diff test-data/ref.fa @ 0:3db999d4e0c1 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/map_damage commit 3b5fcf457cea50698cc333239669bf25f6031ab5

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ref.fa	Tue Jul 15 19:00:59 2025 +0000
@@ -0,0 +1,140 @@
+>minc:123214052 K14442 ATP-dependent RNA helicase DHX36 [EC:5.6.2.6] | (RefSeq) DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH5, mitochondrial (N)
+atgccccttctctctccactttttcaaatccctcccaaactcatcatgaaggatcggcct
+cccccgtcctacggcgccgtttacgttcctcctcaccaacgtctccgctcggtcatcgcc
+agtcgcgcctcaattccttcgcttcctcacttaccagcactacaacaacaaaataataat
+aatttcagtaataatcataataaaaatattaatgatgataataaaaagagactgaagtat
+aactcaggttcagcgtacagtggagtatccgaggaaggctctgatcgggagctggatacg
+tggctgctaccgggtgcttacccctctgataatgtggaggagtggagaaggaagttgact
+gcgtttttatgtgacaagtcaaagcaagagttgatctcaagggagaaaaaggatagatgt
+gattttgagcaactgtcagctctggctagtggcatgggtttgtatagtcatctgtacgca
+aaagttgttgtctttagtaaggtcccactgccaaactacagatttgatttagatgatagg
+cggccacagagggaggtgaccttatcccttgggttgctcagacgaattgattactatctt
+ggagaatacttctctcaaaagtataggaataagggaagttttgtggatctatccgtctca
+aggtctagcagtagtagtagtcttgctactgaagaaggtctttttgaacaaccagatcaa
+tcagtatccagtaattctgtcatggataaaattttgcagcgacgaagtttacaactgcgt
+gatcagcagcaagcttggcaggaatctccagatggtagaaaaatgcttgaatttcgaaga
+agtctccctgcttataaggagaaggacgctattctgacagccatttcacaaaatcaggtc
+ataattatatcaggtgaaactggctgtggcaagaccacacaaattcctcagttcatattt
+gagtccgaaatagaatctgttcgtggagctgtttgtagtgttatttgtacacaaccaaga
+agaatatctgcaatttctgtttctgagagagttgcttcagagagaggggagacattgggt
+gaatctgttgggtataaagttcggctggagggcgtgaaagggaaggatacccatcttctc
+ttctgcaccacaggcattttgttgagaagattactggttgatagaaatttgaaaggtgta
+actcatgttattgttgatgagattcatgagcgtggaatgaatgaggattttctgcttatt
+gtccttaaagatctcctccctcgccggcctgaattgaagctgattctgatgagtgcaaaa
+ctagatgcagagctttttttgtcctactttggtggagctatgataattcacattccgggt
+ttcacataccctgtcagaactcattttctggaaaatatattggaagtgacgggttacaga
+ttgaccccatttaatcaaattgatgattatggcgaagaaaaaatgtggaaaatgagcaaa
+caagcaccaagaaaaaggaagagccaaattgcatctttagttgaggatgcacttagagtg
+gccaatttcaaggagtatagcccccagactaaggagtcattgtcatgttggaatcctgat
+tgtattggttttaatctcattgaatacctcctatgtcatatttgtgagaaggaaagacct
+ggtgctgttctagtctttatgactggttgggatgacataaattctcttaaggataaacta
+caagctcatcctatattaggagattcaagccgagtattgttacttacctgccatggttct
+atggctagttcagagcagagtttaatatttgacgagcctgaaggtggagtgaggaaaata
+gtgcttactactaacatagctgagactagtatcaccattaatgatgttgtttttgtcatt
+gactgtgggaaagcaaaggagacatcttatgatgcactgaataacacttcttgtctgctt
+ccttcctggatttccaaggtttctgctcaacaaagaagaggaagggctggccgtgttcaa
+ccaggagaatgttaccatctgtatcctaggtctgtgtatgatgcttttgcagaatatcag
+cttcctgaaattttaaggacacctttgcagtctctatgcttgcaaattaaaagtttaaaa
+cttgggagtatttctgagttcttatccagggctctgcagtcacctgagttgctagctgtc
+caaaatgctattgaatatttaaaaatcactggggccttggaccagaatgaagacttgact
+gtcttagggcggtacttgaccatgcttccaatggaacccaaacttggaaagatgctaata
+ttaggtgccatcttcaaatgtctggaaccagtattaacaattgttgctggccttaatgtc
+agagatcctttcttagcaccagtggacaaaaaggatcttgctgaggctgcaaagtctcag
+ttttcctgtgatcatagtgaccatcttgcacttgtacgggcttacgagggatggaaagat
