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changeset 0:bac720dc1948 draft

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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/mash commit 500478e8adcabf5249941012f78fe2140ecc7264
author iuc
date Mon, 07 Jan 2019 15:09:58 -0500
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children 402b67d1af7d
files macros.xml mash_screen.xml test-data/ERR024951_seqtk_sample_1000_1.fastq test-data/ERR024951_seqtk_sample_1000_2.fastq test-data/NZ_MYON01000010.1.msh test-data/mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_1.tsv test-data/mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_1and2.tsv test-data/mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_2.tsv
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@@ -0,0 +1,6 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2.1</token>
+    <token name="@INTYPES@">
+        fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz
+    </token>
+</macros>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/mash_screen.xml	Mon Jan 07 15:09:58 2019 -0500
@@ -0,0 +1,74 @@
+<tool id="mash_screen" name="mash screen" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0" profile="19.01">
+    <description>determines how well query sequences are contained within a pool of sequences.</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">mash</requirement>
+    </requirements>
+    <version_command>mash --version</version_command>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        ln -s '$queries' queries.msh &&
+        mash screen
+             $winner_takes_all
+             -i $minimum_identity_to_report
+             -v $maximum_p_value_to_report
+             queries.msh
+             '${ str($pool).replace(',', '\' \'') }'
+             > '$output'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="queries" type="data" format="msh" />
+        <param type="data" multiple="true" name="pool" format="@INTYPES@" />
+        <param type="boolean" name="winner_takes_all" argument="-w" truevalue="-w" falsevalue=""/>
+        <param type="float" name="minimum_identity_to_report" argument="-i" value="0." min="-1." max="1." />
+        <param type="float" name="maximum_p_value_to_report" argument="-v" value="1." min="0." max="1."/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output" format="tabular" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="queries" value="NZ_MYON01000010.1.msh"/>
+            <param name="pool" value="ERR024951_seqtk_sample_1000_1.fastq"/>
+            <output name="output" file="mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_1.tsv"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="queries" value="NZ_MYON01000010.1.msh"/>
+            <param name="pool" value="ERR024951_seqtk_sample_1000_2.fastq"/>
+            <output name="output" file="mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_2.tsv"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="queries" value="NZ_MYON01000010.1.msh"/>
+            <param name="pool" value="ERR024951_seqtk_sample_1000_1.fastq,ERR024951_seqtk_sample_1000_2.fastq"/>
+            <output name="output" file="mash_screen_NZ_MYON01000010.1_ERR024951_seqtk_sample_1000_1and2.tsv"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+Description:
+
+  Determine how well query sequences are contained within a pool of sequences.
+  The queries must be formatted as a single Mash sketch file (.msh), created
+  with the `mash sketch` command. The <pool> files can be contigs or reads, in
+  fasta or fastq, gzipped or not, and "-" can be given for <pool> to read from
+  standard input. The <pool> sequences are assumed to be nucleotides, and will
+  be 6-frame translated if the <queries> are amino acids. The output fields are
+  [identity, shared-hashes, median-multiplicity, p-value, query-ID,
+  query-comment], where median-multiplicity is computed for shared hashes, based
+  on the number of observations of those hashes within the pool.
