# HG changeset patch
# User iuc
# Date 1643395654 0
# Node ID 554aa2a63f041c824335f1491f96f61f30301b15

"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/read-it-and-keep commit 4b41e2742ba5f9c957e13a188ca49e60e16ae13b"

diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 all_fasta.loc.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/all_fasta.loc.sample	Fri Jan 28 18:47:34 2022 +0000
@@ -0,0 +1,18 @@
+#This file lists the locations and dbkeys of all the fasta files
+#under the "genome" directory (a directory that contains a directory
+#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file
+#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are
+#TAB characters):
+#
+#<unique_build_id>	<dbkey>	<display_name>	<file_path>
+#
+#So, all_fasta.loc could look something like this:
+#
+#apiMel3	apiMel3	Honeybee (Apis mellifera): apiMel3	/path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/path/to/genome/hg19/hg19canon.fa
+#hg19full	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Full	/path/to/genome/hg19/hg19full.fa
+#
+#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual
+#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build,
+#such as with hg19 above.
+#
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 read-it-and-keep.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/read-it-and-keep.xml	Fri Jan 28 18:47:34 2022 +0000
@@ -0,0 +1,162 @@
+<tool id="read_it_and_keep" name="Read It and Keep" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0" profile="20.09">
+    <macros>
+        <token name="@FASTQ_FORMATS@">fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz</token>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">0.1.0</token>
+    </macros>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">read-it-and-keep</requirement>
+        <requirement type="package">python</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        #if $ref_source.source == "history"
+            ln -s '$ref_source.ref_fasta' ref${trim_reference}.fasta &&
+        #elif $ref_source.source == "builtin"
+            ln -s '$ref_source.ref_fasta_builtin.path' ref${trim_reference}.fasta &&
+        #end if
+        #if $trim_reference
+            python '$__tool_directory__/trim_reference.py' ref${trim_reference}.fasta ref.fasta &&
+        #end if
+        #if $reads.read_type == "paired"
+            ln -s '$reads.read1' read1.fastq &&
+            ln -s '$reads.read2' read2.fastq &&
+        #elif $reads.read_type == 'paired_collection'
+            ln -s '$reads.paired_reads.forward' read1.fastq &&
+            ln -s '$reads.paired_reads.reverse' read2.fastq &&
+        #elif $reads.read_type == 'single'
+            ln -s '$reads.single_read1' read1.fastq &&
+        #end if
+        readItAndKeep
+            --tech $sequencing_tech
+            --ref_fasta ref.fasta
+            --min_map_length $adv.min_map_length
+            --min_map_length_pc $adv.min_map_length_pc
+            --reads1 read1.fastq
+            #if $reads.read_type != "single"
+                --reads2 read2.fastq
+            #end if
+            -o output
+            #if $reads.read_type == 'single'
+                && mv output.reads.fastq.gz output.reads_1.fastq.gz
+            #end if
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <conditional name="reads">
+            <param type="select" label="Read type" name="read_type">
+                <option value="paired" selected="true">Paired end</option>
+                <option value="paired_collection">Paired collection</option>
+                <option value="single">Single ended</option>
+            </param>
+            <when value="paired">
+                <param type="data" format="@FASTQ_FORMATS@" name="read1" label="Read1" />
+                <param type="data" format="@FASTQ_FORMATS@" name="read2" label="Read2" />
+            </when>
+            <when value="paired_collection">
+                <param type="data_collection" collection_type="paired" format="@FASTQ_FORMATS@" name="paired_reads" label="Reads" />
+            </when>
+            <when value="single">
+                <param type="data" format="@FASTQ_FORMATS@" name="single_read1" label="Read1" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <conditional name="ref_source">
+            <param type="select" label="Reference genome source" name="source">
+                <option value="history" selected="true">History</option>
+                <option value="builtin">Built-in</option>
+            </param>
+            <when value="history">
+                <param type="data" format="fasta" name="ref_fasta" label="Reference genome" />
+            </when>
+            <when value="builtin">
+                <param type="select" name="ref_fasta_builtin" label="Reference genome">
+                    <options from_data_table="all_fasta" />
+                </param>
+            </when>
+        </conditional>