+gctgaaagagaccttgctggatacgaatactgttggaaaaactttctctcatttcaatca
+atgaaagctatcgattctcttcgggatgagttcttctctttgctcagggatactggtctt
+gttgattgcaacacaaccatttgcaatgcatggagctatgatgatcatcttgttcgagca
+gttatttgttatggtctttaccctggaatttgctccgttgtgaacaatgtgaagtccttt
+tcactgaaaactatggaagacggccatgtgcttctatactctaattctatcaatgctcgg
+caacctgaaattccatacccatggctggttttcaatgagaagataaaagtgaactctatt
+tttctaagggattcaacagctatctgtgattcagtgttgctcctgtttggtggtagcatc
+tctcaaggaaacactgatgggggacacttgaaaatgatgggaggatatttagaattcttc
+atggaacctgcactttctgatatgtatcaatgtttaaggagagaacttgatgagctgatt
+cagaataagttactcaatcccagaatggaaatgcacatgtatcgtgatctcctatctgca
+gttcgattgcttgtttcagaagatcgttgcgagggaagatttgtatttggtcgccaggtg
+cttaagtcgcttaagtcttcacctgtgccattacagccagctttgattccacggacagag
+agcggacctgggggcgataatcctaagagtcagctccaaacattgctcaccagggcagga
+tatgctgcccccagctacaaatcaagacaattgaagaacaaccagttcttggctacagtg
+gagttcaatggaattcaaattatgggtcggccttgcaacaataagaagagcgcagagaag
+gatgccgcagctgaggcactgcagtggctaatgggagggacccagacaagccttgaatgt
+ataaatcaaatgtcactgttactgaagaaagcaagaaggatcacttctgaatcagcacca
+ccctcaagttcatag
+>minc:123224581 K20476 RAB6A-GEF complex partner protein 1 | (RefSeq) guanine nucleotide exchange factor subunit RIC1-like (N)
+atgtacatgtcgtacggatggccacaggtgatcccaatagagcaagggcagtgttcgtcg
+tctcaacggatcatatacttgaaagttatcaatggcttattactcgttgtctctccttca
+catgtcgagctgtggagttcctcgcggcataaagtgaggttagggaaatataagagggat
+tcagagtcgctgcagagagagggagagaatttgcaagctttgtggagccctgatggaaaa
+ttgatcgctgtgattacgtcatctttttttcttcacattttcaaggtccagtttacagaa
+aaaagaatacaaattggagcaaagcatccttctggtttgtttttggcaaatatatttctt
+gttctcagtgagcaggtgccttttgcagaaaagggtttttcagtgagcaatattgtgagc
+gataacaaacatatgctacttggactttctgatggatctttatattgtatctcatggaag
+ggggagttctgtggagcttttgaactcaatgactttcgatatgatagcagctcagtgaca
+ctactaccaaattccctgagtaatggctttgcttctgcagagacttcaggagcttttgtt
+tctggtcacaaattctccagaaagtgcgctattgtccagctggagctttgctttctaatg
+agactgcttcttattgtatattctgatggaaaactgatatcatgctctataagtaagaaa
+ggtttaaagcaacctgaatttattaaagttgaaaaagagctgggttctggtgatgttgta
+tgtgcttcagtggcggcagagcaacaaattgttgctgttggcaccagaagggggattgtt
+gagctatatgacctggcagaatctgcatcactcattcgtactgtgtctttgtacgactgg
+ggatactcaatggatgatactggttctgtcagttatattgcatggacacctgataattct
+gcttttgctgttgggtggaagtcaagaggacttactgtgtggtctgtttcggggtgtcgt
+ttgatgtcaacaatccgtcagattggcttaagttctgtgtcttctccagttgcaaagcca
+aaccaagactttaaatatgagccactaatgagcggcacctctctggttcagtgggatgaa
+tatggatataggctttacgcaattgaggaagaatcgtcagagcaaattcttgcattttcc
+tttggcaaatgttgtattagcagaggagtatctggcatgacttatgcccgtcaagtaatt
+tatggtgaagataggttattagttgtgcagtctgaagatactgatgaacttaagctttta
+catttaaaccttccagtttcttatatctcccagaattggcctgtccaacatgtggcagct
+agcaaggatggaatgtacttagcagttgctggtcttcatgggttaatattatatgatata
+aggctgaaaaagtggcgagtatttggagatatcacgcaggaacaaaagattcagtgcaaa
+ggtttgctgtggctgggaaagattattgttgtctgcaactacattgattcttctaacatg
+tatgaactgcttttttatcctagatatcatcttgatcagagctcactactctgtcggaaa
+cctttgcttgcaaaaccaatggtgatggatgtctaccaagattatatattggtgacctat
+cgcccatttgatgtccacatattccatgtgaaattatttggtgaattgacaccttcaaac
+actccagacctacaactttctacagtacgagaactttcaatcatgactgcgaagagccac
