# HG changeset patch # User iuc # Date 1621272579 0 # Node ID 1d4f065fa0efe7b87d7f29c91f8a49e31ee05ccd # Parent 30fc9f2bcbe415ffa37b8ec06a4a1e58f4a1f323 "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tools/irissv/ commit e3ffd8ae7c25536658ff3ee76389f0c2a9894b4c" diff -r 30fc9f2bcbe4 -r 1d4f065fa0ef irissv.xml --- a/irissv.xml Tue Jan 19 20:30:21 2021 +0000 +++ b/irissv.xml Mon May 17 17:29:39 2021 +0000 @@ -1,5 +1,5 @@ - + Refine insertion sequences macros.xml @@ -12,7 +12,7 @@ @REF_FASTA@ iris - genome_in=reference.fa + genome_in=reference vcf_in='${in_vcf}' reads_in='${in_bam}' vcf_out='${out_vcf}' @@ -74,7 +74,7 @@ - + diff -r 30fc9f2bcbe4 -r 1d4f065fa0ef macros.xml --- a/macros.xml Tue Jan 19 20:30:21 2021 +0000 +++ b/macros.xml Mon May 17 17:29:39 2021 +0000 @@ -1,7 +1,7 @@ 1.0.4 - 18.01 + 20.01 samtools @@ -29,9 +29,16 @@ reference && + #else: + ln -sf '$reference' reference && #end if ]]> @@ -51,7 +58,7 @@ - + diff -r 30fc9f2bcbe4 -r 1d4f065fa0ef test-data/all_fasta.loc --- a/test-data/all_fasta.loc Tue Jan 19 20:30:21 2021 +0000 +++ b/test-data/all_fasta.loc Mon May 17 17:29:39 2021 +0000 @@ -16,4 +16,4 @@ #fasta file. So there will be multiple fasta files for each build, #such as with hg19 above. # -iris iris iris ${__HERE__}/genome.fa \ No newline at end of file +iris iris iris ${__HERE__}/genome.fa.gz diff -r 30fc9f2bcbe4 -r 1d4f065fa0ef test-data/genome.fa --- a/test-data/genome.fa Tue Jan 19 20:30:21 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1583 +0,0 @@ ->chr1 -AATATGCCCATATTACAGATAAGAAAATTAAAAATTAAGGCTTACAGAGTTTATTACATGCTTATAGATG -GACCTAGGGTAATGTTGGATACTTAGAGTGGGATCACATTAAAGCCTCTACAGCAGTGGTCCCCAACCTT -TTTGGCACCAGGGACCGGTTTTGTGGAAGATAATTTTTCCACAGACGGGGGTGGAAGTGTATGGTTTCGG -GATGAAACCGTTCCATCTCAGATCATCAGACATTAGTTAGATTCTCATAAGGAGCGGGCAACCTAGATCC -CTCACATGTGCAGTTCACAATAGGATTCATGCTGGTATGAGAATCTGATGCCGCCACTGATCTGACAGAT -GCTCGCCTGTTGCTCACCTCCTCCTGTGTGGCCTGGTTCCTAATAGGCCATGGACAGTACCGGTCTCTGG -CCCAGGGGTGGGGCCCCCTGCTCTACAGCATTCTACTTCATCGGTAAAATCTTTGAAAATGTCTTCTAGA -AATATTTTTAAGGTCACTTTACCTTTTGATCATTGAATATTGGGTCAATTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTT 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