Mercurial > repos > iuc > multiqc

comparison test-data/picard_CollectInsertSizeMetrics.txt @ 0:3bad335ccea9 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/multiqc commit 264fd61d39f252ebb81731bf6cd3349fdb39b306
author iuc
date Tue, 24 Oct 2017 06:29:59 -0400
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:3bad335ccea9
1 ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
2 # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/omaha-beach/cloud_26/files/000/dataset_199.dat DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INPUT=/omaha-beach/cloud_26/files/000/dataset_197.dat OUTPUT=/omaha-beach/cloud_26/files/000/dataset_198.dat ASSUME_SORTED=true VERBOSITY=ERROR QUIET=true VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT REFERENCE_SEQUENCE=localref.fa STOP_AFTER=0 COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json
3 ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
4 # Started on: Mon May 23 09:33:00 UTC 2016
5
6 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics
7 MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP
8 194 63 100 5331452 271.809759 196.076488 311788 FR 25 47 69 91 127 343 941 1515 2585 16663
9
10 ## HISTOGRAM java.lang.Integer
11 insert_size All_Reads.fr_count
12 100 2
13 101 117
14 102 424
15 103 390
16 104 376
17 105 335
18 106 360
19 107 343
20 108 353
21 109 386
22 110 349
23 111 368
24 112 445
25 113 459
26 114 470
27 115 512
28 116 478
29 117 520
30 118 558
31 119 599
32 120 603
33 121 600
34 122 696
35 123 703
36 124 657
37 125 747
38 126 734
39 127 753
40 128 820
41 129 880
42 130 923
43 131 931
44 132 953
45 133 1006
46 134 1086
47 135 1134
48 136 1177
49 137 1280
50 138 1381
51 139 1419
52 140 1494
53 141 1625
54 142 1697
55 143 1838
56 144 1899
57 145 1957
58 146 2197
59 147 2214
60 148 2276
61 149 2450
62 150 2557
63 151 2523
64 152 2619
65 153 2591
66 154 2575
67 155 2745
68 156 2756
69 157 2716
70 158 2765
71 159 2775
72 160 2884
73 161 2830
74 162 2781
75 163 2718
76 164 2777
77 165 2859
78 166 2803
79 167 2855
80 168 2896
81 169 2817
82 170 2843
83 171 2817
84 172 2844
85 173 2855
86 174 2777
87 175 2684
88 176 2703
89 177 2574
90 178 2516
91 179 2569
92 180 2494
93 181 2374
94 182 2322
95 183 2186
96 184 2117
97 185 1992
98 186 1914
99 187 1831
100 188 1883
101 189 1705
102 190 1610
103 191 1484
104 192 1484
105 193 1358
106 194 1290
107 195 1180
108 196 1148
109 197 1013
110 198 979
111 199 895
112 200 809
113 201 715
114 202 699
115 203 616
116 204 507
117 205 501
118 206 423
119 207 374
120 208 342
121 209 301
122 210 286
123 211 180
124 212 202
125 213 175
126 214 164
127 215 134
128 216 129
129 217 93
130 218 86
131 219 89
132 220 79
133 221 66
134 222 66
135 223 57
136 224 78
137 225 67
138 226 69
139 227 70
140 228 73
141 229 82
142 230 77
143 231 85
144 232 100
145 233 109
146 234 79
147 235 96
148 236 113
149 237 100
150 238 112
151 239 106
152 240 141
153 241 141
154 242 136
155 243 133
156 244 145
157 245 136
158 246 139
159 247 150
160 248 162
161 249 157
162 250 147
163 251 170
164 252 150
165 253 180
166 254 185
167 255 187
168 256 189
169 257 181
170 258 186
171 259 188
172 260 197
173 261 199
174 262 195
175 263 183
176 264 208
177 265 192
178 266 213
179 267 215
180 268 207
181 269 192
