view test-data/test_align.sam @ 0:3db999d4e0c1 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/map_damage commit 3b5fcf457cea50698cc333239669bf25f6031ab5

@HD	VN:1.5	SO:unsorted	GO:query
@SQ	SN:minc:123214052	LN:3555
@SQ	SN:minc:123224581	LN:3375
@SQ	SN:minc:123230223	LN:1167
@PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.5.4	CL:"/home/taulagnon/miniconda3/envs/ancientDNA/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -x index -S test_align.sam -U reads.fa"
simulated_read_1	0	minc:123214052	414	42	82M	*	0	0	TAGATGTGATTTTGAGCAACTGTCAGCTCTGGCTAGTGGCATGGGTTTGTATAGTCATCTGTACGCAAAAGTTATTGTCTTT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGGFGFFFCCCC	AS:i:-5	XN:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:1	MD:Z:73G8	YT:Z:UU
simulated_read_2	0	minc:123214052	1173	23	61M	*	0	0	ATTGGTTGATAGAAATTTGAAAGGTGTAACTCATGTTATTGTTGATGAGATTCATGAACAT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGFGG	AS:i:-16	XN:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:3	MD:Z:1C55G1G1	YT:Z:UU
simulated_read_3	0	minc:123214052	3161	42	76M	*	0	0	TTGTATTTGGTCGCCAGGTGCTTAAGTCGCTTAAGTCTTCACCTGTGCCATTACAGCCAGCTTTGATTCCACAGAC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIFFFFGFFCC	AS:i:-5	XN:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:1	MD:Z:72G3	YT:Z:UU
simulated_read_4	0	minc:123224581	211	42	72M	*	0	0	TTGTAAGCTTTGTGGAGCCCTGATGGAAAATTGATCGCTGTGATTACGTCATCTTTTTTTCTTCACATTTTC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGGGFGFFFFFF	AS:i:-6	XN:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:1	MD:Z:3C68	YT:Z:UU
simulated_read_5	0	minc:123224581	397	24	76M	*	0	0	TTTTTAGTGAGTAATATTGTGAGCGATAACAAACATATGCTACTTGGACTTTCTGATAGATCTTTATATTGTATCT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGFGCCCC	AS:i:-18	XN:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:3	MD:Z:4C6C45G18	YT:Z:UU
simulated_read_6	0	minc:123224581	765	23	61M	*	0	0	TTTTGGTGATGTTGTATGTGCTTCAGTGGCGGCAGAGCAACAAATTGTTGCTATTGACACC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-18	XN:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:3	MD:Z:2C49G3G4	YT:Z:UU
simulated_read_7	0	minc:123224581	1277	42	75M	*	0	0	TATTAGTTGTGCAGTTTGAAGATACTGATGAACTTAAGCTTTTACATTTAAACCTTCCAGTTTCTTATATCTCCC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGGFGGFFGFFFCC	AS:i:-6	XN:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:1	MD:Z:15C59	YT:Z:UU
simulated_read_8	0	minc:123230223	288	24	54M	*	0	0	TATTGTGATATCATATTTTCTGGCAGATTGTAGTGAATGTGTCGATTGCAAATC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	AS:i:-12	XN:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:2	MD:Z:10C40G2	YT:Z:UU
simulated_read_9	0	minc:123230223	822	0	59M	*	0	0	TTATTGTTTTGAGTGTGTTGGTTCTTCATCCTTGGTGCAAAAAGCGTATGCTTACTATC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGGGGGGGGFGF	AS:i:-28	XN:i:0	XM:i:5	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:5	MD:Z:3C2C33G12G2G2	YT:Z:UU
simulated_read_10	0	minc:123230223	1017	23	64M	*	0	0	TATTCTAATTCTGCTGAAACGTTACATGGACAAGGAATTACAATTAGATGAATTTGTAACACAT	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGFFGFFFFFFFCCCCCCCCC	AS:i:-17	XN:i:0	XM:i:3	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:3	MD:Z:0C4C51G6	YT:Z:UU