+  ]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="bibtex">
+@article{ondov2016mash,
+  title={Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash},
+  author={Ondov, Brian D and Treangen, Todd J and Melsted, P{\'a}ll and Mallonee, Adam B and Bergman, Nicholas H and Koren, Sergey and Phillippy, Adam M},
+  journal={Genome biology},
+  volume={17},
+  number={1},
+  pages={132},
+  year={2016},
+  publisher={BioMed Central}
+  }
+	</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ERR024951_seqtk_sample_1000_1.fastq	Mon Jan 07 15:09:58 2019 -0500
@@ -0,0 +1,4000 @@
+@ERR024951.882919 IL5_5116:1:14:7970:4622#4/1
+AACGCCGAGCCACATTGACCAGTTGGCCGAAGTGGAGTCGTCCCAGTCGTCACGGCATTTTTCCCAGCGCGCCATA
++
+DCCDBBBDBBCCBBBCCCDCCDBCBBCCCBCB@BBBBBDB@BCBBB@CB@BB@BBCBBBB@BBB@B@B@@@@@@@4
+@ERR024951.3404519 IL5_5116:1:58:6775:14230#4/1
+CGCCGTCACCGTAGCCTACATGGTATTGGGTGCGCAGACGCACCACGTCAAATGAGAACTTCACTAACAATAACGC
++
+CCBBBCCCBBBBCCCCCCC@BCC@CBBBBB@BBBBBB@BBB@B@@B@BBC@BB@@B@B@CBB@BB@CC@@BBBBB;
+@ERR024951.1794060 IL5_5116:1:29:11292:8612#4/1
+TCGCCGACGATATCCGCAGCCATTATGAGGAGTATGATGGCTTTGTGATCCTCCACGGAACCGACACCATGGCGTT
++
+CCCBBBCCCC@BBB@CBBCBC9CCBBB@B@@@@BBB@@@B@B@B@@@@@B@@@B@B@@@@@BB@@@@B@@@@@@@B
+@ERR024951.635976 IL5_5116:1:10:6111:8194#4/1
+AATGTCAGCCCCGGCCTGCGGTACCGGAGCCACCGGCGCCGGTTCAGCCCATACCCGCCCACCGGTCATGGCCCCG
++
+CCCBBBCCBCBB@BCC@@@@B@BCB:@@@@@B@@@@;@@@@@@@@@@@@@8@@@@@4@@@@@@@@@@;;@@@@@@@
+@ERR024951.6397248 IL5_5116:1:113:4294:7215#4/1
+TTCCTCTAACGGCAAATCGCCGCTTTCCAGACGGTTAACGATCTGCTCCAGTTCGCCCAGAGCAGTTTCAAAGCTG
++
+DCCCCBBBCCBBCDCBBCCBBBBBCBBCCDBBCC@BCCCBB@CBBCBB@@B@@CBBB@@B@:@@B<@@@@@@@@@@
+@ERR024951.2279751 IL5_5116:1:37:2007:18070#4/1
+GTTAATTCAGGACGATAATTGATGCCATATACAAGTAATTTCATACTTAAAAGTCCTCAGCAACATCCATAAAATA
++
+DCCCCCCCDDCBCDB@BBBC@@DBCCCCBBBBBBBBCBCCBBBDBBDCBBBBB@B@5@@@BBB@BB@@CCB@@@BB
+@ERR024951.1984739 IL5_5116:1:32:4982:14139#4/1
+CCGACGCTCAACGCCCTGGAGAACGTCGAGCTGCCGGCGCTGTTGCGCGGCGCCAGCGATAGCCAGAGCCGGGGCG
++
+CCCDDDBBBBCCDBBBBDCCBBBBC@B@B@B@BBC@@BBBB@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@:@@@@@@@@:@@@<
+@ERR024951.607606 IL5_5116:1:9:18645:19363#4/1
+GCTGGCGATATCGTAGCCCAGCAGGCCGTGGCGATTGGCGCGGATGACGCCGCCCTGACGCTGCATCGTAAGCTGG
++
+<<<<<$<<88<<:<'CCCBB@@CCCBBB@BB@B@@BBC@@@BB8@@<4@@@@@@@8@@@@@5@@@@8@:@:53+*2
+@ERR024951.1159044 IL5_5116:1:18:4496:14012#4/1
+CATCCAGGCTATCAACTGAAAGTGGTTGACTGCCTGCTAACGAACTTACATCAGCCAAAAACGACGCATATGGTGT
++
+DDBDCCDCCDDBBDCCDBCCBB@BBBCCBCCDCBCDCCCCBC@B@CCCBBBBB@BBB@BBBB@B@BB@@@BB@@B@
+@ERR024951.6522628 IL5_5116:1:115:4782:7623#4/1
+CACAGATCGTGCCGTCTCAGACCTTAAACGGGGCGTCGGGCGCCCCGATATAGTATCAGTCCAGAGCCGCGTAAAT
++
+CCBBBBBC@C@BCCBC@BBCBBCC@CCBBBBBB@B@CB@@@@BB@@B@@@@@B@@@@@@@@@@@@@B@@@@@7@@;
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+NCGCACAATGAATACAAACTTTGCCCCCAGAAAAAGCAAAGAGCGCCACACCTGCAGGAGAAACATAAATGTCATC
++
+#9999<<<<8>=>>>>>>>=>=>>>>>>>>>>>=33>>=>>>>=>=>>>=>>==>=>==>>===>>>>=<=====9
+@ERR024951.4084117 IL5_5116:1:72:10107:2705#4/1
+CTTTAAGAGCTTTTTCGCCATGCTGGCGGTCAACGGCGACCTCTTTGTACCCGATTTTCTGGAACGGTTGGCGCGA
++
+CDCBBCCBBBCCBBBBDBBBCCCCCCCBB@B@BB@BB@@BB@B@@@@<@B@BB@@@@@@@@@@@@@@<@@@@@@*<
