# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1501920148 14400
# Node ID 59a4c97b85d69791f758ff3a87d50bbe4ea08a39

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/kallisto/ commit 3b54163c4f7daff76fcc589c4a9057bb03904380

diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 kallisto_quant.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/kallisto_quant.xml	Sat Aug 05 04:02:28 2017 -0400
@@ -0,0 +1,197 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="kallisto_quant" name="Kallisto quant" version="@VERSION@.0">
+    <description>- quantify abundances of RNA-Seq transcripts</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements" />
+    <command detect_errors="exit_code">
+        <![CDATA[
+        #if $reference_genome.reference_genome_source == "history":
+            ln -s '$reference_genome.reference' reference.fa &&
+            kallisto index reference.fa -i reference.kallisto &&
+            #set index_path = 'reference.kallisto'
+        #else:
+            #set index_path = $reference_genome.index.fields.path
+        #end if
+        kallisto quant -i '$index_path'
+            $bias --bootstrap-samples $bootstrap_samples --seed $seed $fusion $pseudobam
+            #if $pseudobam:
+                -o .
+            #else:
+                --threads \${GALAXY_SLOTS:-1}
+                -o .
+            #end if
+            #if str($single_paired.single_paired_selector) == 'single':
+                --single
+                #set $single_reads = "' '".join(str($single_paired.reads).split(','))
+                --fragment-length $single_paired.fragment_length
+                --sd $single_paired.sd
+                '$single_reads'
+            #else:
+                #if str($single_paired.collection.collection_selector) == 'datasets':
+                    #set $forward_reads = str($single_paired.collection.forward).split(',')
+                    #set $reverse_reads = str($single_paired.collection.reverse).split(',')
+                #else:
+                    #set $forward_reads = [str($read.forward) for $read in $single_paired.collection.reads]
+                    #set $reverse_reads = [str($read.reverse) for $read in $single_paired.collection.reads]
+                #end if
+                #set $tuplexed_reads = zip($forward_reads, $reverse_reads)
+                #set $multiplexed_reads = []
+                #for read_pair in $tuplexed_reads:
+                    ${multiplexed_reads.extend([read for read in read_pair])}
+                #end for
+                #set $reads = "' '".join($multiplexed_reads)
+                '$reads'
+            #end if
+            #if $pseudobam:
+                | samtools sort -O bam -@ \${GALAXY_SLOTS:-1} -o '$pseudobam_output' -
+            #end if
+            && cat run_info.json
+        ]]>
+    </command>
+    <inputs>
+        <conditional name="reference_genome">
+            <param name="reference_genome_source" type="select" label="Reference genome for quantification">
+                <option value="indexed" selected="true">Use a built-in genome</option>
+                <option value="history">Use a genome from history</option>
+            </param>
+            <when value="indexed">
+                <param name="index" type="select" label="Select a reference genome" help="If your genome of interest is not listed, contact your Galaxy administrator">
+                    <options from_data_table="kallisto_indexes">
+                        <filter type="sort_by" column="2" />
+                        <validator type="no_options" message="No genomes are available for the selected input dataset" />
