# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1708120800 0
# Node ID d7edbc9c3a07a014da95ced64b44874bd9c85331
# Parent  09c589057ee8a056d8b6e6e3ec68e3c592a915dc
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/merqury commit 72d058b49b983b38e7565da1577d30fd2deec7d7

diff -r 09c589057ee8 -r d7edbc9c3a07 merqury_plot_CN.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/merqury_plot_CN.xml	Fri Feb 16 22:00:00 2024 +0000
@@ -0,0 +1,105 @@
+<tool id="merquryplot" name="Merqury histogram plot" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="20.01">
+    <description>evaluate the assembly quality</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="bio_tools"/>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <version_command>merqury --version</version_command>
+
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        mkdir -p output_files/ &&
+        \$MERQURY/plot/plot_spectra_cn.R 
+        -f '$input1' 
+        -o output_files/merqury_plot
+        #if $z
+            --zero-hist '$z' 
+        #end if
+        #if $cutoff
+             --cutoff '$cutoff' 
+        #end if 
+        --xdim $xdim
+        --ydim $ydim
+        #if $xmax>0
+            --xmax $xmax
+        #end if 
+        #if $ymax>0
+            --ymax $ymax
+        #end if
+        --type $type
+        #if $output_selector=='pdf'
+            -p
+        #end if 
+
+    ]]>    </command>
+    <inputs>
+        <param argument="-f" type="data" name="input1" format="tabular" />
+        <param argument="--xdim" type="integer" label="Width of plot"  value="6" min="0" />
+        <param argument="--ydim" type="integer" label="Height of plot"  value="5" min="0" />
+        <param argument="--xmax" type="float" label="Maximum limit for k-mer multiplicity (leave 0 for default)"  value="0" min="0" help="default: (x where y=peak) * 2.1" />
+        <param argument="--ymax" type="float" label="Maximum limit for k-mer count (leave 0 for default)"  value="0" min="0"  help="default: (y where y=peak) * 1.1" />
+        <param argument="-z" type="data" label="Assembly only counts" format="tabular" help=".only.hist file " optional="true" />
+        <param argument="--cutoff" type="data" label="Solid k-mer cutoffs" format="txt" help="cutoff.txt file" optional="true" />
+        <param name="output_selector" type="select" label="Output format" argument="-p">
+            <option value="png" selected="true">PNG</option>
+            <option value="pdf">PDF</option>
+        </param>
+        <param argument="--type" type="select" label="Type of plot (default all)">
+            <option value="all" selected="true">All</option>
+            <option value="line">Line</option>
+            <option value="fill">Fill</option>
+            <option value="stack">Stack</option>
+        </param>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <collection name="png_files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: png plots">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+)\.png" format="png" directory="output_files"/>
+            <filter>"png" in output_selector</filter>
+        </collection>
+        <collection name="pdf_files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: pdf plots">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+)\.pdf" format="pdf" directory="output_files"/>
+            <filter>"pdf" in output_selector</filter>
+        </collection>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test  expect_num_outputs="1">
+            <param name="input1" value="output_merqury.assembly_01.spectra-cn.tabular"/>
+            <param name="xdim"  value="6" />
+            <param name="ydim"  value="5" />
+            <param name="xmax"  value="0" />
+            <param name="ymax"  value="0" />
+            <param name="z" value="output_merqury.assembly_01.only.tabular"/>
+            <param name="type" value="all" />
+            <param name="output_selector"  value="png" />
+            <output_collection name="png_files" type="list" count="3">
+                <element name="merqury_plot.fl">
+                    <assert_contents>
+                        <has_size value="99000" delta="5000"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+                <element name="merqury_plot.ln">
+                    <assert_contents>
+                        <has_size value="99000" delta="5000"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+                <element name="merqury_plot.st">
+                    <assert_contents>
+                        <has_size value="124000" delta="20000"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
+            </output_collection>
+        </test>
+    </tests>
+
+   <help><![CDATA[
+
+.. class:: infomark
+
+**Purpose**
+Make spectra-cn plots. Line, filled, and stacked spectra-cn plots will be
+generated. Inputs : Histogram files generated by merqury.
