Mercurial > repos > iuc > multiqc
view test-data/picard_CollectInsertSizeMetrics.txt @ 24:f7e2f1eb3a16 draft default tip
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/multiqc commit dffbb5d421a5a5773bcb7f05933b12c45461bb58
| author | iuc |
|---|---|
| date | Mon, 02 Sep 2024 14:22:54 +0000 |
| parents | 3bad335ccea9 |
| children |
line wrap: on
line source
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=/omaha-beach/cloud_26/files/000/dataset_199.dat DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INPUT=/omaha-beach/cloud_26/files/000/dataset_197.dat OUTPUT=/omaha-beach/cloud_26/files/000/dataset_198.dat ASSUME_SORTED=true VERBOSITY=ERROR QUIET=true VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT REFERENCE_SEQUENCE=localref.fa STOP_AFTER=0 COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Mon May 23 09:33:00 UTC 2016 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 194 63 100 5331452 271.809759 196.076488 311788 FR 25 47 69 91 127 343 941 1515 2585 16663 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 100 2 101 117 102 424 103 390 104 376 105 335 106 360 107 343 108 353 109 386 110 349 111 368 112 445 113 459 114 470 115 512 116 478 117 520 118 558 119 599 120 603 121 600 122 696 123 703 124 657 125 747 126 734 127 753 128 820 129 880 130 923 131 931 132 953 133 1006 134 1086 135 1134 136 1177 137 1280 138 1381 139 1419 140 1494 141 1625 142 1697 143 1838 144 1899 145 1957 146 2197 147 2214 148 2276 149 2450 150 2557 151 2523 152 2619 153 2591 154 2575 155 2745 156 2756 157 2716 158 2765 159 2775 160 2884 161 2830 162 2781 163 2718 164 2777 165 2859 166 2803 167 2855 168 2896 169 2817 170 2843 171 2817 172 2844 173 2855 174 2777 175 2684 176 2703 177 2574 178 2516 179 2569 180 2494 181 2374 182 2322 183 2186 184 2117 185 1992 186 1914 187 1831 188 1883 189 1705 190 1610 191 1484 192 1484 193 1358 194 1290 195 1180 196 1148 197 1013 198 979 199 895 200 809 201 715 202 699 203 616 204 507 205 501 206 423 207 374 208 342 209 301 210 286 211 180 212 202 213 175 214 164 215 134 216 129 217 93 218 86 219 89 220 79 221 66 222 66 223 57 224 78 225 67 226 69 227 70 228 73 229 82 230 77 231 85 232 100 233 109 234 79 235 96 236 113 237 100 238 112 239 106 240 141 241 141 242 136 243 133 244 145 245 136 246 139 247 150 248 162 249 157 250 147 251 170 252 150 253 180 254 185 255 187 256 189 257 181 258 186 259 188 260 197 261 199 262 195 263 183 264 208 265 192 266 213 267 215 268 207 269 192 270 186 271 189 272 197 273 188 274 216 275 203 276 179 277 209 278 194 279 202 280 180 281 177 282 176 283 173 284 177 285 167 286 167 287 181 288 184 289 190 290 144 291 161 292 178 293 173 294 134 295 151 296 136 297 145 298 140 299 144 300 123 301 121 302 112 303 103 304 118 305 110 306 117 307 126 308 110 309 95 310 97 311 105 312 97 313 98 314 104 315 81 316 86 317 83 318 89 319 78 320 88 321 89 322 94 323 84 324 95 325 86 326 100 327 97 328 95 329 186 330 97 331 74 332 91 333 79 334 109 335 101 336 95 337 100 338 108 339 94 340 124 341 102 342 107 343 103 344 107 345 114 346 97 347 109 348 95 349 115 350 96 351 101 352 111 353 121 354 104 355 109 356 91 357 129 358 111 359 126 360 127 361 123 362 123 363 101 364 116 365 114 366 103 367 115 368 117 369 110 370 109 371 108 372 121 373 111 374 125 375 121 376 107 377 101 378 130 379 103 380 115 381 92 382 103 383 101 384 97 385 114 386 