[up]
|
|
drwxr-xr-x |
aligner_soft_report.html
|
1128556 |
-rw-r--r-- |
aligner_soft_stats.tabular
|
1799 |
-rw-r--r-- |
bamtools.txt
|
532 |
-rw-r--r-- |
bamtools_stats.tabular
|
438 |
-rw-r--r-- |
bcftools.txt
|
34128 |
-rw-r--r-- |
bcftools_stats.tabular
|
722 |
-rw-r--r-- |
bismark.txt
|
1728 |
-rw-r--r-- |
bismark_stats.tabular
|
429 |
-rw-r--r-- |
bowtie2_1.txt
|
220 |
-rw-r--r-- |
bowtie2_2.txt
|
220 |
-rw-r--r-- |
bowtie2_stats.tabular
|
239 |
-rw-r--r-- |
busco.txt
|
663 |
-rw-r--r-- |
busco_stats.tabular
|
146 |
-rw-r--r-- |
cc_ko15.bpc.embedded.tab
|
29865 |
-rw-r--r-- |
cc_ko15.bpc.tab
|
29501 |
-rw-r--r-- |
cc_wt15.bpc.embedded.tab
|
29848 |
-rw-r--r-- |
cc_wt15.bpc.tab
|
29484 |
-rw-r--r-- |
cutadapt.txt
|
3064 |
-rw-r--r-- |
cutadapt_stats.tabular
|
152 |
-rw-r--r-- |
deeptools_bamPEFragmentSize.txt
|
1821 |
-rw-r--r-- |
deeptools_estimateReadFiltering.txt
|
410 |
-rw-r--r-- |
deeptools_plotCoverageOutRawCounts.txt
|
600716 |
-rw-r--r-- |
deeptools_plotCoverageStdout.txt
|
137 |
-rw-r--r-- |
deeptools_plotEnrichment.txt
|
873 |
-rw-r--r-- |
deeptools_plotFingerprintOutRawCounts.txt
|
146482 |
-rw-r--r-- |
fastqc_1.txt
|
66973 |
-rw-r--r-- |
fastqc_2.txt
|
66410 |
-rw-r--r-- |
fastqc_stats.tabular
|
782 |
-rw-r--r-- |
featureCounts.txt
|
814 |
-rw-r--r-- |
featureCounts_stats.tabular
|
987 |
-rw-r--r-- |
flexbar.txt
|
1673 |
-rw-r--r-- |
flexbar_stats.tabular
|
273 |
-rw-r--r-- |
gatk_BaseRecalibrator.txt
|
406567 |
-rw-r--r-- |
gatk_varianteval.txt
|
380682 |
-rw-r--r-- |
gatk_varianteval_stats.tabular
|
168 |
-rw-r--r-- |
hicexplorer1.log
|
833 |
-rw-r--r-- |
hicexplorer2.log
|
846 |
-rw-r--r-- |
hicup_deduplicator.txt
|
607 |
-rw-r--r-- |
hicup_filter.txt
|
978 |
-rw-r--r-- |
hicup_mapper.txt
|
1645 |
-rw-r--r-- |
hicup_truncater.txt
|
1061 |
-rw-r--r-- |
hisat2_1.txt
|
171 |
-rw-r--r-- |
hisat2_2.txt
|
171 |
-rw-r--r-- |
hisat2_stats.tabular
|
185 |
-rw-r--r-- |
htseq.txt
|
92 |
-rw-r--r-- |
htseq_stats.tabular
|
144 |
-rw-r--r-- |
kallisto_1.txt
|
22343 |
-rw-r--r-- |
kallisto_2.txt
|
22760 |
-rw-r--r-- |
kallisto_stats.tabular
|
322 |
-rw-r--r-- |
picard_AlignmentSummaryMetrics_stats.tabular
|
615 |
-rw-r--r-- |
picard_CollectAlignmentSummaryMetrics.txt
|
1665 |
-rw-r--r-- |
picard_CollectBaseDistributionByCycle.txt
|
4614 |
-rw-r--r-- |
picard_CollectInsertSizeMetrics.txt
|
6914 |
-rw-r--r-- |
picard_CollectRnaSeqMetrics.txt
|
2535 |
-rw-r--r-- |
picard_MarkDuplicates.txt
|
2705 |
-rw-r--r-- |
picard_RnaSeqMetrics_stats.tabular
|
646 |
-rw-r--r-- |
picard_baseContent_stats.tabular
|
301 |
-rw-r--r-- |
picard_collectGcBias.txt
|
5175 |
-rw-r--r-- |
picard_dups_stats.tabular
|
277 |
-rw-r--r-- |
picard_insertSize_stats.tabular
|
537 |
-rw-r--r-- |
post_aligner_soft_report.html
|
1318981 |
-rw-r--r-- |
post_aligner_soft_stats.tabular
|
3151 |
-rw-r--r-- |
pre_alignment_soft_log.txt
|
12013 |
-rw-r--r-- |
pre_alignment_soft_report.html
|
1141064 |
-rw-r--r-- |
pre_alignment_soft_stats.tabular
|
643 |
-rw-r--r-- |
prokka_1.txt
|
135 |
-rw-r--r-- |
prokka_2.txt
|
100 |
-rw-r--r-- |
prokka_stats.tabular
|
200 |
-rw-r--r-- |
quast.tsv
|
1018 |
-rw-r--r-- |
quast_stats.tabular
|
1130 |
-rw-r--r-- |
report_manual_custom_content.html
|
1096466 |
-rw-r--r-- |
rsem.txt
|
464 |
-rw-r--r-- |
rseqc.txt
|
645 |
-rw-r--r-- |
salmon_flenDist.txt
|
23381 |
-rw-r--r-- |
salmon_meta_info.json
|
387 |
-rw-r--r-- |
samblaster.txt
|
1096 |
-rw-r--r-- |
samblaster_stats.tabular
|
67 |
-rw-r--r-- |
samtools_flagstat.txt
|
398 |
-rw-r--r-- |
samtools_flagstat_stats.tabular
|
903 |
-rw-r--r-- |
samtools_idxstats.txt
|
1514 |
-rw-r--r-- |
samtools_stats.txt
|
197687 |
-rw-r--r-- |
samtools_stats_stats.tabular
|
1062 |
-rw-r--r-- |
snpeff.csv
|
163560 |
-rw-r--r-- |
snpeff_stats.tabular
|
9177 |
-rw-r--r-- |
sortmerna.txt
|
4038 |
-rw-r--r-- |
sortmerna_stats.tabular
|
630 |
-rw-r--r-- |
star_counts.txt
|
91 |
-rw-r--r-- |
star_log.txt
|
1811 |
-rw-r--r-- |
star_stats.tabular
|
618 |
-rw-r--r-- |
tophat.txt
|
557 |
-rw-r--r-- |
tophat_stats.tabular
|
240 |
-rw-r--r-- |
trimmomatic.txt
|
581 |
-rw-r--r-- |
trimmomatic_stats.tabular
|
110 |
-rw-r--r-- |
vcftools.txt
|
56241 |
-rw-r--r-- |