+@ERR024951.5228707 IL5_5116:1:93:4560:9885#4/1
+GTCTGCTTTGTGCCAGAAGCGGACACTGTTCACAATATCGAGTTAATCATTGGATATGTTGATCGCTCCCATTGAA
++
+DCDBBDDCBBBBBCCDBBBCBBBDBBBCBBBCBBBBBBBCBB@CCBCCBCCCBB@BB@@BB@@@@@BBBB@@B@@B
+@ERR024951.4984369 IL5_5116:1:89:13014:2217#4/1
+CCATTTGTGGCGTACAATCAAAACGCCTAACGGTACGCCGATGATAATCGCCAGACCGACGGCCAGCGCGACCAGC
++
+DCCDCBBBBBBBBDDBBBDDCBBBCBBBDCCCC@DCBBBBCCDCCBBBC@BBBCBBCCCC@@@@B@@@@BBB@@@C
+@ERR024951.6386192 IL5_5116:1:113:15562:3629#4/1
+AACCCGCTTATCGGTTCGGCGGGGGTCTCGGCGGTGCCGATGGCGGGCCGCGGATCGGAAAAAATGGGGGTGGGAT
++
+CCCCBBBBCCBBCCBCC@CCBBBBB@B@B@BB@B<@5@*-<'929<)8@240&-100(7(*89))5?<>*1)/+)'
+@ERR024951.107949 IL5_5116:1:2:16582:11599#4/1
+CCCGCATCCGCATAATCTGGCCCTGCGCACCTGGGTCAACGGCGAGCTGCGCCAGCAGGGCACCACCGCCGATCTG
++
+DCBB-BCDCCBBDBBBDBBCCCBBDDBBBBBBCCBBDCBCCBCBBBBBCBBBB@BB@@@@B@@@B@@@@@@9@@@@
+@ERR024951.6798988 IL5_5116:1:119:10552:14383#4/1
+TATTATTTCTGTCGAGATGAATATTGCTCAGGATAGCGCCAGCTTCCCGGTGATTGAGATCCTGCAAACGCATATT
++
+DDBBBBBBBBBBBDCBBBDDCCBBBBCCBBDCBCBBDBBBBCCCCCCBBC@BBCCCBBBBCBCCCBBB@CBBC@BB
+@ERR024951.1312277 IL5_5116:1:21:12318:4085#4/1
+GACCATCGCCGGCTGTCTCGCGATCCTCGCCGGACTGTATCTGTGCTGGCGGCTGCGCGATCGCCCGCAGGCGGTG
++
+CCCCCCCCBBBCCCC@BB'B@:@@@CBBBBBBC@@BC@@BBB@@:B@@@B@@7:@-::0-4/114;*-*5;-59(;
+@ERR024951.6120272 IL5_5116:1:108:6383:16466#4/1
+GCCAAACCTGCAGCGCCAGGTGATCGCCGATATGCTCCGCGACTGGGACAAGCGTTATCCTGGGCGCATTGAAACC
++
+DDCCCBBCCDDDDDBBBBDB@BBCCDBBBBCBBBCCBBBBBBBDCCB@BB@BBB@BBB@@@@@@@:B@@@B@@@@<
+@ERR024951.1713237 IL5_5116:1:28:16930:1049#4/1
+CAGTTTAAAGTCGCTCTCGCCCAGGCGCAGGGTCAGCTGGCGAAAGATCAGGCCACCCTCGCCAATGCCCGCCGCG
++
+CCCBCBBCBB@C@B@BBBBBB-BB@B@BB@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@;@:@@@@@@@@:3
+@ERR024951.589692 IL5_5116:1:9:12294:13930#4/1
+CGATTGCGACTTCCCGTCAAAATCACTGGCCGGGGTGGGGGTGGCGTTTTATCTGATGCTGGCGCTGCGCACTTTT
++
+DCCDCCDBBDDCCCBBBDDCBBBDCBBDCCCCCBB@BBBBB@BBBB@BBBBB@BBB@B@@@@@@@;8@@@@@@@@B
+@ERR024951.3236911 IL5_5116:1:55:2366:10703#4/1
+CTATGTCGGTAAACAAGGATATTATTATTGCCCTCGATGAGGGCACAACCAATGCCAAACCCGTTGCCTTCGACGG
++
+@CBBBBBCC@C@<BB@<CC@9BBBBBB;B@CCBBBB8CC<BBBBCBBBBCB@C@@94772$4667@A@@@@B@@@B
+@ERR024951.4869747 IL5_5116:1:86:15312:20248#4/1
+CGGTACGCTTGCGCATAGCGTAAATCGAGACCCCGAAGACCACGACCAGATAGGCTACCAGCGGTAGAATGACCTC
++
+DDCBDDDBBCCDBBBDBBCBBCBBBBC@BB@@BBB@@B@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@<@@@@@@<@@<@0@9@
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+NGACGGTGGCCATCGAATCGAGGAAGCAGGCGGCCAGACGTCCCAGACCACCGTTGCCGAGCGCCGGATCGACTTC
++
+#*0099)60'>>=>=>>=>>==><>>==>==>=;=+6+<,/3/<(4('4,00*9('0,/)43145*-+100,803>
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+TAAGCACTTTTTTCATTCTGTTTTCCTTCAGTCAATAACGGCCTGAATCGCCTTGCTATCATCGGCATTTAACAAT
++
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+@ERR024951.424988 IL5_5116:1:7:12198:4343#4/1
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++
+CCBBCCC8BBCCBC(<:<8:BBBBBBB@@BB@CBBBB@B@@BBB@@BBBBBBBB@B@BB@@@B@B@@@@@@@@@@@
+@ERR024951.1493037 IL5_5116:1:24:6669:6400#4/1
+GCCACGCCCAGTCCGGCCCGTAGCGCCTGACGTTTATCTTCTATCGTACTCACCGTTAAACGCGGCTGTTTATCCA
++
