Mercurial > repos > iuc > ivar_removereads
view test-data/zika/Z52_a.tsv @ 13:6a1515bb0687 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/ivar/ commit 3839802e0a790cb519cffdc2d8a6b92d73e4c9ef
| author | iuc |
|---|---|
| date | Sat, 25 Mar 2023 12:52:38 +0000 |
| parents | 8c05afb547fa |
| children |
line wrap: on
line source
REGION POS REF ALT REF_DP REF_RV REF_QUAL ALT_DP ALT_RV ALT_QUAL ALT_FREQ TOTAL_DP PVAL PASS GFF_FEATURE REF_CODON REF_AA ALT_CODON ALT_AA POS_AA PRV 350 A T 101 101 36 5 5 35 0.0471698 106 0.0304989 FALSE NA NA NA NA NA NA PRV 722 C +A 280 234 36 9 0 20 0.0319149 282 0.0349042 FALSE NA NA NA NA NA NA PRV 1682 C T 1097 984 37 34 33 37 0.0300088 1133 7.79053e-10 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 1965 T G 302 113 37 63 25 37 0.172603 365 4.41891e-21 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 2702 A G 31 31 36 1 1 23 0.03125 32 0.507937 FALSE NA NA NA NA NA NA PRV 2781 T G 354 70 37 48 8 36 0.117647 408 4.33605e-16 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 2922 C T 264 0 36 11 0 36 0.04 275 0.000440953 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 3148 Y T 0 0 0 1324 264 36 0.77563 1707 0 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 3148 Y C 0 0 0 381 75 36 0.223199 1707 0 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 3295 A G 1002 1002 35 38 38 33 0.0365385 1040 4.30837e-11 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 5680 C T 27 10 44 8 3 46 0.228571 35 0.000596701 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 5723 T G 31 31 35 1 1 21 0.03125 32 0.507937 FALSE NA NA NA NA NA NA PRV 6201 A G 10 0 35 2 0 38 0.166667 12 0.26087 FALSE NA NA NA NA NA NA PRV 6211 T C 8 0 36 1 0 35 0.111111 9 0.5 FALSE NA NA NA NA NA NA PRV 7916 C T 351 289 36 81 78 37 0.1875 432 5.39655e-27 TRUE NA NA NA NA NA NA PRV 9713 C T 374 0 37 13 0 35 0.0335917 387 0.00010474 TRUE NA NA NA NA NA NA