# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1619464228 0
# Node ID 615f484bdb4aa80ab884de1debe599a7ab11c698

"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/nextclade commit 52ba8fbf88f6c92b2811ace30ebd091b0800057a"

diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a all_fasta.loc.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/all_fasta.loc.sample	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,18 @@
+#This file lists the locations and dbkeys of all the fasta files
+#under the "genome" directory (a directory that contains a directory
+#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file
+#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are
+#TAB characters):
+#
+#<unique_build_id>	<dbkey>	<display_name>	<file_path>
+#
+#So, all_fasta.loc could look something like this:
+#
+#apiMel3	apiMel3	Honeybee (Apis mellifera): apiMel3	/path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/path/to/genome/hg19/hg19canon.fa
+#hg19full	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Full	/path/to/genome/hg19/hg19full.fa
+#
+#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual
+#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build,
+#such as with hg19 above.
+#
diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,64 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">0.1.6</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="bibtex">@online{nextclade,
+                title={nextclade},
+                year = 2021,
+                url = {https://github.com/nextstrain/nextclade},
+                urldate = {2021-03-26}
+                }
+            </citation>
+            <yield />
+        </citations>
+    </xml>
+
+    <!--
+        command
+    -->
+    <token name="@REF_FASTA@"><![CDATA[
+    #if $reference_source.reference_source_selector == 'history':
+        ln -f -s '$reference_source.ref_file' reference.fa &&
+    #else:
+        ln -f -s '$reference_source.ref_file.fields.path' reference.fa &&
+    #end if
+]]></token>
+
+    <!--
+        inputs
+    -->
+
+    <xml name="reference">
+        <conditional name="reference_source">
+            <param name="reference_source_selector" type="select" label="Choose the source for the reference genome">
+                <option value="cached">Use a built-in genome</option>
+                <option value="history">Use a genome from history</option>
+            </param>
+            <when value="cached">
+                <param name="ref_file" type="select" label="Using reference genome" help="Select genome from the list">
+                    <options from_data_table="all_fasta">
+                        <filter type="sort_by" column="2"/>
+                    </options>
+                    <validator type="no_options" message="A built-in reference genome is not available for the build associated with the selected input file"/>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="history">
+                <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Use the following dataset as the reference sequence" help="You can upload a FASTA sequence to the history and use it as reference"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+
+    <!--
+        help
+    -->
+    <token name="@NEXTCLADE@"><![CDATA[
+Nextclade is a tool that identifies differences between your sequences and a reference sequence, uses these differences to assign your sequences to clades, and reports potential sequence quality issues in your data.
+You can use the tool to analyze sequences before you upload them to a database, or if you want to assign Nextstrain clades to a set of sequences.
+]]></token>
+
+</macros>
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a nextclade.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/nextclade.xml	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,144 @@
+<tool id="nextclade" name="Nextclade" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="20.01" license="MIT">
+    <description></description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">0.14.2</token>
+        <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    </macros>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">nextclade_js</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        nextclade
+        --input-fasta '${input_fasta}'
+        #if $outputs and "report_tsv" in $outputs
+            --output-tsv '${report_tsv}'
+        #end if 
+        #if $outputs and "report_json" in $outputs
+            --output-json '${report_json}'
+        #end if 
+        #if $outputs and "output_tree" in $outputs
+            --output-tree '${output_tree}'
+        #end if
+        #if str($adv.advanced_options) == "yes"
+            #if $adv.input_qc_config
+                --input-qc-config '${adv.input_qc_config}'
+            #end if
+            #if $adv.input_root_seq
+                --input-root-seq '${adv.input_root_seq}'
+            #end if
+            #if $adv.input_tree
+                --input-tree '${adv.input_tree}'
+            #end if
+            #if $adv.input_gene_map
+                --input-gene-map '${adv.input_gene_map}'
+            #end if 
+            #if $adv.input_pcr_primers
+                --input-pcr-primers '${adv.input_pcr_primers}'
+            #end if
+        #end if
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param argument="--input-fasta" name="input_fasta" type="data" format="fasta" label="SARS-CoV-2 consensus sequences (FASTA)" />
+        <param name="outputs" type="select" label="Output options" help="Output reports and optionally tree" multiple="true">
+            <option value="report_json">JSON format report</option>
+            <option value="report_tsv" selected="true">Tabular format report</option>
+            <option value="output_tree">Auspice v2 tree file (JSON format)</option>
+        </param>
+        <conditional name="adv">
+            <param name="advanced_options" type="select" label="Use advanced options" >
+                <option value="yes">Yes</option>
+                <option value="no" selected="true">No</option>
+            </param>
+            <when value="yes">
+                <param argument="--input-qc-config" name="input_qc_config" type="data" label="Quality Control (QC) Config file" format="json" optional="true" help="QC config json file containing custom QC configuration" />
+                <param argument="--input-root-seq" name="input_root_seq" type="data" label="Custom root sequence" format="txt" optional="true" help="Text file containing custom root sequence" />
+                <param argument="--input-tree" name="input_tree" type="data" label="Custom reference tree" format="json" optional="true" help="Auspice JSON v2 file containing custom reference tree" />
+                <param argument="--input-gene-map" name="input_gene_map" type="data" label="Custom gene map" format="json" optional="true" help="JSON file containing custom gene map. Gene map (sometimes also called 'gene annotations') is used to resolve aminoacid changes in genes" />