+                    </options>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="history">
+                <param name="reference" type="data" format="fasta" label="FASTA reference genome" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <conditional name="single_paired">
+            <param name="single_paired_selector" type="select" label="Single-end or paired reads">
+                <option value="single" selected="true">Single-end</option>
+                <option value="paired">Paired</option>
+            </param>
+            <when value="single">
+                <param name="reads" type="data" format="fastq" multiple="True" label="Reads in FASTQ format" />
+                <param name="fragment_length" argument="--fragment-length" type="integer" value="200" label="Average fragment length" help="Illumina typically produces reads of 180-200bp" />
+                <param argument="--sd" type="integer" value="20" label="Estimated standard deviation of fragment length" />
+            </when>
+            <when value="paired">
+                <conditional name="collection">
+                    <param name="collection_selector" type="select" label="Collection or individual datasets">
+                        <option value="datasets" selected="true">Individual files</option>
+                        <option value="collection">Pair or list of pairs</option>
+                    </param>
+                    <when value="datasets">
+                        <param name="forward" type="data" format="fastq" multiple="True" label="Forward reads" />
+                        <param name="reverse" type="data" format="fastq" multiple="True" label="Reverse reads" />
+                    </when>
+                    <when value="collection">
+                        <param name="reads" type="data_collection" format="fastq" collection_type="list:paired" label="Collection of reads" />
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+        </conditional>
+        <param argument="--bias" type="boolean" truevalue="--bias" falsevalue="" label="Perform sequence based bias correction" />
+        <param name="bootstrap_samples" argument="--bootstrap-samples" type="integer" value="0" label="Number of bootstrap samples" help="default: 0" />
+        <param argument="--seed" type="integer" value="42" label="Seed for the bootstrap sampling" help="default: 42" />
+        <param argument="--fusion" type="boolean" truevalue="--fusion" falsevalue="" label="Search for fusions" help="for Pizzly" />
+        <param argument="--pseudobam" type="boolean" truevalue="--pseudobam" falsevalue="" label="Output pseudoalignments in BAM format" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="h5" name="abundance_h5" from_work_dir="abundance.h5" label="${tool.name} on ${on_string}: Abundances (HDF5)" />
+        <data format="tabular" name="abundance_tab" from_work_dir="abundance.tsv" label="${tool.name} on ${on_string}: Abundances (tabular)" />
+        <data format="bam" name="pseudobam_output" label="${tool.name} on ${on_string}: Pseudoalignments">
+            <filter>pseudobam</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="reference_genome_source" value="history" />
+            <param name="reference" ftype="fasta" value="mm10_chrM.fa" />
+            <param name="single_paired_selector" value="paired" />
+            <param name="collection_selector" value="datasets" />
+            <param name="forward" ftype="fastq" value="mm10_chrM-1.f.fq,mm10_chrM-2.f.fq,mm10_chrM-3.f.fq,mm10_chrM-4.f.fq,mm10_chrM-5.f.fq" />