+
+    ]]>    </help>
+    <expand macro="citations"/>
+</tool>
+
diff -r 09c589057ee8 -r d7edbc9c3a07 test-data/output_merqury.assembly_01.only.tabular
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_merqury.assembly_01.only.tabular	Fri Feb 16 22:00:00 2024 +0000
@@ -0,0 +1,2 @@
+1	0	59
+2	0	0
diff -r 09c589057ee8 -r d7edbc9c3a07 test-data/output_merqury.assembly_01.spectra-cn.tabular
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output_merqury.assembly_01.spectra-cn.tabular	Fri Feb 16 22:00:00 2024 +0000
@@ -0,0 +1,2716 @@
+Copies	kmer_multiplicity	Count
+read-only	1	4656190
+read-only	2	225270
+read-only	3	48009
+read-only	4	18631
+read-only	5	9292
+read-only	6	5091
+read-only	7	2962
+read-only	8	2172
+read-only	9	1388
+read-only	10	884
+read-only	11	712
+read-only	12	535
+read-only	13	391
+read-only	14	301
+read-only	15	323
+read-only	16	189
+read-only	17	215
+read-only	18	184
+read-only	19	146
+read-only	20	112
+read-only	21	86
+read-only	22	108
+read-only	23	95
+read-only	24	95
+read-only	25	110
+read-only	26	95
+read-only	27	85
+read-only	28	53
+read-only	29	28
+read-only	30	49
+read-only	31	67
+read-only	32	66
+read-only	33	52
+read-only	34	50
+read-only	35	102
+read-only	36	60
+read-only	37	35
+read-only	38	59
+read-only	39	30
+read-only	40	29
+read-only	41	82
+read-only	42	74
+read-only	43	49
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+read-only	46	41
+read-only	47	16
+read-only	48	9
+read-only	49	5
+read-only	50	7
+read-only	51	8
+read-only	52	7
+read-only	53	20
+read-only	54	11
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+read-only	120	1
+read-only	121	1
+read-only	123	1
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+read-only	245	1
+read-only	255	1
+read-only	418	1
+read-only	476	1
+read-only	485	1
+1	1	410
+1	2	103
+1	3	45
+1	4	31
+1	5	45
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+1	11	6646
+1	12	10540
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+1	14	27949
+1	15	48131
+1	16	79544
+1	17	121134
+1	18	188774
+1	19	265299
+1	20	353324
+1	21	459735
+1	22	553603
+1	23	625697
+1	24	684046
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+1	26	753476
+1	27	780266
+1	28	765784
+1	29	721476
+1	30	667740
+1	31	614332
+1	32	555325
+1	33	490574
+1	34	401432
+1	35	310962
+1	36	240677
+1	37	198968
+1	38	150300
+1	39	108319
+1	40	80062
+1	41	58757
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+1	43	30569
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+1	45	12162
+1	46	10725
+1	47	7043
+1	48	5027
+1	49	3371
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+1	51	2459
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+1	53	1476
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+1	55	1479
+1	56	1069
+1	57	976
+1	58	758
+1	59	864
+1	60	745
+1	61	321
+1	62	228
+1	63	196
+1	64	203
+1	65	185
+1	66	213
+1	67	198
+1	68	316
+1	69	121
+1	70	136
+1	71	179
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+1	76	182
+1	77	123
+1	78	84
+1	79	30
+1	80	30
+1	81	1
+1	82	29
+1	83	7
+1	84	2
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+1	87	3
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+1	95	3
+1	96	1
+1	97	1
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+1	99	4
+1	101	1
+1	102	1
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+1	107	1
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+1	127	1
+1	128	2
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+1	138	1
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+1	160	1
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+2	6	1
+2	7	1
+2	10	1
+2	11	1
+2	12	1
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+2	27	1
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+2	41	256
+2	42	485
+2	43	835
+2	44	1326
+2	45	1592
+2	46	1843
+2	47	1570
+2	48	1732
+2	49	2388
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+2	51	3058
+2	52	3716
+2	53	3084
+2	54	3302
+2	55	3664
+2	56	3763
+2	57	4654
+2	58	5244
+2	59	5127
+2	60	4913
+2	61	3792
+2	62	2919
+2	63	3358
+2	64	4173
+2	65	3856
+2	66	3749
+2	67	3302
+2	68	3343
+2	69	3024
+2	70	2907
+2	71	3002
+2	72	2081
+2	73	2331
+2	74	1647
+2	75	1393
+2	76	1273
+2	77	1339
+2	78	1313
+2	79	1014
+2	80	727
+2	81	635
+2	82	606
+2	83	362
+2	84	393
+2	85	402
+2	86	386
+2	87	277
+2	88	322
+2	89	321
+2	90	245
+2	91	354
+2	92	307
+2	93	310
+2	94	258
+2	95	263
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+2	97	469
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+2	99	359
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+2	101	285
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+2	104	309
+2	105	239
+2	106	211
+2	107	472
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+2	109	266
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+2	147	1
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+2	164	1
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+2	168	2
+2	169	4
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+2	171	5
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+2	218	1
+2	224	1
+2	233	1
+2	237	2
+2	240	1
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+2	259	1
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+2	391	1
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+3	32	2
+3	33	1
+3	34	3
+3	36	1
+3	42	2
+3	44	52
+3	45	24
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+3	50	13
+3	51	3
+3	52	40
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+3	54	372
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+3	58	904
+3	59	783
+3	60	538
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