110 387 94 388 102 389 90 390 98 391 82 392 85 393 86 394 82 395 86 396 82 397 111 398 85 399 90 400 89 401 95 402 57 403 105 404 83 405 69 406 73 407 79 408 89 409 66 410 93 411 81 412 78 413 71 414 62 415 71 416 83 417 69 418 77 419 76 420 68 421 73 422 59 423 74 424 63 425 72 426 64 427 72 428 78 429 69 430 71 431 74 432 71 433 62 434 78 435 80 436 85 437 77 438 84 439 72 440 85 441 84 442 79 443 65 444 87 445 81 446 70 447 77 448 60 449 66 450 82 451 88 452 74 453 97 454 82 455 86 456 97 457 107 458 84 459 91 460 103 461 88 462 96 463 82 464 109 465 104 466 106 467 103 468 85 469 102 470 100 471 106 472 99 473 101 474 116 475 104 476 110 477 103 478 98 479 95 480 108 481 111 482 102 483 118 484 115 485 113 486 123 487 111 488 119 489 120 490 112 491 115 492 114 493 114 494 129 495 117 496 126 497 113 498 120 499 114 500 140 501 108 502 116 503 110 504 86 505 127 506 128 507 119 508 111 509 122 510 121 511 155 512 139 513 141 514 130 515 132 516 131 517 132 518 143 519 146 520 135 521 141 522 132 523 141 524 151 525 144 526 143 527 155 528 149 529 149 530 129 531 129 532 121 533 139 534 153 535 141 536 125 537 136 538 139 539 128 540 140 541 107 542 114 543 138 544 138 545 140 546 113 547 132 548 145 549 139 550 139 551 107 552 131 553 119 554 117 555 132 556 125 557 197 558 118 559 115 560 127 561 111 562 115 563 110 564 117 565 114 566 113 567 115 568 127 569 113 570 107 571 111 572 97 573 112 574 110 575 108 576 110 577 108 578 113 579 104 580 78 581 101 582 121 583 97 584 111 585 107 586 98 587 107 588 94 589 113 590 110 591 107 592 114 593 118 594 100 595 116 596 98 597 107 598 90 599 114 600 107 601 117 602 109 603 103 604 107 605 122 606 112 607 106 608 114 609 101 610 95 611 106 612 107 613 101 614 115 615 88 616 113 617 101 618 103 619 114 620 110 621 126 622 108 623 112 624 111 625 121 626 116 627 106 628 111 629 93 630 103 631 96 632 98 633 80 634 104 635 86 636 88 637 102 638 89 639 78 640 85 641 109 642 106 643 80 644 86 645 93 646 76 647 81 648 91 649 92 650 100 651 88 652 73 653 97 654 111 655 76 656 99 657 90 658 92 659 87 660 101 661 103 662 91 663 105 664 102 665 89 666 84 667 104 668 95 669 99 670 106 671 101 672 103 673 111 674 94 675 108 676 93 677 113 678 101 679 86 680 102 681 97 682 91 683 107 684 102 685 112 686 112 687 98 688 102 689 112 690 116 691 90 692 90 693 96 694 100 695 85 696 101 697 106 698 92 699 90 700 97 701 102 702 105 703 109 704 122 705 101 706 123 707 126 708 115 709 114 710 99 711 136 712 102 713 114 714 114 715 119 716 105 717 121 718 140 719 113 720 124 721 140 722 102 723 146 724 118 725 145 726 133 727 155 728 149 729 129 730 146 731 153 732 155 733 164 734 162 735 179 736 162 737 158 738 161 739 171 740 171 741 168 742 161 743 198 744 185 745 146 746 161 747 178 748 184 749 185 750 179 751 189 752 187 753 166 754 179 755 170 756 181 757 193 758 185 759 201 760 202 761 195 762 176 763 204 764 201 765 182 766 183 767 180 768 161 769 174 770 173 771 185 772 160 773 180 774 170 775 167 776 187 777 167 778 179 779 187 780 157 781 176 782 162 783 158 784 161 785 160 786 177 787 161 788 174 789 145 790 143 791 148 792 162 793 170 794 145 795 157 796 132 797 150 798 149 799 131 800 158 801 132 802 128 803 118 804 107 805 120 806 132 807 122 808 108 809 116 810 133 811 112 812 125 813 93 814 94 815 94 816 101 817 91 818 94 819 98 820 82 821 73 822 87 823 69 824 84