+            <param name="reverse" ftype="fastq" value="mm10_chrM-1.r.fq,mm10_chrM-2.r.fq,mm10_chrM-3.r.fq,mm10_chrM-4.r.fq,mm10_chrM-5.r.fq" />
+            <output name="abundance_tab" file="kallisto_quant_out1.tab" ftype="tabular" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reference_genome_source" value="history" />
+            <param name="reference" ftype="fasta" value="mm10_chrM.fa" />
+            <param name="single_paired_selector" value="paired" />
+            <param name="collection_selector" value="collection" />
+            <param name="reads">
+                <collection type="list:paired">
+                    <element name="p1">
+                        <collection type="paired">
+                            <element name="forward" value="mm10_chrM-1.f.fq" />
+                            <element name="reverse" value="mm10_chrM-1.r.fq" />
+                        </collection>
+                    </element>
+                    <element name="p2">
+                        <collection type="paired">
+                            <element name="forward" value="mm10_chrM-2.f.fq" />
+                            <element name="reverse" value="mm10_chrM-2.r.fq" />
+                        </collection>
+                    </element>
+                    <element name="p3">
+                        <collection type="paired">
+                            <element name="forward" value="mm10_chrM-3.f.fq" />
+                            <element name="reverse" value="mm10_chrM-3.r.fq" />
+                        </collection>
+                    </element>
+                    <element name="p4">
+                        <collection type="paired">
+                            <element name="forward" value="mm10_chrM-4.f.fq" />
+                            <element name="reverse" value="mm10_chrM-4.r.fq" />
+                        </collection>
+                    </element>
+                    <element name="p5">
+                        <collection type="paired">
+                            <element name="forward" value="mm10_chrM-5.f.fq" />
+                            <element name="reverse" value="mm10_chrM-5.r.fq" />
+                        </collection>
+                    </element>
+                </collection>
+            </param>
+            <output name="abundance_tab" file="kallisto_quant_out2.tab" ftype="tabular" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reference_genome_source" value="history" />
+            <param name="reference" ftype="fasta" value="mm10_chrM.fa" />
+            <param name="single_paired_selector" value="single" />
+            <param name="collection_selector" value="collection" />
+            <param name="reads" ftype="fastq" value="mm10_chrM-1.f.fq,mm10_chrM-2.f.fq,mm10_chrM-3.f.fq,mm10_chrM-4.f.fq,mm10_chrM-5.f.fq" />
+            <output name="abundance_tab" file="kallisto_quant_out3.tab" ftype="tabular" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reference_genome_source" value="history" />
+            <param name="reference" ftype="fasta" value="felCat8_chrM.fa" />
+            <param name="single_paired_selector" value="paired" />
+            <param name="collection_selector" value="datasets" />
+            <param name="pseudobam" value="true" />
+            <param name="forward" ftype="fastq" value="felCat8_chrM_F.fq" />
+            <param name="reverse" ftype="fastq" value="felCat8_chrM_R.fq" />
+            <output name="abundance_tab" file="kallisto_quant_out4.tab" ftype="tabular" />
+            <output name="pseudobam_output" file="kallisto_quant_out4.bam" ftype="bam" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reference_genome_source" value="cached" />