182 270 186
183 271 189
184 272 197
185 273 188
186 274 216
187 275 203
188 276 179
189 277 209
190 278 194
191 279 202
192 280 180
193 281 177
194 282 176
195 283 173
196 284 177
197 285 167
198 286 167
199 287 181
200 288 184
201 289 190
202 290 144
203 291 161
204 292 178
205 293 173
206 294 134
207 295 151
208 296 136
209 297 145
210 298 140
211 299 144
212 300 123
213 301 121
214 302 112
215 303 103
216 304 118
217 305 110
218 306 117
219 307 126
220 308 110
221 309 95
222 310 97
223 311 105
224 312 97
225 313 98
226 314 104
227 315 81
228 316 86
229 317 83
230 318 89
231 319 78
232 320 88
233 321 89
234 322 94
235 323 84
236 324 95
237 325 86
238 326 100
239 327 97
240 328 95
241 329 186
242 330 97
243 331 74
244 332 91
245 333 79
246 334 109
247 335 101
248 336 95
249 337 100
250 338 108
251 339 94
252 340 124
253 341 102
254 342 107
255 343 103
256 344 107
257 345 114
258 346 97
259 347 109
260 348 95
261 349 115
262 350 96
263 351 101
264 352 111
265 353 121
266 354 104
267 355 109
268 356 91
269 357 129
270 358 111
271 359 126
272 360 127
273 361 123
274 362 123
275 363 101
276 364 116
277 365 114
278 366 103
279 367 115
280 368 117
281 369 110
282 370 109
283 371 108
284 372 121
285 373 111
286 374 125
287 375 121
288 376 107
289 377 101
290 378 130
291 379 103
292 380 115
293 381 92
294 382 103
295 383 101
296 384 97
297 385 114
298 386 110
299 387 94
300 388 102
301 389 90
302 390 98
303 391 82
304 392 85
305 393 86
306 394 82
307 395 86
308 396 82
309 397 111
310 398 85
311 399 90
312 400 89
313 401 95
314 402 57
315 403 105
316 404 83
317 405 69
318 406 73
319 407 79
320 408 89
321 409 66
322 410 93
323 411 81
324 412 78
325 413 71
326 414 62
327 415 71
328 416 83
329 417 69
330 418 77
331 419 76
332 420 68
333 421 73
334 422 59
335 423 74
336 424 63
337 425 72
338 426 64
339 427 72
340 428 78
341 429 69
342 430 71
343 431 74
344 432 71
345 433 62
346 434 78
347 435 80
348 436 85
349 437 77
350 438 84
351 439 72
352 440 85
353 441 84
354 442 79
355 443 65
356 444 87
357 445 81
358 446 70
359 447 77
360 448 60
361 449 66
362 450 82
363 451 88
364 452 74
365 453 97
366 454 82
367 455 86
368 456 97
369 457 107
370 458 84
371 459 91
372 460 103
373 461 88
374 462 96
375 463 82
376 464 109
377 465 104
378 466 106
379 467 103
380 468 85
381 469 102
382 470 100
383 471 106
384 472 99
385 473 101
386 474 116
387 475 104
388 476 110
389 477 103
390 478 98
391 479 95
392 480 108
393 481 111
394 482 102
395 483 118
396 484 115
397 485 113
398 486 123
399 487 111
400 488 119
401 489 120
402 490 112
403 491 115
404 492 114
405 493 114
406 494 129
407 495 117
408 496 126
409 497 113
410 498 120
411 499 114
412 500 140
413 501 108
414 502 116
415 503 110
416 504 86
417 505 127
418 506 128
419 507 119
420 508 111
421 509 122
422 510 121
423 511 155
424 512 139
425 513 141
426 514 130
427 515 132
428 516 131
429 517 132
430 518 143
431 519 146
432 520 135
433 521 141
434 522 132
435 523 141
436 524 151
437 525 144
438 526 143
439 527 155
440 528 149
441 529 149
442 530 129
443 531 129
444 532 121
445 533 139
446 534 153
447 535 141
448 536 125
449 537 136
450 538 139
451 539 128
452 540 140
453 541 107
454 542 114
455 543 138
456 544 138
457 545 140
458 546 113
459 547 132
460 548 145