+                <param argument="--input-pcr-primers" name="input_pcr_primers" type="data" label="Custom PCR primer sites" format="json" optional="true" help="CSV file containing a list of custom PCR primer sites. These are used to report mutations in these sites" />
+            </when>
+            <when value="no">
+            </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="report_tsv" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string} (TSV report)">
+            <filter>outputs and "report_tsv" in outputs</filter>
+        </data>
+        <data name="report_json" format="json" label="${tool.name} on ${on_string} (JSON report)">
+            <filter>outputs and "report_json" in outputs</filter>
+        </data>
+        <data name="output_tree" format="json" label="${tool.name} on ${on_string} (Auspice v2 tree)">
+            <filter>outputs and "output_tree" in outputs</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="input_fasta" value="sarscov2_1.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="outputs" value="report_tsv" />
+            <output name="report_tsv">
+                <assert_contents>
+                    <has_text text="20A" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="3">
+            <param name="input_fasta" value="sarscov2_1.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="outputs" value="report_tsv,report_json,output_tree" />
+            <output name="report_tsv">
+                <assert_contents>
+                    <has_text text="20A" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="report_json">
+                <assert_contents>
+                    <has_text text='"pos": 240,' />
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="output_tree">
+                <assert_contents>
+                    <has_text text='"build_url": "https://github.com/nextstrain/nextclade"' />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="input_fasta" value="sarscov2_1.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="outputs" value="report_tsv" />
+            <conditional name="adv">
+                <param name="advanced_options" value="yes" />
+                <param name="input_qc_config" value="strict_qc.json" ftype="json" />
+            </conditional>
+            <output name="report_tsv">
+                <assert_contents>
+                    <has_text text="mediocre" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+Nextclade_ assigns clades, calls mutations and performs sequence quality checks on SARS-CoV-2 genomes.
+
+**Input**
+
+Input is a FASTA file containing one or more SARS-CoV-2 consensus genomes.
+
+**Output**
+
+Outputs can include:
+
+* A tabular format file with a report, one line per input sequence
+
+* A JSON format file with the same information as is present in the tabular report
+
+* An Auspice v2 tree file in JSON format
+
+.. _Nextclade: https://github.com/nextstrain/nextclade
+
+    ]]></help>
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a test-data/all_fasta.loc
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/all_fasta.loc	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,1 @@
+reference_fasta	reference_fasta	reference_fasta	${__HERE__}/reference.fasta
\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a test-data/genemap.gtf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genemap.gtf	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GTF format.
+# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GTF spec.
+# See GTF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html
+# seqname	source	feature	start	end	score	strand	frame	attribute
+.	.	gene	26245	26472	.	+	.	 gene_name "E"
+.	.	gene	26523	27191	.	+	.	 gene_name "M"
+.	.	gene	28274	29533	.	+	.	 gene_name "N"
+.	.	gene	29558	29674	.	+	.	 gene_name "ORF10"
+.	.	gene	28734	28955	.	+	.	 gene_name "ORF14"
+.	.	gene	266	13468	.	+	.	 gene_name "ORF1a"
+.	.	gene	13468	21555	.	+	.	 gene_name "ORF1b"
+.	.	gene	25393	26220	.	+	.	 gene_name "ORF3a"
+.	.	gene	27202	27387	.	+	.	 gene_name "ORF6"
+.	.	gene	27394	27759	.	+	.	 gene_name "ORF7a"
+.	.	gene	27756	27887	.	+	.	 gene_name "ORF7b"
+.	.	gene	27894	28259	.	+	.	 gene_name "ORF8"
+.	.	gene	28284	28577	.	+	.	 gene_name "ORF9b"
+.	.	gene	21563	25384	.	+	.	 gene_name "S"
diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a test-data/insertions.csv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/insertions.csv	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,11 @@
+seqName,insertions
+"Bangladesh/BCSIR-NILMRC-222/2020",""
+"Bangladesh/BCSIR-NILMRC-249/2020",""
+"USA/WI-UW-704/2020",""
+"Bangladesh/BCSIR-NILMRC-338/2020",""
+"Switzerland/ZH-ETHZ-190035/2020",""
+"Switzerland/AG-ETHZ-190082/2020",""
+"Brazil/RJ-DCV5/2020",""
+"Brazil/RJ-DCVTV507Q/2020",""
+"Switzerland/BE-ETHZ-210066/2020",""
+"Switzerland/SO-ETHZ-210070/2020",""
diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a test-data/output.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output.fasta	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,20 @@
+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-222/2020
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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-249/2020
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+>USA/WI-UW-704/2020
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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-338/2020
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+>Brazil/RJ-DCV5/2020
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+>Brazil/RJ-DCVTV507Q/2020
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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-222/2020
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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-338/2020
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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-222/2020
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+>Bangladesh/BCSIR-NILMRC-249/2020
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+>USA/WI-UW-704/2020
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+>Switzerland/BE-ETHZ-210066/2020
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+>Switzerland/SO-ETHZ-210070/2020
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diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a tool_data_table_conf.xml.sample
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@@ -0,0 +1,7 @@
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+    <!-- Locations of all fasta files under genome directory -->
+    <table name="all_fasta" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="all_fasta.loc" />
+    </table>
+</tables>
diff -r 000000000000 -r 615f484bdb4a tool_data_table_conf.xml.test
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test	Mon Apr 26 19:10:28 2021 +0000
@@ -0,0 +1,7 @@
+<tables>
+    <!-- Locations of all fasta files under genome directory -->
+    <table name="all_fasta" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/all_fasta.loc"/>
+    </table>
+</tables>