# HG changeset patch
# User iuc
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@@ -2,7 +2,7 @@
scaffold long read assemblies with Hi-C
2.3
- 3
+ 5
SALSA
@@ -23,8 +23,10 @@
-e 'GATC'
#else if $enzyme_conditional.preconfigured_enzymes == 'arima1'
-e 'GATC,GANTC'
- #else
+ #else if $enzyme_conditional.preconfigured_enzymes == 'arima2'
-e 'GATC,GANTC,CTNAG,TTAA'
+ #else if $enzyme_conditional.preconfigured_enzymes == 'omnic'
+ -e 'DNASE'
#end if
#else:
-e '${enzyme_conditional.manual_enzyme}'
@@ -44,20 +46,26 @@
#end if
-m '$clean'
-o ./out
+
+&&
+
+## The tool seems to generate malformed AGP. Print exactly
+## 9 tab-delimited columns, adding blank columns or
+## removing columns if necessary.
+awk -F'\t'
+'{while(NF<9)\$0=\$0 FS""; if(NF>9)\$9=\$9 FS \$(NF--); print \$1,\$2,\$3,\$4,\$5,\$6,\$7,\$8,\$9}'
+OFS='\t' out/scaffolds_FINAL.agp
+| cut -f1-9
+> out/scaffolds_FINAL.fixed.agp
+
]]>
-
+
-
+
-
+
@@ -66,45 +74,26 @@
+
-
+
value.replace(',', '').isalpha()
-
-
-
+
+
+
-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
@@ -129,8 +118,23 @@
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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scaffold_1
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