# HG changeset patch # User iuc # Date 1617868346 0 # Node ID d1dd7d1b07f61f8802fbdff7da459efb9ee89576 "planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/nextclade commit 66df2726d24d9f37eaaa31fea967a0553cc5c3e6" diff -r 000000000000 -r d1dd7d1b07f6 all_fasta.loc.sample --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/all_fasta.loc.sample Thu Apr 08 07:52:26 2021 +0000 @@ -0,0 +1,18 @@ +#This file lists the locations and dbkeys of all the fasta files +#under the "genome" directory (a directory that contains a directory +#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file +#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are +#TAB characters): +# +# +# +#So, all_fasta.loc could look something like this: +# +#apiMel3 apiMel3 Honeybee (Apis mellifera): apiMel3 /path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /path/to/genome/hg19/hg19canon.fa +#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /path/to/genome/hg19/hg19full.fa +# +#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual +#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build, +#such as with hg19 above. +# diff -r 000000000000 -r d1dd7d1b07f6 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Thu Apr 08 07:52:26 2021 +0000 @@ -0,0 +1,64 @@ + + 0.1.6 + + + + + + + + @online{nextclade, + title={nextclade}, + year = 2021, + url = {https://github.com/nextstrain/nextclade}, + urldate = {2021-03-26} + } + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r d1dd7d1b07f6 nextalign.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/nextalign.xml Thu Apr 08 07:52:26 2021 +0000 @@ -0,0 +1,203 @@ + + + macros.xml + + + nextalign + + nextalign --version-detailed + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + output_insertions + + + + translation['translation_select'] == 'yes' + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r d1dd7d1b07f6 test-data/all_fasta.loc --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/all_fasta.loc Thu Apr 08 07:52:26 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +reference_fasta reference_fasta reference_fasta ${__HERE__}/reference.fasta \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r d1dd7d1b07f6 test-data/genemap.gtf --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/genemap.gtf Thu Apr 08 07:52:26 2021 +0000 @@ -0,0 +1,18 @@ +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GTF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GTF spec. +# See GTF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +. . gene 26245 26472 . + . gene_name "E" +. . gene 26523 27191 . + . gene_name "M" +. . gene 28274 29533 . + . gene_name "N" +. . gene 29558 29674 . + . gene_name "ORF10" +. . gene 28734 28955 . + . gene_name "ORF14" +. . gene 266 13468 . + . gene_name "ORF1a" +. . gene 13468 21555 . + . gene_name "ORF1b" +. . gene 25393 26220 . + . gene_name "ORF3a" +. . gene 27202 27387 . + . gene_name "ORF6" +. . gene 27394 27759 . + . gene_name "ORF7a" +. . gene 27756 27887 . + . gene_name "ORF7b" +. . gene 27894 28259 . + . gene_name "ORF8" +. . gene 28284 28577 . + . gene_name "ORF9b" +. . gene 21563 25384 . + . gene_name "S" diff -r 000000000000 -r d1dd7d1b07f6 test-data/insertions.csv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/insertions.csv Thu Apr 08 07:52:26 2021 +0000 @@ -0,0 +1,11 @@ +seqName,insertions +"Bangladesh/BCSIR-NILMRC-222/2020","" +"Bangladesh/BCSIR-NILMRC-249/2020","" +"USA/WI-UW-704/2020","" +"Bangladesh/BCSIR-NILMRC-338/2020","" +"Switzerland/ZH-ETHZ-190035/2020","" +"Switzerland/AG-ETHZ-190082/2020","" +"Brazil/RJ-DCV5/2020","" +"Brazil/RJ-DCVTV507Q/2020","" +"Switzerland/BE-ETHZ-210066/2020","" +"Switzerland/SO-ETHZ-210070/2020","" diff -r 000000000000 -r d1dd7d1b07f6 test-data/output.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output.fasta Thu Apr 08 07:52:26 2021 +0000 @@ -0,0 +1,20 @@ +>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-222/2020 +ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTTCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACTACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTTTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAAC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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-249/2020 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+>USA/WI-UW-704/2020 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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-338/2020 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+>Brazil/RJ-DCV5/2020 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