+        <param type="boolean" name="trim_reference" label="Trim trailing As from the reference sequence" checked="true" truevalue="_untrimmed" falsevalue="" help="Remove all As at the end of the reference sequence to ensure that the reference has no poly-A tail (see Note in the general help section below)" />
+        <param type="select" argument="--tech" name="sequencing_tech" label="Sequencing technology">
+            <option value="illumina">Illumina</option>
+            <option value="ont">Oxford Nanopore</option>
+        </param>
+        <section name="adv" title="Advanced options">
+            <param argument="--min_map_length" type="integer" min="0" value="50" label="Shortest match required to keep a read (in bp)" />
+            <param argument="--min_map_length_pc" type="float" min="0.0" max="100.0" value="50.0" label="Minimum length of match required to keep a read (as percentage of read length" />
+        </section>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output_reads1" format="fastqsanger.gz" label="Filtered reads ${on_string} - reads1" from_work_dir="output.reads_1.fastq.gz">
+            <filter>reads["read_type"] == "single" or reads["read_type"] == "paired"</filter>
+        </data>
+        <data name="output_reads2" format="fastqsanger.gz" label="Filtered reads ${on_string} - reads2" from_work_dir="output.reads_2.fastq.gz">
+            <filter>reads["read_type"] == "paired"</filter>
+        </data>
+        <collection type="paired" format="fastqsanger.gz" name="output_collection" label="Filtered reads ${on_string}">
+            <filter>reads["read_type"] == "paired_collection"</filter>
+            <data name="forward" format="fastqsanger.gz" from_work_dir="output.reads_1.fastq.gz" />
+            <data name="reverse" format="fastqsanger.gz" from_work_dir="output.reads_2.fastq.gz" />
+        </collection>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test expect_num_outputs="2">
+            <conditional name="reads">
+                <param name="read_type" value="paired" />
+                <param name="read1" value="test1.fastq.gz" ftype="fastqsanger.gz" />
+                <param name="read2" value="test2.fastq.gz" ftype="fastqsanger.gz" />
+            </conditional>
+            <conditional name="ref_source">
+                <param name="source" value="history" />
+                <param name="ref_fasta" value="reference.fasta" ftype="fasta" />
+            </conditional>
+            <param name="sequencing_tech" value="illumina" />
+            <output name="output_reads1" value="output_test1.fastq.gz" />
+            <output name="output_reads2" value="output_test2.fastq.gz" />
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="3">
+            <conditional name="reads">
+                <param name="read_type" value="paired_collection" />
+                <param name="paired_reads">
+                    <collection type="paired">
+                        <element name="forward" value="test1.fastq.gz" ftype="fastqsanger.gz" />
+                        <element name="reverse" value="test2.fastq.gz" ftype="fastqsanger.gz" />    
+                    </collection>
+                </param>
+            </conditional>
+            <conditional name="ref_source">
+                <param name="source" value="history" />
+                <param name="ref_fasta" value="reference.fasta" ftype="fasta" />
+            </conditional>
+            <param name="sequencing_tech" value="illumina" />
+            <output_collection name="output_collection">
+                <element name="forward" value="output_test1.fastq.gz" />
+                <element name="reverse" value="output_test2.fastq.gz" />
+            </output_collection>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="reads">
+                <param name="read_type" value="single" />
+                <param name="single_read1" value="test3.fastq.gz" ftype="fastqsanger.gz"/>
+            </conditional>
+            <conditional name="ref_source">
+                <param name="source" value="history" />
+                <param name="ref_fasta" value="reference.fasta" ftype="fasta" />
+            </conditional>
+            <param name="sequencing_tech" value="ont" />
+            <output name="output_reads1" value="output_test3.fastq.gz" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+ReadItAndKeep
+-------------
+
+ReadItAndKeep is a tool for filtering viral sequence data to remove host reads, developed for cleaning
+SARS-CoV-2 sequencing data. It maps reads against the SARS-CoV-2 viral genome (with the poly-A tail removed)
+and only keeps those that map well.
+
+**Note**: If the reference genome supplied contains a poly-A tail, reads that contain part of a poly-A tail will map
+to the refence, no matter what species they originate from. If you are not sure if the reference you are using has had
+trailing A's trimmed, enable the `Trim trailing As` option.
+
+Input can be either Illumina or Oxford Nanopore reads.
