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DDTYNGTTAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1277.8 31.88% +MYB39(MYB)/col-MYB39-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWAARKTAGGTGRAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB3(MYB)/Arabidopsis-MYB3-ChIP-Seq(GSE80564)/Homer GKTAGGTRGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 210.8 5.26% +MYB3R1(MYB)/col-MYB3R1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WWDTDACCGTTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 428.8 10.70% +MYB3R4(MYB)/col-MYB3R4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AWWTAACCGTTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 490.0 12.23% +MYB3R5(MYB)/col-MYB3R5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer THYAACGGTHAWAWT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 266.4 6.65% +MYB40(MYB)/col-MYB40-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGGTAGGTRARA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB41(MYB)/col-MYB41-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BYTYACCTAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB44(MYB)/colamp-MYB44-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CVGTTWWKTCNGTTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 177.3 4.42% +MYB49(MYB)/col-MYB49-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ARKTAGGTRR 1e0 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RACNGTTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1542.6 38.49% +MYB67(MYB)/col-MYB67-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YYYACCTAAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 371.1 9.26% +MYB70(MYB)/col-MYB70-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTAACNGTTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1789.7 44.65% +MYB73(MYB)/col-MYB73-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNNNHAACNGHHDHN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1405.3 35.06% +MYB74(MYB)/colamp-MYB74-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YYYACCTACCWH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB77(MYB)/col-MYB77-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NYAACBGYMC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1369.7 34.17% +MYB88(MYB)/col-MYB88-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HNACGCTCCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 507.6 12.66% +MYB92(MYB)/colamp-MYB92-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGTAGGTR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 102.3 2.55% +MYB93(MYB)/colamp-MYB93-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGTAGGTGRD 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 272.5 6.80% +MYB94(MYB)/col-MYB94-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGGTRGTTGGKA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +MYB96(MYB)/colamp-MYB96-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGGTRGTTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 682.3 17.02% +MYB98(MYB)/col-MYB98-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NWDCCGTTAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 172.7 4.31% +MYB99(MYB)/colamp-MYB99-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGTAGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 600.7 14.99% +NAC2(NAC)/colamp-NAC2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TDCTTGNNNNNCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +NAM(NAC)/col-NAM-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGTTRCGTRW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 283.9 7.08% +NAP(NAC)/col-NAP-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ARGTTACGTRTN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1.9 0.05% +NGA4(ABI3VP1)/col-NGA4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TKNTCAGGTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1053.7 26.29% +NLP7(RWPRK)/col-NLP7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGRCCYTTCR 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1175.5 29.33% +NST1(NAC)/colamp-NST1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WRCTTRWWNWWYAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 249.8 6.23% +NTM1(NAC)/col-NTM1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ACTTRTARAASAAGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 234.9 5.86% +NTM2(NAC)/col-NTM2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTRTNNNAYAAGBH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 259.1 6.46% +NUC(C2H2)/col-NUC-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HAVAAAACGACAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +O2(bZIP)/Corn-O2-ChIP-Seq(GSE63991)/Homer GCTGACGTGGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +OBP1(C2C2dof)/col-OBP1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NHHACTTTWT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1808.6 45.12% +OBP3(C2C2dof)/col-OBP3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NYWACTTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 1605.5 40.06% +OBP4(C2C2dof)/col-OBP4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTTHACTTTTTB 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 216.4 5.40% +PCF/Arabidopsis-Promoters/Homer NNWWWTGGGCYTDDN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PHV(HB)/col-PHV-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RTAATSATTA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 361.5 9.02% +PIF4(bHLH)/Seedling-PIF4-ChIP-Seq(GSE35315)/Homer NNBCACGTGN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PIF5ox(bHLH)/Arabidopsis-PIF5ox-ChIP-Seq(GSE35062)/Homer