+ccagctgctatgcgctttatccctgatcaggttactggtgaaagtacattaaacaatcga
+gtttcatctgaagaagatttgtctgagagggagcctgcaagatgtttgatattaagagca
+aatggggagctttcacttctggatttagatgatggaagggaaagggagcttaccgattct
+gttgaattattttgggttacttgtggacaatcagaggagaagatgagtctaattgaggaa
+gtttcatggttggattatggctttcgagggatgcaggtttggtatccgtcttcgggtgtt
+gacccttttaagcaggaggactttttgcatttggacccggagttggagtttgaccgtgag
+gtgtatcctttgggtcttcttccaaatgctggtattgttgttggcgtttcgcagagactg
+tcgttttcagcatgcacagagtttccttgttttgaaccaactcctcaagcccaaactata
+ttgcattgcctacttcggcatcttcttcagagggacaaaattgtggaggctttacggttg
+gcacagttgtctgcagaaaagcctcatttttcacattgtctggagtggcttctttttact
+gtatttgaagctgaaatttccaggcaaaatataaacaagaaccaaatctcaacccttaaa
+cgtgctgccaacttttctcttttggagaagacttgcaatttaattagaaattttcctgag
+taccttagtgttgttgtcagtgttgctagaaagactgatggtcgacattggtcagatttg
+ttctctgctgctggaagatctacagagttgtttgaggactgcttccagcggagatggtat
+cgcactgcggctggctatattcttgtgattgctaaacttgaaggtcccgctgtcagtcaa
+tattgtgccttacgtttattacaggcaacacttgatgaatgtttatatgaacttgctggg
+gaactggtgagattcttactgagatctggaagggaatttgaaccagcatcaactgattca
+gaaaaattatcacccagattcttgggctattttctttttcctcctagttacaggaggtca
+tctttggataaaagcacctctctcaaggagcagagtcctaatgttgcttctgttaagaac
+atcttagaaaatcatgctagctatttgatgtcggggaaagaactttccaagcttgttgca
+tttgtaaagggcactcagtttgatttagtggaatatcttcaacgagaaagatatggtagt
+gctcgcttagagaattttgcttcagcgcttgaactgattgcgcaaaagcttcacatgggt
+acactgcagagcaggttggatgcagaatttctcttggctcatatgtgctctgtcaagttc
+aaagaatggatagttgtacttgccactcttttaagacgatctgagattctttttgatctt
+ttctgtcatgatacacggttatggaaagcttatgccattacattacagtctcattccacg
+ttcgccgagtaccaagatcttcttgaatccttggaggagagacttacatctgttttgaat
+acagaagacaaatga
+>minc:123230223 K00121 S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / alcohol dehydrogenase [EC:1.1.1.284 1.1.1.1] | (RefSeq) alcohol dehydrogenase-like 7 (N)
+atggatagcgacaatttgttaagggaaaccgcagggaagccgattcgatgcagagctgcc
+atagctcgagtgccaggggagtctctggtaatagaggagattctagtggaccctccgagt
+tcccatgaagttcggattcgaatcatctgtacaggtctctgtcacagcgatatcactttc
+tggaaaatgaaggattttcctgctgttttcccaagaattctgggtcatgaggctattggg
+aaggtggaaagtgtgggggagaatgtaaaagatgtagcagaaggagatattgtgatacca
+tattttctggcagattgtagtgaatgtgtcgattgcaagtcaaagaagagcaacctatgt
+tcaaaattccccttcaaggtctctccttggatggctagatctgagacaagcagattcaga
+gatctcaagggacaaactttgcatcattttttatttgtttcaagttttagtgagtatact
+gtggtagacattgctaatatagtaaagattgaccccgacgtccctccaagtaaggcatgc
+ctcctaagttgtggggtatcaacaggggttggagctgcttggagaacagcaaacgtggag
+gctggatcaactgttgtcatatttgggctaggatcaattggattagctgtcgcagaggga
+gcaagactttgtggtgctactagaattataggtgtcgatgtgattccagagaaatttgaa
+ataggaaaaaagtttggagtcacagaatttgttaatgctaaaagttgtggggataaatca
+gtaagccaggtaatcaatgagatgactgatggaggtgcagattactgctttgagtgtgtt
+ggttcttcatccttggtgcaagaagcgtatgcttgctgtcgaaagggatggggaaagaca
+gttgtgttgggagtggacaagccaggagcacaggtgagcttaagctctcttgatgtcctt
+gagagtggaaaaattctgaagggatcattgtttggaggactcaaagctaaaactgacatt
+ccaattctgctgaaacgttacatggacaaggaattacaattagatgaatttgtgacacat
+gagatgaagtttgaagagatcaataaagcctttgatttacttattcaaggaaagtgtcta
+cggtgtgtcatttggatggacaaataa