461 549 139
462 550 139
463 551 107
464 552 131
465 553 119
466 554 117
467 555 132
468 556 125
469 557 197
470 558 118
471 559 115
472 560 127
473 561 111
474 562 115
475 563 110
476 564 117
477 565 114
478 566 113
479 567 115
480 568 127
481 569 113
482 570 107
483 571 111
484 572 97
485 573 112
486 574 110
487 575 108
488 576 110
489 577 108
490 578 113
491 579 104
492 580 78
493 581 101
494 582 121
495 583 97
496 584 111
497 585 107
498 586 98
499 587 107
500 588 94
501 589 113
502 590 110
503 591 107
504 592 114
505 593 118
506 594 100
507 595 116
508 596 98
509 597 107
510 598 90
511 599 114
512 600 107
513 601 117
514 602 109
515 603 103
516 604 107
517 605 122
518 606 112
519 607 106
520 608 114
521 609 101
522 610 95
523 611 106
524 612 107
525 613 101
526 614 115
527 615 88
528 616 113
529 617 101
530 618 103
531 619 114
532 620 110
533 621 126
534 622 108
535 623 112
536 624 111
537 625 121
538 626 116
539 627 106
540 628 111
541 629 93
542 630 103
543 631 96
544 632 98
545 633 80
546 634 104
547 635 86
548 636 88
549 637 102
550 638 89
551 639 78
552 640 85
553 641 109
554 642 106
555 643 80
556 644 86
557 645 93
558 646 76
559 647 81
560 648 91
561 649 92
562 650 100
563 651 88
564 652 73
565 653 97
566 654 111
567 655 76
568 656 99
569 657 90
570 658 92
571 659 87
572 660 101
573 661 103
574 662 91
575 663 105
576 664 102
577 665 89
578 666 84
579 667 104
580 668 95
581 669 99
582 670 106
583 671 101
584 672 103
585 673 111
586 674 94
587 675 108
588 676 93
589 677 113
590 678 101
591 679 86
592 680 102
593 681 97
594 682 91
595 683 107
596 684 102
597 685 112
598 686 112
599 687 98
600 688 102
601 689 112
602 690 116
603 691 90
604 692 90
605 693 96
606 694 100
607 695 85
608 696 101
609 697 106
610 698 92
611 699 90
612 700 97
613 701 102
614 702 105
615 703 109
616 704 122
617 705 101
618 706 123
619 707 126
620 708 115
621 709 114
622 710 99
623 711 136
624 712 102
625 713 114
626 714 114
627 715 119
628 716 105
629 717 121
630 718 140
631 719 113
632 720 124
633 721 140
634 722 102
635 723 146
636 724 118
637 725 145
638 726 133
639 727 155
640 728 149
641 729 129
642 730 146
643 731 153
644 732 155
645 733 164
646 734 162
647 735 179
648 736 162
649 737 158
650 738 161
651 739 171
652 740 171
653 741 168
654 742 161
655 743 198
656 744 185
657 745 146
658 746 161
659 747 178
660 748 184
661 749 185
662 750 179
663 751 189
664 752 187
665 753 166
666 754 179
667 755 170
668 756 181
669 757 193
670 758 185
671 759 201
672 760 202
673 761 195
674 762 176
675 763 204
676 764 201
677 765 182
678 766 183
679 767 180
680 768 161
681 769 174
682 770 173
683 771 185
684 772 160
685 773 180
686 774 170
687 775 167
688 776 187
689 777 167
690 778 179
691 779 187
692 780 157
693 781 176
694 782 162
695 783 158
696 784 161
697 785 160
698 786 177
699 787 161
700 788 174
701 789 145
702 790 143
703 791 148
704 792 162
705 793 170
706 794 145
707 795 157
708 796 132
709 797 150
710 798 149
711 799 131
712 800 158
713 801 132
714 802 128
715 803 118
716 804 107
717 805 120
718 806 132
719 807 122
720 808 108
721 809 116
722 810 133
723 811 112
724 812 125
725 813 93
726 814 94
727 815 94
728 816 101
729 817 91
730 818 94
731 819 98
732 820 82
733 821 73
734 822 87
735 823 69
736 824 84
737