BCACGTGVDN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PIF7(bHLH)/col-PIF7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCACGTGGNH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PLT1(AP2EREBP)/colamp-PLT1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCACGAWTYCCGAGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PLT3(AP2EREBP)/col-PLT3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCACGNWTHYCGAGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PTF1(TCP)/colamp-PTF1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RDDGGGACCACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +PUCHI(AP2EREBP)/colamp-PUCHI-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GCGCCGTY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Rap210(AP2EREBP)/col-Rap210-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGTCGGCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 662.2 16.52% +RAP211(AP2EREBP)/colamp-RAP211-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RGCCGGCYWW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 388.7 9.70% +RAP212(AP2EREBP)/col-RAP212-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CGCCGCCATTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 128.7 3.21% +RAP21(AP2EREBP)/colamp-RAP21-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BCACCGACAHNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +RAP26(AP2EREBP)/colamp-RAP26-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HDATGGCGGCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 492.2 12.28% +RAV1(RAV)/colamp-RAV1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TWWTTTCTGTTG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 400.4 9.99% +REM16(ABI3VP1)/col-REM16-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DTTTTTSCCGSMAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +REM19(REM)/colamp-REM19-DAP-Seq(GSE60143)/Homer AAAAAAAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Replumless(BLH)/Arabidopsis-RPL.GFP-ChIP-Seq(GSE78727)/Homer HGTCWHATCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 170.0 4.24% +RRTF1(AP2EREBP)/colamp-RRTF1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGCCGCHATTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 229.4 5.72% +SEP3(MADS)/Arabidoposis-Flower-Sep3-ChIP-Seq/Homer CCAAAAAGGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 521.7 13.02% +SGR5(C2H2)/colamp-SGR5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTGTCTTTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 148.8 3.71% +SHN3(AP2EREBP)/col-SHN3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CCGCCGCC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +SMB(NAC)/colamp-SMB-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTVNNNNDBAAGHW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 413.5 10.32% +SND2(NAC)/colamp-SND2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTVWNNNWBAAGNW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +SND3(NAC)/col-SND3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTNHNNNDNAAGNH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 411.7 10.27% +SOC1(MADS)/Seedling-SOC1-ChIP-Seq(GSE45846)/Homer TWCCAWWTWTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 291.5 7.27% +SPCH(bHLH)/Seedling-SPCH-ChIP-Seq(GSE57497)/Homer WNBCACGTGA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 145.1 3.62% +SPL11(SBP)/col100-SPL11-DAP-Seq(GSE60143)/Homer YTGTACTTBH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +SPL3(SBP)/colamp-SPL3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WDTTGTACGGAH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 184.7 4.61% +SPL9(SBP)/colamp-SPL9-DAP-Seq(GSE60143)/Homer BTGTACTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 726.4 18.12% +SRS7(SRS)/colamp-SRS7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer HATAGGTTTH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 531.5 13.26% +STOP1(C2H2)/colamp-STOP1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DTATCTGGKGRAGGT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +SVP(MADS)/col-SVP-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ANTTWCCHAATTTGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 272.2 6.79% +TCP16(TCP)/colamp-TCP16-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GTGGDCCYNNNNNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TCP17(TCP)/col-TCP17-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GTGGTCCCCA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TCP1(TCP)/col-TCP1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGGGGCCCMMCN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TCP20(TCP)/col-TCP20-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GGDCCCAC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TCP3(TCP)/colamp-TCP3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WGTGGTCCCAAHWWW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TCP7(TCP)/col-TCP7-DAP-Seq(GSE60143)/Homer GTGGGSCCCACHHNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TF3A(C2H2)/col-TF3A-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNDDGAGGAGGWNNN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 393.2 9.81% +TGA10(bZIP)/colamp-TGA10-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ATGACGTC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 126.3 3.15% +TGA1(bZIP)/colamp-TGA1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGACGTCAKC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TGA2(bZIP)/colamp-TGA2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer ACGTCAYCHH 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 460.1 11.48% +TGA3(bZIP)/colamp-TGA3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WTGATGACGTCATCW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TGA4(bZIP)/colamp-TGA4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RTGACGTCAKCW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 