+DDCCBBBBBBDDDCCCCC3BBCCDBBBBDBCDBCBBBBB@BBBBBC@CD@BBBBBBCBB@@@@@BBBC@B@@@@B@
+@ERR024951.2799341 IL5_5116:1:47:10168:7072#4/1
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++
+DCCCBBBBBBBBBBBCBBDBBBBBBC@BBBBCCCCCCCBBDBBBBBBB@BBBBBBB@CBBBBC@B@B@B@@BBB@B
+@ERR024951.2448562 IL5_5116:1:40:9794:18522#4/1
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++
+DDDDDDCCCDDCDCBBB@BBBCBBBBB@BBBBBBB@BB@@B@@@C@BBB@@B@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@7@@
+@ERR024951.3785148 IL5_5116:1:66:12640:4288#4/1
+AAAACCTTCGACGATCATTCGCCCGCCGAGAAACACCAGTAAAATAAAGGCAATCCAGTGATTCCACTCGAGGATA
++
+DCBBBCCCCDDDDCCDCDCCDBBBBBBBBBBBBBBBBBDBCBBBBBBBBBCCCCCCC@BBBCCBBBB@BB;BBB@@
+@ERR024951.4755831 IL5_5116:1:84:1518:18332#4/1
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++
+CCCCCCCCCCCBBCBBBBB@@C@@B@BBB@BC@BBBBCBBCCCCB@B;BBBB@@B@B@@@@:@@@@@@@@:@@@@@
+@ERR024951.6355342 IL5_5116:1:112:19641:13490#4/1
+CTATGAGTACTGGTACGGGCTGCCGAACTTCTACACCATCACCCGCTACAACCACAGCACCCACTACGCGATGGCC
++
+CCC@B@B@4CCBC@B;C(7;BC<BC@BB@@B@<@BBBB<@@@@4BB-@BB@B@@@B@@@7@5;@-@@-@@@@@80@
+@ERR024951.3013644 IL5_5116:1:51:2200:6796#4/1
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++
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++
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+@ERR024951.6656740 IL5_5116:1:117:1195:9983#4/1
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++
+DDCBDBBBBBDCBBBBB@BBBBCBBBBBBBBBCBCCCC@BBB@B@BBBB@BB@B@@@'62,1'$#62&0201-85&
+@ERR024951.4743425 IL5_5116:1:84:13845:13791#4/1
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++
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+@ERR024951.3641362 IL5_5116:1:63:7209:6894#4/1
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++
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+@ERR024951.2467772 IL5_5116:1:41:10010:5645#4/1
+CCTTCATCCATTCGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGGGCATAGCTGTTGCTGGTCACGCCATTATCCCAGCCGC
++
+DCCCCDDDCCDCCDBBBBBCCBDCB@B@BBBBB@@@B@BBBBBB@BBB@B@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+@ERR024951.6800416 IL5_5116:1:119:11088:14811#4/1
+CGGTAGTTCCGGTGCATGATTCTGAACACTGTGAAGTGTCCGAGGCGGACATGGTCTTTGGCGAACTGCCTGATGA
++
+DDCBDDCCCCCC@BBDDCDCC2BBDCCBBBDBBBCC@BBBCCBBBBBB@BBBBB@B@B@B@BB@@B@@@@BB@@@B
+@ERR024951.2124668 IL5_5116:1:35:10412:3230#4/1
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++
+DCBDDCCDCBDDCBBCCCBBBBBBBBBBBBBBBBBBB@B@@B@B@BBB@@@B@@C@B@B@@@@@@@@;@@@@@@@0
+@ERR024951.3783350 IL5_5116:1:66:1327:3606#4/1
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++
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++
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+@ERR024951.2803725 IL5_5116:1:47:5545:8643#4/1
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+@ERR024951.4786388 IL5_5116:1:85:4892:9799#4/1
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++
+(C@@@@@@B@BB@@BCB@B@@BCBCBBBCBCCCCBCBBBBBB@DCCCCCCCCDCDCBBBBBD@BCCCCCDCCB4BB
+@ERR024951.4935936 IL5_5116:1:88:13530:4632#4/1
+CTGGCTGGCCGCGGAGATCAGGTAGAATTTCTCTTCCCAACCCAGCGCTTCGGCAATCGCTTTGGCTTTGGCTTCG
++