+            <param name="single_paired_selector" value="paired" />
+            <param name="collection_selector" value="datasets" />
+            <param name="pseudobam" value="true" />
+            <param name="forward" ftype="fastq" dbkey="sacCer2" value="sacCer2_chrM_F.fq" />
+            <param name="reverse" ftype="fastq" dbkey="sacCer2" value="sacCer2_chrM_R.fq" />
+            <output name="abundance_tab" file="kallisto_quant_out5.tab" ftype="tabular" />
+            <output name="pseudobam_output" file="kallisto_quant_out5.bam" ftype="bam" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+ <![CDATA[
+ kallisto is a program for quantifying abundances of transcripts from RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput sequencing reads. It is based on the novel idea of pseudoalignment for rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need for alignment. On benchmarks with standard RNA-Seq data, kallisto can quantify 30 million human reads in less than 3 minutes on a Mac desktop computer using only the read sequences and a transcriptome index that itself takes less than 10 minutes to build. Pseudoalignment of reads preserves the key information needed for quantification, and kallisto is therefore not only fast, but also as accurate as existing quantification tools. In fact, because the pseudoalignment procedure is robust to errors in the reads, in many benchmarks kallisto significantly outperforms existing tools.
+ ]]>
+     </help>
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Sat Aug 05 04:02:28 2017 -0400
@@ -0,0 +1,15 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<macros>
+    <token name="@VERSION@">0.43.1</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@VERSION@">kallisto</requirement>
+            <requirement type="package" version="1.5">samtools</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">doi:10.1038/nbt.3519</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+</macros>
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 test-data/cached_locally/kallisto_indexes.loc
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cached_locally/kallisto_indexes.loc	Sat Aug 05 04:02:28 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+sacCer2_chrX	sacCer2	S. cerevisiae Chromosome X (sacCer2_chrX)	${__HERE__}/sacCer2_chrX.kallistei
diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 test-data/cached_locally/sacCer2_chrX.kallistei
Binary file test-data/cached_locally/sacCer2_chrX.kallistei has changed
diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 test-data/felCat8_chrM.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/felCat8_chrM.fa	Sat Aug 05 04:02:28 2017 -0400
@@ -0,0 +1,342 @@
+>chrM
+GGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCA
+TTTGGTATTTTTTATTTTTAGGGGGTCGAACTTGCTATGACTCAGCTATG
+ACCTAAAGGTCCTGACTCAGTCAAATATATTGTTGCTGGGCTTATTCTCT
+ATGCGGGGTCTCCACACGCACAGACAGTCAGGGTGCTATTCAGTCAATGG
+TCACAGGACATATACTTAAATTCCTATTGTTCCACAGGACACGGGATGCG
+CGCACCCACGTTTGCGTGCACACGTGTACACGTACACACGTACACACGTA
+CACACGTACACACGTACACACGTACACACGTACACACGTACACACGTACA
+CACGTACACACGTACACACGTACACACGTACACACGTACACACGTACACA
+CGTACACACGTACACACGTGTACACGTACACACGTACACACGTGTACACG
+TACACACGTACACACGTACACACGTGTACACGTACACACGTACACACGTA
+CACACGTACACACGTACACACGTGTACACGTACACACGTACACACGTACA
+CACGTACACACGTATACACGCGAACGCTTTAATTTAAGTAAATAACTAGC
+TTAATCAAACCCCCCTTACCCCCCGTTAACCTTATTTATAATAATACGTG
+CCTATTTATGTCTTGCCAAACCCCACAAACAAGACTAGACCGTACCTAAA
+TATAAGGCCTAAGAAAACGCTTATAAGCTTACCAATCCCCTATTATTACT
+AGCTACTAATACTAAATCATAACTCTGTTCGCAGTTATCTATAGATATAC
+CGACCTGACTCTAATTCGTCCCTATCGAACAACATTTTACATGTCTACGT
