[up]
|
|
drwxr-xr-x |
test-cache/
tophat-test
|
|
drwxr-xr-x |
Signal.Unique.str1.out.bg
|
24729 |
-rw-r--r-- |
Signal.Unique.str2.out.bg
|
15455 |
-rw-r--r-- |
Signal.UniqueMultiple.str1.out.bg
|
66556 |
-rw-r--r-- |
Signal.UniqueMultiple.str2.out.bg
|
40485 |
-rw-r--r-- |
fakexon.Homo_sapiens.GRCh38.100.chr21.gtf
|
193606 |
-rw-r--r-- |
filtered.barcodes.txt
|
6698 |
-rw-r--r-- |
filtered3.Homo_sapiens.GRCh38.100.chr21.gtf
|
192967 |
-rw-r--r-- |
filtered3.Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.21.fa.gz
|
144517 |
-rw-r--r-- |
filtered3.bam
|
134190 |
-rw-r--r-- |
filtered3.vcf
|
24806 |
-rw-r--r-- |
filtered4.bam
|
136364 |
-rw-r--r-- |
indrop.R1.fastq.gz
|
30004 |
-rw-r--r-- |
indrop.R2.fastq.gz
|
32412 |
-rw-r--r-- |
indrop.barcodes1.txt
|
4416 |
-rw-r--r-- |
indrop.barcodes2.txt
|
3840 |
-rw-r--r-- |
no_exon.gtf
|
444 |
-rw-r--r-- |
pbmc_1k_v2_L001.R1.10k.fastq.gz
|
343789 |
-rw-r--r-- |
pbmc_1k_v2_L001.R2.10k.fastq.gz
|
778979 |
-rw-r--r-- |
rnastar_index2x_versioned.loc
|
221 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test.log
|
1944 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test2.log
|
1771 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test2_mapped_reads.bam
|
4081 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test2_splicejunctions.bed
|
76 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_diploid.log
|
1929 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_genomeSAindexNbases.bed
|
76 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_genomeSAindexNbases.log
|
1966 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_genomeSAindexNbases_02.bed
|
76 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_genomeSAindexNbases_02.log
|
1966 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads.bam
|
3996 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads.vcf
|
2745 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads_PE.bam
|
8203 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads_diploid.bam
|
3444 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads_fakexon.bam
|
4160 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads_genomeSAindexNbases.bam
|
4043 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads_genomeSAindexNbases_02.bam
|
4043 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads_test10.bam
|
4640 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_mapped_reads_twopass.bam
|
4497 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_splicejunctions.bed
|
76 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_splicejunctions_PE.bed
|
76 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_splicejunctions_diploid.bed
|
76 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_splicejunctions_twopass.bed
|
76 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_splicejunctions_wasp.bed
|
5463 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_transcriptome_mapped_reads.bam
|
1518 |
-rw-r--r-- |
rnastar_test_twopass.log
|
1771 |
-rw-r--r-- |
smartseq.cellids.txt
|
84 |
-rw-r--r-- |
smartseq1.R1.fastq.gz
|
20969 |
-rw-r--r-- |
smartseq1.R2.fastq.gz
|
22219 |
-rw-r--r-- |
smartseq2.R1.fastq.gz
|
20949 |
-rw-r--r-- |
smartseq2.R2.fastq.gz
|
21976 |
-rw-r--r-- |
smartseq3.R1.fastq.gz
|
20998 |
-rw-r--r-- |
smartseq3.R2.fastq.gz
|
22503 |
-rw-r--r-- |
smartseq4.R1.fastq.gz
|
24846 |
-rw-r--r-- |
smartseq4.R2.fastq.gz
|
27206 |
-rw-r--r-- |
smartseq5.R1.fastq.gz
|
23614 |
-rw-r--r-- |
smartseq5.R2.fastq.gz
|
25798 |
-rw-r--r-- |
smartseq6.R1.fastq.gz
|
24487 |
-rw-r--r-- |
smartseq6.R2.fastq.gz
|
27202 |
-rw-r--r-- |
smartseq7.R1.fastq.gz
|
25415 |
-rw-r--r-- |
smartseq7.R2.fastq.gz
|
27024 |
-rw-r--r-- |
smartseq8.R1.fastq.gz
|
25143 |
-rw-r--r-- |
smartseq8.R2.fastq.gz
|
26606 |
-rw-r--r-- |
smartseq9.R1.fastq.gz
|
25326 |
-rw-r--r-- |
smartseq9.R2.fastq.gz
|
27197 |
-rw-r--r-- |
test1.gtf
|
441 |
-rw-r--r-- |
test3.chimjunc.tabular
|
3349 |
-rw-r--r-- |
test3.fastqsanger
|
14719 |
-rw-r--r-- |
test3.fastqsanger.gz
|
693 |
-rw-r--r-- |
test3.ref.fa
|
988 |
-rw-r--r-- |
tophat_Signal.Unique.both.read2.out.wig
|
4796 |
-rw-r--r-- |
tophat_in2.fastqsanger
|
17703 |
-rw-r--r-- |
tophat_in3.fastqsanger
|
17703 |
-rw-r--r-- |
tophat_rev_Signal.Unique.str1.out.bg
|
0 |
-rw-r--r-- |
tophat_rev_Signal.Unique.str2.out.bg
|
4548 |
-rw-r--r-- |
tophat_revlib_R1.fastqsanger
|
8502 |
-rw-r--r-- |
tophat_revlib_R2.fastqsanger
|
8502 |
-rw-r--r-- |
tophat_test.fa
|
680 |
-rw-r--r-- |
tophat_test.fa.gz
|
200 |
-rw-r--r-- |
tophat_test_reads_per_gene.txt
|
91 |
-rw-r--r-- |
tophat_test_reads_per_gene_PE.txt
|
91 |
-rw-r--r-- |
tophat_test_reads_per_gene_PE_rev.txt
|
89 |
-rw-r--r-- |