+    ]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1101/2022.01.21.477194</citation>
+    </citations>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 test-data/output_test1.fastq.gz
Binary file test-data/output_test1.fastq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 test-data/output_test2.fastq.gz
Binary file test-data/output_test2.fastq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 test-data/output_test3.fastq.gz
Binary file test-data/output_test3.fastq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 test-data/reference.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/reference.fasta	Fri Jan 28 18:47:34 2022 +0000
@@ -0,0 +1,430 @@
+>MN908947.3 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA
+CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC
+TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG
+TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC
+CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC
+GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG
+CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT
+GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC
+GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT
+TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA
+GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG
+TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG
+CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG
+TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG
+CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA
+ATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA
+CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCAC
+CAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA
+GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACT
+ACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAG
+GACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCG
+CACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCA
+CGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACA
+ACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA
+GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGAT
+TATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAG
+GTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCG
+TGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCC
+GCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG
+ATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG
+GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTT
+AAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA
+TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGT
+AAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTA
+GGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCC
+TACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT
+AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAA
+GCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGT
+ACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAA
+GGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT
+GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAA
+ATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACC
+ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAA
+TTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAG
+AAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATT
+TGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAA
+CAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTC
+AACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT
+AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACA
+GTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTA
+CTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAG
+TTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGT
+GAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTAT
+TATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAA
+TGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGT
+GAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTA
+AACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAAC
+TCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCA
+GATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTG
+ATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAAT
+GCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAAT
+GGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTA
+TTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGC
+AGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAA
+TATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAA
+CAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTA
+TGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTT
+TCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAG
+AACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACA
+ACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCAC
+CTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTA
+AGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACA
+ACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGT
+AAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTG
+ATCCTAGTTTTCTGGGTAGGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAA
+TGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATCTTGCCACTGCATTGTTAACACTCCAACAA
+ATAGAGTTGAAGTTTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAGCTGCTA
+ACTTTTGTGCACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTAGGTGATGTTAGAGAAACAAT
+GAGTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTAGATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTGTAAAACTTGT
+GGACAACAGCAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGGCACACTTTCTTATGAACAAT
+TTAAGAAAGGTGTTCAGATACCTTGTACGTGTGGTAAACAAGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTC
+ACCTTTTGTTATGATGTCAGCACCACCTGCTCAGTATGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGT
+GAGTACACTGGTAATTACCAGTGTGGTCACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCATAG
+ACGGTGCTTTACTTACAAAGTCCTCAGAATACAAAGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAACAG
+TTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGATGGTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAG
+TTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACAGAGCAACCAATTGATCTTGTACCAAACCAAC
+CATATCCAAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGTGATAATATCAAATTTGCTGATGATTTAAA
+CCAGTTAACTGGTTATAAGAAACCTGCTTCAAGAGAGCTTAAAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGT
+GATGTGGTGGCTATTGATTATAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGAGCTAAATTGTTACATAAAC
+CTATTGTTTGGCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTGTATACGTTG
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+ATGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAACCAGTCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGA
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+TAGCTGTTGAACAAGACAAAAACACCCAAGAAGTTTTTGCACAAGTCAAACAAATTTACAAAACACCACC
+AATTAAAGATTTTGGTGGTTTTAATTTTTCACAAATATTACCAGATCCATCAAAACCAAGCAAGAGGTCA
+TTTATTGAAGATCTACTTTTCAACAAAGTGACACTTGCAGATGCTGGCTTCATCAAACAATATGGTGATT
+GCCTTGGTGATATTGCTGCTAGAGACCTCATTTGTGCACAAAAGTTTAACGGCCTTACTGTTTTGCCACC
+TTTGCTCACAGATGAAATGATTGCTCAATACACTTCTGCACTGTTAGCGGGTACAATCACTTCTGGTTGG
+ACCTTTGGTGCAGGTGCTGCATTACAAATACCATTTGCTATGCAAATGGCTTATAGGTTTAATGGTATTG
+GAGTTACACAGAATGTTCTCTATGAGAACCAAAAATTGATTGCCAACCAATTTAATAGTGCTATTGGCAA
+AATTCAAGACTCACTTTCTTCCACAGCAAGTGCACTTGGAAAACTTCAAGATGTGGTCAACCAAAATGCA
+CAAGCTTTAAACACGCTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTTGGTGCAATTTCAAGTGTTTTAAATGATA
+TCCTTTCACGTCTTGACAAAGTTGAGGCTGAAGTGCAAATTGATAGGTTGATCACAGGCAGACTTCAAAG
+TTTGCAGACATATGTGACTCAACAATTAATTAGAGCTGCAGAAATCAGAGCTTCTGCTAATCTTGCTGCT
+ACTAAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGACAATCAAAAAGAGTTGATTTTTGTGGAAAGGGCTATCATCTTA
+TGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGACTTATGTCCCTGCACAAGAAAA
+GAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTT
+TCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACACAAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACA
+CATTTGTGTCTGGTAACTGTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACC
+TGAATTAGACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATTTA
+GGTGACATCTCTGGCATTAATGCTTCAGTTGTAAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTTG
+CCAAGAATTTAAATGAATCTCTCATCGATCTCCAAGAACTTGGAAAGTATGAGCAGTATATAAAATGGCC
+ATGGTACATTTGGCTAGGTTTTATAGCTGGCTTGATTGCCATAGTAATGGTGACAATTATGCTTTGCTGT
+ATGACCAGTTGCTGTAGTTGTCTCAAGGGCTGTTGTTCTTGTGGATCCTGCTGCAAATTTGATGAAGACG
+ACTCTGAGCCAGTGCTCAAAGGAGTCAAATTACATTACACATAAACGAACTTATGGATTTGTTTATGAGA
+ATCTTCACAATTGGAACTGTAACTTTGAAGCAAGGTGAAATCAAGGATGCTACTCCTTCAGATTTTGTTC
+GCGCTACTGCAACGATACCGATACAAGCCTCACTCCCTTTCGGATGGCTTATTGTTGGCGTTGCACTTCT
+TGCTGTTTTTCAGAGCGCTTCCAAAATCATAACCCTCAAAAAGAGATGGCAACTAGCACTCTCCAAGGGT
+GTTCACTTTGTTTGCAACTTGCTGTTGTTGTTTGTAACAGTTTACTCACACCTTTTGCTCGTTGCTGCTG
+GCCTTGAAGCCCCTTTTCTCTATCTTTATGCTTTAGTCTACTTCTTGCAGAGTATAAACTTTGTAAGAAT
+AATAATGAGGCTTTGGCTTTGCTGGAAATGCCGTTCCAAAAACCCATTACTTTATGATGCCAACTATTTT
+CTTTGCTGGCATACTAATTGTTACGACTATTGTATACCTTACAATAGTGTAACTTCTTCAATTGTCATTA
+CTTCAGGTGATGGCACAACAAGTCCTATTTCTGAACATGACTACCAGATTGGTGGTTATACTGAAAAATG
+GGAATCTGGAGTAAAAGACTGTGTTGTATTACACAGTTACTTCACTTCAGACTATTACCAGCTGTACTCA
+ACTCAATTGAGTACAGACACTGGTGTTGAACATGTTACCTTCTTCATCTACAATAAAATTGTTGATGAGC
+CTGAAGAACATGTCCAAATTCACACAATCGACGGTTCATCCGGAGTTGTTAATCCAGTAATGGAACCAAT
+TTATGATGAACCGACGACGACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCACAAGCTGATGAGTACGAACTTATGTAC
+TCATTCGTTTCGGAAGAGACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTAT
+TCTTGCTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGT
+GAGTCTTGTAAAACCTTCTTTTTACGTTTACTCTCGTGTTAAAAATCTGAATTCTTCTAGAGTTCCTGAT
+CTTCTGGTCTAAACGAACTAAATATTATATTAGTTTTTCTGTTTGGAACTTTAATTTTAGCCATGGCAGA
+TTCCAACGGTACTATTACCGTTGAAGAGCTTAAAAAGCTCCTTGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTC
+CTATTCCTTACATGGATTTGTCTTCTACAATTTGCCTATGCCAACAGGAATAGGTTTTTGTATATAATTA
+AGTTAATTTTCCTCTGGCTGTTATGGCCAGTAACTTTAGCTTGTTTTGTGCTTGCTGCTGTTTACAGAAT
+AAATTGGATCACCGGTGGAATTGCTATCGCAATGGCTTGTCTTGTAGGCTTGATGTGGCTCAGCTACTTC
+ATTGCTTCTTTCAGACTGTTTGCGCGTACGCGTTCCATGTGGTCATTCAATCCAGAAACTAACATTCTTC
+TCAACGTGCCACTCCATGGCACTATTCTGACCAGACCGCTTCTAGAAAGTGAACTCGTAATCGGAGCTGT
+GATCCTTCGTGGACATCTTCGTATTGCTGGACACCATCTAGGACGCTGTGACATCAAGGACCTGCCTAAA
+GAAATCACTGTTGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTGGGAGCTTCGCAGCGTGTAGCAGGTG
+ACTCAGGTTTTGCTGCATACAGTCGCTACAGGATTGGCAACTATAAATTAAACACAGACCATTCCAGTAG
+CAGTGACAATATTGCTTTGCTTGTACAGTAAGTGACAACAGATGTTTCATCTCGTTGACTTTCAGGTTAC
+TATAGCAGAGATATTACTAATTATTATGAGGACTTTTAAAGTTTCCATTTGGAATCTTGATTACATCATA
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+ATAATGGACCCCAAAATCAGCGAAATGCACCCCGCATTACGTTTGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAG
+TAACCAGAATGGAGAACGCAGTGGGGCGCGATCAAAACAACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACT
+GCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGGAAGACCTTAAATTCCCTCGAGGACAAGGCGTTC
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+TGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGGGCCAGAAGCT
+GGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCAA
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+ATTGCCAAAAGGCTTCTACGCAGAAGGGAGCAGAGGCGGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGT
+AGTCGCAACAGTTCAAGAAATTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCTCCTGCTAGAATGGCTGGCA
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+CAAAAACGTACTGCCACTAAAGCATACAATGTAACACAAGCTTTCGGCAGACGTGGTCCAGAACAAACCC
+AAGGAAATTTTGGGGACCAGGAACTAATCAGACAAGGAACTGATTACAAACATTGGCCGCAAATTGCACA
+ATTTGCCCCCAGCGCTTCAGCGTTCTTCGGAATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACACCTTCGGGAACG
+TGGTTGACCTACACAGGTGCCATCAAATTGGATGACAAAGATCCAAATTTCAAAGATCAAGTCATTTTGC
+TGAATAAGCATATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGCCTAAAAAGGACAAAAAGAAGAAGGC
+TGATGAAACTCAAGCCTTACCGCAGAGACAGAAGAAACAGCAAACTGTGACTCTTCTTCCTGCTGCAGAT
+TTGGATGATTTCTCCAAACAATTGCAACAATCCATGAGCAGTGCTGACTCAACTCAGGCCTAAACTCATG
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+GTGCAGAATGAATTCTCGTAACTACATAGCACAAGTAGATGTAGTTAACTTTAATCTCACATAGCAATCT
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+GATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAAT
+TTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAA
+
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 test-data/test1.fastq.gz
Binary file test-data/test1.fastq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 test-data/test2.fastq.gz
Binary file test-data/test2.fastq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 test-data/test3.fastq.gz
Binary file test-data/test3.fastq.gz has changed
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Fri Jan 28 18:47:34 2022 +0000
@@ -0,0 +1,7 @@
+<tables>
+    <!-- Locations of all fasta files under genome directory -->
+    <table name="all_fasta" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/all_fasta.loc" />
+    </table>
+</tables>
diff -r 000000000000 -r 554aa2a63f04 trim_reference.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/trim_reference.py	Fri Jan 28 18:47:34 2022 +0000
@@ -0,0 +1,28 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+from __future__ import print_function
+
+import argparse
+import sys
+
+if __name__ == '__main__':
+    parser = argparse.ArgumentParser()
+    parser.add_argument('input_file', type=argparse.FileType())
+    parser.add_argument('output_file', type=argparse.FileType('w'), nargs='?', default=sys.stdout)
+    args = parser.parse_args()
+    lines = args.input_file.readlines()
+    i = len(lines) - 1
+    trimmed = False
+    # step backwards through the lines, removing all As until we find a non-A nucleotide
+    while not trimmed:
+        line = lines[i].upper().rstrip()
+        for j in range(len(line) - 1, -1, -1):
+            # walk backwards through the line, checking for a non-A (and non-space) character
+            if line[j] not in ['A', ' ']:
+                lines[i] = line[:j + 1] + '\n'
+                trimmed = True
+                break
+        else:
+            # we processed the whole line - all As - so we don't include this line in the output
+            i -= 1
+    args.output_file.write(''.join(lines[:i + 1]))