+TAGCCCCACATCCCAGTTAATGTAGCTTAAACATATAAAGCAAGGCACTG
+AAAATGCCTAGATGAGTCGCCAGACTCCATAAACACAAAGGTTTGGTCCT
+GGCCTTTCCATTAGTTATTAATAAGATTACACATGCAAGCCTCCGCATCC
+CGGTGAAAATGCCCTCTAAGTCACCCAGTGACCTAAAGGAGCTGGTATCA
+AGCACACAACCACAGTAGCTCATAACACCTTGCTCAGCCACACCCCCACG
+GGATACAGCAGTGATAAAAATTAAGCCATGAATGAAAGTTCGACTAAGCT
+ATATTAAACAAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGCCATACGA
+TTAACCCAAACTAATAGACCCACGGCGTAAAGCGTGTTACAGAGAAAAAA
+ATATACTAAAGTTAAATTTTAACTAGGCCGTAGAAAGCTACAGTTAACAT
+AAAAATACAGCACGAAAGTAACTTTAACACCTCCGACTACACGACAGCTA
+AGACCCAAACTGGGATTAGATACCCTACTATGCTTAGCCCTAAACTTAGA
+TAGTTACCCTAAACAAAACTATCCGCCAGAGAACTACTAGCAATAGCTTA
+AAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTC
+TATAATCGATAAACCCCGATATACCTCACCATCTCTTGCTAATTCAGCCT
+ATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAAGAAAAGTAAGCACAA
+GTATCTTAACATAAAAAAGTTAGGTCAAGGTGTAGCTCATGAGATGGGAA
+GCAATGGGCTACATTTTCTAAAATTAGAACACCCACGAAGATCCTTACGA
+AACTAAGTATTAAAGGAGGATTTAGTAGTAAATTTGAGAATAGAGAGCTC
+AATTGAATCGGGCCATGAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAA
+GTGGTAACTCCCAAAAAAACCTATTTAAATTATCACACCCACAAGAGGAG
+ATAAGTCGTAACAAGGTAAGCATACTGGAAAGTGTGCTTGGATAACAAGA
+TGTAGCTTAAACAAAGCATCTGGCTTACACCCAGAAGATTTCATATTAAA
+CTGACCATCTTGAGCTAAAGCTAGCCCAAACATCTACAAACACAACTAAC
+ACTAGAAAATAAAACAAAACATTTAGTCACCTTATAAAAGTATAGGAGAT
+AGAAATTTAACTTGGCGCTATAGAGAAAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAA
+GATAAAATTAAAAGCACCACACAGCAAAGATTACCCCTTGTACCTTTTGC
+ATAATGAGTTAGCTAGAACAACCTAACAAAGAGAACTTCAGCTAGGCCCC
+CCGAAACCAGACGAGCTACCCATGAACAATCTATTACAGGATGAACTCGT
+CTATGTTGCAAAATAGTGAGAAGATTTGTGGGTAGAGGTGAAAAGCCTAA
+CGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGCCCAGAACAGAATCTTAGTTCAACTTTA
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Binary file test-data/kallisto_quant_out4.bam has changed
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Binary file test-data/kallisto_quant_out5.bam has changed
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++
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+@chrXV_1059215_1059682_4:0:0_3:0:0_c/2
+CGATCATAGAACTAACTAAGTTCATATCCTGTATAGGATTTAAAACAATGCACCGTAAGTTCAAATGCACCCCCCCTCGGCCCGCAGCGGACCCTTGAACAGAGAACTGTTTCGAGGTTCACCCAATTGGATCACTTGTATAATTTGTAATCGAGTTCGGATAAGATGTATACGAATCTAACTGTGTGCAGTATAATTAG
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXV_327632_328099_5:0:0_2:2:0_d/2
+CTCTAAAACTTCGCGAAAATTTACATATTCTGAACGAAGTGTTTACGAACCCTTCAATTGTGAACGTTTTTCACGGTGCATTCATGGATATTAATTGGCTTCAGCGAGATTTAGGTTTGTATGTCGTTGGTCTCTTCTATACTTACCATGCGTCTAAATCAATCGGTCTTCCTAGACATAGTTTGGCCTATCTTTAGGAG
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXV_363464_363905_2:0:0_7:0:0_e/2
+AATTACATAATGTCGAAAGTTGTGAGTGAATACATTAAAGTAGTAAAACTTCACCTATAACATTAGATTTCCCAACTCTGACTACTGTCTTCTCGATATGGAACTTGTTACTCCATTCTAATAGTTTTCTTCGAAGGGCACCTTTTTTAGCCTATGCGCGCAGTTTAGTTTGCAGTCGGGTAGGGCCAAAATTATAATAT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXV_309242_309769_3:0:0_5:0:0_f/2
+TACTTCATGACAAAATATAATTTTCCAGCTCAAAAATGTTTGTTTTTTTATGTAGAGACTATTTTCAAACTATCTTTGTTAAATTACTCATCACCATCGTTGAAATCCCGATTAATCCAACTTGGCCATGCTAACTCCTTTCTTAAAAAATCTTTGAATATCGTAAACAAAAACTGTTCTAGTTCTCCACCACTTCTTAA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXV_761786_762246_3:1:0_2:0:0_10/2
+CTCGGTCATGTAGGAGGAGGAAGCGATGTCAGACCCACACCGGAAGGTCTTGAACTTAACGTTCTCGATAATACCCGATTTATCATTCACCTGTATTTGTAGTTTTATCACATCTCCACACGCAGGGGCGCCCACGATTCCTGTGCCGACATTAGCTAAGGACTTAACCATGGACCCAACGTTTCTTGGGTTTGTGTAGT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXV_1059149_1059680_2:0:0_1:0:0_11/2
+CAAACAAAAACACCCAAAATTACATTACTTAGAATGACCCTCAAGAGCAGGGTGCAATTTATCAAGCGATCATTGAACTAACTAAGTTCATATCCTGTATAGGCTTTAAAACAATGCACCCTAAGTTCAAATGCACCCCCCCTCGCCCCGCAGCGGACCCTTGAACAGAGAACTGTTTCGAGGTTCACCCAATTGGATCA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_889501_889988_11:0:0_5:0:0_0/2