+CCCC@CCCCC@@BB:BBBCCCC-CCBBBCBBBBBBBCBB@CCBBCCBBBCCBBBB@@CB@@BB@BB@@B@B@@B@@
+@ERR024951.375351 IL5_5116:1:6:19435:9595#4/1
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++
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+@ERR024951.6767361 IL5_5116:1:119:3951:4787#4/1
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++
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+@ERR024951.20470 IL5_5116:1:1:18517:6733#4/1
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+DDDDDDDDBBBDDBBBBDBBBBB2BBCBB@B<@@BB@@@B;@@B5BCB@BBCB9@BBBBB@@B@;@@BBBBB@@@B
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+CCCBBCBBCBBBCCCCBB@B@@BBBBBBBBBBB@B@@B@CB@@@B@@@@B@@@B@B@@@@@B@@@@@@B@@@<@(@
+@ERR024951.4616867 IL5_5116:1:82:3346:6656#4/1
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++
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+@ERR024951.3856149 IL5_5116:1:67:8984:12466#4/1
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+@ERR024951.4548556 IL5_5116:1:81:4794:981#4/1
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+@ERR024951.4706290 IL5_5116:1:83:17955:19907#4/1
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++
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+@ERR024951.5463915 IL5_5116:1:97:11344:12655#4/1
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+DC@CCBBBBBCCBBDCCCCB@CCDBCBC@BCCBC@@@CB@B<;B@CB@@B:@@@<@@<;-@@;2@:@@4*@@@2@@
+@ERR024951.3541938 IL5_5116:1:61:1858:7017#4/1
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+@C@CCC@CBBBCCBC:BBB@@C@BBBB@@BB@CBB@@+@<BBB@BB@BCC@@BB@B<@@-2@@@@@@@@@0@@5@:
+@ERR024951.2260756 IL5_5116:1:37:18787:11350#4/1
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+@ERR024951.194346 IL5_5116:1:3:15182:16394#4/1
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++
+@7@@<@@@@@<<@@<6?9:?9@;4;5635<:;7:;99?992=@;5@@@@7@7@:@::59?02/+603/*634&+)*
+@ERR024951.4571713 IL5_5116:1:81:10337:9650#4/1
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++
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+@ERR024951.5958069 IL5_5116:1:106:5453:1649#4/1
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++
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+@ERR024951.6031597 IL5_5116:1:107:12925:7294#4/1
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++
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+@ERR024951.3754275 IL5_5116:1:65:1103:11877#4/1
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+DC@CDCBBDDBBBCDBCC$BDCBCBBBB@BBBBBB@@@CC@BB@@C@BB@@BBB@@@@@@@@@@@@@@@@@(@@@6
+@ERR024951.5989083 IL5_5116:1:106:9966:12527#4/1
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++
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+@ERR024951.5213455 IL5_5116:1:93:16410:4519#4/1
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+BBBBBBBBBBBBBB@BB9BBBBBB@BBBBBBB@BBBB@BB<BBB=BBAB=A@B@B@@:@ABBB@@@@@B;@@@@:,
+@ERR024951.2484305 IL5_5116:1:41:17401:11584#4/2
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+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB@BBBBBBBBB@@@BBB@BB@@@@@@@)@/@*,
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