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planemo upload for repository https://git.ufz.de/lehmanju/rnaquast commit d68ebc953fe79f2909c79ef1b133300f450aa822
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@@ -99,7 +99,7 @@ && mkdir -p './results/' #if $gene_coordinates.selector == 'true' and $reference #for $i, $transcript in enumerate($transcripts) - #set $path = "/".join(['outputdir',($transcripts[$i].element_identifier).split(".")[0]]) + "_output" + #set $path = "/".join(['outputdir',re.sub('[^\w.]', '_', $transcripts[$i].element_identifier).split(".")[0]]) + "_output" && rm -r ./results && cp -r $path './results' && mv ./results/*fasta './fasta_files/' @@ -385,7 +385,7 @@ </test> <!-- Test 08: Multiple inputs--> <test expect_num_outputs="6"> - <param name="transcripts" value="transcriptome01.fasta,transcriptome02.fasta"/> + <param name="transcripts" value="transcriptome01.fasta,transcriptome?02.fasta"/> <param name="reference" value="reference.fasta"/> <conditional name="gene_coordinates"> <param name="selector" value="true"/> @@ -407,7 +407,7 @@ <param name="single_reads" value="single_end.fastq.gz"/> </conditional> <output name="short_report_tabular" value="test_08_short_report.tab" ftype="tabular"/> - <output name="short_report_pdf" value="test_08_short_report.pdf" ftype="pdf"/> + <output name="short_report_pdf" value="test_08_short_report.pdf" ftype="pdf" compare="sim_size" delta_frac="0.1"/> <output name="stats" value="test_08_complete_report.tab" ftype="txt" lines_diff="6" /> <output_collection name="fasta_files" type="list" count="14"> <element name="transcriptome01.paralogs" file="test_08_paralogs.fasta" ftype="fasta"/> @@ -432,7 +432,55 @@ </element> </output_collection> </test> - + <!-- Test 09: Multiple inputs with dash in names--> + <test expect_num_outputs="6"> + <param name="transcripts" value="transcriptome01.fasta,transcriptome-02.fasta"/> + <param name="reference" value="reference.fasta"/> + <conditional name="gene_coordinates"> + <param name="selector" value="true"/> + <param name="gtf" value="reference.gtf"/> + </conditional> + <section name="output_options"> + <param name="out_sr" value="tabular,pdf"/> + </section> + <conditional name="use_busco"> + <param name="selector" value="true"/> + <conditional name="lineage_conditional"> + <param name="selector" value="cached"/> + <param name="cached_db" value="busco-demo-db-20230328"/> + </conditional> + </conditional> + <param name="out_add" value="complete,fasta,logs,gz"/> + <conditional name="reads_option"> + <param name="selector" value="single"/> + <param name="single_reads" value="single_end.fastq.gz"/> + </conditional> + <output name="short_report_tabular" value="test_08_short_report.tab" ftype="tabular"/> + <output name="short_report_pdf" value="test_08_short_report.pdf" ftype="pdf" compare="sim_size" delta_frac="0.1"/> + <output name="stats" value="test_08_complete_report.tab" ftype="txt" lines_diff="6" /> + <output_collection name="fasta_files" type="list" count="14"> + <element name="transcriptome01.paralogs" file="test_08_paralogs.fasta" ftype="fasta"/> + </output_collection> + <output_collection name="list_logs" type="list" count="14"> + <element name="STAR.out" ftype="txt"> + <assert_contents> + <has_text text="STAR --runThreadN"/> + <has_text text="finished successfully"/> + </assert_contents> + </element> + <element name="gmap_build.out" ftype="txt"> + <assert_contents> + <has_text text="No alternate scaffolds observed"/> + </assert_contents> + </element> + <element name="rnaQUAST" ftype="txt"> + <assert_contents> + <has_text text="THE QUALITY OF TRANSCRIPTOME ASSEMBLY DONE"/> + <has_text text="Thank you for using rnaQUAST!"/> + </assert_contents> + </element> + </output_collection> + </test> </tests> <help><![CDATA[
--- a/test-data/test_08_short_report.tab Wed Jan 10 13:24:53 2024 +0000 +++ b/test-data/test_08_short_report.tab Fri Aug 30 13:23:03 2024 +0000 @@ -1,4 +1,4 @@ -METRICS/TRANSCRIPTS transcriptome01 transcriptome02 +METRICS/TRANSCRIPTS transcriptome01 transcriptome_02 Genes 1 1 Avg. number of exons per isoform 1.0 1.0 Transcripts 1 1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/transcriptome-02.fasta Fri Aug 30 13:23:03 2024 +0000 @@ -0,0 +1,626 @@ +>STRG.1.1 +ATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTA +CTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTG +CGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGT +TGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTT +TGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTT +CAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGC +CTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGT +AACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGC +TGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGT +TCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAAT +GGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACACTG 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+ATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTA +CTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTG +CGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGT +TGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTT +TGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTT +CAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGC +CTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGT +AACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGC +TGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGT +TCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAAT +GGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACACTG +ACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCAGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAA +GGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAG 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