+TGGAATTTATTTCGTCCAGAATAGTATATTCCTTCCACAAGAACCATGCAACCTGGGACGTAGTAATGTCGTTGTGTAGGGATAGTTTGGGAAATGTCAATTTCGACAGATCCAGACGGATCTTCCAGTGACCAATTGCCCTTAAAGTTCTTATTTAAGAGCCCCAATAGTAGAAAGTTTTGAGCATCCCTACCTAGTAG
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_401813_402387_4:0:0_6:0:0_1/2
+TATTGACTCTACTGATAGCATTCTTATCAATAAAGGATGATTCTACTAAAAACTGGTTAAACGGCAAGGTATTCCGTCTAGTTTTTCAGAATATTTTACTGGAGCAAAACCCGGAACTATTGGAACTGTCTTTAGATGTTTATGTTGCGTTATTGGAGCATTATAAAGTTAAGCATACCTAAAAAACTTTAGATCATGTT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_174529_175059_1:1:0_2:0:0_2/2
+TCATCACTGTTGGTGCACACTTCAAGCAAGCTAACAACTTTTTGTGGCCATTCAAGTTGTCCAACCCATCTGGTGGTTGGGGTGTCCCAAGAAAGTTCAAGCATTTCCTCCAAGGTGGTTCTTTCGGTAACCGTGAAGAATTCATCAATAAATTGGTTAAGGCTATGAACTAACATTATTCCGTGTGGCAATAATCTCAA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_286197_286773_3:0:0_1:0:0_3/2
+AATTCTCGCAAACACGTCACAAGAAACACATTAATGCAAAATGTGGCACAGTCAAAAAACTGCGAAAATGTGTAAAAGATGAAAAGAACCGTGATCAGCACCAGCAGTGTACCAGATTTTGTGATCTGATTTATTATAGATTTACTCGATGACCTGAACTTGAATTATATTTAAATCGATGAAGGGGTTGAAACAGGTGT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_763341_763881_3:0:0_5:0:0_4/2
+AAGCTGCCAGCACCATGCGCGCTTCATACTGTTTATGTTCCTTTTGTCAGCTCTGCCCAAAGAAGCCCCTATAATTACGCCAATACAATATATGGTTTGCACATCATTCGTACAATTAATTCAGTCAAAACATATTTCAATATTAGGTCAATGGTTACATCTTCTTCATCTGCCAGAATAACATGGGGGAAATCTCTGCA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_752128_752641_3:0:0_2:0:0_5/2
+TCTCGAGTATTTTTCACTTTTAGTATATAAGTAAAACATAAAAAACATGAGAGGTGGTATGGTTTATTTGCCGTCACTGTGGAGCCTTCAAGTAATGTAAATAAGAGGGAAAGTGTGATAGTACAAGATGAGTTCGAATTCAACACCAGAAAATGTTACTGCAGCACACGTTCTGTGGTATATTCCCAATAAGATCGGTT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_389175_389686_2:0:0_4:0:0_6/2
+TACCAACCGGTTGTGAGGTATATTGCACCTGATAAGATTGTTGATAGTTGGGTGCGTATCTAGAGGCGTGTTCATTCTGGTTTGGTGTATACGAACTAATAGAGCTTGTATGGCCTCTATGGGTCTTTACAAAATTGGGGGTATTTACGGCCGAAGCGGCAAGGTTTTGCACAACTGATGGATATTGCTTCTGCTGAACT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_680224_680728_0:0:0_3:0:0_7/2
+GAGGAATGTTTTGGTTTGGTATATGAGGAATGTGATGATGCGTAGGGGTAGTTGTGGACAATCGATTGTTCCTGGTGTGAGACAGTGGTTTGACAATATAAGTTGTTCCCATCTGCTTTAGCTGCTGGTACTGATCCAGTTGAAAATCTTGCAGAGAAGGTAATAGAGGGGGAGGAAAATATTGATTTGAATTGTTGATA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_216257_216697_2:0:0_4:0:0_8/2
+ATTCCAGTTGCGATCATTTCATCTCGAGGAGTGATGACTAGAGAACATCCGATCTACACAGTAGAAGACAAATTCGATTTCATCAAAGATAAACTAAGAGACAAAAAGAAGGGAGAGGTACTTTCTGAGATAATGCTATATCTTGTCGAAAAATCACTCGATCTCATTGACGATCCATTCATCCCATTCAGCATATCGAA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_912895_913350_7:0:0_5:0:0_9/2
+ATAACCATTTAGCGTGGAAAGGACTTTTTCTCTTATTTAGAACCACTGAGGTTGTCCCAGACATACTTTCGTATGATGAATATTTTGACCTGTGTGGCCAATATGCAGACGCACTTTAAAAGCCGGAACAGTCTCAAGTAGAACTAATAAATGACAAAAAATTACTACAGCAAACGCATCCATATTGTCAAAAAGCCTTT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_908795_909263_5:0:0_2:0:0_a/2
+ATTTCGCCTGAGCTTGAAAGGGCGCAGTAGTTGGTTTAGAGTAATGGTATGGTTGTCTGATAGGTATCCTACTTTTTATGAAAGAACTTGAAATGCTATCAATTGATCTTGGAGATATTGAACTTTTGAATTTTGTAGGACTGTTTCCCATTTGGTTGAGCAAACGGTCATTCTCGTCATCATCATCTTCTTCTACTCCT
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_766516_767017_5:0:0_7:0:0_b/2
+TTACTTCCTTACAATGTTTCAACCAGCAAGAAAATCCCGTTTACCCTGAATTGCTGGCCCCCTTTTATGAAAATTCATCCTATAATAAGAACGCGCCAATGGTAGAAATATTTTGGATCCTGGGGCCATCAGTTGGAGGTATTTCAGATCTGGAAGATTTGATTGTTTCTCTACATCCATTGATTTTCAAGATGGATCAC
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_693308_693805_2:0:0_2:0:0_c/2