267.1 6.66% +TGA5(bZIP)/col-TGA5-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNGATGACGTCATCN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TGA6(bZIP)/colamp-TGA6-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TGACGTCABC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TGA9(bZIP)/colamp-TGA9-DAP-Seq(GSE60143)/Homer VTGACGTC 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 608.3 15.18% +TINY(AP2EREBP)/col-TINY-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NNCACCGACA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TRP2(MYBrelated)/colamp-TRP2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TAAACCCT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +TSO1(CPP)/col-TSO1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer RAATTTRAAW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Unknown2/Arabidopsis-Promoters/Homer AAACGACGTCGTTTT 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +Unknown3/Arabidopsis-Promoters/Homer AYTAAACCGG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 111.9 2.79% +Unknown4/Arabidopsis-Promoters/Homer CKTCKTCTTY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 152.7 3.81% +Unknown1/Arabidopsis-Promoters/Homer RGGGTAWWWTHGTAA 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +VIP1(bZIP)/col-VIP1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer NTTGACAGCTGTCAN 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 0.0 0.00% +VND1(NAC)/col-VND1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer CTTRWDNHWYAAGYW 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 249.8 6.23% +VND2(NAC)/col-VND2-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DNCKTNNNNNNNAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 411.7 10.27% +VND3(NAC)/colamp-VND3-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TRCTTGWDNHWCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 249.8 6.23% +VND4(NAC)/colamp-VND4-DAP-Seq(GSE60143)/Homer WRCTTGWANWWCAAG 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 24.2 0.60% +VND6(NAC)/col-VND6-DAP-Seq(GSE60143)/Homer DCTTNHTTTTYAMGY 1e0 0.000e+00 1.0000 0.0 0.00% 411.7 10.27% +VRN1(ABI3VP1)/col-VRN1-DAP-Seq(GSE60143)/Homer TTTTTTTTTT 1e0 0.000e+00 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/all_fasta.loc.sample Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,18 @@ +#This file lists the locations and dbkeys of all the fasta files +#under the "genome" directory (a directory that contains a directory +#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file +#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are +#TAB characters): +# +#<unique_build_id> <dbkey> <display_name> <file_path> +# +#So, all_fasta.loc could look something like this: +# +#apiMel3 apiMel3 Honeybee (Apis mellifera): apiMel3 /path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /path/to/genome/hg19/hg19canon.fa +#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /path/to/genome/hg19/hg19full.fa +# +#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual +#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build, +#such as with hg19 above. +#
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/homer_preparse.loc.sample Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,25 @@ +# homer_preparse.loc.sample +# This is a *.loc.sample file distributed with Galaxy that enables tools +# to use a directory of indexed data files. This one is for Homer preparsed genomes. +# The file should include an one line entry for each index set. +# The path points to the "directory" for the set, not a specific file. +# It has six text columns seperated by TABS. +# +# <unique_preparse_id> <dbkey> <mask> <size> <display_name> <directory_path> <path_fasta> <version> +# +# So, for example, if you had phiX174 preparsed with 200bp stored in: +# +# /tmp/phix_200 +# +# containing phiX174.fasta.200.* files, such as: +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 83K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.cgbins +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 249K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.cgfreq +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 83K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.gcbins +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 169K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.pos +# -rw-r--r-- 1 ldelisle ldelisle 955K Jul 9 10:14 phiX174.fasta.200.seq +# +# then the homer_preparse.loc entry could look like this: +# +# phiX174_200 phiX174 False 200 phiX174 (200bp) /tmp/phix_200 /tmp/phiX174.fasta 4.11 +# +#
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,12 @@ +<tables> + <!-- Locations of all fasta files under genome directory --> + <table name="all_fasta" comment_char="#"> + <columns>value, dbkey, name, path</columns> + <file path="tool-data/all_fasta.loc" /> + </table> + <!-- Locations of preparsed genomes --> + <table name="homer_preparse" comment_char="#"> + <columns>value, dbkey, mask, size, name, path, path_fasta, version</columns> + <file path="tool-data/homer_preparse.loc" /> + </table> +</tables>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.test Sun Aug 08 11:04:17 2021 +0000 @@ -0,0 +1,12 @@ +<tables> + <!-- Locations of preparsed genomes --> + <table name="homer_preparse" comment_char="#"> + <columns>value, dbkey, mask, size, name, path, path_fasta, version</columns> + <file path="${__HERE__}/test-data/homer_preparse.loc" /> + </table> + <!-- Locations of all fasta files under genome directory --> + <table name="all_fasta" comment_char="#"> + <columns>value, dbkey, name, path</columns> + <file path="${__HERE__}/test-data/all_fasta.loc" /> + </table> +</tables>