+CTAAGTTGCCAACTTACACCGCCAAGGACTCTGCCGTGGCCACTAGAAAATTATCAGAAACTGTTCTTGAGGATGTTTACAATCAATTGCCAGAGTTGATTGGTGGTTCTGCCGATTTAACACCTTCTAACTTGACCAGATGGAAGGAAGGCCTTGACTACCAACCTCCTTCTTCCGGTTCAGGTAACTACTCTGGTAGA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_289557_289973_4:0:0_3:0:0_d/2
+AACATTAAAAACAAATTTTTAGAAAAACAAAAGCTGAATTAAAGACTAAATATTACACAATTTCTTCATACATTTCCGCCCCAAAGTCAAACAGCCTAAATAATATAAAAATTAACTTTTGGCAGCTCCAACCTCTGTACTGCCATCTAAAACTTTTCCAGTAAACGGCTTATATACAGTTAACAACCCGTCACTATCAA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_866925_867424_2:1:0_4:0:0_e/2
+ACAGTTCGCTCTGAAATCTCCCCCTGGGTTTCCCAATGGAATGAAACGTTGGAAAAAGAACTATCCGACCCTCGATCTAATTTGACTAGACATATTAGGATGAATTTCGAAACCTTTAGGTCATTACCTACATTGAAAAATAGCATAATTCCATTAGTAGCGACATCCAAAAATTTTGGTTCACTGTGCACTGCCATAAA
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
+@chrXVI_47666_48026_6:0:0_6:1:0_f/2
+CTAGACGACCACATTCCATTGGTTGTTATGCAAACGGGTTCCGGTACCCAGTCTAACATGAATGGTAATGAAGTTCTTTCCAATCGTGCCATTGAGATCCTAGGAGGCAAGCTTGGATCTAAACAAGTCCATCCAAACAATCATTGCAACCAATCTCAATCATCCAATGATACTTTCCCCACTGTCATGCATATCGCTGC
++
+22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 tool-data/kallisto_indexes.loc.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/kallisto_indexes.loc.sample	Sat Aug 05 04:02:28 2017 -0400
@@ -0,0 +1,33 @@
+# kallisto_indexes.loc.sample
+# This is a *.loc.sample file distributed with Galaxy that enables tools
+# to use a directory of indexed data files. This one is for kallisto.
+# See the wiki: http://wiki.galaxyproject.org/Admin/NGS%20Local%20Setup
+# First create these data files and save them in your own data directory structure.
+# Then, create a kallisto_indexes.loc file to use those indexes with tools.
+# Copy this file, save it with the same name (minus the .sample), 
+# follow the format examples, and store the result in this directory.
+# The file should include an one line entry for each index set.
+# The path points to the "basename" for the set, not a specific file.
+# It has four text columns seperated by TABS.
+#
+# <unique_build_id>	<dbkey>	<display_name>	<file_base_path>
+#
+# So, for example, if you had sacCer3 indexes stored in:
+#
+#    /depot/data2/galaxy/sacCer3/kallisto_indexes/
+#
+# containing sacCer3 genome and sacCer3.*.ht2 files, such as:
+#
+#   -rw-rw-r-- 1 dave dave  12M Sep 23 13:57 sacCer3.fa
+#   -rw-rw-r-- 1 dave dave 2.9M Sep 23 13:57 sacCer3.kallisto
+#
+# then the kallisto_indexes.loc entry could look like this:
+#
+#sacCer3	sacCer3	S. cerevisiae Apr. 2011 (SacCer_Apr2011/sacCer3) (sacCer3)	/depot/data2/galaxy/sacCer3/kallisto_indexes/sacCer3.kallisto
+#
+#More examples:
+#
+#mm10	mm10	Mouse (mm10)	/depot/data2/galaxy/kallisto_indexes/mm10
+#dm3	dm3		D. melanogaster (dm3)	/depot/data2/galaxy/kallisto_indexes/dm3
+#
+#
diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Sat Aug 05 04:02:28 2017 -0400
@@ -0,0 +1,13 @@
+<!-- Use the file tool_data_table_conf.xml.oldlocstyle if you don't want to update your loc files as changed in revision 4550:535d276c92bc-->
+<tables>
+    <!-- Locations of all fasta files under genome directory -->
+    <table name="all_fasta" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/all_fasta.loc" />
+    </table>
+    <!-- Locations of indexes in the kallisto mapper format -->
+    <table name="kallisto_indexes" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/kallisto_indexes.loc" />
+    </table>
+</tables>
diff -r 000000000000 -r 59a4c97b85d6 tool_data_table_conf.xml.test
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test	Sat Aug 05 04:02:28 2017 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="kallisto_indexes" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/cached_locally/kallisto_indexes.loc" />
+    </table>
+</tables>